5P3NA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 176
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3nA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3nA01
4RVXA 5KR8A 5P02A 2APRA 1IZDA 3SKFA 2NXMA 4TRWA 5P7UA 5P6HA 2ANLA 2JE4A 1K1UA 5P1IA 4JP9A 1ZSRA 5JFPA 3ZKMA 5P76A 3GGUA 2G69A 5DQ2A 3NU3A 5P7KA 1EC2A 2JYSA 3RSVA 1IDAA 5P8DA 5HCTA 3I25A 5KOSA 1W6HA 5F00A 2WL0A 2ZHVA 3PI5A 3OQ7A 5HDVA 3LPJA 5P1HA 3BHEA 4RRNA 5P1PA 4I10A 2QCIA 3PWMA 3FSMA 1UH8A 4Y4GA 1LYWA 4FL8A 5P2LA 3PLDA 3Q70A 2PC0A 2QI3A 4F74A 1JLDA 5P1EA 3S56A 4Y5CA 3I6OA 4R93A 2WF0A 3CIDA 3GGVA 2F3EA 4PPHA 4HA5A 3MXDA 3S7MA 1MTBA 4YHQA 3ZPSA 1MRXA 1ZSFA 5P8NA 2Q64A 3Q4BA 1M0BA 1D4KA 4A4QA 2V00A 2WKZA 2ZE1A 1HRNA 3MXEA 3OU4A 5P3XA 4DJRA 2O4LA 3K4VC 4KUPA 4Y3PA 5P7OA 1SMRA 3VYDA 5P23A 2G26A 3INEA 4YD4A 2WECA 4Y6MA 5P2BA 3PMUA 5P7LA 1FF0C 3PSGA 4FSEA 4YOAA 3MSKA 3PJ6A 3KDDA 2VJ6A 3FIVA 3QPJA 5P4JA 4QJ8A 2B60A 5P41A 3LZUA 2I1AA 1B11A 3UFLA 1ME6A 4H3FA 5P5CA 1PROA 5P58A 5P2SA 1ODXA 3PSUA 4I0ZA 3S45A 1PSNA 1LYBA 3QIHA 5HTZA 5DR3A 3OAGB 3K5CA 3O9DA 5P26A 5P6JA 5P7MA 2G22A 4H3JA 4CPXA 5P6BA 5P1AA 4DJYA 3JW2A 1E80E 2QNPA 3WZ7A 3GI5A 4OBZB 4Y3RA 3EL0A 1IZEA 4K4QA 5P8HA 5P4KA 5P24A 3OUDB 3LIVA 4TRYA 2P3DA 1K1TA 3VV6A 3PCWA 1APWE 5OYTA 3KFSA 3S43A 3S2OA 1MT9A 5P2TA 2VIYA 3OTYA 3PWRA 4Y5AA 1B6JA 5P65A 3F9QA 5P3PA 5P59A 2EWYA 4Y3DA 2IL2A 5P6QA 5P4AA 4DV9A 6UPJA 3UHLA 4LL3A 2QMPA 5P5AA 3EXOA 4FIVA 4I1CA 3PBZA 3N4LA 2PSUA 3LIZA 2BPVA 5P17A 5P7JA 3NDUA 3NR6A 4KE1A 4X2LA 5IS4A 4B1EA 2NPHA 2BPZA 4Y3LA 2QHCA 2OAHA 2P3BB 5P4NA 4U8WA 3TLHA 4YD7A 1DMPA 1LYWB 1HTFA 5P51A 5P3SA 4DPFA 3NWXA 1HXBA 4L7GA 5ISKA 4GJ5A 4TVGA 5P15A 3QRVA 5KR0A 3SA6A 2G1NA 4MC6A 5P6GA 1C70A 3FX5A 5P6XA 2V12C 1AAQA 1BAIA 5P7FA 5P1VA 4PYVA 5P4SA 5P6EA 5COKA 4ZSPA 1RL8A 4RGHA 2PH6A 2QNQA 2O4PA 4L7HA 4DJPA 3OU4B 4HDPA 4OD9A 5P7AA 5P4UA 1META 1APUE 5OYZA 3O9FA 5P0HA 1E81E 5P0SA 4J17A 3VEUA 2HC0A 3QBFA 4DVFA 1XE5A 2AOHA 1MPPA 5P5IA 2AVMA 1FMBA 5P30A 3OK9A 3OGQA 5P82A 5KQFA 5OZWA 2OHLA 5P18A 4Y4JA 2OF0A 5FIVA 1YG9A 4J0TA 3LNKA 4EQ0A 5P0EA 2AVQA 2ZJKA 4Y4DA 4Z4XA 1FQ6A 1BWBA 4GJDA 5P1GA 1C6XA 4RVIA 1EBKC 5P6CA 5P7BA 4H3IA 1A9MA 4NJSA 3LHGA 1K2CA 5P84A 1T7JA 2QZKA 3UCBA 5P4DA 3L5DA 5P1CA 2OHPA 2RSPA 5P71A 5P83A 4I0GA 5P1YA 2AZBA 3KM4A 1LS5A 2ER9E 5P8UA 4NJUA 4PZXA 2WJOA 2OHQA 5ENMA 3OOTA 4GJ8A 2ZJMA 5AHAA 5OZVA 3S43B 4QJ9A 1ZAPA 3EKYA 4ER4E 2P83A 2Z4OA 3L5EA 3NU4A 1EC3A 3UDKA 5P2WA 5ER2E 3OQFA 2PK5A 1D4JA 4JECA 3DK1A 4XKXA 5OZ6A 2AVSA 2A4FA 1HIIA 1A94A 5OZUA 5P42A 5P8KA 4IVTA 5KQYA 3BXRA 2ZHUA 2P8HA 1SP5A 5P56A 3N3IA 2BPWA 3I8WA 4GJBA 2IEOA 4FM6A 5DGUA 3ZKGA 2QZLA 3EKPA 4DQEA 2FGUA 4NJTA 4J1FA 5P0KA 1PPKE 5P4HA 3NLSA 4Y3WA 5COOA 2FDPA 5P7CA 3TKWA 5P19A 4Y4ZA 1UH7A 1KJ7A 5P48A 3HD8A 2CENA 5P8OA 2O40A 4I11A 2ZJJA 5P2ZA 3PEPA 2AVVA 3OQKA 1KJ4A 5P6VA 3LIXA 1MUIA 5SY3A 4RLDA 3HBOA 5P3RA 5P8PA 4J1CA 1W5XA 4ZPGA 1YTHA 5HVPA 3WZ6A 2F3FA 3OTSA 3KF0A 3CMSA 4Y5EA 3SAAA 5IVRA 3S53A 5P33A 4BFBA 5P3UA 4HDBA 5P32A 3T7PA 5OZ7A 5I3WA 5OZ3A 4AZYA 5OYSA 3FKTA 4Y51A 4I8ZA 5P7SA 4OD9B 2Z54A 4ZPFA 1W5YA 1HTRB 3D20A 5P4PA 5P85A 4Y48A 2QU2A 2WF1A 3O9LA 3FNSA 5P1OA 3FNTA 3KT2A 1OEWA 3EKXA 5P4XA 4DQHA 5P0QA 2QHZA 5P64A 5P5TA 5P4IA 5P2IA 1BILA 4F76A 3R2FA 3NUJA 3QROA 2J9JA 4L1AA 1T7IA 2PSGA 1IBQA 2I4DA 1GKTA 2NTRA 5P77A 4QJ7A 3BVAA 5P8MA 4Q1YA 1WBKA 5P67A 4PZWA 5P04A 5P0UA 4LXAA 5P3TA 1XL5A 2R5PA 4HZTA 2FNSA 4R91A 1HTEA 2R8NA 5P0IA 1LF4A 3QRSA 3PHVA 5P6TA 5P8FA 1HEFE 5AH8A 3SQFA 2AZCA 1GVTA 4JPEA 5P5EA 5I3XA 5P2XA 2WF4A 1LYAB 3KMYA 4I0EA 5P2DA 5AHBA 3OQAA 3O9BA 1YTJA 3K5DA 5OZGA 5P5YA 3OU1A 2OHKA 1G2KA 2I4UA 3IN4A 5P7YA 3HDKA 1TSUA 3CIBA 3VYFA 3L5CA 4YD6A 4ACUA 5P2CA 5P2EA 1HXWA 3R1GB 4MC9A 4AA8A 5OZZA 1APTE 2FXDA 1VIKA 2WEDA 4NJVA 3UQRA 2G1YA 5ISJA 3D91A 4PHVA 3NU6A 5P0TA 5P0WA 4Y5PA 3SFCA 4GIDA 1NPAA 3PBDA 1D4IA 3T11A 2AQUA 5E5KA 1LV1A 4XXSA 5P3YA 2HS1A 5P3CA 4D88A 3ECGA 5P2VA 1AIDA 2V11C 2Q5KA 5COPA 5P27A 5P1DA 4J5JA 5P66A 2QNNA 5DR0A 1QBSA 2UXZA 5P07A 4X7IA 4ER1E 1SH9A 5P1FA 2P3BA 3D1XA 4Y4BA 4EQJA 4Y4WA 3DCKA 5P00A 1QBUA 4Y54A 3GGAA 4DJXA 2B8LA 2ASIA 2QP8A 2QHYA 1FFIC 5C9FA 5P6MA 5JODA 5C9BA 1U8GA 3CYWA 5T4SA 3UDQA 4Y47A 5P4QA 5P5LA 5HU0A 2QZXA 3IAWA 5P2UA 2PK6A 4GZFA 1Z1HA 5P0RA 5P28A 4ZSRA 4KE0A 3ZPUA 2QD6A 1M43A 4Y4EA 3T6IA 4DFGA 5AH9A 2VJ9A 3INHA 3G70A 4Q1WA 5P7ZA 5P1KA 1HVLA 4L7JA 5P3JA 2AOGA 3VG1A 4H3GA 4YE3A 5OZ1A 4D8CA 3O9LB 1HOSA 2A1EA 4Y53A 4Y3NA 4OBGA 3S7LA 5P3WA 1XN3A 2MIPA 2QD7A 2WEZA 5DPZA 3URLA 4Y5KA 2FNTA 1FQ5A 3HAWA 4OBKA 3VF7A 3NDXA 4HLAA 3IXJA 3NYGA 3L59A 1SDVA 5P2YA 2J9JB 4L1AB 3DV1A 5IE1A 1KJHA 5P8AA 4Y38A 2QMFA 4HE9A 2QI4A 3SA5A 1HSHA 1BXQA 5P1BA 5P34A 4Y5GA 3SM1A 3TPLA 5P6SA 4B05A 1SMEA 4H1EA 5OYRA 5P50A 1FLHA 4FGXA 5P5FA 3NXEA 5P47A 8HVPA 3PM4A 3UDRA 4XX4A 2ER6E 5PEPA 3Q5HA 3SA4A 3KFNA 2P3CA 2IKUA 5P87A 4FSLA 3QN8A 4RCFA 5P7DA 3SA8A 3SACA 5P4WA 7HVPA 1FIVA 4MC2A 4GB2A 1HSGA 1FFFC 5HE5A 1IZHA 3OU1B 1HSIA 4FE6A 1HPXA 2ZGAA 4DJUA 4DQFA 5HDZA 3WB4A 5P1UA 3EL1A 5P0PA 5OZ5A 1EPOE 4K4RA 4I0HA 1EEDP 4NKKA 4A6CA 1MTRA 4D89A 5P38A 5P05A 3D1ZA 5OZIA 4QJ6A 5P2QA 2HS2A 1BWAA 3UDJA 1G6LA 1T6GA 5DQCA 1Z8CA 4Q1XA 5P0NA 3PRSA 4CKUA 2IDWA 5P5VA 2PWCA 3SABA 1HEGE 3K5GA 5P6OA 3T7QA 1ZBGA 4XX3A 5P8CA 2VA7A 3R4BA 2P4JA 3IA9A 3VLAA 3LPKA 2IGXA 1B6MA 1AM5A 3EL4A 5P2NA 4FM8A 5P4FA 3TPJA 4RZ1A 1XL2A 5OYXA 4GJ7A 3WB5A 2FIVA 1TQFA 3TPPA 1EPLE 3UPJA 3GI0A 1EPNE 3SKGA 3TOGA 3CICA 4DUSA 1HPSA 4K8SA 4E43A 2XFKA 3VF5A 5P7XA 1KJGA 3IGBA 1CMSA 4DQCA 4Z50A 1DIFA 4COEA 4ZLSA 5OZDA 5P0JA 5SXNA 5P54A 3CKRA 3LINA 2XYEA 3ST5A 1HTGA 3KDBA 4B00A 4B77A 5P8JA 4JPCA 1HWRA 5P0OA 5P0XA 2I0DA 3BUHA 2RKFA 3O9GA 5P4CA 4Y36A 1VIJA 2NMYA 4J55A 5OZFA 5P68A 4CMSA 3RTHA 1T6EX 3DCRA 3NU5A 4Y3SA 3EM4A 5P25A 4Y57A 5AH6A 5P1QA 5P53A 1EAGA 1MT8A 3GW5A 1GNOA 1WKRA 2ZHTA 1IDBA 1BDQA 3H0BA 2NR6A 3IN3A 1B6KA 4Y39A 1W6IA 1SDUA 1GVUA 4Y5MA 1IVQA 4Y35A 3D3TA 4EPJA 2R9BA 4IVSA 5B18A 4U7VA 5F01A 1BV7A 2ZJLA 3HVGA 4B1CA 4I8WA 4FAEA 4QJAA 2ZJIA 3BGBA 1D4LA 4YCYA 3KDCA 4A6BA 3URIA 4Y9WA 3L58A 4Y44A 4D83A 4FAFA 1YX9A 5HU1A 4D85A 3IXKA 4CPUA 4APEA 1D4HA 1LZQA 2AODA 2I4XA 4LHHA 4OBFA 5P2MA 2XYFA 3EBZA 1FGCC 5P57A 3HVPA 3UDHA 1XN2A 4OBDA 5P1NA 2BQVA 5P7NA 5P5ZA 5P0BA 3U6AA 3OHFA 1LYAA 1W5WA 1HIVA 5P55A 4B72A 5AH7A 1Z1RA 2WEAA 3C9XA 2AVOA 3PSYA 1D4YA 4Y3TA 4F75A 5ER1E 3INDA 2HB2A 4FRJA 4EHCA 4MC1A 4B78A 4GJ9A 3JVYA 4I0DA 1A8GA 3M9FA 5OYWA 4APRE 1F7AA 6APRE 1YTGA 2O4NA 5P4LA 2B42A 4GJCA 4UPJA 4FCOA 1CPIA 1ODYA 4Y3XA 5P44A 3ZLQA 2HIZA 1EC1A 4J0ZA 2ZHRA 1XS7D 5P8BA 5EZXA 3OOZA 3OU3A 4RYGA 2NXDA 5I3YA 1BV9A 4FM7A 4OC6A 5P5MA 2ER7E 5P3MA 5OZBA 1DPJA 5P6LA 5P4YA 3EKWA 2AOFA 2O4KA 3Q6YA 1AVFA 4KB9A 5P5KA 5CONA 5P2RA 3EC0A 4B0QA 2FGVA 4TVHA 2I4VA 1PPLE 2PMAA 4S1GA 4AUCA 1W5VA 3DM6A 4FLGA 3VV7A 1FEJC 1B5FB 5EZZA 3TKGA 2ZJNA 5P89A 1PSOE 2WHHA 3NU9A 5P36A 5P5WA 5P5NA 2V0ZC 2IGYA 3VF3A 5OZ8A 1EPQE 3ER3E 5P63A 5P73A 1N49A 2V13A 5I70A 1J71A 4CPSA 4YDFA 2Q55A 3O9HA 5P0CA 2QI7A 3S54A 4ZPEA 3B7VA 3PGIA 2QAKA 2I4QA 5IVQA 4Z22A 5P2GA 3L3AA 3D1YA 3QVIA 5P5PA 2OHUA 4Y3HA 4Y37A 1G0VA 3EM3A 3BGCA 2VJ7A 4K9HA 2QI1A 1RNEA 5P81A 4RRSA 3VCMA 1GVVA 4J1IA 3UFNA 5P3HA 3KFRA 1Q9PA 2PSVA 1LEEA 5BRYA 1KZKA 2HB3A 2NMZA 2AOIA 5P5RA 1ZPKA 5P7TA 4LXMA 4Q1NA 5OZCA 5OZQA 5P3IA 2VA5A 2VIZA 1YT9A 1BDRA 3ZKSA 1FQ8A 1QS8A 4EYRA 5OZ2A 4J54A 1ZJ7A 3EKQA 5DR1A 1GNMA 1ZP8A 3IVHA 3OGPA 3UF3A 4Y4TA 5P52A 2HM1A 3ZL7A 5P06A 3H5BA 4Y5BA 1ZTZA 3VFBA 5P3FA 3QAAA 5P5QA 4Y5LA 3CKTA 1MEUA 4JOOA 1ODWA 2VNMA 5P3QA 2VIEA 3L5FA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RVX A;  5KR8 A;  5P02 A;  2APR A;  1IZD A;  3SKF A;  2NXM A;  4TRW A;  5P7U A;  5P6H A;  2ANL A;  2JE4 A;  1K1U A;  5P1I A;  4JP9 A;  1ZSR A;  5JFP A;  3ZKM A;  5P76 A;  3GGU A;  2G69 A;  5DQ2 A;  3NU3 A;  5P7K A;  1EC2 A;  2JYS A;  3RSV A;  1IDA A;  5P8D A;  5HCT A;  3I25 A;  5KOS A;  1W6H A;  5F00 A;  2WL0 A;  2ZHV A;  3PI5 A;  3OQ7 A;  5HDV A;  3LPJ A;  5P1H A;  3BHE A;  4RRN A;  5P1P A;  4I10 A;  2QCI A;  3PWM A;  3FSM A;  1UH8 A;  4Y4G A;  1LYW A;  4FL8 A;  5P2L A;  3PLD A;  3Q70 A;  2PC0 A;  2QI3 A;  4F74 A;  1JLD A;  5P1E A;  3S56 A;  4Y5C A;  3I6O A;  4R93 A;  2WF0 A;  3CID A;  3GGV A;  2F3E A;  4PPH A;  4HA5 A;  3MXD A;  3S7M A;  1MTB A;  4YHQ A;  3ZPS A;  1MRX A;  1ZSF A;  5P8N A;  2Q64 A;  3Q4B A;  1M0B A;  1D4K A;  4A4Q A;  2V00 A;  2WKZ A;  2ZE1 A;  1HRN A;  3MXE A;  3OU4 A;  5P3X A;  4DJR A;  2O4L A;  3K4V C;  4KUP A;  4Y3P A;  5P7O A;  1SMR A;  3VYD A;  5P23 A;  2G26 A;  3INE A;  4YD4 A;  2WEC A;  4Y6M A;  5P2B A;  3PMU A;  5P7L A;  1FF0 C;  3PSG A;  4FSE A;  4YOA A;  3MSK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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