5P33A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 156
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p33A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p33A01
4DJOA 1HEFE 4DI2A 3KYRA 7UPJA 1UH8A 5P8CA 2FDDA 1NPWA 4ZPEA 2NTRA 3GW5A 1FFIC 1YTIA 1HVCA 3B7VA 4CPSA 5KOQA 3NU3A 5P2ZA 2NXLA 2P3DA 1NSOA 5P2KA 2EWYA 1BV7A 2QZXA 5P0AA 1HTFA 3EKYA 4DFGA 4YA8A 1LF4A 5P2GA 5P6PA 4FSEA 3GI0A 3OU1B 3INDA 1YX9A 3CICA 4I12A 3HW1A 5P5SA 2WL0A 3SA9A 1D4HA 3BXRA 2AOIA 5COKA 5OZRA 4Y5LA 5DR3A 3ZL7A 2RMPA 5P2XA 2QI1A 3CKPA 1YTJA 5P40A 4XKXA 1FMXA 5P7XA 5P7NA 5P8MA 5P3KA 1LYBB 3N3IA 3LZUA 5P4LA 2OHRA 4Y44A 3NU9A 4YCYA 1DPJA 5P8IA 4Y4UA 1C6YA 1FMBA 1MPPA 5P2BA 2J9JB 3GI5A 4CPXA 4OBGA 4D83A 5P00A 5P7VA 5P62A 3EKWA 5P3QA 1YTGA 1HVHA 2XFJA 3FSMA 3IXOA 3QIHA 5P8RA 3EL0A 5P8BA 1Q9PA 5P8UA 5P05A 4HDFA 5OYVA 5P5NA 5I3WA 3NU4A 3T7QA 2BKSA 4PZXA 5P3EA 1A9MA 1LEEA 4Y4TA 3MSLA 3RTNA 1HWRA 3ZOVA 4FAFA 3NWQA 1G0VA 5HVPA 4GJ8A 5P2IA 1T3RA 3EKXA 3HZCA 2F81A 5HDXA 5OZGA 1PPME 3R4BA 5I3VA 3ZKIA 5P5VA 5P6FA 5P6GA 5P3UA 2P3BB 5P3ZA 5P6RA 3NDXA 5P1OA 5P4JA 1FG8C 1TCXA 5P71A 2V00A 4Q1NA 1HSGA 2G21A 3OUDA 3VF5A 1B6LA 2XFKA 1NH0A 2VA6A 2VA7A 5P0CA 5OZKA 4NJTA 3MXEA 3QROA 4FRKA 5KAOA 5P4QA 1DW6C 2VJ7A 3PB5A 3SA3A 4GIDA 2G1NA 3SPKA 4RZ1A 1K6VA 3TPLA 3L5CA 2PWCA 5OZDA 1UH9A 3PHVA 3VLBA 5APRE 2VS2A 4JP9A 2NNPA 4Y43A 4Y3YA 3ZLQA 4OD9B 2RSPA 4DQCA 5P0GA 5TOLA 2NMZA 5JFPA 1CZIE 2WF3A 3OOTA 2B60A 5OZMA 5P1IA 2O40A 4FS4A 1QBRA 4Y3PA 5OYYA 4J54A 1CMSA 5P59A 4EJDA 1XN3A 2AOGA 4J1EA 5P46A 5P20A 4I0HA 3R0WA 2FGVA 3I7EA 2AQUA 4JECA 3RVIA 1EEDP 3HDKA 1GVXA 2IQGA 1FQ8A 5P65A 3D1ZA 1EBZA 1M43A 1A30A 3RTMA 3SFCA 3LIVA 6UPJA 5P1BA 2OHLA 5DQ2A 1OEXA 3EC0A 4R5NA 4AZYA 4EXGA 4Y54A 3UQWA 5P6AA 1ZJ7A 4R92A 2HPEA 3UQXA 3O9BA 2QHCA 3PCZA 4YD7A 2R9BA 4QJ2A 4Y51A 3OUCA 3OU3A 5P25A 4HDBA 5P4FA 5P5WA 5P88A 3LHGA 4PPHA 3OADB 3PMYA 2IENA 5P8FA 4FM7A 5OYZA 5P6XA 4DQEA 1AM5A 3WSJA 4KE0A 5P2EA 2B7ZA 3KFRA 4K4RA 3PI5A 1EAGA 3PI0A 5P2WA 3BUGA 5OYQA 3OUAA 3VV8A 1B6KA 2PQZA 5P1ZA 3BC4A 4COEA 3OAGB 5P42A 5P24A 2R8NA 5P4SA 3OTSA 2AOFA 3H0BA 5P0KA 1FEJC 2ZHTA 5OZHA 3EXOA 5P1HA 1HIHA 4EJ8A 5IVTA 3L5DA 3MWSA 2I4UA 3EKTA 1E82E 3T7XA 2B8VA 4ZSPA 3LZSA 5P56A 1HVIA 1HXBA 2BBBA 4CPQA 3KN0A 4U8WA 3OQAA 4J0PA 4CPTA 1LYAB 5P7GA 5P16A 5P2VA 3T7PA 5P6SA 3NU6A 5P31A 4LL3A 5P4VA 2WECA 3R1GB 3ZPSA 2VIYA 2OHTA 5P79A 3VCMA 1GNMA 5OZAA 1T6GA 1BDLA 3UDKA 4BFBA 3OHFA 4JOOA 1FB7A 3QS1A 5P7CA 1A8KA 9HVPA 3K5FA 1HVLA 5ISKA 2FDEA 2I4WA 3IGBA 2R3WA 3KT2A 1IBQA 2Q64A 5OZ2A 1BDRA 2QZWA 1K6CA 1BWBA 4PHVA 3G72A 4LAPA 1Z1HA 5IVSA 5P35A 3Q4BA 1RNEA 3PGIA 2PSVA 4ZSQA 2HIZA 2ZHSA 3S43A 2H6TA 1EC3A 3OQDA 3O9CA 4NPUA 3UDRA 3T6IA 4J5JA 5P7IA 3OQ7A 5P6IA 5P1GA 5P33A 2ER7E 5P7KA 3A2OA 1EC2A 1META 4YDFA 4Y53A 5OZZA 3OXWA 1APWE 5F01A 3U7SA 2VNMA 2F80A 1SGZA 1HXWA 1ME6A 2ZDZA 5P6YA 4I11A 1E81E 5P0YA 4HVPA 5P36A 1SMEA 1DP5A 4EXHA 5BS4A 5OZYA 4DH6A 2Q54A 1EBYA 4DJQA 5OYUA 5P7PA 5P4RA 3OGPA 5P4NA 3IXKA 2NMYA 4GJ6A 5P54A 1KZKA 3VYFA 4F75A 2I4XA 3OK9A 5HD0A 5KR8A 4DJVA 3NXEA 1KJGA 5P3IA 1W51A 5P38A 5P70A 4LHHA 3UDQA 3PJ6A 1SBGA 3ZMGA 5P0MA 5PEPA 2ZHVA 5P8HA 5P0DA 5P2CA 5P4XA 5P3RA 3QPJA 4Y5PA 4Y3XA 2ZJJA 4EJLA 1HVRA 4Y3DA 5P01A 1EPOE 5JODA 3LPJA 6FIVA 3RSXA 4ZIPA 5P8KA 3FKTA 5OZ1A 1SP5A 1B5FB 2ZJLA 1D4LA 3O9HA 1W5VA 4B05A 3UFLA 1TCWA 3FNUA 3LIYA 2ASIA 2QD7A 4GJBA 2BKTA 4ZSMA 4WTUA 2ER9E 1SDTA 3OU4A 3K1WA 2NR6A 3QP0A 5P6QA 4U7QA 2F8GA 2ZGAA 4OBJA 1M4HA 5P55A 1N49A 4OBZB 2R38A 4I1CA 5OZPA 1FLHA 5DGUA 4QJ8A 5COOA 1SH9A 5P5PA 2O4LA 2G24A 5P1MA 4B1CA 2BPYA 3NSHA 2WEBA 3D91A 3EKVA 1YM2A 2ZJKA 1HVKA 5OZNA 4B0QA 4CPRA 3OU1A 5P6ZA 5ISJA 4GJ7A 1EPPE 3K5CA 5SY2A 5OZ7A 4Y4EA 5P5LA 4D85A 3NDUA 5P61A 3TPRA 2P3AA 1MIQA 5JFUA 3D3TA 2BQVA 3LIQA 1Z1RA 4L1AB 3U71A 2IDWA 2QMDA 1LS5A 5P0EA 5FIVA 2J9JA 4Y41A 3I8WA 3INHA 2P8HA 3R2FA 5OYSA 4CPWA 3WZ6A 1AIDA 1EC0A 5P27A 2QI6A 2JE4A 2IL2A 4B00A 1BXOA 5P29A 4MC1A 2PK6A 4JPCA 2WHHA 4GB2A 1BAIA 3DV5A 3ZKGA 5P2LA 4QGIA 4Y5AA 1MEUA 5OYXA 2I1AA 5B18A 3PSYA 5OZXA 5JG1A 3PEPA 1RL8A 5ENMA 3S54A 4HLAA 5HE5A 2FGUA 4F73A 4H3GA 4GJAA 4J1HA 3UDMA 5P78A 3K5GA 2P3BA 4TRYA 5P28A 4HEGA 5P0FA 3PWMA 3CKRA 2Z4OA 2PWRA 3SO9A 3ZPTA 3S7MA 2VIJA 5P5YA 1UH7A 2QMGA 4YE3A 2V16C 1YG9A 1HVJA 1IIQA 5P39A 5P4WA 2ZHUA 3URLA 5P34A 5P0WA 4Y3HA 1IZIA 4EWOA 4H3IA 5SZ9A 4DJXA 5CONA 1B6MA 1EBKC 5P64A 2HC0A 3DV1A 2B7FA 4RVIA 3R0YA 4RLDA 1TSUA 1GKTA 3VV6A 1SGUA 2QU3A 5P2RA 3QVCA 1T7IA 5P4ZA 3APRE 3KFNA 3RTHA 4E43A 3KFPA 4Q1WA 3VF7A 2G22A 1C6ZA 5P8LA 3QBFA 1APUE 1ODYA 1MSMA 1W6IA 5AHCA 4EYRA 5P43A 5OZCA 5P1NA 5P7BA 1FKNA 2G1YA 3PBZA 5P6EA 3SA7A 2OHKA 1APVE 3G70A 4PZWA 2AOHA 3JVWA 5P4EA 4CP7A 2QI3A 5P82A 5P10A 4L7JA 4Y3RA 3O9DA 2CEJA 5P0VA 5P7OA 4HA5A 2VJ6A 4DQHA 5DQ4A 5P5DA 5P3CA 3FNTA 2I4VA 5P5KA 1W5XA 1K1UA 5OZ9A 1TSQA 2HPFA 5E5JA 5P2UA 1PSAA 1EBWA 5P3MA 3S2OA 1EPNE 1XE6A 3INEA 1FFFC 1HEGE 2FNTA 4Y48A 3BUFA 3WB4A 5E5KA 2P83A 4NJUA 4LXMA 5P0IA 4EQ0A 5P2FA 2A1EA 4I0JA 4FRSA 3OADA 5P8GA 4B77A 1W5YA 3L5FA 5HU0A 3O99A 1EPLE 5P4YA 5P2YA 3WZ8A 5P8JA 2WF0A 5OZOA 2FDPA 1PPKE 5P1KA 5P7WA 4Q1YA 4YD4A 1LF2A 1C70A 4XX4A 3CIDA 5P23A 3GGVA 5OYRA 4IVTA 2BPXA 2ZJIA 3OAGA 1TW7A 5P73A 1W50A 2AZ9A 4LXAA 2ZHRA 5P68A 4APEA 5P5FA 2BPZA 3QN8A 1ER8E 3L58A 5OZ6A 3NUOA 5P6CA 5HU1A 5OZ8A 1SIVA 2OHNA 5AH7A 3Q70A 2O4SA 4X7IA 1BXQA 4I8WA 5HDVA 5P17A 5OZLA 1MT9A 3PVKA 4Y4DA 4OBHA 4I10A 3I6OA 5P08A 1BV9A 4GMIA 1W5WA 1CPIA 3CMSA 3VG1A 3QVIA 1QBTA 2QI4A 4WY6A 5P7AA 3EMYA 4XXSA 3UDNA 5P1CA 5P50A 5KR2A 2BPVA 1TZSA 1SIPA 5OZUA 2V10C 5P4TA 2HS1A 4RRSA 5AHAA 5P09A 3TPPA 1XN2A 3OQKA 4Y9WA 1FQ5A 2RKGA 3UDJA 1FGCC 3OUDB 1ZAPA 4Y3ZA 5P5JA 2QZLA 4YHQA 5ER2E 4D8CA 4Y3AA 4QJ7A 5C9DA 3B80A 3KMXA 3SA6A 2F3KA 5P03A 1D4KA 4LXKA 4OC6A 4OBKA 3KDBA 3PLDA 5IVRA 3BHEA 1FMUA 1TQFA 3PWWA 1E80E 5EZZA 4QJ6A 1IVPA 2XFIA 5P4GA 2VNNA 5HE4A 3Q6YA 5P1FA 3HVGA 5P53A 5P1YA 2OHQA 2R5QA 3QRSA 5P0SA 1QRPE 5P8AA 4ZSRA 4RCFA 1T7KA 2AVOA 3BXSA 3OOZA 5P4OA 3UFNA 1ODXA 4DPIA 3KDDA 4YDGA 3NYGA 3LZVA 3NDWA 5P0LA 5P8EA 1XL5A 2QAKA 5P2QA 2A4FA 4OBFA 3IVIA 2QZKA 5CLMA 1T7JA 1AAQA 3FX5A 4RYGA 1QBSA 3TOHA 1HPXA 2HS2A 4NKKA 3S53A 3VEUA 5P1PA 3SA8A 5P0UA 1RQ9A 5P5EA 5P44A 2F3EA 5P60A 4YD6A 5DQCA 3MSKA 3DM6A 2I4DA 5P1AA 5P5CA 1K2BA 4RCEA 5HE7A 5OZBA 5P47A 5P5MA 1ZSFA 5P7LA 4QJAA 5P18A 4GYEA 1HPSA 1FF0C 3L59A 3T11A 1VIJA 1A94A 4I0EA 2O4NA 5IE1A 4Y39A 5P1LA 2FXEA 2O4KA 1XS7D 2VIZA 3D1YA 5P5AA 4PEPA 2QNQA 1B11A 2FMBA 4L7HA 5P22A 4Y3LA 1HIIA 5UPJA 5OZEA 4B70A 2J9KA 4FIVA 4Z50A 4Y50A 3HD8A 4K4PA 4Z22A 1ZBGA 3S85A 4RGHA 4KUPA 5P0QA 5P5OA 3MXDA 3QAAA 4IVSA 2I0AA 3UTLA 2I4QA 4GJ5A 4YCTA 5P87A 5P84A 3IA9A 1AJVA 2G20A 2NNKA 4DQGA 4Y3FA 5P0BA 3HVPA 2IS0A 3S45A 3ER5E 3KDCA 4ER4E 3KFSA 3INFA 5OZVA 2H6SA 4Y3SA 1BWAA 5P2NA 5OZSA 1RV7A 2UPJA 4YD3A 3HLOA 4QJ9A 4RVJA 1QDMA 3O9FA 3FIVA 4DQBA 4Y3EA 1MERA 5P6OA 5P7YA 1RPIA 4Q1XA 6APRE 2AOJA 4YBFA 5ENKA 5P26A 5P3VA 5P72A 5P04A 3SKGA 2VA5A 2AVQA 5P89A 3FV3A 3PRSA 2Q3KA 4XX3A 4B78A 1YM4A 2QCIA 4RRNA 3KMYA 5P32A 2Q55A 8HVPA 4H3JA 4I8ZA 3OXXA 4MC2A 2QNPA 3DUYA 3WZ7A 4A4QA 5P2DA 1SMRA 2V0ZC 3HAUA 3QRMA 4Y5GA 2OHUA 2IEOA 1YTHA 1F7AA 3EL1A 2RKFA 1YT9A 4DUSA 5BWYA 1BDQA 2Q11A 3O9IA 5P80A 3JVYA 3KM4A 1AJXA 3BUHA 5P3WA 5DQ5A 7HVPA 2V12C 1ZPAA 4AMTA 1EPQE 5IS4A 5P12A 3OXCA 4Y3MA 2Q15A 4Y6MA 5P3HA 2OHSA 5P5UA 3NDTA 3OY4A 3I25A 1E5OE 1ENTE 5P4MA 3EKQA 2ANLA 1ZSRA 5KQFA 5P2SA 4K9HA 3PWRA 3O9LB 3VFBA 4F74A 1HSHA 1ZP8A 1BVGA 4BEKA 1AVFA 1K1TA 5HTZA 3BGBA 3PM4A 3Q5HA 5P3FA 3ZKNA 2ZYEA 1LYBA 5P5BA 5P37A 1PROA 5OZ4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DJO A;  1HEF E;  4DI2 A;  3KYR A;  7UPJ A;  1UH8 A;  5P8C A;  2FDD A;  1NPW A;  4ZPE A;  2NTR A;  3GW5 A;  1FFI C;  1YTI A;  1HVC A;  3B7V A;  4CPS A;  5KOQ A;  3NU3 A;  5P2Z A;  2NXL A;  2P3D A;  1NSO A;  5P2K A;  2EWY A;  1BV7 A;  2QZX A;  5P0A A;  1HTF A;  3EKY A;  4DFG A;  4YA8 A;  1LF4 A;  5P2G A;  5P6P A;  4FSE A;  3GI0 A;  3OU1 B;  3IND A;  1YX9 A;  3CIC A;  4I12 A;  3HW1 A;  5P5S A;  2WL0 A;  3SA9 A;  1D4H A;  3BXR A;  2AOI A;  5COK A;  5OZR A;  4Y5L A;  5DR3 A;  3ZL7 A;  2RMP A;  5P2X A;  2QI1 A;  3CKP A;  1YTJ A;  5P40 A;  4XKX A;  1FMX A;  5P7X A;  5P7N A;  5P8M A;  5P3K A;  1LYB B;  3N3I A;  3LZU A;  5P4L A;  2OHR A;  4Y44 A;  3NU9 A;  4YCY A;  1DPJ A;  5P8I A;  4Y4U A;  1C6Y A;  1FMB A;  1MPP A;  5P2B A;  2J9J B;  3GI5 A;  4CPX A;  4OBG A;  4D83 A;  5P00 A;  5P7V A;  5P62 A;  3EKW A;  5P3Q A;  1YTG A;  1HVH A;  2XFJ A;  3FSM A;  3IXO A;  3QIH A;  5P8R A;  3EL0 A;  5P8B A;  1Q9P A;  5P8U A;  5P05 A;  4HDF A;  5OYV A;  5P5N A;  5I3W A;  3NU4 A;  3T7Q A;  2BKS A;  4PZX A;  5P3E A;  1A9M A;  1LEE A;  4Y4T A;  3MSL A;  3RTN A;  1HWR A;  3ZOV A;  4FAF A;  3NWQ A;  1G0V A;  5HVP A;  4GJ8 A;  5P2I A;  1T3R A;  3EKX A;  3HZC A;  2F81 A;  5HDX A;  5OZG A;  1PPM E;  3R4B A;  5I3V A;  3ZKI A;  5P5V A;  5P6F A;  5P6G A;  5P3U A;  2P3B B;  5P3Z A;  5P6R A;  3NDX A;  5P1O A;  5P4J A;  1FG8 C;  1TCX A;  5P71 A;  2V00 A;  4Q1N A;  1HSG A;  2G21 A;  3OUD A;  3VF5 A;  1B6L A;  2XFK A;  1NH0 A;  2VA6 A;  2VA7 A;  5P0C A;  5OZK A;  4NJT A;  3MXE A;  3QRO A;  4FRK A;  5KAO A;  5P4Q A;  1DW6 C;  2VJ7 A;  3PB5 A;  3SA3 A;  4GID A;  2G1N A;  3SPK A;  4RZ1 A;  1K6V A;  3TPL A;  3L5C A;  2PWC A;  5OZD A;  1UH9 A;  3PHV A;  3VLB A;  5APR E;  2VS2 A;  4JP9 A;  2NNP A;  4Y43 A;  4Y3Y A;  3ZLQ A;  4OD9 B;  2RSP A;  4DQC A;  5P0G A;  5TOL A;  2NMZ A;  5JFP A;  1CZI E;  2WF3 A;  3OOT A;  2B60 A;  5OZM A;  5P1I A;  2O40 A;  4FS4 A;  1QBR A;  4Y3P A;  5OYY A;  4J54 A;  1CMS A;  5P59 A;  4EJD A;  1XN3 A;  2AOG A;  4J1E A;  5P46 A;  5P20 A;  4I0H A;  3R0W A;  2FGV A;  3I7E A;  2AQU A;  4JEC A;  3RVI A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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