5P3GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 169
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3gA01
3AUPA 3FNTA 3ZKGA 4APRE 1HPVA 4PZXA 5P1LA 5FIVA 4DI2A 5AHAA 4Y3YA 1KJHA 5P4LA 3CKRA 3S43A 4FGXA 4GJ7A 3KDDA 5KR0A 1MESA 3BUFA 4LAPA 2NMYA 2WEBA 4EXHA 3UTLA 1Z1HA 5DR3A 1D4SA 5P1OA 3LPIA 1XE6A 5EZZA 2PSVA 5P4FA 4Z4XA 3PLLA 5P4JA 1HHPA 4GJ5A 1HRNA 2OHLA 5P5NA 3UF3A 5P5YA 5P4XA 2AZ8A 1APWE 2PH6A 1GNOA 2ZHUA 3NYGA 5P11A 4EYRA 3WZ6A 1BV7A 2QD7A 5P6EA 3WZ7A 5P0AA 5P37A 2IKOA 4B77A 1FQ5A 3VFBA 3OU1A 5P34A 1PPKE 2ZHRA 1FMXA 5P49A 1NSOA 2XFIA 4Y5NA 5P7FA 1EC0A 1W6IA 4OBJA 5OZDA 1E82E 4LXAA 1T7JA 7UPJA 1SDUA 3QRVA 3IXKA 5P6UA 3Q3TA 4Q5MA 3O99A 5DPZA 3DK1A 1BXOA 4D85A 3UQXA 4FSEA 3RTHA 2QNQA 4K4RA 5HDVA 5P2QA 1PSNA 5P26A 5AHBA 2NMZA 3S53A 4Y38A 2BBBA 4FLGA 4TVHA 2QI6A 4J1HA 1HVLA 3PWMA 4XXSA 3I8WA 5P5RA 4ZE6A 3CKPA 2ASIA 4E43A 2H6TA 3SA3A 5OZSA 2UY0A 4JPEA 5OZ6A 2G1YA 2QZXA 4Y3ZA 3SABA 5P8OA 4I0EA 3UCBA 1EBWA 4Q1WA 3SFCA 2QU3A 5P65A 2AOGA 5P7VA 2SAMA 3QPJA 5B18A 1DW6C 5OZAA 5P17A 2G1RA 3NDTA 3O9EA 5OZWA 2EWYA 2QMDA 5P2JA 3SA5A 5P3OA 2B42A 5P4SA 2G69A 1U8GA 2FDEA 1EBYA 3UDKA 3PMYA 5P0LA 4JOOA 3KDBA 4Y5AA 5P67A 4EJLA 3EKVA 2F80A 5KR8A 1M0BA 4ZSQA 3QI1A 4FAEA 3OXCA 5KQZA 2B8VA 5COOA 4Y3SA 5P7YA 1T6EX 2VNMA 3OTYA 4GB2A 5P7CA 3NLSA 4F74A 4TVGA 5ENMA 1PPLE 3IVHA 3OGPA 2HIZA 3PCWA 5P5HA 3SPKA 4Y3EA 3UFLA 1HWRA 1MVPA 5P80A 1SMRA 5P1WA 5P5AA 3DV1A 5P53A 5T4SA 1HVIA 5P2HA 4GJ8A 4YD6A 4FSLA 2G1OA 5P2AA 4U7QA 5P8SA 2FNTA 2P4JA 5JFPA 3EM4A 5P39A 3L38A 5P22A 5ENKA 2AVMA 3VLBA 4Y4ZA 4LBTA 5OZ5A 5P02A 5OZIA 5P3CA 2O40A 5P4RA 1SBGA 1IVPA 5OYVA 1PFZA 2ZJNA 5DGWA 5P03A 1A8KA 5P4YA 1K6TA 5OZ0A 3OY4A 3UDPA 5P3PA 4EP2A 1HVRA 4I0FA 4I0ZA 3VV6A 1TCXA 5P4HA 4ER1E 1TSQA 3EKXA 2BKTA 3O9GA 2VJ7A 4Y5LA 5P1EA 5APRE 1PROA 6APRE 5P6YA 5P5OA 1RNEA 4FRKA 4GJAA 5HCTA 5PEPA 5P82A 1FEJC 5P72A 3OXVA 1K2CA 2VS2A 3RVIA 3G6ZA 4Y56A 5P2MA 5E5KA 4R93A 1F7AA 4DJVA 1FMBA 5SY2A 3NU9A 1FG8C 5P2RA 1B11A 2WEDA 1MT9A 2A1EA 5P5JA 3UQWA 5DR1A 2RKFA 5OZOA 2UXZA 5P56A 1LF3A 1AIDA 4YHQA 5P2CA 5P5DA 2QI7A 4IVTA 4BEKA 2Z4OA 3LIZA 5P16A 5SZ9A 4R95A 3D91A 4Y3TA 2WF3A 3GGXA 2HPEA 3D1XA 5P61A 4JP9A 5P0HA 5P2YA 1ODWA 2AQUA 1A94A 3NR6A 1LF4A 1AJXA 3GW5A 4Y5CA 5P71A 4Z22A 3O9LA 5DR8A 4FIVA 2NXLA 4FL8A 5HE4A 3VEUA 5C9BA 3PI0A 4L6BA 2R3TA 1YM2A 4CPTA 4WY6A 2I4XA 5HE7A 4FAFA 4J1CA 1AXAA 4I11A 2HAHA 3SA4A 1F34A 5P7RA 2QK5A 5P5VA 4ZPEA 3T3CA 4NJTA 1T7IA 4L1AA 4HDFA 1YT9A 5P0TA 4HE9A 5P3XA 3KF0A 1W5XA 3LZYA 3OAGA 1SIVA 3NUJA 2IENA 3LPJA 1TW7A 1BBSA 4NJUA 3PJ6A 5P40A 3APPA 5P54A 5P87A 4J0PA 4DPFA 4LC7A 3OXXA 1LYAA 4J54A 1HOSA 2G94A 4GJCA 2QHCA 4A6CA 2QNNA 4CPWA 1PSAA 4B1EA 3O9HA 4Q1NA 5P7JA 2FLEA 4Z50A 5KQYA 5P7IA 3S2OA 3D1YA 3ZMGA 5P0DA 5HDXA 2I4VA 5I3WA 3S85A 3OUCA 2WF1A 3Q6YA 2OHTA 3VYDA 3UQRA 4Y4XA 5P1SA 4U8WA 4Y3MA 4Y57A 1MRXA 1K2BA 2ZJMA 5OZ7A 3DJKA 3SA8A 5P8FA 5F00A 1W5VA 5AH7A 5P0VA 4XX3A 4FRJA 2F3EA 3PRSA 5HD0A 2VIJA 1IBQA 4Y51A 3UDJA 1BIMA 3ZPUA 5P74A 4OBKA 4Q1XA 4LXMA 2VA7A 1FFFC 2HC0A 3OGQA 4Y3XA 5OZPA 3QBFA 5P2NA 4Y58A 3IXOA 1ZBGA 5J25A 3VYEA 2ER0E 1HSGA 2PYNA 5AGZA 3PB5A 5HE5A 3SA6A 1B6KA 4DQBA 1EC3A 4R8YA 2IEOA 2I1AA 2VIEA 1NH0A 4B1CA 3PSGA 2QU2A 3KT2A 5P4VA 3OOTA 1KJ4A 1EPME 1QS8A 5P3BA 5P1JA 4ACXA 2PC0A 1A8GA 3HVPA 5OYQA 1G35A 4Y37A 5F01A 4EXGA 3K1WA 2HPFA 5P6HA 5P8TA 5P5WA 5P48A 1LF2A 5P3LA 4YCKA 2NPHA 1MPPA 5I3YA 4DQEA 4J0ZA 4DH6A 1GNNA 3R0YA 5P5LA 1ZTZA 4L7GA 4J0TA 4FM6A 3AIDA 4CPRA 2G1SA 4JPCA 5P6XA 4I0IA 5P1PA 3HVGA 4Y41A 4B05A 4F75A 4DQCA 3DUYA 3EBZA 4Y3DA 2O4KA 4YBIA 1FQ4A 2VKMA 3QAAA 3NU6A 5DR4A 1N49A 4KUPA 1FFIC 4ACUA 3T7XA 5P7BA 2O4LA 5IVTA 4QJ9A 3BRAA 5P3ZA 2NNPA 2R3WA 5P6OA 1BILA 2JXRA 1E5OE 1FB7A 5HDZA 2Q5KA 4FE6A 3S7LA 3MXEA 3OUDB 3BXRA 3NXEA 3PSYA 5P1AA 3GGUA 5OYUA 5P04A 4Y5KA 3I7EA 3VSWA 4ZSRA 1EAGA 4HLAA 1ME6A 1EPNE 5P2TA 5TOLA 3FNSA 4GJ9A 3NUOA 5OZ1A 2FGUA 5HCOA 5P29A 1LEEA 1FKNA 3OQ7A 5P89A 2P3BB 1D4JA 4DJRA 1BDRA 5P1DA 4Y5EA 4Y3HA 4EJ8A 1HTEA 1VIKA 3F9QA 2QZKA 4NJSA 3L5FA 4PHVA 4RCFA 1W51A 2P83A 4ER4E 1B5FA 5ISKA 5P6FA 5P8UA 4GJDA 3PWWA 3EMYA 4D88A 4TRZA 2VIZA 5OZ8A 5OZFA 5P3KA 1AAQA 2QCIA 2FIVA 5P08A 1SH9A 2R9BA 3SA7A 2NXDA 5P13A 3VFAA 4PZWA 2I4QA 3S54A 5P51A 4FM8A 2QZLA 5P8JA 1HTGA 5OZCA 4YCYA 4K8SA 2IS0A 1HBVA 2H6SA 1HVKA 2QMFA 6FIVA 2FNSA 5P6IA 1HVSA 4LXKA 2PSUA 3EL0A 5P28A 5P7DA 4GZFA 4AMTA 3WB5A 3EKTA 3VV8A 1FLHA 2ZYEA 4RZ1A 4I1CA 2BPYA 1LYBA 3QS1A 1T7KA 3OK9A 1BV9A 3UQPA 3PI5A 1DP5A 4HDPA 5P1YA 4FS4A 1HIVA 3QN8A 2OHQA 2R8NA 3HDKA 5P3UA 5P6QA 4ZSMA 5P3JA 4Y3GA 1D4KA 4JECA 2ZHSA 2XYFA 2AOEA 3TTPA 4Q1YA 4RYCA 4Y50A 1WBKA 3UDQA 1YX9A 4J0VA 3GI6A 3UFNA 3OQFA 5P3DA 2V10C 5UPJA 3G70A 1MTRA 1JLDA 2R5QA 4I8WA 4HVPA 3KM4A 3QRSA 4YA8A 3KT5A 3UDYA 3SQFA 4DJOA 2IDWA 2PK5A 4Y3PA 5P8NA 5CONA 5HTZA 3DCRA 4Z2ZA 3DV5A 4WTUA 3OUBA 5P0YA 1RL8A 4Y53A 3NXNA 4PEPA 4YD3A 5P76A 3EKWA 1KJ7A 3ST5A 3JVYA 5P4PA 1D4YA 5OZGA 5OZRA 5P7QA 5OZQA 2G21A 2QHYA 3NWXA 3Q4BA 1D4HA 5OZXA 5P2WA 1APUE 5P8RA 1CMSA 5DQ5A 5P0BA 1YTJA 4I12A 1MSMA 2OHUA 2V12C 5P0WA 4DQHA 5OZYA 4DFGA 1VIJA 3M9FA 3EL1A 4YDGA 5P5ZA 5DQCA 3RSXA 5AH9A 5KQFA 5DQ2A 1APVE 2Q15A 5P3IA 5P1QA 1ODYA 3FNUA 2OHMA 4I0HA 5P0MA 3ZKXA 2F8GA 5OZ4A 4Y35A 5P0OA 2HS2A 2I0DA 1KJFA 1KJGA 6UPJA 2J9JB 4APEA 4XX4A 1FQ8A 3GI5A 5P0EA 5OZUA 5P7EA 3MSLA 1ENTE 3ER5E 5P7NA 3R2FA 5P8VA 5P1KA 3D1ZA 1WKRA 1FQ6A 4X7IA 1BAIA 1W5YA 5P5BA 2FS4A 3OUAA 4RVXA 1IIQA 4NKKA 5OZNA 4AA9A 2Q64A 5IS4A 3LIVA 4Y3RA 3MSKA 4OC6B 4ZLSA 1EPRE 5P2SA 4QJ6A 5P0XA 5P3NA 1M4HA 4DVFA 2BQVA 5P7HA 4I8ZA 4Y4WA 3TOHA 4B70A 2I4UA 5P8QA 2WHHA 5P01A 1IDAA 2WF4A 4OD9B 3OQAA 2ZJHA 4CPSA 2ER7E 2G26A 4RROA 1SGZA 4H3GA 3HAUA 3TOGA 3T7PA 1XN2A 1T6GA 2WF0A 5KR1A 5P7KA 1QBUA 5OZVA 5P0SA 5P57A 2BJUA 3KFSA 2JJIA 3HLOA 5P1RA 3ZKQA 4MC2A 4BFDA 4NPTA 3KFRA 5P70A 1APTE 2A4FA 4OBZB 4Y4UA 4DJXA 3I25A 1ZPAA 3BVBA 5P5MA 1SMEA 5P6LA 3GI0A 5P20A 3BC4A 3O9IA 5P5TA 5P5UA 5P3WA 5P2IA 2R43A 3OTSA 3BUHA 1YG9A 5P6CA 5I70A 2O4NA 5P8IA 5I3VA 1LYWB 2RKGA 2HB2A 3ZKMA 2PWCA 3R4BA 3O9CA 2HB4A 4CPUA 1AVFA 1MT7A 2QMGA 4HDBA 4J1IA 4QJAA 4AZYA 5P4UA 4I10A 1UH8A 1QRPE 2WEZA 2WF2A 5P8PA 5P0GA 5IVSA 5DQ1A 5COPA 2ZGAA 5P4NA 3N4LA 5OZ9A 5P8LA 4Y5BA 2FXEA 1B6MA 5IVQA 2I4WA 3OADB 1TCWA 2NXMA 5P5IA 4TRYA 5OZ3A 5OYRA 2OHSA 2OF0A 4EJKA 2WKZA 4U7VA 3HZCA 5P31A 3NU5A 2ZJIA 4EQJA 5P1NA 5OZKA 2QZWA 2QI4A 5P3VA 3SM2A 3I2LA 1G6LA 3ER3E 5P7WA 4YCTA 1NPAA 5HU0A 2F3FA 1CZIE 4Y39A 4CP7A 4J0YA 3L5BA 3O9AA 5P3HA 2IRZA 2BPWA 5P10A 2HM1A 4DJUA 1HPOA 3DCKA 3U71A 5E5JA 3BVAA 2VA6A 5SY3A 3EXOA 5P2OA 1GNMA 1EC2A 3SLZA 1MIQA 1EPQE 4Y4EA 5P32A 3JVWA 3A2OA 4PPHA 4R91A 4Y54A 3WSJA 2Q3KA 1HSHA 5P1MA 4RYGA 5P1TA 2VNNA 4YOAA 5P38A 4J1KA 1EPPE 2P3DA 1TQFA 3LINA 5P3YA 2APRA 4Y43A 5P41A 3INEA 3BGCA 3T6IA 5P4KA 2QI3A 2AVSA 2G20A 2QMPA 4QGIA 4B00A 3LITA 5P2EA 5P5XA 1K6CA 2ER6E 2V00A 5JODA 4CPQA 3K5CA 1FG6C 3OU4B 5SXNA 4LL3A 3CICA 1ZP8A 2Z54A 4NJVA 2P3CA 2AOIA 4RCDA 1EBKC 2WECA 5P3AA 1SIPA 1IZEA 2O4SA 3GGAA 4YE3A 2AZ9A 3ECGA 1NPVA 5P1GA 5P88A 5P1UA 3QVIA 3PGIA 2PYMA 5DR7A 1W6HA 8HVPA 5P8BA 1E80E 5P81A 5P63A 3LIQA 3TPRA 4GMIA 5P86A 3H0BA 4I0JA 3LZVA 1AJVA 1HTRB 3NU4A 4H3FA 3SA9A 1ER8E 3EL5A 3B80A 3KN0A 2AOFA 4COEA 1EEDP 5P2ZA 5P1XA 4DJPA 3EL9A 1GVXA 5P6WA 2NNKA 4Y9WA 3TL9A 4J1EA 3PBDA 4AA8A 4J55A 2AZCA 5I3XA 2RSPA 5P6JA 2AZBA 3KFNA 4HA5A 1UH9A 2ER9E 3LIYA 2PWRA 5P07A 4OBHA 3S43B 3OXWA 4CMSA 5P4BA 4EWOA 3LPKA 4ZIPA 4RRNA 2ZJLA 3NWQA 2CEJA 1XS7D 3EC0A 5P5CA 2QD6A 4Y4GA 2OHKA 5CLMA 2F81A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3AUP A;  3FNT A;  3ZKG A;  4APR E;  1HPV A;  4PZX A;  5P1L A;  5FIV A;  4DI2 A;  5AHA A;  4Y3Y A;  1KJH A;  5P4L A;  3CKR A;  3S43 A;  4FGX A;  4GJ7 A;  3KDD A;  5KR0 A;  1MES A;  3BUF A;  4LAP A;  2NMY A;  2WEB A;  4EXH A;  3UTL A;  1Z1H A;  5DR3 A;  1D4S A;  5P1O A;  3LPI A;  1XE6 A;  5EZZ A;  2PSV A;  5P4F A;  4Z4X A;  3PLL A;  5P4J A;  1HHP A;  4GJ5 A;  1HRN A;  2OHL A;  5P5N A;  3UF3 A;  5P5Y A;  5P4X A;  2AZ8 A;  1APW E;  2PH6 A;  1GNO A;  2ZHU A;  3NYG A;  5P11 A;  4EYR A;  3WZ6 A;  1BV7 A;  2QD7 A;  5P6E A;  3WZ7 A;  5P0A A;  5P37 A;  2IKO A;  4B77 A;  1FQ5 A;  3VFB A;  3OU1 A;  5P34 A;  1PPK E;  2ZHR A;  1FMX A;  5P49 A;  1NSO A;  2XFI A;  4Y5N A;  5P7F A;  1EC0 A;  1W6I A;  4OBJ A;  5OZD A;  1E82 E;  4LXA A;  1T7J A;  7UPJ A;  1SDU A;  3QRV A;  3IXK A;  5P6U A;  3Q3T A;  4Q5M A;  3O99 A;  5DPZ A;  3DK1 A;  1BXO A;  4D85 A;  3UQX A;  4FSE A;  3RTH A;  2QNQ A;  4K4R A;  5HDV A;  5P2Q A;  1PSN A;  5P26 A;  5AHB A;  2NMZ A;  3S53 A;  4Y38 A;  2BBB A;  4FLG A;  4TVH A;  2QI6 A;  4J1H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3BUG A;  1GVT A;  4Y4D A;  5P64 A;  2WL0 A;  2F3K A;  5P8D A;  5P77 A;  4YDF A;  5OYW A;  1C6X A;  5P1I A;  2ZDZ A;  1DAZ C;  2XFK A;  3ZL7 A;  3CMS A;  5OZ2 A;  3PCZ A;  5P7S A;  2R38 A;  1XL5 A;  4F76 A;  7HVP A;  4CKU A;  2WJO A;  5KOQ A;  3L3A A;  4D83 A;  4Y4J A;  5P7M A;  2QI1 A;  5P8H A;  5P0I A;  5P2F A;  2IGY A;  3N3I A;  5P4A A;  3CYW A;  5OZH A;  5P1Z A;  3ZPS A;  5P4O A;  5IE1 A;  4ZPG A;  5P3T A;  5P00 A;  1BWB A;  4GYE A;  5P7A A;  4XKX A;  5P6V A;  5EZX A;  1K1U A;  4K4Q A;  5P50 A;  1ZSR A;  3TKW A;  4OBD A;  5P19 A;  3EM6 A;  2NR6 A;  2FMB A;  4RCE A;  4TRW A;  1HPX A;  4LP9 A;  2V0Z C;  2FDP A;  2FXD A;  5P6M A;  3TH9 A;  5AHC A;  5JG1 A;  4Y6M A;  2PK6 A;  1J71 A;  3CIB A;  2AVQ A;  2QI5 A;  3NDX A;  4D89 A;  1C70 A;  5P2G A;  1Q9P A;  3D3T A;  2Q63 A;  1IZD A;  1ODX A;  1PPM E;  5JFU A;  4HZT A;  4B78 A;  2V13 A;  4DJQ A;  4FM7 A;  5DR0 A;  3G72 A;  5OZZ A;  2BB9 A;  1FQ7 A;  2AVV A;  5KR2 A;  3U6A A;  3OU4 A;  1W50 A;  3DOX A;  1B5F B;  5P42 A;  4S1G A;  3PSU A;  3RSV A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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