5P4BA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 200
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4bA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4bA01
2QHCA 5HU1A 3PCZA 3OQFA 5AGZA 5OYWA 5P5BA 5EZXA 1LYWB 4CPQA 3OQKA 2IDWA 2G1YA 3N3IA 3L5EA 3WB4A 1FQXA 4OC6B 4AZYA 1DW6C 1ZPKA 1T6EX 1SDUA 4EJLA 3EL9A 5P0NA 1APUE 2F3EA 1LF2A 5OZNA 1SIVA 5HU0A 4PZXA 4Y41A 1Z8CA 5P0TA 4X2LA 5P8PA 1ZTZA 5KQYA 5P3TA 2XFJA 4A6BA 3K5DA 2G21A 2I1AA 4LBTA 3PCWA 5KAOA 3TPLA 1SH9A 4D83A 1QBRA 5P6SA 5P2CA 3SFCA 5P4VA 2QI1A 3RTNA 5T4SA 5P6ZA 4M8YA 1UH9A 5P2DA 1HOSA 3EKWA 5P7VA 5OZ6A 1EAGA 4RYCA 4Y3EA 5COOA 1XN2A 5DQ2A 4CPTA 4ZPFA 2NMYA 4RVIA 1EPRE 3R0WA 4Y3HA 1CMSA 3BXSA 2NNKA 4CPRA 5P55A 4ER2E 5JFUA 4Y3JA 3EKTA 3QROA 3EM3A 1W50A 3S45A 4J0YA 3VSXA 3PSYA 3I7EA 1BVEA 1UPJA 1HXBA 2VS2A 2B42A 1VIJA 5P28A 3UQWA 3PWMA 3BGBA 3KDBA 2AVMA 4BFBA 4Y51A 4DQEA 5SZ9A 1PPLE 3CYXA 4EJDA 4DH6A 2HC0A 5I3YA 2AQUA 4EJ8A 4B70A 3D1ZA 3MWSA 5P5KA 4HDBA 4Q1WA 2Q55A 5P6OA 5KR2A 4Y37A 4KUPA 5IVRA 5P4ZA 1BDRA 4H3FA 4F74A 5P7FA 4YCTA 5P6QA 2I0AA 4Y4AA 4J54A 4Y3YA 5P00A 2WKZA 5P5PA 2HB4A 5P4OA 5P4FA 5P4JA 3L38A 4CPWA 4XX3A 5J25A 1FF0C 5P4KA 2I4XA 3CYWA 1KJHA 5P2ZA 4JP9A 5P0LA 5P42A 4GJ6A 4GJAA 2QD8A 4ZSRA 4U7QA 5HVPA 1ZP8A 2WECA 1U8GA 4FRIA 2OHLA 2RKGA 5P6YA 5P3SA 5P0WA 7UPJA 5P62A 5P6DA 2I4VA 4LXAA 9HVPA 5P6GA 5ENKA 3KFPA 1YT9A 2F3KA 5P2RA 2IKOA 2O4SA 1HSGA 5P27A 2FMBA 3UDYA 5P8JA 2UY0A 3IXKA 1LYAB 3BVBA 2R3TA 3L3AA 2ZJNA 4NJSA 5P14A 2ZDZA 4BELA 2G26A 4Y5LA 3NXNA 4QJ7A 1JLDA 4RROA 4CPXA 4DPFA 2V16C 2ZYEA 4EP3A 3OK9A 5P18A 3CKTA 4LXKA 2O4NA 2FDDA 3PLLA 4TRYA 5KQXA 5P4NA 2AOJA 4WY1A 3VCMA 1IBQA 1HIIA 2PC0A 3QBFA 5IVTA 4RRNA 2IKUA 1HBVA 3UDJA 2QMDA 2G1SA 3CICA 1AVFA 2AZCA 3FIVA 6APRE 5KQFA 3EKYA 4Q1NA 4I0EA 4DFGA 1EPLE 2BJUA 2R38A 4YHQA 5P49A 5P7RA 2CENA 1GNNA 4ZLSA 5P40A 5P8OA 5DR3A 5OZZA 1GKTA 1HVHA 1K6VA 4XXSA 5P6JA 5P4UA 5P7PA 4ZIPA 1HXWA 3NDUA 2ZJKA 1IDAA 4Y48A 5P5IA 3M9FA 1T6GA 5P54A 5OZ0A 4ZE6A 2VNMA 2PQZA 1GVXA 5P7BA 2R8NA 3PSUA 4MC9A 5P0QA 5P8QA 4Z22A 5P88A 4Y5KA 3SKGA 5P2AA 5DPZA 4XX4A 2VIYA 1NPWA 5KR1A 4D85A 3U7SA 3T7XA 1IZIA 4CMSA 1SMEA 5KR8A 3CKRA 3DV1A 3LIXA 3URLA 4GYEA 5OZUA 5P46A 5P4DA 5P38A 5P4HA 4R95A 4DJQA 1E80E 3ZKQA 3SA3A 2ASIA 2WF2A 1RPIA 4YCYA 3FNUA 5OZ1A 4B00A 1NH0A 5P8UA 3VSWA 5P83A 4DI2A 4J0PA 5P8IA 3O9IA 1ZBGA 2UXZA 4FRKA 2G1NA 3T7PA 5P7SA 5P69A 3FX5A 1GVUA 4I11A 4RGHA 4GB2A 3TPPA 5P0AA 1M43A 5P1TA 4GJDA 1G0VA 4YD7A 5OZWA 1OD1A 4R5NA 4PEPA 5HDXA 2QI7A 4Y4TA 6FIVA 1YTHA 4IVTA 2CEJA 1D4YA 2AVOA 3OQ7A 4L1AA 5P1NA 3RU1A 1YM4A 5P6TA 5P1LA 3EM4A 1PSAA 1BBSA 3S8IA 3PGIA 5KOQA 4E43A 5P2YA 1ZLFA 5P4TA 1PPME 5P2FA 2Q64A 2PWRA 2WF0A 1HVKA 4QJ8A 1B6LA 3WZ6A 5P7TA 3OUDA 1SGZA 1ZJ7A 4ZSQA 5JG1A 5ER2E 2PK6A 5P89A 5P7YA 5P3GA 2XFIA 3RSXA 4QLHA 1MEUA 6UPJA 5OZTA 5P3WA 4Y3XA 5OZ4A 5OYZA 3O9LB 1LYBA 4HZTA 1GNOA 1DMPA 4R93A 1IDBA 5P48A 2JJJA 4KE0A 2FLEA 2J9KA 1FG6C 4FIVA 3KM4A 4NJUA 3VF3A 3JW2A 3L5DA 5P73A 3LIZA 3OY4A 4Y3SA 1MSMA 1YTIA 4YE3A 3PWRA 1D4JA 5P8FA 2UPJA 3EKVA 4I10A 1K1UA 3BRAA 5OZIA 4Y4XA 5OZPA 4H3GA 3EKPA 1N49A 4CKUA 5OZ9A 2NXLA 3L5FA 3QRVA 3Q6YA 3VYFA 3PRSA 3UPJA 1FMUA 3ZLQA 3QPJA 1G2KA 4DJWA 3I6OA 4WY6A 3SA5A 4EQ0A 5P80A 1MSNA 5P1JA 5P37A 2CEMA 5OZ2A 4FM8A 4Y56A 2B8LA 5P4WA 1SDVA 4K9HA 3KF0A 4B72A 3D1YA 5IVSA 5P7HA 2WEZA 2V13A 4YD6A 2P3BA 4EXGA 5P68A 1C6YA 5P35A 1B6JA 1ODXA 1FMBA 2AZ8A 4OD9A 5P19A 4NPUA 4B1CA 1K6PA 3LPKA 2WEDA 5I3XA 5P3JA 3MXEA 5P1WA 3EL5A 2QHZA 5P7LA 1UH8A 2QI5A 2ZJJA 3VYDA 5P2VA 4YD4A 3IAWA 4ER1E 5P01A 3ZPSA 3EKQA 1BAIA 5P0VA 3I25A 4ZPEA 4AA8A 3HBOA 5SXNA 2BPYA 5DGUA 3ZMGA 2F8GA 5P77A 5CONA 1MT8A 3UDNA 3OUAA 5P24A 2PSVA 3HD8A 3PHVA 2O40A 5P11A 1TZSA 1B5FB 1D4IA 1IVQA 2OHRA 2B8VA 1FMXA 3EMYA 4I0DA 2RKFA 3VG1A 3BGCA 1SP5A 1HVSA 3OU1A 5P4EA 3LITA 1MPPA 2OHQA 3EKXA 5P5UA 1EC0A 5P36A 1M0BA 4DQCA 5P1RA 4B0QA 1DPJA 1MTRA 4GJ7A 4OBJA 4YDGA 2JXRA 3I8WA 3QVIA 4J0TA 2QAKA 1MVPA 1ENTE 4COEA 1WBKA 5P64A 3HVGA 1QBUA 4FSLA 3CIDA 1D4SA 4LHHA 5OYYA 5P5EA 4Y4UA 4S1GA 5P6PA 5P8AA 2PH8A 5F00A 1PSOE 5OYSA 2V00A 3APRE 1W5WA 1DIFA 2HM1A 1B11A 5P75A 3AUPA 4DPIA 3OADA 4OBKA 1D4KA 4ZSPA 4I0FA 5P3VA 3CKPA 5DGWA 5DR1A 5P29A 5DQ4A 1A94A 4NPTA 1HEGE 3VLAA 5P8NA 3EL1A 4Y3QA 3FKTA 4F76A 4Y5BA 4Y43A 1EBKC 1FQ8A 3L58A 3NU6A 5P74A 5P02A 5P2NA 1C70A 4FS4A 2FNSA 5P81A 4APRE 4FGXA 3WB5A 5P0CA 5P4LA 5P0UA 4NJTA 2ER9E 4J1IA 1HEFE 5OZXA 5P1SA 3URIA 4MC6A 4OBDA 5P3ZA 5P8HA 1A9MA 4Y35A 4HE9A 5P45A 4MC1A 5P2WA 2OF0A 4CPUA 2PMAA 3S56A 1T7JA 4TVHA 4J1HA 3L59A 1IZHA 3FNTA 5P1FA 2BPXA 5P05A 4A4QA 3INEA 5P23A 4RYGA 3NXEA 5P8LA 4DJPA 4K4RA 3SLZA 4DQBA 3EC0A 1HHPA 5P26A 4I12A 4I0JA 5P1PA 2QNPA 3H5BA 1SMRA 3KT2A 5P0BA 2P3CA 3OU4A 1E5OE 5P3MA 3WZ7A 5P3DA 5SY3A 5P5OA 2O4KA 1QS8A 5P3RA 5DR0A 5P76A 2P4JA 3INHA 5P5GA 5P1AA 1HVRA 5TOLA 3ER5E 4Y39A 3UDQA 4PYVA 4OC6A 4U8WA 1W6IA 2B7FA 4GMIA 2VIJA 1TW7A 4Z4XA 5P84A 5P0JA 5F01A 4J1KA 1ZSFA 3A2OA 4Y4EA 4L7JA 4J1FA 1TCWA 2QNQA 3K1WA 5P0XA 3HAUA 1BWBA 4YDFA 3PMYA 1KJ7A 5P3FA 2QZXA 5P5AA 3SQFA 2AVVA 4NKKA 4DQHA 1IZEA 1LZQA 2G1OA 1GVWA 3MSJA 5P7AA 3HW1A 3SAAA 1E82E 1SBGA 3DM6A 1HTGA 2QP8A 1MTBA 3UHLA 2XFKA 1IVPA 5OZQA 4ZEAA 1SIPA 5PEPA 3OXWA 5P7DA 2I4QA 3APPA 5AH6A 2G94A 4H3IA 4Y3DA 1A8KA 2PYNA 5I3WA 4Y50A 2IL2A 3D1XA 5E5JA 2QD6A 3VV8A 5P0KA 3LIYA 5P8BA 5P0YA 1NPVA 5OZAA 1LS5A 1OEWA 4YOBA 1WKRA 1EC2A 1HTRB 4Y4GA 4J17A 4YD3A 5P87A 5P03A 5P3NA 1MUIA 5P0PA 1IIQA 2XYEA 1VIKA 3DCRA 5P3YA 2O4PA 1OEXA 5P30A 5P50A 3LHGA 3QIHA 4H1EA 5P8GA 1HSIA 5P8TA 4EHCA 3DK1A 3ZKGA 4FE6A 5OZ5A 3MSKA 1G35A 5P4RA 4Y3ZA 1GVTA 5P3AA 4CPSA 4L6BA 2ZJMA 1LF4A 4J1EA 5OZRA 4Y3AA 5P2UA 5P7WA 2O4LA 3SABA 5P0FA 3S2OA 1BDLA 2G22A 3KDDA 5C9DA 2HB2A 5P8DA 2J9JA 4KE1A 3PMUA 4U7VA 5P6BA 4YBIA 1NPAA 3L5BA 1HVJA 2ER6E 1EBYA 3SM2A 5P0ZA 2BQVA 5KQZA 3OXVA 2RMPA 4Y3PA 4L7HA 3OQAA 3TOFA 4WTUA 5P7UA 3UFNA 3FV3A 5P7XA 4DUSA 2PYMA 5P3UA 5OZ7A 1APVE 5OYTA 2OHMA 5P0MA 5SY2A 4J5JA 4M8XA 4Y3TA 2JYSA 5OZSA 3LNKA 2QMGA 3ZL7A 3I2LA 5JODA 4FAFA 4Y54A 5P6XA 1LEEA 1GNMA 5P08A 4Y5EA 2Q54A 4ER4E 1HPSA 1YG9A 2AIDA 1T7KA 3SO9A 5P70A 4L1AB 5ER1E 2QD7A 2RENA 3VFBA 5P3HA 3RTMA 3UTLA 1FQ5A 1LF3A 1LYAA 3CIBA 3QVCA 5OZCA 4EWOA 2AOHA 5OZYA 1M4HA 2QZLA 2IS0A 3BUFA 4B1EA 3OAGA 5P61A 2RSPA 4YOAA 2QMFA 3OUDB 5P2SA 3UQRA 5P53A 3C9XA 4TVGA 4Y53A 3LZSA 2I4DA 5P60A 5P6VA 4GZFA 5P2JA 2BKTA 1FB7A 4J0ZA 5OZJA 5P8CA 2QU3A 3KA2A 5P4GA 5P16A 5HE4A 2ZJIA 4QJAA 2QI3A 2JJIA 2Q3KA 2IENA 4DJUA 2B60A 5P1YA 3OGPA 2VNNA 1UH7A 1PSNA 5P66A 3BVAA 3QI1A 2BBBA 5P4SA 3VF5A 3OTYA 1ME6A 3UFLA 4QJ2A 3LPJA 5AH8A 3H0BA 1AJXA 4LXMA 4Y47A 2SAMA 3O9EA 2FXEA 3SPKA 3S85A 4GJCA 3B7VA 1MERA 4CP7A 5P7KA 3PSGA 3IA9A 3PVKA 4D89A 5P5TA 3PM4A 4R8YA 5P6EA 2F80A 5P2HA 3LZYA 3RVIA 2MIPA 1EBZA 1HTEA 5P7EA 3TH9A 5P6LA 1PROA 5P2XA 3O9BA 3UDPA 3WSJA 5P7CA 5OZBA 5P1IA 4EQJA 3MXDA 3T7QA 2OHNA 4Y4BA 3NWQA 4I0GA 5P7IA 4EJKA 5BRYA 5COPA 2VIZA 4I8WA 5P0OA 1F7AA 5OYXA 3EL4A 5ENMA 5C9BA 5DQ5A 1IZDA 1K1TA 2QCIA 4D8CA 2P3BB 3LINA 3BHEA 3R0YA 4OBZB 4DJVA 4OD9B 4DJYA 4J1CA 5P2QA 5OYQA 5P7ZA 3PJ6A 5HD0A 3PI5A 1SGUA 3D20A 1MRXA 5P5CA 5P78A 4RLDA 3G6ZA 3QN8A 2I4WA 1Q9PA 2QI4A 3D91A 4Y3NA 5P63A 4FLGA 1A30A 4Y44A 3SA4A 1ODYA 5ISJA 1EC1A 1HIVA 1NSOA 4K4PA 4I0ZA 5P5FA 1ODWA 3NUOA 5P4QA 2AVQA 3GI6A 4FM6A 5P57A 4Z2ZA 2NXDA 3S54A 3DV5A 2AOGA 1FFFC 5P0RA 1KZKA 2ZHSA 4ZSMA 3UDMA 3TPRA 3VV7A 4RCEA 2A1EA 3GI4A 4Y4JA 3IXOA 5P8EA 4Y3WA 3ST5A 3ZPUA 3OU1B 5AHAA 2BPWA 5OZ3A 1BIMA 1E81E 1EBWA 3G70A 5P2KA 5B18A 2NR6A 5P1MA 1EC3A 3UCBA 3GW5A 1BVGA 2Q15A 4L7GA 2ZHTA 1MT9A 2ZGAA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QHC A;  5HU1 A;  3PCZ A;  3OQF A;  5AGZ A;  5OYW A;  5P5B A;  5EZX A;  1LYW B;  4CPQ A;  3OQK A;  2IDW A;  2G1Y A;  3N3I A;  3L5E A;  3WB4 A;  1FQX A;  4OC6 B;  4AZY A;  1DW6 C;  1ZPK A;  1T6E X;  1SDU A;  4EJL A;  3EL9 A;  5P0N A;  1APU E;  2F3E A;  1LF2 A;  5OZN A;  1SIV A;  5HU0 A;  4PZX A;  4Y41 A;  1Z8C A;  5P0T A;  4X2L A;  5P8P A;  1ZTZ A;  5KQY A;  5P3T A;  2XFJ A;  4A6B A;  3K5D A;  2G21 A;  2I1A A;  4LBT A;  3PCW A;  5KAO A;  3TPL A;  1SH9 A;  4D83 A;  1QBR A;  5P6S A;  5P2C A;  3SFC A;  5P4V A;  2QI1 A;  3RTN A;  5T4S A;  5P6Z A;  4M8Y A;  1UH9 A;  5P2D A;  1HOS A;  3EKW A;  5P7V A;  5OZ6 A;  1EAG A;  4RYC A;  4Y3E A;  5COO A;  1XN2 A;  5DQ2 A;  4CPT A;  4ZPF A;  2NMY A;  4RVI A;  1EPR E;  3R0W A;  4Y3H A;  1CMS A;  3BXS A;  2NNK A;  4CPR A;  5P55 A;  4ER2 E;  5JFU A;  4Y3J A;  3EKT A;  3QRO A;  3EM3 A;  1W50 A;  3S45 A;  4J0Y A;  3VSX A;  3PSY A;  3I7E A;  1BVE A;  1UPJ A;  1HXB A;  2VS2 A;  2B42 A;  1VIJ A;  5P28 A;  3UQW A;  3PWM A;  3BGB A;  3KDB A;  2AVM A;  4BFB A;  4Y51 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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