5P27 | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__667412625782119__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__667412625782119__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P27/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__667412625782119__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"667412625782119","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P27/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__667412625782119__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01913ebcdc1fe050fc7dca/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01913ebcdc1fe050fc7dca/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01913ebcdc1fe050fc7dca/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01913ebcdc1fe050fc7dca/pdb.gz): 994 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p27A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p27A01

4I1CA 5P4VA 3WSJA 3OWNA 2UY0A 4DPFA 4DPIA 4EWOA 4YCTA 1YT9A 5P0MA 2BKTA 5P84A 4Y50A 3N4LA 2AZCA 5OZKA 5P5OA 3I6OA 5P6GA 5P3QA 4DJVA 1B5FA 3NUJA 5P41A 2H6SA 5P6SA 3UDYA 5P4NA 1QS8A 2ER9E 5P73A 3CMSA 1DP5A 5P4UA 5P7ZA 5AH7A 5P6TA 5KOQA 1BBSA 1QBTA 4Y3HA 3KA2A 3BUFA 5P27A 1EC0A 5P01A 3NDTA 1HPSA 4I0HA 1FB7A 1ME6A 1E5OE 4FLGA 5KR8A 3O9LA 1SGZA 4CMSA 1C6YA 5JFUA 4YCKA 5P50A 5P67A 1F7AA 3BRAA 4EHCA 5OYWA 4EPJA 3T7QA 5IE1A 2FDPA 1MT7A 3UHLA 4ZSMA 1FF0C 1U8GA 5P1EA 4J1IA 3TLHA 5P8NA 3TOFA 5P8SA 1MT8A 5OYVA 4NJTA 5P3EA 1FQ7A 5P6MA 1W5WA 3VV7A 5P44A 1LS5A 4Y4TA 3OQFA 5ENMA 3QAAA 3EM6A 2HPFA 5P0RA 5P7EA 4EQJA 5HE5A 3QN8A 1F34A 4JPEA 5DR8A 5P83A 3MWSA 3BC4A 5P4MA 4IVSA 2HC0A 2MIPA 5P7FA 5OYSA 3SA8A 5DR3A 1BAIA 1M43A 5P15A 4LP9A 4HZTA 4QGIA 5P5PA 3ZKQA 5P5DA 5P2HA 5P19A 4FAEA 3KFNA 4XKXA 2XFKA 4Y3WA 1PPME 4U7VA 2G1OA 5SY2A 2R5QA 3TOHA 1HOSA 3IXOA 2QCIA 5P78A 3UDHA 3LZUA 3O9DA 4KE0A 2XYEA 3LIZA 4K4PA 3EKTA 2WHHA 2JXRA 4OBZB 3QRSA 1BIMA 2JE4A 1KJ4A 5P09A 3CKPA 5P68A 5HDZA 5P3YA 4FM7A 2QHYA 4LHHA 5F00A 2G69A 2JJIA 5P4BA 2Q11A 3G6ZA 4Y5EA 2QNQA 4Y43A 1B6KA 5OZ2A 3EKPA 1MEUA 3OAGA 1HVKA 4B72A 3LITA 4XX4A 5P2MA 2IDWA 4HE9A 1RPIA 2P8HA 3QRVA 3PLDA 1DIFA 3R4BA 4Y5AA 5P0CA 5OYYA 1T7IA 1ZAPA 1G0VA 2QNNA 5OYUA 5P2QA 4NJVA 4Y48A 5AH8A 4YHQA 4I0JA 4Y3TA 3FX5A 3ZKXA 5HCOA 3VYFA 1HEGE 2V00A 3TOGA 4R8YA 1GNNA 5P4HA 4Y47A 5P3JA 3VG1A 3O9IA 5P5KA 1T6GA 2Q5KA 1EAGA 4D88A 2XFJA 2V13A 2VIEA 3UQUA 1HRNA 1NSOA 1ZBGA 4Y3GA 1FG8C 3RVIA 2QI6A 3HLOA 5CONA 1RQ9A 5P8JA 1K1TA 5P05A 3G70A 4RVIA 4H3JA 2I0DA 2WF0A 5P70A 3PLLA 3S54A 1TCXA 5T4SA 5P2TA 3F9QA 5P2UA 4DJYA 4Y4BA 1HVJA 2A4FA 2NMYA 3OXWA 2CEMA 3IN4A 5P2SA 2QI1A 3PVKA 5P0VA 5OZIA 2OHRA 3ZOVA 5P58A 4OC6A 5EZZA 4I8WA 2CEJA 5P64A 1C6ZA 1NH0A 2IL2A 3LIYA 1LYBB 5P4PA 5B18A 4JOOA 3SM1A 3FKTA 4FGXA 5ER2E 2P3BB 5P14A 2QZXA 3O99A 5P02A 3UQWA 4Y4JA 5SY3A 4OD9B 2SAMA 1D4JA 3SKFA 5P2ZA 5P5GA 4A4QA 1OD1A 4Y4XA 5P6PA 3NLSA 5P5QA 2WEDA 5P80A 4OBGA 1HPXA 4Y6MA 4FSEA 2J9JA 5DPZA 3ZKMA 3OU4B 1APVE 5P2KA 3APPA 5P3RA 2UPJA 5OZYA 1A8KA 5OZ5A 5J25A 1WBMA 1IVQA 5P00A 1TZSA 3VV6A 4CPRA 4DQCA 4JECA 1TQFA 2R3WA 1K1UA 2QNPA 3DCKA 3SO9A 4GZFA 4Y36A 8HVPA 4R5NA 5P0KA 3ER5E 5P17A 3MXDA 5FIVA 5P3TA 3HVGA 4TVHA 3SAAA 3IVHA 5P37A 2R43A 1D4KA 1META 3OOZA 2AODA 5KQYA 4ACUA 2QK5A 3IVIA 2ER0E 1T6EX 5P7HA 3OUCA 1DPJA 1MSNA 2QP8A 3SA9A 3IN3A 4Y3AA 2ZJIA 3L3AA 3NUOA 5P3PA 2WECA 1B5FB 5P8IA 1E81E 4KUPA 3A2OA 5P6BA 3BXSA 5P86A 1EPOE 5P88A 3DM6A 4Y5CA 5F01A 3D1ZA 5P2JA 7UPJA 5P59A 3U6AA 1VIJA 1FQ8A 5P0IA 3OUDA 5P7RA 3UFLA 2OHNA 1SH9A 2RMPA 3O9LB 5P8CA 5P24A 3SKGA 5P7QA 4HDBA 4YD4A 3D1YA 1QBSA 2FMBA 5OZNA 1LYWA 5OZJA 3TPRA 5C9BA 2BPXA 3RTMA 5P6ZA 5P26A 4I10A 1WKRA 1K2BA 4OBKA 6FIVA 1T3RA 3I7EA 3IA9A 5C9DA 1K6TA 2QD6A 2WF1A 4TRZA 2OAHA 2OHKA 5P33A 3EL9A 3KMYA 1HTRB 4NPUA 5P0AA 5P1FA 4CPTA 3PRSA 4MC9A 1HVCA 3OQKA 3DV1A 3EC0A 5P8DA 4B77A 2P3AA 1YM2A 2HS2A 4J0VA 2FXDA 5P4KA 2BPYA 2O40A 5OZ7A 3FNSA 1ODYA 2PH6A 4Y3JA 5P2VA 3T7XA 3GGUA 5P1OA 3UDMA 5P3OA 1PPLE 5P0WA 5P3NA 4ZPGA 5P53A 4RZ1A 2G94A 5OZOA 4AA8A 5OYZA 2UXZA 4J55A 5OZUA 5P2IA 3L5EA 3LHGA 4H3FA 2R9BA 1EBYA 5TOLA 2BPWA 3PMUA 3ST5A 1W6IA 4Y41A 2ANLA 5P2XA 5P65A 5P4RA 3ECGA 3PWWA 4DUSA 4LL3A 3OAGB 4YDGA 1AM5A 3WB5A 2QMDA 5P1LA 4Y3LA 1M4HA 5P52A 1FIVA 4HDFA 5P7CA 5P7UA 1YTJA 4Y4AA 1K2CA 4DV9A 4E43A 4YBIA 4DVFA 5P2FA 4R95A 3LPIA 5P6IA 4EP3A 1HSIA 2HIZA 2VNNA 3CIDA 4J17A 2VJ9A 4B0QA 3BGBA 4Y56A 4HA5A 5IVSA 4ZPEA 3RTHA 4FM6A 2AZBA 4PEPA 5P35A 5P0FA 1MERA 5OZ0A 5PEPA 1GNMA 1TSQA 3TKGA 1FEJC 4GJDA 4Q5MA 4GJ6A 3SQFA 3QS1A 2F80A 4RROA 2Q63A 4QJ6A 3VF7A 1A94A 3HDKA 5P18A 5OZ4A 3NDUA 2Q55A 5P4DA 3QVCA 1SBGA 1MSMA 5P3DA 4F75A 1SDUA 4B70A 5P1XA 1YTIA 2EWYA 1SDVA 1FG6C 1XDHA 4QJAA 2ZYEA 4OC6B 2V0ZC 5P8HA 3PCZA 5P1RA 3D20A 3SABA 3K5CA 1XE6A 5DR0A 5P1DA 1B6MA 1D4SA 5P2RA 4Y3FA 4DJWA 3RSXA 4S1GA 5P7XA 3H0BA 4NPTA 5P4LA 4MC1A 1BDRA 1CZIE 4RYGA 1XN2A 5OZ1A 5P6QA 5P4TA 3KFPA 4DH6A 5P56A 4HLAA 4Y5MA 5P5IA 1XN3A 1BWAA 3UQXA 4PZXA 5P3ZA 1QBUA 3KF0A 2PK5A 5P6HA 3ZKGA 3NU4A 5DR1A 3BUGA 4LC7A 3VV8A 2Q3KA 5OZRA 2OHLA 1ER8E 5P4WA 2I4XA 3Q3TA 1HXWA 2J9JB 2RENA 2NMZA 3SA5A 2AIDA 3UCBA 3NDXA 4J54A 5P39A 2WEZA 4LXKA 4OBFA 4I0DA 5P3KA 3GGXA 5P0DA 5P7SA 4RRSA 1MRXA 4CPQA 2ZE1A 3WB4A 4ZIPA 1ZP8A 5P8UA 1W50A 4Y3QA 3SFCA 4FRSA 1MVPA 4KB9A 1ENTE 5P0OA 3QIHA 5I3WA 3UDRA 2WF2A 5OZGA 4I11A 1BDLA 3KYRA 3JVWA 1BXQA 5P0ZA 2FIVA 2ZJNA 2V12C 1LZQA 4Y3SA 5P3FA 2QMFA 3NU6A 4FAFA 4J1CA 3WZ6A 3RU1A 3NXNA 4CP7A 4FS4A 4DJXA 4RLDA 3I25A 1RNEA 2VA6A 2WKZA 5P3WA 3IXJA 5P7LA 1UH9A 3PBDA 3PCWA 1UH7A 4EJLA 1GVXA 3SA3A 5APRE 3S8IA 5OZQA 2HB3A 1B11A 3UDKA 4Y3ZA 5P8FA 1EPQE 5P8OA 4OBHA 5P7MA 2AOFA 4Q1XA 3OOTA 3DUYA 3MSJA 4RVXA 4Y5BA 5P7YA 3CICA 3OUDB 2PK6A 5P0NA 5P81A 2F8GA 3OADA 5P0LA 3LIQA 5P5FA 5OZ8A 5P8RA 4DQFA 5P5UA 1HBVA 4FE6A 5P2LA 4FIVA 1QDMA 3SACA 5P4IA 5P4XA 5P42A 1LYWB 5OZMA 4HVPA 4R93A 5P7BA 5KOSA 5P6AA 4Y3DA 2AVQA 5P1HA 5OZ9A 5P25A 2VKMA 2PYNA 4Y5LA 5COPA 1ZSFA 5AH6A 3INHA 2V16C 3T6IA 1GVTA 1HIIA 5OZTA 5P69A 1K6CA 2OHQA 4MC6A 1EPPE 3HAUA 2G27A 5C9FA 1D4LA 3OTYA 5P3MA 5P0UA 3R0YA 5DR7A 4PZWA 5P5WA 1PFZA 5P23A 1HXBA 4FL8A 3L59A 4YD5A 1APWE 5P2DA 4QJ7A 5OZBA 5P1BA 1FQ4A 5P1UA 2VJ6A 5P6XA 1OHRA 4YDFA 5P3IA 2QZKA 3AUPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P27A

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