5P2XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 150
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2xA01
3ZPSA 3HZCA 2QU2A 4Y3LA 1SBGA 2EWYA 4DJOA 2QI0A 4YOBA 1HOSA 1APVE 3EKWA 3O9IA 5OZUA 5P56A 4S1GA 1CMSA 4OC6B 1DAZC 4RCDA 4L1AB 3OUDA 2BKTA 3SKFA 2NXMA 4WY6A 1BVGA 5P3GA 3BXRA 1YX9A 3PCZA 1QBTA 5P0XA 4I8ZA 3SM2A 1PPKE 3INDA 3LZYA 5P5PA 2ZJNA 3SA7A 5P3WA 3ZKMA 4FRSA 4PPHA 5DGWA 4FL8A 5P6ZA 3UDJA 3L5EA 3FNTA 3OWNA 4A4QA 4I0HA 4Y5NA 3APRE 2OHUA 5OYUA 4OBKA 5ISKA 5P7VA 1AIDA 2V11C 2P3CA 3OADB 5P33A 3URJA 1XN2A 2ZE1A 1GNMA 4OBHA 3URIA 5P4IA 5P8OA 1QDMA 4Y3EA 2JJJA 1XN3A 5P2KA 4K4QA 3ECGA 3NU3A 3OU1A 5P2EA 4QLHA 2XYEA 4I0EA 5DQ2A 3WZ6A 1ZLFA 4Y3TA 2HS2A 5P4MA 3CKRA 1ZPKA 5P15A 2NTRA 1U8GA 5KR8A 1AXAA 4M8XA 5P8PA 5AHAA 1FQ8A 4Y3ZA 5P86A 2XFKA 3KA2A 3U71A 3PLDA 5P5IA 5OZ8A 5P10A 5P1BA 1BAIA 4A6BA 3GW5A 5P3YA 4Q1WA 4L6BA 3TKGA 1MSNA 3QS1A 2Q54A 1HIIA 3VG1A 3SA6A 1YTIA 3UDYA 3Q6YA 1YTHA 3LPIA 5P1LA 5SY2A 1E82E 2OHTA 5P3EA 2G1SA 4I0ZA 4DI2A 5P6MA 2FMBA 5P62A 3ZKNA 5P2YA 5P5SA 2H6TA 4DJYA 2F3FA 5P5NA 4PEPA 4FRJA 5DGUA 3I2LA 3NU6A 1EPNE 2V13A 5P6TA 4DQGA 4YA8A 2FDPA 4OD9B 4ZSQA 3ZL7A 2I1AA 5P04A 2B7FA 4OBGA 4GJBA 3DV5A 1AJXA 2A4FA 1HPVA 1HVJA 5E5JA 3CICA 3I8WA 4Y50A 5P7LA 1BXOA 5OYRA 4EP2A 2PH6A 1G35A 3FSMA 3PWMA 2UPJA 5P8JA 3SO9A 3G72A 3NDWA 1EBWA 4YD4A 2ZJKA 5HCOA 4D85A 4NKKA 3O9CA 2ER0E 1FEJC 3HLOA 4Y6MA 1BDQA 5P40A 1IZIA 4LXKA 1Q9PA 1TW7A 3EKXA 3VFAA 4J0ZA 3SA9A 2B8LA 5P8KA 2AOEA 3N4LA 5P0NA 5P16A 5HD0A 5OZZA 4JPEA 1HXWA 1B5FB 4RLDA 5P1JA 1SIPA 3ZMGA 3DM6A 3CKTA 2B60A 4HDPA 1ZJ7A 4PHVA 4FLGA 2PWCA 1N49A 4FAEA 3B80A 5P4OA 3QRVA 3VF5A 1J71A 2R5PA 1DP5A 3CMSA 2P3DA 3NR6A 5P77A 5P02A 4Y3QA 1Z8CA 2ZHSA 3VF7A 4Y36A 1A30A 5P7PA 1TCXA 2AVQA 5P82A 5UPJA 5P13A 5P2ZA 3EL5A 2QMFA 5P5LA 2G1YA 1APWE 4OC6A 5P75A 5P58A 3ZOVA 3EKTA 2P4JA 5P29A 3QVIA 1FIVA 4L1AA 2WL0A 5P08A 4FM6A 5P1AA 3TL9A 2QI3A 3D3TA 3EKVA 5P66A 2ZHVA 3LZVA 4Y5CA 5I70A 5IVTA 4I12A 5P28A 5DQ1A 2R5QA 4RZ1A 3OUAA 1HVCA 2Z54A 1LYAB 4YDFA 1MTRA 5OZBA 4Z50A 2FXEA 3SFCA 3LZSA 4Y4EA 5P46A 3UFLA 2PQZA 3NXNA 2NMZA 5BS4A 5P4FA 3GI5A 5P87A 3KYRA 5KQZA 5P1QA 2SAMA 5P81A 3OXCA 5KOSA 3ZKXA 3ZKGA 5P8AA 2APRA 1PSAA 3OADA 3LITA 2NPHA 2IDWA 3HD8A 4I1CA 4J17A 3R2FA 5P32A 1YM2A 1TCWA 5OZ7A 5P6GA 5OZJA 5P5EA 3BVAA 4BFBA 4NPTA 2F8GA 5P2DA 3TOHA 1Z1RA 3TH9A 5P5HA 2QZWA 3O9BA 2ZGAA 3QP0A 3S7LA 5P2XA 3HVPA 4ER1E 4H1EA 2VA5A 3OUDB 4DJUA 3R1GB 2OHSA 3S54A 3T7QA 4Y9WA 2ZHUA 4QJ9A 5P4YA 5P3AA 5P61A 2JXRA 2WF3A 5P4UA 1NSOA 5OYXA 2AVOA 1XE5A 3O9GA 3VYDA 3EMYA 5P5BA 2ZJHA 1MRWA 3ER3E 5JFPA 5P6OA 3IGBA 1EPPE 2AZBA 5EZZA 4BEKA 4HDBA 5C9DA 5P2BA 2ANLA 1PROA 5OZAA 1KZKA 4B05A 4LAPA 1K1TA 5P23A 1ZAPA 5P43A 2R43A 5P78A 2OHRA 3CIBA 3OOTA 1FQ4A 3AIDA 5C9BA 2IS0A 5P2SA 2RKGA 1QBRA 2HC0A 1MSMA 5BRYA 1FGCC 2VJ7A 2V12C 4GB2A 4Y5GA 4Y58A 4I8WA 4JPCA 1IZDA 3OXWA 2OHMA 3EL9A 3UQRA 5DPZA 4CKUA 4Y57A 4OD9A 5P5JA 5P57A 5FIVA 3FNUA 5P3LA 3OU1B 4Q1NA 4DQEA 5P1UA 4B1EA 4GIDA 5P4VA 2I0DA 1FKNA 1W5XA 4DV9A 4ZSRA 3MXEA 4Z4XA 4FIVA 1E5OE 2ZJJA 5P8HA 4PYVA 4I10A 4EXHA 4J0VA 3RU1A 3KFPA 1LF3A 5P8TA 5P3UA 3DCKA 4U8WA 4GJ8A 5SZ9A 1C6YA 1HTGA 5P1CA 5I3XA 1M4HA 3MXDA 2AQUA 4I11A 3UQPA 5P11A 5COPA 1ER8E 3JW2A 5P2JA 5P5AA 1D4IA 3T3CA 4JOOA 1RQ9A 3OHFA 2HAHA 5P1DA 3HAUA 1FQ7A 2G22A 4R93A 5HE4A 3IXOA 3LZUA 5KR0A 2QK5A 5DR4A 1B6MA 5P1ZA 1MUIA 2I4QA 2R8NA 4I0GA 5P4GA 2G26A 5OZMA 1LYWB 2UY0A 3FV3A 5P88A 2VNMA 4YHQA 4FAFA 2PYNA 5P8FA 2VA6A 5P5RA 5DR7A 1HRNA 1QRPE 4DQHA 5OZFA 5OZQA 1GVVA 3UDHA 2VIJA 1EAGA 3UPJA 3L5DA 2QD7A 5P76A 3UTLA 4GJ5A 5OZ9A 2FGVA 5P0PA 6APRE 5P0HA 3KMXA 3OQDA 4B1CA 5P85A 5P7RA 4QJ7A 2VJ9A 2FS4A 4KUPA 5P2OA 4LXMA 1SGZA 5IVRA 5P8DA 4GJ6A 3TTPA 5HDXA 3EKPA 3VYEA 3O9EA 3VYFA 5HVPA 5P2LA 1LYAA 5P4NA 4ZLSA 3D1YA 3KF0A 5OZSA 2HM1A 4DJPA 3MSLA 4Y3FA 4D89A 3GGVA 4F76A 2RENA 3PMUA 5P6PA 3OU3A 3K1WA 1DIFA 1AJVA 1ZBGA 4RGHA 3A2OA 1YTGA 5ISJA 2XFJA 3VFBA 1BV7A 2QZKA 5P4BA 4YOAA 1HTEA 3HBOA 5DR0A 1HVHA 3OQFA 4YD7A 1WBMA 2ER6E 4J1HA 4Y5BA 5P8MA 3LPJA 4J1FA 5P7EA 5P1SA 2OHKA 5P4EA 3VSXA 4ACXA 9HVPA 5ER2E 5COKA 5P3RA 4D8CA 3VLBA 5P47A 2ZHRA 4RCEA 1G6LA 1HVKA 4AUCA 5P7IA 1LV1A 3PEPA 5I3WA 5HCTA 5P5OA 2OF0A 5P63A 3QAAA 5P1KA 5P3KA 2BBBA 5P6KA 1UH7A 4RVJA 5P3JA 1BWAA 4CPSA 2IRZA 4MC2A 5P7FA 5HE7A 5SY3A 3OTYA 3Q4BA 4Y3WA 4Y3AA 4L7GA 3IXKA 2XYFA 5P09A 3PWRA 5P74A 5P1IA 1B11A 5P0AA 5P5CA 3VUCA 5P3QA 1FFFC 3UDMA 5KR1A 4WTUA 3D1XA 1GVUA 3BVBA 2WF1A 1FB7A 5P1TA 1C6ZA 2NXDA 3T6IA 4Y3JA 3IVHA 3OGPA 2F3EA 5P68A 2AVMA 2P3BA 3PMYA 2WF4A 5COOA 1ZSRA 1NPWA 2WJOA 3U6AA 5P52A 5P80A 2Z4OA 3UDPA 4Y4AA 3VV8A 1XE6A 4NJSA 2QI1A 1HPSA 3RSVA 2QI5A 2NNKA 1OEXA 3NDUA 3UQXA 5P1XA 5P05A 1F7AA 5P17A 3KDDA 5P8QA 3TPLA 3WZ8A 5AH6A 5P0VA 5P30A 3NUJA 4ZE6A 5P44A 3BGCA 4DPFA 1D4JA 5P0SA 3OU4B 1JLDA 2HB4A 5P8NA 1HPXA 3EKYA 4KE1A 3FNSA 3VSWA 2QNNA 2VIZA 3OXXA 4APEA 1T7KA 2IL2A 5DR3A 4E43A 3OXVA 4B72A 4Y5MA 5P1VA 4EP3A 5HTZA 2AZ9A 3PVKA 3LIVA 2CEJA 2OHPA 1BXQA 5OZXA 4B00A 2HPFA 4EYRA 3OUCA 2V0ZC 5P0OA 1CZIE 3EKQA 1AM5A 3L3AA 4Y45A 1ZSFA 2QNPA 3UCBA 1M0BA 4J0YA 1VIKA 5APRE 5P45A 3INHA 4Y3HA 1ENTE 2QNQA 3TPPA 3GGAA 4TRZA 4XKXA 1EPRE 4J1KA 5HDVA 4CPUA 7HVPA 1MT8A 5P2NA 5P4LA 5P6NA 1LYWA 1FFIC 2G20A 5CLMA 4DJWA 2JE4A 5P00A 1A8KA 5P2FA 3NU4A 3OK9A 1HBVA 5P0FA 5P6IA 4NPUA 3EL0A 3IAWA 5P70A 4L7HA 3VV7A 3UDQA 3VEUA 4J54A 1FF0C 2J9JB 4AMTA 1C70A 3O9LA 3EL4A 3K5FA 5AGZA 3NDTA 4ZSPA 5HDUA 1QBUA 2BQVA 1K1UA 3O9HA 4DUSA 3TLHA 4LC7A 5P2AA 5P6VA 5P2UA 4FRIA 3QVCA 2QHYA 4ZPFA 1META 1G2KA 4LHHA 2QHCA 5OZHA 4RYGA 3I7EA 4PZXA 1ODYA 3DK1A 5P2GA 1K6VA 3G70A 5P7MA 4DVFA 3L58A 5P31A 5P5UA 1FMXA 1XS7D 5AHBA 4R95A 3SA8A 4R5NA 1BBSA 2QAKA 1EC3A 3SACA 3OY4A 3VLAA 5KQYA 4QGIA 2VKMA 5P2HA 5P1OA 1TQFA 4B78A 5OZ6A 1YTJA 2P3AA 1HEGE 1HVLA 2RKFA 3LINA 3M9FA 1LZQA 2VIEA 2QZXA 1HPOA 5P03A 1SDUA 2ASIA 4Y43A 1IBQA 4FM8A 5OZNA 5HDZA 6FIVA 4Z22A 5P4PA 5B18A 5P2WA 1K6PA 3BRAA 1FQXA 4FE6A 2QMGA 3EM6A 5P5TA 2F3KA 5P01A 2BJUA 5P4CA 3AUPA 5P7JA 3EXOA 5P4WA 4Y4BA 4PZWA 4QJ2A 4TVHA 5PEPA 2BPZA 5P4KA 2CEMA 3BHEA 5P6CA 5P3ZA 1HVSA 4LXAA 5P2MA 5P6YA 5P7UA 2AOGA 2ZHTA 5P5MA 5P8BA 1EBZA 5P7SA 3OUBA 1TZSA 1EC2A 5P53A 4B0QA 4L7JA 4Y5PA 1B6PA 5P4AA 3SA4A 3R0YA 4IVSA 1C6XA 4AA9A 4YCYA 3NXEA 2R3TA 5SXNA 3QBHA 1EPLE 1FLHA 5P1GA 5P8RA 4K4PA 3UFNA 4GYEA 2OHLA 3NWXA 2QHZA 5DR8A 3WB4A 4HLAA 5P7WA 2AOJA 4J1IA 3Q3TA 4R92A 1LF4A 1HHPA 3OU4A 1MTBA 1D4SA 3WZ7A 1E80E 1LEEA 4LP9A 5P7KA 1ME6A 4U7VA 1EC1A 3S56A 4RROA 3O99A 4DQCA 1MEUA 5P22A 5P1YA 2OAHA 5P2TA 1W50A 2AIDA 3S43B 2ZJLA 1KJFA 4M8YA 2VJ6A 2AOFA 4J55A 4AA8A 4NJUA 4F73A 3PSUA 1QS8A 3MSKA 3KMYA 2WECA 3OQAA 3UDNA 4N00A 5E5KA 4FRKA 1HIHA 5OZ2A 5P27A 1OD1A 2PK6A 2QI4A 4Y3SA 5OYSA 4MC9A 2P3BB 4Y3MA 3K5CA 3OOZA 3BUHA 4Y5LA 5P25A 2AVSA 3UQUA 4RRNA 2BPVA 2G24A 5P5VA 3NWQA 4YD6A 5P0TA 2AOCA 3IN3A 3S8IA 5P06A 4EPJA 5P36A 3D20A 5P6WA 6UPJA 5P6AA 3QIHA 5P3DA 1FG6C 3CKPA 2VS2A 3OQ7A 5P0YA 4Q1XA 2R9BA 1OEWA 3ZKSA 1XL5A 1SDVA 3EBZA 2QU3A 1EPQE 5JODA 5P2IA 2J9JA 4Y53A 1DMPA 1IDBA 3RTMA 5OZVA 4GJDA 4H3JA 1W5VA 3TNEA 2H6SA 3KN0A 3PI5A 1HSHA 3BXSA 2AZ8A 4F74A 5P14A 4Y5AA 5P3BA 2QMPA 3OAGA 3UDRA 5P7GA 1HTRB 5P1PA 2ZJIA 3S7MA 2O4SA 1IVPA 1MPPA 5P0DA 3PGIA 3BGBA 2QD8A 2PWRA 5P4TA 2G1OA 4Y4XA 4EWOA 4Y38A 1BIMA 5P0JA 1T6GA 3TPRA 1OHRA 4RVXA 4Z2ZA 3RTHA 2BKSA 3HAWA 5P2QA 4GJCA 1M43A 3S53A 2FDEA 3T7XA 2PK5A 3S2OA 5P2RA 4GMIA 1LYBB 1HVIA 3DUYA 1MT7A 3DJKA 2MIPA 2O4NA 1A8GA 5IVQA 4HZTA 1FG8C 2WEAA 5P3FA 2JJIA 4YBFA 5OZLA 4J5JA 4ER4E 4FS4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZPS A;  3HZC A;  2QU2 A;  4Y3L A;  1SBG A;  2EWY A;  4DJO A;  2QI0 A;  4YOB A;  1HOS A;  1APV E;  3EKW A;  3O9I A;  5OZU A;  5P56 A;  4S1G A;  1CMS A;  4OC6 B;  1DAZ C;  4RCD A;  4L1A B;  3OUD A;  2BKT A;  3SKF A;  2NXM A;  4WY6 A;  1BVG A;  5P3G A;  3BXR A;  1YX9 A;  3PCZ A;  1QBT A;  5P0X A;  4I8Z A;  3SM2 A;  1PPK E;  3IND A;  3LZY A;  5P5P A;  2ZJN A;  3SA7 A;  5P3W A;  3ZKM A;  4FRS A;  4PPH A;  5DGW A;  4FL8 A;  5P6Z A;  3UDJ A;  3L5E A;  3FNT A;  3OWN A;  4A4Q A;  4I0H A;  4Y5N A;  3APR E;  2OHU A;  5OYU A;  4OBK A;  5ISK A;  5P7V A;  1AID A;  2V11 C;  2P3C A;  3OAD B;  5P33 A;  3URJ A;  1XN2 A;  2ZE1 A;  1GNM A;  4OBH A;  3URI A;  5P4I A;  5P8O A;  1QDM A;  4Y3E A;  2JJJ A;  1XN3 A;  5P2K A;  4K4Q A;  3ECG A;  3NU3 A;  3OU1 A;  5P2E A;  4QLH A;  2XYE A;  4I0E A;  5DQ2 A;  3WZ6 A;  1ZLF A;  4Y3T A;  2HS2 A;  5P4M A;  3CKR A;  1ZPK A;  5P15 A;  2NTR A;  1U8G A;  5KR8 A;  1AXA A;  4M8X A;  5P8P A;  5AHA A;  1FQ8 A;  4Y3Z A;  5P86 A;  2XFK A;  3KA2 A;  3U71 A;  3PLD A;  5P5I A;  5OZ8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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