5P3X | Genus

Total Genus 82

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__2650892483158014__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__2650892483158014__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P3X/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__2650892483158014__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"2650892483158014","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P3X/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__2650892483158014__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0192f9bcdc1fe050fc7e44/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0192f9bcdc1fe050fc7e44/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0192f9bcdc1fe050fc7e44/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0192f9bcdc1fe050fc7e44/pdb.gz): 431 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 28 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	82
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p3xA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p3xA01

3K5FA 4Y35A 5HDZA 5IVSA 5P6DA 5P6XA 4YA8A 3D1YA 2PSGA 4RVXA 2FNSA 5OZQA 5P3NA 3EM3A 2G1SA 5KQFA 5OYTA 1MEUA 1DAZC 5P1LA 4EPJA 4AMTA 1LYWB 2OHMA 4Y3WA 5P8CA 2Q64A 5P18A 5IS4A 1QBRA 5P7DA 5P2IA 5P65A 5P2TA 5DQ4A 4EXGA 5P5XA 3ECGA 1BVGA 2G20A 5P3RA 4I0FA 5P34A 2R5PA 3QBFA 5P6JA 4DQBA 3QAAA 1QBTA 2PC0A 3OU3A 3UDYA 5P6FA 1ODXA 4K9HA 2EWYA 5P2CA 1K2CA 3PSUA 1GVXA 3OUAA 5P8MA 1NPVA 3KT2A 5P07A 3ZL7A 1BWBA 4R92A 2ZE1A 2FDEA 4B1DA 5P79A 5HD0A 4I8WA 2G69A 1FEJC 5P25A 5P2DA 4B77A 3OGQA 1FIVA 4Y5CA 3VF3A 1BWAA 3O99A 3D1XA 5P1AA 5OZNA 5P6YA 2WEBA 3DCKA 3OUDB 1HBVA 5P26A 5P2QA 3MSJA 5ER1E 1EBYA 2RSPA 3EKVA 2BPYA 5P0VA 3NU9A 2QZWA 3FNUA 4LL3A 5KR0A 1FQ7A 1D4IA 1UH7A 4Y38A 5P1VA 3CICA 4YE3A 3INDA 4YCTA 4PZXA 5P89A 1SH9A 5P85A 4FSEA 1W5YA 5OZJA 2IRZA 3O9EA 4JPEA 5ISKA 1RL8A 1GNNA 4KB9A 5JFPA 2QMDA 2ZDZA 3O9AA 1BXOA 1WBKA 2ZJHA 3VUCA 2QP8A 4I1CA 4Z22A 1TSQA 3OY4A 2FGVA 5P2HA 1B6LA 2HC0A 5P43A 2FLEA 3OXWA 5OZYA 5P15A 5P29A 4FRIA 3BXSA 3DV5A 4XX4A 5OZLA 5P7LA 3I2LA 2VJ9A 3IA9A 4I11A 3QS1A 2R3TA 4DJVA 4FE6A 3ZKIA 4I0JA 5P2BA 3IXKA 2I0AA 2G22A 5OZ9A 2IGXA 3SKFA 2PK5A 5P4VA 4FAEA 2ZJIA 4Y4AA 3RTMA 1A30A 4H1EA 1HPOA 3OWNA 4EJKA 1B6PA 3OXVA 2BQVA 4MC9A 4X7IA 2ZJJA 3DCRA 2RKGA 3B80A 2AODA 4H3IA 3VV7A 2WECA 1IBQA 3G72A 4YHQA 1DIFA 5OZUA 5P45A 2Z4OA 3NLSA 4RCDA 3TPLA 4WTUA 1HWRA 1W50A 4MC2A 1PROA 3I6OA 2F3EA 5P5BA 5P09A 4RROA 5OZBA 5P1FA 3VLBA 1LF4A 1SP5A 5P6CA 4BFDA 4R8YA 4Y51A 2FNTA 1HSHA 1DMPA 1LZQA 5HCOA 5OZ2A 5I70A 4Y53A 3PI0A 3JVWA 3T6IA 5P62A 3SA9A 1EPRE 3ZMGA 1BAIA 2I1AA 4K8SA 2NMZA 2R38A 3GGUA 3EKWA 3HD8A 4Y3NA 5OZGA 3TLHA 3UDJA 5P41A 4RVJA 5I3WA 3VSXA 4B1EA 2P8HA 3UFNA 5P7PA 1K6CA 1T7JA 4OBFA 2BB9A 5P8OA 4YD3A 5F00A 5P1XA 3BUHA 3L58A 2OHKA 3B7VA 1NH0A 2QI5A 2BKTA 4QJ2A 5C9FA 3CKRA 4EJ8A 1TCWA 2OHSA 4IVSA 4ZIPA 1IZIA 1MUIA 3SM1A 2A1EA 5P5QA 3ST5A 3EL4A 5P8JA 2PSUA 2ASIA 2Q3KA 1FFIC 1B5FA 5P4KA 1HTGA 4XXSA 4CKUA 1FQXA 4ZLSA 3AUPA 1HPSA 3DK1A 4YBIA 1BVEA 4Y4JA 5P7RA 4EYRA 2O4KA 3GI5A 3HBOA 1BDLA 4FGXA 2NXMA 5P1JA 1XN2A 3CYXA 4D85A 5P01A 2IEOA 3LIXA 3QIHA 1N49A 3IVHA 1W6HA 3TTPA 4H3JA 5P0EA 5P4FA 4FIVA 5P0GA 3N3IA 1LF3A 4L1AA 2IQGA 5OZFA 1LEEA 2O4NA 5P47A 2P3DA 5P2WA 2HM1A 3ZKNA 5P17A 4A6CA 2PYNA 1YX9A 2OF0A 1M43A 1HIVA 4GJ9A 1APTE 4ZPFA 1XS7D 3PLDA 5DR4A 1A8KA 5IE1A 5P4RA 5KQXA 2WL0A 3URJA 3SA3A 4NJTA 4Y4ZA 1BV7A 5P6NA 4I0DA 2F8GA 5P11A 3EBZA 1SIVA 4DVFA 5P12A 3IN3A 3ZPUA 5COOA 3NWQA 4Z50A 1SDVA 2AZ9A 4NKKA 2ZHTA 1LV1A 2XFIA 3NWXA 2Q63A 5P38A 1BDQA 3OTYA 5HDVA 2QI7A 3PM4A 3RSVA 4J0TA 2AZ8A 5JG1A 5OYQA 4NPUA 1FQ6A 1T7IA 3LZUA 4Y5PA 4AA9A 4Y57A 5HCTA 3KFPA 1FQ4A 5P00A 3BUFA 5P82A 2V10C 1G2KA 3UQXA 1C6ZA 4J55A 3PMYA 6FIVA 2PSVA 3SPKA 2V0ZC 3T7PA 2WF4A 3CKPA 5P50A 3QRSA 3OQFA 4FCOA 4DPIA 3NYGA 1T6EX 3LZVA 1QDMA 3Q4BA 2AVSA 1HIIA 2ZHRA 3O9CA 3SAAA 4RCFA 2ZYEA 5P13A 1IIQA 4K4PA 3ZKQA 4OBKA 3N4LA 4XX3A 3T7XA 3UDMA 4KUPA 5COKA 2RMPA 1APWE 2O4SA 5P4YA 3CYWA 3AIDA 3UQPA 1RV7A 4B1CA 2P3AA 3SA8A 2QMPA 3ER3E 3G70A 1HVJA 4XKXA 1GKTA 3MWSA 3SA7A 5P55A 1FMUA 1QRPE 3TOGA 3SO9A 2OAHA 2J9JB 5T4SA 2JJIA 7HVPA 4I0GA 4U8WA 5P08A 3QI1A 5JFUA 3ZLQA 4B0QA 4L7HA 1HXWA 3OUDA 2QI0A 1SBGA 4H3FA 3U7SA 5P7AA 2QZKA 3VYEA 3UDNA 2AVMA 5P73A 1JLDA 3S45A 4J1EA 3OQ7A 5OYZA 5P1HA 4Y50A 5P0YA 5P4ZA 5P1CA 5P60A 2FIVA 3UQRA 4RZ1A 5AHAA 1B5FB 2AOJA 5DGWA 1HVRA 5P3OA 3OXCA 1DPJA 4Q1NA 2IKOA 2VS2A 3QRMA 5P7BA 2QK5A 3INFA 4JECA 3KMYA 1EPPE 1HVKA 3O9DA 3OGPA 1LYBA 2O4PA 5P77A 5DR1A 1HIHA 3L5CA 2BPZA 2B8VA 4DQCA 1AZ5A 4FRKA 4OBZB 2V00A 4DJWA 1MESA 1TSUA 5OYVA 2HIZA 3NU3A 4L1AB 5P24A 2AIDA 2AOIA 3S7LA 4ER1E 3PLLA 3K1WA 4D83A 1ODYA 2G24A 3KF0A 4TVHA 2WF3A 3KMXA 4QLHA 5P5DA 1U8GA 4DV9A 3TPRA 5P8LA 3DJKA 4Y3HA 3R0YA 4Y3MA 3PJ6A 5P3MA 3KDCA 4RVIA 1EAGA 1HVSA 3PI5A 2WF1A 5P6LA 5DR0A 5P0ZA 1YTIA 4ZEAA 5DR8A 1EC2A 5P7EA 4J1KA 5P81A 3APPA 3BXRA 3OXXA 5P7FA 1GVUA 5OZPA 1ZBGA 2B42A 4RGHA 2R5QA 4X2LA 5AGZA 3PBDA 2ANLA 4J0ZA 1NSOA 5HU0A 3NSHA 5KQZA 3BVAA 5P86A 3UPJA 3EL5A 3EMYA 5P68A 2IDWA 2R9BA 5P7JA 1FB7A 1KJ4A 2V12C 5HVPA 5APRE 3S54A 5P1WA 2QNQA 4OD9A 4CPUA 5P8UA 5P48A 3SM2A 2WJOA 1FKNA 4OC6A 3IN4A 1QS8A 5P2LA 5E5JA 4TRZA 1HSGA 3KFSA 5P7MA 4GIDA 3L38A 5P2XA 2G21A 1B6JA 1K6VA 2G27A 3GI6A 4J54A 5P52A 4JP9A 1E80E 2VIYA 2PWCA 1Z1RA 3UDKA 4GB2A 1IZDA 5P4CA 2QHZA 1PSAA 5DPZA 3PBZA 4PHVA 2QAKA 4J1HA 4LXAA 5P36A 4DI2A 1FLHA 4Y41A 5P66A 3EL1A 5P6AA 5P4PA 1YG9A 3PWMA 4Y3LA 5P88A 3ZKMA 3NUJA 2WHHA 3K4VA 5OZ0A 5P1MA 1IDBA 5AH7A 2P4JA 2NTRA 3PB5A 4OBJA 3IAWA 4I10A 4GYEA 5OZ4A 3VCMA 2VNMA 5P70A 1NPAA 2CEJA 3BVBA 4JPCA 4B70A 5P7YA 3S56A 1D4YA 3VSWA 3FNTA 5P3PA 1A8GA 5P0FA 4YOBA 4ZE6A 1ZPAA 4Y3ZA 5AH9A 2Q11A 4Y5GA 3APRE 1HHPA 5P6GA 4GJ7A 3ZKGA 4CMSA 1GNMA 2AOFA 3RVIA 4RYCA 2Q5KA 5KR1A 2OHUA 5P83A 3CMSA 1LYBB 2HPEA 3NU5A 4YD4A 5P39A 5P6BA 5P3ZA 3I8WA 3VYFA 1KZKA 2G1RA 3NDUA 5P2GA 4DJPA 2HPFA 3VFAA 5P54A 3O9BA 4K4QA 4HDPA 3INEA 5P1OA 5P6KA 5P8QA 5OZMA 1T3RA 5P2MA 2PH6A 4A4QA 4S1GA 3PWWA 4ACUA 1K1TA 5OYYA 3R2FA 3HLOA 2RKFA 4QJ6A 4DJXA 5P3XA 5AH6A 5P6UA 3C9XA 1LYAA 3RTHA 3I7EA 1MTRA 5P1ZA 5P04A 1E5OE 3LINA 3URIA 4COEA 4U7QA 1IVPA 3SACA 1KJ7A 4RYGA 5P5TA 1ZPKA 4WY6A 5P7GA 5OZVA 5OZKA 1PFZA 2RENA 5P8RA 5P5YA 3RSXA 2I0DA 3HZCA 2FDDA 5DR3A 3PSYA 3PVKA 3TL9A 3NUOA 1T7KA 5BS4A 5SY3A 4EP2A 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5OZAA 1IZHA 3HW1A 3URLA 5HE7A 4NJUA 4Y47A 4J0VA 4RRSA 4YOAA 3NDWA 4Y3SA 3IXOA 5P8GA 2VKMA 3SA4A 3L3AA 1FF0C 4EHCA 5OZXA 2BJUA 5P3LA 3VYDA 4LBTA 2VJ7A 5P6MA 1HXBA 3CIBA 1EPLE 3OAGB 3QBHA 1LYAB 2Q15A 2B7ZA 2QD6A 4EXHA 1HEFE 5P4XA 1OD1A 2OHRA 3OQDA 3EKXA 3VFBA 4J1FA 2ZJKA 5KR8A 4PEPA 2JJJA 5OZIA 4Z2ZA 2G94A 2ZJMA 5P1NA 5P2UA 5P3EA 5P0TA 2XFJA 5P7QA 2G1OA 5P28A 1HRNA 1W5WA 5P5NA 5P0NA 3D91A 2ER6E 3TKGA 1W51A 3O9IA 4Y5AA 3HAWA 4Y56A 3OQAA 3PRSA 4APRE 5P0XA 5P4OA 5P3YA 1CMSA 4CPRA 3RU1A 2O4LA 1MT8A 5UPJA 5P3JA 5P67A 1QBSA 3M9FA 1K2BA 2HS1A 5P1EA 3KT5A 5P5HA 2PWRA 3LIVA 5OZCA 1FGCC 2J9KA 5P3DA 2PH8A 3EKTA 5P7VA 4F76A 2V11C 4GMIA 4Y4XA 4RLDA 1HVCA 5P1YA 3I25A 3OUBA 1B6KA 5P8TA 4GJ5A 3KM4A 5HE4A 5P42A 1VIKA 5P4LA 2B60A 2IL2A 3WZ6A 5P63A 3EKPA 3PHVA 5P1UA 4D88A 5P5EA 3CIDA 3HVGA 3IGBA 4Y4BA 5P64A 5P7NA 3RTNA 5P1GA 4MC1A 1D4KA 3KA2A 3LPKA 1AJXA 1DP5A 4F74A 4YBFA 5P3QA 5J25A 5DQ2A 1AXAA 5P40A 5P37A 4ER2E 2OHLA 3NR6A 4U7VA 4APEA 2QNPA 5P8FA 1XDHA 4Y3FA 2IS0A 1TW7A 5P5FA 3R0WA 5P7UA 2HB2A 4I0HA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5P5S A;  3EKQ A;  1BBS A;  4FLG A;  4LXK A;  3L5E A;  5P33 A;  5P3C A;  5P7Z A;  4Y3D A;  1KJG A;  3KYR A;  5BWY A;  5P4S A;  1ZSR A;  3OHH A;  3TKW A;  2AVQ A;  2QHC A;  4J17 A;  2IGY A;  4Y3R A;  5OYX A;  4OBG A;  4WY1 A;  4E43 A;  4YCY A;  3LZY A;  4Y4G A;  4DJU A;  3SA6 A;  4N00 A;  2ZGA A;  5P8D A;  5P3A A;  3EKY A;  2CEN A;  1EC1 A;  3OAD B;  1D4S A;  1ZP8 A;  3OU4 A;  4Y54 A;  1C6Y A;  2OHN A;  5P6V A;  4ZPG A;  1F34 A;  5HU1 A;  3ZKX A;  5P6O A;  3QPJ A;  2QI1 A;  2WEA A;  4I0E A;  4FRJ A;  1YM4 A;  4OBD A;  3EM6 A;  1RNE A;  5P6Q A;  3Q5H A;  1WKR A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3K5F A;  4Y35 A;  5HDZ A;  5IVS A;  5P6D A;  5P6X A;  4YA8 A;  3D1Y A;  2PSG A;  4RVX A;  2FNS A;  5OZQ A;  5P3N A;  3EM3 A;  2G1S A;  5KQF A;  5OYT A;  1MEU A;  1DAZ C;  5P1L A;  4EPJ A;  4AMT A;  1LYW B;  2OHM A;  4Y3W A;  5P8C A;  2Q64 A;  5P18 A;  5IS4 A;  1QBR A;  5P7D A;  5P2I A;  5P65 A;  5P2T A;  5DQ4 A;  4EXG A;  5P5X A;  3ECG A;  1BVG A;  2G20 A;  5P3R A;  4I0F A;  5P34 A;  2R5P A;  3QBF A;  5P6J A;  4DQB A;  3QAA A;  1QBT A;  2PC0 A;  3OU3 A;  3UDY A;  5P6F A;  1ODX A;  4K9H A;  2EWY A;  5P2C A;  1K2C A;  3PSU A;  1GVX A;  3OUA A;  5P8M A;  1NPV A;  3KT2 A;  5P07 A;  3ZL7 A;  1BWB A;  4R92 A;  2ZE1 A;  2FDE A;  4B1D A;  5P79 A;  5HD0 A;  4I8W A;  2G69 A;  1FEJ C;  5P25 A;  5P2D A;  4B77 A;  3OGQ A;  1FIV A;  4Y5C A;  3VF3 A;  1BWA A;  3O99 A;  3D1X A;  5P1A A;  5OZN A;  5P6Y A;  2WEB A;  3DCK A;  3OUD B;  1HBV A;  5P26 A;  5P2Q A;  3MSJ A;  5ER1 E;  1EBY A;  2RSP A;  3EKV A;  2BPY A;  5P0V A;  3NU9 A;  2QZW A;  3FNU A;  4LL3 A;  5KR0 A;  1FQ7 A;  1D4I A;  1UH7 A;  4Y38 A;  5P1V A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P3XA

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