5P2KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 138
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2kA01
2AODA 1IVPA 4B77A 2B8LA 4YCYA 1TQFA 3GGVA 4FRJA 4ZEAA 4FE6A 5OZFA 2F80A 4J1EA 4EHCA 2Q15A 3VLBA 5FIVA 1XN2A 5C9FA 2FXEA 3DV5A 3ER5E 4FM8A 1HSGA 3OXXA 5P08A 4NPUA 2BPXA 3I2LA 4D89A 3O9EA 3ZKNA 5APRE 2BQVA 1FQXA 4K8SA 4F73A 5P7TA 3CYXA 2OF0A 3R1GB 2ER9E 3TKGA 3KT2A 4Y3ZA 5P2QA 3TOGA 3QRVA 1QBTA 5P68A 3ZKGA 5OZYA 2OHSA 6FIVA 5P1BA 1EC2A 1XL5A 3KF0A 5AHCA 3VV7A 3EM3A 3O9LA 5OZ6A 5P45A 7UPJA 4Y39A 3INHA 3F9QA 5HE5A 5HD0A 5P48A 1M43A 1W51A 4QJ7A 3EBZA 3VYFA 3LINA 5E5KA 3K5DA 5P75A 1IZDA 1MSNA 4IVTA 5P7DA 3UQUA 5P66A 1W50A 3FSMA 5P54A 1HTFA 5J25A 2O40A 5P2SA 3QP0A 3GI0A 3VUCA 4Y4XA 3K4VA 1TCXA 5P0WA 4NJVA 4Y47A 3O9GA 1IZHA 4Y5GA 7HVPA 2PWRA 1META 5OYWA 3SA7A 1ODYA 1OEWA 3VG1A 1FQ4A 4I0ZA 5JG1A 5P7JA 3DK1A 4FM7A 5P0FA 5OYTA 5HVPA 2WF1A 4BFDA 5SY3A 3VF5A 4Q1XA 2R9BA 2IKOA 2RSPA 2I4DA 2QNNA 5P35A 3EKPA 5P5IA 5DGWA 1A30A 3I8WA 2P3BA 3K5FA 5HDZA 5P1RA 4ACXA 1ZAPA 4YOBA 4MC6A 1HSIA 3RSXA 5P0ZA 1HWRA 1HPSA 4QJ9A 5P6OA 4GJ6A 1HXWA 4IVSA 5P3OA 3NDWA 3Q6YA 3NDUA 1HVLA 1DPJA 4Y3YA 5P3AA 2Z54A 2QNQA 5UPJA 4EPJA 3UQWA 5P28A 5P0RA 3PWMA 1BDRA 3PB5A 5P5BA 5P4KA 4DJWA 3QBHA 5P1WA 3BXRA 1D4JA 5P1FA 2WEDA 2CEMA 5F00A 1TSQA 3D91A 1PSAA 5DQ2A 5P4IA 5P8LA 4Y4AA 1ZBGA 3L5FA 5P1GA 1HPOA 5P4NA 2H6TA 2I4WA 1LYBA 1MT7A 1FLHA 5P6HA 3PWRA 4LAPA 4MC1A 1QDMA 5P6XA 2VIEA 5P33A 1CPIA 3OTSA 3M9FA 3PM4A 5P6IA 5P7KA 3HVGA 5AH7A 3O9HA 4PZWA 5OZGA 1LS5A 3UDNA 3WSJA 2Q3KA 4Y5BA 1A9MA 2OHLA 2QP8A 3EKTA 4QGIA 5P7AA 5P70A 1IIQA 1EPNE 3EL9A 5P85A 1XE6A 4FS4A 1SMEA 3G72A 1BDLA 5P1AA 4F74A 4JP9A 5P0HA 1YM2A 4B1DA 2IRZA 3NU5A 5DPZA 3UQXA 3T3CA 5KQYA 5P17A 5P3EA 5P32A 3JVWA 5P6MA 3PRSA 5P2EA 1M0BA 1HVCA 5P4HA 5P79A 2QI4A 2AVOA 4R5NA 3SA5A 5DQ5A 5P7EA 5P03A 1KJHA 4RYCA 5P83A 3D1YA 3Q3TA 3KMYA 2IEOA 4B70A 2F3KA 5P8DA 2APRA 2QU2A 5SY2A 2FGUA 2J9JB 2UY0A 4D88A 3QROA 3IN4A 4APEA 5P3QA 5P8HA 5HDXA 5AGZA 1LF3A 4AA8A 3QS1A 3OU4A 4Y5LA 1PROA 1PPKE 1BXOA 5OZ1A 5P2NA 4CPWA 2VA6A 3ZPSA 1T6EX 5P4DA 1IDBA 3I6OA 5P0LA 4A4QA 1AVFA 5P5LA 5P3CA 4RRSA 2ER6E 5P36A 5OZ2A 5P8SA 3OHFA 4GYEA 1ER8E 5P3LA 3NU6A 3QRMA 3AIDA 2VNMA 4FRIA 4CPTA 4D8CA 3OXVA 1KZKA 2BKTA 2FDEA 3DM6A 5SZ9A 2XFIA 2ZJMA 1HRNA 5P52A 4DV9A 5OZEA 5OYXA 3TTPA 1QRPE 4RVJA 5KR0A 2F81A 5P47A 1WBMA 4Y5AA 1PSOE 1E82E 2WEAA 1BXQA 5P12A 1FMBA 5P5KA 1HVHA 3VYDA 5OZIA 5P7MA 2ZHRA 3OAGB 2Q64A 4LP9A 4DPFA 3NDTA 5P6TA 3UDYA 3SA6A 4YCTA 3NYGA 4R8YA 5P3PA 3QVIA 3VYEA 4GZFA 4ER1E 5P0YA 1APTE 1ZJ7A 1EEDP 1LF4A 3AUPA 4U7QA 5P8PA 2QHZA 1YT9A 4Y58A 3QIHA 1D4SA 1W5WA 4YD4A 1NPWA 5P4MA 5P71A 2B7ZA 3OQAA 3FNTA 3VSWA 4J54A 4B00A 1CMSA 1SIPA 4DJPA 5P4SA 4MC9A 4Y5NA 2J9JA 5P7XA 3FKTA 5P2TA 5P7LA 2Z4OA 5P6GA 1LZQA 3TLHA 4WY6A 4GIDA 4PZXA 3OOTA 2ZGAA 5P2MA 4Y44A 2FDDA 5P8VA 4ZPGA 4Y5PA 1SDUA 2ZJNA 3CIDA 1B5FB 2FXDA 3R2FA 1HTRB 3EKWA 1KJ7A 5P7HA 4ZLSA 1SGUA 5P3UA 3NSHA 2AVSA 2QD7A 5P7BA 4DJQA 3KA2A 3SAAA 3LIXA 1QBSA 5P1UA 2UXZA 1B6JA 1DP5A 3OWNA 1NPVA 1K2BA 3QVCA 4TRWA 3SACA 2AIDA 5P60A 1W6HA 2G26A 1D4YA 1DAZC 4Y43A 3EC0A 4EXHA 3U71A 3OUBA 2ZE1A 5P22A 2FGVA 5P5OA 5P5YA 4COEA 5IVTA 2FNTA 2HIZA 3OQFA 4Y3SA 5P30A 5P2XA 5P4YA 2R3TA 3NU9A 5P0JA 5P37A 4Y3WA 4Y51A 2R38A 4M8XA 5P4GA 1XL2A 3NWQA 4TRYA 4X7IA 3PMUA 3VEUA 1UH7A 3QI1A 5P67A 1E81E 2ASIA 2I4QA 3S8IA 5P1NA 4Y4EA 5IE1A 5KOSA 4TRZA 5P80A 4YD5A 3ZLQA 4OC6B 2QNPA 4YD3A 5P1OA 2XYFA 3B7VA 3VFAA 3QBFA 3ZKIA 3ST5A 3OK9A 5OZXA 2WF2A 2SAMA 4Y3RA 3N3IA 3SKGA 3DUYA 2IQGA 4OBZA 4DH6A 2BJUA 5P55A 1Z1RA 5OZRA 2QZLA 3APPA 5HTZA 3GW5A 5P7UA 5P23A 4D83A 3O9DA 3OQ7A 5E5JA 2O4PA 3INFA 5P38A 5P1TA 5P7PA 2FNSA 2NXDA 1EPME 1G2KA 2AOHA 5P6QA 2AOJA 4GJDA 1MEUA 3WZ7A 3KDBA 4CPRA 2OHQA 5P3YA 4Y6MA 2ZHTA 3LPIA 3BVAA 1VIKA 3FIVA 5P0MA 4PYVA 2WJOA 5P6KA 5P3TA 5P6SA 5P3HA 5P01A 3PMYA 5HU0A 1QBRA 3NU3A 1RNEA 2WF0A 4Y3JA 4Y4BA 1BWBA 3O9CA 4RZ1A 3DCKA 2QU3A 3G6ZA 2P3CA 4I0FA 1ODXA 3S45A 5P4QA 2VA5A 2QMFA 1K6CA 2F8GA 1HIVA 1YM4A 2AZ9A 5OYYA 4LBTA 4DJVA 2NXMA 2O4NA 4FCOA 4K9HA 2ER7E 5P3XA 2PYNA 4BEKA 1A8GA 1QBUA 5P3KA 5P81A 1ZPAA 3DCRA 4EP3A 2HS2A 4APRE 5P43A 5P5JA 1BAIA 2BBBA 5OZMA 1LV1A 5P0NA 5I3WA 3CICA 3MXDA 5TOLA 4HA5A 1ZLFA 2VA7A 2PC0A 3HW1A 5OZNA 5OZZA 1BV7A 3SKFA 4H3FA 4NKKA 2PH6A 3KT5A 5P0BA 3KMXA 4FRKA 3VV8A 2UPJA 2ANLA 4XKXA 1HTEA 2PQZA 5P20A 4GJBA 4GJ5A 3T6IA 4LL3A 5KR2A 5P1DA 1F34A 2ZJLA 3HAWA 2R5PA 4FIVA 1KJGA 2G94A 4L1AB 1HXBA 1FQ7A 4ZSMA 2B42A 5AH8A 3SQFA 4J1KA 2AZBA 2NMZA 5BRYA 2HB3A 2QK5A 3PJ6A 4L7GA 1YTGA 9HVPA 4OD9B 5P63A 5P13A 3BC4A 2ZYEA 5KQZA 5P2KA 4Q1WA 4FLGA 3LNKA 3VF3A 3CMSA 4Y4JA 4DJUA 3FX5A 2HC0A 5P6VA 5P25A 5P0VA 3K1WA 4ZIPA 3D1XA 3Q5HA 5IVSA 3QRSA 2G27A 4DVFA 5HE4A 5P2HA 4AUCA 2AOCA 5P4PA 5P64A 2HB2A 2FIVA 2JXRA 1HSHA 3ZKMA 1MIQA 5OZCA 4DQGA 1LYWB 2QI1A 4L7HA 5BWYA 1XS7D 4YDFA 2PK6A 4ZE6A 3U6AA 4QLHA 3LIYA 1EBZA 1MVPA 5KR8A 3KFNA 1HHPA 5P3NA 1IVQA 4Z2ZA 3QPJA 3PVKA 1HPVA 4RCDA 5JFPA 1HEGE 2G1YA 1MTRA 4Y3XA 1TSUA 1SP5A 3NXEA 4H1EA 4Y3AA 1MRXA 4B05A 4OBKA 5P8UA 2P83A 5P07A 3T7QA 5P0XA 2AZ8A 2QCIA 4F75A 4Y50A 1JLDA 4YCKA 4DQFA 1D4IA 1W5XA 2PMAA 3NU4A 1K6TA 3BRAA 2QI6A 1D4HA 1EBWA 3PCZA 5P10A 5P3SA 5P7GA 3OOZA 2VKMA 3NUJA 1ZTZA 3LIVA 2QMPA 5EZZA 5P51A 3O9IA 1K2CA 5OZDA 4BELA 3OY4A 4R95A 3BVBA 1EPRE 4NJUA 5P1HA 1C6XA 1K6PA 1LEEA 2OHPA 1ODWA 5P41A 5P5HA 2ZJJA 1WBKA 5P2OA 5P6NA 1HEFE 4OBHA 3IXJA 5P6RA 5P1PA 1AAQA 2NNPA 5P4UA 2AVQA 4GJ7A 3IGBA 1RPIA 5P5QA 4DI2A 5P3DA 5P4JA 3S56A 4I0GA 4KB9A 1F7AA 4Y35A 5AH9A 2VIJA 2QI5A 4BFBA 3O9BA 2V10C 2QI3A 5P2RA 3LZSA 5P4XA 4EXGA 3HDKA 2V13A 3U7SA 1G6LA 5P4WA 4Z4XA 5P7OA 3OU1B 5OZWA 2FLEA 1MSMA 5P88A 2XFKA 4I0DA 5P2FA 2JJJA 5B18A 5P5EA 3VCMA 3BUFA 4YA8A 5P1YA 5P1JA 5P8CA 5OZ8A 4XX3A 4ZSPA 2QHCA 5P5NA 5AH6A 4YBFA 2AVVA 4FL8A 1FG6C 3URIA 4JPCA 4FSEA 2V11C 4EJ8A 2P3AA 5P04A 4TVHA 3D20A 1FMXA 5EZXA 4Y3EA 5P8QA 2QZWA 3LZUA 3SM1A 1HPXA 4CP7A 3UDQA 5P74A 3PI5A 3S53A 2G1OA 4DQCA 5P6LA 5I3VA 1DIFA 4Y5KA 3URJA 4HVPA 5ENKA 5P5VA 5P86A 1K1UA 3SPKA 5P44A 2NR6A 4OBDA 5OZAA 5OZUA 4EWOA 5P50A 3CKRA 3SA4A 2I0AA 3NR6A 5P4TA 4N00A 4R91A 2PSUA 4YE3A 4I12A 1N49A 5PEPA 3BXSA 3KN0A 2RMPA 5P0AA 3HD8A 2PYMA 3VFBA 5P7VA 1C70A 4RYGA 3INEA 5P7ZA 3EKQA 1RQ9A 3HLOA 3PSUA 3OU3A 4CPQA 5P2ZA 2V12C 5P14A 2P4JA 3LIZA 4B0QA 5P62A 3MXEA 1UH8A 2XFJA 1AIDA 3ECGA 5P1QA 5P77A 3RTMA 5P1VA 5OZJA 3CYWA 3MSKA 5DQ4A 4Z50A 1HVRA 3TOFA 4FGXA 1OD1A 1WKRA 2Q5KA 4EJDA 5P2WA 1A94A 1XDHA 2JYSA 4Y3TA 3OU1A 5P1CA 5DR1A 4JECA 1FGCC 4LXKA 4PEPA 2ZHVA 1TZSA 3WZ8A 4Y3LA 1EPLE 5HDVA 3ZMGA 2I1AA 1ZSRA 4DQHA 4EQJA 1K6VA 5KQFA 3OADB 3OTYA 2QZKA 3SFCA 4A6CA 1NSOA 5P6JA 1D4KA 4ZPFA 3TKWA 5P02A 2VJ7A 5P6UA 4XXSA 2R43A 2VJ6A 3T11A 1SIVA 4GB2A 2JJIA 3K4VC 3RTNA 3NLSA 3CIBA 5DR7A 1FB7A 5HCOA 1TCWA 5OZ7A 1FMUA 3L59A 1MTBA 2NXLA 2IKUA 4RRNA 5IS4A 3NUOA 3EL4A 2B8VA 5COKA 5OZ9A 3L5BA 4KUPA 2OAHA 1G0VA 1YTHA 5CONA 1GNOA 2PK5A 5P18A 4DJXA 4HDFA 4KE1A 5HDUA 4J0VA 3UF3A 1BILA 5P8MA 3UCBA 3IVIA 5P42A 3L58A 1APVE 3DJKA 4AA9A 2HPFA 5P24A 3S54A 5OZ4A 5P2BA 5P4VA 1HIIA 3EL5A 3BUGA 3OHHA 3KFRA 4CPUA 3UQRA 5OYZA 1IBQA 1YTJA 5P3BA 2NNKA 3IXKA 4K4RA 4E43A 2ZDZA 3UDJA 1EPOE 4FRSA 5P2JA 2QAKA 3S43B 5P5XA 5P00A 4HE9A 4I10A 3PSYA 3OAGA 2CENA 4PPHA 1GVWA 6UPJA 3QN8A 4F76A 3SA3A 1EPPE 1HVSA 2B7FA 4Y4DA 5OZ5A 5JODA 1GVVA 3IVHA 1HVIA 3OGPA 5P5MA 4EJLA 4YD6A 1K1TA 3N4LA 2V00A 4OBJA 3KYRA 5P59A 2QD6A 1E80E 5P6CA 5P7YA 1SH9A 5P34A 1T7IA 1PFZA 4DJYA 3UDPA 5ER1E 5P73A 3IAWA 3FV3A 5P76A 3GGUA 4I0IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2AOD A;  1IVP A;  4B77 A;  2B8L A;  4YCY A;  1TQF A;  3GGV A;  4FRJ A;  4ZEA A;  4FE6 A;  5OZF A;  2F80 A;  4J1E A;  4EHC A;  2Q15 A;  3VLB A;  5FIV A;  1XN2 A;  5C9F A;  2FXE A;  3DV5 A;  3ER5 E;  4FM8 A;  1HSG A;  3OXX A;  5P08 A;  4NPU A;  2BPX A;  3I2L A;  4D89 A;  3O9E A;  3ZKN A;  5APR E;  2BQV A;  1FQX A;  4K8S A;  4F73 A;  5P7T A;  3CYX A;  2OF0 A;  3R1G B;  2ER9 E;  3TKG A;  3KT2 A;  4Y3Z A;  5P2Q A;  3TOG A;  3QRV A;  1QBT A;  5P68 A;  3ZKG A;  5OZY A;  2OHS A;  6FIV A;  5P1B A;  1EC2 A;  1XL5 A;  3KF0 A;  5AHC A;  3VV7 A;  3EM3 A;  3O9L A;  5OZ6 A;  5P45 A;  7UPJ A;  4Y39 A;  3INH A;  3F9Q A;  5HE5 A;  5HD0 A;  5P48 A;  1M43 A;  1W51 A;  4QJ7 A;  3EBZ A;  3VYF A;  3LIN A;  5E5K A;  3K5D A;  5P75 A;  1IZD A;  1MSN A;  4IVT A;  5P7D A;  3UQU A;  5P66 A;  1W50 A;  3FSM A;  5P54 A;  1HTF A;  5J25 A;  2O40 A;  5P2S A;  3QP0 A;  3GI0 A;  3VUC A;  4Y4X A;  3K4V A;  1TCX A;  5P0W A;  4NJV A;  4Y47 A;  3O9G A;  1IZH A;  4Y5G A;  7HVP A;  2PWR A;  1MET A;  5OYW A;  3SA7 A;  1ODY A;  1OEW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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