5P3OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 177
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3oA01
5P3HA 3NU6A 5P0KA 3CMSA 2I4XA 5OZRA 1OHRA 5BWYA 4PPHA 2OHNA 3ZKNA 2V11C 2PSUA 4MC1A 2OHTA 5P1UA 5I3XA 4D89A 1AIDA 4LBTA 1FMXA 1RNEA 2F3EA 2G1YA 4FSLA 2QI4A 3NXEA 5P60A 5P8OA 2QZWA 2ZYEA 2APRA 5P06A 5P7IA 5OYYA 4RVXA 2ZJMA 5P5GA 4I8ZA 5P7AA 2IENA 5P3RA 2BJUA 4LXAA 3K4VA 4M8XA 3I7EA 3A2OA 3UHLA 5P2XA 2G24A 5DQ2A 4DQCA 1MVPA 1T7IA 4WTUA 3KMXA 3CIDA 3QN8A 2IKUA 2WHHA 3VF7A 3NSHA 2CEJA 3UFLA 1G35A 5P7YA 5P5UA 1HSIA 3KT2A 2QNQA 1N49A 5COPA 5OZQA 3KMYA 1HVRA 2PH6A 3UDPA 4FRIA 1WBMA 3IAWA 2ER6E 4B70A 5P4ZA 4EWOA 3TKWA 3LPKA 4AMTA 4OBHA 3OTSA 1EC1A 2AOGA 3IN3A 3BXSA 5P57A 1B11A 5J25A 5P4SA 2NXDA 3PCWA 3RTNA 5P8IA 5P5OA 3BUFA 2QMDA 3UDKA 5P4EA 5EZZA 3CKPA 5P7UA 1D4JA 5P3ZA 1ZPAA 4FIVA 1HWRA 4D85A 1IZHA 1KJ7A 1XL5A 5KQXA 3LIVA 5P4GA 2B7ZA 3UDRA 5P03A 5P0WA 3S8IA 4KE0A 2OAHA 3R4BA 1IVPA 3EL4A 5P0XA 3O9EA 3SM2A 5P3IA 2FIVA 4ER1E 1LEEA 1YTHA 3RSVA 3NYGA 3OXWA 1DAZC 1XN3A 5P4YA 3DV1A 5P02A 5P59A 2AZ9A 5P1ZA 2P3CA 4HZTA 3KA2A 5P6WA 3FKTA 1FMBA 3KN0A 3PLDA 1G2KA 4DJQA 5C9DA 5P8QA 3QI1A 4LHHA 1NSOA 5HE7A 5P5EA 5P8MA 2UPJA 1AJXA 5P11A 4J5JA 4OBKA 2Q64A 4Y39A 5P8JA 3K5CA 3AUPA 5P4PA 3LITA 5P6XA 4R8YA 3OQ7A 1RL8A 1HXWA 1B6KA 3O9LB 4DQFA 3LNKA 4XXSA 4BFBA 4GJ8A 3OU4A 3O9BA 2V13A 3D1ZA 5P41A 3RSXA 2HM1A 1LF4A 2OHLA 1YTGA 2IQGA 4Y3TA 1IIQA 4HDFA 1E80E 4CPWA 5F00A 2B7FA 2PQZA 4ER4E 5P6UA 1HEGE 4RGHA 1BXQA 3VYFA 5P4UA 1MSMA 1RV7A 2PH8A 4OD9B 2FGVA 6FIVA 1TZSA 2VA5A 5P28A 1EBZA 1YTJA 4K4RA 4TVHA 3SKFA 1XDHA 1FFIC 2NNPA 1NH0A 2BPZA 4GJCA 1FIVA 3R0WA 4FAFA 4YBIA 2R3WA 4WY6A 5OZYA 4FM7A 5P2LA 2BPYA 4E43A 1ZJ7A 5P4QA 4B1DA 3MWSA 3INFA 5P0JA 5P5VA 1GVXA 3L59A 4GIDA 4QJAA 3PHVA 4YD5A 4K8SA 4A6CA 5P6LA 5P8CA 2VKMA 4Y58A 5P0IA 5DQ5A 5P51A 2FGUA 2Q63A 2V16C 3OWNA 3TH9A 3O9GA 4GJ6A 3BUGA 4L7GA 1G6LA 1MRXA 6UPJA 4I0HA 5P5ZA 3ZOVA 3OGPA 3UDYA 4Y3NA 5OZXA 2IKOA 5P1OA 3ZPTA 2P4JA 4B1CA 5JODA 3D3TA 4UPJA 5P1YA 3VG1A 1E81E 3L5FA 4EJLA 5OZPA 1HVKA 5P5XA 5P2HA 1K1UA 1BBSA 3O9DA 3QBHA 2R38A 1F7AA 4FE6A 1AAQA 1XL2A 4YD3A 5P4NA 3VV7A 5SXNA 5P3VA 3M9FA 2XFJA 3UQPA 3JVWA 1LZQA 4ZSRA 1W51A 4ACXA 5HDUA 5P1AA 2HB4A 2IGXA 4PEPA 2J9JB 3UDMA 5OZIA 3H5BA 3GGAA 2QCIA 2NR6A 1B6PA 3KF0A 4Y4EA 3VF5A 3KFRA 4JECA 5P65A 5P2WA 5P67A 4EPJA 5P4WA 2OHUA 5OZTA 3PSYA 3TKGA 2EWYA 5P32A 4CPUA 5OZLA 5P1KA 5P4HA 2ZJNA 3UDHA 1HPSA 4Y51A 3SLZA 3CKTA 4JOOA 4CP7A 3VFBA 5P30A 5CLMA 3FV3A 2RENA 2H6TA 2AOCA 3SA5A 5OYWA 4Z4XA 1LV1A 1AZ5A 1HPXA 3ER3E 2QI1A 3PBDA 3TL9A 2Q15A 2RKFA 4ZPGA 2ZHSA 5P1DA 3LPJA 1OEXA 4H3GA 5P3UA 5P6QA 1CZIE 5P1HA 1LF2A 2AODA 5PEPA 4B1EA 4EP3A 5P73A 4Y3XA 4Y3YA 5P0RA 5P38A 5HDVA 1SIVA 5P5WA 2NXLA 5P7TA 5P36A 5HU0A 4LXKA 3DCKA 3HZCA 5UPJA 5P3XA 5B18A 5P1QA 5JFPA 3I25A 1GNMA 1FQ5A 1KJFA 5P4AA 5HTZA 5P22A 4DJOA 4Y4JA 5P1IA 4DQBA 3Q3TA 4EYRA 4Y5BA 1YTIA 2AOIA 4OBFA 3U7SA 1QDMA 4R5NA 2ZE1A 2G20A 4Y56A 5P4VA 5P88A 1K1TA 2AQUA 1HTFA 5P3PA 4QJ6A 1TW7A 4J0YA 4B77A 3EM4A 3H0BA 3OQAA 1BWAA 1FQ7A 2IGYA 2O4SA 5P4RA 3GGXA 3T7PA 1EPME 5P1PA 4N00A 5P0UA 1WBKA 2PMAA 5P8HA 1PROA 2OHPA 3NWQA 1RPIA 2AVQA 5DQCA 5P1RA 1GNNA 5P68A 2AOEA 1DP5A 5OYRA 2G21A 4MC9A 3KYRA 1PFZA 1CPIA 2Q11A 2XFKA 5P27A 4F73A 5KOQA 2VJ9A 3OU1A 3BHEA 2P3DA 1ODXA 1MUIA 4HVPA 4A4QA 5P4FA 2AZ8A 4J17A 5P26A 5HE5A 5OZFA 2QAKA 2BQVA 4RVIA 3S7LA 4KUPA 3I6OA 4I10A 4OC6B 2FLEA 5P6OA 3FNTA 4RLDA 4HLAA 5OZBA 5DPZA 5P7PA 4GJDA 4U8WA 2PSGA 4Y4ZA 4AUCA 5P18A 4AA8A 4R93A 2QZXA 5P8KA 4OBGA 4Y5KA 4COEA 4K4PA 9HVPA 5F01A 5OZHA 1UH7A 3DK1A 1Z8CA 5OZZA 4LL3A 2VS2A 5P09A 4FRSA 2I1AA 3KM4A 4Z50A 3LZSA 1K2BA 5P3OA 4Y3DA 3OTYA 5E5KA 3TTPA 1D4YA 5P00A 2Q54A 3EL1A 1TCXA 3PWMA 1DPJA 2VIJA 1LYAB 5P7FA 4YHQA 2O4PA 5OZDA 5BRYA 4KE1A 1EPLE 5P29A 4NJVA 4R92A 5P3QA 3OQFA 3G70A 3K1WA 4HA5A 4B72A 5P5JA 4DQHA 5P2MA 4YDGA 4Y4BA 5ER1E 4FM6A 5P6MA 4YBFA 5P66A 5OYVA 5P6KA 3NDWA 4Y3WA 5P0QA 5P75A 5P2DA 4NPUA 3VUCA 5P5AA 3LZUA 2ANLA 3VYEA 1HVIA 1B5FB 2G22A 3RTMA 3URJA 2H6SA 5P4KA 3D1XA 3VEUA 2Q3KA 5P3TA 5P2JA 5P7BA 4CPXA 4ZSPA 4TRYA 5P8BA 1DW6C 4Y3FA 5P0CA 2JE4A 2NTRA 1AM5A 1APUE 5SZ9A 4DJRA 1M43A 5P23A 1HPVA 5P3NA 4J1HA 4NJSA 4Y47A 4Y53A 3K4VC 3PM4A 2P83A 5P4LA 4I8WA 5P3FA 5OZ7A 5P35A 5P14A 1A8KA 2QI0A 7HVPA 3FNSA 4RVJA 3S43B 1ER8E 5P1SA 4Y54A 3L58A 1YM4A 4CPQA 1K6CA 3PCZA 3PSGA 2PWRA 3PRSA 5P6FA 4OD9A 5P0BA 4ZPEA 3DOXA 3PJ6A 2OHQA 3IVHA 1CMSA 5P2GA 2O4KA 5P6DA 8HVPA 4FAEA 1KJHA 5KOSA 5P55A 2O4LA 2UXZA 4GJ5A 3PBZA 4YCYA 3VSXA 5P07A 5P8FA 5P1TA 4DJUA 4DVFA 5P1NA 3ZMGA 5P72A 5IVSA 4JPCA 4L1AB 5C9BA 3Q6YA 4J0PA 2AVVA 3GW5A 3LHGA 5P1LA 3SA6A 5P2AA 3SA3A 3QRVA 5P5SA 1Q9PA 1TSQA 1MRWA 2NMYA 5P2ZA 4ER2E 3OAGA 2ER9E 1Z1HA 2IDWA 4YCKA 1BAIA 5P1VA 1EC3A 5P81A 5IS4A 2QD8A 5AHCA 5P42A 2BB9A 2OHRA 2F3FA 3OHFA 5P0NA 4TRZA 3LPIA 4R95A 2R5QA 2J9KA 3BGBA 3EL5A 1QBSA 5OZ4A 3PMUA 5P46A 4GZFA 3S54A 1ODWA 3IXOA 4H3IA 3DM6A 3UPJA 4CKUA 5P01A 1EBWA 1FEJC 3OXXA 5P3JA 5P5PA 5P8NA 1HSHA 1QBUA 3HDKA 3QAAA 2AOFA 5P2RA 3KDDA 2HC0A 1M4HA 3SKGA 4Y41A 4DJVA 1APTE 3SPKA 3B7VA 3S2OA 4MC2A 2VJ6A 4GMIA 5P8EA 4QJ7A 1W5WA 4BELA 5OZ2A 4FCOA 5OZOA 2G26A 2XYFA 2P3AA 1W5VA 2QI6A 4GYEA 3VLBA 4RRSA 3EL9A 5P39A 2O40A 1JLDA 1FQ8A 3APPA 3PI5A 3VV8A 4ZLSA 4Y36A 5P43A 3D91A 5HCTA 5OZ5A 3ZKIA 3BGCA 4A6BA 4Y5EA 2P8HA 2VNNA 2ZGAA 3N3IA 3RU1A 1AJVA 2B8LA 2XYEA 5P76A 1HTGA 5AH8A 3I2LA 1A94A 3MXDA 5P8DA 3NDXA 2ZJIA 4J0ZA 5KAOA 5P17A 3LIQA 5DR8A 5SY3A 5DR4A 4I0IA 3OUBA 1MESA 3EKXA 2VA6A 3OADB 4Y5GA 1YM2A 3EMYA 4YD6A 4ZPFA 4Y5NA 1BDRA 5P0TA 2WEAA 5P45A 5P63A 3U71A 3BRAA 4EJKA 3EL0A 3UQWA 1HOSA 5P0FA 1BV9A 1HXBA 4Y3MA 4H3JA 5KR1A 4B00A 1FF0C 4D88A 2G27A 4ZE6A 2OF0A 2FNSA 3TNEA 1HVCA 3AIDA 3SAAA 1FQ4A 3ZKQA 5EZXA 3NU3A 4FLGA 3ZKMA 3TPLA 2JXRA 4H1EA 1FKNA 4Y3SA 4RCFA 5IE1A 3WB4A 1SH9A 2R5PA 5P49A 1LYBA 2G1SA 4PZXA 4OBZB 3L38A 1VIKA 5P37A 1QBTA 1AVFA 1GVUA 3EKYA 3HD8A 5P25A 2F80A 2OHSA 5P8UA 2P3BA 5P61A 4RYCA 5I3VA 5AGZA 2FNTA 2ZHTA 2FDEA 3CYXA 5P4MA 4PHVA 3WZ8A 3IA9A 3LIYA 4QJ8A 5P4XA 4I12A 4DJYA 2BKSA 5P0OA 2SAMA 5OZ1A 5OYSA 2I4UA 5P1CA 2ZHRA 3UF3A 3HAWA 5OZMA 1PPKE 1A9MA 4FM8A 3K5FA 5P50A 3FX5A 5P33A 1MT9A 4Y45A 4YCTA 5P48A 1ZSFA 5P7JA 1ZBGA 4OC6A 2QMFA 3URIA 5OZAA 1KJGA 1MPPA 4DJXA 3NWXA 4Z2ZA 5P7ZA 1HVLA 5P8AA 2FS4A 1OEWA 1MEUA 5P5QA 2V10C 2QI3A 3I8WA 5OYXA 3INHA 4Y9WA 1XN2A 2WJOA 1SDUA 2AOJA 5P7MA 3CIBA 2VIZA 4TRWA 2PYNA 3OU4B 4JP9A 5P4IA 4AZYA 5P0VA 5P5MA 5T4SA 3OUDA 4OBDA 2ZDZA 4B05A 5P2VA 1BIMA 3OK9A 5P24A 2VIYA 3WB5A 1SGUA 2QHCA 3BUHA 1W5XA 5P7XA 2HIZA 2AVMA 2IRZA 5P2FA 4U7VA 2PC0A 2UY0A 4YD4A 3CICA 5P3WA 1T3RA 4I0JA 4DJPA 5P3DA 3LINA 4F75A 2QHZA 1BV7A 2F81A 3GGUA 1IVQA 2I4QA 2HPEA 5P7CA 4Y3EA 2VJ7A 5P5HA 1FG8C 3QRMA 5DR1A 3KFNA 5AHAA 3KT5A 5P05A 5KQFA 3BXRA 4GJAA 1PPME 3TPJA 3LIXA 2PSVA 3PGIA 4NJUA 1EBKC 4FRJA 1HIVA 2FDPA 5P70A 3DCRA 3VLAA 3VYDA 2AVSA 5OZ6A 2V0ZC 2HPFA 5P2KA 6APRE 1MTBA 3N4LA 2NPHA 5P6ZA 1NPWA 4NJTA 1MERA 3SA9A 4FRKA 3NUJA 5AHBA 3ZL7A 3QRSA 4KB9A 4Q1NA 5P6TA 2B60A 2BKTA 3PMYA 4QJ2A 1Z1RA 5OZNA 5P5NA 3S43A 3T6IA 4FS4A 2PK6A 1IBQA 1W6HA 5JG1A 3TLHA 3O9AA 2NNKA 4RRNA 5OZWA 5P3MA 5KR2A 3NDUA 5P5RA 1K2CA 1EEDP 5P7HA 4Y35A 4XX4A 1PSOE 2R9BA 5KQYA 5P3EA 2ER7E 2F8GA 2V12C 1MTRA 3EKQA 5IVRA 3ZKGA 4F74A 2HS2A 3HAUA 1K6TA 5P5KA 1EPPE 3EM6A 5P0ZA 3GI6A 5P7DA 2A4FA 1QS8A 5OYQA 4DPFA 3O9HA 2ZHVA 1ZPKA 4I0ZA 3S85A 2WEBA 5P34A 3VCMA 1UPJA 2QNNA 4F76A 2WEZA 2QNPA 2B42A 4DV9A 5IVQA 3O99A 5P0DA 5COKA 2NMZA 4Q1YA 3PVKA 5P0LA 5AH6A 4YOBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P3H A;  3NU6 A;  5P0K A;  3CMS A;  2I4X A;  5OZR A;  1OHR A;  5BWY A;  4PPH A;  2OHN A;  3ZKN A;  2V11 C;  2PSU A;  4MC1 A;  2OHT A;  5P1U A;  5I3X A;  4D89 A;  1AID A;  4LBT A;  1FMX A;  1RNE A;  2F3E A;  2G1Y A;  4FSL A;  2QI4 A;  3NXE A;  5P60 A;  5P8O A;  2QZW A;  2ZYE A;  2APR A;  5P06 A;  5P7I A;  5OYY A;  4RVX A;  2ZJM A;  5P5G A;  4I8Z A;  5P7A A;  2IEN A;  5P3R A;  2BJU A;  4LXA A;  3K4V A;  4M8X A;  3I7E A;  3A2O A;  3UHL A;  5P2X A;  2G24 A;  5DQ2 A;  4DQC A;  1MVP A;  1T7I A;  4WTU A;  3KMX A;  3CID A;  3QN8 A;  2IKU A;  2WHH A;  3VF7 A;  3NSH A;  2CEJ A;  3UFL A;  1G35 A;  5P7Y A;  5P5U A;  1HSI A;  3KT2 A;  2QNQ A;  1N49 A;  5COP A;  5OZQ A;  3KMY A;  1HVR A;  2PH6 A;  3UDP A;  4FRI A;  1WBM A;  3IAW A;  2ER6 E;  4B70 A;  5P4Z A;  4EWO A;  3TKW A;  3LPK A;  4AMT A;  4OBH A;  3OTS A;  1EC1 A;  2AOG A;  3IN3 A;  3BXS A;  5P57 A;  1B11 A;  5J25 A;  5P4S A;  2NXD A;  3PCW A;  3RTN A;  5P8I A;  5P5O A;  3BUF A;  2QMD A;  3UDK A;  5P4E A;  5EZZ A;  3CKP A;  5P7U A;  1D4J A;  5P3Z A;  1ZPA A;  4FIV A;  1HWR A;  4D85 A;  1IZH A;  1KJ7 A;  1XL5 A;  5KQX A;  3LIV A;  5P4G A;  2B7Z A;  3UDR A;  5P03 A;  5P0W A;  3S8I A;  4KE0 A;  2OAH A;  3R4B A;  1IVP A;  3EL4 A;  5P0X A;  3O9E A;  3SM2 A;  5P3I A;  2FIV A;  4ER1 E;  1LEE A;  1YTH A;  3RSV A;  3NYG A;  3OXW A;  1DAZ C;  1XN3 A;  5P4Y A;  3DV1 A;  5P02 A;  5P59 A;  2AZ9 A;  5P1Z A;  2P3C A;  4HZT A;  3KA2 A;  5P6W A;  3FKT A;  1FMB A;  3KN0 A;  3PLD A;  1G2K A;  4DJQ A;  5C9D A;  5P8Q A;  3QI1 A;  4LHH A;  1NSO A;  5HE7 A;  5P5E A;  5P8M A;  2UPJ A;  1AJX A;  5P11 A;  4J5J A;  4OBK A;  2Q64 A;  4Y39 A;  5P8J A;  3K5C A;  3AUP A;  5P4P A;  3LIT A;  5P6X A;  4R8Y A;  3OQ7 A;  1RL8 A;  1HXW A;  1B6K A;  3O9L B;  4DQF A;  3LNK A;  4XXS A;  4BFB A;  4GJ8 A;  3OU4 A;  3O9B A;  2V13 A;  3D1Z A;  5P41 A;  3RSX A;  2HM1 A;  1LF4 A;  2OHL A;  1YTG A;  2IQG A;  4Y3T A;  1IIQ A;  4HDF A;  1E80 E;  4CPW A;  5F00 A;  2B7F A;  2PQZ A;  4ER4 E;  5P6U A;  1HEG E;  4RGH A;  1BXQ A;  3VYF A;  5P4U A;  1MSM A;  1RV7 A;  2PH8 A;  4OD9 B;  2FGV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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