5P4DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 202
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4dA01
4XKXA 5P6EA 3DV1A 3PWRA 4Y58A 2VNNA 3QRMA 5P7VA 2QI5A 3JW2A 5P3MA 5P5RA 2FNSA 5P0MA 5P7HA 2QU3A 1UH9A 3UDHA 1PFZA 3TKWA 5P5QA 3I8WA 4HA5A 2F3FA 5F00A 4Y47A 4Y5EA 6FIVA 5IVSA 5P1HA 5P2NA 3SA9A 4B00A 2NXDA 2NXLA 4YOAA 1ZPKA 4NPUA 4APRE 5JFPA 5P2RA 5P4IA 4EJ8A 1XDHA 3DUYA 4Z50A 1LZQA 1VIJA 5P0HA 3KFRA 2QI1A 5P8EA 2G22A 2QCIA 1KJGA 2PWRA 1FF0C 3EM6A 5P1RA 4Y5GA 5P7DA 3Q6YA 3UDJA 1ZPAA 4Y41A 3PHVA 3O9AA 3D91A 4Y4BA 5IE1A 2QNNA 1BAIA 4E43A 5P7PA 4LXAA 4I8ZA 2XFJA 3JVWA 1HPXA 4OBKA 8HVPA 4Y3DA 2WF4A 5P3OA 3UDRA 4PPHA 3PBDA 3NU6A 1K6PA 2FLEA 4QGIA 1FQ7A 3EC0A 4ZSMA 5P4KA 1W50A 1D4KA 2UXZA 5I3XA 5HCOA 5P55A 2XYFA 3K5CA 1T3RA 3SA3A 5P0YA 4EPJA 1T7IA 4I0ZA 4J0ZA 3LNKA 1BWAA 3KDCA 5BRYA 5P2XA 2QD7A 5P4DA 1CPIA 1NSOA 5P3TA 5HU0A 1LF2A 3GGXA 4GJ5A 4Y4WA 1K6TA 4ER2E 2WL0A 3VF5A 5P6BA 3VF3A 2WF3A 4D89A 1HVCA 3RU1A 5P7XA 5P0CA 5P4WA 1FQ4A 4L7HA 5P3SA 3FNSA 5P2VA 5P1PA 1EPQE 2ER7E 4JPCA 3CIBA 1BDLA 3VLBA 4BFDA 3APPA 5P39A 5PEPA 3T7XA 5COOA 4J1HA 1A9MA 3UDNA 3WB5A 5P83A 1AJVA 5OZNA 5P1CA 2PH6A 2PSUA 2P8HA 2Q64A 4Y3ZA 4OD9B 4Y4XA 1EBKC 5P0UA 4Y9WA 1BXQA 5P4AA 5P1TA 1RPIA 2XYEA 3NU9A 2VJ7A 1EAGA 3BGBA 3AIDA 5P75A 1FGCC 3H5BA 5P4TA 3FSMA 4OD9A 3ZKNA 3VF7A 4I11A 1AIDA 5P1XA 5OYQA 1GVVA 4YBIA 5P3CA 5P1OA 2FNTA 4DJXA 5P1IA 2BBBA 2FDEA 1MPPA 5P7FA 1EBZA 1WKRA 4NJSA 1GVUA 3BGCA 3ZMGA 2ZGAA 1HVJA 4B1CA 1M43A 4J54A 3ECGA 5P69A 4APEA 1OHRA 2IQGA 5BWYA 5P8PA 3VEUA 5P8MA 1OEWA 5P1DA 5P3GA 3EL9A 3SM1A 2RKGA 3ZKGA 2B42A 1ZP8A 3ER3E 1RNEA 5P6OA 4IVSA 4JOOA 5P15A 4TRYA 2G20A 3NWXA 4Z2ZA 5HVPA 2WF1A 2ZJHA 5P37A 3Q70A 1DW6C 3HBOA 3R0YA 4FSLA 4R93A 4FRKA 3QAAA 2AOHA 3OUAA 4EJDA 2B7FA 3OU1B 1SP5A 1IBQA 3VFAA 1QRPE 1MSMA 3PMUA 2BPVA 1KJHA 1XL2A 4Y3TA 5P27A 1PPLE 2IGYA 5KQYA 2FMBA 3K4VA 3K5FA 5P0EA 3CICA 2QP8A 1EPLE 2NPHA 2QU2A 3OU1A 5P49A 5P79A 5OZWA 3SPKA 2ZDZA 4Y36A 5P3KA 1QBSA 5P7KA 1MT8A 1MSNA 4RROA 3EL0A 3PLLA 1D4JA 5P3WA 3TOHA 3DV5A 1ENTE 5P44A 5P0GA 1IVPA 3VSWA 9HVPA 4D83A 5P4QA 4TRZA 5P1LA 4ZPGA 2R5PA 3O9LA 2AZBA 4I0IA 3PSUA 1XN2A 4DV9A 5P8AA 5P6WA 4RGHA 3OQFA 1GNNA 5P02A 3BUHA 4B70A 5P8DA 4F74A 3OQ7A 2WF2A 5P31A 3I7EA 4GMIA 1W6IA 2AQUA 4NJTA 4EJLA 2IS0A 4B77A 4YDGA 4EQ0A 4I1CA 2NXMA 3GGAA 1HPSA 2FGUA 1DPJA 4CPUA 1DMPA 5P58A 4YDFA 5P8SA 4RYGA 5P4GA 3LIVA 1FQ8A 2VA6A 5DQ1A 3S7LA 3NU4A 4DQEA 4FIVA 5P7BA 1U8GA 3KN0A 3FIVA 5E5JA 1NPAA 2OHLA 5P7SA 1G6LA 3QBFA 1HVKA 2QI4A 1XS7D 5P2FA 5P4LA 3A2OA 3BC4A 5P5LA 3BUFA 4NJUA 4Y5LA 4Y5BA 5P0NA 2AVMA 2WKZA 3JVYA 2I4UA 5KR8A 4QJ2A 3EBZA 3ER5E 3TPRA 3PJ6A 5P5WA 3ZKXA 5OZJA 4Q1YA 5I3WA 1ZBGA 5P24A 3OTSA 1HPOA 3GW5A 4LBTA 4Y3FA 1SBGA 5P03A 3OOZA 3IXOA 3SKGA 1F34A 5COKA 3IN4A 3B7VA 3PCZA 4Y35A 3NXEA 1SMRA 1PSAA 4L7JA 2NMYA 5P4MA 1MVPA 4Y4TA 4J1EA 4Y45A 1YM2A 3R2FA 2G1SA 5APRE 3R1GB 3U6AA 2QZKA 5P0QA 3U7SA 4OC6B 3L5BA 5P3YA 4Y4GA 3D3TA 3G72A 3TLHA 5HE4A 3LIYA 4K9HA 4LC7A 5P8VA 5OYRA 3K5GA 5P4SA 2J9JB 3T11A 4ZIPA 4OC6A 5SY2A 4CPRA 2G26A 4DVFA 5HDXA 4B1EA 4ER1E 4U8WA 5OZLA 1AAQA 3FX5A 1FG6C 1ME6A 4ZSQA 5P60A 1LF4A 2J9JA 2JJJA 1ZLFA 2HAHA 5T4SA 4J5JA 5OZ7A 3UDKA 3L59A 4R5NA 4Y4ZA 5OZAA 3TH9A 2PMAA 4DJVA 2HC0A 5P1AA 2B8LA 4L7GA 1BV9A 2G69A 4DQFA 3HDKA 1APUE 3NDUA 2QZXA 5P8GA 3ZPTA 4TRWA 5P0RA 5P6ZA 5P7UA 4HEGA 2V13A 4DJUA 5DR0A 3UQRA 4OBJA 2R38A 1TCWA 4H3IA 3L3AA 1T7JA 4Y3MA 1IVQA 5P5BA 3NUOA 2PWCA 3L58A 3SA5A 5P23A 3DCRA 5KAOA 3SACA 3S8IA 3EM3A 4CP7A 3OOTA 5P3NA 4LP9A 5P5KA 2CENA 4KUPA 5IS4A 5P65A 2FXDA 2V00A 4Y56A 1PSOE 5P7QA 4Y3NA 1AXAA 5ISKA 3EKXA 3SABA 1HTGA 2R5QA 5P5OA 5P14A 2SAMA 3L5CA 2FDDA 5P1SA 1FMXA 5P47A 2AVQA 1W5WA 4DQGA 3PVKA 3CKTA 1SMEA 4J17A 3L38A 2H6TA 3TNEA 2HPEA 5HD0A 3DK1A 1SDVA 5P0FA 5DPZA 4DUSA 1B6JA 3QI1A 4M8XA 4PZWA 2AVOA 3UDMA 3UQXA 1AZ5A 1IDBA 1PSNA 5P4OA 3OHHA 5OYVA 1EC0A 1M4HA 3SA8A 1HVSA 3M9FA 5P7TA 3VG1A 4BEKA 4CKUA 1APTE 3UFLA 5SXNA 3UDPA 5OZ2A 4I8WA 5BS4A 3PGIA 5KOSA 5I3VA 5P8KA 4Y3SA 2NR6A 1FQ5A 2B60A 3LPJA 4MC6A 2Q5KA 4CPQA 3NYGA 3HVPA 6APRE 1XE5A 1FFFC 2OF0A 5P8HA 5P56A 3UCBA 4Y4AA 3D1ZA 5ENMA 3O9DA 5OYSA 3NR6A 2I4QA 5P3AA 2G1NA 4Y54A 2HS2A 3ST5A 5P2IA 5P59A 2JJIA 4RVJA 2P3BB 3S2OA 3SA4A 2IKOA 3GI5A 1BBSA 2I4XA 3CKRA 3L5FA 3OAGB 4RCFA 1C70A 5P2DA 4YCKA 5P45A 5P4YA 4B78A 4GJ8A 5OZ1A 1YX9A 4JP9A 2WEAA 4Z4XA 4I0JA 5P2BA 2P3BA 5OYWA 2O4LA 2O40A 3KT5A 2P83A 3VSXA 3PRSA 4A6CA 3OAGA 4Y57A 1D4IA 3GGUA 4YHQA 3NDTA 1ZJ7A 5P7AA 3OTYA 5AHCA 3ZLQA 3PB5A 1DIFA 5P6QA 3IN3A 1GVXA 4J0YA 5IVTA 1HVRA 3PWMA 2WEBA 5P61A 5OZ5A 5P52A 5P7ZA 2G24A 3I25A 2OHTA 5DR3A 4UPJA 5P2UA 5F01A 4CPSA 1B11A 1HTRB 4DH6A 7UPJA 4B0QA 5P74A 2OHKA 5P54A 2ZE1A 1T7KA 5P8IA 1EBWA 1HHPA 2APRA 2PYMA 4DJWA 3UQWA 2AOGA 1HSGA 1YTIA 1D4HA 4OBGA 5OZOA 5P3VA 2G27A 5P3FA 2CEMA 1KJFA 3ZOVA 2I0DA 2G1RA 5P6FA 5C9FA 5P88A 5JFUA 3HD8A 4FCOA 4FL8A 5P19A 3WSJA 3LZUA 3LINA 3GI4A 2QMGA 2P4JA 5AGZA 5P41A 5P6IA 3KT2A 4LHHA 4L1AB 4Y39A 5P4UA 4M8YA 1F7AA 3OXCA 1HTEA 1K6VA 4J1KA 5OZ6A 2B8VA 2AOFA 1PPME 1EC3A 5P2KA 5P32A 4Z22A 2VS2A 5DQCA 2ZHTA 3OQKA 3ZKQA 3IAWA 2I4VA 5P5FA 2RENA 5P6TA 4R8YA 4EJKA 5P2AA 4N00A 4L1AA 3O9GA 1K1TA 3INHA 4ZSRA 4OBHA 5P8FA 1N49A 4Y5CA 1C6ZA 3BXSA 5P62A 2BPYA 2A4FA 4DJQA 4AA8A 1GKTA 4QLHA 4I12A 1NH0A 3VV7A 3OWNA 2O4PA 2V10C 3IXKA 3D1XA 2G1OA 3QVCA 3SA7A 2G1YA 3OGQA 2BQVA 2UPJA 5P5UA 3FKTA 2VIEA 4X7IA 4OBZB 5P2CA 5P7OA 1HRNA 5P50A 1HVHA 4Y37A 2ZJKA 2ZJIA 3CYXA 5OZXA 5P0LA 3RSVA 3OADB 5P04A 3QP0A 3H0BA 2Q63A 3QROA 5P09A 5IVQA 1FEJC 4YD5A 1HWRA 4OBZA 3TPLA 3NSHA 4Y5AA 3OU4B 6UPJA 1G35A 1C6YA 1BXOA 3OU3A 5P8JA 3OADA 5OZQA 3CKPA 4Y3QA 4Y4JA 1LYWB 5KR2A 1MEUA 5P0IA 2V11C 2Z4OA 5P48A 3OU4A 5P5VA 5P8CA 1GVWA 3TPPA 2PH8A 3Q4BA 5KQZA 1LYWA 2WHHA 5P0OA 4K4QA 2IDWA 5P0BA 1G2KA 2HM1A 1BDQA 5AH8A 5P07A 2WF0A 2BPWA 1BILA 3MXDA 4ZPFA 4ZLSA 2I4DA 1K2BA 3NXNA 4ACXA 5P0JA 2NMZA 5P6DA 1B6MA 2HS1A 3TOFA 1MESA 5HE5A 2JE4A 5P89A 1MTBA 3S43B 2P3CA 4DQBA 2R3TA 4Y3XA 3D1YA 3RTNA 4FS4A 2WEZA 3BVAA 4Y38A 4H3GA 2RSPA 5P6JA 4FM7A 1LF3A 3LZVA 4J1FA 3S43A 5P5DA 1TZSA 4PEPA 5OZ9A 2O4NA 2HB2A 4L6BA 3QS1A 1SIPA 4ZPEA 4RRSA 3SLZA 4K4RA 1RV7A 3LIXA 5P85A 4EP3A 3ZKSA 4Y53A 3CYWA 2FIVA 1A8KA 1ODYA 5P8NA 4FRIA 5P3RA 4B72A 2VKMA 1EPME 2AZ8A 1D4SA 5P1QA 5P4FA 1T6GA 1ZTZA 5P1YA 2PSGA 2JXRA 1RQ9A 5ISJA 5OZMA 4Y51A 3L5DA 1GNMA 5OYXA 4CPXA 3PSYA 2QNQA 4HDPA 2WEDA 3BUGA 3UQPA 5OZFA 4Y5PA 1SDTA 2ZJJA 3QN8A 3URLA 5AH9A 2QD8A 4Y50A 2RMPA 5P7IA 3VYDA 1IZDA 2F3KA 2BKTA 2V0ZC 5P0XA 1MT9A 4WTUA 3K5DA 5SZ9A 5KR0A 4R92A 4DJOA 5P72A 2AOEA 5P7WA 1NPWA 3GI6A 5OZBA 5P81A 2OHUA 3MWSA 3O9CA 3N3IA 3PBZA 1W5VA 5P28A 1HPVA 5OZGA 4YBFA 3HAUA 2V16C 5P7MA 5OZ4A 5P00A 2ER6E 5J25A 5P42A 4YD4A 3KM4A 5P68A 2IKUA 5HTZA 3T7QA 5C9DA 5AHAA 5P5GA 1GNOA 5P33A 5P2SA 1QBTA 4HLAA 2I1AA 4DPFA 3RTHA 2Q55A 4DQHA 5DQ2A 5P7NA 2VIZA 2I0AA 4NKKA 1W6HA 4Q1XA 5P6UA 5DQ5A 1SGUA 3TOGA 1HIVA 1LEEA 3T3CA 4R95A 5P5YA 5HDZA 4DJRA 3OXWA 5P3DA 1DP5A 2WJOA 3DJKA 1QBUA 5DQ4A 4YD3A 1EC2A 3SAAA 2OHQA 4FLGA 5P25A 2HPFA 3DOXA 1YTGA 5OZEA 5P2YA 1C6XA 5P6HA 2AOIA 5P1KA 4ACUA 5P6RA 1LYBB 1BVEA 4HDBA 2PC0A 3PSGA 5P3BA 5P2TA 4NJVA 4IVTA 1A8GA 1CMSA 5P6LA 2VIJA 3O9FA 4Y3GA 5P1BA 4H3FA 2BPXA 1QBRA 3APRE 4HDFA 4DPIA 3NLSA 1NPVA 1LYBA 5OYYA 5P4CA 5DR8A 5P11A 3PI0A 4I0GA 5P5JA 4MC9A 2PK6A 1GVTA 1SGZA 5P18A 3EKWA 5OZIA 5P6KA 4QJ9A 4FRSA 1ZSRA 5P7RA 1M0BA 1XE6A 3KFNA 5OYUA 3S7MA 1MTRA 4U7QA 5P8RA 4FM8A 2ZJNA 5P5XA 4YD7A 1IIQA 1WBKA 2EWYA 5P7EA 4S1GA 2QMFA 3OUBA 4OBDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4XKX A;  5P6E A;  3DV1 A;  3PWR A;  4Y58 A;  2VNN A;  3QRM A;  5P7V A;  2QI5 A;  3JW2 A;  5P3M A;  5P5R A;  2FNS A;  5P0M A;  5P7H A;  2QU3 A;  1UH9 A;  3UDH A;  1PFZ A;  3TKW A;  5P5Q A;  3I8W A;  4HA5 A;  2F3F A;  5F00 A;  4Y47 A;  4Y5E A;  6FIV A;  5IVS A;  5P1H A;  5P2N A;  3SA9 A;  4B00 A;  2NXD A;  2NXL A;  4YOA A;  1ZPK A;  4NPU A;  4APR E;  5JFP A;  5P2R A;  5P4I A;  4EJ8 A;  1XDH A;  3DUY A;  4Z50 A;  1LZQ A;  1VIJ A;  5P0H A;  3KFR A;  2QI1 A;  5P8E A;  2G22 A;  2QCI A;  1KJG A;  2PWR A;  1FF0 C;  3EM6 A;  5P1R A;  4Y5G A;  5P7D A;  3Q6Y A;  3UDJ A;  1ZPA A;  4Y41 A;  3PHV A;  3O9A A;  3D91 A;  4Y4B A;  5IE1 A;  2QNN A;  1BAI A;  4E43 A;  5P7P A;  4LXA A;  4I8Z A;  2XFJ A;  3JVW A;  1HPX A;  4OBK A;  8HVP A;  4Y3D A;  2WF4 A;  5P3O A;  3UDR A;  4PPH A;  3PBD A;  3NU6 A;  1K6P A;  2FLE A;  4QGI A;  1FQ7 A;  3EC0 A;  4ZSM A;  5P4K A;  1W50 A;  1D4K A;  2UXZ A;  5I3X A;  5HCO A;  5P55 A;  2XYF A;  3K5C A;  1T3R A;  3SA3 A;  5P0Y A;  4EPJ A;  1T7I A;  4I0Z A;  4J0Z A;  3LNK A;  1BWA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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