5P2QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 143
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2qA01
5P5JA 5P0TA 5KOSA 4APEA 5OZXA 1T7IA 3EL9A 5P26A 5P7RA 1EBKC 3OQDA 3SFCA 4K4RA 1XS7D 5P7DA 1IDBA 3KA2A 4U8WA 4EWOA 1KJFA 1MEUA 2APRA 4Y3RA 5P65A 1K6VA 5P8RA 5P4LA 2ER0E 5OZ6A 2VJ9A 3L38A 3ZKQA 2R3TA 3Q5HA 4FL8A 4LP9A 5P0WA 2P3CA 5P7TA 5P17A 1FGCC 2AVVA 1FFFC 4Y4EA 5ISKA 4Y5NA 3GW5A 4XKXA 1ZP8A 5P68A 4OBJA 5P0QA 5P6UA 4EQ0A 5OZGA 5P1PA 3Q4BA 5P2BA 3EL4A 4H3JA 3SQFA 2Z54A 2OF0A 3EKTA 4TVGA 3EKPA 2PWCA 5P66A 4DJVA 3FSMA 4I0JA 5P4QA 5P3EA 5P4HA 5P81A 1ZLFA 3NU9A 4YCKA 4YD5A 1KJGA 3OXWA 5P8UA 2PWRA 5P7MA 2WF4A 3HDKA 3MXDA 5P0EA 4EJLA 2ASIA 1YM2A 5I3WA 5P0BA 3LZSA 3QVCA 3U6AA 4J0TA 1FFIC 3URJA 5P1YA 4K4PA 3L5EA 2AOJA 3UQWA 5C9FA 4FRSA 3EM4A 3OGPA 4QGIA 2OHKA 1EBYA 4R8YA 5P1QA 3QRVA 3TPLA 5UPJA 3SM2A 1D4KA 1AVFA 3OWNA 2AZCA 5OYUA 1EC1A 4OBGA 4R91A 4OBKA 2A4FA 3KFNA 4Y3HA 3ZLQA 3EBZA 5P7VA 5P4CA 2ZJJA 3LIQA 4F76A 5P06A 4Y54A 4B1DA 2ZJHA 3CYXA 4KE0A 1C6YA 2NNKA 2QI7A 1BAIA 2V13A 5I70A 1ZSRA 5P0JA 5P4YA 3ZKMA 1Q9PA 2WKZA 1DPJA 4YCTA 5P6CA 1PPKE 4LL3A 5P2IA 1XDHA 5P0UA 4BFDA 3KFPA 1K1TA 2Q11A 5AH9A 3PGIA 5P5DA 5P43A 5P7LA 5P1OA 5P61A 3R1GB 3RSVA 3VLBA 5P0SA 5P5MA 5AH8A 5P4GA 3CKTA 5P1TA 2HS1A 5P49A 3EKQA 5HDVA 5HDXA 5BS4A 4D85A 2VIYA 1TQFA 5P4SA 3O9EA 5KOQA 3UDYA 1MSMA 2G69A 4M8YA 3K4VA 1TCWA 3L58A 5DQ2A 2EWYA 5P74A 1PFZA 5OZ0A 3EKWA 5P2YA 3D1XA 5OZTA 5P7BA 3MSJA 2ZJLA 1B6MA 5P7KA 5P8TA 1OEXA 3DV5A 1DMPA 3S53A 4PZXA 3MWSA 2QI1A 4R95A 4I0IA 5OZSA 5P3XA 1RL8A 5OYWA 3Q70A 2FDPA 5OYVA 3K5GA 2H6SA 4LBTA 4Z22A 2JJJA 3PSUA 5P80A 3B80A 5P1RA 3UQUA 4COEA 4FM6A 1YTGA 4GJCA 1W5XA 1Z1RA 5IS4A 4NPTA 4FCOA 3TLHA 3JVYA 4I0ZA 2OHMA 5P3HA 1FQ6A 3CYWA 5OZCA 3VV7A 2G24A 5P62A 5OZ3A 3K1WA 1APUE 1HSHA 5P1JA 2O4NA 2PQZA 4HDPA 2FXEA 5KQYA 4GB2A 4YD4A 5P2CA 2VS2A 4RYGA 5P67A 1FQ4A 3HBOA 2ZJMA 4GIDA 1LYBB 1SIVA 2R3WA 3PI0A 4TRZA 5P2RA 4YBIA 3URLA 5APRE 3HD8A 3ZKSA 3VYDA 1UH7A 3WSJA 3IXOA 4I11A 1SDUA 5DGUA 5P7IA 1HTRB 5P6EA 3O9BA 4Y3MA 5OZMA 2QI4A 1B11A 3PVKA 4YD6A 5OZEA 1K1UA 2I4XA 4Y53A 5P5FA 5P6WA 5P3OA 5P5ZA 4I1CA 4D83A 3UDJA 3TPJA 1HXBA 4ZIPA 1SDTA 1JLDA 1E82E 2G1NA 3QVIA 5ER1E 2PK6A 3S45A 3S8IA 4MC6A 5P7WA 2VJ6A 2ZHTA 4DJQA 2P3DA 1ZBGA 3NSHA 4LXKA 4CPXA 5EZZA 4Y4BA 5P5KA 4Y56A 4B1CA 5P8JA 2IEOA 4PZWA 1SGZA 5P1KA 5PEPA 3OAGA 5OZPA 5P2DA 1G35A 2B7ZA 5SZ9A 2B60A 4YE3A 1KZKA 3O9LA 5P6GA 3EMYA 3KDDA 4MC1A 1E80E 3PHVA 3OAGB 1HVLA 2PSGA 5COKA 5P7JA 2PK5A 3UF3A 4BEKA 3BGBA 5SY2A 5P6QA 3WZ7A 3NLSA 4FM8A 5P3JA 5AH6A 5P5TA 3BVAA 3O9AA 4A6BA 3UCBA 3NWXA 4Y4UA 3DV1A 4AA8A 5P44A 1BIMA 1QRPE 3OTSA 3OXXA 1GNMA 1DP5A 4Z50A 5P7GA 2ZHUA 5P20A 3LZVA 3DOXA 1W50A 1BWAA 2NR6A 3SA9A 1RPIA 1GVTA 5P3NA 4GJ7A 2IGYA 3APRE 4Y5MA 3GI0A 4B72A 2G20A 5P63A 2WEDA 3TKGA 5OZ9A 2QCIA 3PWWA 3BUHA 4EJ8A 2V00A 2QD6A 4RCDA 1ODYA 3FNSA 5P3VA 5P4JA 2NPHA 2FDEA 5DPZA 3OQ7A 1QDMA 1EPLE 4GJAA 5P2AA 3PMYA 1EPRE 2P3AA 5P1LA 2G26A 4L7HA 2J9KA 5P50A 4YHQA 4B77A 3UDQA 3O9DA 5P64A 3ZKNA 4Z4XA 5P8NA 5OZ7A 2XFIA 4CP7A 4ZSPA 5F01A 3KMXA 5P7OA 4Y5LA 1HHPA 4DQFA 5P1GA 3LINA 5OZDA 5OYZA 5P77A 4Y3XA 3BXSA 3VUCA 3EM3A 4L1AA 4QJ9A 1EPOE 5P5GA 2G21A 5DR4A 3LNKA 5OZNA 4J1IA 3G6ZA 4L1AB 1YX9A 3NDWA 2WEZA 3WB4A 4X2LA 4X7IA 3TTPA 2QMPA 1F7AA 4B1EA 4K8SA 2IKUA 4Y3LA 5P3AA 3OU3A 3NWQA 3TOFA 3UPJA 1J71A 4ZSMA 2HC0A 2F3KA 4QJAA 2F80A 1E5OE 3OOZA 1ODXA 5P4XA 4J54A 5P84A 1OEWA 3F9QA 4H3IA 4PEPA 3R0YA 4JPEA 2MIPA 5HU1A 3O9CA 5P2VA 2F8GA 2FLEA 4NJUA 1SH9A 3QBHA 1AAQA 4DPFA 4B05A 3OUDA 2OHSA 1FEJC 5P0GA 1EAGA 4RVXA 5J25A 4GYEA 4Y3FA 4CMSA 2FMBA 5P56A 3FV3A 4UPJA 3VSXA 4FAFA 1BWBA 1NSOA 5AHCA 1MTRA 1MRXA 4Y41A 1ZPKA 2B8VA 4F73A 3RTNA 3PWRA 5OZ5A 3ZPUA 3SO9A 4D88A 7HVPA 4Y4WA 4ZSRA 4LXMA 1MESA 1LYAA 1ZJ7A 3DUYA 5P45A 4YBFA 3WZ6A 5P7UA 1FQ8A 4EJDA 5IVQA 1NH0A 5P6BA 2V16C 3SA6A 3UDMA 2V11C 5P3DA 1LYAB 4Y4TA 1KJHA 4YDFA 3EM6A 5P27A 5P15A 4B0QA 5KR0A 4EXHA 5P1HA 4Y3YA 5P82A 5P2FA 1HBVA 5OZKA 1BV9A 2Z4OA 3KMYA 5HE7A 5P6LA 3TOHA 3KN0A 3WZ8A 5P7XA 2UPJA 3KT5A 3S7MA 1HVKA 1W5WA 2NNPA 5P4PA 4J0PA 5P8VA 1RQ9A 3IVIA 4J1CA 1MIQA 1MT8A 1EC3A 1BXOA 3VF3A 2AOFA 4ACXA 3QRSA 5P3LA 2QI0A 2IENA 4L7JA 4Y9WA 2IQGA 3JW2A 4U7VA 5I3VA 5P2HA 3RSXA 1XN3A 5P8BA 1W5VA 2HPEA 5P6RA 1IZIA 4IVSA 5KQFA 4LHHA 5P7EA 5ENMA 1A94A 3O9IA 5P28A 3OUBA 4DH6A 3U7SA 1HVSA 3UDPA 1HPOA 5I3YA 2G1YA 1MT7A 3PCZA 4ZE6A 2O4SA 5P6SA 1UH8A 3H5BA 5P8GA 3OTYA 5JFUA 5P89A 1SDVA 1SBGA 1W6HA 4EPJA 3SACA 4MC9A 3O9GA 1BVEA 5P08A 3HAWA 1B6KA 2QZWA 3HAUA 5P3YA 2VA5A 3EC0A 5P0KA 1HVJA 5P71A 5C9DA 5C9BA 4YOBA 1ZAPA 2QZXA 3OGQA 5P2WA 1PPME 5P4KA 3LZYA 7UPJA 3L59A 5P73A 5P1FA 1IDAA 1GNOA 1BBSA 2OHPA 1EC0A 5KAOA 4Y3WA 5P0XA 5HE5A 2A1EA 1TW7A 3INHA 8HVPA 5P8IA 2RENA 2BPYA 4DFGA 4Y5AA 5HD0A 2WF1A 4R92A 5P5EA 3N3IA 3CKRA 5P53A 3UDRA 3TNEA 4J1EA 5DQ1A 3UDHA 5OZAA 3R4BA 5P51A 5EZXA 4NKKA 2H6TA 2PYNA 5P6XA 3PB5A 2AZ8A 3L5CA 2FGVA 1PPLE 4F75A 2P8HA 4I0FA 4IVTA 2ZHSA 5OZHA 1D4YA 5P4DA 5P60A 2I4UA 3K4VC 2O4KA 1BVGA 1M4HA 5P0ZA 5P7NA 2PH8A 2F3EA 1ENTE 3IN4A 2RKFA 4H3GA 3C9XA 5P8AA 4KUPA 2VA6A 5P3MA 5P6TA 2Q3KA 3DK1A 3MSLA 1QBSA 5P69A 1GVWA 2F3FA 3OU4A 1WKRA 5P4RA 1FF0C 2BBBA 5KR1A 1MVPA 2QU3A 5OYQA 3SKGA 1HIHA 2Q5KA 3OU4B 1MTBA 1T3RA 4DJYA 5T4SA 4EHCA 1EPQE 1ZSFA 2R43A 3EKVA 1ME6A 4EP2A 3NU5A 1AXAA 4HEGA 5P5PA 2ZDZA 2QNPA 5P2EA 5P2KA 2I0AA 5P5SA 1WBKA 4Y6MA 5P5UA 4JP9A 3DM6A 5AHBA 4Y5EA 2QNQA 4YCYA 1GVUA 2UXZA 5P1ZA 5P8LA 1HTEA 3ZKIA 3VYEA 3NDXA 4J5JA 5P4BA 4EQJA 5HDZA 3SM1A 1F34A 3RTMA 4Y45A 2NXLA 5TOLA 5P1WA 3BUGA 4Y3JA 1UPJA 2QI3A 5P7AA 3INDA 3IXKA 5P2UA 5P83A 5P03A 3NUJA 4OC6A 1QBUA 1XL5A 3I6OA 1XE6A 1D4IA 1YTHA 2V12C 1K6PA 5P4IA 1MPPA 5P0HA 2XFJA 2AOIA 5P3TA 5P4NA 5P55A 1BDRA 5DR8A 2QMGA 5P79A 3D3TA 3QROA 5P8MA 4J1HA 2JJIA 3I2LA 4DJRA 5P4MA 4Y3NA 5P6KA 5P6AA 5P2SA 2QHYA 1TCXA 3SPKA 1WBMA 5P88A 1IZHA 5P8SA 3VF5A 1OHRA 2J9JA 2VA7A 4I0GA 2WECA 5P75A 3I25A 3NR6A 4DJXA 3IGBA 1E81E 1DIFA 1LF3A 2B8LA 4LAPA 3PRSA 2BPVA 2QD7A 2ER6E 2J9JB 4YD7A 1SMEA 1EPPE 3LPKA 3VLAA 3FIVA 4RVIA 4OBHA 5OZJA 4Y3TA 1XN2A 4FRKA 1CPIA 5P54A 5OZ2A 5P4WA 5P8KA 3EKXA 1SIPA 1FLHA 1D4SA 5P7HA 5P35A 2HPFA 1IZDA 1GNNA 1IVPA 3U71A 3NU6A 3BVBA 4RRSA 4Y47A 5P1IA 3WB5A 5P3ZA 4FE6A 4Y3ZA 4K9HA 5P0PA 5P8DA 4AA9A 3K5FA 3IN3A 4JECA 4I0DA 1B6JA 1APTE 5P23A 4DI2A 5OZUA 2WEBA 1K6CA 2ER9E 3UTLA 1B5FA 1YT9A 1MT9A 1Z8CA 1T7KA 3SLZA 1DW6C 4Q5MA 5DQCA 2HB3A 5OZYA 2AIDA 3O9LB 5P0IA 2ANLA 5B18A 1D4HA 4Y4JA 1FMBA 1NPAA 5P3RA 2QHZA 2QU2A 1B5FB 5P1UA 4RLDA 3NXEA 1UH9A 5P6MA 4DPIA 5P1AA 4FGXA 5P5LA 1EPME 2O4LA 5HCTA 5P6JA 5OZOA 2B42A 4DQCA 3B7VA 5P1SA 5P86A 5P1NA 3PJ6A 1HEGE 4WY1A 4KB9A 4DQHA 1AZ5A 3GGXA 4RZ1A 5P4UA 3I7EA 3BRAA 3L5FA 4Y37A 5P6ZA 2AOEA 3CKPA 2QAKA 3KYRA 3GGUA 3KM4A 3SAAA 2BJUA 3EL0A 1HIVA 2P3BA 5OZ1A 4NJTA 1FQ5A 1CZIE 4LC7A 5P1BA 3OU1A 4XX4A 3UHLA 3NDTA 3PM4A 4BELA 4N00A 3URIA 5P16A 1LEEA 1HPSA 4DUSA 5P6YA 2G94A 1RV7A 3GGVA 5OZBA 3ZKXA 3BHEA 1PSOE 4CPSA 5P0OA 5P5YA 4Q1WA 5DQ5A 1AJXA 5P29A 2IDWA 3SA3A 4L6BA 1LZQA 3BC4A 5CLMA 1LF2A 4HE9A 5P7CA 1A9MA 4I0EA 4JPCA 3DCKA 4I10A 3Q6YA 4FM7A 2NXDA 1HVIA 3KFRA 5HVPA 2XYFA 5ER2E 3N4LA 1A8GA 4DQGA 2RSPA 5P1XA 4KE1A 1B6PA 2NMYA 3PBZA 3EL1A 2XFKA 4J1FA 5P5IA 5OYYA 1PROA 2Q63A 2IS0A 4CPUA 3QAAA 3LHGA 3OHHA 1LV1A 3T7XA 3TPPA 4AUCA 4YD3A 1M0BA 2ER7E 4RCEA 3VFAA 4Y5BA 3KDCA 4QJ6A 4DV9A 5P33A 4QJ2A 5P5XA 3OUCA 4HLAA 4GJ9A 5HTZA 3NXNA 5P4EA 1HTGA 1NPVA 2QI6A 2IRZA 3ZMGA 4ER4E 1B6LA 1T6EX 2VIJA 1KJ4A 5P36A 3OUDB 3ST5A 2CEJA 5P3UA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P5J A;  5P0T A;  5KOS A;  4APE A;  5OZX A;  1T7I A;  3EL9 A;  5P26 A;  5P7R A;  1EBK C;  3OQD A;  3SFC A;  4K4R A;  1XS7 D;  5P7D A;  1IDB A;  3KA2 A;  4U8W A;  4EWO A;  1KJF A;  1MEU A;  2APR A;  4Y3R A;  5P65 A;  1K6V A;  5P8R A;  5P4L A;  2ER0 E;  5OZ6 A;  2VJ9 A;  3L38 A;  3ZKQ A;  2R3T A;  3Q5H A;  4FL8 A;  4LP9 A;  5P0W A;  2P3C A;  5P7T A;  5P17 A;  1FGC C;  2AVV A;  1FFF C;  4Y4E A;  5ISK A;  4Y5N A;  3GW5 A;  4XKX A;  1ZP8 A;  5P68 A;  4OBJ A;  5P0Q A;  5P6U A;  4EQ0 A;  5OZG A;  5P1P A;  3Q4B A;  5P2B A;  3EL4 A;  4H3J A;  3SQF A;  2Z54 A;  2OF0 A;  3EKT A;  4TVG A;  3EKP A;  2PWC A;  5P66 A;  4DJV A;  3FSM A;  4I0J A;  5P4Q A;  5P3E A;  5P4H A;  5P81 A;  1ZLF A;  3NU9 A;  4YCK A;  4YD5 A;  1KJG A;  3OXW A;  5P8U A;  2PWR A;  5P7M A;  2WF4 A;  3HDK A;  3MXD A;  5P0E A;  4EJL A;  2ASI A;  1YM2 A;  5I3W A;  5P0B A;  3LZS A;  3QVC A;  3U6A A;  4J0T A;  1FFI C;  3URJ A;  5P1Y A;  4K4P A;  3L5E A;  2AOJ A;  3UQW A;  5C9F A;  4FRS A;  3EM4 A;  3OGP A;  4QGI A;  2OHK A;  1EBY A;  4R8Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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