5P48 | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__184806494459911__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__184806494459911__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P48/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__184806494459911__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"184806494459911","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P48/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__184806494459911__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01929a832c0da8dbc843ed/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01929a832c0da8dbc843ed/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01929a832c0da8dbc843ed/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01929a832c0da8dbc843ed/pdb.gz): 768 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 97 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p48A02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p48A01

1HTFA 1GKTA 3QRMA 5IVRA 3WZ7A 5P0XA 2FDPA 3R1GB 4I8WA 4B1DA 4CPSA 2G94A 1UH9A 3EM3A 5OZQA 1PROA 1YTGA 4ZSMA 5P3DA 3SA3A 2I4XA 5SZ9A 3EXOA 5P65A 3PLDA 5C9DA 3EKXA 5P49A 1OHRA 4UPJA 4Y5MA 4DUSA 1APVE 2FXDA 5P2JA 3ZPUA 5OZCA 3NDXA 4DJUA 5P1VA 2VKMA 5P51A 4EXHA 3PBZA 4OBKA 5P2DA 1B11A 3LINA 2ZDZA 5DR4A 4J55A 4J0TA 5P73A 2Q3KA 4YCKA 1LF4A 4QJ7A 5P5WA 5P1UA 1FQ7A 5P4MA 5P8BA 3IVHA 5BS4A 1W5XA 2WJOA 4I0EA 3TPLA 1OEWA 4PYVA 5P6GA 4HDFA 1HVLA 3AIDA 4DQBA 5P4VA 2HB2A 5P3OA 3LIVA 3SACA 2PK6A 2ZHVA 5F01A 5P14A 1BDQA 4Q5MA 5P8NA 2QD7A 3IXOA 3B80A 5P5JA 3VLBA 5OZ9A 4APRE 1ZPKA 3ZKQA 4EQJA 1HTRB 4CPRA 3OUDA 5P0LA 4NJSA 2RENA 2PSUA 4L1AA 5P88A 4YE3A 3O9FA 3T7XA 2B60A 2VA6A 5HCOA 3ER3E 1MTBA 2PWRA 1ODWA 3BXRA 4Y5GA 1PPKE 4MC1A 5KR2A 2QI1A 2I4VA 5P3IA 1KJFA 3D1YA 2PH8A 1A8KA 2VNMA 5P5ZA 3NXNA 2JE4A 5P24A 3ZL7A 2HPFA 5P2QA 1B6KA 4ZIPA 1LYBA 3PMYA 5P0MA 2JYSA 3OGQA 5P74A 2WF2A 5P1IA 1W51A 5HE7A 4DH6A 3B7VA 1SDUA 1W6HA 3OAGB 3WB4A 2HS2A 3D1XA 4Y57A 5OZRA 4KB9A 4CPXA 5P1KA 2O4PA 2NPHA 2VIZA 3TKWA 5P38A 3OHFA 5BWYA 5P4CA 2OHQA 3K4VC 5E5KA 1Q9PA 3R2FA 3SM1A 2J9JA 3TLHA 2NTRA 5KOQA 3D3TA 4YD5A 3UDRA 1FB7A 2QHCA 5B18A 2WF3A 2F8GA 2QI7A 1AJVA 2QI4A 3CYWA 1D4YA 5OZ0A 3S53A 2VJ9A 4J1CA 5P6NA 5KAOA 5P6SA 4HVPA 3EL1A 3NXEA 3MSJA 4ZPEA 3IA9A 5P2SA 3JW2A 3O9DA 1ZJ7A 5P3UA 4B78A 3BVAA 5HDVA 5P29A 2AVOA 1FF0C 5P80A 1KJHA 5I70A 3EC0A 3TTPA 3UDPA 4RROA 3K5GA 5P6MA 5KQZA 5P34A 5P0AA 5JFUA 2O4NA 4Y5PA 5P8HA 3OADB 4GYEA 5P5SA 4Y4ZA 2AOEA 5P5LA 2VS2A 1YM4A 4DQFA 3GI6A 5P0RA 3KM4A 3LHGA 5P3HA 5P0HA 4I12A 5P84A 4AA8A 3NDTA 5P5CA 4I10A 5P3GA 5P57A 1HSGA 3IXJA 5P08A 5C9BA 3LZVA 2OHRA 2QMFA 3OOZA 3EL0A 1Z1HA 3O9GA 3OTSA 2BBBA 4FLGA 5DQ1A 3MWSA 5OYQA 3NUJA 2OHNA 3NUOA 3FIVA 1IIQA 5P6EA 4EYRA 2CEMA 1T6GA 2F3EA 4GB2A 4DJOA 3NWQA 3OK9A 4OBJA 5P31A 5P36A 3JVWA 2PH6A 1E82E 5P6HA 3TPPA 4QLHA 5IVSA 1A8GA 5P8IA 4FAEA 4OBHA 5DQCA 3PCWA 5OZNA 2AZ9A 4L7GA 5OZ4A 4GJ7A 1MPPA 5J25A 2R5QA 4DJRA 5DR3A 4I11A 4J1EA 4GJDA 5P7WA 5OZFA 5P7LA 4LAPA 9HVPA 5HTZA 1DW6C 3G70A 1APTE 2AZBA 1RQ9A 4IVSA 3KMXA 1D4JA 3R0WA 5P4IA 5DQ2A 4Y3TA 1BXOA 3ZMGA 2QD8A 3SKFA 2ZHSA 5AH8A 4KE1A 4M8XA 4H1EA 3URIA 4J1FA 5P7PA 2CEJA 3GGAA 5P2XA 3R0YA 1RNEA 4F74A 5P2KA 5HVPA 5P54A 5P6BA 5HE4A 1SMEA 5P3EA 2IKOA 5P76A 1LV1A 5P2FA 2QZWA 2V10C 2QCIA 3NU4A 1J71A 2Q55A 3EL9A 2Q15A 2I4QA 2QZXA 3VEUA 4R92A 3SQFA 4Y58A 1HBVA 4TRZA 4KE0A 1LEEA 2WHHA 2P3BA 2H6TA 5F00A 3KDDA 3QVIA 4FIVA 1SBGA 2PYNA 5P0ZA 5P1JA 2ZJIA 1EPRE 1TW7A 5P0VA 3BHEA 4BFBA 4XKXA 3CYXA 3G72A 5P5BA 1YT9A 6APRE 5JFPA 4WTUA 5P3NA 3KYRA 5P8OA 3GI5A 3KF0A 5P0PA 2QI3A 3PJ6A 1BIMA 3S45A 4XXSA 2G24A 2ZJKA 3TPJA 3OU4B 5P3MA 3VG1A 1U8GA 3D1ZA 4AA9A 5DR0A 3UDHA 3O9LB 3PHVA 1IZDA 4Y3QA 4RVIA 2P8HA 3KT5A 1YG9A 5PEPA 1FG8C 1HEGE 4I0JA 3APRE 3MXEA 4Y3GA 5P12A 4FE6A 1AAQA 1HIHA 5EZXA 2B7FA 5P7EA 1LYWA 3ER5E 5P6CA 3L59A 3INFA 4YA8A 4D89A 1BAIA 1ME6A 3UQPA 3DV5A 5OYZA 5OZXA 5P6IA 2IGYA 5OZ6A 4Q1YA 5P78A 1C70A 5P0UA 5BRYA 5CLMA 4K9HA 5P2GA 2JJIA 4ZLSA 2BKSA 5P5IA 2NXDA 4J0VA 1XE6A 1FQ4A 3DM6A 3K5FA 3SLZA 3VF3A 4EXGA 4EJ8A 2RMPA 3NSHA 1WKRA 4B05A 5P3XA 1HEFE 5OZSA 4LXMA 3UCBA 4PHVA 2R5PA 5P75A 2FS4A 2PSGA 2ZJHA 4COEA 3FX5A 3LZUA 1AZ5A 2FXEA 5P69A 5P8PA 4RVJA 3VSWA 1BDLA 1BXQA 1MRWA 1EC0A 4DQGA 4FGXA 5P6XA 4EP2A 3PSUA 3WZ8A 1MRXA 3LIZA 5P58A 2Z54A 1ZTZA 1EPPE 3TOFA 5OZ2A 3FNSA 1T7KA 2WKZA 4YCTA 1WBKA 5P81A 4Y4AA 4Y56A 5P2CA 4FM7A 4HA5A 1AIDA 2ASIA 4Q1XA 5P42A 1IVQA 2QZKA 5P1GA 5P2UA 5KR0A 3EKTA 3DOXA 3VYDA 1YTIA 5OZIA 5JG1A 3PI0A 2ZHRA 1RL8A 4J1HA 5P23A 2BPWA 3PM4A 2V16C 2HM1A 4NPTA 1HOSA 2B42A 2OHLA 4RGHA 2QMPA 1VIKA 4I0HA 4ZSPA 4Y4UA 4D8CA 5P1AA 4Y36A 3T6IA 4YDFA 1AVFA 2R3WA 2XFJA 5P2RA 5P1EA 3CICA 5OZBA 3OU1A 1SIPA 5P1YA 4H3FA 3UQRA 4I0FA 2QNQA 4RYGA 3ZKGA 5P32A 2I0DA 2G1RA 3CKRA 3K4VA 1LF2A 3QN8A 3PRSA 5P79A 3DCKA 5AH9A 5P01A 5P1OA 5P2AA 5OZ7A 2P3CA 4YOBA 5AH6A 1PFZA 4RCFA 3L5EA 5P7TA 3UDKA 5P0FA 3VV6A 4L7HA 3HAUA 2VA5A 3UDJA 3LIQA 5P1HA 3N3IA 1BWBA 1E80E 4EPJA 5P4PA 1Z1RA 5OYWA 4R95A 5P30A 3BC4A 2Q54A 2F3KA 3TKGA 5P6KA 1HXBA 3OUCA 3INDA 4DPFA 2BPXA 2AVVA 3RTHA 3HLOA 3VUCA 4FM8A 5P4SA 5P44A 4JOOA 1PPME 4JPEA 5TOLA 4EHCA 4BELA 3CMSA 1MSMA 2WF4A 5P8AA 4Y5EA 5P8JA 5P09A 4OD9A 4X2LA 4J0ZA 1SDTA 5P3BA 3S7LA 3I25A 4DV9A 5P1NA 1EAGA 5OYUA 2Z4OA 1BWAA 1FQXA 2AIDA 5P5YA 4Y5LA 1G6LA 5OYTA 4LL3A 1M43A 4YOAA 5P89A 3TOHA 1HPXA 3O99A 4B0QA 4Y5AA 3OQDA 3L5BA 5P7QA 3O9IA 3LPIA 5DQ5A 5FIVA 5P62A 3QPJA 2G20A 1BDRA 4J5JA 3PB5A 1META 2F81A 2OHPA 3TPRA 5P0OA 5P8GA 5P35A 4CPTA 2VNNA 4OC6A 1F34A 2ZHUA 2V11C 4DJQA 3UDMA 3VLAA 4Y3HA 1C6XA 4RRSA 4Y54A 4K8SA 4Y4EA 5P6LA 1DIFA 3CIDA 1SMRA 2ZYEA 1TSQA 5HDZA 3QRSA 4DQHA 5P6AA 2ER7E 5P4EA 2RSPA 2WL0A 1EEDP 5P63A 4CP7A 5P47A 5OYYA 2G1SA 1ZLFA 3G6ZA 3SA6A 4Q1WA 5P46A 5P6FA 4ER1E 5IVQA 4FRKA 4WY6A 1IZEA 1NH0A 1LYWB 3SA9A 4CPUA 1OEXA 2ZJJA 5P2ZA 5OZWA 1LYAB 3QRVA 1ZAPA 3AUPA 4Y4JA 4X7IA 5P0SA 4JECA 1EC2A 3KMYA 5P5DA 5P55A 4K4PA 2FLEA 5P10A 5P8CA 1FMXA 1ZSFA 5P7KA 3RSVA 5P6QA 1ZSRA 5P0DA 2FGVA 5P8RA 3UDQA 5OZLA 3S43B 3NDUA 1MESA 2OHKA 5P1DA 4OBDA 4PZXA 5OZHA 3LPKA 4CPQA 4DJWA 4Y3DA 1N49A 1LS5A 2J9KA 4GJCA 4MC9A 4RCEA 2F80A 1HHPA 1B5FA 2AOCA 4J1KA 3PMUA 4M8YA 1TCWA 4JPCA 1QRPE 5P05A 1EPQE 1FLHA 3ZPSA 4FSLA 3NWXA 1SP5A 1HPVA 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3UQXA 5P7FA 4Y3ZA 4Y3AA 4Y3SA 4PZWA 3QI1A 3OUDB 2PK5A 5I3VA 3OXVA 5AHCA 4L1AB 5P2MA 5P33A 4Y4TA 2AODA 4QJ8A 1MERA 2IS0A 4H3IA 5SXNA 3FNTA 3Q3TA 4Y5BA 5P67A 4YD6A 1BV7A 4YD4A 4FM6A 4J1IA 2VJ6A 3S54A 5P8TA 4HEGA 2OHMA 3NU6A 5P7RA 4J0YA 1PSOE 1K1UA 5P19A 1LYBB 4HLAA 5OZOA 1HVHA 3IXKA 2HAHA 4LHHA 2H6SA 3GGXA 5KOSA 5P4BA 3L5DA 2JJJA 2FNTA 1EPLE 3VF7A 5P4QA 4GJAA 3UFLA 3SA5A 5P3CA 2ANLA 2B8LA 2A4FA 4GJ5A 3OQ7A 1HSHA 5P6PA 5P66A 5P59A 3NDWA 5DPZA 2NXLA 1TSUA 4MC6A 1TCXA 2J9JB 3OOTA 1OD1A 3OAGA 2AQUA 5P04A 4U7QA 3FKTA 4EJDA 1GNMA 2ZGAA 3QROA 4J0PA 4OBFA 2A1EA 4U8WA 4Y3MA 5P6VA 2AVQA 2IDWA 5IS4A 2AOJA 2APRA 5P77A 2NNPA 5P0NA 5P8QA 3UQWA 2IEOA 3K5CA 3KN0A 5P7JA 1SDVA 1FMUA 5P18A 4CMSA 4B1CA 5P6DA 5P8UA 2EWYA 1BVEA 4Y3NA 5OZGA 1MTRA 4S1GA 3Q6YA 3SAAA 1MUIA 4H3GA 5P7VA 1GNNA 4NPUA 5IVTA 2OAHA 4ZE6A 3EKYA 4J17A 4RRNA 5OYXA 3IVIA 1YTHA 2NMYA 3UQUA 1XE5A 3OADA 2QK5A 3L3AA 3PGIA 1A30A 1EBYA 4YD7A 3L5FA 4Y53A 4Y3WA 1KZKA 5P6ZA 4Y3LA 5P60A 1FKNA 4PEPA 5P4FA 1PSAA 4FRIA 5P4KA 3U6AA 5P7XA 5P8SA 3T3CA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 5P28 A;  7UPJ A;  4R8Y A;  1QBS A;  4Z22 A;  3UPJ A;  1B5F B;  5P0G A;  1EPM E;  5P5R A;  5OZV A;  2ZJM A;  3S43 A;  2QD6 A;  5P5E A;  1LF3 A;  3NU9 A;  4HE9 A;  1B6L A;  5P2Y A;  5P5H A;  3APP A;  5P0E A;  2PQZ A;  3VV7 A;  2V12 C;  2FGU A;  4H3J A;  2QI0 A;  3MSL A;  3NYG A;  3BUF A;  5P4T A;  5OZZ A;  3RTN A;  4LBT A;  3PWR A;  4ER2 E;  1RPI A;  2V0Z C;  5P00 A;  5P02 A;  3ZOV A;  3FSM A;  3LPJ A;  1DP5 A;  3OQK A;  5OZT A;  3EKQ A;  5I3X A;  4OBG A;  4Y3X A;  3U7S A;  5P5G A;  4TVH A;  3SFC A;  3S85 A;  3OWN A;  3OXX A;  1AXA A;  1D4L A;  2AOI A;  3SAB A;  1SIV A;  2G26 A;  3EKV A;  5P1P A;  4NKK A;  4AMT A;  4R91 A;  5P43 A;  1BBS A;  4TRW A;  2NXM A;  2ZHT A;  3DK1 A;  5P5Q A;  4FSE A;  5P6J A;  3K1W A;  5P7M A;  5I3W A;  3LZS A;  5P3P A;  4Y35 A;  1HVK A;  5P7C A;  5AHA A;  2BKT A;  3DCR A;  4JP9 A;  4Y5C A;  1XL5 A;  1EC3 A;  4GMI A;  3RSX A;  1JLD A;  5P2O A;  5P41 A;  3PSY A;  5OZY A;  2QMD A;  4D88 A;  1C6Y A;  2AVM A;  2R3T A;  3EBZ A;  3OHH A;  5P2L A;  5P1Z A;  1HWR A;  4Y37 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P48A

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