5P2DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 131
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2dA01
2MIPA 3TOFA 3OAGA 2RKFA 2ZJIA 4EJDA 5OYYA 5DR1A 5P1VA 5P1BA 2QK5A 2HPEA 2BBBA 3O9BA 1BBSA 4I0JA 1MSMA 2AOFA 2OHMA 3UQWA 4B0QA 3WB4A 1IZIA 3A2OA 3L5EA 4Y3GA 3CYWA 3ZPTA 3SACA 4CPQA 5P5ZA 4YDFA 3B80A 5P5WA 1GNOA 1YT9A 2P3DA 5P15A 4Y56A 2JXRA 3M9FA 4DJPA 1E80E 2AQUA 4Y3RA 1OEWA 4BFDA 5P54A 3UDRA 3TKWA 4DJYA 2PYNA 5P3GA 3G6ZA 4DQHA 1C70A 3FKTA 7HVPA 3SM2A 3VSXA 5HDXA 3QVCA 3OWNA 1N49A 1K1TA 5P33A 2EWYA 2OHRA 3T3CA 5OZHA 2B60A 3S7MA 3Q3TA 5P6QA 3PCWA 2PSUA 3KDBA 1KJ7A 4PPHA 1MRXA 5P39A 3QP0A 2I4DA 2G1NA 3S85A 3UQPA 3UHLA 1MERA 3EKQA 2UY0A 3B7VA 1HTRB 3KMXA 1W5YA 4KB9A 1MVPA 1FG8C 4DQEA 5P4HA 1G2KA 5I3XA 2NNPA 2Q54A 2XFIA 3BUHA 5P3XA 5P1PA 2IENA 3IXJA 3OXXA 4EYRA 5C9DA 3NXNA 1K2CA 1TCXA 5AH8A 4OBKA 1YM4A 1META 3NWXA 5IVQA 3BUFA 4DJVA 4ZIPA 5P73A 2HB2A 2QZLA 5P32A 4I12A 5HU0A 4I0EA 4RRNA 3UTLA 1SP5A 3LIXA 3K4VA 5P0WA 4Z4XA 1W50A 4I10A 4DQBA 1D4IA 2IRZA 5P0NA 3EKWA 3TOHA 4H3IA 5P3BA 1EC2A 2I4WA 5SY3A 3S2OA 2FDPA 5P7ZA 4Q1XA 5J25A 3KT5A 4B77A 4OBDA 1K2BA 3K4VC 1G6LA 4GJCA 5P1NA 4Y5MA 1EBZA 5P89A 5P2HA 2B7FA 3RVIA 4XX4A 2FLEA 5P1FA 2HS1A 2Q63A 4GIDA 3L5DA 3SA9A 5P29A 5P6GA 4OC6B 2QI6A 3QRMA 4NPTA 2FMBA 3I6OA 2WL0A 5KR0A 2Q55A 4CKUA 1HVLA 1T7KA 5P2KA 3ZKGA 2IKOA 2RENA 4HDPA 4IVTA 1BILA 4J1CA 4AUCA 1FFIC 3U6AA 3SKFA 2PH6A 2QD8A 1BWAA 2XFJA 5P2MA 1B6KA 1HTGA 4Y53A 1IZEA 3ZKXA 2WF2A 3L38A 3SA7A 5P4MA 4HLAA 5P1QA 3FV3A 3L3AA 1DAZC 5OYVA 5ER2E 1HVRA 2G1SA 3OGPA 1TW7A 2ZJHA 4CP7A 5P01A 3OXVA 2IEOA 3HDKA 1ZSFA 4EJLA 5OZ6A 3INEA 3LIVA 2QHYA 5P8RA 3TL9A 1BDRA 4LP9A 5P7QA 2JJJA 4Y57A 3Q4BA 1C6XA 4EXHA 2R8NA 2HIZA 1HVHA 3D20A 3VV8A 2VNNA 5P2JA 1T3RA 2ZJLA 4QJ9A 4J0VA 3APRE 2NXMA 5P7PA 5T4SA 1BIMA 3NSHA 4XKXA 2APRA 1HVJA 3OTYA 4GJ7A 4NJSA 2IGXA 2OHTA 2R43A 5P2LA 2NMYA 3SO9A 4B1CA 2ZE1A 2HPFA 4FL8A 4FCOA 5P6PA 5P4SA 5P70A 4LXMA 1U8GA 4Y35A 3EM4A 5P1GA 1W6IA 5PEPA 4PZXA 1B6LA 3INFA 4FM6A 5IS4A 4K8SA 3K5FA 1KJFA 5P16A 4EP2A 5E5KA 4Y48A 4GJ5A 5P3TA 4ZSMA 5I3VA 4NKKA 3PI5A 2A1EA 1HRNA 3LPIA 5DR0A 4I8WA 4OC6A 5P8AA 5P2YA 5OZPA 4ZPEA 1UH7A 2NPHA 4QGIA 5P4GA 2QMFA 3NDXA 1T7IA 5P8IA 5P87A 5P13A 1XDHA 5P1RA 4Z22A 5P44A 5P0CA 4DQFA 2QU2A 5BRYA 5OYQA 5P05A 1TSQA 1EC3A 4EWOA 3JVWA 3NDUA 3MXDA 5P1AA 1Z1RA 2VIYA 3OOZA 3VF7A 1K6CA 4Y58A 5I3YA 4Y3MA 3Q70A 3OGQA 5P5EA 5I3WA 1E82E 5KAOA 3DV5A 1B11A 2FDDA 3IA9A 4Y5GA 2WHHA 3OUAA 1JLDA 2G21A 4Y3PA 3OXWA 1TSUA 1WKRA 5P19A 5IVTA 4FIVA 5P7FA 2QNPA 1APUE 2I4UA 5P0MA 4WY6A 2IQGA 1FGCC 1ODYA 2G26A 4X7IA 5P8NA 1EC1A 5P77A 3DCRA 1D4YA 5HD0A 3VF3A 3DV1A 5P1KA 2R3TA 3PBZA 4GJAA 5P6TA 5OZVA 5P1CA 2AOEA 2BKSA 2RKGA 3OUDB 2CENA 4J0PA 5OZ5A 3OQAA 4Y3SA 3RTMA 3PLDA 5P4CA 3OHHA 5OZ2A 4J1IA 1BVEA 1T6GA 3VSWA 4GJ9A 5P7XA 3HVGA 3MSKA 2BQVA 1XE6A 3WZ8A 5F00A 5P14A 5C9BA 3PI0A 4TVGA 1K1UA 4M8XA 4Y5PA 5OZUA 4ER4E 5P5TA 4FS4A 1BV9A 5P0PA 5KQXA 5P4AA 4CPWA 2V10C 4I1CA 1AJVA 5COKA 3QBFA 4OBGA 1B6MA 5P41A 3TH9A 3INHA 3LIZA 4YOAA 5CLMA 4U7VA 3UQRA 5P2SA 4GMIA 4M8YA 5P24A 5OZ0A 1YX9A 4ER2E 1HTEA 4Y3YA 3S53A 2JJIA 2HB3A 5P3UA 4J1KA 3NU5A 3UCBA 5JODA 1QBRA 3R0WA 4D83A 2PWCA 3LIYA 3UDPA 3GGUA 2NTRA 1BXQA 5P0QA 3JW2A 4E43A 2PYMA 2IGYA 2ER7E 5P40A 4AA8A 5HDUA 4JOOA 3WSJA 5P0DA 4YD3A 5KR1A 5P53A 4Y45A 2WF1A 5P79A 1PFZA 1VIKA 2PH8A 3D3TA 5P6FA 2AODA 5P18A 5OZ8A 5KR2A 3ZKQA 5P26A 4RVXA 5E5JA 4DJWA 5KQYA 3PHVA 5P3CA 4I11A 5P8PA 4YDGA 2AIDA 3N3IA 2A4FA 2NR6A 4FAEA 5P17A 3DOXA 1ER8E 2O4LA 2VJ9A 1LF2A 3OUDA 5P0IA 1NSOA 4Y4ZA 3SLZA 3UDQA 5KQFA 3SKGA 5P0FA 1LYWB 3Q6YA 1IIQA 5P1WA 1SGUA 1ZP8A 1QBSA 3KDCA 5P8UA 1AIDA 5APRE 5P55A 4D88A 5P2FA 3VLBA 2HC0A 1HPVA 3F9QA 4UPJA 1C6YA 4B05A 4KE1A 5P5YA 3ER5E 4PZWA 5KOQA 5P28A 1FF0C 4K4QA 2V13A 1FMBA 4XX3A 5OZZA 5DR3A 5P3LA 3IN4A 3BVAA 5P2EA 7UPJA 5ISKA 4RROA 4FGXA 1ZAPA 5P4BA 1SDVA 2G27A 5P7TA 2VIZA 2WF3A 5P72A 1NH0A 1W51A 3IVIA 5COOA 3K5DA 3LZUA 4FRKA 5P5RA 3N4LA 3MSJA 5P7CA 2VA6A 2CEMA 3OQDA 4Q5MA 1IZHA 4H3GA 3DK1A 2P4JA 2QZWA 2PSGA 2Q11A 5P5KA 3QN8A 5P2GA 3BXRA 5P6HA 1ZBGA 3VYDA 3URJA 2AOCA 1HTFA 1YTHA 5P5NA 1FLHA 1GKTA 3O9GA 4YD6A 5AHBA 5P2VA 3S56A 3OK9A 4HDFA 2FXDA 1HEFE 5P0XA 2OAHA 4F73A 2O4NA 3OUBA 3S54A 4J5JA 5P8DA 5P0VA 3LPJA 1XE5A 5P4EA 3QS1A 3PSGA 4Y5NA 4FE6A 3PVKA 1LYWA 2BPYA 5DQ5A 5P2BA 5P6OA 3UDMA 5P4XA 2WEBA 2NMZA 2VNMA 4JECA 3TPRA 1EPME 3URLA 4AA9A 2P8HA 3VYEA 5P7MA 4DVFA 3OQKA 4YCTA 3O9IA 2ER9E 5OZDA 2VA7A 2QU3A 5HU1A 2B42A 5P6LA 5P8GA 3SFCA 3H5BA 1J71A 5P45A 5P2AA 1ZPKA 1D4JA 5P2TA 3QVIA 5P1XA 4L7HA 2AVMA 5F01A 3OQ7A 1IDBA 5SXNA 1MSNA 5P5IA 5P04A 1HPXA 5P06A 5P34A 5P8FA 5P07A 4Y54A 3NDWA 3PWRA 1APVE 1MT8A 3I8WA 1FQ7A 4RVJA 4Y37A 4YD7A 5P7BA 1ZTZA 3PWWA 2OF0A 4Y4DA 3UQUA 1FQ8A 2R9BA 2BB9A 1FEJC 2QNNA 3QBHA 5P4YA 5P7KA 1XL2A 3QI1A 3OU3A 1RV7A 4APEA 2OHNA 4D85A 2Z4OA 4Y4UA 5P6UA 3QRVA 5P1MA 4OD9B 1BAIA 5B18A 3FSMA 1FFFC 3S8IA 3SAAA 5OYTA 5OZYA 3SA5A 3VYFA 4ER1E 5P4IA 1T6EX 2PQZA 1AJXA 4Y43A 5KOSA 5P8SA 1W5VA 5P7AA 2ZDZA 3O9DA 1FKNA 2AVVA 4S1GA 3RTHA 4DJXA 2I0AA 3TKGA 3QROA 5IE1A 4Q1YA 3LITA 1A8GA 3ZKSA 5P0AA 2ZHSA 5P7LA 5ISJA 5P2QA 5HCOA 5OZIA 4J55A 1TCWA 5P6AA 2G69A 1MPPA 4GJ8A 2P3AA 5P4NA 1NPVA 1FB7A 4ZSQA 3WZ7A 1MUIA 4NJTA 5JG1A 1UH9A 3OU4B 5P23A 5P3PA 4Y4JA 1XN2A 4Y3AA 5P7IA 4I0GA 1YTIA 5P60A 5P6DA 3JVYA 5P2RA 4TRWA 1AAQA 5P5JA 5ENKA 3NU9A 1EAGA 4Y3EA 1Z1HA 1HIVA 4F74A 4DPFA 1MT9A 5P0JA 1MIQA 1HPOA 3GW5A 2FGUA 3EKVA 3CIBA 1W6HA 2G1OA 5OYSA 1PPLE 3TLHA 4MC2A 1AVFA 3NU4A 5HDVA 1AZ5A 1QBUA 1SBGA 2PWRA 4Y51A 3VLAA 1FG6C 1ENTE 1OEXA 3OUCA 1FQXA 4OD9A 2XYFA 2AZ9A 3ZKIA 3FNSA 2ZHUA 1BDQA 2B8VA 4R91A 3EXOA 5AH9A 4LL3A 4D8CA 3EL1A 4HEGA 5P0GA 5P10A 5P5FA 4ACXA 5OZSA 5P86A 1EPPE 5P8JA 2ER0E 1LZQA 2QAKA 1M4HA 1BVGA 3EL5A 4Y4GA 4DQGA 2NNKA 1UH8A 3DM6A 3BHEA 5P0HA 1F7AA 5P5XA 5P3FA 5P0EA 5CONA 2HS2A 4I0HA 2VS2A 1APTE 5OZOA 5EZZA 3D1XA 1IZDA 1KJ4A 4GYEA 5P4UA 4YD5A 4JPEA 1HVKA 4ZSRA 4PHVA 1W5XA 5P35A 3OU4A 3ZPUA 4FRIA 3MXEA 3EL4A 2AOHA 2V0ZC 5P1UA 1GNMA 2WF0A 5P0KA 2JE4A 3T7XA 3OOTA 4HA5A 2IS0A 5DR4A 5P2IA 5P81A 5P6JA 4CPXA 3H0BA 1M43A 1RQ9A 4FAFA 5P5MA 2QI0A 5OZFA 1GVVA 3K5GA 3VG1A 4RLDA 2ZJJA 3UFNA 5P52A 5P63A 5P31A 5P8KA 5P2XA 4GJDA 4Y5LA 4J54A 4RRSA 3SPKA 5P09A 3G70A 2ER6E 1HIHA 1BDLA 2QMPA 2G22A 3ST5A 5P3KA 2QNQA 4OBFA 3KDDA 5OZKA 3UDHA 3UDKA 3I7EA 2WKZA 2O4PA 5P3WA 1EBWA 1PSAA 4GJBA 4EJKA 1DIFA 2O40A 2R5QA 3PMYA 4Y4WA 2VKMA 2FXEA 1DPJA 3O9EA 2PSVA 3PJ6A 4YA8A 5P1LA 1XS7D 4A6BA 4Y6MA 3BGBA 1B5FB 1RPIA 4YOBA 5P64A 1EEDP 3ZOVA 2PMAA 3DJKA 4YCYA 5SZ9A 2QD7A 2F80A 3HBOA 5P6MA 2FNTA 3BRAA 5P7VA 3URIA 4RCEA 3TPJA 2G94A 1CPIA 2WF4A 3OHFA 5P00A 2QI1A 5P8TA 5P4DA 1FMUA 5P38A 3OU1B 3DCKA 4Y5CA 4YBIA 3LPKA 4DUSA 4K4RA 5P3JA 4EQ0A 4JP9A 3K5CA 4B72A 4QJ6A 2OHSA 2AOJA 5BS4A 5JFUA 2B8LA 5P0BA 1GVXA 5P6VA 3KFSA 4WTUA 5P3HA 2BPZA 3O9FA 4Y4TA 3SA4A 5ER1E 1GVTA 3SA8A 3CICA 3L58A 3SM1A 2UXZA 2Q3KA 5P46A 1PSNA 4MC1A 4Y41A 3CKRA 6UPJA 3QRSA 3KYRA 5P2CA 1EPOE 2WEAA 5P85A 8HVPA 4GB2A 5P66A 5P0TA 1PPKE 1BXOA 4I0IA 4J17A 3O9AA 5AHAA 5OZGA 3PCZA 3EM3A 5IVSA 3UPJA 1B6JA 5P88A 3WZ6A 2AZ8A 4NPUA 1G0VA 5P7UA 5JFPA 2OHQA 5HTZA 1A30A 4TRZA 3KT2A 4PYVA 5P7OA 2VJ7A 4OBJA 1B5FA 2AZCA 3NXEA 5P5DA 3TOGA 4Z2ZA 2FGVA 2Q5KA 2BPVA 4Y3WA 3GI6A 1K6VA 5OZCA 4JPCA 5DGWA 1RL8A 4Q1WA 5OYUA 5P6EA 2SAMA 3HW1A 3RSVA 3TPLA 4Y44A 3T7PA 1SGZA 1D4SA 5OZ9A 5P6BA 3NU6A 3BUGA 3UFLA 2QI3A 1E5OE 3BGCA 2WJOA 5P2OA 4YE3A 5KR8A 1EPRE 3OU1A 3LZSA 4FSLA 4U8WA 5DQ1A 1SMRA 1QDMA 5P3QA 3T7QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2MIP A;  3TOF A;  3OAG A;  2RKF A;  2ZJI A;  4EJD A;  5OYY A;  5DR1 A;  5P1V A;  5P1B A;  2QK5 A;  2HPE A;  2BBB A;  3O9B A;  1BBS A;  4I0J A;  1MSM A;  2AOF A;  2OHM A;  3UQW A;  4B0Q A;  3WB4 A;  1IZI A;  3A2O A;  3L5E A;  4Y3G A;  3CYW A;  3ZPT A;  3SAC A;  4CPQ A;  5P5Z A;  4YDF A;  3B80 A;  5P5W A;  1GNO A;  1YT9 A;  2P3D A;  5P15 A;  4Y56 A;  2JXR A;  3M9F A;  4DJP A;  1E80 E;  2AQU A;  4Y3R A;  1OEW A;  4BFD A;  5P54 A;  3UDR A;  3TKW A;  4DJY A;  2PYN A;  5P3G A;  3G6Z A;  4DQH A;  1C70 A;  3FKT A;  7HVP A;  3SM2 A;  3VSX A;  5HDX A;  3QVC A;  3OWN A;  1N49 A;  1K1T A;  5P33 A;  2EWY A;  2OHR A;  3T3C A;  5OZH A;  2B60 A;  3S7M A;  3Q3T A;  5P6Q A;  3PCW A;  2PSU A;  3KDB A;  1KJ7 A;  4PPH A;  1MRX A;  5P39 A;  3QP0 A;  2I4D A;  2G1N A;  3S85 A;  3UQP A;  3UHL A;  1MER A;  3EKQ A;  2UY0 A;  3B7V A;  1HTR B;  3KMX A;  1W5Y A;  4KB9 A;  1MVP A;  1FG8 C;  4DQE A;  5P4H A;  1G2K A;  5I3X A;  2NNP A;  2Q54 A;  2XFI A;  3BUH A;  5P3X A;  5P1P A;  2IEN A;  3IXJ A;  3OXX A;  4EYR A;  5C9D A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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