5P2G | Genus

Total Genus 84

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	84
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__082147389946634__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__082147389946634__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P2G/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__082147389946634__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"082147389946634","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P2G/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__082147389946634__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d019170bcdc1fe050fc7dd2/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d019170bcdc1fe050fc7dd2/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d019170bcdc1fe050fc7dd2/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d019170bcdc1fe050fc7dd2/pdb.gz): 2194 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 27 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	84
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p2gA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p2gA01

1FQ8A 2SAMA 5P0YA 2QMPA 5P2UA 5P3UA 1MT7A 3HDKA 2O4PA 3EL4A 4NJUA 1TCWA 3R0WA 5OYTA 4EQ0A 4Y4XA 5F00A 4Y4GA 5P7HA 4Y3FA 4D88A 2ER7E 2AOCA 1HVRA 1FQ6A 2R3WA 2IGYA 5P0EA 3PCZA 5P1AA 5P79A 2WF4A 4BFBA 5P7FA 5P59A 2VIZA 5P3RA 5P8OA 1ODYA 3VCMA 4ER1E 3O9HA 2XFIA 3BHEA 5P7SA 1HSHA 4QJ2A 4Y5GA 5P1WA 1EPRE 4I12A 4EQJA 4K4QA 3QP0A 5HCOA 5P4MA 5P64A 3OHHA 4Y3AA 5OZZA 1FFIC 3H0BA 2QD6A 3PB5A 4J1CA 3DV1A 1ZBGA 4DJRA 5P7UA 2PQZA 1LYAA 1RPIA 3DCRA 5P1UA 3ST5A 3I6OA 1SDTA 4U8WA 5P3WA 3QRMA 3OTSA 5P0GA 5P02A 5HE5A 3FV3A 2AZ8A 2F3EA 5P31A 5HD0A 4OBHA 5P40A 5P80A 5P2CA 1ZTZA 5P8PA 2AVMA 3UPJA 2VA5A 3D1XA 2AOHA 3HW1A 5OZYA 5P5GA 3O9CA 4OD9B 3L58A 5P76A 4MC1A 3LZVA 4CP7A 1LF2A 3CYXA 5P2EA 3HAWA 4Z50A 5P0VA 4YD5A 5P62A 4TVGA 5DR1A 3SABA 3VSWA 2O4SA 3T3CA 4ZSRA 4R5NA 7HVPA 3SFCA 5P4RA 1LZQA 5P65A 2I4DA 5P61A 1MIQA 5P06A 4Y3TA 3EKQA 5P1CA 5P4CA 4DI2A 1HTEA 3UDQA 5OZFA 2R9BA 3VV6A 3SA9A 1ZP8A 3S56A 1ZSFA 3QRVA 1Z1HA 5AHAA 5P58A 5KQFA 3N4LA 5HDZA 1BV9A 3RU1A 2OHSA 1UH7A 3OXWA 3IVIA 2OHTA 4XX4A 3OUBA 3EKWA 3KM4A 3NDUA 5P33A 3S43B 3APRE 3IN3A 4EXHA 1B6PA 4YD6A 2QK5A 5P5NA 4D8CA 2B60A 5P41A 4I0ZA 2WJOA 2BJUA 5P89A 2PSUA 4LXAA 5P27A 3T11A 5P2TA 5P77A 4B00A 3S43A 3L5FA 5P1SA 2Q55A 2HIZA 3CKTA 4DPFA 2PYNA 4M8YA 3TH9A 3UQRA 3JVWA 3I25A 3NU3A 3VF3A 5P5CA 2PYMA 5P2WA 5P81A 1PFZA 4Q1WA 2I0DA 3BUGA 3QVIA 5SZ9A 1QDMA 5P6AA 5P0OA 5P4DA 2G94A 3L3AA 2G1SA 3KFRA 2UY0A 5P6KA 3PI0A 4U7QA 5P63A 1PPME 2G1RA 5P6TA 4Y5AA 2P3BB 5OZ7A 4FS4A 1A94A 2FLEA 1HIIA 5P32A 5OYRA 5P4SA 1HPVA 5P0CA 3OU1B 5I3XA 3KN0A 3QRSA 2QNPA 4ACUA 3PSUA 3EXOA 4LXKA 1IIQA 4ZSMA 3OU4A 4NPUA 5P3CA 2AODA 4TRYA 4RCDA 2HB2A 5P5ZA 1OEWA 3EKYA 2BPVA 3KYRA 2OF0A 5P7EA 4BFDA 5P1YA 1T3RA 1GNMA 4F75A 5P7GA 5P2MA 4J1KA 1TSQA 5OZGA 3BXSA 4GJ6A 5OZ4A 4Y4JA 1B5FA 3PLDA 3OQAA 2V00A 3TLHA 4CPTA 5P2VA 2AOFA 5ER1E 2V13A 4Y3EA 1MSNA 3TKWA 3WSJA 1MEUA 1SIPA 2IKOA 4J55A 5P5EA 4YOBA 2FMBA 4Y4WA 3U6AA 3FIVA 3QVCA 3TTPA 4Y3WA 2V11C 3EMYA 4Y3XA 3OGQA 4RCFA 5P5JA 3HAUA 1FKNA 1MT9A 5P6EA 4Y3HA 5OZRA 3HD8A 4WY6A 1A9MA 2RENA 3RTHA 1LYWB 4B0QA 2UPJA 5P34A 3G72A 5P7CA 4COEA 4K9HA 2VS2A 4GJ5A 5P7AA 3S7LA 2IRZA 2Z4OA 4J1FA 2O4LA 1EPME 5P7KA 2V12C 5JFUA 5P10A 3EM3A 1PSAA 5HU1A 3SA5A 4OBJA 5P0WA 5P46A 5P3IA 3JW2A 3ZPTA 1HWRA 4L7JA 5DQ4A 5P2QA 1EEDP 4NJVA 3MWSA 2JXRA 1EPOE 2XYFA 3INHA 3PMYA 1MUIA 1SDUA 5DR0A 4HZTA 3MSJA 2G1OA 3EM6A 5OZAA 5P4GA 3GGVA 5P7QA 4Y4DA 5P4TA 1TSUA 1EPNE 1TZSA 5P57A 4EPJA 3PBDA 4YD3A 3NXNA 4FRSA 2ZHRA 2NMZA 3R4BA 5P0NA 2V0ZC 5P70A 5C9DA 2B8VA 4J0VA 1ER8E 4YBIA 5C9FA 4AUCA 3ZKSA 4Y3LA 4Y9WA 1FQ7A 5P82A 2Q64A 3TOHA 4CPSA 1HPOA 1GVTA 5P7LA 5P47A 2I4QA 3VFAA 3PCWA 2VIYA 4PEPA 5HDUA 5OZCA 3QPJA 5P2ZA 4EJKA 4X2LA 2R3TA 5COPA 5P04A 5P4HA 4Y5LA 4DJWA 5P83A 1B6JA 2QI7A 4Q1NA 4YD4A 4I1CA 4Y6MA 5KQZA 4WY1A 4Y3GA 5P1GA 2OHPA 1D4HA 1U8GA 5P7ZA 3L5EA 5P3LA 1BDQA 3HZCA 4Y4ZA 5IVSA 4KE0A 3SA4A 2J9JB 1FMUA 2PSGA 1HPSA 5P0HA 2VA6A 1BV7A 5UPJA 5P0PA 4DJVA 5P1KA 2Q63A 2BPWA 3K4VA 5P35A 4DJQA 1K6CA 4U7VA 3NDWA 2R38A 2J9JA 5P4NA 3DK1A 2AOJA 2QZXA 5P8LA 5P56A 5P25A 5P6XA 3S54A 1EPLE 3NWXA 5P08A 5P6GA 3OAGB 1ZAPA 1ZLFA 5P8QA 5P3BA 4HE9A 2HM1A 4YDGA 2Q11A 4PPHA 4XKXA 4Y3ZA 1ZSRA 4J1HA 2PMAA 1W5YA 5OYYA 5P3VA 2I4VA 4S1GA 2ZYEA 2O4NA 3QN8A 3NSHA 5P6BA 5HU0A 5ISKA 1META 1KJFA 1Z1RA 4HLAA 5P8EA 2NXMA 5EZXA 4DH6A 2ZE1A 3LPKA 2ZJLA 2IENA 1EBYA 3INFA 1SIVA 5P4ZA 1K2CA 1MESA 4EJ8A 1FF0C 4EXGA 4Q5MA 5P7JA 4MC2A 1M4HA 2CEMA 1MERA 1NPAA 3LINA 5P00A 5AH8A 1ZPKA 5P4WA 3SA6A 5P6JA 3VSXA 4Y5EA 3Q5HA 3VF5A 5P0XA 1K6TA 4GJ8A 3OQ7A 5P0FA 3LPJA 5P0IA 5P03A 2OHLA 2NXLA 5SY3A 5P2LA 4J0TA 4CPUA 5KR0A 4ZSPA 2XFJA 3OGPA 4L1AB 5P4QA 5DR3A 4GJ9A 3DOXA 5P6HA 3URLA 2OHRA 3OTYA 5P3TA 5HCTA 3IXJA 4ZE6A 1LEEA 5OZOA 5AGZA 4GJAA 5P1TA 4E43A 3R1GB 1FMBA 5OZKA 3BC4A 2O4KA 3GI0A 5P5UA 2RKGA 3PRSA 5P6IA 4CMSA 2F81A 4CPRA 5P23A 3GGAA 3D1YA 5P3QA 5SY2A 4L1AA 4FAEA 4GJBA 2FXEA 2XYEA 3FX5A 3QI1A 5P4JA 5P3EA 1C70A 3U71A 3RTNA 3Q6YA 5P68A 2QNNA 4Y56A 3NU5A 5OYVA 1QBUA 4GIDA 3SA8A 4ER4E 4FL8A 2QI6A 1PPKE 1HRNA 2ZJHA 3OU3A 1GNNA 5P8RA 4YA8A 2WEDA 5P8JA 4Y4BA 1VIJA 1SMRA 5OZUA 1IVPA 1NH0A 4Z22A 3SKGA 1G6LA 2WF0A 5DQ1A 4EHCA 1LYAB 1IDBA 5APRE 3TPRA 2WHHA 2WF3A 4Y3DA 5ER2E 4XX3A 5P39A 5P12A 1XL2A 1GNOA 1CPIA 5P7IA 4HDPA 3OWNA 3DUYA 5J25A 3VYDA 1GKTA 4CPXA 5P1FA 3IAWA 5P14A 4YCTA 5P0DA 3H5BA 2JJJA 5P09A 4APEA 3MXDA 2P4JA 5BWYA 4FAFA 2I0AA 3GGXA 5TOLA 2Z54A 2BB9A 2HB4A 1EBZA 4JECA 3TOGA 1IZEA 5KQXA 4RYCA 3ZLQA 3ZKGA 3PM4A 1K2BA 3VV8A 5OZIA 1HBVA 4FCOA 1TW7A 1E81E 5P51A 3VG1A 4Y4EA 5P3XA 5P72A 5P0MA 1YM4A 2AVOA 4BELA 5OYQA 2ZDZA 5P29A 4HDFA 1T6EX 1YG9A 5C9BA 2AZ9A 3CYWA 3LITA 4I8ZA 4Y5CA 1AJXA 5OZ9A 3VLAA 2MIPA 3VYEA 3OY4A 4PZWA 1QS8A 5P6OA 2VNNA 1AJVA 4DQGA 5HE4A 3G6ZA 1C6XA 4J0PA 4Y4TA 5P01A 1PSOE 1VIKA 3GW5A 3LIZA 3TPLA 5P85A 2QP8A 2G27A 5P86A 5P5MA 1FMXA 4B70A 4EP3A 5ISJA 2ER6E 5P8AA 5P07A 3SACA 3QIHA 2NTRA 5P4KA 4J17A 3KT2A 4B05A 2VNMA 2HB3A 2WECA 5P1JA 5E5KA 4Y3QA 3BUHA 1EC0A 4IVSA 2I4XA 5P4IA 3DM6A 4YD7A 3UFLA 1BWAA 4OC6A 3ZKMA 2NXDA 1T6GA 3S45A 1JLDA 1YTIA 4EP2A 3ECGA 5OZSA 5P18A 4AZYA 3ZPSA 3CIBA 2ER9E 3VFBA 1APTE 3KFNA 5P6YA 3EL1A 3OUAA 3OUCA 1SP5A 2B42A 5I3YA 4QJ8A 4HDBA 4I0EA 3SQFA 5P05A 2QNQA 2QZKA 4OBKA 5P42A 1MTRA 2HS2A 2IDWA 4Y43A 3DCKA 5HDXA 3L5DA 3IXOA 5P3AA 5P6UA 2PWRA 5P7YA 1PSNA 5DQ2A 4Y3NA 4Y5NA 4RCEA 1SH9A 3OU4B 2PK5A 3UDJA 2Q5KA 2CEJA 1W5VA 3ZMGA 4JPEA 2F8GA 3IGBA 1LS5A 2QI3A 3KMYA 5P2JA 2R8NA 3EL9A 3KMXA 1XDHA 1D4SA 3NR6A 5P6DA 2AQUA 1FGCC 2ZHSA 4R91A 4KE1A 3T6IA 2F3KA 4DQFA 3UDYA 5P5OA 4CPQA 3S8IA 2I4WA 1TCXA 1B5FB 3R0YA 5JFPA 4EWOA 5DQ5A 1TQFA 1BDLA 5P1BA 3OADA 4K4RA 4GJCA 2QD8A 1D4YA 5OYUA 4J54A 1HVSA 3KT5A 3O9AA 4DPIA 3HLOA 4YHQA 4JPCA 1MTBA 3EKXA 1EBWA 2FGUA 5P3NA 5P5SA 4F74A 4H3FA 2NR6A 3EL0A 3QAAA 5OZJA 5OZWA 5P7RA 1J71A 3MSLA 5P71A 5AH6A 1IBQA 2OAHA 2ZGAA 3Q3TA 3UDMA 5P1RA 5P7VA 2O40A 3BXRA 1HVKA 2AOIA 3QBHA 1FIVA 5HVPA 2HPFA 3DJKA 5P5PA 5HTZA 3ZKQA 3S2OA 2V16C 3VUCA 5P5VA 3SO9A 1PPLE 4ZLSA 5EZZA 4I11A 4DQBA 4LAPA 5P5KA 4HA5A 5P3JA 4APRE 3SPKA 4J1IA 2WEZA 1HOSA 4NPTA 1HSIA 2QI1A 1HVCA 5P36A 1W5XA 3RSXA 3A2OA 3TKGA 1GVUA 4FM8A 2WF2A 4R8YA 1B6MA 4DJXA 4DQHA 3CICA 4I0JA 1W5WA 1CZIE 4Y5MA 1KJGA 3SM2A 2APRA 7UPJA 3ZL7A 4PYVA 5P6NA 4L7GA 2WEAA 4Y36A 5AH9A 5P88A 5SXNA 1G2KA 1B6KA 1YTJA 3UQWA 3UF3A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P2GA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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