5P3EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 167
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3eA01
3APPA 5KR1A 5P8CA 1E80E 5P7CA 5P87A 3TKWA 5P8MA 5P1OA 3EL0A 3I6OA 4DJRA 3INHA 5DGWA 3VFAA 5P55A 4Y5LA 3VG1A 5OZ6A 1M43A 5IVRA 5P15A 3PMUA 4OBZA 5P0DA 5P6HA 4OBDA 1BDLA 3EKWA 2Q3KA 5DR8A 3QVCA 4J1HA 5P3TA 2PWCA 3OADA 3SM2A 3SKGA 3BXRA 3O9BA 3SA4A 5P5UA 1A8KA 2ASIA 5P6UA 4J1EA 4APEA 2WEBA 2QZKA 1TSUA 3GI0A 3SM1A 3UHLA 2AOCA 2ZHVA 3OAGB 4K8SA 4DPIA 1HVRA 2G94A 4H3GA 3ECGA 3RTNA 4DPFA 1META 2QAKA 5OZ8A 3UCBA 5J25A 1GVVA 4XXSA 5I3YA 1FF0C 3FNUA 2Q55A 5P7MA 5P6KA 5P4NA 5P1WA 4CPSA 4Y39A 1OEXA 1HEFE 2QHCA 4Y3RA 2UXZA 2IENA 2AVQA 4FL8A 1LYAA 1ER8E 2VA7A 2ER0E 2UY0A 3EKQA 2BPZA 2P3BB 1NPVA 5P03A 4DQEA 5DPZA 1FB7A 1GVWA 4F76A 2J9JB 5P1CA 3PB5A 3GI4A 2ZYEA 3LZSA 5P3QA 5P2SA 5P3IA 4Y6MA 5P5FA 1XS7D 5P3WA 2JE4A 4L7JA 5P2IA 3PGIA 3NWXA 5P2KA 5OZLA 2FMBA 3O9DA 3L5FA 4QJ6A 5P0LA 1FMBA 3CKPA 5OYYA 2FGUA 1KJ4A 3CIDA 5P2QA 3VFBA 3OXVA 2F3KA 2NPHA 4F74A 5P64A 2P83A 2BBBA 1HTRB 5P7BA 3CICA 3O9EA 3QBHA 3WSJA 5P28A 4Y4DA 1SBGA 2V16C 4GJ9A 5OZ2A 4Y3SA 3PSGA 3OUAA 3KF0A 4KE0A 3OADB 3PSUA 2RENA 3TOHA 1D4KA 1ZP8A 3IXKA 2QI7A 1NH0A 5P3NA 2FNTA 3O9CA 3A2OA 5P04A 2VA5A 3QRMA 1PPKE 5P4OA 3L3AA 2HS1A 5P18A 4NPUA 2IKUA 5P7DA 3U71A 1MSMA 1MT9A 5P1QA 2F3FA 4R8YA 5P0RA 2I4XA 1FGCC 5P2UA 4D89A 1EPRE 3KYRA 3EL4A 3OTYA 4YD5A 3DCRA 2G1NA 5OZRA 3VLAA 5HDVA 2QI0A 4Y48A 1D4YA 3VV8A 3UQWA 1XN3A 4U8WA 2O4SA 3ZKXA 4JECA 5P10A 2B7ZA 5P2CA 2B8LA 1LYAB 4Z2ZA 1IZDA 1G6LA 5P3CA 2IRZA 4FCOA 2ZHSA 4Y3FA 3PI0A 2A4FA 2QMGA 5P1AA 4QJ2A 3D20A 4F75A 1CPIA 1RQ9A 1Z1RA 3LZUA 1YM2A 4K4QA 4EPJA 4Y4UA 5P2JA 5P5CA 3K5FA 3EM3A 3B7VA 3S8IA 5P3OA 2QMFA 1ODWA 5DR7A 3OUDB 4B77A 4JPCA 3S43B 2R9BA 5P40A 2ZJIA 5P57A 4DH6A 2QZXA 5P6FA 5P1RA 4B1EA 2JYSA 3L38A 2P8HA 4CPRA 1LYWB 5P6QA 2H6TA 2QK5A 1ZTZA 2FXDA 5P89A 1FQ8A 4HLAA 5P8BA 3I8WA 4YD7A 5P0TA 3PRSA 5P7TA 1RNEA 1YT9A 4EQJA 1A8GA 1W5WA 4NPTA 5P26A 1SIVA 5P5XA 4ZEAA 5ER1E 4YDFA 4OD9B 1D4SA 4CPXA 5P8FA 5P88A 4XKXA 5E5KA 3SA7A 1MTBA 5P8AA 3PBDA 3DJKA 1HTEA 4YCTA 2AVMA 3KDBA 4DUSA 1TCWA 2FS4A 5P35A 5P39A 2VIYA 3O99A 2PWRA 4GB2A 4Y47A 3TPRA 5P1IA 2BPVA 1SH9A 3T7XA 1MEUA 4UPJA 4DJPA 4B78A 1ODYA 5SXNA 4RVIA 5P4MA 1GVUA 2F3EA 5P1TA 5P8KA 4Y5NA 1SGZA 4GIDA 4DJXA 1PPLE 3DV5A 5P8IA 3OUCA 4BFBA 5P0VA 4Y3MA 4OBHA 1YG9A 3OTSA 5P7UA 3BC4A 5P5MA 1C6XA 5OZHA 2G1SA 2BPYA 5P2RA 1M4HA 2ZJLA 5OYWA 1DAZC 1HIIA 5P0WA 5P0PA 4I0JA 4FM6A 3PJ6A 1FQ6A 3GW5A 5P8NA 1QBRA 3LIYA 2VA6A 5P1LA 3TPLA 4B70A 5P23A 5JFUA 3FNSA 2Q5KA 5P71A 2HB3A 5OZOA 4YCYA 2NXLA 5P30A 2HC0A 3IA9A 5P0SA 5DQ4A 3KMYA 2R5QA 3L5DA 3VYFA 5P3GA 4AA9A 3NXNA 5P7ZA 4E43A 3KFNA 3BRAA 3IN4A 3CYWA 5P0BA 3ZOVA 1MTRA 1AZ5A 4GJAA 5AH7A 3VF7A 2WL0A 5P7KA 3ER3E 4RCDA 5P5AA 3IXJA 5OYZA 5P8EA 3INFA 2UPJA 5P4GA 6FIVA 4CMSA 5OZ0A 3T6IA 3R0YA 1RV7A 2OHSA 4CP7A 2HAHA 3BXSA 5IS4A 3PWMA 2AZ8A 3IXOA 2HB4A 4TVHA 4OBGA 5P80A 8HVPA 2QI1A 4CPWA 2VJ6A 5P0FA 3LZYA 2QCIA 4GJBA 1MVPA 2QI5A 4Y5MA 1B5FA 5P60A 4I0GA 1IVPA 3PVKA 5ISKA 2QI3A 4OC6B 1UH7A 3Q3TA 5KQYA 5P3RA 2WEZA 2VIEA 5P7LA 2AZBA 1IZEA 3DCKA 1ENTE 5OZKA 2B7FA 3FKTA 3GGVA 3EKTA 5BS4A 4ACUA 5ER2E 2BKSA 2AVOA 5P1HA 5P1ZA 4M8YA 2ER7E 3RSVA 4B1DA 5P83A 5C9DA 4Y41A 5CONA 4FS4A 5P2OA 5P4RA 1EPNE 5P0CA 4Y53A 4J54A 5P4ZA 3IGBA 4GYEA 5P6RA 3DK1A 4Y37A 4EYRA 1HVSA 3PI5A 2H6SA 1MSNA 5P0NA 4WY1A 5OZTA 5P19A 2SAMA 5F01A 5P4BA 1FQXA 5P4EA 2O4LA 5OZFA 3KT2A 4RYCA 2QMPA 4Y45A 2QNNA 5P6AA 1FQ5A 3Q70A 4YOBA 1GVTA 4Y3XA 5P29A 3TNEA 1QDMA 1DIFA 5P82A 4DQCA 4Y3WA 5P85A 4OBJA 1ZJ7A 1IBQA 1K1TA 5B18A 5EZXA 4KB9A 1LYBA 5P6WA 4FM8A 4Y54A 3R4BA 1T7JA 3QVIA 4Y3JA 5P4KA 5P47A 1FIVA 5P51A 1A30A 2BQVA 4TRYA 5P2BA 1IDBA 1XE5A 4J1IA 5P44A 1J71A 1RPIA 1Z8CA 5OZVA 4J55A 1D4JA 2I4QA 1YM4A 5SZ9A 2QHYA 2IGYA 4JOOA 4Y4XA 3VUCA 3VYDA 3SACA 2PSUA 4Y5EA 3BGBA 4EQ0A 3Q6YA 5P4IA 3PWRA 4HVPA 5P5LA 3LIVA 4Y51A 1TZSA 2I4UA 3MSKA 3UQUA 5P4JA 5P1EA 5KOSA 3KDCA 5OYTA 5BRYA 1KJFA 3ZPTA 5P3SA 2R3TA 5OYQA 3GGXA 1D4IA 4D88A 3UQRA 2RKFA 2B8VA 3LPIA 4IVSA 4DQFA 5HDXA 4L7HA 4LC7A 1QBUA 5P8QA 2WF2A 1HVCA 2PSGA 5E5JA 2FDDA 1DW6C 3K5DA 3BUGA 3HLOA 3G72A 1FFIC 3RTHA 1E81E 5P6XA 1MESA 2I0AA 4Y5PA 1HEGE 2P3DA 5P4QA 5P56A 3OU4A 5P79A 5P3JA 4EHCA 3JVYA 3CMSA 3OHFA 5SY2A 4X7IA 3LIZA 2FNSA 4DJUA 4APRE 2AOFA 3K5GA 1Q9PA 4PZWA 2AVSA 4LL3A 3JW2A 1AJVA 1K6VA 5P6GA 1BWAA 3EKYA 1LF2A 4Y4WA 5I3VA 2BPWA 1K2CA 3D91A 3OOTA 4ER4E 5T4SA 1LF4A 5P3MA 3BUHA 1UH9A 3UTLA 3WZ6A 5P0XA 5P2XA 3LPJA 3PMYA 2I4VA 4J1KA 5OZEA 3VCMA 3QAAA 1PPME 6APRE 2FLEA 3CIBA 5C9FA 3O9LA 1KZKA 1WBKA 3I7EA 5OZGA 5P2EA 3ZLQA 4EJLA 3S54A 4KUPA 4DVFA 4YOAA 4HEGA 5CLMA 5P5OA 4BEKA 1C6YA 2BPXA 2WF4A 5HVPA 5DR4A 2R5PA 1K6TA 5IE1A 2OF0A 4J5JA 3IVIA 1T6EX 2I4WA 2B60A 2PQZA 1SDUA 5HE5A 4YHQA 5P45A 3IVHA 2OHMA 4R95A 3R2FA 1HVLA 3NSHA 3UDKA 3K4VA 1EPLE 4NJUA 3IN3A 3NDWA 3MXDA 3ZL7A 5OZDA 1A9MA 3HDKA 1EBWA 4NJSA 1TCXA 3OUBA 3CYXA 3GI5A 2AODA 2WF0A 2NNKA 3NYGA 5P0UA 1HVJA 1YTIA 4EP2A 4MC9A 4OBZB 2PK6A 3UDRA 3M9FA 3EMYA 5P5WA 2QNQA 5P6TA 3TPPA 1EPQE 3NDUA 2O40A 1SDVA 5P7WA 1WBMA 2F8GA 4A6BA 3OU4B 3K4VC 3GGUA 3FNTA 3KDDA 3D1ZA 3INEA 5P1GA 2NXDA 5P7RA 5P72A 4FRJA 1HBVA 2P4JA 3SKFA 5P2WA 3I25A 4Y4BA 4FGXA 4Y3GA 3NU4A 5KR8A 1APVE 4GMIA 4I0DA 1HPSA 5AHAA 3BUFA 2G1OA 5P5NA 3NWQA 3ZKSA 4RRNA 1MUIA 3T11A 5OZNA 4NJTA 2I4DA 3NU9A 3PCZA 5P4YA 3VV6A 1SMRA 3MWSA 2PC0A 5HD0A 5SY3A 1T7IA 3O9AA 1APUE 4ACXA 3SA8A 1T3RA 4TVGA 1IZHA 4J0YA 5DR1A 1G2KA 4U7VA 5P8LA 2WF3A 4DJWA 3O9LB 4JPEA 5P7NA 5FIVA 5P36A 2O4KA 1BXOA 4FAEA 3EKVA 3OU3A 3EM6A 1AJXA 1EAGA 3I2LA 5P4VA 3VF5A 1UH8A 1HSGA 5P0MA 4FRSA 5OYVA 3TL9A 4J0TA 2I0DA 3ZKMA 3WZ7A 5P1SA 5P7SA 2R3WA 4Y58A 1ZSRA 4J1CA 1W5XA 3EM4A 1FFFC 5OZ9A 5P8VA 5P2MA 2ER9E 4Y4ZA 1BVGA 5P3FA 5P5BA 1XN2A 5OZ3A 4Y3AA 1EBZA 2OHTA 4YBIA 5OZBA 5P2VA 1EPME 5C9BA 1TSQA 5P25A 1XL5A 5OZIA 4L7GA 2WHHA 5P2LA 4H1EA 4ZSMA 5KR2A 2WJOA 5P59A 3SFCA 4QJAA 5P2DA 1PSAA 2CEJA 5P1XA 3O9GA 4EXGA 5P6MA 1VIKA 3ST5A 3L59A 3ZPUA 4LXKA 4FRKA 1K6PA 5P3VA 2NMYA 3TOFA 5UPJA 1QS8A 4TRWA 4LBTA 2V10C 3HZCA 5P14A 3NUOA 5P06A 5F00A 5P68A 1Z1HA 1OD1A 2OHNA 2HB2A 5P7PA 3EXOA 5I3XA 4F73A 5OZXA 2QU3A 5P0KA 4Y43A 4DFGA 2G22A 3OU1A 4Y50A 4Y56A 4LHHA 1YTJA 4LXAA 5P37A 3VSXA 3UFLA 1EC1A 5P17A 4J0VA 3NDXA 4B72A 4GJ7A 2R38A 4OBFA 1FMUA 1HIHA 2PYMA 4DJVA 4ZPGA 5P8GA 3PHVA 5P65A 4D85A 3WB5A 2QD6A 3SO9A 3OXWA 3NUJA 3U6AA 1CMSA 1FG6C 4Y36A 4Y5AA 2ZHRA 1DP5A 5P1PA 4RVXA 3SLZA 2ZDZA 5P1UA 1E5OE 5P53A 3K1WA 3RVIA 4YE3A 4GJCA 3QROA 5P38A 3N4LA 1GNNA 4RYGA 4HDBA 5P1BA 5OZ4A 4Y5CA 5P0AA 5P6LA 5P4TA 4Q1XA 5KOQA 3PCWA 5P42A 3RSXA 1B6LA 3OGPA 2Z4OA 4YBFA 5P5EA 4NKKA 3BVAA 5COOA 4ZE6A 1FEJC 4GJDA 3SAAA 2RSPA 5P8JA 3QBFA 4QGIA 1BV9A 1W6HA 5P05A 3LZVA 2IS0A 3QN8A 1IZIA 4LP9A 1W6IA 3EKPA 1LF3A 5OZPA 1ZSFA 4BFDA 3R0WA 2AOIA 5P6VA 5P4WA 4HDPA 4DI2A 1EEDP 2G1YA 1CZIE 3KN0A 2V11C 4DJQA 5P32A 4NJVA 1HTGA 4Y5KA 4Z4XA 3UDHA 4Y3DA 1WKRA 1EC0A 4EP3A 5P0HA 3K5CA 5P58A 4PZXA 2V12C 3UF3A 3OU1B 3UQPA 4WTUA 4PHVA 4I0IA 3S2OA 1SP5A 5P3DA 4YCKA 2QD8A 3KT5A 5OZUA 4Y4TA 3KA2A 4QJ8A 5P86A 2QI4A 3QP0A 5P69A 2V00A 3OQ7A 3UQXA 2PH6A 1MPPA 5P13A 1LEEA 3KMXA 4DQBA 3C9XA 3QPJA 1HTFA 3OY4A 4FSLA 2FDEA 5BWYA 3PSYA 1IDAA 3SQFA 3Q4BA 5P7QA 2ANLA 3OQKA 1DMPA 3NR6A 2R8NA 3VLBA 1PROA 5HE7A 2OHQA 2JXRA 3VSWA 2NXMA 5P0QA 5HCTA 4LXMA 3T7QA 1OEWA 5P8RA 1ODXA 4U7QA 5P4CA 5AHBA 5P4AA 2RKGA 3B80A 4DJOA 2PMAA 2WF1A 2OAHA 2AIDA 1QBTA 3QS1A 3JVWA 2APRA 2VS2A 2PYNA 3N3IA 2JJIA 5P27A 5P74A 2AZCA 5P0IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3APP A;  5KR1 A;  5P8C A;  1E80 E;  5P7C A;  5P87 A;  3TKW A;  5P8M A;  5P1O A;  3EL0 A;  3I6O A;  4DJR A;  3INH A;  5DGW A;  3VFA A;  5P55 A;  4Y5L A;  3VG1 A;  5OZ6 A;  1M43 A;  5IVR A;  5P15 A;  3PMU A;  4OBZ A;  5P0D A;  5P6H A;  4OBD A;  1BDL A;  3EKW A;  2Q3K A;  5DR8 A;  3QVC A;  4J1H A;  5P3T A;  2PWC A;  3OAD A;  3SM2 A;  3SKG A;  3BXR A;  3O9B A;  3SA4 A;  5P5U A;  1A8K A;  2ASI A;  5P6U A;  4J1E A;  4APE A;  2WEB A;  2QZK A;  1TSU A;  3GI0 A;  3SM1 A;  3UHL A;  2AOC A;  2ZHV A;  3OAG B;  4K8S A;  4DPI A;  1HVR A;  2G94 A;  4H3G A;  3ECG A;  3RTN A;  4DPF A;  1MET A;  2QAK A;  5OZ8 A;  3UCB A;  5J25 A;  1GVV A;  4XXS A;  5I3Y A;  1FF0 C;  3FNU A;  2Q55 A;  5P7M A;  5P6K A;  5P4N A;  5P1W A;  4CPS A;  4Y39 A;  1OEX A;  1HEF E;  2QHC A;  4Y3R A;  2UXZ A;  2IEN A;  2AVQ A;  4FL8 A;  1LYA A;  1ER8 E;  2VA7 A;  2ER0 E;  2UY0 A;  3EKQ A;  2BPZ A;  2P3B B;  1NPV A;  5P03 A;  4DQE A;  5DPZ A;  1FB7 A;  1GVW A;  4F76 A;  2J9J B;  5P1C A;  3PB5 A;  3GI4 A;  2ZYE A;  3LZS A;  5P3Q A;  5P2S A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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