5P22A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 120
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p22A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p22A01
5P5HA 4NJTA 4EJLA 5P1VA 4GB2A 3OU4A 1D4SA 3PEPA 5P75A 5UPJA 5KR0A 5P0RA 1BXQA 3EKQA 1BBSA 1EPRE 2NXDA 1B6LA 1T6EX 2ZJJA 3PM4A 1OEWA 4CPXA 5P3KA 5P6ZA 4CMSA 4JPCA 4EXGA 3L5EA 4EP2A 2R8NA 4J0VA 5P7EA 5P8RA 4FSEA 1NPVA 5HE7A 1PPME 3JW2A 4DFGA 5P18A 4B72A 4L7HA 3T3CA 5P3RA 3QVIA 1YT9A 1IZHA 2G21A 5P1YA 2Q55A 1HTFA 4ZE6A 4EPJA 3FX5A 5CONA 3L5CA 3BHEA 2JJJA 2RKGA 3K5DA 4KE0A 5P6HA 1DAZC 4YA8A 1FFIC 4WY6A 3OADA 4COEA 5P1NA 4K4RA 4QGIA 5P0QA 5P81A 1A94A 4A4QA 2IENA 5OZKA 4K4QA 2QI4A 3DOXA 5OZOA 6APRE 2ZJKA 5P65A 2A1EA 2P4JA 2JE4A 1ODYA 1GVUA 5P5BA 2WF4A 3OUDA 4RVJA 5P5CA 4QLHA 4ZSPA 8HVPA 2PC0A 5P6GA 3RTMA 3CICA 2QI5A 4TVHA 3O9BA 3PBDA 5IVSA 5KAOA 4J1KA 3IXOA 4PEPA 5IVTA 5B18A 1HIHA 2CENA 2XYFA 5P7OA 4DJOA 2IQGA 3APPA 5P1RA 1ZTZA 4Y3PA 4YD7A 3SABA 4ER1E 5P5WA 5P2ZA 3VF5A 3CKPA 1RNEA 5OZYA 5P3FA 1WBKA 2FS4A 5P54A 4DQBA 5P5LA 4NPUA 2ZJNA 3PVKA 2F3KA 5P2KA 4BFDA 2Q11A 5P7KA 1IBQA 1BIMA 1HTRB 1G0VA 2AZ8A 4QJ7A 2IEOA 4Y48A 1ZLFA 4GJAA 2H6TA 1W5VA 4JP9A 3SFCA 1M43A 5P7HA 4JECA 5P7CA 1HVLA 3CMSA 5P8KA 1MT8A 2I4UA 3O9IA 2I4XA 3GI4A 2VNNA 7HVPA 3SA8A 3HDKA 5P5UA 2R38A 3EM3A 3CIBA 2QD8A 4J0ZA 4EQ0A 4GJCA 5P36A 1ENTE 5T4SA 5P2OA 3VSXA 4Y3NA 2BKTA 5P4YA 1B11A 1HSGA 3CYXA 5HE5A 5P3MA 5P6QA 1IIQA 2OHQA 2VJ7A 3U7SA 5P6CA 3L38A 1MUIA 2FMBA 4R8YA 4L1AB 5KOSA 2O4KA 4DJWA 3GI6A 4Y39A 4YD4A 2P3BB 3T7PA 4Y4WA 1FEJC 4GJ5A 3OQKA 5P3YA 1HPVA 4ZSQA 5P6FA 3ZKIA 4CPQA 4CPUA 5P55A 3RSVA 4J5JA 3HZCA 3O9DA 5P5EA 5P6JA 5P11A 5P2CA 1PPLE 2V16C 5P42A 3SA5A 4PHVA 2AOEA 4B0QA 1BDRA 4D85A 5E5KA 4DI2A 2OHRA 4GJ6A 3LIQA 5P28A 3FIVA 4GYEA 4ZEAA 3LPJA 5P38A 2NMYA 1FQ6A 4HDFA 2P3BA 5HE4A 4I1CA 3ZKGA 2PWRA 1WBMA 1MSMA 2G20A 2G1OA 3KFSA 5OZ8A 3BVBA 3HAWA 3IN4A 5AHCA 5P57A 3OU3A 5P72A 3S54A 4DVFA 3KN0A 1B5FB 1GVTA 5P62A 5P2DA 5P8HA 1MT9A 2QK5A 5SY2A 2P3DA 5DGUA 2O4SA 1QBSA 5DR7A 3LZVA 3JVYA 2XFIA 2HB3A 3OAGA 3UCBA 3K5FA 2BKSA 4GJBA 5P5VA 3O9HA 4EHCA 5P6IA 2QCIA 4RCDA 5ER1E 1FQ7A 3O9FA 1A9MA 3HW1A 4YBIA 4B00A 4B70A 4F76A 4J0YA 3FNTA 4Y3FA 4YD5A 5P7PA 3PMUA 1ZJ7A 5P1JA 3IGBA 1HRNA 1F34A 3APRE 3KA2A 4YD6A 2QAKA 3O9LB 5P2BA 2ZJLA 3B80A 3EXOA 1ZSRA 5P0BA 4Y38A 2UPJA 4Y3MA 5ER2E 5P3JA 3UDJA 3VCMA 1HVJA 3T7XA 2BQVA 3ZLQA 3SA4A 2ZE1A 4XKXA 1APUE 3NWQA 3OHHA 4DQHA 5P80A 4ZPFA 1LEEA 5PEPA 4YDFA 1CZIE 4JPEA 5COPA 1AXAA 4FM8A 3ZKSA 3TH9A 3QP0A 4Y43A 1MERA 4Y3DA 1AJXA 5P79A 3O9LA 5P41A 5P13A 2P83A 5SXNA 5P6TA 3O9AA 3S7MA 2G1YA 4Y3TA 4Y5MA 5OZLA 2FNSA 1G2KA 3NU6A 5P4TA 2FXDA 2IL2A 1NSOA 1KJHA 5P0YA 5C9FA 4FLGA 4FS4A 1FMUA 1KJGA 5HU1A 2ANLA 1BVGA 2OHNA 3OTSA 5P49A 3SKGA 5P0ZA 2AOIA 2I1AA 2Q15A 1DP5A 4DPFA 5EZZA 1MPPA 1FGCC 5P7IA 1LYBA 4FAEA 3TOGA 1IZEA 4RGHA 4Y3EA 3KMXA 1GVVA 3PHVA 4J54A 3GI0A 2R5PA 5OZCA 5P2QA 2OHTA 5P1IA 3NDXA 4LHHA 2QD6A 4J1EA 2R5QA 2AOHA 3G72A 3HD8A 1HBVA 1EBKC 5KR2A 4H3GA 3GGXA 4Y4ZA 1W5XA 2RKFA 1ZAPA 3D3TA 4EJDA 5P50A 4DQCA 3VFAA 1HEGE 1DPJA 5P8JA 4L7JA 3MXDA 3K1WA 3U71A 5P7BA 5OZNA 5P3EA 4CPSA 4PZXA 2HAHA 5BRYA 3KMYA 4I0IA 2RSPA 1EPNE 4RRNA 2I0DA 5P1EA 4B77A 2AVSA 1T7JA 2G1RA 2HB2A 1APVE 4EYRA 3L5BA 2NR6A 5P4DA 3O9EA 5OZAA 2QP8A 4Y3JA 5P0WA 1LYWB 4WTUA 5P1BA 4AA9A 1YTIA 5OZHA 3ZPUA 3PBZA 1IVPA 4BELA 4GMIA 1EC1A 2F80A 2VJ9A 5P78A 2AZ9A 5P7XA 5HU0A 2QU3A 1XS7D 4Q1YA 1PSNA 4I10A 4PPHA 2PH8A 1TQFA 3CYWA 5P4ZA 2R9BA 3TLHA 4AZYA 1SP5A 3VYDA 5OZ4A 4Y56A 4E43A 4ZSRA 5P3TA 3INHA 3VV8A 2PYNA 2QZXA 5F01A 3SA6A 2O4LA 4J0TA 5C9BA 2WKZA 1LYWA 4K4PA 3ZL7A 3TPPA 4TRWA 3EMYA 1QS8A 5I3WA 4OBJA 5P30A 2B42A 5P6RA 4N00A 2B8VA 1MSNA 1A30A 4R93A 4H3FA 5DQ5A 1XE5A 2QZLA 3O9GA 5OZEA 5OYRA 4RROA 2R3WA 2P8HA 3NYGA 2Q54A 4Y51A 4DUSA 2QMDA 1APWE 4YCKA 1TZSA 4M8XA 5OYXA 1DMPA 1FF0C 2MIPA 2FXEA 2RMPA 3Q3TA 3EKPA 5P60A 5P5AA 5P4VA 4H1EA 5P7WA 5AHAA 1APTE 2APRA 3QIHA 1B6MA 5P0FA 4HZTA 3OGQA 5OYTA 2RENA 1JLDA 4Y5NA 2F8GA 4ZPGA 4J55A 2FGVA 4Y5PA 5P3VA 3LIZA 5P6EA 1K6VA 5P3QA 1BV9A 1K2BA 5P59A 3M9FA 5P2HA 5P6NA 3TTPA 4R92A 3VSWA 4J1IA 1EBZA 4J1HA 4NPTA 1SH9A 3LNKA 3S45A 3D91A 3N4LA 5P8FA 2BB9A 1KZKA 3BUGA 3HAUA 4YCYA 1HSIA 3ZOVA 5CLMA 4Y50A 1UH9A 3ZPSA 4FAFA 5P8PA 3VEUA 2IGYA 1EBWA 2V00A 3K4VA 5KQFA 5AGZA 3UDKA 4CPRA 5HTZA 1T3RA 4Y45A 3KM4A 3LZSA 4RYCA 1SIPA 4Y3QA 2I4WA 4I0EA 5P2FA 5OZ5A 4M8YA 3SO9A 1SDVA 5P0NA 1HVSA 5P4CA 5JG1A 5P5XA 3GGAA 3LZUA 5P25A 1EC0A 4FRKA 1ZPKA 4Y6MA 3PCWA 5P61A 5P27A 3KDBA 5P73A 1A8KA 2AIDA 2G94A 3T6IA 1IDBA 1ODXA 1WKRA 3ER5E 4LXAA 5P40A 5P63A 4GJ9A 4OBFA 5SZ9A 5ENKA 2ER7E 4FSLA 4TVGA 2F3EA 4GIDA 5OZQA 2IS0A 1YTHA 3NU5A 1B6KA 3BGCA 3DCRA 4Y3XA 1SMRA 3VG1A 3ZKQA 4FCOA 4J1CA 5P56A 3PWWA 4Y3LA 4YE3A 1XDHA 2F81A 2G24A 2AVOA 4YD3A 4MC2A 4LC7A 3BXRA 2OAHA 1BVEA 1TSUA 5P2JA 5P7TA 2VA6A 2R3TA 5OZFA 4APRE 3QRMA 3PLLA 4Y58A 5P4OA 5P01A 5P7GA 5P3SA 4I12A 4D88A 2QZKA 2HC0A 3KDDA 1LF4A 4I0HA 4B1DA 3D1ZA 2VIZA 3H5BA 5P09A 4AUCA 2G26A 4Y5KA 3UPJA 4K9HA 5OZUA 1AZ5A 5P5QA 5P1OA 2G69A 5P5PA 2BPXA 3L58A 2R43A 3PI5A 2P3AA 2ZJIA 1AVFA 4D8CA 5P48A 4Y3HA 4ZSMA 3R4BA 4I8ZA 5P0LA 5P7ZA 3OQDA 4B78A 5P8LA 5P5JA 3MWSA 4DQGA 1HHPA 1MIQA 1UH7A 4LAPA 5P1ZA 2OF0A 4EJ8A 2ER0E 1RQ9A 5P4MA 5P1FA 4Y4DA 2FDPA 4R95A 2AOJA 5P8OA 3IVHA 2FIVA 3HLOA 4QJ8A 2QNNA 5P7AA 1SDTA 3ZKNA 5P5GA 4FM7A 4I0JA 5KOQA 5P6MA 4NKKA 5P87A 5P7JA 3CIDA 5OZMA 3AIDA 5P7VA 5P6KA 3B7VA 1FG6C 3FNSA 5P77A 3UDPA 5P7MA 3BUHA 1GNNA 5P8BA 5P76A 3CKTA 5P3UA 4Y4UA 5OYWA 1GVXA 5P6UA 2AOCA 3INDA 4EQJA 3MSJA 5P3IA 5P1WA 3UDQA 2VA7A 2WJOA 5P2XA 3NU9A 3QROA 5P3OA 2QMPA 1FQ8A 3URLA 4QJ2A 5P12A 5P3NA 5P8NA 3BXSA 2AZCA 1XL5A 5P2IA 1ZBGA 4DH6A 5AH8A 4HDBA 3OOTA 3I8WA 5P8AA 5P4UA 3INFA 4Z4XA 1YG9A 4Y3YA 5P4EA 5P4QA 1D4HA 4L1AA 1HIVA 3OQ7A 3WZ6A 1LF3A 2AVQA 5I3VA 4QJ9A 5OYZA 5P58A 2VIYA 5P71A 2Q64A 3EBZA 2B7FA 3SPKA 2QNPA 3QVCA 1K6CA 3S56A 1LF2A 3T11A 1A8GA 2OHPA 5OZ3A 5P33A 1AAQA 5P6PA 5P3BA 5P4PA 7UPJA 4FRSA 5P53A 5P68A 1EC2A 3VYEA 1TSQA 3VF3A 3DCKA 2FLEA 1ME6A 2PK5A 4EJKA 5P0MA 4D83A 3FKTA 1N49A 3PB5A 1QBUA 4Y4JA 1FG8C 2V13A 3BRAA 4LL3A 5P6OA 3I25A 1IZDA 1Z8CA 3FV3A 1K2CA 2OHUA 2QZWA 4NJVA 3KT2A 2WF1A 1MEUA 5P26A 2NXLA 1HEFE 4B05A 2AVVA 2J9KA 1PPKE 1FMBA 1BILA 3OUAA 2Z4OA 1FKNA 1ZP8A 5J25A 3WZ8A 1B5FA 4TRYA 5P4GA 4CPTA 3NDUA 1PSAA 5TOLA 5P1QA 4OBGA 5OZVA 2ER9E 5E5JA 3H0BA 4JOOA 3TPLA 2NXMA 3SM2A 1T6GA 4Y57A 2HS1A 5I70A 5P06A 1E81E 4YOAA 3MXEA 4OBHA 5P8QA 5P7QA 3UDHA 1D4KA 3EL9A 5P4JA 2VNMA 5P45A 3QPJA 5P29A 3IA9A 5P5IA 2PSGA 5DR8A 2A4FA 1D4IA 4R5NA 5P5KA 5P20A 3SA3A 4MC9A 5P1PA 3T7QA 5OZXA 5HCTA 4Y5AA 4YCTA 4S1GA 4RRSA 4Y41A 4Y3RA 4LXKA 5OZZA 4EXHA 4GJ8A 3KT5A 1GKTA 2F3FA 5P6DA 4A6BA 2CEMA 3KFNA 4Q5MA 3TKWA 2WEAA 2AOGA 1ZPAA 4I0GA 3NXEA 3EM4A 1EPOE 4LP9A 4RCEA 3PRSA 1U8GA 3QRSA 5P1GA 3QI1A 4RLDA 3UDMA 5P5TA 5KQXA 4KUPA 5AH6A 1QRPE 4L7GA 1K1UA 4Y3AA 5OZRA 5P0CA 2WEZA 5OZ7A 1KJ7A 1UH8A 3Q4BA 2VIJA 5HDUA 2B60A 2XFJA 5P7UA 1HXBA 5P6YA 5P6BA 3RVIA 2UY0A 5P10A 5P3HA 4BEKA 2NNPA 4L6BA 3QAAA 5OZWA 1K1TA 1LYAB 4HEGA 1IVQA 1RV7A 3PGIA 5IE1A 1PFZA 5P2MA 4Y44A 5KQYA 3HVGA 5P6WA 5P35A 3OQAA 2QD7A 3JVWA 3IAWA 5DQ2A 4F74A 4FE6A 4Q1NA 4ER2E 3PSGA 4Y53A 4NJSA 5P07A 1BAIA 5P8IA 5EZXA 5P4WA 3AUPA 1LYAA 4TRZA 2ZHTA 3R1GB 1QBTA 4Y4TA 5P88A 3TL9A 2O40A 5P2SA 5OYUA 4Y9WA 3F9QA 3LIVA 5HDVA 5P8CA 5P2WA 3PSUA 5P22A 2IDWA 5SY3A 5P83A 2QI6A 5APRE 5P0EA 2QI3A 3GW5A 2BPVA 1D4JA 3I2LA 4U7QA 1PSOE 5P7SA 1W6HA 5P7FA 3RSXA 1VIKA 2ZHSA 5IS4A 3C9XA 5P6LA 3SA9A 4MC1A 3UHLA 2PSUA 4Y3ZA 5P1TA 5OZBA 2AODA 5P1DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5H A;  4NJT A;  4EJL A;  5P1V A;  4GB2 A;  3OU4 A;  1D4S A;  3PEP A;  5P75 A;  5UPJ A;  5KR0 A;  5P0R A;  1BXQ A;  3EKQ A;  1BBS A;  1EPR E;  2NXD A;  1B6L A;  1T6E X;  2ZJJ A;  3PM4 A;  1OEW A;  4CPX A;  5P3K A;  5P6Z A;  4CMS A;  4JPC A;  4EXG A;  3L5E A;  4EP2 A;  2R8N A;  4J0V A;  5P7E A;  5P8R A;  4FSE A;  1NPV A;  5HE7 A;  1PPM E;  3JW2 A;  4DFG A;  5P18 A;  4B72 A;  4L7H A;  3T3C A;  5P3R A;  3QVI A;  1YT9 A;  1IZH A;  2G21 A;  5P1Y A;  2Q55 A;  1HTF A;  4ZE6 A;  4EPJ A;  3FX5 A;  5CON A;  3L5C A;  3BHE A;  2JJJ A;  2RKG A;  3K5D A;  4KE0 A;  5P6H A;  1DAZ C;  4YA8 A;  1FFI C;  4WY6 A;  3OAD A;  4COE A;  5P1N A;  4K4R A;  4QGI A;  5P0Q A;  5P81 A;  1A94 A;  4A4Q A;  2IEN A;  5OZK A;  4K4Q A;  2QI4 A;  3DOX A;  5OZO A;  6APR E;  2ZJK A;  5P65 A;  2A1E A;  2P4J A;  2JE4 A;  1ODY A;  1GVU A;  5P5B A;  2WF4 A;  3OUD A;  4RVJ A;  5P5C A;  4QLH A;  4ZSP A;  8HVP A;  2PC0 A;  5P6G A;  3RTM A;  3CIC A;  2QI5 A;  4TVH A;  3O9B A;  3PBD A;  5IVS A;  5KAO A;  4J1K A;  3IXO A;  4PEP A;  5IVT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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