5P30A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 153
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p30A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p30A01
5P1CA 1ZSFA 1FEJC 3D1YA 3LHGA 3UDQA 3OXCA 1ZBGA 1MEUA 5DGUA 5OZAA 4OBKA 1DMPA 2IGYA 3EKVA 3OHHA 3BXSA 5P5LA 2I4UA 5P44A 5OZXA 3O9BA 5P7ZA 1A94A 2ZHTA 5P2IA 5P2HA 3TPRA 4EYRA 2HB2A 4K4RA 4ACUA 1SDUA 3ZKMA 2RSPA 5P6DA 1HXWA 4BFDA 2NTRA 3PSYA 1B5FA 5P4MA 4FLGA 5CONA 5HTZA 2IDWA 4FL8A 2AZCA 4FAFA 5P0IA 3TL9A 1NPWA 4NJUA 4YCKA 4ZSMA 3SA4A 3LIYA 5P7NA 2Z4OA 2JE4A 4FGXA 2FGVA 2NR6A 5P7WA 2JJIA 1FQ7A 2WHHA 2G69A 1APUE 1XL2A 2WECA 4CPUA 1LS5A 4ER1E 2NXLA 2ZJMA 4H3IA 4PPHA 1LF4A 4Q5MA 3KN0A 1HTFA 4OBZB 4HDBA 4Y5CA 5P1GA 5COPA 1FKNA 5P8AA 5DQ2A 2QNQA 2QCIA 2QI3A 5P0XA 1BV7A 3K5CA 1E80E 5P1VA 5OZMA 1E82E 3LZVA 1K1UA 1QBTA 1W6IA 5P1PA 2UY0A 1EC1A 1AJXA 3EM3A 5ISKA 4LBTA 3BGCA 3NYGA 2AOIA 3DJKA 3RVIA 5P3SA 5P6JA 3OAGA 1HVKA 1XN2A 5P3IA 3UQPA 1NPVA 1A30A 1QRPE 3I2LA 5P3YA 4DI2A 2QK5A 4R91A 2PK6A 1BVEA 4CPXA 4XKXA 2SAMA 5P4RA 5P7VA 4L1AA 5P71A 3U6AA 4QGIA 5P84A 4Y5GA 3TPPA 5P68A 3EKWA 4J0VA 3O9AA 4EJDA 5P1HA 3BXRA 4YD4A 5P8EA 4KE1A 4FM6A 2R3TA 4I8WA 2XYFA 3CKRA 5P4WA 4BFBA 1K6CA 4J0YA 5P4CA 5P8GA 5DR0A 4DQCA 5P0GA 4QJ2A 4Z4XA 4J55A 3D1XA 4ACXA 2Z54A 2Q5KA 1PROA 3KDBA 5OZTA 3ZLQA 5P4YA 5P2NA 1B11A 5DPZA 4RVIA 4COEA 1FLHA 4GJBA 2AQUA 2B8VA 3QROA 5P55A 3I6OA 4EXHA 3O9HA 1E5OE 5P48A 1PPME 3SO9A 5P2FA 1HTGA 4ZIPA 3WSJA 2FXDA 4Y5LA 2WF1A 5P7JA 1EBZA 3KM4A 4DJXA 5P27A 3OUDB 5P35A 4UPJA 2FIVA 5P0KA 2QD6A 1W5WA 5P3HA 3ST5A 3SA7A 3WB5A 1IVPA 4FRIA 3PGIA 1HVSA 5ER2E 4RVJA 1EPRE 5P5UA 5P81A 1DW6C 3UQXA 4U8WA 2R5QA 5OYYA 5P0QA 4AA9A 5P1ZA 3PEPA 4B0QA 5P2YA 1RNEA 5OZ8A 4OBFA 4Y3GA 2AVVA 4PHVA 4H3FA 1C6ZA 2OHNA 1KJGA 2AVSA 5P7GA 4YD6A 1DIFA 1BWBA 3RSVA 4J0TA 3VCMA 4LXMA 1SGUA 1GVVA 1GVUA 5P8MA 1BIMA 3S56A 5P37A 3IGBA 5P8UA 4Y43A 1EBYA 1ZJ7A 5P00A 2CENA 2ZHUA 3M9FA 4Y4XA 1GNNA 5P1JA 2BKTA 2P8HA 1AAQA 4U7VA 2A1EA 2OAHA 1KJ7A 1PSAA 4DVFA 1RPIA 5HDUA 4Q1WA 2RKGA 5P4LA 4DJYA 3D91A 4QJ8A 2PQZA 5P01A 4YA8A 2J9JA 2G27A 3FV3A 2G1RA 3VV6A 2WJOA 4FM8A 3ECGA 1FG8C 2Q3KA 5OZDA 3U71A 5P80A 4RZ1A 1A9MA 5OZPA 3PWRA 2ZJKA 2IL2A 3FX5A 4Y4UA 5P0DA 4Y3SA 2IGXA 3GGXA 1HVRA 1B5FB 4Y4BA 5P7LA 4RVXA 3OTSA 5P74A 5P8KA 3OXWA 3G72A 6FIVA 3L3AA 3ZKSA 2OHRA 4ZPEA 1BDQA 5P2QA 4DJUA 5P66A 3URIA 4GYEA 5SXNA 1D4JA 3JVYA 2HAHA 4KUPA 5P0NA 4DQBA 2JXRA 2HIZA 4YE3A 1BWAA 3MXEA 3VSXA 2P4JA 8HVPA 2P3BA 3VEUA 3IXJA 1MSNA 3NUOA 1FFFC 5P28A 5C9BA 2WEAA 5P78A 3WZ8A 5P2XA 1QBRA 1HRNA 3LZSA 4YCTA 5OZ9A 2R38A 5P5MA 2OHMA 2XFIA 5P11A 5P8HA 4AA8A 1AXAA 4DJOA 3UHLA 3O9LA 3HLOA 1SMEA 5OZJA 2B8LA 3SA6A 3QRMA 3PMYA 5P5CA 4K8SA 1FGCC 3UF3A 4OBZA 5DGWA 3LIVA 3LITA 5P12A 3CIBA 3OAGB 4RCFA 4D88A 3EKYA 1LEEA 2QD8A 5P2TA 4MC1A 4DJPA 5P3RA 2VNMA 4CKUA 1EPLE 4Y39A 2QI4A 2BB9A 4Y47A 5KR8A 4FRKA 3CKPA 4Y50A 4L1AB 3K5FA 1IZHA 2G20A 3S54A 4Y3DA 3DM6A 3OUBA 3MSKA 5P79A 2BBBA 3GGUA 1W5VA 3HVPA 1SDTA 4DJVA 4EQJA 5P3OA 4PYVA 1TZSA 3LPIA 1MT8A 3O9FA 3ZMGA 4XXSA 5DQ5A 2ZJNA 4DH6A 5P40A 2QMFA 4GMIA 1HVHA 5OYTA 4Y5KA 5P4HA 3OTYA 2QZLA 5P0FA 2BPWA 3R0WA 2P3AA 2Q15A 2QU3A 5OZ2A 2WKZA 5EZXA 5P3FA 4APEA 4EWOA 1JLDA 5P6AA 5P1UA 3DV1A 3PCWA 5P4SA 4DUSA 5TOLA 4EQ0A 5P7DA 5P8VA 5P18A 1K6VA 3TNEA 1TSQA 1LYBA 5P46A 5J25A 1HPSA 5ISJA 1B6MA 1TCWA 4GIDA 4I0EA 3BVBA 2O40A 5OZUA 1FQXA 3ZKNA 4Y5PA 3PJ6A 1HSHA 3BVAA 1OHRA 5P4IA 1ZPKA 4EXGA 4EJLA 3L59A 4Y3YA 1RQ9A 3QPJA 4Y38A 5P13A 3OWNA 1MT7A 2IKOA 4I8ZA 5P4KA 3O9DA 5AHCA 2VA7A 2QHYA 1VIKA 5P6VA 1NSOA 2I4DA 5P41A 3LIXA 4R8YA 1M0BA 2F3FA 4YBIA 1BVGA 1HPOA 5P25A 5P5XA 3LZUA 1MTBA 3PCZA 5P5SA 5P43A 3ZOVA 3OY4A 1FG6C 4ZPGA 4F76A 4J0PA 3H0BA 4X2LA 1MTRA 3SM2A 2R3WA 2ZJIA 1MT9A 1K6PA 3UPJA 3NU3A 5P3XA 4R92A 4K4QA 3VF3A 2H6TA 2ER7E 3BHEA 1XE5A 4Y3EA 1FF0C 4J0ZA 5P77A 4TVGA 3ZL7A 3QS1A 2J9JB 2G22A 1BBSA 1SDVA 4Y36A 1MUIA 5OZLA 5P0BA 5P2UA 5OZOA 4B05A 3BUFA 4YDGA 2G1NA 3T6IA 5DQ1A 4YD7A 1D4YA 5P14A 5P7HA 1IZEA 5F01A 2AOEA 1BV9A 3A2OA 3L58A 3R4BA 1AM5A 4OBHA 5P53A 2R5PA 3PSGA 4YOBA 1C6YA 5P8QA 1LYWA 3FNTA 2WL0A 4QJAA 3R1GB 3RTNA 2HB4A 5P8BA 2BJUA 2G94A 3PI0A 5P7UA 3UDMA 4ZSPA 5P26A 3VSWA 3OQKA 2AIDA 3Q5HA 2ER9E 2P3BB 5P8JA 3K5DA 4L7JA 5P06A 5P4JA 2QI1A 3HZCA 2WEZA 5P6XA 3EL1A 5P20A 1UH7A 5AHAA 3MSLA 4F74A 4EP2A 5UPJA 2P3DA 5P62A 2AZBA 1LF3A 5P2WA 2F8GA 1CMSA 5KQZA 5P08A 3CMSA 3OUAA 5P6PA 5C9DA 3O9LB 5OYZA 5P39A 3NLSA 4QLHA 1E81E 5P5PA 5P2ZA 4K9HA 2VA6A 1FMXA 1HEFE 5OZ6A 5HDXA 5ER1E 2VJ9A 3LPKA 5P4VA 4YHQA 4Q1NA 2XFJA 4FSEA 3BGBA 5P6RA 1UPJA 5P5QA 2HPFA 1FQ5A 5HD0A 4R5NA 2QMGA 4FS4A 1HSGA 1ODYA 3EXOA 3SM1A 5AH8A 5OZ5A 3GI0A 3AUPA 4J1IA 4H1EA 4ZSRA 1PPKE 4Y3FA 1BAIA 3KT2A 4CPRA 5P0ZA 3NDXA 3VYFA 1GVXA 4D83A 4XX3A 3PLDA 4Y53A 5ENMA 5P5IA 2I4XA 4J17A 5OZNA 4LXAA 2ANLA 3INHA 3D3TA 3VG1A 3BUGA 3S85A 2I0AA 3DCRA 5P0WA 4KE0A 4DQFA 3GW5A 3D1ZA 1G0VA 2AVOA 3OU1A 1Z1HA 3VF5A 3INFA 5P03A 5P0PA 3L5FA 1UH9A 5P8TA 1AVFA 1K6TA 4RCDA 3SLZA 1AIDA 2AZ9A 2Q54A 2VIZA 3VLBA 3EL0A 4ZEAA 3SA9A 5OZ1A 5KAOA 4A4QA 5P2JA 1LYBB 2VJ6A 1HIHA 5P0OA 5OZKA 2OHLA 4Y51A 2HS2A 1WBMA 3FIVA 3KYRA 2QI7A 2WF0A 5P6IA 2FNSA 3PM4A 4TRWA 4J1KA 5T4SA 3IAWA 5P38A 3KMXA 1M4HA 2O4PA 4Y5EA 2QAKA 2VS2A 2FGUA 4U7QA 4DJWA 5P6CA 2VIYA 1KJFA 5COKA 4TRZA 4F75A 4Y35A 5P6UA 3KFRA 5P31A 3CYXA 5P2DA 3MXDA 5P8RA 3CICA 1K1TA 1MRWA 1M43A 5P7AA 3RTHA 4FE6A 3T11A 5P3NA 3ER5E 1EEDP 5P5GA 3QRVA 1T7KA 1Z1RA 5OZIA 5P4UA 5P7TA 1HTEA 5P8PA 3IVIA 4NKKA 1B6JA 4Z50A 2QI0A 3N4LA 4A6BA 5IVTA 5HE5A 1LF2A 4JOOA 4I0IA 3Q6YA 3URLA 5P1LA 5DR7A 2OHSA 5P2RA 1D4KA 3TOFA 3OQAA 4GJ6A 3K5GA 5P52A 3INEA 5P5WA 3DK1A 5P5KA 2NPHA 4MC9A 2WEDA 2AOGA 2WF2A 2QHZA 3NDTA 2H6SA 5P1SA 5P6QA 4FSLA 4B78A 5I3VA 3O9CA 5P0LA 3KMYA 2R43A 3I8WA 5P73A 2PSVA 2ZHRA 3QAAA 5P7EA 3G70A 5AHBA 4B77A 5P7CA 5P1FA 1LYAA 2MIPA 4OC6A 5P51A 2I1AA 4N00A 1TW7A 5P5DA 5B18A 2IENA 4Y3RA 3PVKA 5HU0A 5P8NA 3OQFA 5P2CA 5P0VA 4D8CA 2BKSA 1LYWB 5P23A 2QHCA 5P63A 5OZVA 7UPJA 4I1CA 3OUCA 1TQFA 2HM1A 1W50A 4MC6A 5P6LA 5P1XA 5EZZA 4WY6A 1FIVA 1KJHA 4LL3A 4Y6MA 5P30A 5KQXA 1IVQA 3BRAA 1AZ5A 2XYEA 3WZ6A 4J5JA 2FDDA 1XDHA 2HPEA 2QMDA 5P7YA 2QD7A 3NU6A 4Y9WA 3I25A 4LXKA 5P4QA 2NNKA 3NXNA 5OZ3A 3T7XA 3OHFA 2ZJHA 1YM4A 3SKGA 1IIQA 4Y57A 5SZ9A 5OZCA 1SIPA 1W5XA 1XN3A 2AZ8A 5DR4A 2Q11A 1FMBA 5P05A 2HS1A 5P36A 1META 3NU9A 5P4EA 1U8GA 5P3AA 4QJ6A 4BELA 3KDDA 3GGAA 1UH8A 4OBDA 2V12C 5OZGA 1Z8CA 3BUHA 4L6BA 5JFUA 1T6EX 3EM4A 4PEPA 5DQ4A 3EL9A 5P1DA 1PPLE 4H3GA 5P65A 4QJ7A 2Q55A 2B7FA 2IRZA 3KFSA 1BDRA 5P1RA 5P5AA 3WZ7A 5P3VA 4FAEA 5P59A 4B1DA 4HA5A 4I0ZA 4EHCA 5E5KA 5P7MA 3OXVA 4J1CA 4GJ5A 3LPJA 2ER6E 5HE7A 4Y5AA 4Y3XA 1IZIA 1FB7A 1GVTA 4B00A 1CPIA 5P2BA 3UDYA 3UCBA 3KFPA 1SH9A 2ZYEA 3HAWA 4TRYA 4B1EA 3TTPA 3NR6A 3OQ7A 5AH7A 3S7MA 5OZZA 3SABA 1HPXA 3ZPTA 2OHKA 3GI4A 2VJ7A 1YTJA 3OU1B 5P5FA 3KA2A 3F9QA 4D89A 5IVQA 3Q70A 5P4TA 2QU2A 5P5VA 5OZBA 5OZRA 5P0JA 5P3DA 3UDKA 3IA9A 3VFBA 3NDWA 5P6FA 1IBQA 2ZE1A 4FIVA 2NXDA 4RCEA 5SY3A 4EP3A 4EJKA 1FQ8A 4WTUA 2CEJA 3EBZA 4E43A 2F81A 4I0DA 3EL4A 1IDBA 1W5YA 5P6BA 3K4VC 1YTIA 5P1YA 3Q4BA 5P3CA 1QS8A 2APRA 5P0UA 4JP9A 3HAUA 1EPQE 4Q1XA 3TPLA 2QNPA 2ZJLA 1YM2A 1PSOE 3S43A 5P4DA 1ME6A 2PH6A 3SKFA 5P8LA 3SPKA 5IS4A 4MC2A 3S8IA 2EWYA 2XFKA 3UDNA 3PBZA 5HE4A 5P5JA 3EKPA 5DR3A 5OYVA 5P3JA 3H5BA 5OZ0A 4Y3QA 5F00A 5P6MA 4EPJA 1APTE 1T6GA 3TLHA 3VLAA 4Y37A 2Q63A 1YT9A 2O4LA 1XE6A 1MSMA 3APPA 5P88A 5P16A 1PFZA 3LIQA 5P4OA 5OZ4A 1WBKA 1ER8E 3OADA 4WY1A 4GJAA 5P60A 1F7AA 4DJQA 2F3EA 2R9BA 3D20A 2G1YA 3ZKIA 5P1BA 3KFNA 4X7IA 3VUCA 1KJ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1C A;  1ZSF A;  1FEJ C;  3D1Y A;  3LHG A;  3UDQ A;  3OXC A;  1ZBG A;  1MEU A;  5DGU A;  5OZA A;  4OBK A;  1DMP A;  2IGY A;  3EKV A;  3OHH A;  3BXS A;  5P5L A;  2I4U A;  5P44 A;  5OZX A;  3O9B A;  5P7Z A;  1A94 A;  2ZHT A;  5P2I A;  5P2H A;  3TPR A;  4EYR A;  2HB2 A;  4K4R A;  4ACU A;  1SDU A;  3ZKM A;  2RSP A;  5P6D A;  1HXW A;  4BFD A;  2NTR A;  3PSY A;  1B5F A;  5P4M A;  4FLG A;  5CON A;  5HTZ A;  2IDW A;  4FL8 A;  2AZC A;  4FAF A;  5P0I A;  3TL9 A;  1NPW A;  4NJU A;  4YCK A;  4ZSM A;  3SA4 A;  3LIY A;  5P7N A;  2Z4O A;  2JE4 A;  4FGX A;  2FGV A;  2NR6 A;  5P7W A;  2JJI A;  1FQ7 A;  2WHH A;  2G69 A;  1APU E;  1XL2 A;  2WEC A;  4CPU A;  1LS5 A;  4ER1 E;  2NXL A;  2ZJM A;  4H3I A;  4PPH A;  1LF4 A;  4Q5M A;  3KN0 A;  1HTF A;  4OBZ B;  4HDB A;  4Y5C A;  5P1G A;  5COP A;  1FKN A;  5P8A A;  5DQ2 A;  2QNQ A;  2QCI A;  2QI3 A;  5P0X A;  1BV7 A;  3K5C A;  1E80 E;  5P1V A;  5OZM A;  1E82 E;  3LZV A;  1K1U A;  1QBT A;  1W6I A;  5P1P A;  2UY0 A;  1EC1 A;  1AJX A;  3EM3 A;  5ISK A;  4LBT A;  3BGC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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