5P3PA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 178
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3pA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3pA01
3BXRA 3OU1B 2J9JB 1B6JA 5P49A 4Y4XA 3SA7A 5AHAA 3QRSA 3DCRA 2Q5KA 1BAIA 3OHHA 4B0QA 5P6ZA 5KQYA 5P6WA 1SIVA 3BGBA 3F9QA 2AOEA 2AVQA 3EL5A 5P30A 5P17A 4QJ6A 1KJ7A 4R95A 4Y3ZA 5P6KA 4K8SA 4GMIA 2ER7E 2ZJIA 3NU6A 4FL8A 1VIKA 5KAOA 1C6ZA 1HTRB 6UPJA 3EKQA 3EKVA 3B7VA 5OZOA 1GVUA 1OHRA 4QGIA 3TPJA 1B5FB 5P8EA 2R3TA 3DUYA 4Y41A 5P57A 4Y3LA 2QMGA 5OYSA 5P4IA 5P3YA 1APWE 3U6AA 2WF4A 5P25A 3VV7A 2O4KA 1ZAPA 5ER1E 5C9DA 5DR8A 5P7ZA 3OUDB 3KDDA 5P2KA 1HSIA 4COEA 5P3QA 2HC0A 1FMUA 1HPVA 5P0FA 5P2AA 3KM4A 3QVIA 5OZ4A 5P40A 2QI1A 5P35A 5P68A 4A6BA 3INFA 3SKFA 4Y37A 4I0HA 5P5CA 5OZ5A 5P37A 1SMEA 4DJQA 4B70A 2Q15A 2G69A 1APVE 1JLDA 2AQUA 5P20A 5P70A 3KA2A 3FKTA 5OZXA 4EP3A 2WEBA 1IBQA 2V00A 4NPUA 5COKA 3ZPUA 2ZJHA 3UQUA 3HVPA 4RCEA 5P1RA 2QP8A 4PPHA 4R91A 5P6AA 4GJDA 3CMSA 3PBDA 4Q1WA 4I10A 5OYQA 4Y47A 5P5FA 4IVTA 5OZKA 4FGXA 3ECGA 3U7SA 2G1NA 5IVTA 3HZCA 5P8KA 2QZXA 3CKRA 5OZEA 2BPVA 3GI4A 2G1YA 4BELA 3PB5A 1RPIA 2QZLA 4Y3XA 5P0CA 2G1SA 1LF4A 5P3NA 4I0FA 5P28A 1HEGE 5P3TA 4Y3GA 1F34A 5P0HA 5P2BA 2BBBA 3KDCA 5P5QA 1W5VA 5OZPA 3T7XA 3UDNA 3ZKSA 1U8GA 2QU3A 2FDPA 5I3XA 4KUPA 1EEDP 4DPFA 4YCYA 1MERA 3MSLA 4B1CA 2I4WA 2WHHA 5P1SA 5ISKA 3NU9A 3PSUA 3GI5A 5COOA 5AGZA 1HVHA 2WL0A 3ZKNA 5P6JA 5OZYA 5DGUA 2QI5A 3OHFA 3K5GA 4CPUA 3SA4A 4X7IA 5OYYA 1FMXA 4H3FA 2AIDA 3NU3A 5P3WA 5P4EA 2MIPA 5HE7A 4DPIA 3IAWA 4I0GA 3TOHA 4JPCA 4Y3MA 5P11A 4I1CA 1TW7A 2XFIA 1Z1HA 5P5DA 1UPJA 5P7QA 1EC2A 2QU2A 3QAAA 4FM8A 1A94A 4Y5CA 5P83A 4EJKA 1SGUA 2UPJA 3BC4A 4N00A 5JODA 1DW6C 3VUCA 2G94A 4CMSA 2HB3A 4AA8A 1LF2A 4XKXA 1EPOE 8HVPA 2QI0A 5T4SA 4Z4XA 5DR1A 1EBWA 5P6OA 4J1EA 3WSJA 5P89A 1HHPA 1D4HA 2V0ZC 2VJ9A 1QRPE 1BILA 2FDDA 1PFZA 2NNKA 2ZHSA 5P66A 3BVAA 5KQZA 5P0SA 5P5YA 3OU3A 2IS0A 4Y4UA 4GB2A 4Y4AA 4NKKA 4PEPA 1PPKE 4FRKA 1KZKA 2P3BB 2PYMA 1W6IA 1IVQA 3OOZA 1HXWA 4APRE 1PSOE 3JVYA 1BWBA 3DOXA 1IZEA 5OZUA 2A1EA 4PZXA 3TPPA 3LHGA 2J9JA 2QZKA 2F3KA 5OZWA 5P07A 2PK6A 5P7PA 5P8UA 3UFNA 1BDLA 4H3IA 5P23A 1LYBB 4RYGA 5BS4A 5P4CA 3CICA 5P4FA 5P1UA 4FLGA 3TLHA 4Y3RA 5P65A 1MIQA 3GGUA 4TRWA 5P7AA 2RENA 5P6RA 3L38A 5DR7A 3L5BA 2FGUA 3D3TA 4GJ6A 3O9DA 5P8BA 3UF3A 5HDUA 3INEA 3UCBA 3UDYA 1HVRA 4Y4BA 4EPJA 1OD1A 4Y4DA 5P73A 4YD3A 5P4NA 2ANLA 3NR6A 4Q5MA 5P0JA 5J25A 1PPLE 5P5VA 3WZ8A 3U71A 3PWMA 5P38A 5P1FA 2VNNA 2PYNA 3ZKGA 1LF3A 2ZE1A 1HXBA 1K2CA 4ER4E 1M43A 1FG8C 2VJ6A 3OUDA 5OYRA 5OZQA 4EYRA 3SM1A 2ER0E 5P5UA 4JP9A 5OZMA 4B72A 3H5BA 3FIVA 1SDVA 3LINA 4Y3YA 5P5IA 5P84A 3BUFA 1QBTA 3LIQA 5P54A 1C70A 5P52A 2G1RA 1FLHA 1YTGA 3LPJA 2O4PA 3PHVA 5P7TA 1B6KA 3VFBA 4Y3WA 1BDRA 5P2CA 4E43A 2R9BA 4OBHA 3S8IA 4AZYA 2G26A 5P4SA 5P8TA 2P8HA 4YD6A 4J1FA 3BGCA 5P1XA 3CIBA 3VF5A 3TKGA 4RVJA 5DR0A 2NR6A 5IE1A 2I0AA 2WJOA 3SA5A 4EP2A 2RMPA 3SFCA 1UH9A 4Y51A 1MT7A 4L6BA 4ACXA 4EJDA 3K5CA 1D4YA 5P4WA 4F73A 2ER9E 3UDRA 5P6BA 5P1AA 3TNEA 5P19A 1RQ9A 3SABA 3KFRA 4L1AB 5P10A 5P0QA 4DQCA 5AHBA 1EBKC 1HVSA 4ZSPA 1TCWA 1CZIE 4ZSRA 3EL1A 5IVSA 3VCMA 5KR8A 2WECA 1WBMA 1ZP8A 2JYSA 3JVWA 5OZ9A 1EPNE 6APRE 1A8GA 2P3CA 4RVXA 4Y38A 4FRJA 4Y48A 1HOSA 5P0GA 1GNOA 5APRE 3OU4B 3OQ7A 5P6SA 3QP0A 3VLBA 2HB4A 5SY3A 5OZAA 2F8GA 2EWYA 5P6EA 2VIYA 2R43A 4J1KA 2WF3A 2G22A 5P0VA 4DJRA 5JG1A 5CLMA 5DR4A 1AXAA 2V16C 4J0TA 1B11A 3D1ZA 4TVGA 5AH6A 5OZDA 5P6CA 3T7QA 5P78A 4XX4A 1FEJC 5P8JA 5P56A 1HRNA 5OYZA 1MESA 1MRXA 4Y5PA 5P1CA 5P0OA 5IVRA 1XN3A 5P76A 4H3GA 2I4DA 1E81E 3UQWA 5AH9A 1TZSA 5HVPA 1NPWA 5P8GA 4Y6MA 3S53A 5P4YA 2R5QA 4ER1E 3T6IA 5P8VA 3OWNA 4K4QA 1FQ6A 5P7DA 3GI0A 1UH8A 1QBUA 4D88A 5P5LA 4NJVA 4D83A 1A30A 2NXMA 2OHSA 2Q11A 3IVHA 4AA9A 5P1KA 2JE4A 1ZPKA 4OC6B 2P3BA 3PM4A 4DQBA 2F81A 1GNNA 5EZXA 4FRIA 4Y3TA 5F01A 3CYXA 5P0UA 4JECA 5P00A 5P6TA 5P3KA 5I3VA 1LYBA 5P6LA 3UHLA 3T7PA 4D8CA 4LP9A 3BUGA 4NJTA 3BXSA 3ST5A 3O9GA 5SY2A 1YX9A 1VIJA 3VYEA 2Q3KA 2I4QA 5P24A 1IVPA 5P7VA 5P4DA 1T7IA 5P06A 3WZ7A 3RSVA 1W50A 3PSGA 2ZJMA 5P7OA 4YOBA 2BPZA 5P1HA 3ZMGA 3KT5A 2OF0A 2PMAA 1HVKA 2B42A 3QVCA 1EPPE 5KQFA 3A2OA 3L3AA 5P4XA 2BQVA 3O9HA 4FRSA 5ENKA 4U7QA 5P4LA 5P2YA 4ZSQA 3ZPTA 4EQJA 5PEPA 3KYRA 5P8OA 1HIHA 1K6CA 5P2SA 2QCIA 2P4JA 4EWOA 2AOJA 2VA7A 5P33A 1K1TA 5P3LA 3EM4A 2JXRA 5DQ1A 1WBKA 9HVPA 4GZFA 2AOCA 4Y3JA 4B1EA 5P86A 2FLEA 2B8VA 4GJCA 5OYTA 5P3OA 5P5SA 4Y5KA 4UPJA 3K1WA 2IKUA 4Y5BA 2QD7A 5P1QA 5DPZA 3K4VC 3HAWA 4J0YA 5OZNA 3OUAA 3M9FA 4QJ8A 1T6EX 5P2JA 5P02A 4YOAA 1BXQA 2UXZA 3SPKA 3D1YA 4YBIA 1TSQA 4Y5LA 5P7EA 4K9HA 2NMZA 5P0AA 1SH9A 2JJJA 4F75A 4EJLA 5P60A 2AVSA 3I7EA 5P0KA 5P1DA 3S7LA 5OZGA 3EMYA 3UDQA 3LIZA 1ZTZA 3S43B 1OEWA 4OBZB 3UTLA 3QBHA 3LIVA 5P8MA 3Q6YA 4Z22A 3TL9A 5P5WA 3EKXA 2OHKA 3WB4A 1FQ4A 3OGPA 1ZLFA 4ZPFA 4MC2A 3RTHA 5P87A 5P1OA 5HE5A 1FF0C 3OUCA 4Z2ZA 4YCTA 4EQ0A 1GVVA 5P63A 2FMBA 4Y3SA 3NXNA 3S7MA 2R5PA 2OAHA 3IVIA 4L7GA 1K6VA 4OBDA 4KB9A 3BRAA 3KDBA 5P46A 1FGCC 4DQEA 4L1AA 2Q55A 5HTZA 5P3JA 4FM6A 1KJFA 4DQFA 2XFJA 5P1PA 2OHMA 1XL5A 2XYEA 5P1NA 5HU1A 5P1YA 5P22A 3UFLA 5TOLA 1QDMA 5OZZA 1DAZC 5P6YA 1BVEA 5DQ4A 5P50A 1XS7D 1EC0A 3UQRA 2O40A 2PSGA 3OU4A 4J0VA 5P0XA 1ODXA 3SQFA 4HE9A 3I8WA 5P2FA 4EXGA 2BPYA 4LL3A 1BXOA 1LZQA 2NNPA 5P18A 4LAPA 5P3VA 5P2QA 5OZJA 2ZJJA 5OZ1A 1ZBGA 2APRA 3KFSA 5P5PA 5P6DA 2VIZA 3N3IA 1QS8A 3UDMA 4Y57A 2I1AA 5P1WA 4YBFA 4L7HA 4WY1A 2HPFA 4Y3AA 4Y43A 5P4HA 4HDBA 3EL9A 4YE3A 2FDEA 2CENA 2VIEA 4RGHA 1AJVA 4RRSA 3Q70A 4RVIA 3SM2A 3I2LA 4YHQA 3INDA 3K5DA 3VSWA 1UH7A 1Z8CA 2R8NA 4Y36A 4FAFA 3AUPA 1MUIA 5P3GA 3EKPA 4OC6A 1CPIA 3HAUA 3BUHA 3G72A 3IXOA 1FG6C 5HCOA 1FFFC 1T6GA 4H3JA 3DK1A 4DFGA 3LZVA 3UDHA 3TPLA 4CPXA 3T3CA 1META 5P7RA 3HW1A 1BVGA 1MVPA 3OQKA 2OHUA 3LZUA 2J9KA 2O4SA 2QMFA 3TTPA 2Z4OA 4HDPA 3LNKA 4WTUA 3NU4A 2AODA 5P1LA 3OTSA 3PI5A 5P26A 5P8AA 5P6XA 5P0LA 4F76A 2QD8A 3VYFA 5P4OA 4I8ZA 3LITA 4R92A 5P3XA 5P5NA 3OQAA 4U8WA 2ZJLA 1LYWA 5HU0A 5OYUA 2IGYA 5P61A 4Y5AA 5P45A 1PPME 1ZPAA 4EXHA 5AH7A 2BKSA 4Y5MA 3NUOA 3L5CA 5P4UA 1ER8E 1M0BA 5OZ3A 5P7GA 1WKRA 4EHCA 3QIHA 3EBZA 3C9XA 4B78A 3EM3A 1G35A 3SA8A 1MEUA 4YD4A 4GJBA 1LYAA 2FNTA 3O9BA 4ZPEA 2B60A 1AVFA 5DGWA 1YTJA 3OUBA 3OGQA 4LHHA 5P5TA 1HIIA 1EPME 5P13A 3H0BA 2QAKA 5P0NA 5P71A 2FNSA 4Y4JA 1BDQA 4Y3HA 1HSGA 3BHEA 5OZCA 1FKNA 4OBKA 3OXCA 2ZDZA 4XX3A 2QD6A 3QI1A 5P7JA 4DJYA 1EBZA 1EC1A 5AHCA 4R5NA 2VIJA 4YD5A 1E80E 3RTMA 5P41A 3IA9A 4JPEA 3OAGB 5OZ0A 4DJXA 4F74A 2QI4A 5OZ2A 4I0IA 3SAAA 1MTBA 2FS4A 3D20A 3NDWA 4EJ8A 5OZLA 5P1TA 5P03A 5HE4A 5OZVA 3JW2A 1AM5A 3EL4A 5P7MA 2R38A 5P7KA 1Z1RA 5P58A 3PJ6A 4Y4ZA 2IEOA 3OXWA 3LPIA 1K2BA 5HDZA 1MTRA 2AOFA 3S43A 3SA3A 1GNMA 1ODWA 4OBZA 3SKGA 2ZGAA 2BJUA 5P29A 5HCTA 3MXEA 3OOTA 4I12A 2RKFA 3ER3E 2VA6A 5IVQA 2PSVA 5OZIA 3KFPA 5P3DA 3EXOA 3VYDA 5P12A 4RRNA 4Y58A 5P8FA 1XN2A 5P62A 5P5HA 1E5OE 5P7IA 4AUCA 1HTEA 1D4JA 5P69A 5BRYA 3SLZA 3DV5A 5P2NA 1IDAA 5P2TA 1E82E 5P6UA 2XYFA 5P5AA 4OBJA 4Y44A 2V11C 5P0ZA 2PK5A 3QRVA 3ZLQA 4OBFA 3S54A 5P31A 2HIZA 3O9LB 1A8KA 1K1UA 4ER2E 5P6QA 1W5YA 3SA9A 4J1IA 2XFKA 3FNUA 3S45A 3VLAA 4FE6A 4DUSA 2IDWA 3PMUA 4RCFA 5P7UA 1CMSA 4ZE6A 2BPXA 5P3RA 1LV1A 5P4ZA 4FSEA 3GGAA 3PEPA 5P4RA 1EPQE 1T3RA 3FSMA 4GJ7A 4Y5NA 2OHQA 3RTNA 1NH0A 4QJ7A 5KR2A 3GI6A 5P5ZA 5IS4A 3GW5A 3UDJA 3WZ6A 2OHLA 2QHCA 4ZSMA 4Q1NA 5P4PA 4A6CA 4YA8A 3EKTA 1W5WA 2AOHA 5P4VA 4GJ9A 4JOOA 5P6VA 2HS2A 3O9EA 5P8NA 5P55A 5I3YA 1IZHA 2ASIA 5P3UA 1SP5A 1G6LA 2B8LA 2G27A 3DM6A 3APPA 1W5XA 4Q1YA 5P4MA 5P48A 3AIDA 5P39A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BXR A;  3OU1 B;  2J9J B;  1B6J A;  5P49 A;  4Y4X A;  3SA7 A;  5AHA A;  3QRS A;  3DCR A;  2Q5K A;  1BAI A;  3OHH A;  4B0Q A;  5P6Z A;  5KQY A;  5P6W A;  1SIV A;  3BGB A;  3F9Q A;  2AOE A;  2AVQ A;  3EL5 A;  5P30 A;  5P17 A;  4QJ6 A;  1KJ7 A;  4R95 A;  4Y3Z A;  5P6K A;  4K8S A;  4GMI A;  2ER7 E;  2ZJI A;  3NU6 A;  4FL8 A;  1VIK A;  5KAO A;  1C6Z A;  1HTR B;  6UPJ A;  3EKQ A;  3EKV A;  3B7V A;  5OZO A;  1GVU A;  1OHR A;  4QGI A;  3TPJ A;  1B5F B;  5P8E A;  2R3T A;  3DUY A;  4Y41 A;  5P57 A;  4Y3L A;  2QMG A;  5OYS A;  5P4I A;  5P3Y A;  1APW E;  3U6A A;  2WF4 A;  5P25 A;  3VV7 A;  2O4K A;  1ZAP A;  5ER1 E;  5C9D A;  5DR8 A;  5P7Z A;  3OUD B;  3KDD A;  5P2K A;  1HSI A;  4COE A;  5P3Q A;  2HC0 A;  1FMU A;  1HPV A;  5P0F A;  5P2A A;  3KM4 A;  3QVI A;  5OZ4 A;  5P40 A;  2QI1 A;  5P35 A;  5P68 A;  4A6B A;  3INF A;  3SKF A;  4Y37 A;  4I0H A;  5P5C A;  5OZ5 A;  5P37 A;  1SME A;  4DJQ A;  4B70 A;  2Q15 A;  2G69 A;  1APV E;  1JLD A;  2AQU A;  5P20 A;  5P70 A;  3KA2 A;  3FKT A;  5OZX A;  4EP3 A;  2WEB A;  1IBQ A;  2V00 A;  4NPU A;  5COK A;  3ZPU A;  2ZJH A;  3UQU A;  3HVP A;  4RCE A;  5P1R A;  2QP8 A;  4PPH A;  4R91 A;  5P6A A;  4GJD A;  3CMS A;  3PBD A;  4Q1W A;  4I10 A;  5OYQ A;  4Y47 A;  5P5F A;  4IVT A;  5OZK A;  4FGX A;  3ECG A;  3U7S A;  2G1N A;  5IVT A;  3HZC A;  5P8K A;  2QZX A;  3CKR A;  5OZE A;  2BPV A;  3GI4 A;  2G1Y A;  4BEL A;  3PB5 A;  1RPI A;  2QZL A;  4Y3X A;  5P0C A;  2G1S A;  1LF4 A;  5P3N A;  4I0F A;  5P28 A;  1HEG E;  5P3T A;  4Y3G A;  1F34 A;  5P0H A;  5P2B A;  2BBB A;  3KDC A;  5P5Q A;  1W5V A;  5OZP A;  3T7X A;  3UDN A;  3ZKS A;  1U8G A;  2QU3 A;  2FDP A;  5I3X A;  4KUP A;  1EED P;  4DPF A;  4YCY A;  1MER A;  3MSL A;  4B1C A;  2I4W A;  2WHH A;  5P1S A;  5ISK A;  3NU9 A;  3PSU A;  3GI5 A;  5COO A;  5AGZ A;  1HVH A;  2WL0 A;  3ZKN A;  5P6J A;  5OZY A;  5DGU A;  2QI5 A;  3OHF A;  3K5G A;  4CPU A;  3SA4 A;  4X7I A;  5OYY A;  1FMX A;  4H3F A;  2AID A;  3NU3 A;  5P3W A;  5P4E A;  2MIP A;  5HE7 A;  4DPI A;  3IAW A;  4I0G A;  3TOH A;  4JPC A;  4Y3M A;  5P11 A;  4I1C A;  1TW7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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