5P3MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 175
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3mA01
3PI5A 5ER2E 1CZIE 2ASIA 3UDQA 4CKUA 1BV7A 2QI6A 1D4JA 3OUDB 2NTRA 4ZPEA 1HTEA 3VV8A 5P1YA 3JW2A 5HDXA 1A8KA 1FFIC 4A6CA 5HE4A 5KQZA 5P0HA 1F7AA 1ODXA 4L7JA 3ZPUA 1D4SA 4M8XA 3ZPSA 4Y3LA 3QS1A 3ZKMA 5KAOA 4Y53A 4LP9A 3R0YA 3EKPA 5TOLA 4OBHA 5P1CA 5P5KA 1PPME 4DPIA 3RSXA 1HIVA 3L5BA 4ER1E 3K5CA 2PSVA 2F3KA 5P8VA 4I1CA 4D83A 1AJVA 4UPJA 2O4SA 1HTRB 4J1HA 1HVIA 1NH0A 3SFCA 3URLA 4Y4EA 5ER1E 3AUPA 2ZJKA 5P7FA 1HOSA 3H0BA 4NJUA 3TOFA 4R95A 1IBQA 3FSMA 5P3KA 3TKGA 4J55A 2ZJMA 1YX9A 3RU1A 3K5DA 5P19A 1MRWA 6FIVA 3VV7A 2F3FA 4DVFA 1SIPA 5I70A 5FIVA 2G1NA 1AIDA 3SM1A 3EKXA 5P0PA 1BVEA 4Y4ZA 5CONA 5P7LA 1PFZA 2QU3A 1K1UA 5OYQA 2BPVA 4Z4XA 1M0BA 5AH6A 3TOGA 3L5FA 3SACA 4CPSA 1QRPE 1CPIA 5OZLA 5P6UA 3TPLA 1MIQA 1IVPA 5P4CA 1ZJ7A 1A30A 4RYGA 5DR4A 4Y47A 4B72A 2FDPA 3L59A 2G94A 5OZRA 5OZXA 5P3SA 5P6HA 1K6PA 1TCXA 3ER5E 5DQ4A 5P7GA 4YD6A 3U6AA 1FQ5A 2NR6A 5IVSA 3S43B 1A8GA 3OOZA 5P4SA 4WY1A 5P1XA 5OZ0A 4DQBA 2ZHTA 4J0YA 5P2KA 3ZOVA 5P63A 2P3BA 2ER6E 1GVWA 5KQFA 3EM3A 1HIHA 4LC7A 3GW5A 1M4HA 3FNSA 1NPWA 2G1YA 5P1BA 1BWAA 5OYXA 5P0ZA 4YCYA 5P5LA 5P6KA 3OUBA 1APVE 5IVRA 1HEFE 4LAPA 1ENTE 4DQCA 3NDUA 5AH9A 5P4FA 4Y44A 3NU6A 2FGUA 2OHQA 4TVGA 5P8KA 1G0VA 3PGIA 4GJ8A 5P2JA 1TW7A 3QP0A 2AZ9A 1SH9A 1YG9A 3NUJA 2B7FA 4PYVA 4QJ2A 3LZSA 5P74A 3JVYA 5OZYA 1E81E 2H6TA 5P2XA 4Y4AA 1ODYA 1SMRA 5I3XA 2QHCA 5P5MA 3R4BA 3O9CA 3O9LB 1APWE 5P2DA 2WF2A 4FRJA 1MRXA 5P6OA 3NWQA 3O9HA 4COEA 3EL1A 3FNTA 2QD8A 5P3BA 2BKSA 1EBZA 5P55A 5KOQA 2HS1A 3OXVA 2BPYA 5AHBA 1W5XA 3MSLA 5OYVA 2FXDA 5P6PA 3EM4A 5P2FA 2V11C 5KR0A 4RROA 4D8CA 1HIIA 5P20A 5T4SA 4HDPA 5ISJA 5P7SA 1PROA 3OY4A 5OZPA 3OAGA 4DJOA 4PZWA 4B0QA 4PPHA 3K4VA 2R5PA 5UPJA 3UDPA 3HW1A 5P07A 2HPEA 3S2OA 5P4ZA 1GVVA 1FMBA 1SDUA 5P7CA 4B1CA 1UH7A 4LBTA 5OZ9A 3LINA 1IIQA 4Y45A 1BWBA 2QNPA 3O9AA 5P6JA 5P8UA 4X2LA 4Y35A 3WZ6A 3S85A 3ZMGA 5P7DA 5P7AA 2WF3A 5C9BA 3OU4B 4Y4DA 2R5QA 3NDTA 3UQXA 2Q54A 4LXAA 3BC4A 3JVWA 5P8NA 5P4GA 5P7OA 1LYBB 4D85A 4OBDA 2QZLA 5I3WA 5P56A 5P7IA 3S8IA 4FM6A 4B00A 1B6MA 3PLDA 2ZHSA 4YCKA 2QMDA 4HVPA 4I8ZA 3QBFA 3NSHA 5P0QA 2G21A 1XE5A 3EKQA 3BUHA 2FNTA 3OQDA 5P5GA 3Q70A 4L6BA 1WBMA 1HXWA 5OZUA 5P4BA 2QK5A 4YA8A 2AOGA 4OBGA 1GVUA 3FV3A 5B18A 3INDA 5P6ZA 5P7EA 2HS2A 1PPKE 5P85A 5KR1A 5P76A 5P3FA 3PRSA 2R9BA 1BAIA 4ZPFA 3SA3A 1ME6A 3EKWA 2IDWA 5P10A 3RSVA 4B77A 5I3VA 4Y48A 2QI7A 3HVPA 5P0OA 1IVQA 1ODWA 4EWOA 4KB9A 3DK1A 3ZKGA 5P42A 4CPTA 4NKKA 1HSIA 5P75A 3LPKA 3NR6A 2IKOA 1AJXA 2V10C 4ZSPA 5P1EA 3PCZA 3PMYA 3GI5A 2QI0A 3FX5A 4HZTA 3NXEA 5P71A 1RPIA 2WEDA 4N00A 5P3EA 3PI0A 3URIA 3OU3A 2R3TA 5P8TA 3UQWA 2WHHA 5P0CA 4EP3A 2F81A 2B8VA 1U8GA 1E5OE 4EYRA 3L5EA 2H6SA 3OXWA 4Q5MA 1EBWA 2WF1A 2ZJJA 1UPJA 5OYWA 1VIKA 3OQAA 3UDMA 1SMEA 4GJAA 4BEKA 3EL4A 2QNNA 3NWXA 1MUIA 4K4QA 1XS7D 4Y3MA 3SA7A 5P4OA 1SBGA 5P2MA 4GJ9A 2I1AA 5P69A 5OZOA 4I10A 2IENA 5HU0A 4I0GA 2ZHRA 4K8SA 2HC0A 1MPPA 1W6HA 4DQHA 1CMSA 2R3WA 3KDCA 2XFIA 4QJ6A 5P37A 5P50A 2QI5A 5P5IA 3OOTA 1EPRE 3SQFA 5OZQA 5P17A 4Q1XA 2PH6A 2Q11A 4RVXA 3T7XA 3EKYA 2J9JA 3GI6A 5P2LA 5P70A 5P8DA 3D3TA 2Q63A 4Y3SA 1DMPA 3Q4BA 1HTFA 1OD1A 4JPCA 4YD5A 5P47A 1PPLE 1YT9A 5P0VA 3VV6A 1HTGA 3QAAA 5DQCA 3NDXA 4OD9A 1EBYA 3KF0A 5OZZA 2G69A 1IDBA 1QBTA 1ZBGA 5P0DA 5P2OA 1Z8CA 5OZGA 1HHPA 4GMIA 5P6DA 5P3UA 4YDFA 4Y4GA 1RQ9A 5P4KA 4XKXA 4CPXA 2ZHVA 2QZXA 5P00A 3BUFA 1QBRA 5P2ZA 5P6IA 4D88A 7HVPA 4FL8A 4Y54A 1G35A 7UPJA 1HSGA 5P41A 4LHHA 1GNMA 3APRE 3KN0A 2WF4A 5P5DA 2BPXA 1FIVA 2G24A 3KDBA 5P2VA 5AGZA 4Y5MA 1GNOA 4RVJA 1W6IA 1A9MA 1MERA 3QRSA 4FS4A 4HE9A 4Y58A 2ZE1A 4Q1WA 1C70A 5P6CA 1T7IA 4Y5CA 4KE0A 5P6BA 1LYAA 2I4VA 3PWMA 5COPA 1HSHA 5P5BA 2G1SA 3PM4A 2QZKA 4J0ZA 4MC2A 5P4XA 3UPJA 1MT7A 5P6LA 1FMUA 2PC0A 5HDUA 5HTZA 1G6LA 2WECA 3UTLA 1HPSA 5P2IA 1BIMA 2OHRA 2V00A 5P3LA 3Q5HA 5OZFA 4YD3A 4L1AA 1E80E 1DPJA 5KR2A 2P4JA 4MC1A 2HB3A 5P72A 1FG8C 2CENA 4RVIA 5P3QA 2O4LA 3PB5A 3GGUA 2QAKA 5P89A 4OC6B 5HE5A 2VKMA 1KJ4A 5P8JA 2AOJA 2UPJA 4I0HA 1W5WA 2I4WA 3GGAA 5P1OA 5P4RA 3NDWA 4Y51A 3DCKA 3WZ8A 4ZSMA 1EC3A 3D1YA 3VF5A 5P11A 3HVGA 5P6RA 1KJGA 2OHKA 3PBZA 5P1RA 5P7TA 5P53A 2OHTA 2AOEA 2FXEA 3ZKQA 1B6PA 1HRNA 1D4HA 5P06A 4B1DA 3ZLQA 5P24A 4DJUA 5P14A 2XFJA 1LF4A 3O9BA 3MSJA 5P5CA 5P3YA 5P0NA 5KQYA 1XN2A 3MXEA 1B6KA 5OYUA 3GGVA 5DR7A 5P3HA 1FMXA 1N49A 2WF0A 3VUCA 5P3MA 1EEDP 2V13A 3NU9A 5P2BA 5P7RA 5P6QA 3EKVA 6UPJA 2BB9A 3IGBA 4NJVA 4J54A 5P79A 3LPIA 5P5TA 1Z1HA 4RCEA 1RL8A 3KFSA 4QJAA 4H3IA 3SABA 2APRA 4Y4WA 2Q5KA 3OTSA 5P2QA 1BXOA 4HLAA 1T3RA 3OU1A 4Y38A 3CMSA 2B7ZA 4Y5BA 5P0YA 3OAGB 5P13A 5P2GA 5C9DA 4IVTA 1A94A 1RNEA 3BHEA 2AOFA 1F34A 2HM1A 2O4KA 3KFPA 5HCTA 4ACUA 2G22A 5P1SA 1KJHA 4J1EA 1SP5A 3TPRA 4ER2E 5P3NA 4RZ1A 5P2CA 4APRE 5P8MA 1QS8A 4LXKA 3NLSA 1LYWB 5OYYA 4ZSRA 5P8CA 5P8LA 3LITA 3IA9A 1AVFA 2XYEA 2Z54A 1KJ7A 4GJ7A 3MWSA 4OBJA 4DJRA 4Y3YA 3FKTA 1T7JA 3NU3A 5P3PA 2BJUA 3TTPA 6APRE 5E5KA 5HCOA 1LZQA 4JP9A 3I6OA 5P61A 3QPJA 5P7KA 3SA5A 1FQ6A 3ZKXA 3BVBA 5P58A 1FF0C 3UFLA 5DGWA 1QDMA 1PSAA 1K6TA 4Y3AA 4JOOA 4TRZA 3I25A 1K1TA 5OZDA 5P3TA 2Z4OA 2QMGA 5P66A 5OYRA 2IGYA 5OZIA 2AVQA 1MESA 5P6TA 4DQEA 1TZSA 4DI2A 1EPQE 1BDLA 2BKTA 1HVRA 3KFRA 4FGXA 4Y5KA 3UDYA 4Z50A 2NPHA 2CEMA 3HLOA 5P8GA 1IZHA 4FAEA 5P86A 4B78A 3S56A 3SKFA 4FRSA 2P83A 3BGCA 5P4EA 5P67A 1HEGE 1Z1RA 2JE4A 5P81A 5P5HA 4Y5LA 5P0AA 5P64A 2O4NA 5ISKA 4BELA 4Y4TA 2SAMA 4FCOA 1SDVA 4Y3XA 3H5BA 5P5OA 1K6VA 3DJKA 4R8YA 3INEA 3K5GA 3L3AA 4GJ5A 4ACXA 3LIYA 5OZ6A 2NXLA 5P30A 3APPA 5P4AA 2HB2A 4TRWA 2JYSA 3A2OA 3HD8A 3R2FA 4I11A 2FLEA 4R92A 4EPJA 4NJSA 5P3ZA 4OBFA 4J0TA 4AZYA 5P0GA 3OHFA 4J1FA 5P1KA 2IS0A 4ZEAA 3N3IA 5AHCA 1C6XA 2R8NA 3D20A 5OZTA 5P78A 5P6FA 2MIPA 3PWWA 4Y4XA 4Z2ZA 3OXXA 5P1TA 2CEJA 2Q15A 3T7QA 5P7WA 4Y6MA 5AHAA 2QCIA 1W51A 1B6JA 5P4DA 2B42A 5P1HA 1EPME 3BVAA 3FIVA 3TKWA 3QRVA 3CYXA 4TRYA 4HEGA 4DJQA 4DJVA 3KFNA 3S43A 2OHUA 1BV9A 2F3EA 4CPUA 1EPLE 1XDHA 2OHPA 5P6WA 4L7HA 5OZ7A 5P5SA 1YM2A 5SZ9A 1EC2A 3O99A 3I8WA 2AVOA 3INHA 5P7JA 4KUPA 2QP8A 1FQ8A 2I4XA 4YBIA 3O9FA 4JPEA 3NXNA 5P88A 2PSGA 5HU1A 3VYDA 3SA8A 5F00A 5BRYA 1ZSRA 2NNKA 3LIQA 1SGUA 3PSYA 5P0EA 5P27A 4CPQA 4GJCA 2VNNA 3D1ZA 4Q1NA 4OD9B 5P1ZA 4RGHA 5P82A 3NU4A 2A1EA 4EHCA 3UQRA 1AZ5A 3MXDA 1C6ZA 2QI3A 5P6XA 2FGVA 3BRAA 1EPOE 3L5CA 3T11A 3T7PA 5P46A 5P8QA 3K1WA 3Q6YA 5P1UA 3VFAA 3DOXA 3OHHA 5P0IA 5P5PA 5P68A 3LIZA 1FQXA 3OWNA 3R0WA 5P8RA 5AH8A 3M9FA 5P18A 2Q3KA 2A4FA 1DW6C 3Q3TA 1HPOA 2WJOA 2ZJIA 5P7BA 1EC1A 3O9LA 1TQFA 1NPVA 4AMTA 5COOA 2V16C 3DCRA 4PZXA 4OBZA 5P3RA 1TSQA 3EM6A 4FRIA 5DR0A 5P34A 2BQVA 2QD7A 1GVXA 1FQ7A 4GZFA 5P3OA 1AAQA 2P3CA 3OADB 3TLHA 5P8PA 5DQ2A 5P5ZA 5P3JA 5JG1A 4RRNA 4Y5GA 4K9HA 5P5UA 3BXRA 1B5FB 3EL9A 3GI4A 2NXMA 3OGQA 4Y3PA 2F8GA 2PK6A 5P6EA 2NNPA 1HPXA 2QI4A 5P8OA 2PK5A 5P4VA 1YTJA 5P87A 2FIVA 4H3GA 3UDJA 2XFKA 1WBKA 5P5YA 4DPFA 2OHMA 3IN3A 4AA9A 1ER8E 5SY2A 3PMUA 3TPJA 3BUGA 3QRMA 3S54A 4L1AB 2AVSA 1FG6C 3VLBA 4NPUA 4DQGA 3PBDA 3EC0A 3O9DA 3G72A 5P2SA 2AOCA 5P1GA 3S7LA 3OXCA 3KYRA 4I0IA 4DJWA 4TVHA 1EPPE 4Y3GA 5P2WA 1B11A 1YTHA 5P80A 5IE1A 1QBSA 2HPFA 5P08A 1QBUA 4EJLA 3PEPA 1HPVA 1MVPA 5P44A 5OZ3A 1META 2I4QA 3UQUA 4Y5PA 5P0RA 5P4UA 2AVVA 5P4LA 5P2EA 3INFA 1LYBA 4RCFA 3G70A 2G26A 2J9KA 4YDGA 5P0KA 3OUAA 4Y3HA 2AODA 2OAHA 5P7UA 2FMBA 4J1CA 4S1GA 5P4WA 2F80A 5P5FA 1ZSFA 2UY0A 5P2HA 2JXRA 2ZDZA 3VCMA 3OUCA 5P5WA 5P51A 1HWRA 4EJKA 5JFUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3PI5 A;  5ER2 E;  1CZI E;  2ASI A;  3UDQ A;  4CKU A;  1BV7 A;  2QI6 A;  1D4J A;  3OUD B;  2NTR A;  4ZPE A;  1HTE A;  3VV8 A;  5P1Y A;  3JW2 A;  5HDX A;  1A8K A;  1FFI C;  4A6C A;  5HE4 A;  5KQZ A;  5P0H A;  1F7A A;  1ODX A;  4L7J A;  3ZPU A;  1D4S A;  4M8X A;  3ZPS A;  4Y3L A;  3QS1 A;  3ZKM A;  5KAO A;  4Y53 A;  4LP9 A;  3R0Y A;  3EKP A;  5TOL A;  4OBH A;  5P1C A;  5P5K A;  1PPM E;  4DPI A;  3RSX A;  1HIV A;  3L5B A;  4ER1 E;  3K5C A;  2PSV A;  2F3K A;  5P8V A;  4I1C A;  4D83 A;  1AJV A;  4UPJ A;  2O4S A;  1HTR B;  4J1H A;  1HVI A;  1NH0 A;  3SFC A;  3URL A;  4Y4E A;  5ER1 E;  3AUP A;  2ZJK A;  5P7F A;  1HOS A;  3H0B A;  4NJU A;  3TOF A;  4R95 A;  1IBQ A;  3FSM A;  5P3K A;  3TKG A;  4J55 A;  2ZJM A;  1YX9 A;  3RU1 A;  3K5D A;  5P19 A;  1MRW A;  6FIV A;  3VV7 A;  2F3F A;  4DVF A;  1SIP A;  5I70 A;  5FIV A;  2G1N A;  1AID A;  3SM1 A;  3EKX A;  5P0P A;  1BVE A;  4Y4Z A;  5CON A;  5P7L A;  1PFZ A;  2QU3 A;  1K1U A;  5OYQ A;  2BPV A;  4Z4X A;  1M0B A;  5AH6 A;  3TOG A;  3L5F A;  3SAC A;  4CPS A;  1QRP E;  1CPI A;  5OZL A;  5P6U A;  3TPL A;  1MIQ A;  1IVP A;  5P4C A;  1ZJ7 A;  1A30 A;  4RYG A;  5DR4 A;  4Y47 A;  4B72 A;  2FDP A;  3L59 A;  2G94 A;  5OZR A;  5OZX A;  5P3S A;  5P6H A;  1K6P A;  1TCX A;  3ER5 E;  5DQ4 A;  5P7G A;  4YD6 A;  3U6A A;  1FQ5 A;  2NR6 A;  5IVS A;  3S43 B;  1A8G A;  3OOZ A;  5P4S A;  4WY1 A;  5P1X A;  5OZ0 A;  4DQB A;  2ZHT A;  4J0Y A;  5P2K A;  3ZOV A;  5P63 A;  2P3B A;  2ER6 E;  1GVW A;  5KQF A;  3EM3 A;  1HIH A;  4LC7 A;  3GW5 A;  1M4H A;  3FNS A;  1NPW A;  2G1Y A;  5P1B A;  1BWA A;  5OYX A;  5P0Z A;  4YCY A;  5P5L A;  5P6K A;  3OUB A;  1APV E;  5IVR A;  1HEF E;  4LAP A;  1ENT E;  4DQC A;  3NDU A;  5AH9 A;  5P4F A;  4Y44 A;  3NU6 A;  2FGU A;  2OHQ A;  4TVG A;  5P8K A;  1G0V A;  3PGI A;  4GJ8 A;  5P2J A;  1TW7 A;  3QP0 A;  2AZ9 A;  1SH9 A;  1YG9 A;  3NUJ A;  2B7F A;  4PYV A;  4QJ2 A;  3LZS A;  5P74 A;  3JVY A;  5OZY A;  1E81 E;  2H6T A;  5P2X A;  4Y4A A;  1ODY A;  1SMR A;  5I3X A;  2QHC A;  5P5M A;  3R4B A;  3O9C A;  3O9L B;  1APW E;  5P2D A;  2WF2 A;  4FRJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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