5P4EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 203
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4eA01
3NSHA 1LYBB 3SA4A 2QU3A 1G0VA 5P60A 1B11A 2BKTA 1SIVA 2FNTA 5OZIA 5P79A 4RRNA 3PLDA 5P7TA 5P38A 2PWRA 2AOGA 4J55A 3VFAA 5P2OA 4YCYA 2I4VA 1IZDA 1GVUA 2WJOA 5P8SA 4DFGA 4DJXA 1LF2A 1EPPE 3IAWA 4GJAA 1WKRA 5P8LA 4B1DA 5HU1A 4Y5MA 1GNNA 5P6QA 2BPYA 5IVTA 3OTYA 5HU0A 3EKXA 2QI5A 1CZIE 4H1EA 5P1TA 2V16C 4Y5BA 5P22A 4ZLSA 5CONA 3BVAA 4COEA 4E43A 4Y54A 4NPUA 3BXSA 4YDFA 5P5EA 3Q70A 3MSKA 2J9JB 3KDBA 1C6ZA 5P6DA 1T3RA 3UCBA 4EHCA 4N00A 2V12C 3VSXA 4U7VA 2QK5A 4HZTA 4QLHA 5BRYA 5P4BA 5P4WA 5P8UA 3QS1A 3WZ6A 5I3XA 5AH8A 5P66A 2QMDA 5P17A 1HEFE 1XS7D 3NR6A 3T6IA 5IVQA 3GGVA 4Y57A 1YM2A 4Y5PA 3LNKA 1FG6C 2AQUA 2G24A 3RTNA 2IKUA 7UPJA 4L7HA 4GMIA 2VA5A 4DI2A 2NMZA 5P8FA 4B0QA 5KQZA 3OGPA 5P8TA 5B18A 2QP8A 5OZZA 2FDPA 2PQZA 2ASIA 4DPIA 2RKGA 5P2LA 5P47A 3T7QA 4OC6A 5ER1E 4DJPA 5JODA 3U71A 2VNNA 4Y3GA 1T7KA 5P0UA 3QBFA 4KB9A 4Y44A 5ISKA 5P36A 4Y4JA 3TOHA 1D4IA 2BPWA 2VJ9A 4Y6MA 3VSWA 2AZCA 5P4ZA 2F80A 3KMXA 4FLGA 2QHCA 5P14A 2BPVA 1K6TA 3U6AA 5DR0A 1APTE 3LZUA 5P0MA 5P3HA 4RLDA 2QZLA 5OZYA 5P40A 2FGVA 1T7JA 4J1HA 3OQAA 5P4AA 1E80E 3BVBA 2XYFA 1FMUA 4U8WA 5OZ1A 3LIZA 1FMXA 4J54A 3L5BA 2I0DA 4Y47A 5DR3A 1IIQA 1YX9A 3S8IA 3D1XA 4NPTA 2HPFA 1HVHA 1PPME 1QBTA 2HS2A 5P2EA 2B7FA 5P3RA 3VG1A 3FNTA 5P2KA 4LBTA 1OHRA 3UQWA 4DQCA 5KR2A 1TSQA 3OXXA 3MSLA 1HPOA 1KJ7A 3T7PA 5P4GA 1B6MA 4H3IA 5DQ2A 2FIVA 1TSUA 2WF1A 3RTHA 5OZ8A 3ECGA 4FM8A 3O9DA 5P2HA 3IXKA 5P5LA 2PWCA 5P6PA 3LITA 1AVFA 4PYVA 3VEUA 3PWWA 1J71A 2PSVA 1PSNA 1U8GA 4D8CA 1EPRE 1FQ4A 3L58A 1Q9PA 5P10A 4CPXA 1AM5A 5P4XA 1D4YA 3OUBA 1RNEA 1QDMA 2OHMA 3O9FA 4FRJA 5P3QA 3OAGB 4B78A 3R1GB 3GI5A 5P3YA 3OU4A 1MEUA 5P13A 5P68A 1MTBA 5HDZA 3NU5A 4DJYA 4PHVA 4WY6A 2UPJA 5P0WA 1ZSRA 2AIDA 5OYVA 2QMGA 2R43A 1W6IA 4Y45A 3EMYA 5P62A 5OZ7A 5P7CA 5P5HA 5P74A 1GVWA 5P3JA 5P6BA 3LPIA 3TTPA 3KMYA 1EC0A 2NNKA 3SLZA 3BC4A 2ZHVA 3PB5A 2OHUA 1XN2A 3S7LA 5P7HA 3UTLA 5P1VA 3NDTA 3NXEA 2IEOA 5J25A 3FIVA 3HLOA 1HVCA 1HRNA 2F3EA 2PYMA 2P3CA 3AIDA 3ZOVA 2QCIA 5P37A 2P3BB 5P4DA 2OAHA 2Q64A 3GI6A 2WEAA 1YTJA 5P78A 5P7OA 1ER8E 1BDRA 1QBUA 4NJUA 1BDQA 2I4WA 5P7UA 1NH0A 5C9DA 5ENMA 5P7JA 4MC9A 2A4FA 3PI5A 4HEGA 4JPEA 1TQFA 4Y3XA 5HCTA 4DQHA 2FXEA 4FE6A 1FB7A 2QMPA 3OUDA 3KDCA 4ZPEA 5P48A 5COKA 6UPJA 3PEPA 5P1WA 3IGBA 9HVPA 3ZLQA 1SIPA 5P8MA 4L7GA 1A8KA 1Z1RA 2WEZA 1W5WA 2FDEA 5P3XA 4I0GA 3WZ8A 5P23A 5P8HA 3ZKQA 3QVCA 5E5JA 1HPXA 3HBOA 4FM7A 4RCFA 3D1YA 1PSAA 1HVKA 5I3WA 3OQDA 4Q1NA 3VCMA 3PHVA 1TZSA 1HHPA 4Y38A 5P7WA 4Y3SA 5P54A 1OD1A 1T7IA 5P2MA 5P8GA 2RENA 5P4CA 5P56A 1RV7A 3GGAA 5P26A 3O9LA 3ZPTA 2SAMA 5P0QA 1HPVA 5P67A 3R0YA 3SACA 3PSUA 2PYNA 5P09A 2CEMA 3PMUA 4I0FA 2Q11A 5P0AA 3UQUA 1EBZA 3BGCA 2IDWA 4BELA 5OYTA 5OZ0A 3LPJA 5P7QA 2BPXA 4I0IA 4H3JA 3NDXA 1B6LA 3PWMA 4U7QA 2VIEA 1EBWA 1K6CA 2VKMA 4Y3AA 2IKOA 4Y3EA 4L7JA 5P8JA 5P5WA 1XE6A 2HB4A 5KOQA 5P7AA 4EJDA 2H6SA 2G1YA 1K2CA 1XDHA 2QI3A 4RCEA 3UDYA 4Y5GA 1PSOE 3TLHA 1JLDA 5P0HA 4K9HA 3VYDA 4D89A 4I0DA 2WEDA 5P0CA 2QI6A 3INEA 1NPWA 3TL9A 4YD3A 2WF0A 3ZMGA 5P3VA 1W51A 4I0EA 4JP9A 5P33A 3MSJA 2CEJA 3IN4A 3TH9A 5P39A 1D4JA 4DJQA 3LIXA 3D3TA 1ME6A 4Y3LA 5P07A 1Z1HA 1APWE 4Y4EA 5DQ5A 3BUFA 1HTGA 2APRA 3KN0A 3LIQA 5HDVA 4H3GA 5P3BA 1BIMA 5P0LA 5P6OA 2P83A 4Y5EA 5P00A 3UDJA 4QJ6A 3PI0A 5ISJA 2ER9E 3ER3E 1B6PA 3L3AA 3UPJA 1ZPAA 2ANLA 1MESA 5P77A 1HWRA 4Y3ZA 5P6RA 5P5FA 5P5GA 1QBSA 4Y51A 4R92A 5P81A 5P6ZA 5P27A 1EBYA 3S7MA 2WHHA 3DJKA 3EXOA 4ACXA 5P7GA 5P5ZA 1IDAA 2PC0A 2O4PA 5P86A 2OHKA 4RVXA 3L38A 5P0XA 2P3DA 1W5XA 5P4EA 1PPLE 2NNPA 2JJIA 2HC0A 5P0PA 1W5VA 1B5FA 3D20A 2JXRA 5OZNA 4IVTA 5P7XA 5P4YA 2H6TA 4Y4UA 4ER2E 3LPKA 4Q1YA 5P1HA 2I4DA 2Q3KA 5P3LA 4K4PA 3ZPSA 5P5PA 5P2IA 5IVRA 3IVIA 2B42A 2PSGA 1KZKA 1HOSA 1YTGA 5OYXA 1N49A 5OZPA 4JOOA 4K4RA 5P89A 5P5VA 2HB3A 3EL5A 1HXWA 5OZKA 4S1GA 2AZ8A 3URIA 4OD9A 2B60A 3Q4BA 1IDBA 2Q63A 3GI0A 2OHRA 3GI4A 3O9HA 5BWYA 3SA8A 8HVPA 3OHHA 5P0RA 5P2WA 3CICA 3EL0A 3NXNA 5P3AA 1F34A 4Y58A 3HAUA 1EC1A 3DCRA 1ODXA 4I1CA 2I4XA 5P1AA 3R2FA 5P8IA 3S43A 3DV1A 3VUCA 3S45A 2HS1A 3TPPA 2AOHA 2BKSA 4OBDA 3M9FA 5P2XA 4GJ6A 3ZKMA 3KT2A 1HIHA 4R5NA 3BXRA 3T11A 3WB5A 4YD5A 4QJ8A 2V13A 5P0EA 5P1EA 2R9BA 3OGQA 3ZPUA 5P8EA 2HIZA 4YCKA 1B6KA 4OBZA 5P5BA 3QPJA 4Y3TA 3NU3A 1BXOA 2VJ7A 1YG9A 3LIVA 4D83A 3KT5A 5HD0A 4YOBA 5P69A 5P43A 2JYSA 1FQ7A 4TRYA 3BRAA 2AVVA 4YOAA 5P73A 3I7EA 3INFA 2O4KA 4ZSQA 3O9EA 5P8BA 4CPSA 2G1NA 4B1CA 4RGHA 5P8VA 4A6CA 2FGUA 3OXCA 5P8KA 5JFPA 4OBKA 1BBSA 1LYAA 2BB9A 3K5GA 4K4QA 5P5OA 3OOTA 3NYGA 4GJ8A 4AZYA 1FF0C 3RVIA 5P2CA 5P2BA 2AOEA 1MTRA 5P6YA 1D4KA 5P4VA 5P2GA 5P59A 4J17A 4DQBA 1DAZC 3L59A 1RQ9A 5P46A 2P8HA 5P04A 4Q1WA 5P4TA 2ZJNA 5HDXA 4RRSA 4YHQA 5P7ZA 5P4UA 3SABA 5P2ZA 4Q1XA 5P75A 4YA8A 3RSVA 5P6JA 2NMYA 3ZKXA 3SA3A 2F3KA 5C9BA 3HVPA 2BQVA 5COOA 3DK1A 3EKWA 2QU2A 4RVIA 1HVJA 1MT9A 3OQKA 4HDPA 5P55A 1APUE 4DUSA 5P0YA 4XXSA 4Y4AA 5DGWA 4A6BA 1PPKE 1BVGA 2G22A 1WBMA 4Z4XA 2IRZA 3VV8A 5P5IA 4ZIPA 5P1DA 3ER5E 4GYEA 1ZLFA 4ZE6A 1EAGA 4FRIA 4I11A 3FV3A 3OHFA 2BPZA 5OZWA 1HVLA 1FQ8A 4J0YA 2ZJMA 2QI1A 1SP5A 1HVSA 3I2LA 5DQ1A 4ZPGA 5P1RA 5KR0A 2O4LA 1HSHA 2HM1A 4Y3PA 5P4IA 3NU6A 1MVPA 3OU1A 5P6GA 2Q54A 4QJ7A 5HE5A 5P5XA 3H5BA 5P0JA 3DM6A 4RVJA 5P6WA 5HDUA 1HEGE 5P83A 1A30A 3EC0A 4DJWA 4FAFA 3B7VA 3EKYA 6FIVA 5P3WA 1BXQA 5IE1A 3ZKGA 2WEBA 5P0SA 4ER4E 5OZ3A 5F00A 3DV5A 3JVWA 3KM4A 3PSYA 1K1TA 1SMEA 1SBGA 5P76A 1IVPA 1MERA 3OUAA 5P2SA 1LYBA 1FGCC 1YT9A 4HVPA 3BUGA 5OZLA 2G26A 5P28A 1TW7A 3OOZA 4Y48A 4I12A 2VIZA 1W5YA 5OZUA 5P1IA 5SXNA 5DR1A 5P1BA 4KUPA 4F74A 1NPAA 2V00A 1QRPE 5AH9A 2ZHSA 2XFIA 1EEDP 1ZTZA 1ZSFA 5P0OA 3SA5A 3NWQA 3D1ZA 5P70A 1M43A 5P6TA 5P7NA 1FQ5A 2V0ZC 4CP7A 5SY3A 1RL8A 3I6OA 1C6XA 3I25A 3KFNA 3Q5HA 1FFFC 2EWYA 2G20A 5P1LA 2VIJA 4NKKA 3O9GA 2O4SA 4RYGA 5P84A 2J9KA 3URJA 1BWBA 3PCZA 5P6MA 2QHZA 5KR8A 1GVXA 2OF0A 3KYRA 4XKXA 3SM2A 4Y3JA 5P1PA 5P3KA 3VV7A 3UF3A 2ZJLA 5OZQA 5P06A 4GJDA 4X2LA 4KE0A 3T7XA 3D91A 2QZWA 2IQGA 5P34A 3CIDA 2ZHTA 3GGXA 5KQYA 3OXWA 4B77A 3NLSA 2PMAA 5P0ZA 5P7RA 3UDNA 3SA9A 4JECA 2QNPA 3KA2A 1B5FB 4J0VA 4Y4TA 4WTUA 3EM3A 4FM6A 1MPPA 5P0GA 2UXZA 1MT7A 3PGIA 3QRSA 3IVHA 3K4VA 1LV1A 5P5AA 3L5EA 4H3FA 4B70A 5P5CA 1HSIA 5I70A 5P1UA 5FIVA 3EBZA 3OY4A 4HE9A 4UPJA 5P1GA 3VV6A 2HAHA 3RU1A 1LS5A 3LZYA 1SH9A 5DR7A 4DJVA 5P4QA 4Y5AA 3OU3A 4HA5A 5HE7A 4B72A 1AIDA 2FMBA 3A2OA 5OZOA 2IS0A 3C9XA 2I1AA 4ZSMA 2WECA 4BFDA 4EJLA 1MSMA 5P7DA 4FRSA 5P58A 5PEPA 4EJ8A 2R5QA 1EPQE 3UDRA 1HVRA 3EM6A 4L6BA 3APRE 3ST5A 1ZAPA 3VYFA 5P0IA 2WF3A 5KQFA 1BWAA 2G27A 4R93A 4ZPFA 2AOFA 3DCKA 4B05A 1MIQA 4EP3A 5TOLA 5P6VA 5P0FA 3CYWA 3OQFA 3PSGA 5OZHA 4Y3YA 2Q5KA 3SPKA 3IXJA 5P6EA 1T6EX 3LHGA 4PPHA 1IZHA 5OYRA 4YBFA 4R95A 1KJFA 3UDMA 5P45A 1BV7A 1EBKC 1D4LA 5F01A 2HPEA 1FKNA 5P42A 5ENKA 2QZXA 5OZJA 3SA6A 3QP0A 2VJ6A 1APVE 5OZXA 5P3CA 5P7PA 2O40A 3CIBA 5AHCA 2AOJA 2XFKA 2RKFA 1T6GA 5I3YA 5P08A 5KOSA 2R8NA 5P6KA 1GNOA 3QROA 3DOXA 4Y43A 4DJRA 4YD4A 5P1NA 2ZDZA 1E82E 4EP2A 2P3AA 4Y4XA 5EZXA 4M8XA 1LYAB 5P11A 4B1EA 5E5KA 5P35A 4LXAA 5P1QA 2B8VA 5P8DA 1D4SA 2WF2A 5HVPA 5OZVA 2ZJHA 4YD7A 1W50A 3O9AA 2AVOA 3PLLA 1EPME 4Y41A 1TCWA 1K6VA 5SZ9A 4EQJA 1PFZA 2ZE1A 4OC6B 1DIFA 5P8CA 1ODYA 2R38A 5P3PA 1ZJ7A 1SGUA 3WSJA 1K1UA 3WZ7A 1XL2A 2R5PA 4EJKA 3CKPA 3NUJA 2G1OA 2ZJJA 4MC2A 2V11C 5P2JA 3FSMA 5P15A 2QZKA 2A1EA 3RTMA 3UQPA 1K6PA 4AA9A 2G21A 5P2TA 4Y5KA 2G94A 2P3BA 5P6CA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NSH A;  1LYB B;  3SA4 A;  2QU3 A;  1G0V A;  5P60 A;  1B11 A;  2BKT A;  1SIV A;  2FNT A;  5OZI A;  5P79 A;  4RRN A;  3PLD A;  5P7T A;  5P38 A;  2PWR A;  2AOG A;  4J55 A;  3VFA A;  5P2O A;  4YCY A;  2I4V A;  1IZD A;  1GVU A;  2WJO A;  5P8S A;  4DFG A;  4DJX A;  1LF2 A;  1EPP E;  3IAW A;  4GJA A;  1WKR A;  5P8L A;  4B1D A;  5HU1 A;  4Y5M A;  1GNN A;  5P6Q A;  2BPY A;  5IVT A;  3OTY A;  5HU0 A;  3EKX A;  2QI5 A;  1CZI E;  4H1E A;  5P1T A;  2V16 C;  4Y5B A;  5P22 A;  4ZLS A;  5CON A;  3BVA A;  4COE A;  4E43 A;  4Y54 A;  4NPU A;  3BXS A;  4YDF A;  5P5E A;  3Q70 A;  3MSK A;  2J9J B;  3KDB A;  1C6Z A;  5P6D A;  1T3R A;  3UCB A;  4EHC A;  4N00 A;  2V12 C;  3VSX A;  4U7V A;  2QK5 A;  4HZT A;  4QLH A;  5BRY A;  5P4B A;  5P4W A;  5P8U A;  3QS1 A;  3WZ6 A;  5I3X A;  5AH8 A;  5P66 A;  2QMD A;  5P17 A;  1HEF E;  1XS7 D;  3NR6 A;  3T6I A;  5IVQ A;  3GGV A;  4Y57 A;  1YM2 A;  4Y5P A;  3LNK A;  1FG6 C;  2AQU A;  2G24 A;  3RTN A;  2IKU A;  7UPJ A;  4L7H A;  4GMI A;  2VA5 A;  4DI2 A;  2NMZ A;  5P8F A;  4B0Q A;  5KQZ A;  3OGP A;  5P8T A;  5B18 A;  2QP8 A;  5OZZ A;  2FDP A;  2PQZ A;  2ASI A;  4DPI A;  2RKG A;  5P2L A;  5P47 A;  3T7Q A;  4OC6 A;  5ER1 E;  4DJP A;  5JOD A;  3U71 A;  2VNN A;  4Y3G A;  1T7K A;  5P0U A;  3QBF A;  4KB9 A;  4Y44 A;  5ISK A;  5P36 A;  4Y4J A;  3TOH A;  1D4I A;  2BPW A;  2VJ9 A;  4Y6M A;  3VSW A;  2AZC A;  5P4Z A;  2F80 A;  3KMX A;  4FLG A;  2QHC A;  5P14 A;  2BPV A;  1K6T A;  3U6A A;  5DR0 A;  1APT E;  3LZU A;  5P0M A;  5P3H A;  4RLD A;  2QZL A;  5OZY A;  5P40 A;  2FGV A;  1T7J A;  4J1H A;  3OQA A;  5P4A A;  1E80 E;  3BVB A;  2XYF A;  1FMU A;  4U8W A;  5OZ1 A;  3LIZ A;  1FMX A;  4J54 A;  3L5B A;  2I0D A;  4Y47 A;  5DR3 A;  1IIQ A;  1YX9 A;  3S8I A;  3D1X A;  4NPT A;  2HPF A;  1HVH A;  1PPM E;  1QBT A;  2HS2 A;  5P2E A;  2B7F A;  5P3R A;  3VG1 A;  3FNT A;  5P2K A;  4LBT A;  1OHR A;  3UQW A;  4DQC A;  5KR2 A;  1TSQ A;  3OXX A;  3MSL A;  1HPO A;  1KJ7 A;  3T7P A;  5P4G A;  1B6M A;  4H3I A;  5DQ2 A;  2FIV A;  1TSU A;  2WF1 A;  3RTH A;  5OZ8 A;  3ECG A;  4FM8 A;  3O9D A;  5P2H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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