5P3OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 177
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3oA01
3B80A 4PHVA 3OGQA 5P50A 5P87A 3SA6A 1A94A 1BV7A 4DJYA 1GVWA 3OXCA 4KUPA 5P7IA 2P3AA 5P2AA 2QD7A 2I4WA 4HE9A 4Y44A 5P27A 3SABA 3UQUA 3CKRA 5DQ2A 4FRKA 1G35A 5KQYA 2JE4A 2IGXA 4MC1A 5J25A 3L5CA 5P7XA 4DJUA 4FAFA 3TPPA 2R9BA 1FQXA 3OGPA 1A8GA 2PH6A 1QBSA 2XFKA 1EBWA 4PZWA 5OZUA 5P8PA 5P2GA 2NTRA 1RNEA 5P0MA 3O9LA 4I0FA 1AJXA 4D83A 3PI0A 2AOJA 1MT7A 2O4LA 3UPJA 1W51A 3UDRA 5P8NA 3ZMGA 4Y5PA 3L59A 5P11A 1EEDP 1ODXA 3KT5A 4FSLA 5P54A 2I4UA 3DOXA 3BGBA 1RV7A 4NKKA 4WTUA 5DR3A 3T7PA 5SXNA 1TCXA 5P5ZA 1T6GA 3A2OA 1G2KA 5P6SA 5P0VA 4X7IA 3RTHA 5OZGA 5P6JA 5HU0A 3BVBA 5OZKA 3O9CA 1PSAA 5OYRA 1HVLA 3PWWA 5P1LA 4B72A 3I2LA 1NSOA 5P5HA 5P7ZA 4XX4A 1T7IA 2F3FA 3S54A 5P08A 5I3YA 4DJQA 4EHCA 3SA8A 5KOQA 2A4FA 4K4QA 4TVGA 4B78A 5P2LA 1ENTE 5P7FA 3UDPA 3KT2A 1BDLA 3NU3A 5P69A 1D4JA 3HD8A 3IXJA 5P1RA 2HS2A 5P80A 3OU3A 5DPZA 5P3YA 3WZ8A 1HHPA 1YT9A 3EM3A 2QD6A 1AJVA 4H3JA 5OZQA 2PSUA 5F00A 5P3JA 5P3EA 1HSIA 4DQFA 2G1SA 5P0IA 1NH0A 4I1CA 4IVSA 5P0SA 2HB4A 4DQHA 3BXRA 5P61A 4J1KA 4J54A 3HDKA 1EPME 1G6LA 4U7VA 5P1EA 3HW1A 4A6BA 5C9DA 4Y5EA 2QZXA 2WF1A 2V00A 1YTGA 3QRVA 5P4NA 1HTFA 3LNKA 1W5WA 5P1DA 4DQEA 3UFNA 5OZ1A 5AHAA 4Y3PA 5P0WA 1NPWA 1XN2A 2FDDA 4GB2A 1ZJ7A 5P4FA 3JVYA 1HTGA 4GMIA 5P88A 3RSXA 1E82E 2VIYA 3OK9A 4HVPA 5P6WA 1FB7A 4CPQA 3S2OA 4QJ9A 5P0AA 3K4VC 3ZKSA 2NXMA 5P7WA 4D88A 3URJA 1FMUA 3T7QA 3PWRA 4FRSA 5P06A 5P4JA 3EM6A 3ER5E 4GJDA 5P3NA 1ZTZA 3OTYA 3WB4A 4DJWA 4Y5CA 5HDZA 3RVIA 1RQ9A 5P0PA 3OAGB 5P6BA 4CKUA 4CPXA 3PWMA 1W5YA 3UQWA 1MSNA 3EKPA 5P3UA 4DPIA 5P3KA 5P8BA 2VIJA 4TRZA 4Y3HA 4YD6A 1YM4A 3PB5A 4H3FA 2NR6A 4Y3TA 2NPHA 2PSVA 4Y43A 3LIXA 4HDPA 2VA6A 5P1IA 6APRE 5P4GA 1W6IA 2QMFA 3QS1A 2QI3A 5I70A 5IVTA 2VKMA 3BUFA 3CIDA 2QK5A 3OOZA 1A8KA 1SDTA 3TOFA 2G20A 5P45A 2ZHTA 5BRYA 4J17A 3PBDA 5P5NA 1HOSA 2IQGA 3I25A 4YD4A 2A1EA 4Y4ZA 1DP5A 4OBKA 2ZE1A 5P3SA 5P1SA 1CZIE 5P4AA 5DQ5A 4GZFA 1LYAB 4Y3DA 4WY6A 1LYWA 3Q6YA 1LYWB 5P66A 3NDWA 4NJUA 5HVPA 5P52A 5P48A 3PSUA 5P7EA 5P3FA 2ZJLA 3KF0A 4X2LA 5P4XA 4DQGA 5C9FA 4LL3A 2RENA 2WHHA 4GIDA 1AIDA 5SY2A 2R5QA 2HC0A 5OZNA 4XXSA 4PEPA 3KFNA 5P26A 3EL1A 3KN0A 2QZKA 3AIDA 3LPKA 1APWE 3TKGA 3R2FA 3OUDA 4PZXA 5P8EA 2MIPA 3KM4A 5P6DA 1W5VA 2G21A 3QP0A 5OYYA 3FSMA 2QMDA 4DQCA 2ER7E 3BC4A 3OU1A 2R5PA 3OU1B 1LF2A 3UFLA 2CEJA 1DIFA 1HVHA 5OZ0A 1ME6A 2QI0A 3INDA 4RZ1A 2HIZA 1IBQA 5P37A 3D3TA 4EYRA 1BWAA 1D4LA 1FKNA 3L5EA 5P64A 1XE6A 5P5QA 3NUJA 3K5CA 1D4SA 1QS8A 4I0EA 5AH7A 5P5BA 2ZJNA 5OZJA 2IRZA 4RROA 2AVSA 3GGVA 1J71A 5P7LA 4Z22A 2FMBA 3EKQA 1AZ5A 5HDXA 5P6VA 5P1NA 2FXEA 4RYGA 5C9BA 5P4KA 5EZZA 5P01A 5P59A 5FIVA 2IEOA 2AIDA 1OEXA 4A6CA 3PMYA 4YBIA 5P4ZA 4Y47A 3CMSA 5P5XA 5ENKA 5OZVA 5P2MA 1FFFC 5P1XA 1OHRA 5P8FA 1MUIA 2QD8A 1HIVA 1GNOA 4DUSA 2AOGA 2BPXA 4Q1YA 1ZLFA 3H0BA 4EJDA 3U7SA 1E81E 2AZ9A 4RVJA 4Q5MA 5OZYA 2F8GA 5P7AA 3LPIA 3NU6A 3SKGA 4LXMA 2AZBA 2QI5A 5P2VA 4NPTA 2BKTA 3OXWA 5HE5A 5P0HA 4NJSA 5P1YA 3UQPA 1MSMA 3PVKA 3DV5A 2NNKA 3CYWA 3KA2A 5P3RA 5P75A 3NU5A 5P1AA 1LF3A 2ZJMA 2OHSA 5SZ9A 5P8LA 5P2WA 2WEDA 4Y9WA 5P28A 3R0WA 5P38A 5P8DA 3TPLA 1TZSA 2VJ9A 3I8WA 4Y4BA 3OQFA 4LXAA 3LZSA 5P8JA 2OHTA 1EC3A 4GJ7A 3NLSA 2P3BA 3UQXA 2P3BB 3OADA 5COOA 5OZZA 3OXVA 2QMPA 3O9DA 4B1CA 1HWRA 4FGXA 4Y3SA 1IVQA 1F34A 1MVPA 5DQCA 5AGZA 5OYXA 3UCBA 5P4VA 5P2OA 5P4MA 2FS4A 2G69A 4DQBA 1HEGE 3PSGA 4Z2ZA 5P1GA 3DM6A 5P89A 4OD9B 1UH9A 3EL4A 1AVFA 2P83A 5P5DA 4R91A 2XYEA 1VIKA 4YA8A 2BJUA 3GGAA 1TW7A 5P7KA 3SFCA 2EWYA 4RVXA 3BVAA 3MWSA 2Q5KA 2I0DA 3SKFA 3VF3A 3NYGA 5P81A 4ZSMA 4AUCA 2QI4A 5P1FA 1DMPA 2IDWA 2V16C 3IXOA 3TOGA 3UTLA 2P3DA 2UY0A 1DPJA 4H3IA 3VYFA 1SDVA 3SA7A 5P1ZA 4LAPA 2ZHVA 5P2UA 5P67A 5P6EA 4CPUA 1EPQE 3S53A 5P40A 3BUGA 3SAAA 5P76A 1NPVA 3GI0A 1MT8A 3FKTA 5P3LA 3GW5A 3EC0A 2AOFA 5P34A 1HVSA 3UHLA 1FG8C 3ZLQA 5P8TA 4A4QA 4J0ZA 4JECA 5P8AA 1BILA 1AAQA 1QDMA 2ZGAA 3PEPA 5P03A 3WZ6A 4Y3GA 5P8KA 2FNTA 2XYFA 5OYQA 3WB5A 5APRE 1YTHA 2Q64A 4QJ7A 3VSWA 1TCWA 5P3HA 5P7CA 3ZPSA 4Y3LA 5P02A 5DGWA 5P0RA 1HVKA 1TSUA 2O4PA 1KJ4A 1BXQA 5DQ4A 4EQJA 5P51A 1TSQA 3SPKA 1B6MA 1U8GA 5P16A 4K9HA 3K5FA 5P7SA 5I3VA 3APPA 1HTRB 1XE5A 3KDCA 5P2RA 3VYEA 4DVFA 1FMXA 4DJVA 4DJXA 2PK5A 4YD7A 3TOHA 4JP9A 2HB3A 2BB9A 2R8NA 1XDHA 2V0ZC 3G70A 3NDTA 5P0EA 1QBUA 4B77A 1WKRA 3O9LB 1PPME 3NSHA 4Y4UA 4Y5MA 2AQUA 4Y6MA 1HVJA 5P6UA 5P5OA 5KQFA 3EBZA 3NDUA 3IA9A 3PLLA 4L7GA 5UPJA 5OZ4A 5P0XA 3QI1A 1Z1RA 3INEA 3IVHA 1LF4A 3KFPA 1JLDA 1RPIA 4KE1A 1K6TA 1XL5A 1VIJA 4EPJA 5P8QA 5P8MA 1UH7A 1EAGA 5P1UA 5P5WA 2H6SA 3L58A 1MEUA 4YCKA 5IVQA 5OZ7A 5CONA 1LV1A 2PQZA 2WKZA 4I0GA 3VV7A 3ST5A 4Y5BA 4DJPA 5P2ZA 1APUE 4YHQA 2O4KA 4RRNA 4L6BA 1LS5A 4I11A 5P8OA 3T3CA 3VYDA 3NU9A 4I8WA 5P4QA 5P35A 3R4BA 4Q1XA 4AA9A 3Q3TA 1SP5A 1BBSA 3G6ZA 4B1EA 2AVQA 5P7NA 4YCYA 1APVE 2OHQA 5P7QA 3HVPA 5P5SA 2ZJIA 2FDPA 1LZQA 6FIVA 2WF2A 4JPEA 4D85A 1BV9A 4Y41A 1T7JA 1QRPE 1HPVA 3H5BA 4Y36A 1UH8A 4Y3FA 1UPJA 4RCEA 3SO9A 4TRWA 1KJHA 3OUAA 2NXLA 5P2YA 5P8RA 5F01A 1BAIA 4CP7A 4LHHA 4J1FA 4MC6A 2V13A 2G94A 5P1MA 2G22A 2BPZA 5P31A 3G72A 5P8GA 4QJAA 5OYTA 3OQ7A 3T11A 4MC2A 1XN3A 4NJTA 3MXDA 1B6JA 1OEWA 1HPXA 3CICA 3SACA 5BWYA 5P7VA 1SGUA 5P6GA 3S56A 2ER9E 3ECGA 4ACXA 5P15A 4I0JA 3QRSA 1ZPAA 4Y45A 5P7MA 3FNSA 5P6HA 3SQFA 1HPSA 2HB2A 3S45A 5P3DA 2AODA 5P2FA 3URIA 5P8VA 3O9GA 3TNEA 4NJVA 1IZHA 3TPRA 3HBOA 4GJAA 5P4IA 4Z50A 4I0IA 1FQ8A 1M0BA 1SDUA 4XX3A 4OC6A 5P71A 3IN3A 2QNNA 4OC6B 4FRJA 2IS0A 3QROA 2VIEA 4J1HA 2R3WA 5P78A 2G1YA 3N3IA 5AHBA 2VNMA 4FSEA 3D91A 5P62A 5P73A 2ZHUA 5P1PA 1K2BA 5OZXA 5P7UA 5OZOA 1IZEA 3L5FA 5I3WA 3QVCA 5P8IA 1KJGA 2HPEA 5P6XA 4COEA 2Q3KA 3PRSA 5OYWA 3KMXA 3IXKA 2OAHA 5P5UA 4E43A 2ZDZA 3D1ZA 2B42A 1LYBA 2PSGA 5P3PA 1LYBB 2BBBA 2BQVA 5DQ1A 2AOIA 4J1CA 4J1IA 4B1DA 3LZYA 2P4JA 4Y35A 3TPJA 3ZOVA 4DJRA 2ZJHA 5P0CA 4ZSPA 4Y38A 5P6CA 3AUPA 4EJLA 5P83A 4RCDA 3BHEA 4OBDA 5P6FA 2OHMA 3L3AA 2VNNA 5P4OA 5P1KA 4Y4WA 4DI2A 5P32A 5P3XA 5P2IA 1EPNE 5P5FA 5DR8A 5B18A 2JXRA 5P0ZA 2QHCA 5P1QA 4J0YA 5TOLA 3S7MA 2QNQA 1Z8CA 2HM1A 3PMUA 3FIVA 2Z54A 3NWQA 4Y54A 2WF4A 1K1UA 5P09A 1EBYA 2VA5A 3TKWA 3TL9A 4J55A 3KYRA 3UDMA 4LXKA 3OUDB 3LIZA 3I7EA 5P07A 5P60A 1E5OE 3EKYA 4Q1NA 5P5AA 5P6YA 5P4TA 5AH6A 2HAHA 5P1OA 4J0PA 4J5JA 2J9KA 3BXSA 5P3WA 1K6VA 1D4HA 3PCWA 3INHA 1FQ7A 3L5DA 5P4BA 3UF3A 2FNSA 4CPRA 3VG1A 4YCTA 3MXEA 3U71A 3JW2A 4DFGA 5P6KA 4ZEAA 2AZCA 2AOHA 1D4IA 5COKA 1SMEA 5P2NA 1DAZC 2B8LA 2AZ8A 3LZUA 4WY1A 1EC1A 3VCMA 4Y58A 3SM1A 2AOEA 5P6RA 3Q4BA 2WEBA 3K5GA 4DH6A 4K4PA 4F74A 5P1WA 3B7VA 3EL5A 4PPHA 5P36A 5OZHA 3S7LA 3VLAA 1K6PA 3D1YA 5P0KA 3PI5A 1B11A 3ER3E 3ZKXA 5ISKA 5P13A 3QPJA 1SMRA 5P30A 4F75A 5HCTA 1GVXA 1E80E 1HPOA 4FM6A 4I0DA 4GYEA 5P7TA 4N00A 4EJKA 5P23A 5P8UA 5P4SA 5P0FA 4FRIA 1CPIA 1IIQA 3VF7A 3S43A 4EXGA 3PCZA 5P7DA 3VEUA 4GJ9A 3LIQA 3KFSA 3M9FA 2IKUA 5P7BA 5AH8A 3DK1A 5P70A 5OZAA 3L5BA 2SAMA 3RTMA 5P3GA 5IE1A 2NNPA 3BUHA 4Y4TA 5AHCA 3OQKA 4FM8A 4QJ8A 3MSJA 2QI6A 3BGCA 4HLAA 1PSNA 3SA3A 1GVVA 2G27A 1LEEA 2ZYEA 3PLDA 2QAKA 1IDBA 2O4NA 3K4VA 3O9EA 4RGHA 3OADB 1FGCC 5P4HA 1ODWA 5P5EA 3HVGA 3F9QA 2AVOA 3VSXA 5P5GA 2Q11A 3GI4A 2WJOA 2QI1A 5P0TA 2G1OA 5DR4A 5P5RA 5P2EA 5P3MA 2XFJA 4TVHA 4FL8A 5P0DA 5P2BA 4CPWA 1YTJA 1KJFA 1GNMA 4DPFA 5P1HA 4M8YA 3RTNA 4J1EA 4Y50A 5P1BA 1BDRA 1M4HA 2FLEA 5P2XA 3N4LA 1GVTA 3PSYA 3DV1A 5P2QA 5P5LA 1EPLE 5E5KA 4OBFA 2B8VA 2NMZA 5HE7A 5P5JA 2B7FA 4CMSA 5P56A 3FNTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3B80 A;  4PHV A;  3OGQ A;  5P50 A;  5P87 A;  3SA6 A;  1A94 A;  1BV7 A;  4DJY A;  1GVW A;  3OXC A;  4KUP A;  5P7I A;  2P3A A;  5P2A A;  2QD7 A;  2I4W A;  4HE9 A;  4Y44 A;  5P27 A;  3SAB A;  3UQU A;  3CKR A;  5DQ2 A;  4FRK A;  1G35 A;  5KQY A;  2JE4 A;  2IGX A;  4MC1 A;  5J25 A;  3L5C A;  5P7X A;  4DJU A;  4FAF A;  3TPP A;  2R9B A;  1FQX A;  3OGP A;  1A8G A;  2PH6 A;  1QBS A;  2XFK A;  1EBW A;  4PZW A;  5OZU A;  5P8P A;  5P2G A;  2NTR A;  1RNE A;  5P0M A;  3O9L A;  4I0F A;  1AJX A;  4D83 A;  3PI0 A;  2AOJ A;  1MT7 A;  2O4L A;  3UPJ A;  1W51 A;  3UDR A;  5P8N A;  3ZMG A;  4Y5P A;  3L59 A;  5P11 A;  1EED P;  1ODX A;  3KT5 A;  4FSL A;  5P54 A;  2I4U A;  3DOX A;  3BGB A;  1RV7 A;  4NKK A;  4WTU A;  5DR3 A;  3T7P A;  5SXN A;  1TCX A;  5P5Z A;  1T6G A;  3A2O A;  1G2K A;  5P6S A;  5P0V A;  4X7I A;  3RTH A;  5OZG A;  5P6J A;  5HU0 A;  3BVB A;  5OZK A;  3O9C A;  1PSA A;  5OYR A;  1HVL A;  3PWW A;  5P1L A;  4B72 A;  3I2L A;  1NSO A;  5P5H A;  5P7Z A;  4XX4 A;  1T7I A;  2F3F A;  3S54 A;  5P08 A;  5I3Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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