5P3SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 181
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3sA01
1W50A 5P2ZA 5P3ZA 5P2YA 2BBBA 4I1CA 4ZSMA 5P24A 4EP2A 4ZIPA 2B7FA 4NJUA 5DR7A 3O9EA 3OWNA 5P2JA 5P16A 3O9CA 3R0YA 1FQ4A 5OZ9A 5PEPA 1EC0A 1HHPA 5P6AA 5OZSA 4Y43A 5P1LA 2HAHA 1MTRA 2PC0A 3NYGA 1E80E 4HE9A 3ER3E 4B1DA 5P2NA 4OBKA 5P5XA 1HSHA 5C9FA 5P5NA 2AODA 2VIZA 1VIKA 3PMUA 4FSLA 4HDBA 4J1HA 4J17A 5P0AA 1ZTZA 1META 2F80A 2G1RA 5P4DA 5AH9A 1BWBA 5P6ZA 4LXMA 4RRNA 5P41A 5OZEA 5P4ZA 4I0IA 4PYVA 5P57A 4B00A 3IGBA 4H3IA 4APRE 5P88A 3B80A 3GI4A 3OOZA 1FEJC 3LIQA 2QHYA 3S7MA 2UXZA 3SABA 6APRE 5P6MA 1NPVA 1KJFA 3RU1A 2R5QA 5P2EA 3VSWA 3NU5A 2RSPA 3I8WA 4AA9A 5P5CA 3NU3A 2VA7A 3INEA 1M43A 2WEDA 2O4LA 3JVWA 5P6QA 2QHCA 5TOLA 4E43A 3PLDA 1A9MA 4HDFA 3O9FA 2OHNA 5P4LA 5BRYA 4I0GA 2V13A 1AZ5A 3LZUA 2P3DA 5JFPA 2P83A 2ZHVA 2NXLA 3B7VA 3QS1A 3S7LA 3LIVA 3PMYA 2SAMA 4AUCA 4L1AB 5P8CA 4DVFA 3IN4A 4R95A 2HS2A 4NJTA 3UDPA 5P8IA 5OZPA 4B0QA 1J71A 1PPLE 5DQ2A 5P7OA 1IDBA 3PWRA 1FMXA 5P80A 5KQXA 4Y57A 4Y3SA 4MC2A 3R0WA 4ZSRA 5P58A 1IZIA 3LIYA 3L38A 3K5DA 4DH6A 4U7VA 1KJGA 5AHAA 3OXVA 1PPKE 5P0DA 3GI6A 1LYWA 3OXXA 4EXHA 5P00A 5COKA 5P6TA 2P3BB 3ZOVA 3PVKA 6FIVA 1BV7A 1M4HA 2G1NA 1EPQE 2OHLA 5P2VA 3MWSA 5P6VA 4GYEA 5OZBA 4DJVA 4Y3TA 4J1CA 4Y4BA 1BDQA 4AMTA 4DJRA 3UFLA 1MT7A 5P5LA 1LEEA 5P0GA 4EYRA 1C70A 1OEXA 5P5GA 2FS4A 3PCZA 1GNMA 3UQUA 2QMGA 3VSXA 1SH9A 4RVXA 5P0OA 5P65A 2ER7E 2PYNA 2I1AA 4ZSQA 1SGZA 5P2MA 5P6SA 5P6XA 2Q15A 3G72A 2F8GA 4Y3WA 5P7EA 5P6YA 2AOJA 2QK5A 5P1TA 3D91A 4DJYA 2G27A 5P4VA 4Y3AA 2A1EA 3OADB 2OHTA 5P0TA 3URJA 1CZIE 4CPTA 5OZUA 5P23A 4I8WA 2OAHA 2PSVA 5P7IA 3CKRA 5DQ5A 4Y3XA 3JW2A 5P1GA 3RSXA 4OBHA 4Y37A 2IL2A 3HDKA 4RROA 3ZKXA 4Y3PA 5CONA 2JJIA 5KQYA 5P31A 3VEUA 5P06A 4OD9B 5P89A 4Q1NA 3KT5A 5P2LA 2RKGA 1DAZC 2PWCA 4LL3A 4L7JA 5P37A 2P8HA 3ZKNA 5BS4A 3UDRA 4OBDA 5OZTA 1Z1HA 1E81E 1EPLE 3TKGA 1ZLFA 3FX5A 5P7FA 3SA6A 2BJUA 5OZCA 2R38A 4Y47A 2I0AA 3UDNA 5P5IA 2I4DA 5P20A 3L5FA 4J55A 4ZPEA 3BVAA 4TVGA 2CEMA 2ANLA 3PGIA 3UQWA 5P3UA 3NUOA 3VUCA 3SKGA 1A8GA 4FRSA 5SY3A 2ZHSA 4APEA 5AGZA 5P1ZA 4TRZA 4YCTA 1ODYA 5P8OA 1Q9PA 2PSUA 5OZ2A 2HS1A 1G0VA 2WF2A 3DM6A 3TOFA 4DQEA 4Y3GA 2NTRA 5P5OA 4OBZB 5P2AA 3SA5A 5P6WA 5E5KA 4I11A 5P3OA 3MSLA 2IKUA 2IENA 3NDUA 5HE4A 4J0PA 3VYDA 3D3TA 1HIHA 4Y3JA 5JFUA 2R9BA 3L59A 2IS0A 4H3FA 3KA2A 5FIVA 3CMSA 4B1CA 5I3YA 2AQUA 1HTRB 5P0XA 1GNNA 3KFPA 5P6RA 5P6IA 4Y39A 7UPJA 1IBQA 2BKTA 2QI0A 2FIVA 5KQFA 1QBSA 2XYEA 3SLZA 1YG9A 4FE6A 4Y38A 3TL9A 4XX4A 4J0ZA 3KDCA 3OTYA 5P4EA 2QP8A 2WF0A 3OU4B 2ZJMA 5OZXA 4DQCA 4Y5KA 2O40A 5P4NA 2Q55A 5KAOA 3TTPA 5BWYA 5P50A 2QD6A 4K4RA 4I0FA 4EJKA 4CKUA 2AVSA 3EKQA 3HBOA 3L5EA 3NU9A 1F34A 3UPJA 3KT2A 5P48A 5P3VA 3QRVA 1HIVA 5P30A 5P0CA 5OZ4A 5P0SA 2HM1A 5P29A 2XFJA 1W5VA 4HA5A 1OHRA 2WJOA 5KOQA 5P60A 1HVJA 2OHRA 3O9DA 3LPIA 4FM7A 4YA8A 3N4LA 2V16C 5P86A 4Y41A 4Y3MA 5P5BA 4Y4ZA 3LIXA 1A94A 4ER2E 2H6TA 3O9AA 5P6PA 2NPHA 1MT8A 3IVHA 3CKTA 3SM2A 5HE5A 5OZHA 1UPJA 2BPVA 4HVPA 1XN3A 5P2UA 3D1XA 5P2OA 3OADA 3S8IA 5P0NA 3T6IA 5P5KA 3NDTA 4BEKA 2QZWA 5P8UA 3PI0A 5P55A 1BILA 5P63A 2RENA 3BHEA 3RTNA 5P1YA 1NSOA 1HEGE 2RKFA 5OZGA 5P4HA 3K5FA 2NXDA 4YD7A 4GMIA 3CIDA 4Y4WA 2ER6E 4Y53A 4Y51A 3SKFA 5P76A 3NSHA 2F81A 5P18A 2QAKA 4EWOA 4EP3A 5P8TA 1DIFA 4Y4XA 5I3WA 1W5XA 3ZPSA 1PSOE 3WSJA 1W5WA 5DQCA 2RMPA 4ZPGA 2ZHRA 4ZEAA 3CIBA 2R3TA 2P3AA 3KMXA 3TPLA 1HBVA 1A8KA 5P07A 5P5TA 2ZJKA 3OQAA 4YOBA 5P75A 2QI6A 3D1YA 5ENKA 3OUDB 5AH8A 5P46A 5P5AA 4DJUA 3GGXA 5OZ0A 2IEOA 5UPJA 1B6LA 2ZJJA 5JODA 2I4UA 5P3KA 4ER1E 5P7XA 5HDUA 4OBZA 3EL4A 4OBJA 3OHFA 5P3MA 3ZKIA 5P6JA 1QBTA 2FNSA 4NKKA 4WTUA 2J9JB 3BC4A 5P2QA 5P7KA 5P7ZA 4I0EA 2QMPA 3BXRA 3ZKSA 3T7PA 5P3WA 2AOEA 5P15A 4A6CA 5P3XA 3SAAA 3HW1A 5P4KA 5P5VA 4S1GA 1BV9A 1RPIA 2XYFA 5P1PA 4K4QA 2AVMA 3FIVA 5P3RA 5P4XA 1AIDA 5P64A 3TLHA 3HAUA 5OZNA 2WF1A 4Y5AA 5P81A 4HDPA 1M0BA 5P05A 4GJ5A 1DP5A 1W6IA 5DR1A 2IQGA 2AZ8A 2V00A 4GJAA 2ZYEA 4QJ7A 2AVQA 5OYWA 5P0RA 4X2LA 1APVE 5P8HA 3UDKA 3I6OA 3NLSA 4GJDA 4H1EA 1FQ7A 5P8LA 5P39A 1FFIC 1AM5A 2AOCA 4D83A 3EM4A 5P8MA 1PSAA 1TZSA 4CPQA 2HB4A 4BFBA 4D85A 1AJVA 5AHBA 1HTFA 1K2CA 2OHKA 1LF3A 2V0ZC 3OUCA 4Y9WA 3VV7A 4QJ9A 3EKPA 3F9QA 4Y3LA 3LPJA 5P5QA 4Y36A 5COPA 1BVGA 5P6LA 2J9KA 1SDTA 4B77A 5P49A 4J5JA 5P5ZA 1HVIA 5P1RA 4DQFA 3TPJA 4LP9A 3ZMGA 3HVGA 3OQ7A 4MC9A 5P22A 4CPRA 1MTBA 3IXKA 5P68A 3T3CA 3TPPA 1B6KA 3GI0A 4JPCA 3LINA 3RVIA 5P1NA 2Q64A 3TNEA 4Y5LA 1HXWA 3IVIA 1T7KA 1LF2A 2G21A 5P1VA 1HVLA 2BKSA 5P0VA 1HTEA 1DW6C 1ZJ7A 4Y3EA 4A6BA 5OZWA 5P52A 5P56A 2O4SA 5DR4A 3S43B 1SIPA 4J0VA 2P4JA 1AJXA 4OC6B 3DCKA 1HVKA 4R8YA 3H5BA 1HVCA 3Q4BA 5APRE 1EAGA 3PWMA 1YT9A 4Y5EA 1JLDA 5P66A 3GGUA 3KFNA 4J0YA 1HSIA 2AOHA 3UDYA 5P28A 4Z50A 2VIYA 3NU4A 3APPA 1YTJA 1K1TA 5P74A 5P8RA 3OU1B 3BXSA 3PBDA 5OZFA 1BWAA 2B8LA 4Z4XA 2VJ9A 2FGVA 5P2WA 5P3AA 4Y44A 1HXBA 4YD6A 3VFAA 4RCDA 5T4SA 2A4FA 4LAPA 2Q11A 2JYSA 1B5FB 5P0HA 2QZXA 5P5FA 3ZL7A 2JXRA 3LHGA 3FV3A 5COOA 2B7ZA 5SZ9A 2OF0A 3QAAA 5P2KA 1ODXA 3INFA 3S53A 4CPXA 4TVHA 2FDPA 4RZ1A 1NH0A 2AIDA 4QJ2A 5P6HA 2WECA 3U6AA 5P6UA 4CPUA 5DR8A 3TH9A 5P2GA 5P1CA 3EL1A 5P5RA 1KJ7A 1EEDP 2FXEA 4COEA 4Y48A 2APRA 4FRIA 4YE3A 5DR3A 3EM3A 5P85A 4DJWA 1WKRA 5KR0A 4L7GA 4OBGA 2R43A 3EL5A 2FNTA 1HRNA 3U7SA 1LS5A 4YOAA 4DQGA 2AZ9A 3NXNA 4XKXA 4KE1A 5P87A 4EHCA 5P42A 2HB3A 5P6GA 5P4YA 2QI5A 3AUPA 1FIVA 3L5BA 5P2XA 1ZBGA 4BELA 3K1WA 2VIEA 3UHLA 2PQZA 3PRSA 5P51A 5CLMA 2AZCA 5P6NA 4LXKA 1NPAA 3LZVA 3SO9A 4YD4A 3LZYA 5ISKA 3SFCA 4DPFA 5P0QA 3UDHA 1MPPA 9HVPA 2OHSA 1ODWA 5P5PA 4DJPA 3KN0A 1FG8C 3KF0A 5P32A 1HIIA 3GW5A 5P4SA 2B42A 1K1UA 3EKTA 5P53A 1SGUA 5KR2A 3OGQA 2OHMA 1LF4A 1FQ5A 1MSMA 5P33A 5P8PA 2OHQA 2FXDA 4Y3QA 3SA3A 5AHCA 2R3WA 4TRWA 3EKXA 2IRZA 2Q63A 4H3GA 5HDXA 3EC0A 5ER1E 3O99A 1B6MA 5P7LA 5OZ8A 3UDMA 4JECA 2NXMA 2WEAA 3QRSA 4ER4E 4LXAA 4ZLSA 1C6ZA 1EC3A 2ZJHA 4XXSA 2FLEA 2WEBA 4ZE6A 1GVWA 5P2HA 5P44A 2BB9A 4YBFA 3URLA 3SM1A 2ZJLA 3VF3A 5IVSA 5P6CA 4QGIA 2WL0A 4N00A 3VYEA 4DQBA 4Y56A 3OUBA 1YX9A 4Q1WA 5P54A 2BPXA 2V11C 5P1KA 1BVEA 3UQPA 3G6ZA 3VG1A 4PHVA 3OGPA 5P8AA 2HB2A 2PK5A 3HZCA 5P1QA 1HVSA 1ZAPA 5P0LA 3EKVA 4UPJA 2AVOA 5EZZA 2VKMA 1QDMA 1HPSA 2NNPA 2AVVA 2G22A 4CPSA 3TOGA 3BVBA 2QI7A 5P1MA 5F00A 2QZLA 5P77A 2ZGAA 3BGCA 3BUHA 1LYBB 4Y58A 4L1AA 1G2KA 3QBHA 3OXCA 3QN8A 1TQFA 1EPNE 4J1IA 5P7QA 3K5CA 2R8NA 3PCWA 2BQVA 4Q1XA 5P4RA 1OD1A 5OZIA 3PM4A 4CMSA 4GB2A 5P7BA 5P7WA 5P3HA 3VYFA 5P79A 2VS2A 4FLGA 5DGUA 5HD0A 4XX3A 2QI3A 2VNMA 1SBGA 5P2IA 4F74A 1APTE 5OZJA 3PEPA 4D8CA 2P3BA 5P5SA 1EBKC 1IDAA 2FDEA 3M9FA 3UCBA 3PSYA 3MXEA 5P5MA 3UDQA 3OAGB 3URIA 2R5PA 3DUYA 4FL8A 2QNQA 5OYTA 3INDA 3QPJA 1FMBA 1IVQA 4D89A 5P4QA 2B8VA 3CICA 3BRAA 5P5WA 5P1IA 4MC1A 5P8KA 5P12A 2CENA 5OZ6A 3I25A 5P59A 5P5JA 1SMRA 1XL2A 4OBFA 5P2CA 2VA5A 1AXAA 3D20A 4I0DA 3EXOA 3IAWA 5HCOA 4Y3NA 5ENMA 2QMFA 4FCOA 4YCYA 5OYZA 3WB5A 5P3DA 2IKOA 1F7AA 4YD5A 2NR6A 2WF4A 5P3JA 5P7DA 4B05A 3GI5A 1XE5A 1D4LA 1MESA 5P8QA 2I4WA 3EL0A 3EMYA 4GJ6A 4F75A 2OHUA 3SA9A 5P0UA 2IGXA 5I3XA 4KE0A 1B6JA 1ZSRA 1LYAB 3LIZA 2BPZA 5P67A 5P4OA 2VJ7A 4FS4A 4FGXA 1PPME 2ZJIA 4RYCA 1G6LA 4OD9A 3RTHA 8HVPA 4F73A 5OZDA 4EJLA 1OEWA 2G20A 5P5EA 4A4QA 4HLAA 4CPWA 3EBZA 1CMSA 1MSNA 4Y4JA 2QHZA 3UQRA 3VLBA 1BDRA 1XE6A 2XFKA 5ISJA 3LZSA 1HWRA 1ZPKA 5KQZA 4DJXA 4L7HA 2ZHTA 4I0ZA 5P4UA 3EM6A 4L6BA 3DV5A 3ZPUA 2IGYA 3ZLQA 1QS8A 1RNEA 2Q54A 4FAEA 3AIDA 1QRPE 1C6XA 5OYSA 5P11A 2QU2A 5P43A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W50 A;  5P2Z A;  5P3Z A;  5P2Y A;  2BBB A;  4I1C A;  4ZSM A;  5P24 A;  4EP2 A;  4ZIP A;  2B7F A;  4NJU A;  5DR7 A;  3O9E A;  3OWN A;  5P2J A;  5P16 A;  3O9C A;  3R0Y A;  1FQ4 A;  5OZ9 A;  5PEP A;  1EC0 A;  1HHP A;  5P6A A;  5OZS A;  4Y43 A;  5P1L A;  2HAH A;  1MTR A;  2PC0 A;  3NYG A;  1E80 E;  4HE9 A;  3ER3 E;  4B1D A;  5P2N A;  4OBK A;  5P5X A;  1HSH A;  5C9F A;  5P5N A;  2AOD A;  2VIZ A;  1VIK A;  3PMU A;  4FSL A;  4HDB A;  4J1H A;  4J17 A;  5P0A A;  1ZTZ A;  1MET A;  2F80 A;  2G1R A;  5P4D A;  5AH9 A;  1BWB A;  5P6Z A;  4LXM A;  4RRN A;  5P41 A;  5OZE A;  5P4Z A;  4I0I A;  4PYV A;  5P57 A;  4B00 A;  3IGB A;  4H3I A;  4APR E;  5P88 A;  3B80 A;  3GI4 A;  3OOZ A;  1FEJ C;  3LIQ A;  2QHY A;  3S7M A;  2UXZ A;  3SAB A;  6APR E;  5P6M A;  1NPV A;  1KJF A;  3RU1 A;  2R5Q A;  5P2E A;  3VSW A;  3NU5 A;  2RSP A;  3I8W A;  4AA9 A;  5P5C A;  3NU3 A;  2VA7 A;  3INE A;  1M43 A;  2WED A;  2O4L A;  3JVW A;  5P6Q A;  2QHC A;  5TOL A;  4E43 A;  3PLD A;  1A9M A;  4HDF A;  3O9F A;  2OHN A;  5P4L A;  5BRY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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