5P4AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 199
Total Genus 84
5010015020025030001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H4 (149-151)EMPTYS1 (3-9)TIV4 (95-98)TI1 (11-14)TIV1 (14-17)TII3 (162-165)AH4 (307-311)S2 (17-23)S7 (84-96)TIV2 (24-27)S3 (28-35)TI10 (219-222)S15 (210-218)TI2 (35-38)S9 (124-127)S4 (41-43)TI5 (79-82)TI3 (45-48)3H1 (50-52)TIV3 (53-56)S8 (99-112)AH1 (114-118)TI6 (119-122)3H2 (61-63)TI4 (64-67)S5 (68-69)TII1 (70-73)S10 (136-137)S6 (74-78)AH2 (144-148)TI9 (190-193)3H3 (131-133)TVIII2 (137-140)TVIb1 (136-139)TVIII3 (152-155)S11 (156-160)TIV5 (170-173)S13 (184-189)S14 (196-204)TIV6 (265-268)TII'1 (204-207)O1 (255-290)S24 (303-305)S16 (225-227)TVIII5 (292-295)TII6 (297-300)AH3 (229-237)TII4 (239-242)S23 (294-296)S17 (243-245)TI12 (246-249)S18 (250-254)TI13 (254-257)TII5 (284-287)S20 (269-273)3H5 (275-278)S21 (279-282)TVIII4 (282-285)S22 (289-292)S25 (314-318)TVIII6 (320-323)S12 (167-171)TI7 (175-178)S26 (324-328)TI11 (245-248)S19 (262-266)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4aA01
5P2NA 5P3FA 3UHLA 4JP9A 5P5TA 5P4GA 2P4JA 3BVBA 2ZJHA 3LITA 2ANLA 5P7RA 5P5NA 1OHRA 3LPKA 4Y57A 3S8IA 4YOBA 2QHYA 5P1IA 2QZXA 1QDMA 1ZSRA 3BUFA 3EKWA 5DQ1A 1GVVA 3SA7A 2HB2A 1K6PA 1FKNA 1M0BA 2RENA 3LPJA 1QS8A 1CPIA 3L5BA 5P19A 4KB9A 1PFZA 4YD7A 1HRNA 5OYXA 5P3HA 3IXOA 5P0OA 3K5CA 4J1KA 3R1GB 5P5FA 2QHZA 4Y3DA 5OZIA 1C70A 4JPEA 4Y5GA 5P7BA 5P3YA 5KOQA 5P42A 2H6SA 5COOA 1ZJ7A 5P76A 3Q4BA 4MC9A 4FS4A 5P2UA 2I4QA 3UDJA 3SABA 2PWRA 5P85A 4N00A 3O9LA 2I4UA 1HPSA 3KDCA 5P7PA 4YD3A 1BWBA 4Y5KA 5P6TA 4J5JA 5HU1A 5OZRA 5OYZA 4I0JA 5FIVA 4Y9WA 4J1EA 3OHHA 3OUCA 4Y5NA 3SA5A 1E80E 4WTUA 2NPHA 3QRVA 5P81A 3NDWA 2R43A 4I0GA 1IVQA 1W50A 3NYGA 5HE4A 1BDRA 3CICA 2PC0A 1IZDA 3OADB 3S7LA 5I3YA 4Z2ZA 1EC1A 3TL9A 5ENMA 1MESA 4Y3HA 6APRE 5P87A 1SDUA 5KAOA 5P2JA 3HLOA 4Y44A 3UQPA 5P5ZA 3K1WA 5P0FA 5P2KA 3IVHA 2ZDZA 3EMYA 5APRE 3SA8A 4RCDA 4D83A 3EL9A 5P0RA 4Y56A 5AGZA 2QNQA 5P35A 3HVPA 4HZTA 5P2OA 5P3PA 2PYMA 1Z8CA 3H0BA 4DJXA 1QBRA 5OYYA 1TSQA 4EXGA 5OZ9A 3ZKXA 3QRSA 3OWNA 5OYSA 5P1TA 3S2OA 4LL3A 3PRSA 5P22A 1HPVA 3DUYA 5P6MA 4I10A 1GVWA 4J0YA 4CP7A 1MRXA 3LZUA 3RVIA 4I8ZA 5P80A 4EP2A 5KQFA 2AOCA 4ACXA 3APRE 3FV3A 1KJ4A 3CKRA 1TZSA 5P78A 3VF7A 4ER1E 2ZHVA 5P2MA 1SMRA 3EKYA 2R3WA 1XN2A 5P7QA 5P7CA 3B7VA 1FMUA 2F80A 4Y5MA 5UPJA 3L5EA 5P6UA 3MSJA 1A94A 5P4OA 3PI5A 1EPNE 3KFPA 2F3FA 3QVCA 1C6ZA 2V00A 5KR2A 1HPXA 2NTRA 2WHHA 4Y3TA 2VIJA 5P3MA 5ER2E 3NLSA 4LP9A 3QIHA 5JG1A 3L3AA 3AUPA 3SA4A 5OZFA 3VYFA 4J1HA 5P8PA 5P7VA 2PH8A 5DR4A 3LPIA 5P77A 5AH8A 2OHMA 4D89A 1W6IA 2WEZA 4HE9A 5P66A 1FGCC 3FNUA 5P1NA 5P05A 3UDMA 4DQHA 1HVCA 3B80A 5OZ3A 1T7JA 5P1HA 2Q63A 1EC2A 4HEGA 1FQ6A 3INFA 3BVAA 1A8GA 5P26A 1B6LA 5OYTA 1LYWB 3URIA 2OHNA 4GJCA 3UQRA 4Y3EA 3QP0A 5P00A 5P8RA 5OZ2A 5IVSA 1BWAA 4RLDA 3MXDA 4BEKA 5P04A 2I4VA 5P65A 1D4LA 5P5KA 1HHPA 1XE6A 4HLAA 2IDWA 4Y3FA 2I0DA 5P51A 2A4FA 3K5FA 3CIDA 1G2KA 5IE1A 5OZNA 7HVPA 5DR8A 3QRMA 2VIZA 5P1SA 1APTE 1TSUA 1W5VA 3TOFA 2P3BA 4J54A 4R8YA 2ZJNA 2O4NA 4J0PA 3PSGA 3S43B 5BRYA 4AUCA 2QI5A 5P32A 3BC4A 1MSMA 2PK6A 5P7HA 5DGUA 5OZLA 1FF0C 5P08A 5CONA 4R91A 3O9HA 4Y3LA 3EM3A 3RTMA 4Y5AA 3ZPTA 4YD5A 5OYWA 5P2GA 2VJ6A 3MSLA 4A6CA 3UF3A 2I4WA 3A2OA 3GW5A 2G69A 3GI5A 3VFBA 2B7ZA 3ZL7A 5P0KA 3DJKA 5P1MA 3FNSA 4GYEA 1K2CA 4E43A 3K4VA 1OEXA 2WKZA 5OZ1A 2WECA 5P61A 4Y3XA 5P5PA 3OU4B 4Y58A 2FDPA 1QBSA 4EPJA 5P4XA 3APPA 2WF4A 2PSGA 5HDZA 2NMYA 3SPKA 1HTFA 5P4LA 3KFSA 3ZKMA 3OAGA 1LF4A 3HW1A 3SA9A 3U6AA 4CPQA 3O9DA 4B77A 3NXEA 5P5VA 3OQDA 4DJRA 3GI4A 3Q5HA 5KR1A 3PBDA 5OZXA 1AVFA 5P54A 1LYAB 4MC2A 3PGIA 4H3JA 5P70A 3EBZA 5KR8A 3L58A 1BXOA 4FLGA 4Z50A 5P5GA 5P5YA 2CENA 4RVIA 3VUCA 1XL2A 4UPJA 2AZCA 5P0CA 5DR0A 3QBHA 3O9EA 5P7SA 2FS4A 1EPPE 5P4RA 5P7GA 3RU1A 2Q15A 4Y3SA 3PM4A 1FG8C 5P3LA 5P7DA 5OZTA 5P1UA 1A9MA 4Y3PA 2QZWA 4IVTA 5P3TA 5P5XA 3S85A 1PPME 2BB9A 2HPEA 3KDDA 3URJA 5P43A 5P6OA 4H3GA 4RGHA 4FIVA 5P72A 2JJIA 1SGZA 5P33A 4MC1A 1RV7A 3RTNA 3VYDA 3T7PA 3EL5A 1ZBGA 5OZ5A 3EXOA 5HE5A 1MUIA 4AMTA 3HD8A 1HOSA 3ZKIA 1W6HA 3DV5A 4K4RA 2PSUA 6FIVA 1SDVA 3ZMGA 4DV9A 1WKRA 4Y4EA 3ZKGA 5P6LA 1HIHA 3PLLA 1K6CA 2Q64A 4ZSRA 5P64A 3VEUA 1SP5A 1TQFA 4OD9A 5OZ8A 5P2SA 2XFKA 5P5RA 1IZEA 5P0AA 1IZIA 5P30A 1RQ9A 3IGBA 5P11A 2O4SA 5P4BA 3EKTA 4NJSA 4Y4GA 5P8BA 5KQYA 4NPTA 3D20A 2NXMA 4Y3ZA 3UPJA 4GB2A 1RPIA 3VV6A 5P3WA 4QJ6A 3JVYA 2G1RA 4L1AB 5P3IA 1YX9A 5P1EA 3OK9A 3HAWA 2JXRA 4M8XA 3SACA 5F00A 1OD1A 1ZAPA 3GGVA 2XYEA 5OZ6A 3TH9A 5B18A 5SZ9A 5P0LA 5P8SA 3LIZA 3UDPA 4DQEA 3D91A 3PBZA 3NWQA 1GNNA 5P3GA 4Q1XA 1YT9A 4ZPEA 1FLHA 4EQJA 1AZ5A 4GJ9A 5P55A 5P7XA 2IGYA 5F01A 3OUBA 2FDEA 1W5WA 2G1YA 4D8CA 1YTJA 5P0DA 1XE5A 5P4UA 2PSVA 3KDBA 3ZKSA 4I0EA 2IKUA 1BAIA 2IKOA 2VNMA 5PEPA 5P4WA 4GMIA 4HDFA 3OQKA 2OF0A 4GIDA 3NU9A 1K1TA 5P1DA 3CYXA 5P0QA 3EL1A 3UQUA 3AIDA 2AVSA 3NU3A 1SH9A 5P3ZA 3KA2A 4OC6B 2IENA 1B6MA 5OZQA 2FGVA 3T7QA 5P7MA 4RROA 3TPLA 1EPME 5P0MA 4B72A 3O9GA 2BKTA 5P0JA 3WZ8A 1AIDA 3G6ZA 5P7ZA 4YBIA 5OZPA 4YDFA 2O40A 3FSMA 4GJ6A 2J9JB 1HTRB 3OU4A 5P28A 4NJTA 1GNMA 3OUDA 3INEA 5P5AA 3C9XA 3D1YA 3OU1B 5P8LA 5P1CA 3UDNA 3ER5E 4CPXA 4Y5LA 4B00A 4ZSMA 5P4CA 5P4ZA 5P2YA 1G0VA 1FIVA 4M8YA 5P4SA 3PJ6A 3L5FA 2OHLA 2P83A 4FCOA 4LXKA 5P67A 4Y48A 3WB5A 4DVFA 4JOOA 1W51A 4ER4E 4BFDA 3KYRA 4KE1A 5P0UA 4JECA 2G21A 5P8AA 4NJUA 1MRWA 5P59A 2ZJLA 1MTRA 2Q55A 2VIYA 3EM6A 3T7XA 2APRA 5OZBA 2F8GA 5HDXA 5P7AA 2FIVA 2EWYA 1BILA 2CEMA 5P1KA 5P2DA 2IEOA 5P3EA 5P88A 2QNNA 4FSLA 3R2FA 5KOSA 5C9BA 3VV7A 3KFNA 1D4YA 1KJFA 2ZE1A 4YD4A 1EPQE 4OBZA 4Y4TA 5HD0A 1D4HA 4DI2A 3I7EA 2VA5A 4TVGA 5P0HA 5P2LA 1PROA 2QMGA 4Z4XA 3HZCA 5P20A 2G22A 3CMSA 3BUHA 1TCXA 3CYWA 5P7IA 2AOGA 5P1AA 5I70A 5P8IA 1EEDP 4TRWA 5P8VA 2O4PA 4GJBA 4QJ7A 4EWOA 1YTHA 2MIPA 1NPWA 5P7UA 5P34A 3IN3A 4J1IA 3IAWA 4R92A 5OZAA 2RKFA 1APVE 5EZXA 2Q5KA 4Y3WA 1HVRA 2F3KA 3QROA 2P3CA 3NWXA 2Q3KA 3UDQA 4ZSQA 4XKXA 3SKFA 5P49A 4X7IA 1NPAA 5P0IA 3ZKQA 5P8OA 5P8QA 3EKXA 5P39A 3GI0A 4K4QA 3D3TA 3CKTA 2V13A 4I0IA 3KM4A 2AZ9A 5P27A 2BPYA 5COKA 1BVEA 4K4PA 2UXZA 5P01A 3NDXA 4RZ1A 4Y41A 4D88A 3IN4A 5P18A 5OZOA 2I1AA 4Y3JA 4F76A 3PWRA 2ASIA 4F73A 1MIQA 4YE3A 4B1DA 4DJOA 4L7HA 3LZSA 3K4VC 4Y5EA 4K9HA 2AIDA 5P31A 4DJVA 5P53A 3PMUA 2V16C 3U71A 3SKGA 5P6FA 3FIVA 2AQUA 5CLMA 1HTEA 1MSNA 5OZWA 1HSHA 4H3IA 3UQXA 5P4EA 3G70A 5P47A 1EPOE 1PPLE 5P40A 4CMSA 5P0VA 2FXEA 4RYCA 1ZLFA 5P7NA 5P23A 4HVPA 4Y38A 4EJDA 2R5QA 5P60A 4FSEA 3U7SA 4CPSA 5OZVA 5P74A 1DPJA 4PYVA 4RRNA 3R0WA 4PEPA 5P5WA 3OU3A 5KQXA 1N49A 4GJ8A 1LYBB 4CPRA 5P0SA 2A1EA 4DQBA 5P5CA 3TLHA 4QLHA 1JLDA 4J0ZA 1IVPA 2J9JA 2RKGA 4QJ2A 5P1OA 1C6XA 5P0PA 5P25A 3OU1A 4QJ8A 4FM8A 5OYRA 4U8WA 4DUSA 3INDA 5T4SA 5SY2A 3PWWA 5P7YA 4HDBA 2R38A 1KJGA 3NXNA 5P2HA 5I3XA 1W5YA 4YA8A 3NR6A 5P6ZA 3O9FA 2BPVA 3BUGA 5P09A 5DQCA 5P1YA 5P83A 4FAFA 5P7TA 3GGAA 2QMDA 5P79A 2XFJA 5P3XA 4FGXA 5P1WA 1IZHA 3ZKNA 3UFNA 4Y50A 2WF0A 5BWYA 1YM2A 3OQFA 2Z4OA 4K8SA 4QJAA 3I25A 2WEAA 4H1EA 5P3QA 5P6JA 3O9IA 1NSOA 3WSJA 1HVSA 4Y43A 2R9BA 5P0XA 4APRE 1EAGA 5P0BA 5P5SA 4U7QA 5P3BA 5HVPA 2HS2A 5P1XA 2FMBA 2BPXA 1HBVA 2QHCA 3SA6A 5P4AA 2QK5A 4Y4ZA 3IXKA 4HA5A 3VLBA 2B8LA 1RNEA 4Y35A 1BV7A 2UY0A 5DR3A 5P8KA 3OADA 3I2LA 3OUAA 2BPWA 2OHPA 4FM6A 1Z1RA 3VCMA 5JODA 4I11A 4EXHA 1MT7A 3N4LA 1EBYA 1HVIA 2IS0A 5OYQA 1FB7A 1DW6C 4Y5CA 3S53A 4APEA 1ZP8A 5P3VA 8HVPA 4Y4XA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2B60 A;  4BFB A;  4Y3Q A;  3OY4 A;  4EP3 A;  1GVT A;  1PSN A;  1IDA A;  5P15 A;  5P3S A;  4J0T A;  4LAP A;  3BGB A;  1DIF A;  4S1G A;  3BGC A;  1XDH A;  5P2W A;  3OOZ A;  3H5B A;  5P46 A;  5P4K A;  5COP A;  3PI0 A;  3BRA A;  3TOG A;  2VNN A;  1LZQ A;  4OBZ B;  4XX3 A;  5P0Z A;  4DQC A;  1LYB A;  2ER7 E;  3VFA A;  1MT8 A;  3JW2 A;  5P8H A;  1FMX A;  2PMA A;  2VS2 A;  3VF3 A;  5DPZ A;  2WED A;  2ER0 E;  2O4K A;  2F3E A;  1HPO A;  1HEG E;  5P36 A;  1YTI A;  1CZI E;  5P16 A;  4XXS A;  5OZH A;  3D1Z A;  2BPZ A;  3QVI A;  1GVX A;  3NSH A;  1BV9 A;  5P3K A;  4JPC A;  5HTZ A;  3NUO A;  3PVK A;  4PZW A;  4DJQ A;  5P1V A;  5P6R A;  1HIV A;  5P1R A;  5P7L A;  1IDB A;  3UTL A;  1K1U A;  5JFU A;  2QMF A;  2XYF A;  4WY6 A;  2WF2 A;  1B5F A;  5J25 A;  1A30 A;  5DQ5 A;  1LV1 A;  3TOH A;  3S7M A;  5P2F A;  3ZPU A;  3WZ6 A;  2QI0 A;  3KMY A;  3N3I A;  5P5J A;  2ZJI A;  4Y5B A;  4I12 A;  4Y3G A;  3UCB A;  1APW E;  5OZU A;  1G6L A;  2RMP A;  1SBG A;  2NXL A;  3KF0 A;  1FMB A;  2F81 A;  4ZPG A;  5P44 A;  2ER6 E;  5P6Y A;  1NH0 A;  1ODY A;  2QD8 A;  1T6E X;  2NNP A;  1ENT E;  1AM5 A;  2R5P A;  3TPR A;  5OZZ A;  2NMZ A;  3VLA A;  3LIY A;  3ST5 A;  2QI1 A;  2V10 C;  5DR1 A;  1BIM A;  3HDK A;  5HU0 A;  1EBW A;  2ZHU A;  3O99 A;  4Y4U A;  5P6B A;  4DQF A;  3K5D A;  4ZE6 A;  4ZSP A;  5KR0 A;  2HC0 A;  3LZV A;  2WEB A;  3M9F A;  5P1B A;  1HEF E;  1HSI A;  5P6V A;  3RSV A;  5AH9 A;  4LXM A;  3Q70 A;  2VA6 A;  1FG6 C;  2HM1 A;  4YDG A;  4Y39 A;  3PWM A;  4B1E A;  5OZJ A;  5P2I A;  5P3U A;  2PK5 A;  3KT5 A;  5P68 A;  3T11 A;  4YOA A;  5P82 A;  2AVV A;  4FE6 A;  5P3C A;  5OZY A; 
#chains in the Genus database with same CATH homology
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