5P3XA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 186
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3xA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3xA01
4NKKA 3OU4A 2B8LA 4R5NA 1C6YA 5P2SA 4YOBA 4QJ2A 2FLEA 3ZPSA 1EC0A 1APUE 4AA8A 1EC3A 3KT2A 5P3BA 5P5LA 4YBIA 2OHPA 2IDWA 3ZL7A 3CICA 5P22A 4FLGA 5P4JA 4KUPA 1QDMA 3UQRA 2WHHA 3TTPA 3LNKA 4QJ9A 3TOGA 4HDBA 3FKTA 3ZMGA 4OBZA 1U8GA 1E81E 1VIKA 2FMBA 4WY6A 1LYWB 1NPVA 5P7KA 4LXAA 4I10A 2HAHA 3VUCA 4Y3LA 5OYZA 5P8QA 5P2CA 5P2VA 2MIPA 4DJVA 5P6DA 2WEZA 1LYBA 3OUAA 5P8FA 4DI2A 5P7LA 1HRNA 4J1EA 4Y56A 5P0WA 4CP7A 3RVIA 1TSQA 1XL5A 5OZRA 5P4QA 1EBZA 4F73A 1J71A 4QJ7A 1XS7D 4CPSA 3NR6A 3ECGA 5P5RA 3SA8A 2AOIA 4J1CA 5P5FA 1EEDP 4YCYA 3GW5A 5P7SA 3WZ6A 3CYXA 4Y5CA 4DQFA 2Q64A 5P3NA 3BGCA 3M9FA 1F34A 5COPA 3D1XA 2Q63A 5IVRA 5P7RA 5P5ZA 3ZPUA 5P2RA 4QGIA 4OD9A 1B11A 5HE7A 1FMUA 2QMPA 5P1MA 4DQHA 3BHEA 3TKWA 3NU3A 3NWQA 2ER9E 4RRNA 5P40A 1G6LA 5I3YA 1TZSA 4Q1NA 1GKTA 1HSIA 5P10A 5P56A 5P7GA 4LHHA 3APRE 1EAGA 1W5VA 3D1ZA 5DR8A 3QAAA 4FS4A 4H3GA 5P5QA 4J54A 2G1NA 2FGVA 4XX3A 5P15A 3PM4A 5P34A 2OHRA 2VA7A 1PPKE 1TSUA 2AVVA 3D3TA 3TOHA 1KJGA 3SA4A 5OZNA 5P4EA 3LZUA 1LZQA 4FRSA 5P03A 3OUDA 5P1OA 3INDA 2P3AA 3S43A 3PI5A 3T3CA 2P3BB 1M4HA 5AHAA 4DFGA 4YD6A 7UPJA 5P8SA 2QZWA 3PJ6A 1QRPE 4Y41A 5P54A 1EC1A 3F9QA 3PRSA 2WF3A 4TVGA 5P7MA 3ZKXA 5OZ7A 1CMSA 5P2DA 1LYAA 4X2LA 1OEXA 4DH6A 4Y4ZA 1META 5P4BA 5P8CA 2J9JB 5P30A 3EL4A 5P24A 4GJ9A 4H3JA 5P45A 2QAKA 1HVLA 3PWMA 4PPHA 2FDPA 5P7BA 3KFNA 5P2ZA 5P3VA 5P48A 3EL9A 1D4HA 5OYTA 4BEKA 5P61A 4EJLA 5T4SA 1A30A 4WTUA 2BPWA 5P4LA 3UHLA 5P1QA 4B77A 1XDHA 1KJFA 5P2NA 2BKTA 3PCWA 4J0YA 1FQ7A 5P2GA 5P8NA 1HIHA 4APEA 4RROA 1LF4A 2F3KA 5P4XA 2ER0E 4LP9A 5P4NA 3KA2A 2ZJKA 3HVGA 1B6MA 4R92A 3R0YA 3HAUA 3VYDA 4RVJA 4GJAA 1HPOA 5HCOA 3SQFA 1BV9A 4Y4UA 1IZHA 4I12A 2O40A 5P5TA 4YCTA 2R9BA 1D4YA 1SBGA 4Y5PA 5P3HA 2HPFA 5OZHA 4D8CA 3MSKA 4AZYA 1A94A 4RVIA 1N49A 5OYXA 5P5OA 1D4KA 3UFLA 4J0ZA 5P3GA 3U7SA 3EC0A 4K4PA 5P27A 5BS4A 1WBKA 4Y3QA 3RSXA 5OYUA 1MT8A 3PLLA 1ZJ7A 4Y54A 1SGZA 5P2XA 1GVUA 3FNUA 3GI5A 4QLHA 3VF5A 2B60A 5P3SA 1MEUA 4ACUA 5P73A 3AUPA 1MRXA 5JODA 4Z50A 3IN4A 3IGBA 5P02A 2XFKA 1SIVA 1FLHA 1QBTA 3PSUA 3VF7A 4EQJA 3TH9A 1W51A 1DPJA 2VIZA 4Y3PA 5DQ1A 5P41A 1PPME 2FIVA 1FQ8A 5P29A 1Q9PA 4R95A 4Z4XA 4GJCA 3O9LA 3ZKIA 2G26A 1W5WA 1ME6A 1T7IA 5HU1A 5P2YA 3VEUA 4OBFA 3SLZA 3I8WA 3GGUA 5J25A 4Q5MA 1GNNA 2ZJLA 3BC4A 2F8GA 2QI6A 5P7VA 5C9BA 2O4SA 4HA5A 3OQAA 2A4FA 2FDDA 1T7KA 3K5CA 1M0BA 5DQCA 3D91A 5P49A 5P0IA 4FE6A 4Y58A 2ANLA 3HDKA 1KJ7A 5P6UA 2I4UA 3OTSA 5P1ZA 3ZKNA 4Y3MA 3PCZA 1IIQA 2WEAA 2R43A 5F01A 5P4TA 5OZWA 4CPTA 3S7MA 2H6TA 5OZ5A 3PI0A 2NXLA 2VS2A 4PEPA 3EKWA 5HDVA 2P8HA 5P7TA 4A6CA 4HDPA 3VLBA 5JG1A 2NR6A 2AVSA 5P5NA 5ISKA 5OYVA 4PZXA 3QVIA 2PWRA 5P6HA 1LF3A 3INHA 5P8OA 3KDCA 5HE5A 3OXVA 2VA5A 1DAZC 5P0MA 3UDPA 2XFIA 5P0CA 5P55A 3NU4A 4H3FA 5OYYA 4B0QA 4ZSMA 5P89A 4L7JA 4XXSA 3QRSA 3DJKA 2O4LA 1YTGA 5IVTA 2Q15A 4Y53A 3AIDA 5BWYA 4Y4DA 4Y51A 3L5EA 3Q6YA 2JE4A 3O99A 5KR2A 3UFNA 1KJHA 4ZEAA 1EBKC 1YTIA 2XYEA 4YHQA 3UQWA 3VFBA 4RCFA 5P82A 2R8NA 4QJ6A 4TRWA 2QI4A 3D1YA 4GMIA 3BXSA 4TRZA 3KYRA 3UPJA 1FMXA 1SDVA 2PYMA 5P2MA 5C9FA 4I0EA 4FRJA 1HBVA 1FF0C 1SGUA 5P6IA 3PWRA 2AZ9A 2VNMA 3SA7A 4Y57A 3OADB 5P2FA 3CKRA 4FRKA 3CKTA 2ER6E 4Q1WA 1E80E 1IBQA 4DQBA 4B1DA 5P5GA 5HTZA 1BDLA 1FFIC 4J5JA 4KE1A 2APRA 3S8IA 5P3YA 3HAWA 4AA9A 5P5MA 4FSEA 2WEBA 5P8BA 2QMFA 3L5CA 1LF2A 5P42A 5P3WA 3TPJA 4H3IA 2I4XA 1TQFA 2BQVA 3N4LA 4HVPA 1KZKA 3VF3A 3IVHA 5P5BA 3LIVA 2SAMA 2G27A 1G0VA 3NU5A 5KR0A 3WZ8A 4PHVA 3ZKSA 3I6OA 5P69A 5DQ5A 4ER1E 3OOZA 3B80A 2V16C 1IVQA 5P1HA 3PVKA 4DUSA 5P4SA 4LBTA 2VIJA 1HEGE 1ZP8A 5P25A 3GI6A 1FIVA 4Y3JA 2ZGAA 5P0YA 5P2JA 1EPOE 3OUBA 5P0QA 3T7XA 5P1LA 1YX9A 4BFBA 3PHVA 4GZFA 1SDUA 3UDNA 1EPRE 4J1FA 1W5YA 3SA3A 1AIDA 3K4VA 5OZ8A 5P4UA 3ZKQA 2OAHA 4GJ8A 2CEJA 3GGXA 4Y5EA 2QI5A 3SAAA 1K6TA 4EJ8A 1T6EX 2PSVA 4Y4XA 2ZJMA 4HLAA 3OU1B 4Y3DA 4DPIA 4FAFA 3INFA 4YD5A 4Y50A 3PGIA 2JJJA 1AVFA 2ZHVA 1GVWA 1B6JA 3GGAA 5P7JA 3O9EA 2Q11A 4FM6A 4OBHA 3MXDA 1OEWA 4ZSPA 3K1WA 5KQFA 2QCIA 4Y36A 1QBRA 3OHFA 4NJUA 1EPQE 4ZPEA 5B18A 4KE0A 5P5CA 2IL2A 5P6CA 2QP8A 1PSAA 2BB9A 4ZPFA 5OZLA 5P13A 2CEMA 3ZPTA 4XX4A 4MC2A 3U71A 3LINA 5P7EA 2AZBA 1YM2A 2VNNA 5P17A 1HSGA 5DR7A 2UXZA 1UPJA 4FSLA 4L7GA 2R3WA 1AM5A 4GYEA 5HDZA 5P57A 4R8YA 1IZEA 5KQYA 5P5UA 5P7IA 3IXOA 5P81A 3KF0A 4I0GA 1OD1A 5P1BA 3OQKA 3QBFA 3SPKA 1LV1A 4Y3SA 4ER2E 4JECA 5P23A 1FQXA 5P11A 1A8KA 3URJA 5HVPA 5P3EA 1AAQA 5P1KA 3WZ7A 5OYRA 2R5PA 2VJ6A 4Y6MA 5P4VA 5P68A 5OZOA 2OF0A 5P3RA 5IVSA 1MRWA 2F81A 4GJ6A 4Y5MA 3LHGA 3H5BA 3Q70A 4ZE6A 3KMXA 4ZIPA 5P66A 4FM7A 3QRMA 2AIDA 4EHCA 3URIA 5P28A 5P36A 3IN3A 1XN3A 1Z8CA 1EBYA 3S85A 1HTFA 2QI3A 3EM4A 3G6ZA 4DJOA 3CMSA 2ZHSA 3SA5A 1FKNA 3K5DA 4QJ8A 3VSXA 2WEDA 5P1XA 5BRYA 4IVTA 4EPJA 3RTHA 1BIMA 5OZPA 3BGBA 3R2FA 5P46A 2V11C 5P5WA 5C9DA 2NTRA 3NYGA 3OU3A 1HVHA 1LYWA 1EBWA 3OY4A 2OHNA 3IA9A 2QNQA 1B6KA 3S54A 5P8EA 4Y48A 2VKMA 5P7NA 5P0DA 5P0UA 2IQGA 5P4ZA 4TVHA 3QI1A 5P6ZA 3TPLA 4Y3RA 1B5FB 2V12C 5P4GA 2F3EA 4Y47A 4YD7A 5P86A 4Y5KA 1RNEA 3UDYA 4M8YA 5P3PA 4FAEA 3QS1A 4BFDA 5P2WA 3UQPA 5P0VA 1LEEA 3BRAA 4Y4EA 5P5AA 4Z2ZA 2OHMA 5P06A 5P47A 2WF1A 4Y3FA 4APRE 5P6MA 4RRSA 5P0PA 1FFFC 3GI0A 5P5PA 3DCRA 2P83A 4JPEA 2ZE1A 2AOEA 4I0ZA 4Q1XA 4B00A 4EXHA 1YM4A 5UPJA 5P39A 3T6IA 5E5KA 2IS0A 1DIFA 3DCKA 3EKPA 3IVIA 2R3TA 5P0RA 4HEGA 4EJDA 3OQDA 2JXRA 2PH6A 5P05A 5P53A 1HVSA 3EKTA 3KFSA 1MSMA 2ASIA 5P2OA 3QRVA 4Y9WA 1HTGA 4YD3A 5P8PA 5P0OA 2WF4A 3FSMA 4QJAA 2OHTA 5SXNA 4I11A 5P32A 3Q5HA 5P4HA 5P0FA 3RSVA 5P8HA 4B05A 4DJYA 2BPYA 4RCEA 5IS4A 5TOLA 4Y39A 5E5JA 4J17A 2BJUA 2ZJNA 4DQCA 5P5SA 4I8ZA 4Y5AA 5P1SA 1XL2A 5OZDA 2RSPA 2PSUA 2P3BA 3GGVA 5P70A 5P77A 3OQ7A 1ODWA 5P3LA 1BVGA 5OYQA 3UDMA 1G35A 5DR0A 2QZKA 3I7EA 2QZXA 5P5DA 5HDXA 4N00A 3Q4BA 2AOJA 2P4JA 2BPVA 1MSNA 3O9GA 5P65A 4B1EA 3INEA 2J9JA 2NNKA 2B42A 3OGPA 1UH8A 2AVQA 2VIYA 3PB5A 5P64A 5AHBA 3NDXA 5P18A 5P31A 3OAGB 4K4QA 5P0TA 4YBFA 2NMZA 4F76A 5CLMA 5P80A 5DQ4A 2ZDZA 3OTYA 3KMYA 4ZSRA 5HD0A 5OZBA 2V13A 1ZTZA 5P6AA 1QS8A 4D89A 4HE9A 1YT9A 1MT7A 2I0DA 5P6LA 3N3IA 4B1CA 5P0ZA 5ISJA 1RQ9A 1IZDA 3L5DA 4L1AB 2G1OA 3ER3E 3WSJA 1ODYA 2AVMA 2IGXA 3VYFA 4EWOA 2UPJA 4J0TA 1D4LA 1W5XA 4Y38A 5HE4A 2WF2A 5P6KA 5P3IA 5P85A 4Y3WA 2QHYA 4CPQA 3TOFA 3L5FA 5P0KA 1BWBA 2J9KA 1ZBGA 2RKGA 4FIVA 5P3MA 2OHQA 4YDFA 4B72A 2QHZA 1W6HA 5ER2E 5P8MA 3LIQA 4OBDA 4K9HA 3S56A 5P3AA 3VV8A 5P0XA 3U6AA 5P1DA 5OZ0A 4HDFA 2Q5KA 3NUJA 3QVCA 3LZSA 5OZSA 5P0BA 5P7AA 1PPLE 5P5YA 2HIZA 4Q1YA 3IAWA 5P60A 4Y45A 2QMDA 1ER8E 3EBZA 2PC0A 2AOGA 5F00A 5OZTA 3NXNA 4NPTA 1QBUA 5P6TA 1W6IA 5P7DA 3QROA 2OHLA 1SH9A 5OYWA 5P7CA 5AH8A 1OHRA 5P74A 4R91A 2FS4A 5AHCA 2WL0A 2AQUA 5ENKA 2IRZA 3LIXA 2QZLA 4EXGA 2NNPA 2O4PA 2Q3KA 5P6SA 5P6OA 1APTE 1T7JA 4A6BA 2PWCA 5P8LA 4DJRA 2AZ8A 1HIIA 5P4WA 1AJVA 5I3XA 1YTHA 4OC6B 5P63A 1ZSRA 3CIDA 3VSWA 5P0SA 2FGUA 4GJBA 5P6VA 4RZ1A 3ZLQA 5OZQA 1IVPA 2AOFA 3GI4A 4GB2A 3L3AA 2ZJHA 3VCMA 2HM1A 5DPZA 3BVAA 5KQXA 5P8RA 2RKFA 5OZJA 3L58A 3LZYA 3FNTA 5OZGA 2PMAA 3NDTA 2IENA 1E82E 4NJSA 3KFRA 3LZVA 1F7AA 4CKUA 5P2LA 5I3VA 1NSOA 5P3FA 3TPRA 5P1YA 3EM6A 5P7QA 3MSJA 5P0NA 5P1PA 3S7LA 5P0LA 1Z1HA 3IXJA 4Y5GA 2HB4A 2ZJJA 1ODXA 3NXEA 1IZIA 5KOSA 5P5IA 4KB9A 1ZLFA 3O9CA 3NU9A 2B8VA 5IVQA 3NSHA 5P3JA 5P87A 5P6BA 5P88A 2QMGA 3I25A 1NPAA 4FCOA 1TCXA 3LPJA 1BXQA 5P12A 3G72A 3OOTA 5P8JA 5COOA 6UPJA 4I1CA 6APRE 5P0AA 5P2EA 4Y4TA 1FQ4A 3I2LA 3OU4B 3S2OA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4NKK A;  3OU4 A;  2B8L A;  4R5N A;  1C6Y A;  5P2S A;  4YOB A;  4QJ2 A;  2FLE A;  3ZPS A;  1EC0 A;  1APU E;  4AA8 A;  1EC3 A;  3KT2 A;  5P3B A;  5P5L A;  4YBI A;  2OHP A;  2IDW A;  3ZL7 A;  3CIC A;  5P22 A;  4FLG A;  5P4J A;  4KUP A;  1QDM A;  3UQR A;  2WHH A;  3TTP A;  3LNK A;  4QJ9 A;  3TOG A;  4HDB A;  3FKT A;  3ZMG A;  4OBZ A;  1U8G A;  1E81 E;  1VIK A;  2FMB A;  4WY6 A;  1LYW B;  1NPV A;  5P7K A;  4LXA A;  4I10 A;  2HAH A;  3VUC A;  4Y3L A;  5OYZ A;  5P8Q A;  5P2C A;  5P2V A;  2MIP A;  4DJV A;  5P6D A;  2WEZ A;  1LYB A;  3OUA A;  5P8F A;  4DI2 A;  5P7L A;  1HRN A;  4J1E A;  4Y56 A;  5P0W A;  4CP7 A;  3RVI A;  1TSQ A;  1XL5 A;  5OZR A;  5P4Q A;  1EBZ A;  4F73 A;  1J71 A;  4QJ7 A;  1XS7 D;  4CPS A;  3NR6 A;  3ECG A;  5P5R A;  3SA8 A;  2AOI A;  4J1C A;  5P5F A;  1EED P;  4YCY A;  3GW5 A;  5P7S A;  3WZ6 A;  3CYX A;  4Y5C A;  4DQF A;  2Q64 A;  5P3N A;  3BGC A;  3M9F A;  1F34 A;  5COP A;  3D1X A;  2Q63 A;  5IVR A;  5P7R A;  5P5Z A;  3ZPU A;  5P2R A;  4QGI A;  4OD9 A;  1B11 A;  5HE7 A;  1FMU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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