5P24A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 122
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p24A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p24A01
2NTRA 3NR6A 4PEPA 5P4BA 2VIYA 4Y3GA 4DJQA 4RZ1A 2QAKA 4Y57A 1ZPAA 4J5JA 5OZIA 2CEJA 1HBVA 5OZYA 1EC3A 3L38A 5HDUA 4CPRA 5P7GA 4COEA 1HPSA 1YM4A 1APUE 1HSGA 1EPPE 5OYYA 1OEXA 2PWCA 2ZJNA 5P13A 5P1TA 5P7SA 3RTMA 4Y3MA 2FNSA 1HTEA 4D85A 5AH9A 1BIMA 3HAUA 3VF7A 3CYXA 4WY6A 4CMSA 3OOZA 4Y45A 1APVE 3INEA 5P1LA 4B72A 1FLHA 5OYRA 4Y47A 4FGXA 5HD0A 5IVRA 5P5JA 2O4PA 3ST5A 3CMSA 1A30A 4PHVA 5P89A 4OD9B 3OHFA 4EQ0A 4HDFA 3SA9A 2O4LA 5OZ7A 5P54A 4YHQA 1XN3A 1B5FA 3PM4A 5P24A 5E5JA 3U6AA 4FCOA 4MC6A 2AZCA 1ZJ7A 3OU3A 5P2XA 4Y4DA 5P6MA 1QDMA 5P1GA 4QJ7A 5OZNA 2BPVA 2HC0A 4S1GA 3ZL7A 3O9BA 3BXRA 5P84A 5P23A 5P57A 2OAHA 5P5CA 5P4AA 5P10A 5P3OA 4OBGA 5P68A 2VKMA 1C6XA 5P7UA 2ZJLA 2IENA 3EKWA 3HDKA 1XE5A 4DPIA 4Y4TA 3LZUA 1SDTA 5P6NA 5IVTA 2B8VA 1B6PA 3UDPA 4NJTA 5C9BA 2UPJA 3DM6A 4Y3YA 4YDFA 3VSWA 4Y39A 5P7CA 3EC0A 3UDHA 4M8XA 5P1VA 4U7VA 3KF0A 5P47A 5KQYA 2VA5A 2AOFA 4BELA 3O99A 5P5EA 1DPJA 4Q1WA 7HVPA 2I1AA 5COPA 3NXEA 4RYCA 4LP9A 5P6VA 5JODA 3GGXA 2Q64A 4CKUA 1BWAA 5P1UA 5OZ9A 2NNKA 2AVSA 3KFNA 1G35A 5OZTA 3OUCA 5P42A 3VF5A 2G1NA 1QS8A 2WHHA 3TLHA 5DR8A 2PYMA 2JE4A 2QI7A 4Y5GA 3TPJA 3ZMGA 1ZAPA 5P5XA 3LIZA 3PRSA 5P8CA 4F75A 2I4WA 5P8JA 3IN3A 3UQWA 3HW1A 4Y5PA 5OZKA 4A4QA 4R8YA 5P6HA 3NU4A 5JFPA 4L7HA 3FIVA 5AGZA 1D4KA 3S56A 2NMYA 5P7QA 5P8GA 3ER3E 3NDWA 4DJYA 5P3CA 2UY0A 1K6PA 4CPUA 5P8QA 5OZXA 4H3FA 4ZPGA 3SM2A 2WEBA 5P81A 3IVHA 1BVEA 2JXRA 3C9XA 5BS4A 4BEKA 3I25A 5P5UA 5P2QA 3OUDB 1BDRA 5P61A 2V13A 3G72A 2VIZA 4J1KA 2ZHVA 3NDTA 4GJ9A 5P3AA 5P8NA 4DJXA 3QP0A 2P83A 3LNKA 1BV9A 1EAGA 2QHYA 1IZEA 2ZJHA 2R38A 2R5QA 1FEJC 5P4EA 5IE1A 2OHSA 4Y4JA 1UPJA 3U7SA 4GYEA 4YD7A 1E81E 2PWRA 5HCOA 3O9HA 4Y5AA 1LYWB 5P2NA 5P2KA 2VIEA 1HIHA 2AVQA 5P30A 5P3SA 5P8OA 5P8HA 3URIA 1C6YA 5P1OA 4B1CA 3DCKA 5P3WA 3HVGA 4EJDA 2WEAA 4CPSA 3PHVA 2AQUA 1KJ4A 4LL3A 1G6LA 4NJVA 5DGUA 2AODA 1SDUA 5P4JA 5OZ0A 4ZE6A 4DQGA 3OHHA 1WBKA 5ER2E 1ER8E 5P3UA 3TPRA 3I6OA 5HDZA 5P4OA 3PB5A 1FB7A 1T7KA 5P1EA 3NU9A 1YTHA 3NU3A 5ER1E 1RL8A 1W5YA 3D20A 5P2LA 5P65A 4ZSMA 1AIDA 5P6JA 5CLMA 3OTYA 5P4ZA 5P6UA 4FRSA 2BPXA 2CEMA 1XL2A 4OC6A 5OZEA 3N3IA 4Y5LA 3O9GA 4Z2ZA 3S8IA 5P77A 5P1BA 3OWNA 4Q5MA 2Q3KA 1ZSRA 3CIBA 3H0BA 5P5YA 4DFGA 1KJGA 4XXSA 4DJPA 4L1AB 1HPVA 4NJUA 1GVTA 2AOHA 1MEUA 2QNNA 3HZCA 1HTRB 4J17A 4Y5BA 1MSMA 4CPXA 2ZJMA 4ZPEA 3OXWA 3D91A 3NDUA 2O4SA 2J9JB 2PC0A 5P6TA 3UHLA 1YTGA 4GJ8A 1MT7A 2AZBA 1XDHA 3O9CA 3IA9A 2QMGA 5P3KA 3K5CA 2HPEA 4JECA 5P0EA 4I10A 5P0PA 3OK9A 2RENA 2R43A 1B6KA 2QD6A 1MESA 4J0ZA 1LF4A 2ZHSA 5P7LA 4Y37A 3OXVA 3AIDA 1HVKA 4Y54A 3O9FA 5T4SA 1ODYA 1ZSFA 5OZSA 1HVIA 5P11A 2BPWA 3GI6A 5P2RA 3GI0A 3S43A 1EPRE 4FAFA 5P6YA 2VNNA 3KDCA 4GJAA 2BB9A 5OZQA 3DV1A 4KE1A 1MPPA 4FAEA 4DQHA 1EC0A 4JOOA 2B60A 3KT2A 2SAMA 3QIHA 3SA6A 3UFLA 5P7TA 1FQ4A 5P4XA 2VIJA 2NPHA 4J0TA 5P1KA 3OQAA 5P59A 4ACXA 4FSEA 3OQFA 3K4VA 4EP3A 3SFCA 5P2IA 3PSUA 4EQJA 3ZKXA 5KR1A 5P6OA 2AIDA 5P38A 5P3DA 3EKQA 5P7VA 3UDMA 3BXSA 3PLLA 3ZKNA 1AJXA 4I0ZA 2PSGA 5P2HA 2I4UA 1HRNA 4R93A 5P70A 1B6MA 3PJ6A 4DJVA 1MT9A 4GJDA 5P2OA 3MSKA 5OZ5A 5P31A 5DQ2A 5OZ8A 5AHBA 4LXAA 4NPTA 3ZKGA 2QI5A 5P56A 5P8BA 5P4UA 4Q1YA 5P63A 3VV6A 2VNMA 5OZ6A 1LYAA 1FQXA 3MXDA 5P0XA 3UQPA 5P0LA 5OZOA 4JPEA 2G1RA 1TSQA 2I4QA 2PK5A 2QZWA 1QBSA 2OHMA 2ANLA 3SA4A 3PBDA 5P8DA 2QI4A 5P2JA 2G20A 2HB3A 2IGYA 5P0CA 5AH6A 1WKRA 3FX5A 4N00A 1KJHA 4QGIA 4J54A 5OYQA 3WZ7A 3EKVA 3KFRA 1M0BA 5P49A 4YCTA 5P4FA 3L5BA 5P4TA 4PYVA 3LITA 2R3WA 1GKTA 3K1WA 2OHLA 3GGUA 4B05A 2ZE1A 4Y3ZA 6UPJA 4Y5MA 5P8PA 3VLAA 2P3DA 2HB4A 3QRVA 3KM4A 2Q54A 1META 3RSVA 4Y4UA 5P48A 4FRJA 2Z4OA 4RCFA 4YOAA 3PWWA 5P0ZA 3EKYA 2I0AA 5P6LA 5P7BA 3TKGA 3MSJA 1HOSA 5DR1A 2WF4A 3UDJA 1EC2A 5KR8A 2PMAA 3NSHA 3SQFA 4YBIA 4CPWA 1J71A 4GB2A 1AVFA 1YX9A 3RTNA 1SGUA 3BVBA 5JFUA 3HVPA 3QVCA 2QP8A 1ODXA 5DGWA 4D83A 5P7ZA 3UF3A 3UPJA 4U8WA 2HM1A 3OADA 1W51A 4EWOA 3WZ6A 1LF2A 3JVYA 2EWYA 2WF0A 5P4KA 1FKNA 5OZGA 1LZQA 1EPQE 4Y4BA 1ENTE 4Y3DA 1AZ5A 5KOSA 3NYGA 5P0NA 4Y3QA 4AUCA 1ZPKA 4Y50A 4FM7A 1HVRA 3BGCA 4Y3EA 5I3WA 2IGXA 5P3XA 3VFAA 1GNMA 2AOEA 3GI4A 1ZP8A 5P7MA 1F7AA 1ZBGA 1MTRA 2FDPA 5P8TA 5DQ1A 3PBZA 4FS4A 4JPCA 1LYBB 4QJ8A 3OU1A 5P4SA 5P8RA 4PZXA 3GGVA 2ASIA 2BBBA 3IXKA 5P5MA 2Z54A 2I0DA 4FRIA 4RYGA 3WB5A 4FL8A 5P18A 2QNQA 1E82E 1RNEA 2B7FA 2XFJA 3DV5A 3KA2A 3BUHA 4DPFA 3URJA 5P5LA 2B42A 4IVSA 3OXCA 2F8GA 5P4GA 4K8SA 5OZJA 3AUPA 3LIXA 9HVPA 1EBYA 2A1EA 4HA5A 3ZKMA 2P3BB 5P6PA 4UPJA 3SM1A 1HVCA 2PH8A 4NKKA 4R91A 4Y3RA 2FLEA 5AHAA 5P5VA 5TOLA 1BXOA 3EBZA 1EEDP 4FM8A 5OYTA 3TKWA 6APRE 4Y3PA 5KQZA 2WEZA 2FXEA 3SA5A 3ZPSA 1DP5A 1FMBA 4OBZA 2ZHTA 2IQGA 1EPME 3SKFA 2B7ZA 2ER0E 5I70A 2HS2A 5P3TA 5P67A 5IVQA 4XKXA 3UDRA 3KYRA 5P5OA 3BUFA 1EC1A 4J1EA 4CPTA 4APRE 5P4VA 1XN2A 4Y56A 4F76A 5SXNA 5P4DA 5P4MA 5P6GA 4GJ7A 2OHTA 5P0QA 2WL0A 5P41A 3TOGA 5P7IA 4ZLSA 1B11A 5P0RA 4Y6MA 2QCIA 4EJKA 2WF2A 5OYSA 3ZPUA 1HIIA 1B6LA 1QBRA 2QU2A 3FV3A 3B80A 5P3QA 4Y43A 1B5FB 3VYFA 3K5FA 4Q1XA 3O9LA 3PI0A 1HPXA 5BWYA 5HCTA 4DJRA 5P0AA 1K2CA 5P3MA 3L59A 5P50A 2FMBA 5P7NA 1EPOE 4Y3FA 5P72A 4R92A 5AH7A 1MTBA 5OZBA 2BKSA 1LEEA 5HVPA 5P5AA 5DR4A 5P5FA 8HVPA 1MUIA 5P0BA 2PSVA 1FQ8A 1NPWA 2QHZA 4A6BA 2VJ7A 5P43A 3MXEA 2F81A 3PCWA 4L6BA 4LXMA 3T3CA 4HLAA 2AOGA 1W6IA 1K1UA 3ZKSA 3EL1A 1OD1A 1BXQA 5P60A 3QBHA 1E80E 4K4QA 5P58A 3D1ZA 5P2DA 4IVTA 4AA8A 3T7PA 4RROA 1HXBA 4R5NA 5KQFA 1HSIA 1UH7A 1NPVA 4AZYA 5P25A 5P74A 4I0JA 3UDNA 4ACUA 1SBGA 1PSOE 1DW6C 2IRZA 5HU1A 4CPQA 2I4XA 5I3VA 5KAOA 4FIVA 2I4VA 5FIVA 2ZHRA 5OZAA 5P29A 1KJ7A 1MERA 3LINA 4J1IA 4X2LA 5P15A 3SLZA 2Q63A 1IDAA 4I1CA 3VCMA 4Y44A 5P4LA 4GMIA 3ER5E 1FGCC 3UDYA 2V12C 2HB2A 1MRWA 5OYZA 3LIVA 1C6ZA 4K9HA 5P5RA 1KJFA 5P1JA 2QZKA 4J0VA 3A2OA 4YOBA 3SABA 2FGUA 4EJ8A 5P07A 1M43A 3IVIA 3CKTA 5APRE 5P33A 4DQCA 1BDLA 4L7GA 5P6FA 1FFIC 3BC4A 5P2AA 1HVHA 2NXMA 4I12A 4NJSA 1CMSA 5HDVA 3PI5A 1TQFA 5HE4A 5P8MA 5HTZA 2ZDZA 1TW7A 5P5WA 1SIVA 5P1ZA 5P3JA 4YD4A 3JVWA 2WKZA 5P6AA 2G24A 5P7FA 2QD7A 5DR7A 1IVPA 3K5GA 4LXKA 1DIFA 1W5XA 4OBJA 4F73A 3NUOA 1NPAA 5P3GA 1Z8CA 4Y5NA 3UQUA 4LAPA 4HDBA 5E5KA 5P0WA 4M8YA 3FNUA 4RGHA 3TL9A 5OYWA 4U7QA 4I8ZA 1MT8A 3L58A 4B70A 2CENA 2QU3A 4I0IA 3LZVA 5P2ZA 1K6TA 3CYWA 4FRKA 1RV7A 4YD6A 1GVVA 3LIQA 3PSGA 2ER6E 4PPHA 4ZEAA 3VYEA 4EXHA 5I3XA 2APRA 3R0YA 3F9QA 3L5CA 3R1GB 4RCEA 2XYFA 1N49A 2F80A 5JG1A 1YM2A 4FM6A 2G21A 5P52A 2JJJA 2V11C 1D4HA 5HDXA 3EL4A 3GGAA 3VYDA 2ER7E 3Q6YA 2QMFA 3IAWA 3HLOA 4PZWA 1HHPA 2G69A 3HAWA 1HWRA 1A8KA 3LZYA 5P2MA 5P34A 4OC6B 1DAZC 1XL5A 5P8VA 1BBSA 4Y4XA 3T7QA 4B78A 1K2BA 2RMPA 3PWRA 1IZDA 1AM5A 3HD8A 3L5EA 1GVUA 5ENMA 4ZSRA 3OXXA 2BPYA 4Y4AA 1A9MA 5PEPA 4EYRA 2I4DA 1OHRA 4TRWA 1BV7A 1YG9A 3TOFA 4B1DA 2H6SA 5P3NA 4FSLA 5P0YA 5P4HA 5P1YA 2P3AA 3FKTA 4YD5A 3EL9A 1HEFE 2O4KA 5OYXA 4GJBA 1APTE 2G27A 3Q3TA 4F74A 3KFPA 1SDVA 3UCBA 3O9DA 1IDBA 4WTUA 1T7JA 4I0FA 4YCYA 1ODWA 2XYEA 5P3VA 4H3JA 4I0GA 5P2VA 1APWE 5P3RA 2JJIA 3R2FA 5HE7A 5BRYA 5P4PA 3VSXA 5P5BA 4Y5EA 3S43B 1PFZA 4Y4GA 1M4HA 2PK6A 5P5GA 3SAAA 4Y3AA 4FE6A 1W50A 3DUYA 3APRE 2NXDA 3EL0A 5OZPA 4DI2A 4Y51A 1G2KA 5P22A 2AOJA 5P8LA 5P7AA 3IN4A 3BGBA 3UFNA 3OQKA 4ZPFA 5P4QA 5DR0A 2G1SA 2O40A 5P26A 3JW2A 3BVAA 2OHPA 1QBUA 4D89A 1A8GA 3QRSA 5P08A 3K4VC 3OAGA 1EBKC 1Z1HA 3OQDA 2QMDA 5OZ1A 4NPUA 5P3PA 4KUPA 3INDA 3HBOA 5KR0A 4LHHA 3KMYA 5P0HA 5IVSA 4Y36A 5P2SA 1NH0A 1GVXA 1D4JA 3OU4A 4I0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NTR A;  3NR6 A;  4PEP A;  5P4B A;  2VIY A;  4Y3G A;  4DJQ A;  4RZ1 A;  2QAK A;  4Y57 A;  1ZPA A;  4J5J A;  5OZI A;  2CEJ A;  1HBV A;  5OZY A;  1EC3 A;  3L38 A;  5HDU A;  4CPR A;  5P7G A;  4COE A;  1HPS A;  1YM4 A;  1APU E;  1HSG A;  1EPP E;  5OYY A;  1OEX A;  2PWC A;  2ZJN A;  5P13 A;  5P1T A;  5P7S A;  3RTM A;  4Y3M A;  2FNS A;  1HTE A;  4D85 A;  5AH9 A;  1BIM A;  3HAU A;  3VF7 A;  3CYX A;  4WY6 A;  4CMS A;  3OOZ A;  4Y45 A;  1APV E;  3INE A;  5P1L A;  4B72 A;  1FLH A;  5OYR A;  4Y47 A;  4FGX A;  5HD0 A;  5IVR A;  5P5J A;  2O4P A;  3ST5 A;  3CMS A;  1A30 A;  4PHV A;  5P89 A;  4OD9 B;  3OHF A;  4EQ0 A;  4HDF A;  3SA9 A;  2O4L A;  5OZ7 A;  5P54 A;  4YHQ A;  1XN3 A;  1B5F A;  3PM4 A;  5P24 A;  5E5J A;  3U6A A;  4FCO A;  4MC6 A;  2AZC A;  1ZJ7 A;  3OU3 A;  5P2X A;  4Y4D A;  5P6M A;  1QDM A;  5P1G A;  4QJ7 A;  5OZN A;  2BPV A;  2HC0 A;  4S1G A;  3ZL7 A;  3O9B A;  3BXR A;  5P84 A;  5P23 A;  5P57 A;  2OAH A;  5P5C A;  5P4A A;  5P10 A;  5P3O A;  4OBG A;  5P68 A;  2VKM A;  1C6X A;  5P7U A;  2ZJL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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