5P3G | Genus

Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__452760142036177__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__452760142036177__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P3G/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__452760142036177__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"452760142036177","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P3G/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__452760142036177__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01920dbcdc1fe050fc7dfc/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01920dbcdc1fe050fc7dfc/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01920dbcdc1fe050fc7dfc/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01920dbcdc1fe050fc7dfc/pdb.gz): 2795 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 30 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	85
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p3gA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p3gA01

2WEBA 3PWMA 3O9IA 5P3QA 3IXKA 1NPWA 3JW2A 4Y3WA 1HVRA 1XN2A 3SKGA 5P7JA 3FNSA 2ZJJA 2OF0A 5P28A 5P38A 5J25A 1MIQA 2QU3A 3FSMA 5P59A 4MC2A 5P7AA 2ZHRA 4HZTA 4ZPGA 5KR8A 5P4FA 5KR1A 1DIFA 2QD6A 2BB9A 1SIVA 1TQFA 4AZYA 5P34A 5I3WA 1EC0A 4Y51A 3ZKXA 5P1DA 3OXXA 5APRE 4EQJA 2G21A 1EPPE 5P08A 3TOGA 3T6IA 5P3YA 5P7DA 5P4DA 3UQWA 5COKA 3PSUA 3VF7A 1K6TA 5P8QA 2AODA 1F7AA 3BC4A 3SA4A 3KYRA 7UPJA 4LL3A 4Y44A 4YDFA 5I3XA 1W6IA 2FDPA 2BPXA 4DJRA 2MIPA 4Z2ZA 2ZJMA 4JPCA 4D88A 4LP9A 4DUSA 5P47A 1BV9A 3OK9A 3UDNA 5OZ4A 5P1RA 2H6TA 3T11A 1YTIA 5P62A 5AH6A 3GI4A 5P1ZA 3SM1A 4Y3ZA 5OZPA 2AZ8A 3DCRA 5OZLA 1AIDA 1MTBA 3C9XA 5P31A 5OZ8A 5P4TA 5OYZA 4I8ZA 3HVPA 4OBZA 3ZKSA 2WEZA 1ZBGA 1KJGA 4H3FA 5P6PA 5P6XA 4DQFA 4Y50A 2Z54A 5HE5A 5P69A 2ZGAA 5P3DA 4Y3JA 5P5MA 2WJOA 3ZOVA 5OZAA 5HCTA 3HLOA 1ZJ7A 1UPJA 4Y56A 5DQCA 4Y5GA 5P1YA 1KJ7A 5ISKA 1PPLE 5P35A 2AVSA 3EBZA 5P2BA 4TVHA 4RVXA 5P6KA 2BJUA 4YDGA 1U8GA 5P7LA 5AHCA 3D3TA 4LXAA 5BS4A 1RL8A 2XYFA 1EBKC 4KB9A 5ENMA 4FCOA 5OYSA 2QK5A 2XYEA 4TRZA 5P5PA 3RTNA 2VS2A 5P4EA 3SAAA 3CKTA 3EL5A 4RZ1A 4JECA 5P1MA 3LNKA 4F76A 4J0YA 3S43A 3UDQA 3O9EA 3GGAA 2B42A 3MXEA 3NDUA 5HD0A 5KOQA 5P63A 3S45A 5DR3A 2F3KA 2FGUA 2QP8A 4I0GA 4ER2E 1LYWA 2AVVA 5OZOA 5P4XA 3OU4A 2ANLA 2G1SA 2QD7A 3DCKA 4B00A 3CKPA 5P4KA 2P3CA 1TZSA 3SA6A 5P43A 1XDHA 2R3WA 3KFRA 1PSAA 1B6KA 5P2SA 4Q5MA 5DQ5A 3OADB 4FM7A 4L7JA 5P0ZA 5P3KA 4DJPA 5P5JA 3KT2A 4LXMA 3D20A 5P07A 5P2MA 3OQFA 3LZYA 5P7WA 5P2LA 5P4ZA 3BUGA 3D1XA 5P3SA 3VV7A 4NJVA 3PRSA 5P2ZA 4LAPA 2F8GA 5P3OA 5P8TA 3EKXA 3L5BA 5P3BA 2ZDZA 2IDWA 4CPWA 2RENA 5KR0A 2I4WA 5P73A 3SA7A 2B60A 4BELA 5ER1E 2WF0A 3VSWA 4Y4WA 5BWYA 1B5FB 3GGUA 3K4VC 3DV1A 4I0IA 3APRE 4Y3LA 4GJ5A 3BUFA 5P42A 5P5CA 1HVKA 5OYRA 1FG6C 2I0AA 3QRVA 2AOJA 5P72A 3S2OA 3NU4A 2O4LA 3IA9A 4I11A 4R91A 1IVQA 2WECA 4Y6MA 1TCXA 4WY1A 4Q1XA 1VIJA 3PMYA 2QNNA 5OYWA 3LIVA 4RRNA 3QIHA 5P1OA 4J5JA 2AOCA 3QAAA 2OHMA 4M8XA 5P5YA 4R5NA 5P50A 1N49A 3PWRA 1SDVA 1QDMA 1Z8CA 5P00A 2VA5A 3RSVA 5EZXA 1MT7A 4RYGA 3HBOA 2VJ7A 4PZWA 1DW6C 5P2TA 4ZIPA 5JFPA 5P5QA 1HIIA 4Q1YA 1EC2A 1SMRA 1T7KA 5KOSA 5P8VA 5P4CA 1HVLA 5HCOA 3TL9A 4Y48A 3KA2A 5DPZA 1Z1RA 4EP2A 3NU6A 4OBHA 3SPKA 1CZIE 1WBKA 2R9BA 5DR1A 3L58A 3DK1A 4FGXA 3AUPA 4I0JA 4NPTA 3EC0A 5COPA 5P1CA 4J1EA 1SMEA 3H0BA 4LXKA 4TRYA 3VV8A 3BXSA 5OZEA 2G94A 1PROA 3EKWA 4Y4XA 5P0UA 5P4MA 3UDJA 3VYEA 3VEUA 4B0QA 3FKTA 2R3TA 5OZJA 1YM2A 5P6MA 5P0HA 3QPJA 4J1KA 5AH9A 4EP3A 4N00A 1UH8A 5P0FA 1TW7A 5T4SA 3DJKA 5P4BA 2PC0A 4Y5PA 4FSEA 4NPUA 5P6QA 5P5VA 1HBVA 5P4PA 5P30A 4BEKA 3PSGA 5P0RA 2Q15A 3NU3A 3PBZA 5P2QA 5SXNA 4EPJA 7HVPA 3L59A 5P3RA 4EWOA 3FNUA 2AVOA 3QBFA 4WTUA 3ZKGA 3K1WA 2NXLA 3HZCA 4Y45A 5DR0A 5P7NA 4CPTA 5P49A 2FXEA 2O4PA 2FLEA 5OZKA 5P0VA 2A1EA 2Q63A 2P3AA 2Q54A 3O9HA 5P8EA 3D1YA 4J1FA 2RKGA 4GJ7A 5P3MA 5JFUA 1QS8A 1HWRA 3OOZA 3OUAA 4J55A 4H3IA 4J0TA 2PYNA 3LHGA 3KMYA 1FQ6A 3EM4A 2H6SA 4NKKA 1ZPAA 5ER2E 1Z1HA 4Y41A 5P6UA 1BVEA 3OGPA 5P6SA 3I2LA 4DJOA 5P3PA 5OZHA 2FNTA 2UPJA 5P03A 1B6PA 2QHCA 4YOBA 1HIVA 3IGBA 5HDXA 2G1NA 5P6RA 2QNPA 5P1FA 3EM3A 5P0NA 3PJ6A 4QJ9A 4CPRA 2R5PA 1A30A 1LZQA 1W6HA 1BXQA 2QZWA 3D91A 5P5NA 3ST5A 2OHLA 3APPA 5P83A 1OEWA 3L5FA 1D4HA 5P0AA 3ZKQA 1FB7A 5P78A 5P6CA 2JJJA 2VNNA 1D4JA 2G24A 1A8KA 4A4QA 1LYAA 2IKUA 5P7XA 5P8PA 4GJCA 4I12A 5P8OA 1MUIA 2ER0E 2OHNA 3TNEA 4H1EA 5P1HA 2IKOA 4Y5CA 3QS1A 4J0PA 1EAGA 2P3BB 3WZ7A 3SA5A 3CYXA 1HRNA 4LBTA 2B8VA 4FM6A 5P19A 3MWSA 5P4NA 5TOLA 5OZTA 2QMFA 4DJUA 1PSOE 4DPIA 4RRSA 5CLMA 5P0MA 1LYAB 5P3TA 1HXBA 3LZUA 3BHEA 3NU5A 4D8CA 1KJ4A 4AA8A 4DFGA 1DPJA 5P8DA 5P22A 5P18A 5P1JA 5P7SA 4ER4E 3OHFA 4DI2A 1T6GA 4J1HA 2IGYA 4YOAA 3U71A 4DQBA 4Y3EA 1BWAA 3MSKA 3ZPTA 4K4QA 4ZEAA 4YCYA 4Y37A 5P68A 2HC0A 4I0DA 4FS4A 1EEDP 5HE4A 1HSHA 4IVSA 3NYGA 5P41A 3TTPA 3ZPUA 1XE6A 2I4XA 4EJDA 2F3FA 5P1XA 3NUOA 4GMIA 5P66A 4DQHA 3PI5A 1AAQA 2BKTA 3IN3A 3VFAA 1AVFA 3UF3A 1TSUA 4Y4ZA 1HEGE 3T7PA 3SA9A 5P3IA 1C70A 1ZPKA 3IAWA 2B7FA 4Y58A 2B8LA 3OTSA 5P7HA 2I4QA 5P6AA 2G69A 1SDUA 5AGZA 3PVKA 2CEJA 1XS7D 5P4WA 1Q9PA 4DV9A 3TPJA 4BFBA 3O9BA 5P1IA 4EJLA 3GW5A 3Q5HA 4B70A 5IVQA 4XKXA 3NWXA 3KFPA 4J17A 5HU0A 3PEPA 3BGCA 3K5CA 1PSNA 5P54A 5P40A 3ZL7A 3FV3A 4Y39A 2Q64A 2QAKA 2ZJLA 1NPAA 2XFJA 5P0CA 4JPEA 5P3JA 3UDPA 3I6OA 5P8IA 1IDBA 5OZYA 1B6JA 1T7JA 4I10A 2OHSA 5OZFA 3OWNA 4HDFA 2QU2A 5OZ2A 5OZVA 5P0JA 5P6HA 2WF3A 2NNKA 1IZDA 5P5LA 3UDYA 1EPNE 1XE5A 5OZCA 4CKUA 5OZ5A 2HPEA 3NSHA 2VIEA 4Y3TA 4OBFA 2QI7A 2QCIA 3VSXA 4DJQA 3HAWA 4RVJA 2OHKA 2APRA 2G26A 4GJ8A 5P25A 4Y4UA 2QZKA 3O9GA 3OQ7A 4OC6A 5P4HA 4F75A 1EPQE 4FSLA 1MSNA 4RCFA 1HPSA 2PSGA 5P2IA 5C9BA 1MERA 4ZE6A 4EHCA 5P3ZA 3KDCA 4Y4GA 2FNSA 3EL9A 4APEA 2HAHA 4X7IA 5AHBA 4UPJA 5PEPA 2AOFA 5B18A 5P64A 1ZSRA 2VJ6A 4YD4A 5OZMA 4OC6B 3INDA 5HDZA 2UY0A 1NSOA 3UCBA 2BQVA 3R4BA 3KF0A 5P57A 3Q70A 4B05A 5P37A 1FQ7A 1IZEA 1OHRA 1W5WA 2JJIA 2PK5A 3NDWA 4EQ0A 5HVPA 4K9HA 1HTRB 1ODWA 3CIBA 3DM6A 3S53A 4YA8A 5P6VA 1META 1SDTA 3CIDA 3OADA 5P5EA 2AOGA 4RCEA 3I8WA 3T3CA 5C9FA 5P4QA 5OZ1A 1LS5A 2QZLA 4IVTA 4U7VA 5OZ0A 4BFDA 1ZAPA 4YCKA 5P39A 5P77A 3LZSA 3PBDA 3O9LB 1QBRA 5SY3A 3WB4A 4KE0A 2BPVA 4FRJA 5P4IA 2PYMA 2F3EA 2I4VA 2PMAA 1HPXA 1LF3A 1DMPA 1RQ9A 1E81E 1QBTA 5OYUA 4ZSRA 2WKZA 2ER9E 3SFCA 1W5YA 3OQDA 4ZSMA 2XFIA 1B5FA 4Y3XA 1G2KA 1GNMA 2QNQA 5P58A 2O4SA 5OYTA 5P53A 5P3VA 3VF3A 3KMXA 2QI4A 1MRWA 5P1UA 4KE1A 3SABA 1D4SA 3BXRA 4Q1NA 1BWBA 5P4JA 5P0DA 4GJDA 1VIKA 4YD6A 1ER8E 1EC3A 5P56A 1A8GA 5P8CA 5P4GA 5P8JA 4B78A 2WHHA 4OD9B 3WSJA 3TKGA 4Q1WA 4Y3PA 4EXHA 3BRAA 6FIVA 5OYXA 1FEJC 1CPIA 1J71A 5EZZA 1UH9A 2FXDA 4PZXA 4FAEA 4FAFA 5P5AA 4Y4JA 1HOSA 1GNNA 4U7QA 3INHA 5P48A 1RV7A 1FG8C 1FFIC 1AZ5A 1D4IA 4WY6A 5DGWA 5P2CA 5E5JA 4L6BA 4Y47A 2ZHTA 5P5XA 3DV5A 5P5WA 3UQPA 1HVJA 4DPFA 3L3AA 5HU1A 2IQGA 1EPRE 5OZ3A 4YD5A 1LF4A 3QI1A 2O40A 5P09A 2RKFA 5P0WA 3FIVA 5DQ2A 1OEXA 1M0BA 2I4UA 3URLA 5OZRA 1LYBA 3QN8A 3PLLA 4QJ7A 4Z50A 2FGVA 1MT8A 3EMYA 5P7FA 3KM4A 1D4YA 5P0YA 3MXDA 4EJ8A 1FMUA 2QMGA 5P5DA 4I8WA 4Y3NA 4J1CA 2QMPA 4DJYA 5P4OA 4Z4XA 3SQFA 1YM4A 1E80E 5P52A 5P0OA 5P88A 4J0VA 5P3HA 5IVRA 3EKPA 1MTRA 1FIVA 1ODYA 3BUHA 3JVYA 1LYBB 5P4YA 4RROA 3DUYA 3KN0A 1EC1A 5SZ9A 3EXOA 4GJ6A 3G70A 2FIVA 2NPHA 3JVWA 3R0WA 1A94A 1T7IA 3LITA 3VLBA 3INFA 2VA6A 5IVSA 4Y57A 3URJA 3LIYA 2VKMA 3U7SA 3G72A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P3GA

Total Genus

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structure length

Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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