5P32A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 155
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p32A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p32A01
4ZSQA 5P0KA 5P0TA 5P40A 5P72A 4Y5MA 5P4HA 5P8EA 1D4JA 2FIVA 4J5JA 4YDFA 5P2OA 4Z50A 5P7NA 4Y44A 2ER6E 2VA7A 4J0TA 4OC6A 5AH7A 4Y4ZA 2VNNA 3PLLA 5OZHA 1TSUA 2QHCA 3T7XA 4LXKA 4I0JA 2ZHUA 3DJKA 5P6SA 1XE5A 3SLZA 2P3DA 4ER2E 5P81A 4CPWA 1MTBA 5P0JA 5P1PA 1BVEA 2ZHTA 3SPKA 5P3IA 2VJ7A 5P7KA 5P52A 5P7CA 1SIVA 1BV7A 3S7LA 3IN4A 4DFGA 2G69A 4Y50A 4K4RA 3UDNA 2FXDA 1T6EX 4DH6A 3DOXA 4Y4BA 1EPQE 3NSHA 5KQXA 2QMDA 5P4KA 4QGIA 4RROA 3OUCA 5AHAA 4EQ0A 1GVVA 4Q1XA 3UDPA 3NU9A 2JYSA 2NR6A 2R3WA 1CPIA 3GGAA 3SA5A 1OEXA 1MVPA 3OU1B 4GB2A 2XFKA 3EKWA 3QN8A 5P2JA 4FM8A 5P2SA 5P3DA 4NJTA 3GI5A 4FSEA 1AXAA 1WKRA 1KZKA 3EKPA 5P2RA 3NXNA 1G2KA 2R9BA 4H3GA 1UH8A 3VYFA 2G1YA 4WTUA 5P8OA 1FQ8A 4Y3WA 3NU5A 3PSYA 3UDJA 3UTLA 3FKTA 4I0FA 5P8BA 5P53A 1MERA 5P3UA 4ZSRA 2QNPA 5P5IA 2O4NA 1PPLE 5P5RA 1HXBA 4Y4JA 3Q4BA 2RSPA 2V16C 2WF4A 3NUOA 4DQEA 2NXMA 1A9MA 1EC1A 4RVJA 3ST5A 5P3QA 1SDUA 3OQFA 5P3KA 4NJUA 3S7MA 1CMSA 5HVPA 4NPTA 3PLDA 5P6XA 2XFIA 3TOGA 2HS1A 2B7ZA 5DR8A 1ME6A 1M0BA 5OZGA 4R8YA 1KJGA 3LZVA 5P41A 5P31A 1TZSA 3PCZA 3O9IA 5AHCA 3SA9A 3U7SA 5P39A 4KB9A 4CPQA 4ZPFA 3MXDA 1LYAA 4Y54A 3SA7A 3UPJA 4Q1WA 2UPJA 3OUDA 5SY2A 5P6RA 4I8ZA 5KQFA 2CEJA 5P3TA 5P2AA 5P77A 3LPJA 1D4LA 5P2TA 1JLDA 2O4LA 3FV3A 3NUJA 2QMFA 1RL8A 2JE4A 5HDXA 4YHQA 5P5WA 5ER1E 1HOSA 1SMRA 2FNSA 1YTHA 3FNSA 5P7DA 1LYWB 4Y45A 4Y35A 5DGWA 4Y57A 4IVSA 1IVPA 5P2IA 3HLOA 3L5EA 4AZYA 5KR2A 1MRWA 3OOZA 3NU4A 4Y3QA 5OZMA 4Y47A 2I0AA 3K1WA 4FE6A 5FIVA 3GI6A 5OYSA 1HXWA 4J0VA 4B1CA 3ZOVA 1XN2A 2A4FA 5P66A 3U6AA 3UDQA 1W6HA 2HIZA 4JP9A 1FF0C 5P6ZA 5KR0A 5B18A 3TTPA 1EPNE 3BXSA 1CZIE 3D3TA 2O4PA 3OAGA 3D20A 4GJAA 1SDTA 5P8TA 3LHGA 5OZVA 2P3BA 3VF3A 5DQ5A 4Z22A 1FB7A 1LF4A 4Y51A 4ER4E 3VF5A 3KDDA 5P5TA 1BILA 2H6SA 1BXQA 3RU1A 3FSMA 1YT9A 1U8GA 1WBKA 3OXWA 1EPOE 1FQXA 3L38A 5P6BA 5P0EA 3LIYA 5P5NA 1HTGA 4CPRA 2PYMA 4QJ9A 5P19A 2AOEA 1EBWA 4H3IA 2QU3A 5IVQA 5C9DA 1APUE 2V10C 1AJVA 5P8RA 2PSVA 5P7SA 5SZ9A 5HDVA 1AJXA 5EZZA 4XKXA 2AZ9A 3RTHA 4Y58A 5P33A 3VG1A 2O4SA 5P6WA 4GIDA 1PSOE 2QZLA 2FDEA 3KN0A 2BJUA 1FQ4A 1SIPA 4RYCA 4GMIA 4FRJA 5P47A 1GNNA 2WEBA 3T6IA 4EQJA 3M9FA 4I11A 5P8AA 1VIJA 3VF7A 5P20A 3CKPA 3R0WA 1NSOA 5P7YA 4AA8A 5P2UA 5P7UA 4ZE6A 1ZLFA 1QBRA 4PYVA 2BPZA 2RENA 3GW5A 1GVXA 1Z1RA 2AZCA 4Y3AA 4J1FA 2VKMA 2QI7A 1BV9A 5OZBA 3GGVA 4QJ6A 2QZKA 2VA6A 4ZSPA 3O9GA 5E5JA 3L5BA 1AAQA 4RCDA 3PBZA 4GJDA 2FDDA 1APVE 4LXAA 4Y48A 3HD8A 1T6GA 1ODXA 4K9HA 3O9BA 3N4LA 2OAHA 3RSVA 4D89A 5P7PA 5P0GA 3IXOA 5P3AA 4YD5A 1OHRA 5P7XA 1HSIA 2ZHVA 4KE1A 8HVPA 1ODYA 2I1AA 5P2FA 3OQ7A 2I4WA 4K4PA 2IL2A 5P80A 3S2OA 3SACA 1FQ7A 2BPXA 5P5SA 5P3YA 4I1CA 4OBKA 3INDA 4PZWA 3UDRA 2QD6A 3APPA 3T7PA 2J9KA 2QMGA 2IEOA 1AM5A 1SDVA 4BFBA 3HBOA 1FMXA 5P02A 2G22A 3ZLQA 4OD9A 4QLHA 4FRSA 5P1SA 3VSWA 5P5HA 4NPUA 5P5AA 2QMPA 4APEA 4GJ7A 5P1QA 4Y5GA 5KQZA 1K2BA 1TCWA 3PWWA 5P54A 3OQAA 2F8GA 3HW1A 1YTIA 3OQDA 3R1GB 1EBKC 5P5LA 4R95A 2BPYA 3RTMA 5P0LA 3AIDA 4IVTA 1XN3A 2VA5A 4J55A 4S1GA 2F81A 2OHTA 5BRYA 5P0NA 1D4KA 2OF0A 5OZPA 1AIDA 4HDBA 5P63A 4AUCA 4J0PA 1ER8E 3TL9A 5P2GA 5P1DA 3VV7A 4R91A 5ISKA 1LV1A 2QHYA 3GGUA 3F9QA 1ZTZA 3NDUA 5C9FA 4D88A 1VIKA 3FX5A 3NU6A 5OZJA 5P8CA 3MSJA 1HHPA 2FGUA 5P2BA 3TOHA 1D4YA 2QI6A 2HC0A 5P82A 2OHLA 4OBZA 1APTE 3K5FA 4Y43A 5P3BA 2AVQA 2ZJKA 1DMPA 3LIVA 1BXOA 4FCOA 2PH6A 4HVPA 5IS4A 4BELA 5P6UA 2J9JB 5P0CA 4APRE 5P3OA 3TPJA 2QI1A 3NYGA 1D4SA 4YCYA 5SXNA 4HZTA 2VS2A 1HTEA 4JPEA 4K8SA 5P2HA 3NDTA 1EC0A 2XYFA 5P3VA 4Y39A 5CLMA 1ENTE 1YM2A 3FNUA 3EKXA 5P29A 4GJ6A 3EL4A 5P84A 3L5FA 3OTSA 4L7GA 5C9BA 4FL8A 5P8HA 3ZKXA 2QZXA 4FRIA 3IN3A 1K6CA 5P61A 2QK5A 4EJKA 3OOTA 3OU1A 1SBGA 5AH8A 1FG8C 3OUBA 5OZ2A 1HBVA 1KJ4A 1C6XA 4Y5BA 4Y5KA 2ZE1A 3KFRA 2PSGA 4EPJA 4Y3FA 2WECA 1MRXA 3H5BA 3RTNA 3EL9A 3OY4A 4H1EA 3OUAA 1AVFA 4HE9A 1E5OE 3IXKA 2Q15A 3QIHA 5OZNA 5P7EA 5PEPA 1HPOA 2HAHA 3LNKA 3BVBA 1J71A 2P3CA 3UFNA 1HVCA 4Y3TA 5P11A 2NNPA 3K5DA 3PCWA 4A4QA 1BDRA 2OHNA 3BGCA 1QBTA 4KE0A 4Y3EA 2ASIA 5P1ZA 3IVIA 3BRAA 4Y6MA 5P71A 4J0YA 5P5UA 1C6ZA 1EPLE 2HB3A 5DR3A 1ZBGA 5SY3A 2G24A 2Q54A 2AIDA 2I4QA 4F73A 4H3FA 5P62A 2WKZA 3LINA 3BC4A 3O99A 5TOLA 3ZPSA 3EM6A 4Y3GA 3K5GA 4Y4TA 5P8JA 3ZKGA 3QVIA 4DV9A 4YBFA 4B77A 3ER5E 4RYGA 3EMYA 3NXEA 1W6IA 3S43A 4RRNA 4Y4WA 1HWRA 5P65A 2VIEA 4FM6A 1EPME 3VV8A 5P56A 5P73A 5P5OA 1HRNA 1C70A 5P1IA 3UFLA 5P2WA 1BDLA 3KFPA 2P3AA 1G6LA 4OBGA 5P1MA 1YTGA 5P3HA 3VSXA 2QD7A 5P4YA 1K6PA 4EXHA 4YOBA 2QCIA 5P3NA 5DGUA 3URIA 5P6VA 4RVXA 5P4IA 4WY6A 3QBFA 1K6TA 1HIHA 4LAPA 4L1AB 1YG9A 3BUGA 3H0BA 4QJAA 3VCMA 5IVRA 5OZRA 4Y38A 2CEMA 1EPRE 2OHQA 3SO9A 1PSAA 5P0AA 5OZ0A 4Y5AA 5P51A 3T11A 3QROA 3TPLA 5OZKA 1HVJA 5P4CA 3VUCA 3GGXA 2G20A 1W51A 4MC9A 4Y5PA 5KR8A 3EKQA 4NJVA 2HS2A 4U8WA 2CENA 2Q55A 5I70A 3HAUA 3DV1A 5OZWA 2NTRA 3SAAA 1B5FB 5IVSA 2ZHSA 2ZDZA 5P1HA 1HPVA 3IA9A 3ZPUA 1DPJA 4DUSA 5P2NA 3VLAA 3KF0A 1MT8A 3ZKNA 4Y4AA 4XX3A 2B8VA 1ZJ7A 3O9LB 1EAGA 3PBDA 5OYZA 2NNKA 4OC6B 1HVLA 3O9HA 5OZQA 5P5JA 5P01A 5OZUA 4YCKA 3PEPA 2Z54A 5I3XA 5OZEA 3I6OA 3VEUA 2F3EA 3JVWA 3IXJA 3MSLA 5P68A 4I0ZA 3D1ZA 5DQ2A 1AZ5A 5JFUA 4GZFA 2Q3KA 1MIQA 3PSUA 5I3YA 3DUYA 2WEAA 5P2MA 3TPPA 5OZCA 3UHLA 2VIZA 2PYNA 5P4JA 5P4TA 5P08A 4DJUA 1HVIA 5HTZA 2R5QA 3SKGA 5UPJA 4I0GA 1MT7A 3D91A 3WZ8A 3VFBA 4YCTA 5P6FA 3KYRA 2XFJA 5P2ZA 4QJ8A 4AA9A 2ER7E 3ZKMA 1MTRA 1EC2A 1IIQA 5P0ZA 1HPXA 4OBJA 5KAOA 3WB4A 1SH9A 2IGYA 2Q64A 2AVMA 1QBUA 4X2LA 3SFCA 5P70A 3Q6YA 4F74A 3GI0A 5IE1A 3NLSA 2WEDA 4I0IA 2PWRA 5OYRA 5P6IA 3CIDA 5P4PA 2QNNA 2G1RA 5OZ9A 5P23A 4NKKA 5P4RA 4LP9A 3BHEA 1FQ5A 3DK1A 3LZUA 2SAMA 3S56A 4Z4XA 2PWCA 3O9FA 3EC0A 3EL0A 1PPME 2BPVA 5P4LA 1KJHA 2OHPA 3G6ZA 5P35A 5HE4A 5P74A 5P6HA 2OHMA 1SMEA 3PM4A 3NDWA 5JG1A 5AGZA 3LITA 3I7EA 3G70A 4Y4EA 4D83A 5ISJA 5P2QA 3BUHA 3O9AA 5P03A 4CPXA 1IDBA 1QS8A 1HVRA 1XDHA 1F7AA 4K4QA 5P0XA 5P5KA 4EP3A 2R8NA 4Y3NA 1K2CA 3PWRA 3PWMA 5P2YA 3A2OA 1LYAB 3O9CA 2Q11A 1A8GA 3S45A 5AHBA 5P1LA 4PHVA 1LYBA 3OUDB 3PSGA 5P4AA 4RRSA 3INEA 2PSUA 3OXXA 3MWSA 3QP0A 1LF3A 2WF1A 5P3XA 3NWQA 5I3WA 1XE6A 2WJOA 1W5WA 5P1OA 3OADA 5ENKA 5P0FA 5P8DA 2WF0A 5P5ZA 2G1NA 2AZBA 5IVTA 2ER0E 4FSLA 5P15A 3HVGA 5OZTA 2B7FA 1EPPE 5P2CA 5P1JA 3IGBA 3OTYA 5P0HA 1B11A 3KM4A 2G21A 2QU2A 2ZJNA 2V0ZC 5P37A 4ACXA 1LS5A 5P8NA 5P8QA 1D4HA 4NJSA 2JJIA 5P0WA 4Y5NA 5P05A 5P16A 3UF3A 1UH9A 2F3FA 4DJRA 5HCTA 5P32A 5P5QA 4B1DA 1HIVA 3C9XA 3I2LA 4J17A 5P06A 5P2XA 1IVQA 3PMUA 4DJXA 4I12A 2BKTA 2FGVA 1XS7D 4FGXA 3OAGB 2I4UA 4TRYA 3VLBA 4DQBA 3HAWA 5P27A 5P2VA 2NMYA 5OZDA 3S53A 2R3TA 1APWE 2P8HA 3MXEA 4ZLSA 4ZPGA 2AQUA 1KJ7A 4XXSA 5KR1A 2F3KA 3AUPA 3WZ6A 5JFPA 2IQGA 5P8GA 2AOCA 4YA8A 2APRA 2VIYA 3PI0A 1KJFA 5HU1A 4GJ9A 2FS4A 5APRE 5P5DA 2NPHA 1HVHA 5OZ4A 5P50A 3NDXA 1MEUA 1YTJA 5P5BA 4JOOA 2QP8A 4HA5A 3R2FA 3HVPA 4YDGA 5P36A 3JW2A 5T4SA 4Y4DA 2IKOA 1WBMA 1B6LA 4LBTA 4Q1YA 5OZYA 5P1YA 3VV6A 1IZDA 3TKGA 1LZQA 4KUPA 2JXRA 2AVOA 4YE3A 4GJ8A 2AOGA 2V00A 5P64A 2B60A 5P4FA 2IRZA 1B6KA 3URLA 2WEZA 5OYXA 1FLHA 5HE7A 4Y4XA 3NWXA 2JJJA 4Y5EA 3QBHA 4DJOA 2F80A 5P58A 4I0HA 2HPFA 3T3CA 3RSXA 3INFA 2FNTA 5DR0A 5P7LA 2MIPA 4OBDA 2ER9E 5P3LA 2ZHRA 2HM1A 1MESA 4GJCA 3QI1A 4EP2A 5P09A 5P44A 3SA4A 3I8WA 3Q5HA 4HDFA 5P87A 4Y3MA 3DCKA 3UQRA 4WY1A 3U71A 2IDWA 4Y3PA 4YD3A 2H6TA 2ZJIA 5P43A 2QI3A 3EM3A 2AOHA 2AODA 3CMSA 2OHUA 5P7RA 5OZSA 1DIFA 5P83A 1MSNA 5P4EA 3L59A 2Q63A 1FKNA 3PHVA 4Y3SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ZSQ A;  5P0K A;  5P0T A;  5P40 A;  5P72 A;  4Y5M A;  5P4H A;  5P8E A;  1D4J A;  2FIV A;  4J5J A;  4YDF A;  5P2O A;  4Z50 A;  5P7N A;  4Y44 A;  2ER6 E;  2VA7 A;  4J0T A;  4OC6 A;  5AH7 A;  4Y4Z A;  2VNN A;  3PLL A;  5OZH A;  1TSU A;  2QHC A;  3T7X A;  4LXK A;  4I0J A;  2ZHU A;  3DJK A;  5P6S A;  1XE5 A;  3SLZ A;  2P3D A;  4ER2 E;  5P81 A;  4CPW A;  1MTB A;  5P0J A;  5P1P A;  1BVE A;  2ZHT A;  3SPK A;  5P3I A;  2VJ7 A;  5P7K A;  5P52 A;  5P7C A;  1SIV A;  1BV7 A;  3S7L A;  3IN4 A;  4DFG A;  2G69 A;  4Y50 A;  4K4R A;  3UDN A;  2FXD A;  1T6E X;  4DH6 A;  3DOX A;  4Y4B A;  1EPQ E;  3NSH A;  5KQX A;  2QMD A;  5P4K A;  4QGI A;  4RRO A;  3OUC A;  5AHA A;  4EQ0 A;  1GVV A;  4Q1X A;  3UDP A;  3NU9 A;  2JYS A;  2NR6 A;  2R3W A;  1CPI A;  3GGA A;  3SA5 A;  1OEX A;  1MVP A;  3OU1 B;  4GB2 A;  2XFK A;  3EKW A;  3QN8 A;  5P2J A;  4FM8 A;  5P2S A;  5P3D A;  4NJT A;  3GI5 A;  4FSE A;  1AXA A;  1WKR A;  1KZK A;  3EKP A;  5P2R A;  3NXN A;  1G2K A;  2R9B A;  4H3G A;  1UH8 A;  3VYF A;  2G1Y A;  4WTU A;  5P8O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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