5P2GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 134
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2gA01
5P4QA 2R9BA 1FMXA 5P1SA 4FAFA 4FGXA 3OWNA 5P1CA 3K1WA 5P0NA 4JOOA 4FS4A 1MUIA 3H5BA 5P6ZA 5P3XA 1C6YA 1MT8A 5OZSA 4B1DA 3EKQA 3QPJA 3URIA 5P2TA 1LF2A 3UPJA 3IXJA 1HIVA 3BUHA 1Z1RA 5OYTA 2PYMA 5OZVA 5P64A 3VUCA 5P0DA 5P0UA 5P4VA 4FRKA 1BVEA 3I25A 2AOEA 4UPJA 1AIDA 1J71A 2ER0E 4Y3SA 1QBSA 5P1MA 3OGQA 5P0KA 5P0GA 2QI5A 5P3AA 5OZMA 3DCRA 5P2KA 4Y3YA 5OZPA 4OBJA 3FX5A 7UPJA 2FDEA 3KMXA 5P3HA 2PYNA 3FV3A 3K5DA 3NYGA 4NKKA 4RCEA 5P7IA 3O9GA 2ER9E 5OZCA 2PK6A 1GKTA 3I8WA 5OZZA 2AIDA 1NPVA 5P78A 2CENA 3OHFA 5P30A 5DQ1A 3APPA 5P8MA 4LC7A 4HVPA 1EC1A 5P3UA 3NR6A 3PBDA 3KDCA 5ER1E 4I1CA 5P4FA 3UDKA 5OZOA 4Y4TA 2Q55A 5P2LA 4I11A 4Y4XA 4Z4XA 5DQ5A 1BIMA 4CKUA 5P76A 2VIYA 4Y45A 1RL8A 4GJBA 4Y3JA 4RYCA 5P0AA 2OAHA 3L38A 5P5CA 5F00A 3TLHA 5UPJA 3BUGA 3NDWA 4K8SA 5P3MA 2Q5KA 4RRSA 4EXHA 3NDUA 4DPFA 4CPSA 5SXNA 4Y54A 2ER7E 4X7IA 3T7XA 4HDPA 3CKRA 5P17A 2QD8A 5P8RA 5P5AA 3OADB 5P6IA 2QMFA 3GI4A 3OXXA 1A94A 5P3IA 3OXWA 2R3WA 1SBGA 5P18A 5P1UA 3QVIA 3S85A 3R1GB 5DR1A 3I7EA 3URJA 5P6LA 3EMYA 1PSOE 5P73A 4ZPFA 3UHLA 2ZGAA 3DV5A 4I0ZA 4YD5A 3WZ8A 1ZSRA 4L6BA 3S8IA 5P7FA 5P2GA 3R4BA 2V00A 4RGHA 4GYEA 3VFAA 3SA9A 1T6EX 2O4PA 3GGXA 3LIZA 4F73A 5P4PA 1UH8A 1W5VA 2ER6E 5P2DA 5FIVA 5P0JA 1SGUA 1YTIA 2NXLA 5P8HA 5P16A 5F01A 3T3CA 2QD6A 4L1AA 4DH6A 5I3WA 4OBZA 2WF0A 4YBIA 1K6TA 3Q70A 4J17A 3RSXA 3GW5A 2RKFA 4CPUA 3PMUA 1JLDA 2F3KA 3O9BA 1NSOA 5KQXA 1GNOA 1M43A 5P4ZA 1RQ9A 5P7CA 1ZBGA 5P8OA 3LZVA 1CPIA 3O9EA 5P3ZA 1W5XA 4MC9A 3EC0A 1K2CA 3UDQA 4XXSA 2PWRA 3PMYA 2WF2A 1ODXA 5P5HA 4DQBA 4Y3XA 3OQ7A 5P68A 2G24A 4FRSA 5OYRA 4GJDA 4LHHA 5P1KA 1HEGE 3IA9A 1XN3A 3U7SA 4ZLSA 1BAIA 5DR0A 2WF3A 2P3BA 5P43A 5P4BA 2AVQA 4ER1E 4YCYA 3PJ6A 3VYDA 4B78A 3CICA 5P85A 1G6LA 1FFIC 3VCMA 2XYEA 5DGUA 4EJ8A 2IGXA 3K4VC 3FNUA 5P62A 3S2OA 5AHCA 6FIVA 2BPYA 5P11A 2QZXA 5I3XA 1E80E 1XL2A 1EPNE 4FE6A 4F75A 1SGZA 1D4IA 2QMDA 2V16C 4HDBA 5P0BA 4R92A 5SY3A 1D4SA 2BPWA 5KR8A 1BILA 3BHEA 1TZSA 2QZLA 2ZHTA 4D83A 5P1WA 3ZKSA 2QI4A 4LXKA 1D4JA 5HTZA 3ZKNA 4D88A 1VIJA 2O40A 1AVFA 5HVPA 3OK9A 2H6TA 3BVAA 3PVKA 4FCOA 5OZLA 5P14A 5P6MA 1ZLFA 5P4HA 2VA6A 1PPLE 3N3IA 5OYQA 4H3IA 3IN3A 4LXMA 1AM5A 2B60A 5OZWA 5P3EA 5P13A 3HVPA 3QRSA 3UCBA 2ZJKA 4RVXA 4DJXA 2ZHUA 1APUE 1D4YA 1MERA 2I4UA 2I4WA 1NPAA 2QZWA 4Y5GA 2ZHSA 4Y3ZA 2I4QA 4GJ6A 4WTUA 1ZTZA 5P8FA 4J1IA 5OYWA 5P26A 1QBUA 2ZHVA 3PWWA 4PZWA 5P44A 4I0IA 3VV6A 2WF4A 2G1NA 5P5SA 5P3KA 5T4SA 2FDPA 3KMYA 3OU4B 5P4AA 4CPWA 3AUPA 1UH9A 4Y57A 5P4OA 2O4NA 1LF3A 1M4HA 1G0VA 5P8UA 5P8VA 3S43B 3TKWA 4ER2E 4DQEA 2O4SA 1PSNA 4KUPA 5P6NA 1BVGA 1B6JA 3O99A 2WKZA 3TNEA 1SDVA 2XFIA 1YTHA 4AZYA 4DJWA 5P2EA 5P0MA 4K4QA 4EJLA 4YD4A 3OADA 5JFPA 5P5ZA 1T7JA 2HS2A 5P3RA 3BXRA 1MTRA 5ENKA 1HSIA 4DJPA 3SLZA 1SMRA 3WSJA 2I0AA 4GJ5A 1EEDP 5P02A 3EL1A 1B5FB 5OZUA 1N49A 3ZKIA 5P25A 5P0YA 4BELA 3RTHA 4YCTA 5P38A 3VLBA 2CEJA 1FF0C 4L7GA 1MT7A 5P5EA 3JW2A 4DI2A 2R5QA 4B05A 3BXSA 4Y3WA 2HC0A 4Y3LA 2BJUA 4GJCA 4LAPA 5P7ZA 5IE1A 1YX9A 2QP8A 3ECGA 4DUSA 4IVSA 4JPEA 5P0CA 2UXZA 1LYBA 3ZLQA 5P8TA 5KOQA 4AA8A 3L3AA 5P4EA 4K4PA 3Q3TA 5P60A 3M9FA 1YTGA 4I12A 4QGIA 1HVJA 1T7IA 2HIZA 5P0TA 5OZHA 5P23A 3NXNA 3SAAA 5P5WA 3IVHA 4B00A 5P6FA 3BVBA 4Y5AA 5JG1A 2G21A 4GMIA 4RCDA 3NU5A 5P4XA 2G69A 5CONA 5P8BA 3NXEA 5P70A 3D1YA 1FQ8A 4LL3A 5P19A 3IN4A 2SAMA 3ZL7A 3OGPA 1AZ5A 3KN0A 1G35A 3NDXA 4JP9A 3G72A 4EHCA 4OD9B 1HVLA 2AVMA 4N00A 4L7JA 5P4TA 4CPQA 5ENMA 3KFRA 3KF0A 3MXEA 3DOXA 4NPTA 1FGCC 5OZNA 5IS4A 1EPOE 2PSGA 2NMYA 5P4YA 4R95A 1K6CA 4RVIA 5APRE 1OEXA 5P1PA 5BWYA 5P20A 4B0QA 4Y5PA 2AVVA 5OYVA 3LPJA 4OBGA 5OZ0A 3DCKA 2V12C 2R8NA 1QRPE 4CP7A 5P5YA 1MSNA 4YD6A 9HVPA 4GJ9A 4F76A 3SO9A 4ZEAA 2BQVA 1C70A 3K5CA 3IXKA 1EPQE 2PSUA 4Y5EA 5P00A 3OUDB 5P7GA 4QJ7A 1F34A 3LPKA 5P4KA 4I0HA 5P46A 1E5OE 1FLHA 3UQPA 2ZJLA 3CYWA 2XFJA 5P3WA 5P1TA 1DP5A 5P2MA 4RVJA 2A1EA 5P4GA 3EM6A 2VKMA 1FKNA 3HVGA 4Y3EA 1DMPA 4Y9WA 5P5BA 4ACXA 1PSAA 4PHVA 3QBHA 4GJAA 2I4VA 3SQFA 1MIQA 2B8VA 1FG8C 1HXWA 3OXCA 5P74A 1B6MA 1HTRB 3GI0A 3NUJA 1MT9A 4XX4A 4PPHA 3D1ZA 2HAHA 1WKRA 2ZJIA 3CKTA 4YCKA 1EBYA 4Y47A 5P7EA 1HTEA 2NXMA 2VNNA 5J25A 5P1GA 3OY4A 4EYRA 3D91A 5JFUA 4H3GA 5P6TA 3R0YA 3DUYA 5P5QA 3BGBA 2JYSA 4RLDA 1TSUA 4Y3PA 2FDDA 3K5GA 1Z8CA 3S53A 5P8JA 2PSVA 3UQXA 2V13A 5P0FA 5P2OA 5P0LA 1PROA 2QMGA 2VIZA 5P52A 3OU4A 1FQ6A 4DVFA 1HTGA 4J1KA 4RRNA 5P1DA 5P3JA 3QN8A 3SACA 2PC0A 2A4FA 1DIFA 4KB9A 3S43A 4YBFA 5P3SA 1SH9A 3OUBA 4TRWA 1ODYA 3OAGA 3VV7A 3PLLA 3G6ZA 1META 3BUFA 2QI7A 3PI0A 1BXOA 5P5TA 3VEUA 5P53A 4YD7A 5P1OA 5P12A 5P2IA 2ZJHA 4AA9A 2VNMA 3HD8A 1HIIA 5P4CA 3WB4A 1HSGA 1ZJ7A 5P07A 5P7XA 2QI1A 1IZHA 1AJXA 5P4WA 1ME6A 3Q5HA 5OZ9A 5KAOA 5P1LA 4Y43A 2JXRA 5SZ9A 1GVVA 1K6VA 2HPFA 5P3BA 5P8IA 1HVIA 3S7MA 5P3FA 1HVHA 1BDQA 2IKUA 3CIBA 5P1IA 2ANLA 5P27A 5OZRA 4YOAA 1RV7A 1W5YA 1EBWA 5P0EA 4J1FA 3ZPSA 1T7KA 5OZJA 1B6LA 5DR3A 1WBKA 4OBKA 5P66A 4HA5A 4OBHA 2QU2A 3PLDA 2NXDA 3QRVA 5P2VA 1BDRA 1KZKA 2HS1A 3EL9A 5OZ3A 3OQDA 1XN2A 4CPRA 2F3EA 1LYWB 2ZYEA 5OZKA 3PWMA 5P31A 1EBZA 5P35A 5P57A 1CZIE 1EPLE 5P10A 4Y5KA 4OC6B 5P7DA 4I10A 3UDYA 6UPJA 5DPZA 2B7ZA 4RZ1A 3L5BA 2PK5A 2NTRA 5P37A 4Y3DA 2FMBA 1GNMA 1HWRA 4YDFA 3U71A 2ZE1A 3PSYA 2FGUA 4F74A 1HVKA 5P2XA 4OD9A 1OHRA 3GI5A 3SPKA 5SY2A 4JPCA 4J0PA 3HAWA 5P5PA 3UQUA 2IKOA 2FNTA 3NWQA 2P3DA 4YOBA 2R38A 1DW6C 2P3CA 1BV9A 2RKGA 5P6JA 2JJIA 5P48A 5P3TA 3LNKA 2AVSA 5OZEA 1MSMA 2B8LA 2O4LA 5P29A 3GGAA 2P3AA 5P6WA 5COKA 5I70A 5AH9A 1B6KA 2HB3A 3O9DA 5P09A 4Y58A 5P08A 5OZ6A 1CMSA 2BPXA 4EJDA 3OUDA 5IVRA 4Y3FA 5P1BA 3KYRA 5P82A 5ER2E 3KM4A 5P8DA 3INHA 3NU3A 1IZEA 1HOSA 3OQFA 3MSJA 2AQUA 5P89A 4DV9A 3APRE 3O9LA 5P04A 1FQ5A 3I2LA 5P2UA 5P5IA 4Y44A 4PYVA 1PPME 4WY6A 4QJ6A 5OZ8A 4U8WA 5P4LA 5DGWA 4HDFA 3SA3A 5P7PA 1Z1HA 2NMZA 3TPJA 2APRA 1TCWA 3WB5A 1AAQA 3Q4BA 3OUCA 3VSWA 2J9KA 4DPIA 5P7NA 5P56A 4FSLA 1K2BA 3UFLA 5P06A 3QIHA 3KT2A 4J1CA 2XYFA 2WEBA 5P2RA 5P5RA 3RVIA 5P1NA 5P8PA 2Z4OA 2AOFA 3EL0A 5AHAA 1ER8E 3LIQA 3SFCA 3QROA 1QBTA 1YTJA 2P83A 2AVOA 2OHTA 4J0YA 4FM8A 5P34A 5P6KA 2RSPA 4OBFA 3T7PA 1FEJC 3ZKGA 5OYYA 3RTNA 1EC0A 1LS5A 3EKPA 4J1HA 4NJUA 5IVSA 5P67A 1IZIA 4Y36A 1QBRA 3PRSA 1HPVA 3BRAA 5P6PA 5P6VA 3HLOA 3KDDA 2B7FA 5P3VA 3K4VA 4I0FA 5DQCA 4Y5BA 4DQFA 5P7SA 5P3PA 3WZ7A 4TRYA 4QJ9A 1D4HA 3NUOA 3OU1B 1XE6A 4D8CA 2H6SA 4RCFA 5P81A 1NH0A 5OYZA 2G1YA 5I3VA 3MSLA 3PGIA 5P80A 2OHNA 3CIDA 3L5FA 2QHZA 4H3FA 4J0VA 4EJKA 2VJ6A 2G26A 2ZJMA 1D4KA 3EXOA 1LF4A 2FLEA 2F81A 3LINA 5OZIA 5P5MA 3SA7A 1HPXA 8HVPA 5P6EA 1QDMA 3CYXA 2OHRA 5P6GA 5P0OA 5P6AA 4NJTA 2O4KA 4YE3A 1B11A 2BB9A 2QHCA 3U6AA 1BXQA 3VYFA 1XDHA 4A6CA 2HB4A 4I0EA 3FNTA 2F8GA 3UDPA 3VV8A 5COOA 5BRYA 4Y53A 5P7LA 4XX3A 1LEEA 1MEUA 2G27A 2ZDZA 4Y6MA 4A6BA 1LYWA 4Z2ZA 5P5GA 3GI6A 4Y39A 4GIDA 2QHYA 4JECA 2Z54A 3KA2A 2IL2A 1LV1A 3OQKA 4OC6A 3H0BA 1GVWA 2WEAA 5P7JA 4K9HA 5P0PA 2BBBA 1QS8A 3K5FA 5P22A 4J1EA 4HE9A 4I0JA 1HPSA 5P2NA 4Q1XA 1YG9A 5P58A 3FIVA 5P8AA 3S54A 4DJVA 5P4UA 1PPKE 1UPJA 5P0IA 4Y4EA 5DQ2A 1BDLA 5P2JA 1E82E 5P1YA 1AXAA 3NU9A 5P59A 1IVPA 3GGUA 5P0ZA 2I4DA 4I8WA 5CLMA 5P8QA 4KE1A 2G20A 3NU6A 5P71A 3HBOA 1EC2A 3EM3A 1FFFC 1SMEA 3LZYA 1TQFA 3ZKXA 4K4RA 1FQXA 5P6SA 3I6OA 2WEDA 3KT5A 4ZSRA 4GJ8A 4QJ2A 3DV1A 2V11C 2FGVA 3S45A 5KR1A 3RTMA 3PI5A 2BKSA 2AOJA 4Y5LA 5P6YA 4IVTA 5P2FA 4S1GA 3PHVA 2HPEA 1GVXA 5P6XA 4B77A 1YT9A 3OOZA 3JVWA 5BS4A 1IIQA 3PWRA 2JE4A 2V10C 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4Q A;  2R9B A;  1FMX A;  5P1S A;  4FAF A;  4FGX A;  3OWN A;  5P1C A;  3K1W A;  5P0N A;  4JOO A;  4FS4 A;  1MUI A;  3H5B A;  5P6Z A;  5P3X A;  1C6Y A;  1MT8 A;  5OZS A;  4B1D A;  3EKQ A;  3QPJ A;  3URI A;  5P2T A;  1LF2 A;  3UPJ A;  3IXJ A;  1HIV A;  3BUH A;  1Z1R A;  5OYT A;  2PYM A;  5OZV A;  5P64 A;  3VUC A;  5P0D A;  5P0U A;  5P4V A;  4FRK A;  1BVE A;  3I25 A;  2AOE A;  4UPJ A;  1AID A;  1J71 A;  2ER0 E;  4Y3S A;  1QBS A;  5P1M A;  3OGQ A;  5P0K A;  5P0G A;  2QI5 A;  5P3A A;  5OZM A;  3DCR A;  5P2K A;  4Y3Y A;  5OZP A;  4OBJ A;  3FX5 A;  7UPJ A;  2FDE A;  3KMX A;  5P3H A;  2PYN A;  3FV3 A;  3K5D A;  3NYG A;  4NKK A;  4RCE A;  5P7I A;  3O9G A;  2ER9 E;  5OZC A;  2PK6 A;  1GKT A;  3I8W A;  5OZZ A;  2AID A;  1NPV A;  5P78 A;  2CEN A;  3OHF A;  5P30 A;  5DQ1 A;  3APP A;  5P8M A;  4LC7 A;  4HVP A;  1EC1 A;  5P3U A;  3NR6 A;  3PBD A;  3KDC A;  5ER1 E;  4I1C A;  5P4F A;  3UDK A;  5OZO A;  4Y4T A;  2Q55 A;  5P2L A;  4I11 A;  4Y4X A;  4Z4X A;  5DQ5 A;  1BIM A;  4CKU A;  5P76 A;  2VIY A;  4Y45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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