5P2OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 142
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2oA01
3RSVA 5P3GA 3BVBA 4DJOA 4GB2A 5P16A 3ER3E 1A30A 1BV7A 2QI4A 3D3TA 2O4NA 4HA5A 1QBSA 4DV9A 4L6BA 3ZKGA 2P8HA 2Q3KA 2ZE1A 5P0EA 5P0WA 3LIYA 3FKTA 3IXJA 1EAGA 1K6TA 3Q3TA 5P70A 5P7OA 5P58A 1ENTE 1GVWA 4PYVA 1K6CA 4RRNA 2PK6A 5P3IA 2ZJHA 1MVPA 4NJTA 1K6PA 3TOHA 2NMYA 5P4WA 2MIPA 1IVPA 1HXBA 1SIPA 1NSOA 4Y37A 4FM8A 3JW2A 3L38A 5I3YA 5OZ1A 1BILA 5IVSA 2F81A 4Z22A 2NR6A 1FEJC 5P5AA 5P20A 1Z8CA 4Y43A 4APRE 4Y4BA 5P1YA 5P4UA 4B70A 3OAGA 3UFNA 5P80A 1GKTA 3LPJA 2QHCA 4FS4A 5P0LA 2Z4OA 5P3MA 4Y3TA 3PHVA 4YCKA 1APVE 3BXSA 3L5EA 1W5WA 5P3BA 5P3ZA 1EPLE 5P2BA 2ZJIA 1IIQA 5P7WA 4RCEA 4YD4A 2AVMA 4Y5MA 4ZPGA 5OYRA 4Y48A 1ZSFA 5P36A 4I0GA 4RCFA 2QMDA 4AZYA 1M4HA 2A4FA 5OZVA 2AZBA 9HVPA 4J1CA 2BPYA 5P3KA 4B78A 2IKUA 1D4YA 3O9DA 5KQFA 2VJ6A 2QAKA 5UPJA 5P0MA 5P0DA 2VJ9A 5DR3A 2AOHA 5C9FA 2JJJA 4YBIA 1EC3A 5OZ5A 1ZJ7A 2AOIA 5E5KA 5P3DA 4Y3QA 4F76A 5P0CA 5P55A 5CLMA 1T3RA 1GNNA 4FRJA 5P7NA 3O9LA 3URIA 3KFRA 5P7LA 2AQUA 5P5SA 3UHLA 5P0NA 4GJ5A 3BXRA 5DQ4A 2Q55A 3NUJA 2IQGA 2P4JA 5P4HA 3QIHA 5AH8A 4LXAA 5P7SA 4ZPFA 4Y56A 3PSUA 5P2NA 2QI7A 1FFIC 3A2OA 5P3HA 4ZSMA 5P83A 8HVPA 4J0ZA 1TW7A 2WEBA 4Y57A 3UFLA 3NWQA 3PGIA 4J1KA 1ER8E 5DR7A 3N4LA 4FSLA 2IEOA 4ER4E 3PB5A 4DQFA 5P03A 3PI5A 4KE1A 5P8UA 4YD5A 2AODA 2QU3A 5P87A 5P5JA 3QBHA 5ISKA 3UDHA 5KQXA 2B42A 3TNEA 5P3YA 1LYWA 1OEWA 5P6DA 5OZ0A 4DQHA 1UH8A 5P1KA 2Q5KA 5P0TA 3VYFA 5P8SA 5P6JA 5P1TA 5P4EA 5IE1A 4Y4UA 3HAWA 5P0ZA 5P4FA 3SA6A 4RGHA 3S7MA 1XE5A 5OZYA 1XN2A 4CPXA 5P7FA 4ER1E 3RSXA 2VA7A 2VNMA 3RTNA 5BWYA 5I70A 5P3JA 7UPJA 1FQ8A 5P1UA 4ER2E 1BVEA 4EQJA 5P4MA 4GJBA 4EHCA 3AUPA 3VSXA 5P4YA 2AVOA 3UDQA 4DJPA 1GVVA 2VS2A 5P5DA 5OZAA 2P3BB 4J0PA 5P7VA 3HVPA 5P6BA 5P47A 3UDKA 4Y50A 5P1JA 1A94A 4CMSA 4BEKA 1TCWA 1FMUA 2G1OA 5P7QA 2PWRA 3VUCA 2RKGA 5P2LA 3IVHA 1SGUA 4Y47A 5P65A 4Y4TA 4YE3A 1K2BA 4DUSA 3ZKIA 1WBMA 5ISJA 2FXDA 2QHYA 5ENKA 1LZQA 5P02A 5P3SA 1T7IA 5P4LA 2ZYEA 1W51A 3PLLA 1EBYA 3DOXA 3O9CA 2R3TA 4L7JA 1KJHA 3O9GA 1FQXA 3OTSA 4RVXA 5OZ7A 3R2FA 5OZTA 5P7RA 5HTZA 5F00A 1Z1HA 1B5FA 2H6SA 4B05A 5P1WA 5I3WA 1CZIE 2F80A 5OZCA 1QBUA 5P5TA 3OGPA 5P2JA 3O9FA 2Q15A 3KDDA 5P2OA 2PK5A 4RRSA 4DPFA 3CKTA 3URJA 4H3IA 1BBSA 4I1CA 4WY1A 4JP9A 4MC2A 4Y5AA 3QRVA 3KFNA 3SM1A 4GJ7A 5P5UA 5P3NA 3BUGA 2V10C 2JXRA 5OZOA 4FM6A 5P2SA 3HLOA 3BUHA 5OYSA 4EQ0A 4I0EA 3OY4A 1HVSA 4Y5NA 5J25A 5P30A 1ZAPA 4DJQA 2PYMA 4I0HA 2J9JA 5P40A 5P0OA 4L1AA 5P2UA 5P5OA 5P8MA 3OU1B 5BRYA 5P5GA 1NPAA 5APRE 3Q4BA 3LINA 5HCTA 3NR6A 3T3CA 4RVIA 4APEA 3TPPA 5P7GA 1BXQA 4A6CA 1BWAA 5P8PA 2XYFA 3UPJA 4EXGA 5P6IA 1LEEA 3VF7A 3LPKA 5P1PA 4OD9A 1MRXA 4BFDA 2AVQA 5P1NA 5P53A 5TOLA 4R91A 3GI6A 4Y4EA 5OYTA 2OHQA 1ME6A 5P0XA 5P1XA 1NH0A 3QROA 1HOSA 5OZMA 5P5BA 5P4AA 3KT5A 5DGUA 3QPJA 3OWNA 5P6RA 3EL5A 4NJVA 4ZSRA 3DV1A 5DPZA 4KUPA 4N00A 4K8SA 3OXVA 1SIVA 5P2AA 1DW6C 4FRIA 5P59A 3GW5A 1RQ9A 3EKYA 3S2OA 3C9XA 2IRZA 5KAOA 2NNPA 5P81A 3LZSA 5DQ2A 1GNMA 1KJFA 6APRE 1HVJA 1HSIA 1NPWA 5P1HA 5P2MA 3BVAA 1MTBA 3INEA 4H3FA 4R95A 4AUCA 3NU5A 1HVIA 5P89A 3VSWA 4U7QA 4NPTA 3IXKA 5BS4A 1QBTA 3QAAA 2XFKA 2AZCA 1EBZA 4J0TA 3SA9A 2OHTA 5P18A 1KJ7A 3EBZA 4Y3FA 5JFPA 5IVQA 3OADB 3ZOVA 1W5YA 3OQFA 5P4GA 5JODA 1W5XA 4Y5CA 4D83A 1YM4A 1YG9A 1BVGA 4ZLSA 5P12A 4I0FA 5P0KA 3TL9A 1YTGA 1PPKE 3HD8A 5OZDA 5P4JA 4OBJA 4R93A 1UPJA 1MUIA 4Y54A 4EXHA 2V13A 4RYGA 1HIIA 2FIVA 4AA9A 4QJ6A 3TH9A 4CPTA 2I4XA 1OD1A 2QI1A 4OBDA 4X2LA 3KN0A 5P7IA 1YTHA 4D8CA 1AZ5A 1D4SA 5P6VA 1MT9A 2XFIA 5P75A 1VIKA 5AHBA 5P7XA 2HS2A 3OQKA 2PH6A 4Y58A 2O4LA 4D89A 4OBZA 5P32A 3U7SA 3MSLA 4Y45A 4Y3XA 2ER0E 4DQCA 4NJSA 5P1DA 3K5FA 1FG8C 5P05A 3KMYA 3SM2A 5P41A 2V12C 3OHHA 1G0VA 5P4IA 5P84A 5P5XA 5AHCA 1DPJA 5P6UA 1YM2A 3EM3A 3D20A 4JOOA 4DJYA 3D1YA 5P1LA 5P1AA 1QS8A 4Y5GA 4Z50A 3GGVA 3PJ6A 3GI0A 4Y39A 1ZBGA 4EWOA 1NPVA 5JG1A 5P7UA 2HIZA 3WB4A 2FS4A 5P3LA 5P71A 2ZJLA 4PHVA 1D4LA 4TRWA 2BPWA 5I3VA 1DAZC 4GJCA 5KR1A 1D4JA 1IZDA 4GJ6A 5OZIA 3KDCA 1K1UA 2G22A 1D4KA 3MSJA 5ENMA 3SFCA 2HB2A 1EBWA 2OHLA 4Y51A 2V11C 3IA9A 2ZHSA 4RVJA 5P5NA 2CEJA 4EPJA 3OQDA 4R5NA 5OZBA 4FL8A 5OYZA 2QMFA 3FNUA 4F74A 4I10A 5P3PA 3LZYA 2QZXA 1F34A 3FX5A 5P29A 5P01A 2JYSA 3LHGA 5P08A 5OZ3A 4E43A 1RNEA 1G6LA 5OZQA 2IDWA 4B1DA 2BPVA 3DCRA 4HE9A 3EXOA 2HAHA 2QZWA 5P8GA 1YTJA 2B7ZA 2I0DA 3CIBA 5P2ZA 5P1ZA 3KA2A 2F3FA 3CYWA 4DJVA 1HWRA 5OZHA 4L7GA 3EKVA 5ER1E 1EPME 5KR0A 3OU4A 4YBFA 2QZKA 5P7YA 3NU6A 4Y41A 4NJUA 1FKNA 4B1EA 3FSMA 3R0WA 3INDA 3L5FA 4FCOA 2OHKA 4GJAA 4LHHA 4OBKA 3UQPA 1TQFA 5OZWA 5HDUA 2F3EA 3TLHA 4QJ9A 5P0BA 3TKGA 3FNSA 4K4RA 2B7FA 3SPKA 2PQZA 3HVGA 4FM7A 5KQYA 1HSHA 2HB4A 2NXDA 5P2YA 3HBOA 4HVPA 3CIDA 2PMAA 4Y4DA 1XDHA 3BGCA 5HCOA 2VIZA 4ZSPA 5P8RA 4AMTA 1AAQA 3OK9A 3LIXA 3U6AA 2BPZA 1UH7A 4EJLA 3KT2A 3G6ZA 5P8CA 2PSGA 3O9AA 3INFA 2HB3A 5AHAA 2Q64A 5EZXA 3UQXA 5P57A 4J0YA 5I3XA 1HTEA 4I0ZA 3PVKA 1META 1QBRA 2VIJA 5P13A 5P7TA 2JE4A 5P27A 1HRNA 5P49A 3PMYA 5P1QA 5P14A 1ZPAA 3U71A 3LNKA 4EP2A 2I4VA 2NPHA 2VA5A 5P5LA 3WZ7A 3UQWA 5P2VA 5P2XA 3BC4A 5C9DA 1PSAA 2R5QA 3B80A 1ZLFA 5P2TA 3PWMA 5OZKA 3S45A 1AJXA 5P15A 1TZSA 3KDBA 3KYRA 2VNNA 1FLHA 4FAFA 3EL9A 4I12A 4K4QA 5P5PA 1C6ZA 4F73A 2G21A 2HS1A 5P64A 2HPFA 5SZ9A 5P34A 2AOCA 4FRSA 3VG1A 3T11A 5KQZA 4ACUA 3AIDA 3VFBA 5P1IA 2WF2A 4I0JA 1G2KA 1Z1RA 5P1RA 3LZVA 5P5WA 1FQ5A 4GJDA 2H6TA 4Y3GA 1LYAA 2BPXA 2OHRA 3NU4A 4A6BA 5P10A 4K9HA 2CEMA 3APRE 2BQVA 3SO9A 5P2IA 1ODWA 2WJOA 5P6GA 3SQFA 2FNSA 1LS5A 4J54A 6FIVA 4CPQA 3IVIA 1HSGA 5P1VA 2ZJJA 2R5PA 3HZCA 2AVVA 5P8TA 3G72A 5DR0A 4DI2A 4Y3JA 4XXSA 3K5CA 2ER6E 1EPRE 3INHA 5P5VA 1BWBA 4GYEA 4Q5MA 2BBBA 1XL5A 5P4RA 5FIVA 3NXNA 3L3AA 1K1TA 5OZFA 4QGIA 2O4PA 5P6ZA 4I11A 1B5FB 1FQ6A 2O4SA 1C6XA 3UDPA 2WF3A 4YDFA 3UQUA 5P0SA 4BELA 5P2HA 5P82A 4FSEA 3EM4A 3S53A 3KM4A 1EC2A 5P2QA 5P3OA 5AGZA 5P3FA 2QI0A 3RTMA 5P5RA 4DQGA 2G20A 4Y3HA 2WL0A 4DQEA 3FNTA 4DJUA 1TCXA 3UQRA 5T4SA 3IXOA 5P67A 4Z4XA 2BB9A 3L5BA 3GI5A 5P6XA 1PFZA 5OZLA 2G26A 4DJRA 5OZ8A 2WEZA 2J9JB 4L1AB 5HDZA 2P3DA 2OHPA 2QMGA 4J5JA 2P3BA 2QZLA 2QD7A 2QI6A 4I8ZA 5P3CA 2AIDA 3EKQA 1B6JA 4H3GA 5P6FA 1HVHA 1T6GA 1BDRA 5P60A 4Y38A 2G27A 5B18A 3NDWA 3SA3A 2AOGA 3EKWA 4Y35A 5P11A 3OQAA 3OUCA 1MSMA 3LIVA 3LIZA 4ACXA 1EC0A 1UH9A 2AZ9A 2I4DA 1RPIA 1MRWA 1HPXA 2AOEA 5IS4A 1E80E 5DR4A 5P79A 1ODYA 1YX9A 3ZKSA 5P1FA 7HVPA 4I0IA 2PWCA 2ZHTA 5P50A 2R38A 2JJIA 1SP5A 5P7BA 4DVFA 2G1RA 3S8IA 3EM6A 3OXCA 2OHSA 2B8LA 4J1EA 5JFUA 3KFSA 5P26A 5P7DA 4KE0A 1PPLE 4Q1XA 2R43A 3CMSA 4PEPA 5P3WA 1ZPKA 3UTLA 4YD6A 1W6HA 3HDKA 4DFGA 5HD0A 5HE5A 3LZUA 1JLDA 5OYUA 3R0YA 5P8AA 3DUYA 5OYWA 5P33A 4J1HA 5P07A 3KMXA 4Y3LA 3NUOA 2FNTA 3BRAA 5SXNA 4XKXA 4HLAA 4RYCA 3S43B 5P6CA 4LP9A 1HTRB 5ER2E 1J71A 3PSGA 5P6OA 2EWYA 3PLDA 5P63A 5P6WA 2FGUA 3NU3A 5IVTA 2VIEA 1FIVA 3ZLQA 5P7HA 5P8IA 4OC6A 1OHRA 1MERA 3QVIA 3ER5E 3OU1A 3WB5A 3HAUA 4OBHA 4QJ8A 1B11A 2G1SA 4FGXA 3SKGA 1XE6A 3ZMGA 5EZZA 3I7EA 5COKA 3TPLA 3ZKMA 3TOFA 2FGVA 1HHPA 1QDMA 2O4KA 3OQ7A 1CPIA 3ECGA 5P6HA 1LYBB 2I4UA 3QRMA 2G1NA 1DIFA 5P77A 4JPCA 4A4QA 5P4KA 4WY6A 4Y44A 5P2WA 5SY2A 3ZPTA 1SDUA 1PPME 1D4HA 5COPA 5P8BA 3VYDA 3LIQA 4UPJA 4J17A 2QNPA 5OZZA 2UY0A 4FRKA 4Y4ZA 2APRA 2ZJKA 4LAPA 4CPWA 4TRYA 1B6MA 4Y5PA 4ZE6A 4DJXA 5DQCA 2PYNA 5P1EA 3BUFA 5P72A 3I8WA 3VYEA 5P8QA 3OXWA 3OTYA 4OBZB 4EJKA 2RKFA 2QK5A 2PSVA 2ZJMA 4Y3EA 5COOA 5HU0A 1W6IA 4WTUA 5DQ1A 2G1YA 1CMSA 1K6VA 1FQ4A 5P2CA 3OU3A 5P56A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RSV A;  5P3G A;  3BVB A;  4DJO A;  4GB2 A;  5P16 A;  3ER3 E;  1A30 A;  1BV7 A;  2QI4 A;  3D3T A;  2O4N A;  4HA5 A;  1QBS A;  4DV9 A;  4L6B A;  3ZKG A;  2P8H A;  2Q3K A;  2ZE1 A;  5P0E A;  5P0W A;  3LIY A;  3FKT A;  3IXJ A;  1EAG A;  1K6T A;  3Q3T A;  5P70 A;  5P7O A;  5P58 A;  1ENT E;  1GVW A;  4PYV A;  1K6C A;  4RRN A;  2PK6 A;  5P3I A;  2ZJH A;  1MVP A;  4NJT A;  1K6P A;  3TOH A;  2NMY A;  5P4W A;  2MIP A;  1IVP A;  1HXB A;  1SIP A;  1NSO A;  4Y37 A;  4FM8 A;  3JW2 A;  3L38 A;  5I3Y A;  5OZ1 A;  1BIL A;  5IVS A;  2F81 A;  4Z22 A;  2NR6 A;  1FEJ C;  5P5A A;  5P20 A;  1Z8C A;  4Y43 A;  4APR E;  4Y4B A;  5P1Y A;  5P4U A;  4B70 A;  3OAG A;  3UFN A;  5P80 A;  1GKT A;  3LPJ A;  2QHC A;  4FS4 A;  5P0L A;  2Z4O A;  5P3M A;  4Y3T A;  3PHV A;  4YCK A;  1APV E;  3BXS A;  3L5E A;  1W5W A;  5P3B A;  5P3Z A;  1EPL E;  5P2B A;  2ZJI A;  1IIQ A;  5P7W A;  4RCE A;  4YD4 A;  2AVM A;  4Y5M A;  4ZPG A;  5OYR A;  4Y48 A;  1ZSF A;  5P36 A;  4I0G A;  4RCF A;  2QMD A;  4AZY A;  1M4H A;  2A4F A;  5OZV A;  2AZB A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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