5P3MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 175
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3mA01
1E80E 4B00A 3KT2A 1MSNA 3TOHA 3NXNA 5P1OA 5P17A 5OZ1A 4NJVA 1YTIA 3KDBA 5SY3A 2QI3A 5P1LA 1NH0A 4I1CA 3KA2A 3RTMA 5OZVA 1B6JA 5P5LA 5P5UA 3QIHA 5IVQA 4KB9A 4J17A 5P0LA 3EM6A 4D85A 3UFLA 5OZWA 3VSWA 4APEA 3QS1A 5P47A 5IVRA 1EC2A 1ZSFA 3HD8A 3OAGA 7UPJA 4R92A 5OYXA 3VF5A 5OZ7A 3UTLA 5T4SA 5P2ZA 2VA5A 1RL8A 4H3JA 4DQHA 2QI6A 4J0PA 4HDFA 4S1GA 5P6QA 3URJA 4F75A 3INFA 2ZHUA 2ER0E 5P7LA 4Z22A 4J1CA 9HVPA 1XL5A 3PVKA 3M9FA 5P0BA 2QZXA 3KMXA 5OZ2A 2V11C 1IDBA 3PI5A 4FAEA 1FQ7A 4DQEA 4Y50A 5P0DA 4FE6A 1APWE 2R43A 3RSVA 3OQFA 2PWRA 2UY0A 3L5EA 4AMTA 3G70A 2QU3A 3NUJA 5P20A 5P6YA 5P3ZA 2Q63A 4Y41A 2I4UA 4IVSA 2B60A 2VA7A 4I0GA 1IZIA 4I0FA 3IVHA 1RQ9A 5P3QA 5P1VA 4ZIPA 5OZ4A 4DV9A 4Y3WA 4GJAA 3TOFA 5P4DA 4I8ZA 3LINA 3Q4BA 2QP8A 1EPME 2AOEA 3EKTA 2RMPA 4Y5NA 5P66A 2QD6A 3ZKNA 3SPKA 1LV1A 4XX4A 3WZ6A 5HE4A 3QRSA 5P88A 4FM6A 5SZ9A 4GB2A 2FGUA 4RZ1A 5P3VA 1RPIA 3UF3A 5HE7A 5P5VA 2OF0A 3HBOA 4RRSA 4R5NA 5OZAA 3O9BA 5P8GA 4GJDA 1D4HA 2CENA 1W6IA 5P34A 4YCYA 5P7FA 5P3WA 5HCTA 4I0ZA 2HC0A 3OHHA 5P3TA 3S53A 5TOLA 2NMZA 5P4UA 5P8FA 4I8WA 4I0JA 1T7KA 3Q70A 1EPOE 5OYWA 3OUDB 1GVXA 2OHNA 3HDKA 5P6MA 4J1FA 4ZPEA 1HVSA 1HVKA 3PWWA 1M43A 3NXEA 1JLDA 3ZKQA 5P31A 5OZIA 3K5DA 5OZPA 4KE0A 5P5CA 5CLMA 3NWQA 1KJFA 3WB5A 4U8WA 1BV9A 1FQ8A 4DJWA 5I3VA 3BUGA 5P4NA 4JOOA 4LP9A 1EPQE 5KOSA 5P5DA 5P8KA 1KJHA 5P3IA 1VIKA 3OADA 5P3LA 1Z8CA 2QHCA 4FGXA 3SO9A 2G24A 1TQFA 4CPQA 1YTGA 5UPJA 1HIHA 2G1RA 1MRXA 5IVSA 5HDUA 4EJKA 5P5KA 4QJ6A 1FQ5A 3T3CA 1IDAA 4DJPA 3L5CA 4LXAA 5P63A 1C6XA 1FQXA 2PYMA 4FRJA 3EKXA 2OHSA 5P1PA 3BGCA 4HDPA 4DPFA 2PK6A 4FCOA 3K5FA 3VYFA 3SA6A 2OHTA 5P6GA 5P5ZA 2O4SA 3UDHA 1AM5A 5DPZA 2P83A 5P0GA 3VSXA 5P56A 2WEAA 5P81A 3S7MA 1UH9A 1YTHA 5P77A 5P59A 1B6KA 5P2JA 1XE6A 1KJ7A 4FRIA 4D89A 1AVFA 1TW7A 1N49A 1YT9A 3I8WA 5OZFA 4Y9WA 3SA5A 5P3YA 2XYFA 5KR0A 5P2GA 1EEDP 2Q54A 4J1IA 5P8VA 3APPA 4Y3XA 2JYSA 4UPJA 2OHQA 5P68A 5I70A 3VF7A 4A4QA 3VV7A 5P3DA 4I0DA 1META 5P0UA 5DQCA 1OEWA 5P32A 5P1XA 1OEXA 2AZCA 4L7HA 3O9LB 5P7GA 2WF1A 4Y5AA 3PLLA 2ASIA 3QN8A 5P1HA 4J0ZA 3ZL7A 1HPVA 2I4VA 2IEOA 2P8HA 3QRVA 5P0QA 4JPCA 4FSEA 3I2LA 4OBKA 4NPUA 3NR6A 5P6IA 3NDUA 1D4IA 1HVIA 4Y3EA 4EXHA 1HVHA 5P2YA 5P18A 1D4KA 1C70A 4TRWA 5P8EA 7HVPA 1QBUA 1HBVA 4GYEA 3PSGA 4CKUA 4L6BA 1D4LA 2QHYA 4F73A 2QK5A 3KFSA 4YA8A 1AIDA 3D91A 3PGIA 5P5HA 3MXEA 5P05A 5P53A 5P86A 4K8SA 3PMYA 3SM1A 5OZ9A 4Y4BA 1ZPKA 1GVWA 3GGUA 5P1TA 5P6FA 5P8TA 3TTPA 1AJVA 3OQDA 1HTFA 5P8QA 3O9AA 4JPEA 5P7CA 2FNTA 1OHRA 5P70A 3VLAA 5P4EA 5OZZA 4I11A 4Z4XA 3TH9A 1MUIA 2PSGA 5DR4A 2OHKA 2XFJA 1MTBA 4Q1WA 4J5JA 5P0FA 5P7UA 5P0EA 4Q5MA 5OZ8A 5AGZA 4AA8A 1TSQA 3QBHA 3PLDA 5P8SA 2A1EA 1QBRA 3OUCA 3Q5HA 5HU1A 4EPJA 5HVPA 2B7ZA 1LYWB 3SAAA 5P6OA 4RVJA 5P2RA 1M0BA 3D3TA 3K1WA 4NPTA 2NR6A 2HB2A 4R8YA 1C6ZA 2VJ6A 5P7BA 3SKFA 5P6JA 1BILA 1YTJA 3OXVA 3C9XA 5P5JA 2J9JB 2ZHVA 4HA5A 5P1RA 3DV1A 5P3FA 3A2OA 2BPYA 2G1SA 1M4HA 4EJDA 4N00A 1SDVA 1IZHA 3GI5A 1IBQA 1ODXA 3QVCA 5P04A 4TVHA 3KFRA 5OYZA 4B1DA 3CYWA 5P74A 5P8RA 3NU4A 2FDDA 5ER2E 8HVPA 4EWOA 2BPWA 5P78A 3LIQA 4EQJA 1GNOA 3G72A 5P41A 1AZ5A 3PRSA 4E43A 2R9BA 3HZCA 1ZTZA 4B1CA 5P80A 3K5CA 4Y48A 2VJ7A 3HLOA 4R93A 5P61A 5P7EA 5P1WA 4EP3A 5P7OA 4CPSA 4Q1XA 1FMUA 5P8HA 3RU1A 4B0QA 5HTZA 5P3KA 4FRKA 5P64A 5OZ3A 3UDYA 1SMEA 1DMPA 4Y5BA 5P3JA 4BFBA 1K6TA 4JECA 1HRNA 3CKPA 2JE4A 5FIVA 1SP5A 2H6SA 5P27A 5P3RA 5HU0A 4J0VA 2G26A 1Z1HA 3S54A 5P5IA 4Y5PA 1B6MA 1YX9A 4OD9B 5P0KA 5P5TA 4Y4AA 4CPWA 2UXZA 1EC1A 3ECGA 4Y4EA 3R0YA 2QMDA 5P40A 2PSVA 4Y3DA 4Y3HA 4Y51A 3IVIA 4APRE 1LYBB 3I7EA 4RROA 1BWAA 2AZBA 2WEBA 4DJRA 1LF2A 5P35A 1DAZC 3ST5A 3GI4A 5ISJA 4OC6B 2HPFA 1FF0C 1B6LA 1T7IA 4TRYA 3UDJA 2BBBA 3OU1A 5P5SA 1W51A 3LITA 3RTNA 4GIDA 2NXLA 5P73A 3PCWA 1SMRA 1XL2A 5P7SA 3UQPA 3EL9A 5P2NA 3U6AA 3CIBA 5P83A 5KR1A 5DR7A 4EJLA 4Q1YA 5OYVA 5P3HA 1BDLA 3OGQA 1T7JA 1HVLA 2QI7A 3JW2A 4RLDA 1BAIA 1SGUA 3DK1A 3EXOA 5P33A 2VIZA 3D20A 4FAFA 1PPME 3CMSA 5P55A 4L1AA 4DQGA 3OTYA 1TZSA 4Y3AA 3OUDA 3PEPA 2VJ9A 3O9IA 1SDTA 1A8GA 3SA7A 1FB7A 1BV7A 5OZDA 1K2CA 2PMAA 1PROA 2FXEA 2VA6A 4K4PA 5P4BA 5P49A 2AOJA 4AA9A 3BUHA 5P2IA 4DUSA 3NU5A 5P71A 5P7DA 2AODA 2R8NA 2A4FA 4HDBA 5P4ZA 3CKTA 5P6BA 2V00A 5I3YA 5P7VA 1HXWA 5P4PA 3OUAA 1MT7A 4CPXA 1APTE 3SQFA 3PMUA 2RKFA 1APVE 1LF4A 1MVPA 3D1XA 1EPNE 2F81A 5P19A 2ZHTA 5I3WA 5OZKA 4F74A 5HDVA 3T11A 3ZKGA 5P89A 4RYCA 3BUFA 2R3TA 1MSMA 3EKYA 3LIZA 4DFGA 1RV7A 3EKWA 5P54A 1HIVA 5P1YA 2G94A 4CPRA 5P87A 2OHLA 3O9CA 3S85A 5P3BA 6FIVA 1K6PA 5P0XA 3JVYA 3PSYA 5PEPA 4B1EA 1FMBA 4PHVA 4Y3GA 4ZPGA 2AVOA 3U71A 5AH6A 2WF3A 4YD4A 1RNEA 4EJ8A 5P72A 4YDFA 1EPRE 2RKGA 3VG1A 4ZSPA 5JODA 1ENTE 5P0AA 5P22A 5ISKA 4Y53A 4FM8A 3OQ7A 5P1FA 5P1ZA 4K9HA 1B5FB 3URLA 1HIIA 5P0JA 2G1YA 3VUCA 3QBFA 4YCTA 5P6VA 3CIDA 3OOZA 1NPWA 3WSJA 5OYSA 5P8JA 3EM4A 3GW5A 2MIPA 3NDXA 1SGZA 5P2SA 3VFAA 5P14A 1FLHA 4RGHA 3LZVA 4Y37A 3O99A 4Y58A 5COPA 3O9LA 3L59A 2ZJNA 5P0IA 4XXSA 5P5FA 1PPKE 1J71A 4DJVA 4GJ9A 4Y39A 4DI2A 3VV8A 3LIXA 2OHPA 1K6VA 3HAUA 5P6CA 6APRE 1IVQA 5P52A 1CPIA 2BKSA 2G22A 3L5DA 2BJUA 2AVVA 1PSNA 4Y3TA 1C6YA 5P44A 5P79A 4XKXA 5P01A 1HOSA 3FSMA 4TVGA 3EL0A 2WEZA 4Y3ZA 2ZJLA 3BGBA 3EL1A 3GGXA 5AH7A 5P7PA 2FMBA 2B7FA 1FQ4A 4RVXA 5P4SA 1HSIA 2AOFA 5ER1E 1ME6A 4ZSQA 2IGXA 3MXDA 4Y5KA 5P6KA 3UDKA 4PYVA 2QHZA 5OZUA 5KQXA 3FNTA 4J0YA 2G21A 4Y4UA 4PZWA 1A8KA 5P4GA 3AUPA 4U7QA 1ZJ7A 3ZKXA 5P28A 2WF4A 5P62A 2Q3KA 2Z4OA 4B78A 1E82E 1NPVA 3TPJA 3IN3A 1HVJA 5P7MA 2QI5A 2WEDA 3UDRA 2BKTA 5OYYA 2Q11A 5EZZA 4Y35A 1EBYA 3FNSA 4QLHA 4B05A 3IGBA 3S43A 4HVPA 2I0AA 3QP0A 3MSLA 5P2CA 3UFNA 3G6ZA 1LYWA 3NU9A 5P0VA 2ZHSA 2OHRA 3PM4A 5P2WA 3PBDA 2H6TA 3TL9A 2QCIA 2ZGAA 1FMXA 5P6HA 3OGPA 2Q55A 4LAPA 3IXOA 4Y43A 2IRZA 5E5JA 3BRAA 5P4JA 5OZYA 5P6UA 4Y3FA 5C9DA 3VYEA 1IZDA 4FL8A 1HEGE 2O4NA 4DJOA 2VNNA 1APUE 2AOIA 1UH8A 3HAWA 6UPJA 3I6OA 2J9KA 5AHCA 2BPVA 1CZIE 5P5OA 5P02A 1BIMA 4HZTA 2QNNA 3LZSA 3S2OA 1ER8E 1E81E 3KM4A 4Y3JA 2ZJMA 3HW1A 5P2HA 1XS7D 1A94A 5P5NA 5HDXA 4KE1A 3SACA 3B80A 5P0NA 4YDGA 5P29A 3LNKA 5P75A 4BFDA 5I3XA 3ZKMA 1EBZA 4YD5A 4CMSA 3EM3A 4I0HA 3S7LA 1FG8C 5P8OA 4YBFA 5P4CA 4M8YA 1YG9A 4RCFA 1VIJA 3RVIA 3DCKA 5P1AA 4ACUA 4GJBA 4QGIA 3ZMGA 5OZNA 5P0TA 5P5XA 1MT8A 2R5PA 5JFUA 1XN2A 5F01A 3ZPSA 1MT9A 2I4DA 3QI1A 4RYGA 3OTSA 2F3EA 5SY2A 3PHVA 2G1OA 1FFFC 5P1SA 3L3AA 1DW6C 5P7KA 1MPPA 5KQYA 5P4YA 5COKA 5P1QA 2QZKA 5KR2A 2P3BB 2O4PA 1IVPA 5P6NA 2QI0A 4YHQA 3T7QA 1HVCA 5P5BA 2R38A 2F3KA 2AZ8A 3OU4A 4DJXA 4MC1A 4WY6A 4DQCA 2V13A 4Y5CA 5KQZA 5P38A 3SLZA 1WKRA 2FLEA 1QS8A 4PEPA 1GNMA 1FQ6A 1W5WA 4ZLSA 5P8UA 5P3AA 1LYBA 1UPJA 3Q6YA 4DQBA 2PH6A 3VCMA 1FG6C 3MSKA 5P23A 5P5QA 5P7HA 5P43A 1EC3A 3NLSA 1E5OE 2AOGA 5P4RA 5P0SA 4TRZA 5OZLA 5P4TA 2AOCA 3JVWA 1K1TA 1W6HA 3KDCA 2WJOA 5OYRA 5HE5A 3BHEA 5OYTA 5P5YA 1HSHA 4K4QA 5P26A 2QI1A 1LZQA 5SXNA 5P1MA 1A9MA 1BXQA 3LIVA 3TLHA 1GNNA 5DR8A 5OZTA 5OZXA 2UPJA 3UQXA 3CKRA 3UDNA 1BDRA 5P82A 2F80A 5P5PA 5P5WA 2RENA 5P8MA 5P60A 2CEMA 2PWCA 5P7RA 5P3UA 1AXAA 4YD7A 3UPJA 5DGUA 3NSHA 3CICA 4A6BA 3PBZA 3H0BA 1ZPAA 4GJ6A 4Y56A 1EBWA 5JG1A 5P57A 3L58A 5KR8A 3ZOVA 3EMYA 1PSAA 2HB4A 4Y38A 2IKUA 4WTUA 3S45A 1HTRB 5P6EA 3NDWA 2JXRA 2ZJKA 4RRNA 4U7VA 5P06A 2HAHA 2WL0A 1PPLE 1F34A 2AVSA 4OBJA 3KF0A 5DQ4A 4L7JA 2XFIA 2IKOA 4Y54A 4DJUA 5EZXA 3OXXA 1QBTA 5P09A 5P36A 3OY4A 1SDUA 1TCWA 3EKVA 4D8CA 3DCRA 1K1UA 2BPZA 2I0DA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1E80 E;  4B00 A;  3KT2 A;  1MSN A;  3TOH A;  3NXN A;  5P1O A;  5P17 A;  5OZ1 A;  4NJV A;  1YTI A;  3KDB A;  5SY3 A;  2QI3 A;  5P1L A;  1NH0 A;  4I1C A;  3KA2 A;  3RTM A;  5OZV A;  1B6J A;  5P5L A;  5P5U A;  3QIH A;  5IVQ A;  4KB9 A;  4J17 A;  5P0L A;  3EM6 A;  4D85 A;  3UFL A;  5OZW A;  3VSW A;  4APE A;  3QS1 A;  5P47 A;  5IVR A;  1EC2 A;  1ZSF A;  3HD8 A;  3OAG A;  7UPJ A;  4R92 A;  5OYX A;  3VF5 A;  5OZ7 A;  3UTL A;  5T4S A;  5P2Z A;  2VA5 A;  1RL8 A;  4H3J A;  4DQH A;  2QI6 A;  4J0P A;  4HDF A;  4S1G A;  5P6Q A;  3URJ A;  4F75 A;  3INF A;  2ZHU A;  2ER0 E;  5P7L A;  4Z22 A;  4J1C A;  9HVP A;  1XL5 A;  3PVK A;  3M9F A;  5P0B A;  2QZX A;  3KMX A;  5OZ2 A;  2V11 C;  1IDB A;  3PI5 A;  4FAE A;  1FQ7 A;  4DQE A;  4Y50 A;  5P0D A;  4FE6 A;  1APW E;  2R43 A;  3RSV A;  3OQF A;  2PWR A;  2UY0 A;  3L5E A;  4AMT A;  3G70 A;  2QU3 A;  3NUJ A;  5P20 A;  5P6Y A;  5P3Z A;  2Q63 A;  4Y41 A;  2I4U A;  4IVS A;  2B60 A;  2VA7 A;  4I0G A;  1IZI A;  4I0F A;  3IVH A;  1RQ9 A;  5P3Q A;  5P1V A;  4ZIP A;  5OZ4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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