5P3WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 185
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3wA01
4Y39A 3GI4A 3SABA 2WF0A 5P5CA 5P8RA 5I3XA 3NUJA 1A30A 1XDHA 1IZDA 2HC0A 3TLHA 5P5WA 4B1DA 5AHAA 4Y3PA 4PPHA 1DIFA 5P1XA 4EYRA 3DCKA 3UQWA 4TRWA 1JLDA 3ZL7A 2BJUA 1BV9A 3UDKA 2JJIA 1XN3A 1WKRA 3PHVA 5P2HA 1YX9A 3S43A 4GJ8A 1EC3A 5P1LA 3L5BA 4HEGA 3QPJA 3HAWA 1W50A 3ZPUA 3I8WA 3TOFA 2OHMA 5P4DA 3RTHA 3BVBA 4R91A 5AH6A 4B77A 5OZ9A 2FDDA 1HEFE 3G70A 5P00A 4Y4DA 5HDXA 3OAGB 4Y45A 5P3WA 3L5DA 1LV1A 5P49A 5P5ZA 3VF5A 3MSJA 5P7MA 4A6BA 5DR4A 4PZXA 2R5QA 1HSIA 3OADA 1K6VA 1HXBA 4GJ7A 3NLSA 1YTIA 1NPAA 2VA5A 2FLEA 1D4LA 2FGUA 2FXEA 4EQ0A 3T11A 4YBFA 5DR3A 2P4JA 4ZLSA 3KMYA 3R1GB 3UPJA 1AM5A 1BDRA 5BRYA 4ER2E 2O40A 3OOZA 4DQHA 5AH7A 1ZBGA 5P32A 5C9FA 1EPOE 5OZ7A 1T3RA 4PZWA 3KN0A 4Y4XA 1BVGA 2HS2A 4QJAA 5P8NA 4ZSPA 4F74A 3BGCA 4WY1A 4RRNA 2QZXA 4EP3A 1GVTA 5P77A 4OC6B 4KE0A 1HIVA 3UQXA 3VLBA 5P6RA 3PLLA 5P55A 5P6DA 2WF1A 3OWNA 3IAWA 5P6AA 5I3WA 3DM6A 1EBWA 3IXJA 4DJOA 3VSXA 1DW6C 1RNEA 3IN4A 4DJYA 2B60A 2I4UA 5P4BA 1GVXA 5HD0A 5C9DA 2SAMA 1Z8CA 1UH8A 4F76A 3WZ7A 4DQEA 1EEDP 4Y44A 5P5FA 1HWRA 1KJHA 2IGYA 4Y5LA 2PH8A 2VJ9A 2IEOA 3NR6A 4Z50A 3SA6A 4B00A 4J0PA 1M4HA 4Y41A 1TSUA 2O4LA 1HTEA 1C6YA 5P06A 1ZTZA 1SGZA 2UY0A 3U7SA 3KYRA 5P0OA 1YTHA 4PHVA 4GMIA 1NPVA 2ZJMA 1ZAPA 5P3BA 2OHRA 4YOBA 5P17A 5P3OA 3OHFA 2CEJA 5ER2E 2AVSA 5P73A 4JPEA 2WECA 1EPLE 3U71A 5P89A 5EZZA 4CPSA 3BUGA 3VYEA 5P6UA 2F81A 2QNNA 4QJ2A 1SDUA 5P40A 3QVIA 4FM6A 2QMPA 2FS4A 4H3FA 1LS5A 2ZE1A 3LZVA 1B6KA 3K5CA 4YCKA 5P52A 2ZHUA 4WTUA 4EP2A 3R0YA 1FFIC 4OD9A 5P83A 2B42A 5DR7A 3TKGA 2FXDA 2QI1A 3LITA 3EKXA 3VYDA 4Y4BA 3CKTA 5P56A 3PMYA 1T6GA 3S8IA 5P0EA 3PBZA 3SPKA 1W6HA 4I0JA 4Y3NA 4DJWA 1HIHA 1FLHA 2OHSA 5JFUA 2P3DA 1B6MA 1ER8E 4YD6A 2QZLA 5P54A 4I0GA 2R8NA 2FDEA 2I4XA 3UHLA 5P70A 1EPRE 3N4LA 2G1YA 4GIDA 5P4CA 1PPME 3BGBA 5P2SA 4D88A 5KOSA 1TQFA 5OZXA 2IDWA 1F7AA 5P7BA 2IS0A 3EM6A 5P88A 5OZBA 5P1ZA 4L7JA 5P1NA 5P1SA 4YD4A 4H3IA 3D1ZA 3KFNA 2IKUA 5IVTA 1DP5A 1G2KA 3URLA 2ASIA 4N00A 1W5WA 5P05A 1LYAA 2FIVA 5P2IA 4ACUA 4FSEA 1HVCA 4GJ9A 4QJ8A 4YA8A 3O9LB 5P20A 4OC6A 2ZJKA 9HVPA 5UPJA 4RCFA 1IVPA 5HE7A 2P83A 3LINA 5KQZA 5P6FA 3KDDA 5OZYA 5P7YA 3LIYA 4J55A 1T7IA 4YCYA 1BDQA 1W51A 5P4WA 3EC0A 5DQ4A 5P43A 2J9JB 1MRWA 2BPVA 5P6LA 3UQPA 2HIZA 4YCTA 5DR1A 5OZGA 5P44A 4Y5EA 3DJKA 3PSGA 3NDTA 1DPJA 5P6KA 4Y38A 5P8OA 5P2AA 3ZPTA 5HTZA 5P3JA 1SDTA 5P3HA 2IQGA 5P0XA 1ZSRA 3DCRA 3K5FA 4HDFA 3IXKA 5OZFA 1W6IA 1YM2A 4BELA 5P1WA 5P5HA 4FM7A 5P27A 5P2FA 5P6OA 1K6PA 5OYVA 3OXVA 5P2BA 1U8GA 4F75A 4A6CA 2ER9E 5P3LA 5P19A 3UDRA 1HPOA 1CPIA 5P67A 1HVRA 5P0GA 5P07A 5P3FA 3PWMA 3O99A 3VV7A 4D83A 5KR2A 5P5RA 3VV6A 4EJLA 1SIPA 2G1NA 5P8MA 1FQ5A 3OTSA 2MIPA 1MPPA 1MT9A 2R43A 4OBKA 5P5SA 5P8VA 1B5FB 4Y37A 5KR1A 2QMGA 5C9BA 4J54A 3EKPA 3PB5A 1A94A 3CIDA 8HVPA 3NUOA 1QBTA 3D20A 3EMYA 3FV3A 3S43B 5DR0A 5P5EA 3UDMA 5OZTA 3NU9A 1KZKA 2HPEA 4Z22A 4Y35A 4RYCA 3UDHA 4OBJA 2VA6A 2G1SA 5P7HA 1TZSA 5OZCA 3NXEA 3TPRA 4FRIA 3TPLA 5P5YA 4Y4UA 5P29A 1IZEA 2IRZA 2FNTA 3NDWA 5HVPA 3O9GA 2Q54A 3U6AA 2NPHA 3OADB 4Y3WA 3Q6YA 5PEPA 5OZUA 3K4VC 5P6SA 5P7LA 5P6MA 2B8VA 2QZWA 1MUIA 3UDNA 3S2OA 1G35A 5P3XA 3I2LA 3K1WA 5P15A 3LHGA 3OXXA 3NWQA 3PEPA 1Z1RA 1BVEA 5P71A 5P4FA 1FMBA 2EWYA 2XYFA 3ECGA 3PSYA 5P10A 5SY2A 1G6LA 3EL4A 5SXNA 2R9BA 2BB9A 4Y5KA 3UDQA 5P09A 3H5BA 3S53A 3QP0A 5P6WA 5P75A 4QJ9A 4Y53A 1RL8A 2R3WA 3F9QA 7HVPA 1T6EX 3ZPSA 5P2WA 5P5XA 3EKYA 4ER1E 4DV9A 4RVXA 2J9JA 4COEA 1LYBB 3IVIA 3OUBA 4LXAA 5OYYA 4B1EA 5P45A 5P36A 4Y58A 2BQVA 3G72A 3EL5A 5P8TA 3BUHA 5P0FA 1UH9A 4HA5A 5P1UA 1IVQA 5P3GA 3KT2A 3HVPA 1EPQE 1LZQA 5P1IA 2ER7E 5P2OA 5JODA 1A8GA 3HZCA 3B7VA 2VA7A 4EJKA 5KQYA 2V0ZC 5P2TA 3RSXA 1D4YA 5P5PA 5IE1A 4RCEA 5P4AA 3HD8A 3SLZA 2OHLA 4Y50A 3L5EA 3VSWA 1GVUA 2Q11A 5P4NA 3NU4A 3LPIA 5P0LA 2AODA 1BDLA 3C9XA 4FRSA 5P3DA 3MXDA 3UTLA 2NXLA 5OYZA 1HPXA 3G6ZA 3MWSA 4MC2A 1OD1A 3EM3A 4DFGA 1HSGA 4J1KA 3SFCA 3URJA 2H6TA 4NJSA 4Q1XA 1LEEA 1B5FA 6UPJA 4L1AB 3Q4BA 2B7ZA 1B6PA 2P3CA 1SH9A 5P8HA 4IVTA 1XL5A 2AOCA 3JVYA 4I8ZA 2QHCA 5P85A 4Y3LA 3OGPA 2QD7A 5COOA 3UFLA 5OZ5A 3QIHA 3GI5A 4K9HA 3UF3A 2OAHA 3RU1A 5OZ0A 3PWRA 1A9MA 1RV7A 5P0NA 4OD9B 1YTJA 1HBVA 5P87A 5P59A 2VIJA 5P8CA 1IDBA 5P22A 4FL8A 1HTFA 1PFZA 7UPJA 5P82A 1D4SA 1TCWA 2QI3A 3D1YA 4D89A 4TRZA 5P03A 5P1AA 4RGHA 5OZDA 1IDAA 4DQGA 4J1HA 5P8GA 5P3IA 5OZWA 4Y3SA 1PPKE 5P0TA 3RSVA 3WZ8A 3ZLQA 4QGIA 2ZHTA 3SACA 1QDMA 4FRJA 1PROA 3NDXA 5P8IA 1W5VA 3IXOA 5OYXA 5KQFA 3ZKXA 4EXGA 3VCMA 5I70A 2NNKA 4DH6A 1FQXA 5P0CA 5P7JA 4Y3XA 5ENMA 4PYVA 2AZ8A 5P47A 3HVGA 5P8JA 4X2LA 3RTMA 5P86A 5P7DA 3NSHA 5P7FA 5P11A 2WEZA 4OBFA 5P0VA 5P1CA 3O9HA 2RKFA 1LYAB 2NXDA 5P33A 5ISKA 3GGAA 4FE6A 3EM4A 3UQRA 1MESA 3OU1B 4KE1A 3O9BA 1D4JA 4H1EA 5F01A 2QI0A 1XS7D 1EAGA 3RTNA 3BVAA 3OUDB 3LPKA 3K4VA 2G26A 5P30A 5P2MA 2VJ6A 1LYBA 1IIQA 1SMEA 5P12A 4HDPA 5P34A 3VYFA 3T3CA 3BRAA 4RZ1A 1BIMA 4Y5MA 3KMXA 2PSVA 4J0TA 5P51A 2OHKA 1OHRA 4JPCA 3GI6A 5P8DA 3SQFA 5P26A 5P3UA 1C6XA 3O9FA 4YDGA 4NPTA 5DQ1A 2PSGA 4YBIA 2G24A 3NU6A 5P1PA 1ME6A 3VF7A 5OYQA 5P2YA 1CMSA 5P37A 4KUPA 4Y5GA 5P8KA 2UPJA 5SY3A 5P2RA 4ZIPA 1ODXA 3FIVA 4Y5AA 1M43A 5JG1A 5OZRA 5P2XA 4NJTA 4J0VA 3CKRA 1SP5A 4Y3AA 2AOFA 1MSNA 4B1CA 2Q64A 5P5GA 3SA9A 2QCIA 4L1AA 3IGBA 2QI4A 1C6ZA 1XN2A 1BWBA 4HVPA 2Q5KA 1QS8A 3APPA 4XXSA 3A2OA 1MTRA 1D4HA 3PM4A 1RQ9A 4ZEAA 2XYEA 3ZMGA 1TSQA 3SM1A 1HRNA 4JECA 3OQAA 4I8WA 4NPUA 5P4PA 5E5JA 5P7UA 4Y4AA 4Y3HA 5OYTA 2G1OA 1FMXA 2BKTA 5P1DA 4K4PA 3ST5A 3HLOA 4FAFA 4Y3EA 5COPA 4Y4EA 1N49A 1TW7A 3DV1A 3GGUA 3EL0A 2QHYA 3QRMA 4H3JA 2QU2A 3BXSA 1FQ4A 3DOXA 5P3NA 2HPFA 5OZ2A 5P3TA 2UXZA 5P5JA 3S7MA 1FKNA 4CPUA 5P5MA 4B70A 5HDUA 1QBUA 1YM4A 1K2CA 1MT7A 5P4LA 3CYWA 3HDKA 5DQ2A 5P76A 4Y3RA 3S45A 5P61A 4FAEA 4GJCA 3SA8A 1C70A 3LZUA 3VUCA 5OZ1A 5T4SA 4MC9A 5P4XA 4CPQA 4OBZB 4Y5CA 5P7RA 2WKZA 5P7QA 2IENA 4I1CA 2G21A 2I4VA 2IGXA 5P23A 4TVGA 3BXRA 3EXOA 5P4HA 1APWE 3FNUA 1D4IA 2I0DA 3L58A 4EQJA 1BILA 1YG9A 4GJ5A 3VFAA 2ZJHA 2BPYA 2OF0A 4DQBA 4R92A 3EKQA 1F34A 3QROA 4NJUA 4RRSA 5P1BA 1IZHA 1GNNA 3MSLA 1VIKA 3L59A 4MC1A 3OU1A 2PQZA 5P24A 3VG1A 3IA9A 4FCOA 3OUDA 2ZJJA 4I0DA 2NTRA 4DI2A 4ZSRA 3QAAA 5P7EA 3GGVA 2BKSA 3L38A 5SZ9A 5P8BA 2QNQA 5P4GA 5P6GA 4X7IA 1W5YA 1MERA 3OUCA 5KOQA 2ZHVA 1SIVA 4EHCA 3TH9A 5P5DA 2CENA 4CPWA 1ZPKA 1SBGA 4Y6MA 5P4UA 1FG6C 1PSOE 4ZSMA 4NJVA 4YOAA 3B80A 5P1RA 5P1HA 3PI0A 1FMUA 2JJJA 3HBOA 3LIZA 5HDZA 3HAUA 5AGZA 4A4QA 2JYSA 5OYWA 4HDBA 3OK9A 2F3KA 5P35A 1FQ7A 2G1RA 4J1CA 3VEUA 4QLHA 1ENTE 3PVKA 2IKOA 5ENKA 2F3EA 5P1OA 4LC7A 1ZSFA 4EXHA 4Y36A 5KQXA 2QD6A 1MVPA 5P16A 5OZJA 2O4NA 4RCDA 3OXWA 2PYNA 5P7VA 1KJ7A 1WBMA 2AVVA 5P1EA 2V11C 3OHHA 5DGWA 1J71A 2HM1A 5IVRA 4OBGA 3PBDA 4AA8A 1LF4A 2O4PA 1ODYA 4OBHA 3TOHA 4DJRA 3TOGA 5P2JA 2G27A 2B8LA 5P63A 4TVHA 5P79A 1AVFA 3O9IA 2JE4A 4L7GA 3INFA 5OZNA 1SMRA 2QMDA 5P5TA 5P3SA 5P5BA 1Z1HA 2QK5A 3VF3A 5P3AA 5P4RA 4B0QA 5P4ZA 3PCWA 4I11A 5P6HA 4BFDA 5P6ZA 3Q3TA 2BPXA 3KFPA 5P1FA 1META 5P8SA 5OZ3A 2VJ7A 3NXNA 3ZKGA 4Y48A 5P68A 1HVSA 4CKUA 1EC1A 2QAKA 5OZAA 5P0BA 1FF0C 5OZVA 2XFIA 1HEGE 2F3FA 2QP8A 5P14A 4I0EA 4XX4A 1LYWA 5P53A 3D3TA 4OBZA 5P1YA 5AHBA 2VS2A 2VNMA 4IVSA 5KR8A 5P64A 3EKTA 5HU0A 5OZOA 1HVKA 4Q1WA 1MTBA 5P57A 1EBZA 1IBQA 1SDVA 5P0SA 1ZLFA 3LIQA 1SGUA 4H3GA 3ZKMA 5P0WA 1AXAA 5P1VA 3LIVA 2G94A 3QI1A 3UFNA 4B72A 1AIDA 4ZPFA 4FRKA 4AMTA 3I25A 5P2CA 3IVHA 2O4KA 4GJDA 3TL9A 2QMFA 3QBFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y39 A;  3GI4 A;  3SAB A;  2WF0 A;  5P5C A;  5P8R A;  5I3X A;  3NUJ A;  1A30 A;  1XDH A;  1IZD A;  2HC0 A;  3TLH A;  5P5W A;  4B1D A;  5AHA A;  4Y3P A;  4PPH A;  1DIF A;  5P1X A;  4EYR A;  3DCK A;  3UQW A;  4TRW A;  1JLD A;  3ZL7 A;  2BJU A;  1BV9 A;  3UDK A;  2JJI A;  1XN3 A;  1WKR A;  3PHV A;  5P2H A;  1YX9 A;  3S43 A;  4GJ8 A;  1EC3 A;  5P1L A;  3L5B A;  4HEG A;  3QPJ A;  3HAW A;  1W50 A;  3ZPU A;  3I8W A;  3TOF A;  2OHM A;  5P4D A;  3RTH A;  3BVB A;  4R91 A;  5AH6 A;  4B77 A;  5OZ9 A;  2FDD A;  1HEF E;  3G70 A;  5P00 A;  4Y4D A;  5HDX A;  3OAG B;  4Y45 A;  5P3W A;  3L5D A;  1LV1 A;  5P49 A;  5P5Z A;  3VF5 A;  3MSJ A;  5P7M A;  4A6B A;  5DR4 A;  4PZX A;  2R5Q A;  1HSI A;  3OAD A;  1K6V A;  1HXB A;  4GJ7 A;  3NLS A;  1YTI A;  1NPA A;  2VA5 A;  2FLE A;  1D4L A;  2FGU A;  2FXE A;  4EQ0 A;  3T11 A;  4YBF A;  5DR3 A;  2P4J A;  4ZLS A;  3KMY A;  3R1G B;  3UPJ A;  1AM5 A;  1BDR A;  5BRY A;  4ER2 E;  2O40 A;  3OOZ A;  4DQH A;  5AH7 A;  1ZBG A;  5P32 A;  5C9F A;  1EPO E;  5OZ7 A;  1T3R A;  4PZW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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