5P3RA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 180
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3rA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3rA01
4D89A 3BGCA 4BEKA 5HE4A 1IZDA 5P07A 5OZIA 3OWNA 2G26A 5P1HA 4LXAA 5I3WA 4ZSRA 5P10A 1YTHA 5I3XA 2VIZA 1SMEA 2OHMA 5OYSA 3FSMA 3QRVA 5DQ1A 1ZPKA 1PSOE 3SACA 4R93A 3PWRA 4QJ7A 3K5FA 2ZHRA 4D88A 4D83A 4YD3A 3DCRA 4CPSA 2QK5A 4LXMA 1HEFE 2Q64A 3QS1A 1MSMA 2QZXA 2AVQA 4Y3XA 5P41A 2ZJLA 4F73A 5BRYA 2FS4A 4HZTA 2G1NA 3HDKA 1B5FB 4ZEAA 5OZQA 5HTZA 1T6EX 4AA8A 1EPQE 2I0DA 2V16C 5P1KA 1E80E 5SY2A 5P5YA 5P2BA 3VYEA 3D1XA 4EP2A 3S7LA 5P5WA 1YTIA 3O9BA 4AMTA 3MSKA 2HB2A 2R8NA 5P22A 1HBVA 3VG1A 1JLDA 1PPME 3GI5A 3R1GB 5P73A 5P26A 5P6EA 3SQFA 1QRPE 4YDGA 1SBGA 4YCTA 3LIXA 5P75A 2QD8A 2BPZA 1FG6C 5AHAA 2G24A 5P5AA 1NPWA 1FMBA 5P5JA 2F3FA 5P0DA 4FRSA 2F81A 2ANLA 2G27A 2B42A 5P4TA 3UDHA 5P12A 2CEJA 1FQ6A 5P3NA 5DGUA 3TL9A 2FNSA 5P2DA 1HPOA 3VUCA 1SGUA 1PPKE 3JVYA 4OBGA 4NPUA 3ZPUA 5P7RA 5AH7A 5P00A 3H5BA 4YD7A 1HOSA 4YD5A 4COEA 3ECGA 1MEUA 5P19A 3EM3A 3A2OA 3K5GA 3PI0A 4HEGA 5P31A 4QGIA 3G72A 1EBZA 1K1UA 3DUYA 3BUHA 5P5PA 3IA9A 2P3AA 2QU3A 3ZKQA 3R4BA 2ZE1A 5P7KA 1T7KA 3O9HA 3KDBA 2ZJMA 4TVHA 4U8WA 2FXEA 4Y35A 4YD4A 1ER8E 3SPKA 5OZAA 2IGYA 2ZHVA 5OZNA 1T3RA 2RMPA 1FKNA 5P47A 3KT5A 2HPEA 4F76A 3IN4A 5P49A 2Q55A 3QI1A 3WSJA 4FS4A 4NJVA 4H3GA 3KFNA 3VFAA 4Z2ZA 1A9MA 5OZ9A 1KJHA 1MIQA 4DJQA 4H3IA 5P6HA 4BFBA 5KR8A 5P7LA 4EWOA 3OUAA 5P3DA 7HVPA 2IKOA 3FX5A 1Z8CA 2AZBA 4Y3HA 5B18A 4QJ2A 2O4SA 4DJYA 4RLDA 1XS7D 4GJ9A 3KM4A 4Y5MA 1GVUA 3PSGA 2WKZA 5P64A 1GVVA 2WF2A 1IZIA 3VLBA 1G2KA 1KJFA 5P2AA 4LHHA 2NXMA 4YHQA 5OYYA 3SLZA 5P4HA 5P3YA 2ER0E 2R5PA 5P5HA 1AXAA 3LIVA 3EKVA 4X7IA 3S43B 5P5SA 5P63A 3EKPA 4OBJA 2PSGA 1EC1A 3S7MA 2JJJA 5P1SA 3SABA 1ODWA 5P69A 5P56A 5OYTA 1FLHA 5ER1E 5P1NA 5P6RA 1GNNA 1EAGA 5P5FA 2APRA 1M4HA 2P3BB 1IZHA 3OU4B 5P7BA 4I8ZA 3APRE 2G20A 4DUSA 5OZWA 1APWE 1FQ8A 5DR3A 4DJWA 3O99A 3O9LA 1PROA 5P4IA 5P7XA 1BVEA 1EPME 4J1KA 2QNPA 4Y53A 8HVPA 5P1RA 2AVOA 3NLSA 5P18A 3HAWA 3WB4A 3DM6A 3IN3A 2VNNA 5P2CA 4U7VA 5P8IA 4LL3A 3OU1B 5P5ZA 4BELA 5P7MA 3RSVA 5P5RA 3U7SA 3UQRA 5P70A 3OUDA 5I70A 5P8TA 5P4PA 1WBKA 3IVIA 2OHUA 2CENA 4ZE6A 1IVQA 3NXEA 2JE4A 1SDVA 3UFLA 5P7HA 4DJVA 2WEZA 5P6QA 1FQXA 5P8EA 3U71A 3HVPA 5P6JA 1UPJA 4FLGA 2BPXA 4J5JA 1LYAA 1W5XA 3C9XA 3PB5A 5P80A 4JPEA 1EBWA 2QMPA 5P4DA 1B6PA 1XN2A 5P15A 3GI4A 3KYRA 1M0BA 2G1YA 5P4UA 4Y3ZA 3ZKXA 5P36A 3JVWA 3R0WA 5KOSA 4M8YA 5JODA 2WF1A 5P3RA 1HTRB 3PSUA 4LAPA 4Y3GA 3CIDA 4Y5BA 1BV9A 4Y57A 4Y37A 1RPIA 5P0OA 1HXBA 2PQZA 5UPJA 4GJ7A 4OC6A 1RQ9A 2FXDA 5P02A 4Y3EA 4E43A 2I0AA 3EC0A 1PSAA 4Y3NA 3OK9A 1MTBA 4CP7A 1SIVA 4CKUA 4Y38A 5P7YA 5P51A 4OD9A 5DQCA 4R5NA 3EL5A 5P0EA 2OHNA 3OQKA 1KJ7A 4RYCA 3PVKA 5P1VA 5P4XA 3UQPA 4Y4AA 3BRAA 4YOBA 3LHGA 5JG1A 4OBZB 4Y5KA 5P3VA 4XKXA 2O4NA 5P2YA 2RENA 5P7CA 5P37A 5IVQA 3OY4A 3SKFA 3SO9A 5KQZA 2P3CA 5P1IA 3VYFA 4LC7A 2QMGA 5P6YA 1CZIE 3LNKA 2BBBA 4Y58A 5P3JA 5OZRA 5P44A 1LV1A 4Y3TA 1SP5A 1KZKA 3OUBA 4J0TA 5P05A 2WF4A 5ISJA 1FF0C 4OBDA 5P34A 2H6TA 1LYWB 2BJUA 4Q1XA 1HVCA 3RTHA 1M43A 3OAGB 5P77A 2OHLA 3L5DA 1DAZC 2ZJHA 3KN0A 3ZOVA 1FFIC 3DJKA 5P5KA 2V11C 3FNUA 4B05A 4I1CA 1W5WA 5IE1A 2QZLA 2PWRA 5P0RA 4RGHA 5P4BA 3FV3A 3UDPA 4A6CA 1IDBA 3ZPTA 3DCKA 4K9HA 4Y41A 4WY6A 3KA2A 1ODXA 3ZKIA 3SA7A 3D20A 5P3ZA 2WF3A 1DP5A 5DQ5A 3BVAA 2FLEA 2J9JA 5P01A 3MXEA 3GGXA 1AIDA 2NPHA 4EHCA 5P0ZA 4DV9A 5P58A 4H1EA 5P7NA 4J1EA 4Y4TA 2Z4OA 4NPTA 4MC2A 4HDFA 5P6MA 5HVPA 3O9IA 4ZSQA 5P8SA 3PLLA 5P3SA 5P2HA 5F00A 2ER6E 4F74A 1GVWA 4H3JA 1ZPAA 5OYRA 4B70A 5P1LA 1NPAA 3KDCA 1XN3A 5P78A 3BUFA 5P8NA 5P33A 1CPIA 4LP9A 2VNMA 4DJRA 4DH6A 3OXXA 3URJA 3QN8A 2HC0A 5AH9A 1LF3A 2QMFA 4OBHA 3LINA 5P8DA 5P0LA 4B0QA 5OZFA 4Y3MA 3VEUA 1B6MA 1HVRA 4RRNA 2PC0A 5P2IA 3LIQA 3O9CA 1MT8A 2ZDZA 3I2LA 4GJ8A 1HVSA 5P62A 5P6BA 3S56A 4L6BA 2OHTA 1AVFA 5P1QA 5P0IA 1YM2A 1YTJA 1FQ7A 2OHKA 3EKXA 5P81A 3EKTA 1FQ5A 2F3EA 2AOJA 3PCWA 1DMPA 5P7VA 1D4IA 1E81E 2VJ6A 4XX4A 5P8JA 2G69A 5P3TA 2OHRA 4J1FA 5P25A 5HD0A 5P59A 4QJ6A 4ZPFA 2BB9A 3KFSA 1TW7A 4QJAA 5P6VA 2ZJKA 4R95A 5CONA 1MESA 3HBOA 4FSLA 5P40A 4MC6A 1PSNA 1T7JA 2ZJNA 3UPJA 5HE7A 2Q15A 3S45A 1IVPA 2VJ7A 2OF0A 3L5EA 2VA7A 1G35A 4I11A 3LZSA 3QBHA 1MRXA 2HM1A 2AOEA 5P4ZA 2QI4A 1EPOE 4Y5CA 4FGXA 4Y3YA 4Y5GA 5P6IA 1HSGA 4NJTA 4RCDA 1IZEA 7UPJA 5P7QA 4YD6A 4YBIA 2WHHA 5DR0A 4R91A 2QAKA 5P7OA 5P28A 3EMYA 3N4LA 5P3MA 3K1WA 4ZLSA 4Y3FA 4FIVA 4ACUA 3I7EA 5P6FA 5P2FA 3INFA 5P55A 1LYBA 2Q3KA 1Z1HA 3PWWA 3NDWA 2NR6A 5P86A 4AZYA 3O9GA 3OU3A 4RVJA 5P13A 1MRWA 1K6CA 5P4EA 2IEOA 5IVTA 1FFFC 5CLMA 1U8GA 3QVIA 3U6AA 1HHPA 3VSXA 4Y3DA 3T7PA 5AH8A 2QZWA 4Y43A 1HPXA 5P35A 1HTGA 3Q3TA 5P2GA 2P4JA 5P4KA 5ER2E 1C70A 2B60A 3TPPA 1TCWA 1D4JA 1TQFA 5P8QA 2B7ZA 1EEDP 4Y4BA 4HA5A 3UDKA 1BVGA 2QU2A 4Y4UA 4LXKA 3IAWA 1B6KA 5P7DA 4M8XA 1UH7A 5P1TA 1RV7A 1QBUA 5P2LA 1HVLA 3NR6A 3OQ7A 1SDTA 2QI1A 2CEMA 5HDVA 4JPCA 4Y3AA 5P39A 2QD7A 3BHEA 5OZ2A 2V00A 3EL9A 1VIKA 4FCOA 3UHLA 5OZGA 5P4QA 5P4MA 2FGUA 4OBKA 3OADA 5P1EA 2NXDA 5E5KA 5P0VA 3PGIA 1EC3A 2QI0A 3S54A 3VF7A 4ER4E 4Q1YA 5BWYA 3Q6YA 3OXCA 1AJXA 4YCKA 1MT9A 4DQBA 2ZHTA 3T6IA 3CICA 5C9DA 1EC0A 4Y4GA 1T6GA 3PMUA 1EC2A 1F7AA 2HS2A 3BGBA 2FDEA 4DQHA 2I4UA 5OZUA 1GNMA 3KDDA 5OZSA 5P1FA 4YE3A 5P3CA 2R9BA 2IL2A 2UPJA 4Y3RA 1D4LA 5HDZA 2QNQA 4TRWA 3ZL7A 3UDJA 4HE9A 5P7EA 2HB3A 4L7JA 5P03A 4DFGA 2XFIA 1HSIA 4J55A 1HTEA 1OHRA 2WEDA 2VS2A 5KOQA 5AH6A 5P8GA 2NTRA 3URIA 2FDPA 4DJPA 2VJ9A 1EPLE 3HZCA 3CYXA 2R3WA 3OQFA 2JYSA 1B5FA 3KFRA 4FRIA 4FM6A 2WJOA 1HVJA 5P3FA 5OZ6A 5DQ4A 5P09A 2BQVA 3QAAA 4KE0A 3OQDA 4J17A 5P5TA 5P6LA 5C9FA 1YM4A 5P8OA 2F80A 1WBMA 2I4DA 2I4VA 5P0NA 5P8MA 5P68A 5HDXA 3S53A 4B1DA 1IBQA 3NSHA 1FMXA 3UQUA 4GYEA 1HIIA 3DK1A 3FNSA 3DV5A 5OZ4A 5P3LA 1BILA 2R38A 2VIYA 5P7SA 4FM7A 1VIJA 5P2WA 4APRE 4TVGA 5P4LA 4KUPA 4YOAA 1ODYA 4HVPA 2PK6A 4RCEA 2Q11A 5P24A 4TRYA 2QI6A 5P5VA 5P2EA 4RZ1A 2AODA 1EPRE 3EM4A 3L5BA 5P43A 3HW1A 5P1JA 5P5EA 5P0HA 4FL8A 2AZ9A 5P8UA 1W50A 3L58A 2QI3A 3OXVA 1LS5A 1XL5A 2OHSA 5P4AA 3GGUA 5P0YA 3ZLQA 5P5NA 5P17A 3CYWA 2UXZA 4J1HA 1TCXA 1K2CA 3RU1A 5DQ2A 5P2NA 5P7AA 5P23A 4Z4XA 1Q9PA 5KR2A 3TNEA 1HPVA 5P7JA 4Z50A 2PSVA 1RL8A 4KE1A 3NU4A 3PM4A 5E5JA 3HAUA 2IGXA 3SKGA 5KAOA 3CKRA 3SA8A 2WL0A 3IVHA 1LF4A 3L5CA 5OZJA 5KQXA 4ER2E 3LITA 5P4SA 3KT2A 2RSPA 4Y3SA 4Y4ZA 1TSUA 4N00A 5P74A 2P8HA 4R92A 5P1AA 5P6KA 3SA6A 5P1OA 5P4WA 3VLAA 4CMSA 3EL0A 1BDQA 2ZGAA 3O9FA 3VF3A 4DJXA 4I12A 2UY0A 2I4WA 1TSQA 3QRMA 4YDFA 3WZ7A 5COOA 5P82A 5P7TA 3UQWA 4K4PA 2HPFA 4L1AB 5P27A 3OOTA 5P0QA 3PJ6A 4TRZA 5P2KA 1APUE 1D4YA 4I0JA 5IS4A 3SFCA 3ST5A 3I8WA 1LZQA 2AQUA 3PCZA 3BXRA 3D1YA 1PPLE 5KR0A 1BV7A 1EBYA 4Y47A 4EXGA 1BXOA 1OEWA 3OUCA 5P6GA 5P6NA 3TH9A 1YG9A 4Y6MA 3DV1A 2RKGA 3Q4BA 1D4HA 3LPJA 5P6TA 3S43A 4Y9WA 5OYUA 1A8KA 3PHVA 4Y4XA 1MVPA 5P5MA 3NWXA 2QNNA 2R3TA 5P52A 4EQJA 4J0YA 1FIVA 3OTSA 3WZ6A 2P3BA 3OU4A 5KQYA 5P6CA 5P2VA 4Y5NA 3PI5A 3T7QA 3IGBA 5P60A 2VA6A 4WTUA 5BS4A 2FGVA 5OZCA 2G1OA 3O9DA 5P3XA 3TOHA 2IS0A 5P6OA 5OZPA 5OYZA 3TPLA 2NNKA 2IENA 4J1CA 4Y4EA 3K5DA 3NXNA 5P1DA 5P7UA 5P0BA 3FIVA 1HPSA 4FAFA 4CPUA 3FNTA 2AVSA 2PWCA 5HCTA 3IXKA 2BKTA 2ZJJA 5P5CA 3KFPA 4Q1NA 5OZMA 3GW5A 1MPPA 3NU3A 4IVSA 3QIHA 5P1GA 2AOHA 3OU1A 4PHVA 5OZYA 4Y44A 4AUCA 3ZMGA 3L3AA 2QP8A 2V12C 1META 4QJ8A 4JOOA 3OGPA 5OYWA 5P83A 5EZXA 5P0CA 5HDUA 2PH6A 3EKQA 5P8HA 5P5IA 1ENTE 5P06A 3HD8A 3LIZA 4HDPA 4Y45A 3SA9A 4Y51A 2QI5A 4ACXA 4LBTA 1HWRA 1LF2A 1D4KA 2FIVA 5P7FA 2I1AA 4J0PA 4K8SA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4D89 A;  3BGC A;  4BEK A;  5HE4 A;  1IZD A;  5P07 A;  5OZI A;  3OWN A;  2G26 A;  5P1H A;  4LXA A;  5I3W A;  4ZSR A;  5P10 A;  1YTH A;  5I3X A;  2VIZ A;  1SME A;  2OHM A;  5OYS A;  3FSM A;  3QRV A;  5DQ1 A;  1ZPK A;  1PSO E;  3SAC A;  4R93 A;  3PWR A;  4QJ7 A;  3K5F A;  2ZHR A;  4D88 A;  4D83 A;  4YD3 A;  3DCR A;  4CPS A;  2QK5 A;  4LXM A;  1HEF E;  2Q64 A;  3QS1 A;  1MSM A;  2QZX A;  2AVQ A;  4Y3X A;  5P41 A;  2ZJL A;  4F73 A;  5BRY A;  2FS4 A;  4HZT A;  2G1N A;  3HDK A;  1B5F B;  4ZEA A;  5OZQ A;  5HTZ A;  1T6E X;  4AA8 A;  1EPQ E;  2I0D A;  2V16 C;  5P1K A;  1E80 E;  5SY2 A;  5P5Y A;  5P2B A;  3VYE A;  3D1X A;  4EP2 A;  3S7L A;  5P5W A;  1YTI A;  3O9B A;  4AMT A;  3MSK A;  2HB2 A;  2R8N A;  5P22 A;  1HBV A;  3VG1 A;  1JLD A;  1PPM E;  3GI5 A;  3R1G B;  5P73 A;  5P26 A;  5P6E A;  3SQF A;  1QRP E;  4YDG A;  1SBG A;  4YCT A;  3LIX A;  5P75 A;  2QD8 A;  2BPZ A;  1FG6 C;  5AHA A;  2G24 A;  5P5A A;  1NPW A;  1FMB A;  5P5J A;  2F3F A;  5P0D A;  4FRS A;  2F81 A;  2ANL A;  2G27 A;  2B42 A;  5P4T A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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