5P44 | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__198111263675385__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__198111263675385__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P44/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__198111263675385__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"198111263675385","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P44/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__198111263675385__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d019351832c0da8dbc8441f/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d019351832c0da8dbc8441f/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d019351832c0da8dbc8441f/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d019351832c0da8dbc8441f/pdb.gz): 103 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p44A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p44A01

3CMSA 5P1TA 2ZGAA 4U8WA 5C9DA 1IVQA 1QBRA 5EZXA 1MERA 2G27A 5OZWA 4FS4A 2BPVA 5P81A 1HWRA 4I0DA 1FG6C 3PI5A 5P1MA 3ZPTA 5P6EA 5OZUA 3INEA 2QP8A 4CPWA 5P7XA 1EPOE 1WBKA 5J25A 3IVHA 5P7BA 1HPVA 1YG9A 4I0JA 5P1CA 3OGPA 4LAPA 4CPUA 5P3JA 5P7KA 4JP9A 1M4HA 1HTRB 5P4XA 4DJVA 5P4AA 5HDUA 4YD4A 5P5OA 5P04A 3O9HA 2P8HA 1K6CA 5P8DA 3EC0A 3T3CA 3IN3A 1T7KA 4Y4JA 5P33A 4Y50A 2VNMA 4PYVA 5HCOA 4YA8A 3QS1A 5P5MA 4LHHA 5HE5A 3S7MA 5I3WA 3INDA 4GJAA 4OBKA 1QBUA 2IKUA 4I11A 5OZEA 5P5VA 5OZ4A 2QU3A 3NDTA 4HA5A 2BPXA 3PB5A 4BFDA 4RROA 5P5EA 5OZ5A 1DAZC 2PH8A 5P7NA 5P6YA 1GVUA 5P8MA 1DPJA 5P7GA 2QZXA 5P7HA 3TOGA 4EXGA 3IVIA 1AJVA 4I1CA 5P01A 2QK5A 5P20A 2QCIA 1FQ4A 3LIXA 3HAUA 4LXAA 3WB4A 2WF2A 1B6LA 1MRXA 3IXKA 5P6DA 2V00A 3PWMA 5P8QA 3G70A 3LITA 3ZKXA 3OQFA 2QNQA 5P09A 4KB9A 1HXWA 4B1CA 3BXSA 4HE9A 4ZE6A 3ZOVA 2FXEA 1FQXA 3QVIA 5KR1A 1BDRA 3VV7A 1AVFA 1DW6C 2G26A 4Y4EA 4J0VA 2QI7A 4PZWA 2FS4A 2F3FA 3PEPA 4GMIA 1E5OE 1RL8A 2OHRA 5P0WA 2G1YA 1DP5A 4RZ1A 2G94A 5DR7A 1MUIA 5P8GA 5P2YA 4EJ8A 1W5WA 2BB9A 3MWSA 4B0QA 3OOZA 4EXHA 3TLHA 4EQ0A 3IA9A 4J1IA 2JYSA 1APWE 5P1ZA 3QRSA 3OQKA 2NMZA 5P0SA 3UDYA 3PLLA 1QRPE 3HBOA 3O9EA 5P86A 3UDKA 3SA4A 4KE0A 4B72A 5DR0A 4ZIPA 1ZTZA 1FKNA 4FRIA 5P1YA 5P66A 5ENMA 1EAGA 4J1FA 1XL5A 4EJDA 3TPLA 4I10A 3ZL7A 2F8GA 4OBGA 3K5FA 1GVXA 3OK9A 3QVCA 4Y3HA 5P4RA 4DJWA 2ZJMA 2QAKA 2WF0A 5P5HA 2UPJA 3HD8A 3PCWA 5P61A 4RRSA 4Y6MA 5P73A 1K1UA 4OBDA 5P7SA 5C9BA 5OYZA 4TRZA 5OZKA 1LZQA 3LHGA 5P25A 5OZ8A 3SA8A 4M8YA 4Y57A 3GGVA 1W6HA 3CICA 3QPJA 3EKYA 3VLAA 4A6BA 4FRJA 5OYUA 3I8WA 5P3VA 2WHHA 5OZ3A 3EM4A 1LV1A 3UFLA 2I4WA 3CKRA 4QJ6A 1HSGA 3SPKA 1KJ7A 3EL0A 5P6WA 3CIBA 1A9MA 4OC6A 3MXEA 5P4CA 4OC6B 4Y35A 1APTE 1LF3A 3NWXA 1ODXA 5DR4A 3GI4A 1MT8A 4H1EA 4OBHA 5P35A 4DPFA 4CP7A 2OHNA 4YD6A 5P6BA 3PMUA 3PSGA 5FIVA 4GJ5A 5P7TA 5P3BA 1E80E 4Y4TA 5I3VA 2I4UA 1B6PA 1EEDP 4J0YA 1FFFC 3EKQA 4Z22A 3O9FA 3KFPA 1LF4A 3UQUA 3PWWA 3IXJA 5OZ2A 3B80A 4I0EA 2G20A 4B05A 4GZFA 4DQHA 5AHCA 5P0QA 5P79A 2ZJJA 4R91A 2AIDA 2RENA 5P8CA 3OTSA 4DQGA 5P3AA 5P7IA 3Q70A 2FXDA 4RRNA 3NU3A 5P1KA 1FGCC 1PFZA 4YDGA 5DPZA 5AH9A 4Y38A 3ZKGA 3UQPA 5P2MA 2WF3A 3L38A 5P8RA 1D4SA 3LZVA 3GI5A 5OZTA 2VKMA 1K2CA 4EJKA 2I0AA 4B1DA 4QJ9A 1AXAA 5P0MA 5P51A 5P8PA 5OZJA 4U7QA 4NKKA 4K4RA 4I0GA 5C9FA 1CZIE 5P4LA 5P7LA 5IVSA 1EBYA 2F3EA 3GI6A 4YD5A 2A4FA 5P1QA 1BXQA 4Q1NA 4RCFA 3OU1B 5KAOA 3D1YA 5P64A 5P65A 5P7RA 3UQRA 3OXXA 3PGIA 3OADB 3BUHA 4Y47A 3T7QA 4FIVA 5OZQA 2QI0A 4L7HA 3TOHA 2BPWA 5P0RA 3SA9A 4Y3FA 1T7IA 1E82E 5P3WA 4FSEA 3PSYA 5P0XA 3LINA 2IENA 3OQDA 5P45A 3OHFA 2JE4A 2FNSA 2G69A 5P2VA 4Y3GA 5OZPA 4GJ6A 2JJIA 2AVMA 4Y9WA 3KT2A 5P0DA 4LP9A 4XX4A 4RCEA 4Y3DA 4Y5MA 2OHTA 5P3EA 3GW5A 1IDAA 3O9CA 4KE1A 3ZKNA 5P3NA 1SDUA 5P4WA 1ODYA 1NH0A 4J0TA 5P7AA 1RPIA 4Y3EA 1W5XA 5ISKA 3I6OA 5P0GA 3L59A 5OZSA 5P6VA 4Y4UA 3ZKSA 1T6GA 5HTZA 5P6OA 5ER2E 2ZHRA 1E81E 5P2OA 5OYQA 5P80A 1ZAPA 5HE7A 3SABA 3SACA 3B7VA 1HTGA 2I4XA 2NPHA 3UPJA 2P3AA 2NTRA 2ZHSA 1Q9PA 5P0VA 3NR6A 4EYRA 1SDVA 3BGBA 3O99A 5P2XA 1B5FA 5P2SA 1B5FB 4NJSA 2OAHA 5P23A 5B18A 2RSPA 4J1EA 5P5LA 4Y53A 5P7MA 5P8LA 1TCXA 4FL8A 2ZJIA 4IVTA 3OU4A 3OU4B 3AIDA 4Y5EA 5P6PA 7UPJA 1XL2A 2NMYA 1EPME 3S2OA 3TOFA 4J17A 5P4BA 2P3DA 5P14A 3PJ6A 5P4EA 3BC4A 5OZZA 3L5CA 4A4QA 1D4YA 3D1ZA 1G0VA 4GIDA 1ZJ7A 5DGWA 5P4NA 5P6XA 4Y4ZA 3BVBA 2B7ZA 1K6PA 2WECA 1Z1RA 1BV7A 5P1NA 1FQ7A 2AOHA 3VF7A 4OD9A 2IL2A 1QDMA 1MEUA 4OD9B 5IE1A 2V11C 1G6LA 3QRMA 3O9LA 3L5EA 1FEJC 3O9LB 4ZPGA 2BJUA 2G1RA 4CPXA 2G22A 3VV6A 3K1WA 3BGCA 4Y41A 5P3MA 1SGUA 3KMYA 5OZVA 3G6ZA 4J1HA 2Q15A 5IVQA 4ER4E 1CMSA 4HDPA 3I2LA 3HW1A 2V16C 1FMUA 2G24A 2WL0A 3KYRA 2RKGA 5P7CA 3OY4A 5DQ2A 5P39A 5P2TA 1XE6A 5P71A 2R8NA 3ECGA 4Y39A 4Y3MA 4R92A 3FIVA 5OZLA 5P6QA 5OZIA 4DJYA 5P8AA 2AVVA 3SM1A 3CKPA 3DK1A 3APRE 2ZHVA 1IBQA 1UH7A 4YOBA 3PVKA 4MC1A 4Y44A 1W51A 1XN3A 3OUDB 2XYEA 2NNKA 4DVFA 5P2AA 4EHCA 3HZCA 2WEZA 3UDJA 5P8SA 2QMPA 3KM4A 2J9KA 3O9DA 2AOFA 4I8WA 5P62A 2VNNA 2FNTA 4PHVA 5OZGA 4Y4BA 4J54A 5P75A 1AIDA 4LL3A 1GNOA 3SO9A 5P53A 3DV5A 4YHQA 2FDPA 2BPZA 3Q5HA 2BBBA 4F74A 1ZP8A 3NUOA 3EL5A 2IEOA 5BWYA 1VIJA 4Y3LA 4QLHA 3PBZA 1IZHA 5P2IA 4FSLA 4Y3ZA 3KF0A 4J0PA 5P89A 3EXOA 4YCYA 5P0LA 5P2QA 1W50A 3OHHA 1HBVA 1SH9A 4L1AB 1ZSFA 2QD6A 1EPQE 3S8IA 4TRYA 5P08A 5P7OA 5P8BA 3EKVA 5P63A 1GKTA 5P3ZA 6UPJA 2WF1A 2AVSA 2WEBA 1BVEA 2V0ZC 4HLAA 5OZRA 1UH8A 1HVRA 4XXSA 4YCKA 2HS1A 5P0EA 4B77A 5P3YA 1LF2A 4MC9A 2VJ6A 4Y36A 1WBMA 4DI2A 2IDWA 3FSMA 4Y3RA 4EJLA 1YTHA 4B1EA 3MSLA 5P1JA 4HDFA 4ZSRA 5P3UA 3NYGA 4S1GA 1SIPA 1EC0A 5OZ1A 1MSNA 3QBFA 2I1AA 2PSVA 2SAMA 5P6NA 2EWYA 5DR1A 5P6MA 1MTBA 4Y5KA 5OZOA 5P88A 4J55A 1G2KA 3EKWA 4A6CA 4Y4WA 3PCZA 5P76A 1A8KA 5KQYA 2G1NA 3KFRA 1N49A 5P5BA 1HHPA 5AH6A 4LC7A 4QJ7A 4ZPEA 5P37A 5P6LA 1C6XA 3U6AA 2WEDA 5P30A 5P55A 1B11A 5P4VA 4Y48A 3NDWA 1EPPE 4M8XA 5OZYA 2F81A 3EL9A 3JVWA 3GGAA 5P40A 3RTHA 4DUSA 5P3KA 1ME6A 5P4ZA 4F75A 1ZBGA 4Y5PA 4RCDA 3D1XA 4D88A 1MESA 2ZDZA 4Y3JA 5P8TA 3OQAA 2JJJA 1D4JA 1HIIA 5P69A 3OQ7A 4K8SA 4CKUA 1YT9A 4GB2A 1EPNE 2O4KA 5OZBA 3K5CA 5P7UA 5EZZA 4Y5AA 1SBGA 3NUJA 5P4DA 2QNNA 4JPCA 4Y51A 3JVYA 1EBWA 5DQCA 1CPIA 4EWOA 2I4QA 2PSGA 2QZKA 5P42A 2H6SA 5P1PA 5OZMA 4I0ZA 5P5NA 3VYEA 5P7YA 1IDBA 4Y3YA 4FM8A 5HDZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5P8J A;  2AVO A;  5P5Z A;  1HIH A;  5P6T A;  3VFB A;  1HEG E;  5P49 A;  5KR2 A;  5OZ9 A;  4TRW A;  5P6C A;  5P8H A;  3BHE A;  5P0H A;  1K2B A;  2VIZ A;  5SY3 A;  5P3F A;  1HXB A;  4R5N A;  3NDX A;  3O9I A;  2CEJ A;  2ZHT A;  1TSQ A;  2P3B A;  3S54 A;  5OYR A;  2VA5 A;  5P8E A;  4YD3 A;  2AQU A;  2IKO A;  2FIV A;  4J0Z A;  1MPP A;  4Q1X A;  3FNU A;  3HLO A;  2HS2 A;  4D8C A;  5PEP A;  1YTJ A;  4Y5G A;  5P3H A;  3NWQ A;  4F73 A;  1BDL A;  4FM6 A;  5P06 A;  2VIJ A;  4GJ9 A;  1LYW A;  5P8N A;  2P3C A;  1NPW A;  3MXD A;  3A2O A;  5KQF A;  5P6U A;  4XX3 A;  5HU1 A;  1QS8 A;  1AZ5 A;  5P8K A;  1T3R A;  3SA3 A;  1YTI A;  5P3S A;  3ZPS A;  4Z4X A;  1ZPK A;  2HB3 A;  1GVT A;  2BKS A;  5P8V A;  2JXR A;  3PRS A;  3ZMG A;  3PWR A;  1PSN A;  4D85 A;  4DJU A;  1EPR E;  3PSU A;  2R3T A;  2G1S A;  4Q1W A;  5P0F A;  4I0H A;  5OYT A;  3VYF A;  2QD8 A;  3EKP A;  3K5G A;  4Z50 A;  4ACU A;  2NR6 A;  4COE A;  5COO A;  1QBT A;  5P3R A;  4NJU A;  2AZ9 A;  1HIV A;  4FGX A;  1IZI A;  8HVP A;  4DQC A;  3PHV A;  4DJP A;  5P05 A;  3OWN A;  4I0I A;  4I12 A;  1YM2 A;  3S53 A;  1TCW A;  2XFK A;  3TNE A;  4CPT A;  3Q4B A;  3WZ7 A;  3LPK A;  2VJ7 A;  3UDM A;  2R43 A;  5P6A A;  5P41 A;  3FNS A;  1RQ9 A;  2IGY A;  2QI6 A;  1QBS A;  4YE3 A;  5P44 A;  3PI0 A;  1PPL E;  1HVI A;  1A8G A;  3QI1 A;  4MC2 A;  3PBD A;  3DJK A;  4FM7 A;  2AVQ A;  2O4N A;  1VIK A;  5HVP A;  2BKT A;  2QZW A;  5SY2 A;  1NPV A;  3DOX A;  5COK A;  3KFS A;  5P83 A;  2CEM A;  2QNP A;  5P0B A;  7HVP A;  1HEF E;  2R5Q A;  3BXR A;  2CEN A;  4Y5B A;  3LIV A;  5P4J A;  2FLE A;  4XKX A;  5SXN A;  1APV E;  5OZF A;  3H5B A;  5CON A;  1HTE A;  1RV7 A;  2AZC A;  4WY6 A;  4AZY A;  2O40 A;  4YOA A;  4Y3X A;  3FNT A;  4OBF A;  4RLD A;  5AGZ A;  3UDQ A;  4EPJ A;  5P5P A;  1OHR A;  2PQZ A;  5P16 A;  1MET A;  5P6H A;  4CPR A;  4Y5C A;  4RYC A;  4GYE A;  2ER7 E;  5HDX A;  2NXM A;  5P8I A;  5P1R A;  4ZSQ A;  5CLM A;  4TVH A;  5P2G A;  3GI0 A;  4Z2Z A;  4K9H A;  3R4B A;  5P0T A;  3EKX A;  4ZSP A;  5P7Q A;  3EBZ A;  4RVI A;  4QJA A;  3OU3 A;  4FE6 A;  4N00 A;  1C70 A;  5P1V A;  4RVJ A;  1MVP A;  3SM2 A;  2Q63 A;  2HM1 A;  5KOS A;  4Q1Y A;  5P7F A;  3F9Q A;  2ZYE A;  5JFP A;  5P5Q A;  3LNK A;  3VYD A;  5P18 A;  5T4S A;  5P2C A;  2WEA A;  4YBI A;  3S85 A;  1OD1 A;  3CKT A;  4JPE A;  4DV9 A;  5P6J A;  4NPU A;  5HD0 A;  3HDK A;  4MC6 A;  2UXZ A;  3RU1 A;  2PWC A;  5P1F A;  3SKG A;  3CID A;  3I25 A;  4RVX A;  1IZE A;  3IN4 A;  3LIZ A;  3DV1 A;  2IQG A;  3O9G A;  5P3O A;  4DH6 A;  1W6I A;  4Y5L A;  2Q5K A;  3MSJ A;  1ZSR A;  4DFG A;  5P07 A;  4Y54 A;  5P0O A;  3OAG A;  4B00 A;  2OF0 A;  4Y37 A;  5P59 A;  3OAG B;  2I0D A;  2XFJ A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P44A

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