5P2XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 150
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2xA01
3OU4B 5P4FA 2P8HA 4YDGA 2MIPA 2PH6A 5P8JA 4K8SA 5P6FA 4YOAA 4Z22A 1UH9A 3TKGA 4NJVA 4MC2A 3T7XA 4YD3A 2G1RA 3LPKA 4ZPEA 5P7OA 3KDBA 4NJSA 1XN3A 4FSLA 3D20A 5OZ4A 5OYVA 4LXMA 4Y4TA 5P2JA 4GJAA 2Q5KA 3MSKA 3GI0A 4YE3A 3L5DA 5P2FA 1EBWA 2AVOA 2V10C 5P3NA 5P67A 5P1WA 4RVXA 4LBTA 4U7QA 1IIQA 4Y3QA 5P17A 3Q3TA 5P8NA 5P4TA 2O40A 5OZPA 3VV6A 4OBZB 1EEDP 4GJ7A 1D4HA 5P15A 4LL3A 3WZ8A 3QVIA 5P6AA 4I11A 2WF3A 5OZYA 5P0KA 4H3IA 5OYRA 3QI1A 3HVPA 4FRIA 3INEA 5AHBA 1MT9A 2FXEA 3OQKA 4J0PA 5SY3A 5P80A 5P2RA 2SAMA 1ZSRA 5P09A 1LZQA 1ODYA 5CONA 4EXGA 1GKTA 3HAWA 5OZSA 1K6CA 5P4SA 3PHVA 4EJDA 4OBJA 2PSUA 5OZ9A 3LNKA 5OZ8A 2ZJJA 5KR8A 4L1AB 5P5PA 5P7CA 3ZKNA 2I4WA 4Y5NA 1FQ5A 5P1YA 3O9EA 1Z1RA 3SA7A 2ZHVA 5P4LA 1HPSA 5SZ9A 1SBGA 3LIXA 3NXNA 3F9QA 5P5EA 1TCXA 3IXKA 5P5AA 2HB2A 3JVYA 1KJ7A 4Y4GA 4I12A 2NR6A 5ENKA 2Q11A 5DR8A 2B7FA 1LYAB 3DJKA 5P3CA 5P30A 5P07A 3INFA 4Y4DA 5CLMA 4Y5PA 1LEEA 2AODA 3EXOA 2OHPA 4OD9B 1FG8C 5P0YA 5P89A 3UQRA 4YD7A 4J0ZA 5OZCA 2NXDA 5BRYA 3R2FA 2JYSA 2JXRA 4APRE 2G24A 5JODA 3K4VC 2FNSA 1HTGA 1BBSA 3BGBA 2AOEA 1W51A 1YTGA 1BDLA 5P8SA 3LIQA 3PSUA 2AZ9A 2I0DA 3ZKSA 3M9FA 1T6GA 3EKQA 4Y45A 3UQUA 4X2LA 4EWOA 1HIHA 4HE9A 3MWSA 3EL4A 2F81A 5P4PA 1HIIA 4ER1E 3UTLA 2QK5A 1ZTZA 3CIBA 4Y4EA 3OQFA 3KFNA 4CPSA 1HSIA 2XFIA 2IRZA 5DR3A 5I3YA 3GGUA 4Y9WA 4DJRA 3R4BA 4Y3WA 2B8LA 4B78A 4I10A 5P4QA 5HCOA 5P5QA 3NR6A 3K5GA 5P38A 2G1SA 5P2ZA 1HVCA 1HXWA 5P1TA 3ZKIA 4GYEA 3TNEA 3PWMA 1MT7A 5AHCA 3OTSA 2P3BA 1T6EX 4EQ0A 2ZHTA 5P6WA 1B6KA 4Y4BA 2FMBA 4K4QA 1MESA 5UPJA 1W5WA 3PSYA 4AMTA 5P8RA 3TOHA 5P79A 4Y3LA 1ER8E 4ZSMA 2OHTA 5P10A 4RROA 4ACUA 5I3VA 1FQ8A 2OHQA 5P2CA 3VSXA 5P73A 1GVTA 1SDVA 3NWXA 3VYEA 1D4JA 1QBSA 3I8WA 3EC0A 3HZCA 1Z8CA 4FLGA 5P06A 5P47A 4DQGA 3TKWA 1QRPE 4YCTA 5P8EA 3S43A 5P0OA 4F75A 5KAOA 7UPJA 1BWBA 5DR4A 5IVRA 4QJ2A 3TOGA 4EP2A 1C6ZA 3EKPA 5P1XA 1EPPE 3VEUA 3VYDA 5AH7A 4R95A 3WB4A 5OZAA 2Q15A 5P5NA 1FLHA 1MIQA 3UFNA 5FIVA 2QNNA 5P0VA 4RYCA 5OZ6A 2AOGA 5KR0A 5P4OA 2IKUA 4QJ6A 3JVWA 4I1CA 3B7VA 4ZSRA 1T7JA 5P3ZA 2BQVA 5ISJA 2P3DA 4PHVA 3KF0A 1HEFE 5P0LA 3QP0A 4MC1A 2QMDA 4HDBA 1KZKA 2WKZA 4Y3EA 5P1JA 2ZJMA 4I0IA 4DQBA 3D91A 5P5LA 5P6QA 1AM5A 5P16A 1XS7D 5P5HA 3LPIA 3SA5A 5P86A 5P23A 4Y5MA 2QZKA 3PMYA 4CPUA 2QI4A 2JJIA 3TPPA 5P20A 2B7ZA 2XFJA 1A9MA 5P4VA 5P2KA 5P68A 4Y5KA 5P7FA 5P6VA 5P35A 3PBDA 2QHZA 1M43A 5P41A 5P7UA 5AH9A 3RU1A 3APPA 5I3XA 5P77A 3KT2A 1K1TA 1EPOE 1FKNA 4DJYA 3INDA 1EPME 3D1YA 3UPJA 1YTIA 2P3CA 3KMXA 4J0YA 5P13A 2PWCA 3LINA 5BWYA 2HIZA 2JJJA 2P83A 2QD6A 5P5GA 5HD0A 1HIVA 4NKKA 4K9HA 2R8NA 3I2LA 1W5XA 4H1EA 4GJDA 5P2HA 1QDMA 1ZPAA 4J1FA 4EJ8A 5P5BA 4MC9A 1HXBA 2B42A 5OZZA 5P7GA 3CKTA 5P3MA 3PEPA 1KJHA 1QS8A 1YM4A 5P0MA 5P1FA 4CPXA 3D3TA 2VS2A 3BXSA 4GJ9A 1DMPA 2AOFA 1UH7A 3T3CA 2BPXA 5J25A 5P5UA 4Y3AA 2PK5A 6FIVA 1OD1A 3ZL7A 3TOFA 4Y39A 1XL5A 5P8HA 5P6ZA 1W5YA 5P0TA 4B00A 2F3EA 2VA5A 5P7LA 1W6IA 5P1BA 1K6VA 4AA8A 5OZNA 3FNTA 1LV1A 3KFRA 1MSNA 5P18A 1FQXA 3PJ6A 5OZ2A 5P0DA 2Q63A 3PB5A 5P8QA 4WY6A 3URJA 4Y3NA 3IVHA 3URLA 3OAGA 4OBDA 2QI1A 1FFFC 1EPNE 1IVPA 3R1GB 4YCKA 1TZSA 2O4NA 1ZBGA 5E5JA 5P51A 5P3SA 2V13A 7HVPA 1PROA 4Y4ZA 1FQ4A 1LYBB 3PBZA 4D85A 1C70A 5DR1A 3AIDA 3SLZA 5P2GA 5SY2A 3TLHA 2V00A 5DPZA 1SIPA 5P7TA 4OC6B 3OADB 5P3BA 3EBZA 2UXZA 4RRSA 5P1HA 1QBTA 2AOIA 1FMUA 4ACXA 1VIKA 3PI0A 5P2LA 3LZSA 3RTNA 4Y3XA 4IVTA 3HLOA 3EM3A 1N49A 2QP8A 5P3EA 1QBRA 5P0BA 3SM2A 4U7VA 5DR7A 5P2DA 4HA5A 4Y5LA 1G6LA 2QAKA 4Y3YA 2I4DA 1YX9A 2HB3A 5P39A 1TW7A 4LHHA 5P3HA 1NPVA 2V16C 4OBGA 1HTFA 5P6HA 2APRA 5P63A 4EP3A 5P5ZA 3OUDA 5P76A 2Q3KA 5P4YA 4S1GA 5P87A 1M0BA 1UH8A 4YA8A 2QMFA 1ODWA 4HDPA 5P66A 1NPAA 3SA8A 3L3AA 1TSQA 5P27A 2CEJA 2ASIA 1AAQA 1ZPKA 1D4LA 3KFSA 5HDUA 3VF5A 5P6RA 4Y3JA 5P72A 5KR2A 1IBQA 1KJFA 2VKMA 3SM1A 1K2CA 3QN8A 3UDJA 5P5DA 3ST5A 3I7EA 1HVKA 4RCEA 3MXDA 1BDQA 5P40A 1EAGA 4FSEA 4GB2A 5P4MA 4DUSA 5P3XA 4DPIA 1PSNA 8HVPA 5OZWA 1HWRA 5IS4A 1SDTA 2FDDA 2AVQA 4D83A 3IXOA 5P1OA 2AOJA 2AOHA 4Z4XA 1GVUA 1B6JA 2OHNA 2NMYA 1PPLE 5IVTA 3K1WA 5P56A 4LXAA 1MPPA 2WECA 3MSLA 4YD5A 2RSPA 4RGHA 4QLHA 5P3JA 2HS1A 2ZYEA 2EWYA 3QROA 5P22A 5OZIA 5P7XA 2IGYA 4QJAA 4L6BA 9HVPA 1A94A 5P0GA 2OHLA 1AIDA 5P33A 2I4XA 3OXVA 3L58A 1HVRA 5P3TA 5P3WA 3OU1B 3APRE 3CYWA 4QJ8A 4XKXA 2BB9A 5OZ1A 2OHSA 3UDNA 2QI5A 1MUIA 3CKPA 4APEA 3LZYA 1EC0A 3PCZA 1MRXA 3EM4A 4CPQA 4I0ZA 5P3DA 4PPHA 3SQFA 4DH6A 1APWE 1Q9PA 1PPME 5HE4A 3S53A 5P3GA 3TPLA 4Y3SA 4J1EA 3SKFA 4NPUA 3A2OA 2VIEA 2XYFA 5P2MA 4EPJA 4Y3FA 5IVQA 5C9BA 5P6PA 4J1HA 2F3FA 4XXSA 4EQJA 3OXCA 4JECA 4Y5BA 3R0YA 4Q1NA 2J9JB 1HPXA 4DFGA 2AVSA 5P14A 3OOTA 3NYGA 5P0CA 4EJLA 5P03A 3OUBA 3SO9A 1PSAA 5P7NA 4Y3RA 2QZWA 4FAEA 5OYTA 5TOLA 5BS4A 2FDPA 3EM6A 1CMSA 1SGUA 3EL1A 5P2IA 4JPCA 5P37A 4D89A 4FRSA 4Y3TA 1FIVA 2WHHA 3OQ7A 2OAHA 4DJPA 1OEXA 4DQFA 5P2SA 1UPJA 3L5BA 4PZWA 4B70A 3KDDA 3HAUA 2OHMA 5OZDA 3ZKQA 5P2QA 4GZFA 3TL9A 1HTRB 3KT5A 3NUOA 5P5XA 5P58A 3LPJA 4Y4JA 2ZHRA 4HVPA 1IZIA 5IVSA 2BKTA 5OZQA 5P1RA 3GW5A 3UDHA 5P0RA 4Y58A 5P4HA 5APRE 4ER2E 1BVEA 4Y35A 4NJTA 2AZBA 1RQ9A 5P2WA 1SIVA 5P88A 4I0JA 1YTHA 4YBFA 5P36A 5P4AA 1LYWB 5P11A 3BHEA 1B6LA 3NLSA 1EBZA 4KB9A 4YD4A 2QCIA 1BWAA 2ZJIA 3ZPTA 3IN3A 4Z50A 4Q1WA 1EPQE 1M4HA 5PEPA 2R5QA 3UQPA 5P4EA 3O9GA 3QRVA 1DAZC 5P1UA 3GI5A 1NPWA 2FXDA 5OZUA 5P85A 3CIDA 3GGVA 2Z54A 3JW2A 3NU3A 2G1YA 4B1DA 3PI5A 1ZLFA 2G1NA 5P7QA 4I8ZA 2F3KA 5P5KA 1EC1A 5AHAA 2XFKA 4Y4AA 4FM8A 5P0JA 4J1KA 1DIFA 1LS5A 4JP9A 2B60A 4DQHA 3KYRA 3OU4A 3VV8A 5P48A 1D4YA 2BBBA 4Z2ZA 1XN2A 5OZ7A 5P50A 5P1KA 1HVIA 5P6YA 5P6UA 3PSGA 4A6BA 2FGVA 4R8YA 1VIJA 5P8DA 3RTMA 3H0BA 3QIHA 2ER9E 2IENA 2RENA 3DV5A 2ER0E 5P7AA 4Y5AA 5P2UA 2QI6A 5OZLA 4A6CA 1ENTE 3UCBA 1A30A 5P8FA 3LIVA 5P4RA 1SP5A 2G21A 5P8OA 5OZGA 2ZJNA 3BGCA 5P64A 2A4FA 4CPTA 4COEA 5DQ2A 3SACA 4J54A 4Y6MA 3PMUA 2BPZA 3NWQA 4TVHA 3NDXA 5P5CA 3OAGB 3S85A 5EZZA 1HTEA 5P6OA 3VFAA 3O9AA 5P1VA 5P1AA 4KE1A 4OBZA 3ZKXA 3PVKA 3CYXA 2HS2A 4RZ1A 2NMZA 4J1IA 4DJUA 5IE1A 4CKUA 4GJ6A 2O4KA 4B1EA 5OYUA 2NPHA 4QGIA 4XX3A 4DI2A 2WF4A 5P7PA 3SAAA 1ZSFA 5C9FA 3UFLA 4GJ5A 3URIA 1IZEA 2QU3A 1EBKC 5P59A 4EHCA 2WJOA 3EL0A 4L1AA 5P3LA 2QMGA 4RLDA 2G69A 4BFBA 4DJVA 2G22A 4GMIA 1RPIA 2I4UA 2VNNA 5P5JA 5OZXA 4HLAA 2A1EA 3UDKA 2R38A 3OXXA 3SA3A 5P8KA 1W5VA 3DCKA 3MXEA 3UQXA 2HM1A 1RL8A 3PWWA 2IEOA 1C6XA 1LYAA 2QZXA 1K6TA 1FEJC 4J1CA 3UQWA 4R93A 1IDAA 3I6OA 2PMAA 1GVVA 5P1MA 4OD9A 5P7WA 1LF4A 5OYWA 4KUPA 3RSXA 4Y4UA 2HPEA 2WEBA 3DV1A 1DW6C 5OZ0A 3UDPA 4DJXA 1BXQA 5P4DA 5DQCA 1B11A 3O9FA 4D88A 3EKXA 5B18A 2OHUA 5I3WA 4LP9A 5P3RA 3FKTA 3HBOA 4DJOA 5P2XA 1APVE 1HHPA 1IZDA 2Q64A 3LZUA 5P0NA 2AQUA 5P6CA 4I0EA 4RCFA 4CPRA 3U6AA 3O9CA 2RMPA 4GJBA 1LF3A 5DQ4A 1ZAPA 2NNPA 5OYQA 5P78A 3G72A 2G27A 2V11C 1SH9A 3FNUA 4YDFA 1FFIC 1HSGA 2P4JA 2QNPA 2IKOA 3O9LA 4OBHA 1FB7A 3BRAA 1ODXA 1BIMA 1W6HA 2FDEA 3NDTA 4GJ8A 4FM6A 5P5WA 4FGXA 5P7DA 5OZJA 5OZEA 5OYSA 1MSMA 2F80A 3OGQA 2P3AA 2QZLA 5P75A 1BILA 3NU4A 4AA9A 2WF0A 5P7ZA 4Y43A 1B5FA 4Y3HA 5P19A 3QRMA 4I0GA 1U8GA 1HOSA 3D1ZA 3OQAA 3OK9A 5P0HA 5ISKA 5P7IA 2HC0A 1F34A 1YT9A 2ZJHA 3C9XA 4FL8A 2AZ8A 1D4KA 2QMPA 3DM6A 4E43A 4Y4XA 3R0WA 2UPJA 3KA2A 2I0AA 3O9IA 3ER3E 5P6IA 5P82A 4Y48A 2VJ9A 1YG9A 5P05A 3EKYA 4Y38A 3CMSA 5P8CA 5P34A 3SA6A 3N3IA 3B80A 5OYZA 1B6PA 5DQ1A 2ER6E 3KN0A 5P71A 4TRZA 5P6TA 1MEUA 5DR0A 5P6XA 5P0AA 3IXJA 1GNMA 5P6KA 5F00A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OU4 B;  5P4F A;  2P8H A;  4YDG A;  2MIP A;  2PH6 A;  5P8J A;  4K8S A;  5P6F A;  4YOA A;  4Z22 A;  1UH9 A;  3TKG A;  4NJV A;  4MC2 A;  3T7X A;  4YD3 A;  2G1R A;  3LPK A;  4ZPE A;  5P7O A;  3KDB A;  4NJS A;  1XN3 A;  4FSL A;  3D20 A;  5OZ4 A;  5OYV A;  4LXM A;  4Y4T A;  5P2J A;  4GJA A;  2Q5K A;  3MSK A;  3GI0 A;  4YE3 A;  3L5D A;  5P2F A;  1EBW A;  2AVO A;  2V10 C;  5P3N A;  5P67 A;  5P1W A;  4RVX A;  4LBT A;  4U7Q A;  1IIQ A;  4Y3Q A;  5P17 A;  3Q3T A;  5P8N A;  5P4T A;  2O40 A;  5OZP A;  3VV6 A;  4OBZ B;  1EED P;  4GJ7 A;  1D4H A;  5P15 A;  4LL3 A;  3WZ8 A;  3QVI A;  5P6A A;  4I11 A;  2WF3 A;  5OZY A;  5P0K A;  4H3I A;  5OYR A;  3QI1 A;  3HVP A;  4FRI A;  3INE A;  5AHB A;  1MT9 A;  2FXE A;  3OQK A;  4J0P A;  5SY3 A;  5P80 A;  5P2R A;  2SAM A;  1ZSR A;  5P09 A;  1LZQ A;  1ODY A;  5CON A;  4EXG A;  1GKT A;  3HAW A;  5OZS A;  1K6C A;  5P4S A;  3PHV A;  4EJD A;  4OBJ A;  2PSU A;  5OZ9 A;  3LNK A;  5OZ8 A;  2ZJJ A;  5KR8 A;  4L1A B;  5P5P A;  5P7C A;  3ZKN A;  2I4W A;  4Y5N A;  1FQ5 A;  5P1Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5JG1 A;  1BVG A;  5I70 A;  5P4B A;  1TCW A;  2HPF A;  1G35 A;  3VLA A;  3VV7 A;  1HRN A;  3T7P A;  2PC0 A;  1SDU A;  4Y56 A;  2Z4O A;  5P42 A;  5P2V A;  2V12 C;  5P32 A;  5P0W A;  4D8C A;  2IL2 A;  4AZY A;  3VG1 A;  3DCR A;  3ZKG A;  2QHC A;  4B05 A;  5P5F A;  1GNO A;  1E82 E;  3QAA A;  4R5N A;  5P6E A;  3O9B A;  4HZT A;  2CEN A;  3SA4 A;  2H6T A;  1BV7 A;  4F74 A;  4YBI A;  2OF0 A;  1HSH A;  5P53 A;  5P4X A;  4L7H A;  5P7J A;  1MT8 A;  3H5B A;  3IGB A;  2AZC A;  3L5C A;  4DQE A;  1AZ5 A;  2I1A A;  3QVC A;  4Q1Y A;  1C6Y A;  3O9H A;  3KMY A;  1HVH A;  5C9D A;  1YTJ A;  4DV9 A;  5P1D A;  5OZK A;  5P3Y A;  4ER4 E;  2H6S A;  5P24 A;  3ZOV A;  1XL2 A;  5P7E A;  5P5S A;  1EC3 A;  5AGZ A;  1MTB A;  1IVQ A;  5P54 A;  5KQF A;  2ZHU A;  4RCD A;  1W50 A;  5P2E A;  5P7M A;  5P5Y A;  2VIZ A;  3INH A;  2ZE1 A;  4ZE6 A;  2FS4 A;  5P5I A;  1PSO E;  4H3G A;  2G94 A;  2WF2 A;  3OGP A;  5P5T A;  5P1P A;  3O99 A;  2NXM A;  3BUF A;  3CKR A;  3FX5 A;  1AVF A;  3ZPS A;  3PRS A;  2IDW A;  4FCO A;  2NNK A;  1APT E; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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