5P4AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 199
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4aA01
3DJKA 3ZKGA 5IVTA 4ER1E 4PEPA 4YBIA 1HSHA 3SM1A 5IVSA 5P7AA 2UPJA 1QRPE 2QI5A 3TPLA 3NU3A 3VLAA 2PH8A 5C9FA 5OZTA 1GNOA 5P2EA 3WZ8A 5P83A 5P70A 5HTZA 4EP3A 3TOHA 2NMYA 3T7QA 4Y4AA 2BPXA 3OOTA 5P3LA 5P8DA 2WECA 5I70A 2QD7A 5P48A 6UPJA 5P43A 3VV7A 5P18A 3EKXA 2QMFA 1ZSRA 1B5FA 5OZOA 3INHA 3HDKA 3LINA 3PHVA 4UPJA 1FQ7A 3GI6A 3OUBA 2BKTA 2G1SA 4KE1A 5P3KA 5P7JA 4CPXA 5IS4A 3CMSA 4OBDA 5DR8A 3D1ZA 3CKRA 4D8CA 4EQJA 2G1OA 5P6MA 5OZGA 1LYAB 1A8GA 1GVWA 4U7VA 3L3AA 2WHHA 2AQUA 1AM5A 5P8MA 4QJAA 5P62A 3ZKXA 4B77A 1SP5A 1HPVA 3TLHA 5P7ZA 4H3FA 2FIVA 1FG6C 3CIBA 3Q6YA 5P53A 5P5RA 4FAEA 3O9AA 4FS4A 2WF4A 1MT8A 5P4VA 5P04A 4J1IA 3WZ7A 1ZJ7A 3SKFA 4B00A 4XX3A 4DQEA 5P0RA 1B11A 3S43A 5P8BA 3OXXA 4Y45A 5P01A 2QNQA 5P3RA 4GYEA 5P71A 2EWYA 4U8WA 3UPJA 2IEOA 3MSLA 3GGAA 1EC1A 1KJHA 5P38A 4ZSMA 2OHRA 3RSVA 5P86A 4EQ0A 1BV7A 1FIVA 5P5UA 3K5FA 4I10A 3EM6A 1W50A 1YTJA 5P2ZA 5P4QA 5COPA 1DPJA 2VNNA 1SGUA 3LIQA 2QK5A 5P26A 5P7YA 4GJBA 3TPJA 3IXJA 4K4RA 4ZPFA 1YM2A 5KOQA 3K4VC 3R0WA 5P1QA 3FNSA 3NDXA 3QBHA 2AOCA 4Z50A 3HAWA 1G6LA 3PWRA 3G72A 4AUCA 4Y35A 3SQFA 1T3RA 2IGXA 1B6KA 4HA5A 4Y3GA 2NXMA 4ACUA 1LYBB 2VJ6A 1ME6A 3OXCA 1DP5A 1XL2A 4JPCA 5SXNA 2P4JA 2F80A 1PFZA 2R8NA 2XFKA 5OZ6A 4FM6A 3HD8A 2HC0A 4Y3DA 2ZJHA 4Y9WA 5P1RA 2APRA 1KJFA 5OZUA 3EKQA 4OBZA 2FDPA 2AZCA 5P35A 2AOHA 5P3PA 4J1KA 4AA9A 1KJ7A 2G22A 5AH6A 5P4ZA 3TL9A 3KN0A 2FGUA 5P11A 4WY6A 1XN3A 4R5NA 4I0JA 1HEFE 1VIKA 3GW5A 4WTUA 3U7SA 4I8WA 5P4WA 5OZ9A 5OZHA 4JPEA 1SMEA 3BXRA 5P36A 3FSMA 3GI5A 5P25A 5EZXA 5P4DA 5P7CA 2QNNA 1HVSA 2RKGA 5P7UA 2PK5A 4Y6MA 4LBTA 3K1WA 3R4BA 5P4CA 5P2NA 5P5PA 3D20A 4RLDA 2G20A 1NH0A 1Z8CA 4HEGA 2FNSA 4OBJA 5P5XA 3FNTA 3INEA 2O4LA 5P0SA 4R92A 3PSGA 4QLHA 5OYUA 3NU4A 4Q1NA 3NDUA 2JXRA 3SA3A 5P13A 4OD9A 1HPXA 3O9CA 3L5EA 4XKXA 2AOEA 4M8YA 3BXSA 5E5JA 5P06A 1UH8A 5P1TA 5P8RA 3APRE 5P58A 1M4HA 3KDCA 5P17A 2CEJA 1BWAA 3A2OA 4GJ8A 2Q64A 4I0ZA 3OTSA 5P6QA 3CYXA 4DVFA 3T3CA 5IVQA 2WEDA 1T6EX 1EPOE 2F3FA 3NR6A 3S45A 4YHQA 3QAAA 4J1EA 1FQ6A 2A1EA 1M0BA 5P2DA 5CLMA 5DR0A 1MT7A 5HCOA 1Q9PA 3O9HA 5P7WA 3PCWA 1C70A 5P4NA 4Y43A 1XDHA 4Y5GA 1VIJA 1XL5A 4Y3LA 5HDXA 5P84A 1MT9A 3RTMA 4NJSA 3UFLA 1AAQA 3BUHA 2BBBA 3FNUA 5OZYA 2J9KA 3SO9A 4A6CA 5P0IA 3KM4A 4J0PA 1GVUA 5P8UA 4APEA 4DI2A 5P88A 3PMUA 5P7VA 2WL0A 5P5CA 5C9BA 5HDUA 1AJVA 3N3IA 2G1NA 3T11A 5P5SA 2G94A 3MXDA 5DGUA 4QJ8A 3EL0A 5P1EA 3L5FA 5DQCA 1RNEA 3LZYA 1PSAA 5OYWA 5P3DA 3URJA 3DM6A 3UF3A 2I4XA 3UQUA 2PMAA 1SH9A 5P8JA 3TOFA 5P14A 3Q4BA 3MSKA 1F34A 3SKGA 5OZXA 2VS2A 3K5CA 3BHEA 5P1CA 2ZHUA 4XX4A 4HDPA 1K6PA 5P5VA 1HIHA 3OU1B 4DH6A 5OZBA 5P77A 4FIVA 1K2CA 1QBUA 1AVFA 2A4FA 2QD8A 2QZXA 1D4IA 3PVKA 4OBGA 3PJ6A 1APWE 3SA7A 5HDVA 5P1DA 5P2RA 5P7DA 3VEUA 5P5YA 4LXMA 5P0LA 5P6NA 5AHBA 3T7XA 2XYFA 1FEJC 1SDUA 4J0TA 4QJ9A 1W51A 4GJAA 2Q63A 3BRAA 5P1VA 3SA6A 5P63A 3PWWA 5OYXA 5P6TA 5P64A 4Z4XA 4FE6A 2QI6A 2ZDZA 5P4IA 5P3UA 3L5DA 4B1EA 4Y4XA 2QI4A 2ER9E 4YOBA 5P1BA 3I7EA 1PROA 4APRE 4GJ7A 1HVCA 4FM8A 2WEAA 4RVIA 4NJVA 1FMUA 2QU2A 2J9JB 5SY2A 4J1HA 5DQ2A 1WBMA 1BDLA 2QZWA 4DJPA 4OBHA 4EPJA 2I4WA 5P75A 3VYFA 4CPUA 1XE5A 2AZBA 2OF0A 5OZ5A 4DQBA 5P5WA 2BB9A 3NXNA 1PPLE 1OHRA 3OAGB 5P4PA 2R5PA 1ZP8A 5ER1E 3URIA 1D4YA 4L6BA 5P0HA 3UDKA 2AVOA 4H3IA 4X2LA 3RVIA 3WZ6A 1DIFA 2QMPA 3O9GA 3OQKA 3AUPA 5AGZA 1B6MA 2Z4OA 3WSJA 2R3WA 3HAUA 3QS1A 4L1AB 1HIVA 3C9XA 4ZEAA 3FX5A 3EBZA 1BAIA 1HSIA 3PB5A 4DJVA 5P1SA 5COOA 2QI1A 5P73A 3UDMA 4COEA 1U8GA 5P4FA 1K6TA 3VYEA 5P28A 4L7GA 1HVLA 3OUDA 2XYEA 4FL8A 4HDFA 4Y44A 4DV9A 5P0EA 5P85A 1E5OE 1JLDA 3OXWA 1A8KA 2AVVA 3Q70A 4JP9A 5OYVA 3LNKA 1HEGE 3SM2A 1HVJA 3LZVA 5P4UA 5JG1A 2FDDA 4TVGA 5OYZA 5P6PA 4DJWA 3SLZA 5P02A 1OEWA 2ZYEA 2AOFA 3VCMA 3OWNA 3TH9A 3CKPA 5BWYA 5P1NA 3IAWA 3MSJA 4Y5BA 5P42A 2WF2A 3GI4A 1W5XA 5P12A 1IZEA 2PWCA 1C6XA 3ZPTA 1CPIA 4GIDA 3TKGA 3EKWA 3EKYA 4FM7A 1UH9A 4YD6A 3L5BA 2ZHTA 5P0CA 5P2GA 5P3IA 1E81E 3SPKA 3LITA 5P09A 2ASIA 5P2SA 4PYVA 1MERA 3KFSA 3BVAA 4Y48A 4B78A 3GGUA 5P5JA 2F3KA 2WKZA 5APRE 5P2JA 5P29A 3URLA 2B7ZA 5P08A 5P6HA 1K2BA 1IZIA 2F81A 2I0DA 2QZKA 5DR1A 3T7PA 2NXLA 3LIYA 3OU4B 1T6GA 3UQPA 3RSXA 5P0XA 3PBZA 5P1FA 5KOSA 3UDPA 1YM4A 3D1YA 3D91A 5P4MA 2VNMA 2O4KA 2O40A 2VIYA 5P8PA 3KMYA 5P3AA 2B8LA 1HPSA 4EXHA 5P5GA 2QI7A 4AA8A 2I4VA 4AMTA 1LV1A 1HBVA 2XFJA 3U6AA 3OQAA 1CMSA 4IVSA 4F76A 3O9IA 1BVGA 2NPHA 5OZ7A 3L38A 3NDWA 5KR0A 3LIZA 5P3GA 4K4QA 5P8TA 1EBYA 4PHVA 4S1GA 4F73A 4Y3RA 5P0PA 3PLDA 4FAFA 3OTYA 4L7HA 3GGVA 5F01A 2AOJA 5P3BA 3TNEA 2PC0A 3DK1A 4MC2A 3IA9A 4B05A 2ZHRA 5JFPA 2R9BA 5P4LA 5AHAA 4Y3JA 5P2HA 5P4JA 4YD3A 5HCTA 1LYWA 5KR8A 2BPWA 3NU5A 5P10A 9HVPA 3KT2A 2QMGA 5P3YA 5CONA 5P5QA 5P7MA 5OZLA 4DJXA 3M9FA 4BFBA 3NYGA 5P7QA 4PPHA 1T7JA 1MIQA 4FRSA 5OYRA 5P2LA 3O9LA 4EP2A 4TRYA 2PSUA 2ZJMA 4GJ9A 5P8FA 3UQXA 3S54A 2FGVA 3UHLA 4ER4E 5ISKA 2ZJLA 4EXGA 5P7NA 5P5MA 2Q5KA 1BVEA 1HXWA 2ZHSA 3BGCA 4Y39A 5P2BA 2AOGA 5BS4A 2P3BB 1IZDA 5P2TA 4I0HA 2QAKA 1RPIA 5P78A 4CMSA 3QI1A 4WY1A 5P44A 1YTHA 2AZ8A 4L7JA 4YCYA 2G69A 5P6AA 5P6CA 2I0AA 2OHQA 4IVTA 2JJIA 4Y4TA 1FKNA 3EKVA 1B6LA 3LHGA 1HVHA 5P39A 3IXOA 1EC2A 1FQ8A 3APPA 2V00A 1D4LA 1FGCC 1EPME 3FKTA 4LL3A 4QJ2A 1GKTA 5P65A 5P2VA 2QI0A 5P80A 1B6JA 3SA9A 4YOAA 2SAMA 5P59A 1TCXA 3IVHA 3S7MA 4J55A 3SACA 3BUGA 5DQ4A 4QJ6A 4B1CA 2V11C 5P0BA 5P03A 1TSUA 3CKTA 5P5DA 3UDNA 1LS5A 1FF0C 5P3NA 5AH9A 3RTHA 2BPYA 3ZOVA 5KR1A 5P7OA 3LZSA 5PEPA 2P3AA 5OZ4A 2ER0E 5P7FA 1G2KA 1HSGA 3PI0A 1SDVA 1IVPA 5P57A 2R43A 3I6OA 3UDRA 3CICA 5F00A 1PPME 1FMXA 3HZCA 2RKFA 3PLLA 3QP0A 1EBWA 2QMDA 7HVPA 1ODWA 4J17A 4AZYA 2ZJJA 5KR2A 5P52A 5HDZA 3KT5A 3S7LA 3OUAA 4Y4WA 5OZ2A 3NWXA 4YBFA 1ZLFA 3OADA 4D89A 4Q1XA 4L1AA 4TRZA 5P2KA 3JVYA 1EEDP 5P1JA 5P1MA 4U7QA 3BUFA 2BPVA 4EWOA 4HE9A 4XXSA 1MSMA 1BILA 1MPPA 4RCFA 1TQFA 2Q11A 5P4TA 1F7AA 3O9EA 4QJ7A 4Y3EA 4ZLSA 5P6UA 1MSNA 1HPOA 5P8HA 5TOLA 4J0ZA 3NUJA 3D1XA 4DQGA 2G27A 3KDBA 4ZSQA 5P5BA 3KFNA 4DJQA 5B18A 1FQ4A 2B60A 5P2XA 1LF4A 2VKMA 5DQ1A 5OZCA 5P66A 4HVPA 3ER3E 2ZJKA 2G1YA 5P8AA 5P20A 5DR7A 1EC0A 5P76A 4NKKA 2G1RA 2QI3A 2NXDA 4Y38A 5P8NA 3EC0A 2OHLA 5HU1A 1A30A 5SZ9A 3RU1A 4EJ8A 1MRWA 5P00A 1HXBA 1NPAA 5P5EA 5P1WA 4Y36A 5P2YA 5P33A 4RVXA 4R93A 1TZSA 5P1OA 1D4JA 4RYGA 4FCOA 3OHFA 1K6CA 4RCDA 1G35A 4Y5EA 3S43B 2V16C 4J0YA 1APTE 5ENMA 3LZUA 1HRNA 2O4PA 3VF5A 5OZJA 3OK9A 3FIVA 4DQHA 1TSQA 2VIZA 4YCTA 4Y3FA 4Y3XA 4FSLA 1EPQE 4FRJA 4Y57A 3GI0A 5P1UA 2IS0A 2PQZA 2G24A 2OHMA 1BV9A 5OZVA 5OYSA 5P31A 4Y3WA 3EKTA 3SAAA 2ZE1A 4LAPA 4OBFA 5P07A 4B72A 5P3WA 2HB3A 3OU4A 4CKUA 3ER5E 4HLAA 5OZFA 3VG1A 3PCZA 2V10C 2Q54A 5ER2E 5P7HA 4LHHA 3IN3A 3ZLQA 3QRVA 2QCIA 5P6BA 1K1TA 1APVE 4CPWA 3INDA 3QN8A 1T7IA 2WF3A 4J1CA 2PWRA 1SGZA 2FXEA 4OBZB 1MUIA 2I4QA 2MIPA 1IDBA 3VYDA 1LYAA 4J54A 3R1GB 4ZIPA 1PPKE 3PEPA 1DW6C 2P83A 3GGXA 5IVRA 1PSOE 5KQYA 5OZ1A 1SIVA 2IGYA 2VIEA 3I25A 4MC1A 4Y3HA 3RTNA 2HPEA 4GB2A 2IKUA 2OHSA 4EJKA 2OHUA 5P0OA 2BKSA 1D4HA 1KZKA 5P6ZA 5P8OA 3K5GA 3K5DA 5P8EA 3KYRA 2ZHVA 3NDTA 5P2CA 5P3HA 3SABA 5P8SA 1NSOA 5P60A 3VSWA 4K4PA 1EPRE 5P8GA 4DQFA 5ENKA 4ZPGA 3NU6A 1HTGA 5OZQA 2P3CA 2BPZA 4OD9B 5OZWA 1EBKC 2OHKA 2ZJIA 4RZ1A 1IZHA 5P23A 2NTRA 5P1IA 1FQXA 4Y53A 1HHPA 1LYBA 2BJUA 1HIIA 1SBGA 2WEBA 4I8ZA 1LZQA 2R3TA 3UFNA 5P3JA 5P7EA 5P6GA 4BELA 5P3QA 5P8QA 4I11A 2VIJA 1C6ZA 3KDDA 3DV5A 1YTIA 1QBRA 3PI5A 3OU3A 3MXEA 4N00A 4RCEA 5P05A 5P69A 4FSEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3DJK A;  3ZKG A;  5IVT A;  4ER1 E;  4PEP A;  4YBI A;  1HSH A;  3SM1 A;  5IVS A;  5P7A A;  2UPJ A;  1QRP E;  2QI5 A;  3TPL A;  3NU3 A;  3VLA A;  2PH8 A;  5C9F A;  5OZT A;  1GNO A;  5P2E A;  3WZ8 A;  5P83 A;  5P70 A;  5HTZ A;  4EP3 A;  3TOH A;  2NMY A;  3T7Q A;  4Y4A A;  2BPX A;  3OOT A;  5P3L A;  5P8D A;  2WEC A;  5I70 A;  2QD7 A;  5P48 A;  6UPJ A;  5P43 A;  3VV7 A;  5P18 A;  3EKX A;  2QMF A;  1ZSR A;  1B5F A;  5OZO A;  3INH A;  3HDK A;  3LIN A;  3PHV A;  4UPJ A;  1FQ7 A;  3GI6 A;  3OUB A;  2BKT A;  2G1S A;  4KE1 A;  5P3K A;  5P7J A;  4CPX A;  5IS4 A;  3CMS A;  4OBD A;  5DR8 A;  3D1Z A;  3CKR A;  4D8C A;  4EQJ A;  2G1O A;  5P6M A;  5OZG A;  1LYA B;  1A8G A;  1GVW A;  4U7V A;  3L3A A;  2WHH A;  2AQU A;  1AM5 A;  5P8M A;  4QJA A;  5P62 A;  3ZKX A;  4B77 A;  1SP5 A;  1HPV A;  3TLH A;  5P7Z A;  4H3F A;  2FIV A;  1FG6 C;  3CIB A;  3Q6Y A;  5P53 A;  5P5R A;  4FAE A;  3O9A A;  4FS4 A;  2WF4 A;  1MT8 A;  5P4V A;  5P04 A;  4J1I A;  3WZ7 A;  1ZJ7 A;  3SKF A;  4B00 A;  4XX3 A;  4DQE A;  5P0R A;  1B11 A;  3S43 A;  5P8B A;  3OXX A;  4Y45 A;  5P01 A;  2QNQ A;  5P3R A;  4GYE A;  5P71 A;  2EWY A;  4U8W A;  3UPJ A;  2IEO A;  3MSL A;  3GGA A;  1EC1 A;  1KJH A;  5P38 A;  4ZSM A;  2OHR A;  3RSV A;  5P86 A;  4EQ0 A;  1BV7 A;  1FIV A;  5P5U A;  3K5F A;  4I10 A;  3EM6 A;  1W50 A;  1YTJ A;  5P2Z A;  5P4Q A;  5COP A;  1DPJ A;  2VNN A;  1SGU A;  3LIQ A;  2QK5 A;  5P26 A;  5P7Y A;  4GJB A;  3TPJ A;  3IXJ A;  4K4R A;  4ZPF A;  1YM2 A;  5KOQ A;  3K4V C;  3R0W A;  5P1Q A;  3FNS A;  3NDX A;  3QBH A;  2AOC A;  4Z50 A;  3HAW A;  1G6L A;  3PWR A;  3G72 A;  4AUC A;  4Y35 A;  3SQF A;  1T3R A;  2IGX A;  1B6K A;  4HA5 A;  4Y3G A;  2NXM A;  4ACU A;  1LYB B;  2VJ6 A;  1ME6 A;  3OXC A;  1DP5 A;  1XL2 A;  4JPC A;  5SXN A;  2P4J A;  2F80 A;  1PFZ A;  2R8N A;  2XFK A;  5OZ6 A;  4FM6 A;  3HD8 A;  2HC0 A;  4Y3D A;  2ZJH A;  4Y9W A;  5P1R A;  2APR A;  1KJF A;  5OZU A;  3EKQ A;  4OBZ A;  2FDP A;  2AZC A;  5P35 A;  2AOH A;  5P3P A;  4J1K A;  4AA9 A;  1KJ7 A;  2G22 A;  5AH6 A;  5P4Z A;  3TL9 A;  3KN0 A;  2FGU A;  5P11 A;  4WY6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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