5P2KA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 138
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2kA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2kA01
3BUHA 5P2LA 3VF5A 1EC0A 5P4BA 3O9HA 2V0ZC 4XX4A 5P0HA 4ER4E 2NMZA 5OZQA 5P05A 1T7IA 1LYAA 8HVPA 4MC1A 2APRA 2V10C 5P0SA 3VV7A 3VV6A 3IN3A 3QVCA 2ZHTA 4YBIA 1BILA 5BWYA 4CPXA 3O9IA 5P01A 3NXEA 3T6IA 1NPWA 2OHUA 3L5EA 5P1MA 5I3YA 3C9XA 5P22A 3HLOA 4DVFA 1HVIA 4ZPGA 5P78A 5AGZA 4H3JA 4EJ8A 2JXRA 5P6EA 2HC0A 5I70A 5P0EA 1RNEA 3O9DA 2F3KA 3BGCA 2V12C 1NPAA 2XFJA 4K4QA 3MSJA 1W6IA 5P4KA 1QBRA 3U7SA 2P8HA 4I1CA 2I4DA 3KFPA 2QAKA 5P79A 2R8NA 3QRVA 2WEZA 1A30A 4CP7A 5P36A 4DFGA 4I8WA 1W5WA 3IXJA 2B60A 5P57A 1BAIA 1UH7A 3I8WA 5OZ0A 3EL9A 5P18A 2AOEA 3KMXA 4B1EA 2F81A 4HZTA 5P14A 3JW2A 3FNSA 1M0BA 3ZOVA 4Y5KA 1ZBGA 5OZCA 3JVYA 3QI1A 5P87A 5P2ZA 5P07A 1QDMA 2BKSA 4Y5EA 2QMGA 3SA5A 5P55A 1BVEA 5P3TA 5P29A 4Q1YA 2RMPA 3UDHA 5P37A 4DH6A 2HB4A 1GNNA 2ZHSA 3D1XA 3NYGA 5OZ6A 5P4ZA 3UF3A 2IL2A 3OUCA 1MRXA 3EKXA 3UQUA 5P6WA 5P56A 1M4HA 1ER8E 4Y4BA 3RSXA 3LZSA 5P0OA 1TCXA 5P1XA 4CPRA 4J1EA 4OBDA 1LF2A 5JODA 4KE0A 2Q64A 2ZJIA 4GJ5A 5P4GA 4FM8A 1XN2A 4Y53A 4JECA 4YBFA 3PSUA 3GGXA 5P48A 3OAGA 4YD3A 5P3CA 3T3CA 4Y50A 2R3WA 3CYXA 5P7RA 3DV5A 3BVBA 1B5FA 2J9JA 2IGYA 5P27A 4GZFA 3CIBA 4ZLSA 3MXDA 3OOZA 4J1HA 5IVRA 3HBOA 2VA7A 5P4QA 3TOHA 1XE6A 5P5OA 4DI2A 2WF3A 4PEPA 5P6QA 5P4IA 5P8BA 3PB5A 5P7CA 2HS2A 4RGHA 3PBDA 2V00A 3OXVA 2Z4OA 1LV1A 5P7XA 1HPXA 5P8KA 5P68A 3OU1A 1ZJ7A 3I2LA 3L5DA 5P60A 2CENA 2G1OA 4HVPA 5HDXA 5P41A 4E43A 5P51A 1QS8A 4A6CA 5P2OA 2QD8A 3UDQA 2QI0A 3OTYA 5P8NA 2G94A 3CKRA 5P0FA 5P7MA 1U8GA 1BVGA 5UPJA 2B7ZA 3H0BA 4PPHA 4NJSA 1K6PA 4FRSA 4OBKA 4M8XA 5OZOA 5P2IA 4Y44A 1MTBA 4K9HA 3ZL7A 4B0QA 3UPJA 3NU9A 5P43A 5P3LA 4Y54A 3TH9A 1PPLE 4RRSA 3Q4BA 2IENA 3CIDA 5P2QA 2ZJNA 4A6BA 3HZCA 3KFRA 1B6PA 3DM6A 1Z1HA 4AZYA 3OGQA 4DUSA 1FKNA 3UDMA 3PJ6A 5OZRA 2PSUA 4RROA 2PK6A 5E5KA 4TVHA 3SA6A 5P6RA 5P6BA 5P8DA 1UPJA 5P2BA 3NUJA 1G2KA 5P8VA 3S53A 1FFIC 1DIFA 3BHEA 5P09A 3CKPA 1YTHA 5P5NA 3QBHA 3SFCA 3ZKXA 3OY4A 1HEGE 1LYWA 4GJCA 3R4BA 1SH9A 4Y3PA 1YT9A 5P0UA 1GVVA 5P1DA 3NDWA 3PLLA 1EPPE 5P6JA 4DQBA 4DJRA 4U7VA 5B18A 5KR2A 3ZMGA 5P2VA 5P59A 3S43B 4Y51A 4L7HA 4MC6A 5DR7A 1HSGA 4Y58A 5P62A 2HS1A 5P6GA 3OAGB 2IEOA 2BKTA 3SPKA 4PYVA 4YCKA 1FB7A 3INFA 4I0GA 4R91A 5P06A 3Q70A 5P7FA 3NLSA 2J9JB 3LIYA 1D4HA 5AHAA 4Y4TA 3OUDA 4LXKA 3LIZA 5P80A 3DK1A 1HTEA 2ZDZA 4Y3RA 1ODWA 5P73A 5OZLA 4WY6A 3GI4A 3LZYA 3TL9A 3T11A 2PWCA 1EPQE 3CYWA 3ER3E 3OU4B 3VYEA 1HVCA 4CPWA 3UQRA 1SP5A 3KM4A 1D4KA 3NSHA 4Z4XA 4I0ZA 5P7EA 2G26A 3DUYA 3OU1B 2R43A 3KT5A 4Y3XA 1PSOE 4A4QA 2WECA 2QP8A 2BPYA 4LXMA 4Y5MA 2PMAA 5KR0A 1BXOA 1SMEA 4EQJA 1W51A 3OK9A 1TW7A 5P76A 2Q55A 5P7PA 2PSVA 3I7EA 3NDTA 1B11A 5P4RA 1GNOA 4BFDA 5P4FA 5P7KA 2QI5A 5AHBA 4B00A 3R0WA 2VA5A 5E5JA 1D4SA 4Y3GA 2QK5A 2V16C 4HE9A 4OBZB 5P3PA 3UHLA 5P26A 1IIQA 1IZEA 1EPOE 4TRWA 3S7LA 1IZIA 4DJXA 3O99A 1ZSFA 5P47A 4YCTA 3S7MA 1YTJA 1SDUA 4EXHA 5P0BA 1EC3A 4DQCA 2Q5KA 4J1FA 1IDAA 3O9AA 4R5NA 5P8LA 4Y5BA 3EMYA 5P72A 5P2MA 1BBSA 3QBFA 4Y3JA 3LZUA 3VSWA 3IXKA 5P19A 1BV9A 1LYWB 4ZPEA 2WF1A 5P3GA 2WKZA 3SM1A 3TPLA 5P8IA 1KJGA 3L58A 1OEXA 1SIVA 4J0VA 5OZIA 2ZJLA 2B7FA 4RYGA 4GYEA 3BVAA 2FS4A 5KQYA 4CKUA 2QHCA 5SZ9A 1E81E 5P7LA 1EBZA 4FAEA 5P0NA 2NR6A 3ZPSA 3QVIA 1AJVA 1BWAA 4GJ6A 6APRE 1K2BA 2J9KA 4J55A 5P24A 3ZKNA 5OYRA 3EKYA 5AH7A 4YOBA 4Y5AA 1NPVA 4MC2A 2I4UA 5P8EA 5P6VA 5KOQA 3OUDB 2AZBA 1HHPA 2V11C 3EKWA 4Y4DA 5OZ5A 5P2TA 1YTIA 5P69A 2IKUA 3EM4A 4J1KA 2HIZA 3OHHA 2R38A 3ER5E 1SMRA 4NJVA 4ACXA 5IVSA 5HE4A 3IXOA 4J1CA 4UPJA 5P3DA 3LINA 2IKOA 3SQFA 3SKGA 1HTGA 3GW5A 2PK5A 3PGIA 4DPIA 5AH9A 5P3YA 5P7WA 2IGXA 1SDVA 3SKFA 4GJ8A 4GJAA 4Y5GA 4ZSRA 5P8QA 2BPXA 4EP3A 5P5JA 3FX5A 1K1UA 5P0MA 4FAFA 1J71A 3NWQA 5P6MA 4L1AA 5T4SA 5P7UA 5P8CA 4QJAA 5P0XA 4J5JA 5OZ1A 1IBQA 4JPEA 4I0IA 5P1RA 2ER6E 2WF4A 5P74A 3ZPTA 1C6ZA 3RSVA 3EKTA 3T7QA 5P0PA 2JJIA 4XKXA 5IS4A 4Z2ZA 2FMBA 4TRYA 4EYRA 1SDTA 2QHZA 2OHTA 2AVOA 3DJKA 3I25A 1T7KA 5OZBA 5HE7A 4R93A 3BXRA 2QU2A 4AA9A 4J54A 3FKTA 5P1JA 5P1QA 2AODA 3KT2A 3LHGA 2RENA 3OQDA 1FLHA 5I3WA 4WTUA 3D3TA 2VA6A 1TSUA 5CONA 4QJ8A 4B70A 2O40A 4R92A 3F9QA 5P8AA 1BIMA 3SA7A 2NXMA 5P44A 1META 3VYFA 1EAGA 5OZHA 4Y3QA 5P5SA 3OXCA 4YE3A 3PEPA 2EWYA 5OYVA 1ZLFA 2PQZA 3OU3A 4B78A 3K1WA 5P2RA 2P3DA 5P53A 4FM7A 3VCMA 2HAHA 1Q9PA 2XFIA 2FIVA 5P4OA 2ASIA 4Y9WA 5P16A 1MSNA 3CKTA 1HIIA 1MT8A 3PWWA 3T7XA 4RRNA 5OZNA 5P2NA 3UDJA 4APEA 1HOSA 5P2GA 3DOXA 1W5YA 4DJWA 4RVXA 5P8SA 2O4LA 4WY1A 1C6YA 1T3RA 5HVPA 5P1SA 5P6PA 4Y3WA 4AMTA 3WZ7A 3EM6A 1WBMA 2QI3A 1YX9A 5J25A 1IZDA 4Y3ZA 1PROA 5P11A 4DJQA 4F75A 1KJFA 1EPLE 5P1FA 2RKFA 1HVKA 3Q6YA 4L1AB 3WB4A 5C9FA 2QNPA 4U7QA 5JFUA 2Q11A 1YM4A 3BUGA 3M9FA 4Y45A 2VJ7A 5P4WA 3D20A 5P84A 3IGBA 1KJHA 4H3FA 3UDPA 4Y4XA 3CICA 5P8UA 1RL8A 3NU4A 1F7AA 2ZHRA 3INDA 1MUIA 3MSKA 4EXGA 4XX3A 5P81A 3VSXA 1DPJA 2F3FA 2RKGA 1CZIE 2WEAA 4Y3TA 5P6YA 2QNQA 4FS4A 1B6MA 5P66A 5OZKA 3BC4A 1UH9A 3SA3A 4YD4A 5P75A 4J0ZA 5P4EA 5P46A 1ODYA 4ZIPA 5P83A 3UQXA 2QMPA 1XS7D 5P49A 3NU3A 2AOFA 5KQFA 1MPPA 2XFKA 4GJ7A 3U71A 5P0JA 3OUBA 4L7JA 3Q5HA 5HDUA 3QS1A 5OZ8A 3APPA 1LYAB 5P3ZA 5I3VA 2IQGA 1EBYA 4NKKA 4F76A 3PBZA 5P6HA 2R3TA 3FIVA 5P4MA 5P0LA 1HPVA 2VIZA 3EKQA 3TTPA 3KDBA 2P4JA 3O9GA 5DQ2A 1HIHA 3QPJA 4Y3MA 5OYSA 5P0WA 3MSLA 5P5PA 2P3AA 2WEBA 5OYUA 5P77A 5P70A 2Z54A 4I8ZA 5P17A 1FF0C 5P5BA 1AZ5A 3PMUA 3UDYA 4JOOA 3KDDA 2FDEA 4I0FA 5P2DA 4QGIA 3I6OA 2O4SA 5P2CA 4YD6A 3PWMA 3LPIA 4D8CA 5P7TA 4Y47A 1EPNE 2ZHUA 1HVJA 2VNNA 5DR0A 5P0DA 5HDZA 5P6TA 3PLDA 2O4NA 1FMBA 2VIYA 5OZ7A 5P28A 4DV9A 3VFBA 1OHRA 1ZP8A 5HCTA 2AOHA 2VIJA 5P4PA 4GMIA 5P1TA 1T7JA 3QN8A 2NMYA 2AOJA 3KFSA 5P6XA 4PHVA 3A2OA 5AH8A 4L7GA 4K4RA 1PSAA 4FGXA 4MC9A 5P2HA 4RYCA 4HLAA 3S2OA 5P5RA 4FLGA 5P4CA 1ZAPA 7UPJA 5P04A 2BJUA 4GIDA 5P0RA 5P1LA 2FXEA 4COEA 3RTNA 3TKWA 3UCBA 5P1ZA 5P3IA 5OZAA 4RCFA 2NTRA 4Z22A 2P3BA 1MRWA 5P10A 5P30A 3PCZA 3BUFA 1PFZA 3WZ6A 1QRPE 5KQXA 4Y4JA 5P7ZA 3MWSA 1K6TA 4OC6A 4GJBA 2B8LA 1FG8C 1PPKE 3RTHA 1BDRA 1LYBA 1B5FB 4Q1NA 4RVIA 5FIVA 5DPZA 5OZDA 4NJTA 4GB2A 5P45A 3EL5A 5P32A 2B42A 4LC7A 4IVTA 5DQ4A 5P3BA 3EBZA 1ZPKA 1EPME 1T6EX 3BRAA 4EPJA 2WHHA 3OADA 5P1EA 5P1BA 3SM2A 1NSOA 4Y3DA 2R5PA 5P5AA 2ER0E 3L5CA 5P7BA 5HTZA 3K5CA 5P33A 3K4VC 1VIJA 5P6FA 1FEJC 3PM4A 3TLHA 5DR3A 3O9EA 4YHQA 5OZ9A 3HAUA 4J17A 5KOSA 1EEDP 1HTFA 2ZJHA 5OZ3A 3NDUA 5IVQA 2ER9E 3VG1A 2XYEA 5P1IA 5P0ZA 1SGUA 4Z50A 1XDHA 2OF0A 5P6KA 1AM5A 5HCOA 5F01A 5KR8A 4Y3FA 5CLMA 5P5ZA 3QRSA 2FDPA 5ISKA 1KZKA 2AZ9A 4HEGA 4F74A 1FQ5A 4AUCA 5P12A 4ZPFA 3K5DA 4R8YA 3VLBA 4NPUA 2G1NA 2FDDA 1XN3A 1D4YA 3RTMA 3WB5A 4CPUA 5P1CA 5DR8A 4HDFA 5P1UA 5P1PA 3URLA 2AOGA 5C9DA 1Z8CA 2QU3A 5P4YA 5P3UA 4J0YA 1B6JA 5P23A 4I0JA 1IVQA 2OHPA 4CPSA 3IN4A 4DJYA 5KQZA 5P0TA 5P3KA 3ZKMA 1CMSA 5P7YA 1E80E 3S45A 4DQFA 2OHSA 1QBTA 2QZLA 4YDGA 5P4UA 3EC0A 1AJXA 1ODXA 3QROA 3NWXA 2NXLA 4OBGA 1W5XA 3VLAA 4H3IA 4OC6B 5P0VA 5OZWA 2CEJA 5HU1A 1XL5A 2NPHA 1LYBB 3ZPUA 1XL2A 3INEA 2A1EA 5P58A 3O9LA 5OZFA 2BQVA 4Y4WA 4R95A 5P3HA 1LEEA 2JE4A 2PYNA 3VEUA 2G21A 3OUAA 5F00A 4KUPA 2BBBA 4KE1A 3VF3A 3B80A 5HE5A 3PVKA 3ST5A 5P54A 4D88A 1BXQA 5P7QA 5P7DA 5C9BA 5KR1A 3IA9A 5DGWA 5IVTA 4QJ9A 5P4XA 5P4VA 3S56A 5P08A 3D91A 2FLEA 5OZ4A 1FG6C 2OAHA 4QJ6A 4NJUA 4Y3HA 4Y4UA 1HVSA 2OHLA 4GJDA 1EBWA 4FM6A 3VUCA 4QJ2A 3NXNA 2AVSA 5P6ZA 3VYDA 4Y3YA 5ER2E 4RCDA 3ZLQA 2HB3A 5COPA 3OQ7A 5P5GA 4BELA 5HU0A 1IZHA 2QI6A 5P34A 4Y3EA 3OWNA 2R9BA 5P5DA 2F8GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BUH A;  5P2L A;  3VF5 A;  1EC0 A;  5P4B A;  3O9H A;  2V0Z C;  4XX4 A;  5P0H A;  4ER4 E;  2NMZ A;  5OZQ A;  5P05 A;  1T7I A;  1LYA A;  8HVP A;  4MC1 A;  2APR A;  2V10 C;  5P0S A;  3VV7 A;  3VV6 A;  3IN3 A;  3QVC A;  2ZHT A;  4YBI A;  1BIL A;  5BWY A;  4CPX A;  3O9I A;  5P01 A;  3NXE A;  3T6I A;  1NPW A;  2OHU A;  3L5E A;  5P1M A;  5I3Y A;  3C9X A;  5P22 A;  3HLO A;  4DVF A;  1HVI A;  4ZPG A;  5P78 A;  5AGZ A;  4H3J A;  4EJ8 A;  2JXR A;  5P6E A;  2HC0 A;  5I70 A;  5P0E A;  1RNE A;  3O9D A;  2F3K A;  3BGC A;  2V12 C;  1NPA A;  2XFJ A;  4K4Q A;  3MSJ A;  1W6I A;  5P4K A;  1QBR A;  3U7S A;  2P8H A;  4I1C A;  2I4D A;  3KFP A;  2QAK A;  5P79 A;  2R8N A;  3QRV A;  2WEZ A;  1A30 A;  4CP7 A;  5P36 A;  4DFG A;  4I8W A;  1W5W A;  3IXJ A;  2B60 A;  5P57 A;  1BAI A;  1UH7 A;  3I8W A;  5OZ0 A;  3EL9 A;  5P18 A;  2AOE A;  3KMX A;  4B1E A;  2F81 A;  4HZT A;  5P14 A;  3JW2 A;  3FNS A;  1M0B A;  3ZOV A;  4Y5K A;  1ZBG A;  5OZC A;  3JVY A;  3QI1 A;  5P87 A;  5P2Z A;  5P07 A;  1QDM A;  2BKS A;  4Y5E A;  2QMG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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