5P3QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 179
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3qA01
2B7FA 4J54A 5P5NA 2AOIA 4J1CA 4F74A 4AA9A 2I4QA 1EC0A 4LXKA 3S7LA 3K1WA 1GKTA 1HIIA 1DIFA 1D4HA 5P47A 3UDJA 3EM3A 3KMXA 1FQ6A 5OZGA 4L7HA 1KJHA 4H3JA 5P29A 2JYSA 2OHMA 5P55A 2VS2A 4JPEA 4DQBA 1ZSFA 1QS8A 3G6ZA 4FCOA 3CKTA 3SA5A 5P5EA 5P24A 3NU9A 4ACUA 5P1JA 3B80A 4L1AB 3R0WA 4JECA 3NXNA 4ZEAA 4BEKA 2BPVA 1LF2A 3UQRA 5DR4A 4Y3EA 5OZIA 2BBBA 5P3SA 1BDRA 2J9JA 5P6GA 3T7XA 4Y4EA 4Y5LA 4E43A 3GGUA 5HE4A 3UPJA 3NUOA 3O99A 2VIEA 5P65A 3LPIA 5P12A 2FLEA 2PMAA 5P3BA 4Y4TA 1MTRA 5P43A 3L59A 2AOGA 3BHEA 3BC4A 2Z4OA 2AIDA 1ENTE 5CONA 3MSJA 5P19A 5P51A 1MRWA 1CMSA 2Q55A 2BKTA 2NTRA 1FQXA 4CPTA 2FDEA 3EKQA 1FEJC 4EQJA 5P2EA 3OADA 2VA6A 3LNKA 4LBTA 1LZQA 3L5FA 2AZ9A 4TVHA 3FNTA 4JP9A 1SH9A 2ZYEA 4CPWA 3HZCA 2HB4A 3DV1A 5P78A 5P2YA 4DQHA 1SGUA 5P8BA 2V00A 5P6EA 5P01A 3SAAA 5P6WA 2BPXA 3PWMA 5I3WA 5P5RA 3CKPA 2QHZA 1B6PA 2V10C 4MC6A 3OWNA 3EKVA 3OUDA 4J1HA 4HZTA 2FDDA 2WEDA 5P7IA 1APTE 1PROA 2AOHA 2ZE1A 3UQXA 4I8ZA 3LIXA 2AVQA 2JXRA 2PK5A 5COOA 1SMEA 4TRZA 5P58A 1ZAPA 4GJDA 5P7MA 5P1ZA 2G1OA 2NXLA 3D91A 5P8KA 2H6TA 3SM1A 5P6BA 5P4TA 3KM4A 2APRA 3FKTA 1MT9A 4YDFA 4FSEA 4NJTA 4FM8A 5P3XA 3UDRA 2G20A 2BQVA 4GJCA 4B05A 4LXMA 5P6KA 4COEA 1HPSA 2B42A 1HTRB 5P8AA 1D4YA 4HEGA 5KR2A 2QI0A 5HE5A 4Y3JA 1WKRA 5B18A 5ENKA 5OZ4A 3LZVA 4EJLA 5P8DA 5P1LA 1EBYA 2BKSA 4R8YA 1ODXA 4Y3FA 3LHGA 4RYCA 5P7JA 4XX3A 2P3BA 3S43B 5P5TA 1WBMA 5P4PA 4I0JA 1QBRA 5P2JA 1YM4A 3BUGA 4Q1XA 4LL3A 3Q3TA 5P1RA 2HS2A 3UDMA 4B1DA 2AVOA 1IZHA 1K6CA 1LF3A 5P40A 5P8HA 4Y4BA 5SXNA 5P5SA 1B6MA 5P2TA 3QRVA 5OZHA 4HVPA 1UH9A 3KFSA 3OOZA 4BFDA 2WF2A 1MSNA 1PSAA 4FL8A 5AGZA 4RYGA 5P5MA 1N49A 4MC9A 1B6KA 5P7PA 3O9FA 5OZ5A 2HIZA 2QD8A 5P1BA 1AZ5A 3IVHA 4Y6MA 5P7VA 1HSGA 1YG9A 1DW6C 4D85A 3EKYA 2OHRA 3KYRA 2ZHRA 4A6BA 3ZL7A 5P74A 2R43A 5P5VA 5P54A 1Z1RA 3G70A 2Z54A 2AOEA 4GIDA 4I0GA 4FAFA 5P5OA 3O9AA 5P1FA 5PEPA 3Q70A 4NPUA 1EPME 1AAQA 2Q63A 5P8IA 3NYGA 1GNNA 5KOQA 3IN4A 4PPHA 1WBKA 4OBZA 2V11C 5OZKA 2AZBA 5P83A 1QBTA 5P5IA 5P50A 1SMRA 5J25A 5P5CA 2AOFA 4Q1NA 3O9LA 5I3XA 4Y4GA 3MXEA 2QZXA 4AUCA 4D8CA 1AVFA 5P4LA 1NPVA 3QIHA 5P4HA 3ZKSA 1YTGA 2P83A 5P3HA 3URLA 1PSNA 2XFIA 5P3VA 5P8TA 2ZDZA 2ER6E 1HSIA 4U8WA 5P86A 2G69A 1LEEA 4B1CA 4ZSMA 5OYSA 3FV3A 4Z22A 4J1IA 2G94A 5P37A 1LF4A 3SKGA 1YX9A 3SFCA 1EPOE 4Y43A 3TPJA 4Q1YA 4Y3MA 3K4VC 3UDKA 3VYEA 5P4QA 2JJJA 1IBQA 5P89A 8HVPA 3ZPTA 3HAWA 5OZ3A 2R5QA 4CPRA 1MUIA 4EXGA 3PLLA 1G2KA 4XKXA 1OHRA 3S54A 2SAMA 3PBDA 3UDPA 2A4FA 5P4YA 3QBHA 3INDA 5P33A 4EJ8A 2IEOA 5P8VA 3UF3A 1EAGA 2Q5KA 2QP8A 2F3EA 3HBOA 1K1UA 5P36A 4APRE 4Y3WA 4DQCA 3KDCA 5P7NA 3I2LA 3K4VA 2AOCA 3EMYA 5E5KA 2IS0A 1B6JA 2NPHA 4DUSA 4CKUA 3N4LA 5P52A 4RGHA 3ZKGA 4Y5MA 4ZPGA 3UFNA 3KDDA 4D89A 5OZXA 5P6JA 3O9EA 1LYWB 5P2RA 3OAGB 2QI4A 1G35A 2VIJA 5HDUA 4Y48A 2Q3KA 4OBDA 1T7IA 5P3MA 2V16C 5P5WA 4I0HA 1F7AA 2WEAA 4AMTA 5BRYA 4OD9B 4YD4A 4X7IA 5P4DA 1UPJA 1SDTA 2QU2A 2FMBA 2ZJMA 4FS4A 2IDWA 3BGCA 4Z4XA 5P6TA 2B7ZA 1EC1A 4L1AA 1K6PA 5P7FA 4FE6A 1NPAA 4Y3PA 4CMSA 4I0IA 4EHCA 3GW5A 3OGPA 3QROA 1BILA 2BPYA 2I4DA 3KN0A 1Q9PA 4Z2ZA 4NJVA 1FG6C 5TOLA 3SACA 4QJAA 3OHHA 2FNSA 1EC2A 1ZPAA 2IKOA 2FXEA 3NWQA 5P4MA 5IVSA 5COKA 5P57A 3DJKA 4Y56A 4J5JA 5HU0A 5P31A 2WECA 4ZE6A 3JVYA 5DR8A 4K9HA 1AXAA 3INEA 2ZJNA 4K8SA 4U7QA 5OZWA 3KT5A 5AH7A 5OZUA 4J0ZA 2Q54A 7HVPA 5P1XA 4Y3AA 3S56A 5P6VA 3VG1A 4LXAA 3IA9A 4R95A 5DQ4A 5P6QA 4FM7A 2PWCA 3WB5A 1FB7A 1MRXA 1FLHA 3NDUA 4EXHA 1C6XA 5OYVA 5P25A 1K6VA 5P3DA 4TRYA 4Y3TA 3L58A 3U7SA 3EL4A 5KQFA 5HCTA 3K5FA 3OU1B 4Y5CA 2R8NA 3TL9A 5P7YA 2FGUA 4EWOA 3F9QA 5P5GA 5P3TA 1EBWA 4H3IA 2VJ9A 5OYXA 5P0BA 5P2QA 9HVPA 4NJSA 1A8KA 1BVGA 2UXZA 5P73A 5IVRA 5P6HA 3VLBA 2QAKA 5P3AA 3BRAA 3PB5A 4R5NA 4DJUA 5P1CA 1HRNA 5P2SA 1HOSA 1HXWA 4QJ7A 3PEPA 1YTHA 3OUAA 3VFBA 3D1XA 5P26A 2FIVA 5HE7A 2ANLA 2G1YA 5P00A 5SY2A 1BBSA 3GI4A 5P2VA 4Y5AA 3RSXA 3DM6A 1EPPE 3OU4B 4YBFA 5P76A 3OOTA 3GGAA 5DR1A 3OQFA 4B00A 3NDXA 5P6CA 1HVIA 1G0VA 3PBZA 1OEWA 1AJVA 1VIJA 5I70A 3MWSA 3O9DA 5P3IA 1C6YA 1HSHA 4KB9A 3QVIA 5P8EA 2PWRA 3PVKA 5AHCA 5P3KA 2QMFA 5P7EA 2O4PA 5P1SA 5ENMA 1HVRA 2HS1A 1DMPA 3SA8A 5P68A 3VF7A 5P1DA 3S43A 5P1OA 3Q6YA 4Y3QA 2WF1A 2NXDA 3PLDA 3I25A 3O9HA 3ZKXA 2ZGAA 4PHVA 2ZJKA 2HB2A 1T7KA 5P2FA 2BB9A 2HPEA 4Y36A 5P3LA 3S7MA 4DPFA 2QI6A 5AH9A 3IGBA 1DP5A 5P7QA 3ZPSA 4AZYA 2EWYA 4Y9WA 4XXSA 5P8UA 2WJOA 5P6ZA 2QZKA 5P61A 5OZ2A 3CYWA 5P2OA 4RROA 1SIVA 5P4IA 3H0BA 3RU1A 7UPJA 5P4JA 3VV8A 1BIMA 1FKNA 4Y5KA 2PSVA 3M9FA 5P84A 4A6CA 2HB3A 3EL5A 1M0BA 1SDUA 2H6SA 5HDVA 3HDKA 3BUFA 5P11A 4NJUA 3S85A 4IVTA 5P3EA 4L7JA 1YT9A 2WF4A 4YOAA 1ZTZA 3UDHA 3K5GA 4F73A 3NDWA 3NR6A 5OZZA 3U6AA 5P60A 2NNPA 5P0KA 3NU4A 3EM4A 5P22A 2AVVA 1C70A 3PMUA 4B77A 5P5FA 5P7KA 3PSUA 1LV1A 5ISJA 4QJ8A 2CEJA 3UQUA 1EPRE 5P5QA 1EBZA 1MPPA 5P2AA 2ZJJA 4J0TA 2XFJA 1HVSA 3G72A 3VFAA 2I4WA 4GJBA 1ZBGA 5P3OA 1HHPA 2OHTA 4Z50A 5P8QA 5P1VA 3R4BA 3PGIA 5P0SA 1HWRA 1MSMA 2PH8A 5P38A 5P18A 1SBGA 2WF3A 4GB2A 5P8JA 1ZP8A 2XFKA 2G21A 2QHCA 1MIQA 1KJFA 2WF0A 5P5LA 1HTGA 1LYBA 3TH9A 4Y35A 3FNUA 1J71A 5P49A 1K2CA 3D3TA 2JJIA 5DQCA 6UPJA 1T3RA 3KFRA 4L7GA 3EL0A 1PPME 3LPJA 2OHKA 4EJDA 3R2FA 1A30A 4Y50A 3TKGA 5P0FA 5P2GA 1XE6A 4A4QA 5P32A 4DQFA 5OZBA 1TSQA 3PCWA 3PRSA 1GNMA 3ER3E 5P3QA 5T4SA 1LYAB 4N00A 1GNOA 3OGQA 2P8HA 1OD1A 3RTMA 1K2BA 5P0AA 1IDAA 3KDBA 4PZXA 2QMPA 3HLOA 4ZPEA 4F76A 4B78A 4Y3YA 5JFUA 5P28A 1LYWA 3OAGA 2ER7E 1T6GA 5P85A 2ZHTA 5P2BA 3PMYA 5P5YA 3QS1A 3PM4A 2R9BA 1TQFA 1HTFA 2NR6A 1OEXA 5EZXA 5EZZA 4OD9A 5P7HA 5UPJA 4I8WA 5P6SA 4D83A 5P4KA 4Y4XA 3S45A 2O4SA 3QBFA 5P5AA 3NU5A 1ME6A 5P63A 3TPLA 1HVHA 4RZ1A 3LIVA 4M8XA 5FIVA 3ZMGA 2WEZA 1XN3A 5BS4A 4EYRA 5P5BA 4YCYA 5P66A 3GI0A 3ZKIA 2OHLA 1RQ9A 3HVPA 3DCKA 2P3AA 4GJ9A 5HVPA 2J9KA 2ZJHA 3CIBA 3OTYA 3OQKA 4B70A 5P3ZA 1NH0A 2I4VA 4IVSA 3VEUA 5P17A 2QZWA 5P5HA 4EQ0A 2FS4A 5P4WA 4GMIA 2B8VA 5P0IA 4J0VA 5IVQA 5KR0A 4Y37A 3OQ7A 3NWXA 5P0TA 5P1MA 1YTJA 5P4SA 3BXRA 3WSJA 2QNPA 1MVPA 1META 2V12C 5OYYA 1XL5A 3NUJA 3EL1A 3I6OA 4YBIA 1QRPE 1BWBA 1IVQA 4ZIPA 1AM5A 3SABA 3OU1A 2XYFA 5P87A 4RVIA 4Y38A 3AUPA 5P45A 3MXDA 4DVFA 2RKGA 1LYBB 1HPOA 5COPA 3URJA 4Y3ZA 1RNEA 3WZ8A 2I0DA 3KF0A 5P3JA 3SA4A 4XX4A 5P3UA 3ZLQA 5P27A 5P4RA 5KQXA 4GJ5A 2QU3A 5P0WA 1UH8A 2AZCA 4YOBA 4F75A 3EKPA 1A8GA 4YHQA 3I7EA 4RRSA 1BDQA 1EPQE 4OBKA 5P5XA 4HDBA 3INFA 4Y3SA 3N3IA 5HU1A 5P71A 1EPNE 3OU4A 4Y4DA 3A2OA 4RVXA 1G6LA 4RRNA 3HAUA 4R91A 5P2DA 5P1YA 5BWYA 5P05A 5P6PA 4J55A 4Q1WA 3TKWA 4CPXA 4QLHA 5HCOA 2VJ6A 2PYNA 2XYEA 3T6IA 1E82E 4HDPA 5P8OA 4U7VA 2P3CA 4CPQA 5P1AA 2PQZA 4ZSRA 2OF0A 2QD7A 5P6FA 5P7XA 4BELA 3H5BA 5P3WA 3U71A 4TRWA 5DGWA 2AOJA 5SY3A 1TZSA 2NMZA 3QP0A 3SA7A 3L5EA 5P48A 6APRE 5P82A 5ISKA 5P8GA 5P04A 5AH8A 2UPJA 5P0PA 3URIA 5DQ2A 5KQYA 5P3RA 1EC3A 2O4NA 1HEFE 3VUCA 3LZYA 3PSYA 4ZSPA 4Y3NA 3SA3A 3NDTA 1IZIA 4M8YA 5P06A 1AIDA 2VIYA 5P8RA 3IXOA 1RV7A 3OHFA 3PI5A 3ER5E 3ZOVA 4B0QA 5AHAA 3APRE 4APEA 4I10A 4DJWA 5P4FA 3INHA 2QK5A 3KA2A 5OYWA 5P2MA 5P1KA 5HDZA 5P0VA 2IRZA 1M43A 2ZJLA 4Y58A 1IVPA 2A1EA 3OK9A 4FSLA 2NXMA 4Y44A 3BVAA 2RENA 2F3FA 2B8LA 4FRJA 1W6HA 1MEUA 4NKKA 1BXOA 3PCZA 2F3KA 3ZKMA 4EP3A 2V13A 5P7RA 3UQWA 5P4CA 4Y45A 3O9IA 5P2KA 5P62A 1FFFC 3VV7A 3IN3A 4OC6B 5P4AA 2R3WA 4K4PA 2AVMA 5P53A 1MT8A 4NPTA 5P0MA 4Y51A 2RMPA 4HDFA 4Y39A 5I3YA 3NXEA 5P64A 3ST5A 3UDYA 5P3NA 5OZ7A 4DI2A 5P1WA 5P23A 5P72A 1TCXA 1QDMA 3WB4A 3DCRA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2B7F A;  4J54 A;  5P5N A;  2AOI A;  4J1C A;  4F74 A;  4AA9 A;  2I4Q A;  1EC0 A;  4LXK A;  3S7L A;  3K1W A;  1GKT A;  1HII A;  1DIF A;  1D4H A;  5P47 A;  3UDJ A;  3EM3 A;  3KMX A;  1FQ6 A;  5OZG A;  4L7H A;  1KJH A;  4H3J A;  5P29 A;  2JYS A;  2OHM A;  5P55 A;  2VS2 A;  4JPE A;  4DQB A;  1ZSF A;  1QS8 A;  3G6Z A;  4FCO A;  3CKT A;  3SA5 A;  5P5E A;  5P24 A;  3NU9 A;  4ACU A;  5P1J A;  3B80 A;  4L1A B;  3R0W A;  4JEC A;  3NXN A;  4ZEA A;  4BEK A;  2BPV A;  1LF2 A;  3UQR A;  5DR4 A;  4Y3E A;  5OZI A;  2BBB A;  5P3S A;  1BDR A;  2J9J A;  5P6G A;  3T7X A;  4Y4E A;  4Y5L A;  4E43 A;  3GGU A;  5HE4 A;  3UPJ A;  3NUO A;  3O99 A;  2VIE A;  5P65 A;  3LPI A;  5P12 A;  2FLE A;  2PMA A;  5P3B A;  4Y4T A;  1MTR A;  5P43 A;  3L59 A;  2AOG A;  3BHE A;  3BC4 A;  2Z4O A;  2AID A;  1ENT E;  5CON A;  3MSJ A;  5P19 A;  5P51 A;  1MRW A;  1CMS A;  2Q55 A;  2BKT A;  2NTR A;  1FQX A;  4CPT A;  2FDE A;  3EKQ A;  1FEJ C;  4EQJ A;  5P2E A;  3OAD A;  2VA6 A;  3LNK A;  4LBT A;  1LZQ A;  3L5F A;  2AZ9 A;  4TVH A;  3FNT A;  4JP9 A;  1SH9 A;  2ZYE A;  4CPW A;  3HZC A;  2HB4 A;  3DV1 A;  5P78 A;  5P2Y A;  4DQH A;  1SGU A;  5P8B A;  2V00 A;  5P6E A;  5P01 A;  3SAA A;  5P6W A;  2BPX A;  3PWM A;  5I3W A;  5P5R A;  3CKP A;  2QHZ A;  1B6P A;  2V10 C;  4MC6 A;  3OWN A;  3EKV A;  3OUD A;  4J1H A;  4HZT A;  2FDD A;  2WED A;  5P7I A;  1APT E;  1PRO A;  2AOH A;  2ZE1 A;  3UQX A;  4I8Z A;  3LIX A;  2AVQ A;  2JXR A;  2PK5 A;  5COO A;  1SME A;  4TRZ A;  5P58 A;  1ZAP A;  4GJD A;  5P7M A;  5P1Z A;  2G1O A;  2NXL A;  3D91 A;  5P8K A;  2H6T A;  3SM1 A;  5P6B A;  5P4T A;  3KM4 A;  2APR A;  3FKT A;  1MT9 A;  4YDF A;  4FSE A;  4NJT A;  4FM8 A;  5P3X A;  3UDR A;  2G20 A;  2BQV A;  4GJC A;  4B05 A;  4LXM A;  5P6K A;  4COE A;  1HPS A;  2B42 A;  1HTR B;  5P8A A;  1D4Y A;  4HEG A;  5KR2 A;  2QI0 A;  5HE5 A;  4Y3J A;  1WKR A;  5B18 A;  5ENK A;  5OZ4 A;  3LZV A;  4EJL A;  5P8D A;  5P1L A;  1EBY A;  2BKS A;  4R8Y A;  1ODX A;  4Y3F A;  3LHG A;  4RYC A;  5P7J A;  4XX3 A;  2P3B A;  3S43 B;  5P5T A;  1WBM A;  5P4P A;  4I0J A;  1QBR A;  5P2J A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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