5P4FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 204
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4fA01
3VF5A 4RYCA 4RZ1A 1FKNA 4Y4TA 5P1JA 1HVSA 3KDCA 4LC7A 5P6FA 5C9BA 4EWOA 4I8WA 4IVSA 5P6BA 4Q1YA 2AZBA 3OXCA 4APEA 1EC3A 4B77A 4J54A 1FG6C 1ODXA 2IQGA 1EC1A 1LF3A 2ZGAA 2NXDA 5P19A 5P1KA 2H6TA 4GIDA 4OBFA 2F80A 5P6OA 3NU4A 1IVQA 4Y3FA 2P3DA 2HPFA 5P5IA 3UQXA 5OYZA 3WZ6A 4JOOA 4FL8A 2ZJLA 4Y3EA 2G69A 5OYUA 4PZWA 2JXRA 3VFBA 3HZCA 5P6IA 5P89A 2QNPA 3L59A 3VSXA 4Y3ZA 5P4WA 1IVPA 5P1AA 2PSVA 5OZDA 5P0HA 3OQFA 4Y44A 1MUIA 5P7VA 3SKFA 1Z8CA 2OHPA 1PPME 5OZMA 5OZ2A 2QK5A 1YM4A 2WKZA 5KQXA 1IZIA 4GJ8A 5P7MA 4JPCA 5COOA 4FGXA 3G72A 4OBZA 5P3QA 2QD8A 5AGZA 2B8LA 1EC2A 3GI4A 3T7PA 2OHMA 3DM6A 5OZOA 1HTFA 3KDDA 3MXDA 4OC6A 5P37A 4FRJA 5P1SA 1PPKE 2QZKA 1EPLE 5ENKA 3OU1A 2G27A 2NPHA 2VIZA 3OQKA 5OZZA 5F00A 3KFPA 2HB2A 1FMUA 3LHGA 4YD4A 1TCWA 2UXZA 5F01A 5OZ0A 1DPJA 3EKXA 5P6PA 5P8PA 5P4DA 3RSXA 3UF3A 2O4SA 3O9LB 4HLAA 1GKTA 4FS4A 3UQRA 5P2YA 5KQYA 4RYGA 3S85A 5P1PA 4H3GA 5P5OA 4EJKA 3BC4A 1G35A 1HPOA 5P08A 4Y58A 3GI5A 4Y53A 5P1UA 5P14A 5P74A 1B6LA 1C70A 4AZYA 3LPKA 4K4QA 2ER7E 4YD7A 3KN0A 5HVPA 3FKTA 5P8HA 5OYQA 4B1CA 3UQUA 1NPWA 4QJ6A 4KE0A 4Y4BA 1FEJC 2FLEA 1F34A 2FIVA 1HVCA 2Q3KA 1MSNA 2J9KA 1T7KA 1QBRA 4IVTA 1T3RA 5T4SA 5P2QA 3VFAA 2B7FA 4NPTA 4AUCA 3PMYA 5OZQA 4J17A 3S53A 4XX3A 2QI4A 2WF1A 5P8JA 1BILA 3O9HA 5P0BA 4EJLA 5AHBA 5P4GA 2IS0A 4Y51A 3PLDA 5P0XA 1FGCC 5P2GA 4ZIPA 3KA2A 3KFRA 4J5JA 2Z54A 5P6YA 1A8GA 5P68A 3FV3A 3SM2A 5P8MA 4Y5AA 3C9XA 4DPFA 3APPA 2AZ8A 4ZPEA 5P6VA 1W6HA 4QJ8A 3TKGA 4LP9A 1EAGA 5P0CA 1APVE 5OZYA 2OF0A 5P07A 4Y4DA 5P1YA 5I3XA 2G1YA 3VF3A 1XS7D 4Y50A 1A9MA 5EZZA 4R95A 1B6PA 3KDBA 4U8WA 2OAHA 2Q5KA 4Y57A 5P8KA 1ZLFA 1C6ZA 1W51A 5E5KA 3UCBA 2G22A 2VKMA 2J9JB 5P8BA 3T11A 1MERA 1B5FB 5P57A 2HC0A 4I8ZA 4EQ0A 3SKGA 1MTBA 5IS4A 2HIZA 3QIHA 2NNKA 1APUE 5P7DA 4PZXA 5P1FA 4DJXA 1YTHA 4R8YA 2R3WA 3BRAA 5P1QA 3K5FA 5KOQA 3UDMA 3Q4BA 1UH8A 1KJ4A 1HHPA 1SDVA 1RQ9A 5P45A 5P3IA 4Y5LA 5P4BA 1T6GA 2ASIA 4Z50A 1W50A 1BAIA 3EKYA 3L58A 5P0GA 1LS5A 4YD6A 1CMSA 1FMBA 4GJ7A 4DJVA 1SP5A 4Y3HA 5P2SA 4COEA 3LPJA 3NDTA 3MSLA 3OUDA 4OD9B 2PWCA 1ZTZA 2BPVA 2V13A 5P1ZA 3PSGA 4RRNA 3PLLA 1G6LA 5P42A 1MT8A 5P0JA 2RENA 3SABA 5P2TA 4EXGA 1K2BA 2APRA 4GYEA 2B60A 5P8CA 3H0BA 2VIEA 4B00A 1HSGA 1LF4A 2F8GA 4X2LA 4L7GA 3LIQA 5P78A 3R4BA 5P5WA 3OADA 5P3HA 1D4JA 1GVXA 5OZVA 2JJIA 5P50A 4DQHA 5P3PA 5P28A 3EL1A 4APRE 3VUCA 5DR4A 1EBZA 4CPWA 3EL0A 3B80A 3VYEA 3K5DA 1E82E 4I0HA 2QI6A 5P5YA 3UQWA 2AVSA 4Z22A 1A30A 2Q54A 5P5DA 3UHLA 3I6OA 5OZNA 5P3OA 4ZSMA 3OQDA 1D4IA 2HB4A 3ZKGA 5P2FA 2QMPA 4GJ5A 1SIVA 1EPME 4ZSRA 1HIVA 5P7WA 3KT2A 3PCWA 5P6RA 1K2CA 3KFSA 2ZDZA 1FLHA 4JPEA 3VLBA 1XL5A 4FAFA 1FIVA 4M8YA 4RCFA 2WF2A 4Y47A 5I3WA 5P7BA 1E5OE 4LXMA 5P7IA 1D4LA 3GGUA 4Y5KA 1BVEA 5P46A 3LIZA 1MVPA 2QNNA 3QN8A 2MIPA 4FRSA 5P2HA 1EPPE 4Q5MA 1YTGA 4EP2A 1A8KA 3INFA 3A2OA 5P7SA 3VCMA 5ENMA 3IXJA 1MSMA 2R3TA 3TTPA 1MRXA 5P0YA 4WY6A 1K1TA 4CKUA 1EPOE 2AIDA 2FGUA 5P71A 5KR0A 1G0VA 3S43B 5DQ5A 3QVIA 5P2JA 4EXHA 2VJ7A 1HEGE 5P2DA 3ZMGA 5OZ4A 3SM1A 1IZDA 1IBQA 4XX4A 4OBJA 3U71A 3INHA 3DV5A 3RSVA 5P1BA 4DV9A 3SLZA 4FSEA 4GJ9A 5P1GA 4QJ7A 2I4VA 4H3IA 3ZL7A 4B72A 5P38A 4RCEA 2AVOA 3FNSA 3JW2A 2BPXA 2AOIA 3OOTA 5P6TA 1Q9PA 5P7GA 4YDFA 1IZEA 3IAWA 5P4KA 3RTMA 5HU0A 5P4FA 1VIKA 5OZBA 5P6QA 3EL5A 1LZQA 1BIMA 4H3JA 4Y9WA 2AVVA 1BV9A 5P0RA 5IVQA 4ACXA 3K1WA 3VYDA 4B78A 4QLHA 1TQFA 4D83A 5P0KA 3SPKA 5P6SA 1D4HA 4JP9A 3OU4A 3CKTA 5P4TA 4LAPA 4ER1E 1E80E 4CPSA 3SA5A 3QP0A 2BPWA 4B1DA 4CPTA 5P5RA 4AA8A 2FGVA 2Q63A 4J1FA 2OHLA 4XXSA 2Q55A 3DUYA 1XL2A 2G24A 2VIJA 4MC2A 5ISKA 5P1WA 1K1UA 4RVIA 5OYTA 5P26A 4J0PA 2FS4A 4TRZA 5DQ2A 2QZLA 2G1NA 1PSNA 5P12A 3KFNA 1UPJA 5P0OA 3AIDA 1D4YA 3T6IA 2FNTA 3ZPSA 3OWNA 1C6YA 1SH9A 1LYAA 5ER1E 5PEPA 1HOSA 1LYWA 4U7QA 2BJUA 3L5EA 4MC6A 5P33A 1DP5A 5P79A 5P22A 5P3NA 4DI2A 1G2KA 4EP3A 3MSKA 1FQ8A 3NUJA 3I7EA 5P8FA 4GJAA 3OY4A 1B6JA 4Y39A 2FXEA 4J1HA 4Y4JA 5P8AA 5HDUA 2VNNA 5OZPA 5P4YA 1F7AA 3GGVA 2VA7A 5P81A 2QI0A 5HE7A 1GVVA 2P3BA 5P60A 4FRIA 5KR1A 2I4UA 5DQCA 5KR2A 3TPJA 4LHHA 2PWRA 4LXAA 1MRWA 4ER2E 2WECA 1PPLE 3NUOA 4EPJA 5P23A 5P24A 5P6WA 5P3SA 5DPZA 4Y37A 5P6DA 3IGBA 4JECA 2A1EA 4DQEA 3PVKA 3NU5A 3Q5HA 4L1AB 2NMYA 5P6ZA 4L1AA 3BGCA 4DJYA 1AAQA 5P2ZA 2ZYEA 2BBBA 5P15A 5P35A 3K5CA 4OBZB 3QVCA 4R5NA 3URIA 3EM3A 4YDGA 3ZLQA 5OZRA 3EL4A 5P6JA 5P2AA 5P6KA 2QNQA 5P83A 4OC6B 5P55A 1ZSFA 5P67A 5P04A 4YHQA 3IN3A 3OU1B 5P03A 2OHSA 5OZ3A 4DQFA 5P7XA 3T7XA 3CMSA 1Z1RA 1M43A 3VV8A 3EKVA 5P4AA 2QCIA 3GI6A 1MEUA 5DGUA 5P3KA 5JFPA 3I8WA 2JE4A 5P02A 3UDPA 3TH9A 2HS1A 5P3MA 2BQVA 5P5FA 2I0AA 2NTRA 1W6IA 4Y3PA 1D4KA 2OHKA 5P77A 5P53A 3LIXA 5I3YA 5OYWA 5P65A 4YCYA 5P51A 5P4ZA 5P6EA 3Q6YA 5P4QA 5P7ZA 2QAKA 3O9CA 7HVPA 3BGBA 3LIYA 1YX9A 5P5QA 5P2KA 1EPRE 5P5PA 5P8NA 4HDBA 1XE6A 4J0TA 4OBKA 1APTE 4QJAA 1KJ7A 1TCXA 1K6VA 2IGXA 2AZCA 1HIHA 3UDQA 5P59A 5P0WA 2VA6A 5DR0A 2G26A 4D8CA 3TPLA 3ZKIA 1HVIA 2P3CA 4FE6A 3PI5A 5JODA 4ER4E 3VV6A 2HPEA 3T3CA 2F3FA 4D85A 3OTSA 5AHAA 4TVHA 2QI1A 5P5MA 2O4LA 3D20A 2VJ6A 3GW5A 3T7QA 2A4FA 5AHCA 5SZ9A 5OZ1A 3O9DA 4Y4GA 5P01A 3CKPA 4Y5BA 5P76A 3LPIA 3O9AA 1ER8E 4KB9A 4HE9A 3KM4A 8HVPA 2G1SA 3SQFA 4YOAA 3UDJA 3PCZA 5P2RA 3L38A 2FMBA 2QMDA 2ZHVA 3VEUA 1GVTA 5P1OA 1HIIA 5P5EA 5P7KA 2AOFA 3R2FA 4DQBA 1FQ4A 2AOJA 5P7EA 1EEDP 2PH6A 5OZUA 2AZ9A 3OOZA 3LNKA 1OEWA 5P4HA 4DH6A 5P0AA 5P3WA 3TOGA 4A4QA 2VIYA 1MESA 4J1CA 1KJGA 2HAHA 3PWWA 3EKTA 2VA5A 5P4RA 3ER5E 2WF4A 3AUPA 4Y4ZA 1IDBA 3K4VC 4DJUA 5P3EA 3S56A 3SA8A 4R93A 1DMPA 4UPJA 4CMSA 4WY1A 4KE1A 3SA4A 2P4JA 3SFCA 4QJ9A 4YA8A 2ZHUA 3IN4A 3VG1A 4Y3DA 4CPUA 5P7CA 1HSIA 5P66A 3EM4A 1GVWA 1HVJA 5P0VA 1W5XA 4DJOA 1SDUA 4I0GA 3OGQA 3OXWA 2G20A 3OUDB 5COPA 2FXDA 3S7LA 1MT9A 1DIFA 2XYFA 3QROA 1ME6A 1N49A 4DQGA 4U7VA 4Q1WA 3G6ZA 1IZHA 3GI0A 5P1CA 4Y3JA 2CEJA 3OHFA 4CP7A 2WEAA 4RVJA 4OBDA 1RPIA 1EPQE 2ZE1A 3L5DA 5P3BA 5P52A 1T6EX 4Y56A 1KJHA 3LZVA 5OZEA 3INDA 3D91A 4BFBA 4I0EA 3NSHA 4HZTA 3I2LA 3VF7A 5P7NA 3WB4A 5P20A 4F75A 1MPPA 4NKKA 5P36A 1ENTE 2ZJMA 5P6CA 1T7JA 4ZPGA 5P6UA 1NH0A 3OADB 2R5QA 2RMPA 5P1XA 3BUGA 2F81A 2O40A 2B42A 5P17A 4D88A 1ZPKA 3R0WA 1HXBA 6UPJA 5OYXA 3TOFA 4RVXA 4OBGA 5P11A 1A94A 5P48A 4NJTA 2V00A 5P1EA 4Y3QA 1HEFE 4EQJA 5AH8A 3ER3E 4QGIA 3FNUA 2RSPA 2UY0A 4GJCA 3NU9A 4EHCA 3IVIA 4HDFA 4DVFA 3CYXA 5P1LA 3QS1A 2SAMA 3HAWA 1HWRA 3S7MA 3UFNA 5P8RA 3DK1A 4FSLA 5KQZA 3U6AA 1C6XA 3N4LA 5JFUA 5P6MA 4J0ZA 1HVHA 5FIVA 3BXRA 4FLGA 5P0UA 3Q70A 1Z1HA 1E81E 5JG1A 3LZSA 5HD0A 5P70A 3NU3A 5P29A 1FFIC 5I70A 5P4PA 5OZ6A 3RVIA 4D89A 1NSOA 5P6GA 3UQPA 2XFKA 4PPHA 2G94A 3SAAA 3JVWA 1DAZC 1HVRA 5APRE 1YTIA 1BWBA 3D1YA 4HA5A 1JLDA 4FIVA 5P3FA 5P0ZA 4YCKA 2NNPA 2QMGA 4J55A 2B8VA 4CPQA 3PB5A 5P88A 3NWXA 1ZAPA 1U8GA 5P18A 5P0FA 3PRSA 1LYBB 1FQXA 2ZJHA 3DCKA 3APRE 5P82A 2AQUA 3TL9A 1LYBA 5P5GA 5P62A 1OEXA 3OGPA 5P54A 5P4IA 4NJUA 2IL2A 4Y5PA 3UTLA 5P2VA 3ZKNA 1ZJ7A 3RU1A 3BVBA 5P4XA 4RCDA 5P4UA 5COKA 2AOEA 3WZ8A 1CZIE 2BPYA 4NJVA 5P5SA 5P27A 1PSAA 5P4NA 5P5ZA 4DJRA 4EYRA 3R0YA 3O9EA 5OZXA 3ECGA 4YE3A 5P2LA 2AOHA 2EWYA 5P2OA 5P1NA 3O99A 5P5KA 2ANLA 1TZSA 5P7AA 2PYMA 3URJA 4DUSA 3PI0A 5P2XA 5P3TA 1HVKA 5P8SA 5P41A 2ZHRA 4BELA 3QBFA 1BDLA 5HE4A 5BRYA 4ZLSA 2WHHA 3OU4B 5UPJA 3MWSA 1APWE 3BHEA 2Z4OA 5P2MA 2QHZA 5OZIA 2F3KA 3DJKA 4I0IA 5OZWA 2NXMA 5P7OA 3G70A 1GNNA 2QD7A 1T7IA 3LIVA 5P3AA 2IENA 5P4MA 2PSUA 5OZCA 3F9QA 1ODYA 3OXXA 2PQZA 5P7QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3VF5 A;  4RYC A;  4RZ1 A;  1FKN A;  4Y4T A;  5P1J A;  1HVS A;  3KDC A;  4LC7 A;  5P6F A;  5C9B A;  4EWO A;  4I8W A;  4IVS A;  5P6B A;  4Q1Y A;  2AZB A;  3OXC A;  4APE A;  1EC3 A;  4B77 A;  4J54 A;  1FG6 C;  1ODX A;  2IQG A;  1EC1 A;  1LF3 A;  2ZGA A;  2NXD A;  5P19 A;  5P1K A;  2H6T A;  4GID A;  4OBF A;  2F80 A;  5P6O A;  3NU4 A;  1IVQ A;  4Y3F A;  2P3D A;  2HPF A;  5P5I A;  3UQX A;  5OYZ A;  3WZ6 A;  4JOO A;  4FL8 A;  2ZJL A;  4Y3E A;  2G69 A;  5OYU A;  4PZW A;  2JXR A;  3VFB A;  3HZC A;  5P6I A;  5P89 A;  2QNP A;  3L59 A;  3VSX A;  4Y3Z A;  5P4W A;  1IVP A;  5P1A A;  2PSV A;  5OZD A;  5P0H A;  3OQF A;  4Y44 A;  1MUI A;  5P7V A;  3SKF A;  1Z8C A;  2OHP A;  1PPM E;  5OZM A;  5OZ2 A;  2QK5 A;  1YM4 A;  2WKZ A;  5KQX A;  1IZI A;  4GJ8 A;  5P7M A;  4JPC A;  5COO A;  4FGX A;  3G72 A;  4OBZ A;  5P3Q A;  2QD8 A;  5AGZ A;  2B8L A;  1EC2 A;  3GI4 A;  3T7P A;  2OHM A;  3DM6 A;  5OZO A;  1HTF A;  3KDD A;  3MXD A;  4OC6 A;  5P37 A;  4FRJ A;  5P1S A;  1PPK E;  2QZK A;  1EPL E;  5ENK A;  3OU1 A;  2G27 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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