5P2TA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 146
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2tA01
4Y5LA 2F3FA 3SABA 4ACXA 2FGUA 2QZLA 2UPJA 3L59A 2QNNA 3EM3A 4CPQA 4JPCA 3UDHA 5P6AA 2QHZA 1CMSA 3MSJA 2FXEA 1PPKE 3RSVA 5P5KA 5E5JA 5P7DA 2WF4A 3UDNA 3PWMA 5SXNA 3OXCA 3DCRA 3CMSA 2R43A 3VV6A 3R1GB 1GKTA 1Q9PA 4U7VA 2AOIA 5T4SA 3UDRA 5P4EA 1DAZC 2AOGA 1M0BA 3PGIA 2ZDZA 2EWYA 4WY1A 5P5TA 4EYRA 3DV5A 3HVGA 4J1CA 4EP2A 3O9BA 4Y3SA 1DP5A 5P3AA 2ZJLA 5JFUA 6FIVA 3PWWA 5P6EA 1TCXA 3UQPA 4Y3GA 5P5IA 5P1DA 2QMFA 4GB2A 4FE6A 3VYDA 4LHHA 4CKUA 1MESA 5DQ1A 5EZZA 3Q6YA 4CP7A 2IGYA 4K9HA 3D1XA 1MSNA 1ZPAA 3HBOA 5P2XA 3UPJA 3GGUA 3MSLA 5OYQA 4Y39A 4ZPGA 5P12A 3S8IA 2PYMA 3EL0A 5P0RA 5P3GA 5P4NA 2UY0A 4ZEAA 5P7SA 5P5DA 2IQGA 1EBZA 1YT9A 5P0IA 1HSHA 2J9JB 1VIKA 3APPA 4Y54A 5P8GA 3OQAA 5P8PA 3OUAA 1PROA 1IBQA 4TRYA 5P73A 5AH7A 2PC0A 1RNEA 3T11A 5AGZA 1AIDA 5P8UA 4YD6A 3PBDA 2AIDA 4NJUA 1B5FA 1NPAA 3VF5A 3AUPA 3KA2A 3OGPA 5P8HA 2WKZA 4Q1YA 5P31A 1C6ZA 4Y47A 4TRWA 3SLZA 1GVTA 5P24A 3UFLA 5DQCA 3WSJA 3R0WA 5P4IA 5I3WA 4Y3YA 4OC6B 3L5EA 4HA5A 1MRXA 2B7FA 3TOHA 5P5CA 3ER3E 2G1SA 4KUPA 3TNEA 2PMAA 1NPWA 3NU4A 1A8GA 5P55A 5P1PA 3HVPA 5P2JA 5SY2A 4F74A 4I12A 4I8ZA 5HDZA 4AZYA 1M43A 2R9BA 4EJLA 5P2KA 4KE0A 1IVQA 1RL8A 5P1LA 5P6XA 1XDHA 4JECA 4YD3A 5P4TA 5P7CA 1MSMA 3BGCA 5P1IA 2V0ZC 1IVPA 3MWSA 3K5FA 5OZPA 2F81A 3LIZA 4Z22A 1EBKC 5KQFA 5OZ6A 4FSLA 3KFNA 3OQKA 4I0EA 3OWNA 5P3UA 5P8IA 2V16C 1FMUA 4Y5CA 3I6OA 2I4DA 2R5QA 3SM2A 1KJ7A 5P45A 3D1YA 4EHCA 1IZIA 3URJA 3VF7A 3BHEA 4D85A 4FRSA 4DFGA 4F73A 4L6BA 5P4WA 5P80A 2A1EA 5P05A 2Z4OA 3TPLA 5P2YA 2NMZA 5P81A 2AZ8A 3ZL7A 3LIVA 1GNNA 4Y35A 5P82A 2PK5A 2R8NA 5P1UA 4UPJA 2NNPA 3MXDA 3PBZA 5P2WA 1K6PA 1ODYA 3QRMA 2G27A 3R4BA 4Y3RA 4HE9A 4RVJA 3Q5HA 4EXHA 2FLEA 4Y3WA 1W50A 3SKFA 4DJUA 5HDXA 5F01A 3FX5A 1QBTA 2R3TA 2OHSA 3IGBA 5P8EA 4DJRA 1UH9A 4RGHA 5P4QA 1HVCA 3ZPUA 3UHLA 4Y4JA 5P1KA 5P7EA 1EC0A 5P36A 5P5QA 5P5AA 4DJQA 2OHQA 5P6IA 3D20A 4I10A 5P76A 2QI5A 2RSPA 4Y3ZA 3VV8A 3SA4A 1ZBGA 4COEA 3ZKSA 5P6VA 2JYSA 3I8WA 1UPJA 5P1NA 4GMIA 3QBFA 4DH6A 3H5BA 2VA7A 4D88A 2QD7A 3RTHA 1HPXA 1E80E 4L7JA 1T6GA 4Q1WA 5P1OA 3UQUA 3HW1A 1DIFA 5P2FA 3OU4B 1EEDP 4FRJA 3ZKGA 1D4JA 5P7KA 2BKSA 1SGUA 2AOHA 1ZLFA 4K4QA 5KR8A 5P56A 2P3CA 3SPKA 1LF2A 4J0TA 4L1AA 4Y4EA 1HTGA 3IXKA 4YD7A 3EL1A 1F34A 4AMTA 2Z54A 1AXAA 5P0AA 3NWXA 3UDJA 1ODWA 1B6PA 5P7ZA 4R92A 5KR1A 1B11A 4HVPA 5AHAA 5P6TA 3IXJA 2BKTA 5P1WA 5P7HA 2QNQA 1GVVA 3HAUA 5P00A 3OAGA 3PHVA 2WEDA 2VKMA 3TKWA 5P51A 5P1EA 3K1WA 3SACA 3VEUA 3FSMA 5P79A 3VF3A 3D1ZA 1PSNA 1MIQA 3HD8A 5P3CA 1SMRA 3DV1A 2WF0A 2V00A 2WJOA 3NR6A 5P3QA 5P48A 1AJXA 1YX9A 4J55A 5P6FA 3UDPA 5P85A 2I0AA 2PH8A 3LINA 3LIXA 3PB5A 5P2CA 4CPSA 5P4FA 5P7JA 4J17A 3WZ8A 3DJKA 1W51A 3NU9A 4CPXA 5KR0A 1XE5A 5P1FA 1TCWA 4Y41A 5P7AA 2AQUA 1T3RA 4F76A 5P5MA 4NJVA 4ZSRA 5P6PA 2B8VA 1META 1HTFA 5OZ7A 3NDTA 2B42A 4R91A 2QI1A 1NPVA 3JVWA 5KOQA 5JODA 5P8JA 4Y45A 4BFDA 4APEA 3T7QA 2I4VA 3VLBA 3GW5A 2ZHUA 4J0PA 2V12C 5AHBA 1HSIA 1SP5A 2OHKA 3OUDB 5KR2A 5P1VA 3H0BA 2FMBA 2ER0E 3GI0A 2NNKA 1BWBA 2I4UA 5P0VA 2G1YA 2ANLA 3TLHA 4QJ6A 4LC7A 4YD5A 5P20A 4I0IA 5P4PA 1LYBB 2QI6A 1LF4A 3BUHA 5DR0A 3LPIA 3INDA 5P0PA 3F9QA 3NDWA 5P5XA 5OZHA 5P6GA 4CPUA 1OD1A 3PRSA 4D89A 4M8YA 3UQRA 1MVPA 2P3BB 2AOEA 5P66A 2G1RA 2HS2A 2QMGA 3VFBA 1SBGA 1LYWA 5P06A 3OADB 4EJKA 4E43A 5P65A 4Y3LA 1D4HA 1T7KA 2ZHRA 5ENMA 5P1QA 3SA8A 3OAGB 5OYVA 2AOJA 3EL5A 3NSHA 5P18A 4J1HA 1HHPA 5COKA 5P69A 5P4JA 5HD0A 3JW2A 8HVPA 3KDBA 5P74A 5DGUA 4OBZB 4ZPEA 5KQYA 1C70A 4YDFA 5P4RA 5P3OA 2NR6A 1M4HA 2APRA 2QNPA 5P8OA 3QROA 5P8QA 3SM1A 1HVKA 5P5EA 4U7QA 3QPJA 1WKRA 5JFPA 2R38A 1MT9A 3UDKA 4J1EA 3NWQA 4YBIA 5P8VA 3EL4A 1HRNA 5P0MA 5OZFA 5P72A 2SAMA 5P37A 5HCTA 3EKVA 3TOGA 4K8SA 1D4SA 5P5LA 1GNOA 3RSXA 2QD6A 3DK1A 5P14A 5P8LA 5P8BA 4A4QA 4YBFA 4D8CA 4PYVA 3ZPSA 3GI4A 5P4AA 1QS8A 3O9IA 5P4ZA 2VS2A 3LNKA 5P2IA 3TH9A 1TW7A 3PLDA 2WECA 4B05A 5IE1A 4GYEA 2QU3A 3QIHA 3O9HA 4Y4AA 4FIVA 3SA5A 5AH8A 4HZTA 3ER5E 2HIZA 1LZQA 1Z8CA 2IGXA 4RVIA 1EAGA 1D4LA 3ZKQA 5P6RA 5C9FA 4YCYA 4PZXA 5JG1A 5OZ9A 1EC2A 5P1YA 4OBKA 4OD9A 1PFZA 1YTGA 4I0JA 1ODXA 5P5YA 5OZOA 1GVWA 5J25A 4Y4WA 3S43B 1B6KA 4GJ9A 3PWRA 1FMBA 2P8HA 4OBFA 4B1DA 3O9LA 1D4KA 4LAPA 5P6YA 1GNMA 5IS4A 1FLHA 1ZP8A 1LYWB 3FNSA 3NDUA 2VIEA 2ER6E 1KJHA 5P4DA 1HWRA 5P11A 3EM4A 5OYWA 2PH6A 1PSAA 3AIDA 5P0GA 4HDFA 3KFRA 2PYNA 5OYSA 3OQDA 4XX4A 3LZVA 2WHHA 5P2GA 1LF3A 4Y3EA 5P42A 5IVQA 4YOAA 5P7OA 3T6IA 4M8XA 1BWAA 1AVFA 3ZOVA 1K6TA 4GJ6A 3SA6A 5P6CA 5P3VA 5P4GA 5P2HA 3KFSA 2HPFA 2V13A 2BPYA 3PM4A 2IENA 3U71A 3DUYA 4ZSMA 2QD8A 4QJ8A 3APRE 5P4KA 5OZTA 5P8RA 4Y5GA 4CPTA 5OZAA 4J1FA 2OHNA 4XXSA 5OZJA 2IL2A 4DQFA 4QJ9A 2F3EA 5ER2E 2I1AA 3TPPA 5UPJA 4DJVA 4TVGA 1HXBA 5P0LA 1OEWA 5P17A 4Y4DA 1YTHA 1APVE 1IZHA 1D4IA 1N49A 5P25A 3VUCA 5P0BA 2B8LA 4Y58A 1HPVA 2AVVA 1LEEA 3D3TA 2P4JA 5P0XA 2V10C 5P59A 5OZGA 3PSYA 1G2KA 5OZ8A 5P1GA 3CICA 5P2SA 3KM4A 4Y3QA 2QZKA 4I0DA 5P2LA 3SA3A 5P8TA 2Q5KA 1FG6C 5P2BA 3R0YA 5OZZA 3SO9A 3LIYA 1W5XA 2G22A 3KMXA 5HDVA 3OXWA 2H6SA 1MPPA 1HBVA 1B6LA 5HU1A 4RYCA 3KT5A 5P7VA 4RCEA 2OHTA 3OUBA 5P4CA 3IN4A 4Z4XA 4FCOA 2FNSA 3PVKA 4MC9A 1FGCC 4BELA 5P1CA 2JE4A 4Y5PA 3VCMA 2FNTA 3M9FA 3KN0A 2Q63A 3SA9A 2VA5A 5P0KA 1XN3A 3NXEA 1T7IA 2ER7E 1FQ8A 5P2UA 3S7MA 1BXQA 3MSKA 5P64A 4J54A 3GGVA 4B78A 1OEXA 4R5NA 5OZBA 3RTNA 2G21A 3T7XA 1EC1A 3QS1A 5P43A 4PPHA 4LP9A 2G1NA 5P1ZA 3KFPA 5P7RA 5P0YA 5P2DA 4CMSA 5P71A 3ECGA 5OYZA 1FMXA 1T6EX 2BB9A 2NMYA 2FIVA 5P7MA 5IVRA 5OZIA 5P86A 2R5PA 5P0TA 2IKUA 2HM1A 2QK5A 1A8KA 3VYFA 3CIDA 2CENA 5OZMA 3L5CA 2Q55A 1AZ5A 5F00A 2NXLA 4GJ8A 2ZJMA 1KJFA 3O9CA 4DQGA 1B5FB 3BUFA 5DPZA 2OHPA 4QJ7A 2NTRA 4Y38A 1UH8A 4LXAA 1BAIA 5P7PA 4RVXA 2OAHA 4XKXA 5P5JA 4H1EA 4Y4GA 5OZNA 3KDDA 5P1SA 5P7UA 2ZHVA 3IAWA 2XFKA 6UPJA 1BV9A 4ER4E 2IKOA 3B7VA 4U8WA 5P67A 3NLSA 4OBDA 4AUCA 3FIVA 2QMDA 3BUGA 1HIVA 2MIPA 5P8NA 3S45A 2AZBA 5P7FA 2VJ7A 4MC6A 5E5KA 3N4LA 5P0DA 1BXOA 2AODA 4Y6MA 4DJXA 4PEPA 1RQ9A 3OK9A 1K2CA 2UXZA 5P63A 5P6DA 1TSUA 1G6LA 4HDPA 1IIQA 5P02A 3BC4A 2QI3A 4I11A 4YCKA 4DJWA 3EXOA 3FNTA 5P0CA 3S56A 4FAEA 3VYEA 3EM6A 2Q54A 2G1OA 4I0ZA 3PI5A 3S85A 2FDEA 5DQ4A 1APWE 1IDAA 4ZPFA 1QBSA 1ME6A 3G6ZA 4YCTA 1E5OE 1EPPE 5P2RA 1EPOE 5P8MA 3O9FA 4MC2A 4QGIA 4CPRA 3OU3A 3LPKA 5BWYA 5P3EA 3GI5A 5P28A 5P8DA 2OHRA 2HB3A 3MXEA 3UTLA 3ZLQA 3OQFA 5P3NA 1ZSFA 2FGVA 5OYTA 1QDMA 3S2OA 1BILA 5P46A 3INFA 5APRE 3KT2A 3UQWA 1EPME 4B1EA 2ZJNA 3IN3A 4GJ7A 5P8CA 3URIA 4KB9A 2O4KA 1VIJA 5P54A 1NSOA 5P2QA 5CONA 5P68A 5OZ2A 4Y3JA 4I1CA 5ENKA 4EJ8A 4YD4A 2CEMA 4QJAA 1UH7A 4RROA 4ZLSA 2QCIA 5P5SA 2FS4A 3ZMGA 1XL2A 3OOTA 3TL9A 1MTRA 5P7XA 1EPNE 2VIJA 2O4NA 3CYWA 5OZRA 5P1TA 5KAOA 5P8SA 1FKNA 3WZ6A 2PK6A 3NXNA 5P70A 3CKPA 4FGXA 5I70A 2B60A 1A94A 5P3ZA 1XN2A 3EKXA 3O9AA 1HOSA 1QBUA 3UCBA 5P78A 5P0EA 2O40A 1FF0C 5AHCA 1DW6C 1LYAA 5P3TA 2JJJA 2AZCA 4H3FA 5P49A 1W5YA 4B1CA 5P0NA 2VJ9A 5P7NA 1HVLA 5P47A 2NXMA 4H3GA 4L1AB 4FM8A 1LV1A 4ZSPA 5P1MA 3D91A 2G26A 3ZKIA 4MC1A 4Y3XA 2XYFA 5P32A 1HIIA 3NUOA 1EBYA 3GGAA 5IVTA 4A6BA 5AH9A 1HVJA 2G24A 3PMYA 1FQ5A 3NUJA 1IDBA 5P58A 2G20A 5P33A 4NKKA 3BXSA 4B70A 4XX3A 4J0YA 5DQ5A 3UFNA 5DR7A 3I7EA 1GVXA 5OZ1A 1A9MA 5P7TA 5P8KA 3QVIA 3IA9A 5OZ3A 4Y5KA 3VFAA 4Y37A 4Y4TA 1QRPE 5P6JA 2BPVA 1E81E 5ISKA 5IVSA 5P8AA 4Z2ZA 5P57A 4Y43A 5P08A 5P6MA 5OZQA 4Y44A 4HLAA 4OBHA 3JVYA 3HDKA 2VIYA 4S1GA 5P0OA 5P6NA 1YG9A 4H3JA 5P7BA 5P5BA 4LBTA 1W5WA 1ENTE 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y5L A;  2F3F A;  3SAB A;  4ACX A;  2FGU A;  2QZL A;  2UPJ A;  3L59 A;  2QNN A;  3EM3 A;  4CPQ A;  4JPC A;  3UDH A;  5P6A A;  2QHZ A;  1CMS A;  3MSJ A;  2FXE A;  1PPK E;  3RSV A;  5P5K A;  5E5J A;  5P7D A;  2WF4 A;  3UDN A;  3PWM A;  5SXN A;  3OXC A;  3DCR A;  3CMS A;  2R43 A;  3VV6 A;  3R1G B;  1GKT A;  1Q9P A;  4U7V A;  2AOI A;  5T4S A;  3UDR A;  5P4E A;  1DAZ C;  2AOG A;  1M0B A;  3PGI A;  2ZDZ A;  2EWY A;  4WY1 A;  5P5T A;  4EYR A;  3DV5 A;  3HVG A;  4J1C A;  4EP2 A;  3O9B A;  4Y3S A;  1DP5 A;  5P3A A;  2ZJL A;  5JFU A;  6FIV A;  3PWW A;  5P6E A;  1TCX A;  3UQP A;  4Y3G A;  5P5I A;  5P1D A;  2QMF A;  4GB2 A;  4FE6 A;  3VYD A;  4LHH A;  4CKU A;  1MES A;  5DQ1 A;  5EZZ A;  3Q6Y A;  4CP7 A;  2IGY A;  4K9H A;  3D1X A;  1MSN A;  1ZPA A;  3HBO A;  5P2X A;  3UPJ A;  3GGU A;  3MSL A;  5OYQ A;  4Y39 A;  4ZPG A;  5P12 A;  3S8I A;  2PYM A;  3EL0 A;  5P0R A;  5P3G A;  5P4N A;  2UY0 A;  4ZEA A;  5P7S A;  5P5D A;  2IQG A;  1EBZ A;  1YT9 A;  5P0I A;  1HSH A;  2J9J B;  1VIK A;  3APP A;  4Y54 A;  5P8G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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