5P1ZA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 118
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1zA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p1zA01
1B6KA 4WY6A 5I3YA 3ZKXA 4APEA 3WB4A 1A9MA 5JG1A 5P6KA 2PWCA 3S7LA 4D83A 3NDUA 1FQ5A 1MSMA 2VS2A 4Q1YA 2HC0A 3OHFA 3KYRA 5KQZA 5P3YA 5JFPA 5P2IA 3VYDA 3TKWA 5P3OA 3QPJA 4Y43A 2B8LA 1ZSRA 2VKMA 1MT8A 5C9BA 3MWSA 4FS4A 2AZCA 4HEGA 1UPJA 4FSLA 3HDKA 1C6XA 4EQJA 3S56A 2FS4A 2G1YA 5HE5A 5P5RA 5P09A 3CYWA 3KT5A 3PMUA 5P5NA 5KR8A 1K1TA 4MC1A 2VIEA 5APRE 5BS4A 5OZ2A 5P24A 4LL3A 1EBWA 2G24A 3D1XA 5P8KA 4DVFA 2R3TA 5P6QA 2WEBA 2H6SA 5P7AA 4Z4XA 4XXSA 4HA5A 5HU1A 5P71A 3EKQA 1IZDA 3MXEA 1AXAA 2QI7A 4J54A 5P5WA 4Z2ZA 1VIJA 3Q5HA 3ZPTA 4YDFA 4I0HA 3CMSA 1LYWA 3A2OA 1D4KA 2WEAA 5P0PA 2IEOA 3HLOA 3OUAA 3NSHA 4Y35A 2I4QA 4Y4TA 3EBZA 4CPSA 2PWRA 4ZSMA 1FGCC 4Y3JA 3ECGA 3LIYA 3CKPA 3UFNA 3D91A 3APRE 4Y39A 3GI5A 2AOCA 3ST5A 4CPQA 2QHCA 5P87A 4LBTA 4Y5EA 4KUPA 5P06A 4Y3RA 5P57A 5OZVA 4Y50A 1ODXA 1FMUA 5P3EA 5P89A 4DFGA 3NU6A 5SZ9A 5HTZA 4K9HA 5P2ZA 5CLMA 3VLBA 2FNTA 1DMPA 4TRYA 4CPWA 5OZ6A 5AHAA 5P4YA 3JW2A 1BILA 4Y5LA 1HTEA 3TL9A 1MERA 5P0QA 4NJSA 5P5JA 5HDXA 2OHPA 4BFBA 4Y3WA 4J5JA 3EXOA 3LINA 2AIDA 1MT7A 5DQ1A 3ZMGA 4H1EA 1SBGA 5P7ZA 1APTE 3QIHA 5OZUA 4A6CA 1QRPE 5P88A 5P0EA 3KFPA 4Y3QA 5P4WA 4YOAA 3DV5A 3FNUA 1ENTE 5I3XA 6FIVA 3S2OA 2QD7A 4OBKA 4I0JA 1HPXA 2FIVA 2QMFA 2G1NA 5P2RA 3VV8A 1QBUA 1HXWA 3ER5E 1SGUA 4FE6A 5OZNA 3KM4A 4J1KA 4HE9A 3URLA 2QI0A 5T4SA 1K6PA 3QRSA 5OZDA 1T6EX 5P2AA 4HZTA 2B60A 5P4NA 2NNPA 4Y4BA 1DIFA 2VNMA 3RTNA 3PVKA 5P2XA 3PLDA 4I12A 5P3BA 4K4PA 5P4RA 3HZCA 5ISJA 5P72A 5OZ7A 4Y5PA 2RMPA 3TTPA 5COOA 4Y3HA 3DCRA 1JLDA 5P0GA 2V16C 3GGXA 5P58A 4Y45A 5P16A 1LYAA 1HIVA 3VCMA 2G27A 3BVAA 5P4CA 1SP5A 2ZHRA 4DUSA 4OBDA 5OYSA 1EBYA 2P3CA 4CPUA 3CIDA 2P8HA 4D89A 5OZEA 3OOTA 4ZSPA 1SH9A 3QRVA 5P2CA 3LZUA 5OZIA 5P5YA 3NU4A 5P63A 5IE1A 5P8MA 3NWXA 5P1LA 4Q5MA 4F75A 4FCOA 5P53A 3UTLA 1YTJA 5P3DA 4GB2A 5OZFA 2P3DA 2ZJMA 4KB9A 1FQ7A 1MRWA 1KJFA 3R2FA 5P5XA 4EWOA 3WB5A 3KMYA 3TOFA 3K5CA 4Y3LA 4Y38A 1GVVA 3CICA 5P7FA 1MEUA 1LYAB 5P8LA 4GJ5A 3I8WA 2AVQA 3TNEA 2RKFA 5P7BA 1PFZA 2V10C 2G94A 4COEA 4J55A 4ACUA 5P0IA 5P05A 5P8QA 1EC2A 1OEXA 5P3GA 2ZJNA 1FMXA 3O9IA 1BVGA 1HVSA 4HDPA 4OBZA 2WJOA 1SDUA 2IS0A 3LZSA 1PPME 4Y3GA 3DM6A 2JXRA 5P1XA 5OYWA 5P20A 4YHQA 1HTGA 5OZ1A 4B78A 2NR6A 2OHNA 5P7VA 1IIQA 4WY1A 2BPWA 4Y3FA 5P4PA 3M9FA 3OHHA 1ZAPA 3PJ6A 2O4SA 3VFAA 2QI6A 3UDYA 1MESA 3IN3A 1HPVA 3TPLA 3ZKIA 5P3WA 2ZHTA 3EKYA 5F00A 5P7OA 1GVWA 5P0CA 1W5XA 4L1AB 2OF0A 3HVGA 1GVUA 1W50A 4EPJA 4R92A 5P3ZA 4QGIA 4Y3DA 3NR6A 1AIDA 4OBZB 3EM6A 5OYRA 1CZIE 5P3CA 5ISKA 1KZKA 5P7TA 3L59A 1IBQA 4MC6A 4ZEAA 4F74A 3SA6A 5P18A 1MPPA 5P76A 1W6HA 3PBDA 5P3SA 3OXCA 5P34A 5P38A 2QU2A 5P82A 4LC7A 3R0WA 2AOFA 3SQFA 5P4VA 4UPJA 2WKZA 3VLAA 2ZJLA 2R8NA 4Y51A 4QJ7A 3KMXA 5UPJA 2XFJA 5P65A 3L5BA 3SM2A 2BPYA 2WF2A 5EZXA 2G22A 2QHZA 1AVFA 3L5CA 5DQ2A 3WSJA 3U71A 2G26A 4RROA 4QJ6A 5P8VA 4CP7A 1ZBGA 2VIYA 4OD9A 3FV3A 4J0YA 2QMDA 3PBZA 3NDXA 4L7JA 3VG1A 1PSNA 3VYEA 4DJPA 2IL2A 3UDRA 5DR3A 4R5NA 3LITA 2G69A 4EYRA 4MC2A 2APRA 3UDQA 4DV9A 1K2BA 3VV7A 5P7JA 5P12A 3SLZA 3ZPSA 2HS1A 4PEPA 1MIQA 4RZ1A 3VFBA 5P00A 5P3VA 3G6ZA 1YM4A 5OZCA 3VUCA 4AMTA 5P1QA 5P0BA 4AUCA 4LXAA 3NUOA 3OADA 1APUE 4FRKA 1YTIA 1NSOA 2NTRA 1ODYA 1LEEA 5P6JA 1BXQA 1BDLA 4Y3AA 1TZSA 1A8KA 1E82E 3S7MA 1QDMA 3LPIA 2PMAA 4I0IA 1LF3A 1EPQE 5P4GA 1KJ7A 2FDDA 2BPXA 5OZSA 4CPTA 4Y3SA 3OQKA 4Y47A 5P0HA 5P6XA 1BXOA 3EL0A 2V13A 2OHMA 4FRSA 1RPIA 2ER0E 1DPJA 3PI5A 5KOQA 4L6BA 4H3IA 2O4LA 3GGAA 1HOSA 4B1CA 2AVVA 3PM4A 1HRNA 1W5VA 5OZQA 1FQ8A 5P4LA 4YCYA 3OADB 4GJ7A 2XYFA 4Y3YA 1Q9PA 5P0RA 3S8IA 5P1FA 5FIVA 3NU9A 3PLLA 4TRWA 2HPFA 3EC0A 5OZKA 2IRZA 5AH6A 2CEJA 2FXDA 3UQPA 5P2WA 2CEMA 4RVJA 2QNPA 4Y5NA 1QBTA 1APVE 5DGUA 1LYBB 5F01A 5P1YA 3CIBA 5P5ZA 5P8BA 1EC0A 5P5EA 3VV6A 1PSAA 5P4UA 5P1EA 2AVSA 3HD8A 5P8TA 1G0VA 3BHEA 3TLHA 3QRMA 5P3MA 5OZOA 5P8DA 5P52A 2PQZA 3ZLQA 4H3FA 5HDZA 2VA5A 5P08A 4AA8A 1BAIA 4K4RA 4DQFA 2AZ8A 2QZLA 3OGPA 3EL5A 1B6PA 4RCDA 5P75A 3B80A 4EXGA 1FMBA 5P0SA 4CPXA 5P10A 1W6IA 4EJKA 4Y6MA 3SM1A 2Q15A 3UDJA 4I0FA 3LIXA 5P79A 1QBSA 1M0BA 4DJVA 1HWRA 5SY2A 5P04A 3R4BA 3EKTA 3IGBA 1GNMA 5P2VA 7HVPA 5P6OA 3KA2A 1C70A 1FLHA 4K4QA 5DR1A 1N49A 2PSVA 2BBBA 2F81A 3PSYA 1QS8A 1K6CA 1ZP8A 5KQYA 4TVHA 2ANLA 1BWBA 3BUFA 4EHCA 1D4HA 4ZSQA 3KDBA 2VA7A 2UXZA 2QCIA 4ZPEA 3S54A 1A30A 4M8YA 2NXDA 4I11A 3SKFA 3BC4A 1W51A 2P4JA 4FLGA 3TPRA 3PB5A 2B8VA 5P02A 5IVTA 3DOXA 3IVHA 5P8OA 5P13A 3CKRA 4Y3PA 4B00A 1SMRA 4XKXA 4BEKA 4FM8A 4Y9WA 5P4TA 3ER3E 2PC0A 1EEDP 5P0ZA 1T6GA 5P30A 3GI0A 4DJUA 4BFDA 5P2JA 1ZTZA 3SO9A 5P5TA 5P7RA 1WBMA 5P0DA 2Q54A 1HSHA 5P0FA 5P1OA 4J1FA 2ZJJA 2AODA 5P6TA 3KN0A 4GJ8A 1ME6A 3WZ8A 3K5GA 4JECA 1EPPE 1GKTA 1G2KA 4FGXA 5P3IA 2OHTA 5P8EA 1A94A 1UH8A 5P28A 1XE6A 1BIMA 1LYWB 3FNTA 4DJWA 2WF4A 2XYEA 3UDMA 2R5PA 3O9LA 5DPZA 3UCBA 5P4IA 4PHVA 1T7JA 4I0GA 5KR1A 1T7KA 2BKTA 4ZPFA 4J0TA 4FAEA 5P5GA 1ER8E 5OZXA 2ER7E 5AHBA 5P5DA 4DPFA 3O9AA 5AH9A 2IDWA 3Q4BA 4FRIA 4Y36A 2VIJA 5TOLA 5P1KA 5OZGA 3T7PA 4Q1WA 2WF1A 5P62A 5P0NA 5P1CA 5P40A 5P60A 5I70A 2BB9A 3EM3A 3KFSA 2G1RA 3SA4A 1FQXA 2FXEA 5P8PA 4EP2A 1RNEA 5OYUA 3PCZA 5P2LA 3OU4A 2QI4A 3NU3A 2BQVA 4J0VA 5P6FA 5P2QA 1ZPKA 5OZJA 1HVRA 3QS1A 1GNOA 4YBIA 2IQGA 5HCOA 3OWNA 4GYEA 2ER9E 2I1AA 4Y5CA 4YDGA 3EKXA 2HM1A 5P2YA 3VF7A 1U8GA 2F80A 2G1OA 1HVJA 1HPOA 1META 3SFCA 3BXRA 1B6JA 1GNNA 1E81E 2NXLA 1EBKC 4Y44A 5P1AA 3QVCA 3D1ZA 5P6SA 1DW6C 4OC6A 2QD8A 3N3IA 1C6YA 5E5KA 5E5JA 4Y57A 4NJUA 4YD7A 5P2KA 4RGHA 3UF3A 1BV9A 5DGWA 3SACA 3INDA 1GVTA 5P23A 1XN2A 2WECA 3U7SA 3IVIA 2F3KA 5P7QA 4R93A 1IZHA 4YOBA 5P0UA 3T7XA 2O40A 3OU4B 1LV1A 4IVTA 3AUPA 5JFUA 1M43A 2QI3A 3BGBA 3SA9A 2PK5A 2RKGA 5ENKA 5P7UA 5P80A 4X2LA 2VA6A 1DAZC 3UDPA 5JODA 1MUIA 3TH9A 3WZ7A 3JVWA 3NXEA 1LF2A 3EMYA 5P6MA 4GJCA 1SIPA 3KDCA 4HDBA 3DJKA 2BPVA 4Y48A 2FMBA 3RVIA 4CMSA 3VF3A 2ZHVA 1AM5A 3MSKA 1BV7A 5P5SA 3OXVA 7UPJA 3OUDA 3GI4A 3PI0A 2ZDZA 3TOGA 1LS5A 2F3EA 1EPOE 4XX4A 2O4PA 4S1GA 5P55A 4RRNA 2UY0A 5P7WA 4GJ6A 3JVYA 1HVHA 5P14A 1OD1A 4Y37A 1XDHA 3UHLA 4ZSRA 5P78A 3UQUA 5P5UA 2HS2A 4DJXA 4QJAA 4Y3XA 3T11A 3BVBA 5ENMA 2NNKA 3LHGA 5P0VA 4EP3A 3QAAA 5P4SA 5OZMA 3SA8A 4J17A 5P7IA 4B77A 1IDAA 5OZLA 3D1YA 4PZXA 4DJYA 2G20A 9HVPA 3DK1A 5P7SA 2B7FA 4GMIA 2A4FA 3S53A 4B1DA 5HCTA 3NDWA 3K1WA 1FB7A 5P2BA 5OZZA 3OUDB 3K4VA 1A8GA 1AJXA 3APPA 5P0XA 3OU1A 3GGUA 4LXKA 4I10A 4RVXA 5P7XA 3RU1A 5P6IA 4DI2A 5P61A 5OZHA 5KR0A 1PPKE 4D88A 4Y4GA 1W5WA 5P1RA 4RRSA 5P3KA 2QD6A 2OHQA 2I4WA 5OZ5A 3UPJA 1YM2A 1EPLE 5P7MA 1EPNE 5P25A 4R8YA 1EBZA 4ER2E 4EXHA 3S43A 5P6LA 3VYFA 5HU0A 4Y54A 3OTSA 2HPEA 2EWYA 1IZEA 1YTHA 3TPPA 4HLAA 5P0JA 4DQGA 2P83A 1QBRA 4J1CA 1IZIA 3OQDA 5P45A 2VJ9A 5OZRA 5P3FA 4YBFA 2ZHSA 5P4AA 3FKTA 4OBFA 1K1UA 1M4HA 3SAAA 4ZIPA 1BWAA 4RLDA 1IDBA 4DQEA 1XL2A 1FQ6A 2QZKA 5P73A 1PROA 4EJLA 1MT9A 3OU1B 5P49A 5P1VA 1GVXA 3MSJA 1F7AA 1SIVA 5P42A 3PWRA 2Q64A 5P6WA 1FF0C 3ZOVA 2BKSA 3OK9A 3R0YA 4EJ8A 5IVSA 3RTMA 3PWMA 3C9XA 2MIPA 4LHHA 3DV1A 3H5BA 3NXNA 3OUBA 1IVPA 5IVQA 1HVCA 4GJ9A 3OAGA 1MTRA 3PEPA 1FQ4A 2PSGA 5P7YA 4NKKA 4KE0A 5P83A 5P47A 3SKGA 1D4YA 5AHCA 2QZWA 5P5CA 5P1HA 1B6MA 3L3AA 2R3WA 4F76A 5P19A 5P3JA 3O9HA 4OD9B 2QAKA 2XFKA 1CMSA 3PSUA 2PYNA 3QI1A 2NMZA 5P5IA 5P0KA 1DP5A 5DR8A 4DH6A 2QP8A 4NPUA 5P1TA 5KQXA 5P50A 3OY4A 4Y4AA 2OAHA 4H3JA 4QJ8A 3UDKA 4I0ZA 5P6BA 4RCEA 5P6EA 4DJQA 5P29A 2AZ9A 2AOHA 1HTFA 3EL4A 5P6AA 2XFIA 4MC9A 5HDVA 2AOGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B6K A;  4WY6 A;  5I3Y A;  3ZKX A;  4APE A;  3WB4 A;  1A9M A;  5JG1 A;  5P6K A;  2PWC A;  3S7L A;  4D83 A;  3NDU A;  1FQ5 A;  1MSM A;  2VS2 A;  4Q1Y A;  2HC0 A;  3OHF A;  3KYR A;  5KQZ A;  5P3Y A;  5JFP A;  5P2I A;  3VYD A;  3TKW A;  5P3O A;  3QPJ A;  4Y43 A;  2B8L A;  1ZSR A;  2VKM A;  1MT8 A;  5C9B A;  3MWS A;  4FS4 A;  2AZC A;  4HEG A;  1UPJ A;  4FSL A;  3HDK A;  1C6X A;  4EQJ A;  3S56 A;  2FS4 A;  2G1Y A;  5HE5 A;  5P5R A;  5P09 A;  3CYW A;  3KT5 A;  3PMU A;  5P5N A;  5KR8 A;  1K1T A;  4MC1 A;  2VIE A;  5APR E;  5BS4 A;  5OZ2 A;  5P24 A;  4LL3 A;  1EBW A;  2G24 A;  3D1X A;  5P8K A;  4DVF A;  2R3T A;  5P6Q A;  2WEB A;  2H6S A;  5P7A A;  4Z4X A;  4XXS A;  4HA5 A;  5HU1 A;  5P71 A;  3EKQ A;  1IZD A;  3MXE A;  1AXA A;  2QI7 A;  4J54 A;  5P5W A;  4Z2Z A;  1VIJ A;  3Q5H A;  3ZPT A;  4YDF A;  4I0H A;  3CMS A;  1LYW A;  3A2O A;  1D4K A;  2WEA A;  5P0P A;  2IEO A;  3HLO A;  3OUA A;  3NSH A;  4Y35 A;  2I4Q A;  4Y4T A;  3EBZ A;  4CPS A;  2PWR A;  4ZSM A;  1FGC C;  4Y3J A;  3ECG A;  3LIY A;  3CKP A;  3UFN A;  3D91 A;  3APR E;  4Y39 A;  3GI5 A;  2AOC A;  3ST5 A;  4CPQ A;  2QHC A;  5P87 A;  4LBT A;  4Y5E A;  4KUP A;  5P06 A;  4Y3R A;  5P57 A;  5OZV A;  4Y50 A;  1ODX A;  1FMU A;  5P3E A;  5P89 A;  4DFG A;  3NU6 A;  5SZ9 A;  5HTZ A;  4K9H A;  5P2Z A;  5CLM A;  3VLB A;  2FNT A;  1DMP A;  4TRY A;  4CPW A;  5OZ6 A;  5AHA A;  5P4Y A;  3JW2 A;  1BIL A;  4Y5L A;  1HTE A;  3TL9 A;  1MER A;  5P0Q A;  4NJS A;  5P5J A;  5HDX A;  2OHP A;  4BFB A;  4Y3W A;  4J5J A;  3EXO A;  3LIN A;  2AID A;  1MT7 A;  5DQ1 A;  3ZMG A;  4H1E A;  1SBG A;  5P7Z A;  1APT E;  3QIH A;  5OZU A;  4A6C A;  1QRP E;  5P88 A;  5P0E A;  3KFP A;  4Y3Q A;  5P4W A;  4YOA A;  3DV5 A;  3FNU A;  1ENT E;  5I3X A;  6FIV A;  3S2O A;  2QD7 A;  4OBK A;  4I0J A;  1HPX A;  2FIV A;  2QMF A;  2G1N A;  5P2R A;  3VV8 A;  1QBU A;  1HXW A;  3ER5 E;  1SGU A;  4FE6 A;  5OZN A;  3KM4 A;  4J1K A;  4HE9 A;  3URL A;  2QI0 A;  5T4S A;  1K6P A;  3QRS A;  5OZD A;  1T6E X;  5P2A A;  4HZT A;  2B60 A;  5P4N A;  2NNP A;  4Y4B A;  1DIF A;  2VNM A;  3RTN A;  3PVK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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