5P2DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 131
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2dA01
5BS4A 3EMYA 3PVKA 1HTRB 5HU1A 5P70A 4Y51A 3O9CA 3MSLA 4Q1XA 1NH0A 5DPZA 4Y5NA 4Y4XA 3T7PA 4GJ9A 2Q63A 2BPZA 4B77A 1T6EX 1NPVA 1YTIA 1D4YA 3FSMA 1SDTA 1BVEA 5OZ3A 1NPAA 1FQ8A 5P3FA 4YD6A 4QJ9A 2ZJKA 5P50A 5P6IA 4JPEA 5P12A 1EC0A 1MERA 3KT2A 4OBKA 4FIVA 3SABA 5HD0A 3VF5A 5P4EA 3INFA 5P6JA 2XFJA 5JODA 2R38A 4LAPA 2QI5A 5P23A 2PC0A 1BBSA 3OADA 4GJ5A 5P38A 4I0IA 3NU3A 1WBKA 1F34A 5P3JA 5OZ0A 5P07A 1YM4A 1EBZA 1K2CA 3EKWA 4F74A 3RU1A 3VV6A 1BXQA 3PCZA 4Y44A 4LC7A 1EC3A 5P7RA 2P3BA 4OBJA 3OUDB 3SM1A 1HXWA 5P8CA 3OU3A 2ER9E 2AQUA 1MESA 2B7FA 3T3CA 5OZQA 3F9QA 4M8XA 1A8KA 2Q64A 5DQ4A 5COPA 4NJTA 4DQBA 1AXAA 3KF0A 1YTGA 2J9JB 3QPJA 4Y4TA 1ZAPA 4YDFA 2Q15A 5P2IA 5P0LA 4FLGA 5P3OA 1DPJA 5P80A 5P3SA 2VNMA 3TOFA 5OYUA 5P2SA 5P5VA 1OHRA 5OZOA 3OOTA 5P6LA 4E43A 2B42A 5P4CA 5P1AA 5P0IA 1BAIA 4EHCA 3HDKA 5P5OA 1YTJA 5P3YA 5P7PA 1Q9PA 3L3AA 3VYFA 1XS7D 5P7JA 5I3VA 5P06A 5P1KA 5P0GA 4YDGA 2CEJA 3NR6A 3UQXA 1FQ7A 2PSGA 2ZJIA 3B80A 4CPUA 3CIDA 5P0BA 2OHNA 3PSUA 5ISJA 3INEA 4Y3YA 4D83A 5P84A 2NXLA 4K4RA 3TPLA 5P39A 3ZLQA 3BGCA 3OU4B 5OZDA 4BEKA 3LITA 3WZ6A 2QZKA 4DJOA 1VIKA 4R95A 5P0UA 4YD5A 2RKFA 1NPWA 4AA8A 3I2LA 3UCBA 3K1WA 5P0JA 2OHPA 4CMSA 2VA5A 3PRSA 1LV1A 5P8UA 3R2FA 4DI2A 1SIPA 2VIJA 4I8WA 4FRKA 1D4IA 2WEBA 4D85A 5P8QA 5HE5A 5P7NA 1QDMA 1TZSA 9HVPA 5OZ5A 4YOBA 2CENA 5P2TA 5P25A 4JP9A 1IZHA 1QS8A 4GIDA 4RVXA 1CZIE 5P4UA 3KN0A 1HTEA 5IS4A 5P0PA 2BKTA 5P78A 3S43A 5I3XA 5P7QA 2QMPA 5P5QA 4Q5MA 1CMSA 4LP9A 4GJ8A 4OC6A 3T7XA 5P67A 5P1YA 4Y3ZA 1QBUA 1SGZA 3QVIA 2RMPA 5BRYA 4ZSPA 3APRE 3S8IA 1EBWA 4LL3A 2ER7E 4Y3FA 5OZFA 2WF4A 3EM6A 3EXOA 3LIXA 3EKYA 4I10A 5P2CA 3VV7A 2QI6A 5E5JA 3L5FA 1EC2A 4Y4EA 1FMXA 1SP5A 4J1IA 5P2UA 2BPVA 3LZSA 5P33A 1A8GA 3IXOA 1XE5A 4PHVA 5P2NA 3EKPA 1YX9A 3EL5A 5P3NA 2IGXA 2VIEA 4B05A 5P41A 5DR7A 3PHVA 1BIMA 5P0YA 2P3DA 3DCRA 4L1AA 5HE7A 1HVHA 1HBVA 2FDEA 3OQ7A 5OZPA 1ZSFA 3IA9A 4FM7A 5KOQA 5P5AA 5P89A 5P7VA 1G0VA 5OZ8A 5KQYA 3QBHA 5OZAA 4Y3SA 1FG6C 3QROA 4FL8A 5HDUA 4DJRA 3ER5E 1T6GA 3SFCA 4GMIA 5JG1A 2UY0A 2R9BA 3FNSA 4Y4UA 3S2OA 1FEJC 5P6OA 2ZHTA 4UPJA 5P3PA 3VFBA 3D20A 5P4HA 2AVMA 5OYZA 3PB5A 4HDPA 4GJAA 4YBFA 3K4VC 4Y3AA 1Z8CA 2WEDA 3SPKA 3NDXA 5P3XA 4FGXA 2QMFA 3NU5A 2WJOA 4HDFA 5P2DA 4FRIA 2QI0A 3NU9A 4Y3RA 5P6SA 3Q3TA 2OHKA 4MC9A 1ZJ7A 3FV3A 4J17A 3UFNA 1BV9A 1HVRA 3IN3A 2F8GA 3WSJA 1AJVA 3NDTA 5P4OA 5P5RA 2Q54A 4I12A 1M43A 2JJJA 3CIBA 4ZIPA 4QJAA 1EEDP 4YHQA 5DQ5A 2IKUA 7HVPA 1YM2A 3K5FA 1B6JA 3SA4A 5P64A 1SDUA 4NJUA 4U7QA 2AOIA 3LPJA 6APRE 5OYYA 5P47A 2FGVA 2G1NA 5P8MA 3Q6YA 5OYRA 3O9HA 4KUPA 3EM3A 4DUSA 5OZ1A 4ZSMA 1C6YA 2BPYA 1HIIA 2AZ9A 3OQKA 5P6RA 4Y4GA 3L5DA 1QBTA 4TRWA 1B6LA 4ZEAA 3GGAA 5P5GA 5APRE 1LYAB 1E81E 1DIFA 4Y3GA 5P14A 3SA8A 3EKVA 5OYTA 3SA7A 4HLAA 4Y3PA 4J54A 1A9MA 5P44A 3TPPA 3PLDA 4HA5A 5P5WA 3JW2A 1VIJA 2ZDZA 4TRZA 4ZSRA 5P02A 1LYBA 4DQGA 4H1EA 5P5IA 1RNEA 5P1TA 4I0HA 5P7GA 5P05A 4BELA 5P4PA 3UQPA 4Y37A 5JFPA 1KJ7A 3O9LA 3QVCA 1EPRE 2V13A 2HB2A 3PCWA 2HPFA 4WY6A 2WF2A 5P7WA 5OZWA 3VUCA 3ZKGA 3OGQA 4Y5AA 4CPRA 3PSGA 5P69A 2BKSA 3HVPA 5OZSA 5P0WA 4Q1WA 1BVGA 3OK9A 4Y45A 2ZJLA 3PJ6A 3NLSA 2H6SA 4CKUA 1TQFA 4Y4WA 5P0CA 3ZOVA 2WEZA 5P4VA 1BILA 4R8YA 5P4DA 4Y4AA 4J55A 3CMSA 4GJ7A 5P7AA 3VYEA 1BXOA 2PSVA 4R91A 5P4NA 2NNKA 3SA6A 1MPPA 4Y54A 5SY2A 1CPIA 2NXDA 5P10A 3KT5A 5P1CA 4DQHA 4EWOA 4OBZB 4DJWA 4Z22A 3CKPA 4Y56A 5JFUA 3HW1A 5P82A 1IDAA 5P86A 2G20A 5P6KA 1GKTA 3UDQA 2BB9A 5P5HA 4EJ8A 3OQFA 3UQRA 4ER1E 2JYSA 3G72A 3OHFA 3L5EA 3OUCA 1ME6A 5P4RA 1FF0C 3PMUA 1FGCC 4Y39A 5OZGA 3Q5HA 4L7HA 3DUYA 3LIVA 1IZEA 5B18A 4R92A 4LXAA 3UDNA 3UDJA 3PWRA 3WB4A 5P0FA 3SA5A 5P3ZA 3PEPA 2A4FA 4DQEA 2ZJJA 2EWYA 3OU1A 5P43A 5P36A 5P0VA 5P8BA 1QBRA 5FIVA 3ZMGA 5OZXA 4Y3HA 5P2LA 5P66A 5P57A 3EM4A 5P68A 5P6DA 5P29A 2ZHVA 5OZ2A 1EPME 1SMEA 5P76A 2WEAA 3T6IA 2G26A 2ZHUA 3OAGB 4Y35A 5HE4A 2I0DA 2PK5A 4Y36A 1BDRA 5P09A 2QZXA 2F3FA 5P42A 5E5KA 1HVJA 5P6CA 4ZPFA 2PK6A 2PWRA 5P2RA 3QN8A 3GI5A 2RENA 5HDVA 5BWYA 1N49A 3UDPA 4QLHA 4RRNA 8HVPA 2OHMA 4Y50A 5P0NA 5OZ9A 5P65A 1W51A 5P1LA 5P46A 2FIVA 2VJ6A 5P63A 3OUDA 3NYGA 5P18A 1XDHA 2AOEA 5P0RA 3TPRA 3KFSA 4PYVA 3OHHA 5P6QA 2G94A 4H3GA 1OD1A 1MT8A 5OZNA 4F75A 3EL1A 4EJKA 1ZP8A 4BFDA 3LZYA 5OZKA 2J9JA 4NKKA 5P58A 6UPJA 3SLZA 3I6OA 4JECA 2AVVA 1SDVA 1META 2PH6A 5OZYA 3HAUA 1B5FB 3S85A 2G22A 2FNTA 1RQ9A 3PBDA 4XXSA 2BJUA 2HAHA 2ER0E 2ZHRA 4Y3LA 1PPME 5P60A 5P5XA 3KDDA 5P6BA 3R1GB 2NMYA 5P6GA 5P16A 1HVSA 1KJHA 2IDWA 1T7IA 5AHAA 5P17A 5ISKA 1AM5A 5HDXA 4Y5EA 4RROA 3UTLA 2BQVA 1B6PA 1LYWB 2VIYA 5P04A 4N00A 5EZXA 2VA6A 2JJIA 3OTYA 5P1UA 5P88A 2AVSA 2OHLA 4CPWA 3TOGA 4CP7A 1SBGA 3DV1A 2NMZA 2IKOA 2UXZA 4HVPA 2G1OA 1GVWA 2HS1A 3NWQA 4RCFA 1APTE 1AZ5A 3U71A 3NXEA 1BWAA 4HE9A 4R5NA 3OADB 4YA8A 3UFLA 1K1TA 1ODWA 2HB3A 3O9IA 4J5JA 4Y5MA 1HVLA 3ER3E 4Y47A 3UHLA 5DR4A 3D1YA 2QD6A 5F00A 3OOZA 4RVIA 5P1EA 2FDPA 4AUCA 3K4VA 5P71A 3S54A 3INDA 1HOSA 1J71A 3FNTA 4Z2ZA 5ER1E 2AIDA 2P3BB 4RGHA 1GNNA 4RLDA 4Y4ZA 5P03A 1C6ZA 4Y6MA 5P8SA 1EPPE 3LHGA 4EQ0A 4MC2A 1HEFE 3KDCA 5P35A 1IVQA 2QAKA 2XFIA 4A4QA 4Y57A 4X2LA 1D4KA 5P83A 3FKTA 1W5XA 1BV7A 3CKTA 5P85A 3FIVA 5P7YA 4Y3DA 1PSOE 2V10C 5OZLA 4I0DA 5I3WA 2I4UA 4QJ7A 1OEWA 2V16C 5P7MA 4A6BA 3URJA 4HEGA 5P6AA 2B8LA 3GI4A 1MSNA 5P2VA 3N4LA 2PH8A 3PMYA 2P3CA 5P2YA 5OZ4A 4APRE 1D4SA 4OD9B 2H6TA 3VV8A 3TH9A 1E80E 3D1XA 5KQXA 4FRSA 5AHCA 2JXRA 3FX5A 2QZWA 5P2AA 2QI1A 5P1OA 4YD7A 5P32A 5ENMA 2ZGAA 2ZHSA 5AH9A 4Y38A 3EKQA 5OZZA 4EP3A 3MSJA 2R8NA 4ZPGA 4Y3NA 2FNSA 2QHCA 2AOGA 3JVWA 3NXNA 1MVPA 2R3WA 1ODXA 4GZFA 5P3WA 4RZ1A 1GNMA 5P5MA 2ANLA 5P0QA 3WZ7A 1APUE 3DV5A 4I1CA 5P6PA 1UPJA 3ST5A 5P3TA 1SIVA 4J0VA 5P5PA 4YD3A 3VF7A 5P24A 1FFIC 3AIDA 2XYEA 3MWSA 5ENKA 5P4BA 5P4FA 4XX3A 4YCKA 3MSKA 5SXNA 5KQZA 4YD4A 2AOCA 1ZBGA 5P5UA 3PLLA 5P0HA 1D4HA 2NR6A 4OBGA 4ZLSA 5P0TA 5P48A 5P2WA 4FCOA 5P7TA 2HS2A 5OYWA 2AZBA 4U8WA 3S43B 3HAWA 3ZL7A 5PEPA 4J1EA 3SA3A 1BWBA 1IZDA 5UPJA 3NUJA 5P7FA 4OC6B 2SAMA 5P7SA 3UQUA 5OZJA 4APEA 1G35A 5P1GA 1W5WA 3S7LA 4Q1YA 5P01A 3Q4BA 5P1DA 5P4SA 3OXXA 5P1RA 1EBYA 4Y3EA 5OZUA 4R93A 3LIZA 1W6IA 4RCEA 4I0ZA 5P4QA 3RVIA 5P3EA 3QIHA 2WF0A 3GGVA 5IVQA 1XL5A 3L59A 4Y5CA 5P1FA 1IVPA 5P0DA 2ASIA 2VIZA 2FDDA 5P6FA 5P3DA 5P1BA 3QBFA 1GVXA 3K5GA 5P3IA 5P28A 3EKTA 4D89A 2BPXA 1YG9A 5P8NA 4WY1A 4J1HA 5P6TA 1ZTZA 4DJXA 5P0SA 1B11A 4FAEA 3GI0A 3L38A 5P5DA 2RKGA 4ACXA 1FIVA 4Y3WA 5DGUA 3D3TA 3QP0A 5HCOA 2QI3A 1XL2A 3BGBA 1UH9A 5P6EA 3VSXA 4XX4A 4Z50A 5OZHA 3KYRA 4ER4E 5P3CA 5P49A 4B78A 1EPLE 1K2BA 4L7JA 5P5CA 5P19A 3G6ZA 1HHPA 2QZLA 2ZYEA 3MXEA 2WL0A 1PPLE 1RV7A 4GJ6A 3NWXA 3NDUA 4ZE6A 3K5DA 4A6CA 2XYFA 3PGIA 5P37A 3L58A 4Y3TA 3DM6A 4TVHA 2PYMA 2F3EA 4YOAA 3OXVA 3BC4A 4AA9A 4FSEA 5COOA 5AH8A 2WF3A 3U6AA 5OYSA 5P8LA 3ZKQA 5DR1A 3PI0A 4PZXA 5OZ7A 3C9XA 3SA9A 5P61A 3S45A 4K8SA 5P4TA 5HDZA 1MSMA 3RTNA 2O4LA 3QRMA 5P8KA 5P53A 3OQDA 5P6HA 3IAWA 3OUBA 4DQCA 4B1CA 4DFGA 2HM1A 2Q5KA 3SO9A 2O40A 5P20A 2Q3KA 3KMXA 1IZIA 2NPHA 3UDYA 4OBZA 4NJSA 5P4JA 4DJQA 4NPUA 1FFFC 4I0EA 5P3GA 4DQFA 4RRSA 4K9HA 5P1WA 3MXDA 1MEUA 2QU2A 1GVTA 5OZ6A 5P0KA 5P5BA 4CPQA 4J1CA 4Y4DA 5T4SA 1HPXA 3IN4A 4CPXA 5P62A 4Y48A 4D8CA 3R4BA 4I0FA 4EXGA 1K6PA 1K6TA 5P4GA 5P7ZA 3DOXA 3SAAA 2BBBA 2MIPA 2J9KA 3LPIA 1TSUA 2QCIA 3HLOA 1TSQA 5AGZA 1E5OE 1ZSRA 2IL2A 1G2KA 3LIQA 5P5ZA 5P8PA 3L5BA 3NUOA 4J0YA 4LHHA 5P11A 4QJ2A 1HXBA 3TTPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5BS4 A;  3EMY A;  3PVK A;  1HTR B;  5HU1 A;  5P70 A;  4Y51 A;  3O9C A;  3MSL A;  4Q1X A;  1NH0 A;  5DPZ A;  4Y5N A;  4Y4X A;  3T7P A;  4GJ9 A;  2Q63 A;  2BPZ A;  4B77 A;  1T6E X;  1NPV A;  1YTI A;  1D4Y A;  3FSM A;  1SDT A;  1BVE A;  5OZ3 A;  1NPA A;  1FQ8 A;  5P3F A;  4YD6 A;  4QJ9 A;  2ZJK A;  5P50 A;  5P6I A;  4JPE A;  5P12 A;  1EC0 A;  1MER A;  3KT2 A;  4OBK A;  4FIV A;  3SAB A;  5HD0 A;  3VF5 A;  5P4E A;  3INF A;  5P6J A;  2XFJ A;  5JOD A;  2R38 A;  4LAP A;  2QI5 A;  5P23 A;  2PC0 A;  1BBS A;  3OAD A;  4GJ5 A;  5P38 A;  4I0I A;  3NU3 A;  1WBK A;  1F34 A;  5P3J A;  5OZ0 A;  5P07 A;  1YM4 A;  1EBZ A;  1K2C A;  3EKW A;  4F74 A;  3RU1 A;  3VV6 A;  1BXQ A;  3PCZ A;  4Y44 A;  4LC7 A;  1EC3 A;  5P7R A;  2P3B A;  4OBJ A;  3OUD B;  3SM1 A;  1HXW A;  5P8C A;  3OU3 A;  2ER9 E;  2AQU A;  1MES A;  2B7F A;  3T3C A;  5OZQ A;  3F9Q A;  4M8X A;  1A8K A;  2Q64 A;  5DQ4 A;  5COP A;  4NJT A;  4DQB A;  1AXA A;  3KF0 A;  1YTG A;  2J9J B;  3QPJ A;  4Y4T A;  1ZAP A;  4YDF A;  2Q15 A;  5P2I A;  5P0L A;  4FLG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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