5P4GA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 205
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4gA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4gA01
1FMBA 4YD6A 3SO9A 5P33A 5CONA 5JODA 4DJRA 4RRNA 2P83A 1LYWB 3SPKA 2PWRA 5P7SA 4Z50A 3I6OA 3S7LA 2I4VA 3CYWA 2ER9E 3QROA 5P1GA 4Y4GA 3IVIA 2IQGA 3NU6A 1IVPA 2NMYA 2VJ9A 4ZSRA 5P2MA 4PZWA 5P8GA 1QBRA 4YD5A 4K4RA 1QRPE 4Y38A 2I0DA 2QK5A 2RENA 5OZ0A 5P62A 5P4IA 2AOFA 2R8NA 1XE5A 4I12A 4ER4E 3MSLA 5DQ2A 5P3WA 1LYBA 5P5TA 3INDA 3EL1A 1IZEA 2QP8A 5P3IA 1SBGA 5DR4A 3U71A 2HC0A 1FMUA 1HSHA 2I4QA 2OAHA 1BBSA 5P34A 2XYEA 1AJVA 2FS4A 3BGCA 3QVIA 4A6CA 3MWSA 3UQRA 3F9QA 5P5IA 2B60A 3EMYA 5DQ5A 4HE9A 4WY6A 5P1PA 5P1SA 3PLLA 2H6SA 4GJ8A 2PMAA 5P1ZA 5P7DA 3DV5A 4I0HA 3UQXA 2QCIA 2XFJA 3RVIA 4MC6A 4AMTA 4YCTA 1B5FB 4DJYA 2ZJJA 5P0XA 3K4VA 2ER0E 5OZNA 4B00A 5P31A 3QVCA 4D85A 1E80E 1D4HA 3PHVA 4D83A 4PYVA 1EPQE 2QI0A 5DQ1A 1FGCC 2G21A 3GI5A 3PI0A 3K4VC 3S56A 3UDRA 2NXLA 5P7BA 2IGXA 2ANLA 1GVWA 1E82E 2B8LA 2V0ZC 5OZ7A 5P68A 3JVYA 5I3XA 3TH9A 4FL8A 2OHRA 2UY0A 4CPRA 3UDJA 1VIKA 1IZDA 2BKTA 2AVSA 1UPJA 2FGUA 2XFKA 2PYNA 4ZEAA 3FNTA 2QU2A 2H6TA 5P2NA 4TRWA 5P0SA 2VJ7A 1ENTE 4RZ1A 3O9AA 3PJ6A 3KDBA 3U6AA 5OZBA 3R4BA 5P35A 3NU9A 1W5VA 5P0UA 1HSGA 4QJ8A 1E5OE 2OF0A 3QPJA 3OU1B 1E81E 2R3TA 1A30A 1ZPAA 2PK5A 2P4JA 4FM8A 4ZSMA 1XS7D 3UTLA 5ENKA 3UDHA 4Y3HA 3PVKA 1N49A 4Y3MA 5P48A 4YOBA 2CEMA 5P8JA 3INFA 5P7FA 3VSXA 3IVHA 1NPWA 2HB3A 5P3RA 2WF2A 5P32A 4NJVA 4H3IA 3KT2A 5P4NA 3KF0A 1HVSA 2G24A 3SLZA 4Y3QA 1FG8C 5P2YA 2G1YA 5P3FA 3WB4A 4FSEA 3O9HA 5P3QA 4ACXA 1M4HA 5P1WA 1LV1A 5HDXA 2OHNA 5P7KA 5P7PA 3S8IA 1FKNA 1HIHA 5P19A 4YD7A 1B5FA 3QBFA 3RSXA 3L38A 2SAMA 5P8KA 2NTRA 3ZKNA 4JP9A 5P6CA 5P86A 4EQJA 4J1KA 4GJ7A 1ODXA 2Z54A 4R8YA 4LBTA 5HVPA 4YBIA 3SA3A 1MT8A 4YD4A 4Y48A 3VEUA 4EP2A 4CPSA 3GW5A 1CZIE 3UQUA 3R2FA 2WKZA 3D1XA 5P23A 2G27A 2AODA 3IN4A 2APRA 4QJ2A 3NWQA 1HEGE 3D3TA 2IEOA 4D88A 5KQXA 3NSHA 4DJUA 2FNSA 5P75A 4KB9A 1EC1A 4FGXA 5P7IA 1EEDP 3UCBA 4A4QA 1Q9PA 4MC2A 2WJOA 1ME6A 2P3DA 4XKXA 2WL0A 2PH8A 5OZJA 7HVPA 3LZSA 2A4FA 2HPEA 4ER1E 1HPXA 2OHMA 5P29A 5P0MA 5P5PA 1K1UA 3ST5A 5P8NA 1MTBA 3VYDA 1YG9A 4FM6A 3L5BA 5P41A 5P74A 1SDUA 3FIVA 1IDBA 3K5DA 4F74A 3BGBA 5C9BA 5CLMA 2G20A 3CIDA 2ZE1A 4NJSA 1B6LA 3T11A 1FMXA 2Q55A 3AIDA 2IS0A 3S7MA 3PLDA 3BVAA 1T7JA 2RKFA 3DCKA 1SDTA 4Y5CA 5C9FA 5P15A 5P7EA 1ODYA 1AXAA 4Y3RA 3IXJA 3VF3A 1FQ6A 5I70A 1HVHA 4I0FA 4NJTA 5P0ZA 4DQGA 1BVEA 3OU3A 2ZJNA 1K6TA 3QRVA 5P8RA 4TVGA 4FAFA 4OC6A 2BQVA 1ZPKA 1SH9A 3EBZA 3WZ6A 4DJQA 4Y3DA 4DH6A 4OBGA 5P2SA 5P69A 2ZDZA 2ZHSA 5DPZA 3ZKQA 1C6ZA 1MT9A 3NYGA 2XFIA 2PWCA 4Y5EA 3NUJA 5P2FA 5E5KA 1HHPA 2ZHRA 4Y4ZA 4MC1A 1SGZA 5P01A 4RROA 5P6HA 4EXHA 1EC0A 3LNKA 5P0DA 5IE1A 3D1ZA 3OGPA 3KFSA 3OY4A 3EC0A 3OXWA 5P0OA 2IDWA 5P6LA 4RCFA 3EL5A 1T3RA 1MPPA 1U8GA 5P4KA 2FGVA 1RPIA 5P4EA 5HE4A 2QI6A 1RQ9A 2AVVA 4ZPEA 3VFBA 4DFGA 2VA6A 2R5QA 2IRZA 3LPKA 4ZPGA 4FAEA 4B1DA 5OZVA 1QBTA 2O4LA 5KR0A 4FCOA 5P3AA 1TW7A 3KFNA 3NU5A 4J1EA 4ACUA 4YDGA 5P82A 5OZ1A 1XL2A 5P80A 4DJVA 4HDFA 4HDPA 5AGZA 5KOSA 4Y5GA 1AVFA 3G72A 1HBVA 1K2CA 3TOFA 2BPXA 2WF3A 5P6EA 5KR2A 3LIQA 5OYZA 5P6PA 3O9EA 3OXXA 1XE6A 2G1RA 3URLA 5IVRA 3OUCA 5EZZA 5P7TA 5P2ZA 4EQ0A 2WF4A 4I1CA 3SA7A 3LHGA 5P1HA 4I0GA 5P53A 3EM3A 1GVXA 5P6FA 4FSLA 4EJDA 1MVPA 4TRYA 5P71A 1HWRA 5P08A 5DR0A 4AUCA 3NDTA 4BELA 4RVIA 5P6WA 5P7VA 3M9FA 2OHQA 3BUHA 3KN0A 1B11A 3SKFA 3ZKSA 1AZ5A 5P1DA 5P1UA 5P4BA 5OZSA 5P3MA 5P64A 4YHQA 5ISJA 3O9CA 4M8XA 5OZZA 3S45A 3TPRA 4XXSA 1BV7A 4J1IA 3NXNA 3Q4BA 2QMPA 1LYBB 3VLAA 1TSQA 3O9BA 4FE6A 4PHVA 5P1OA 5IVQA 3QP0A 3ZPUA 2R5PA 4TRZA 4YDFA 4B1EA 2JE4A 3VSWA 5P72A 5DR7A 1IZHA 4DI2A 4LXMA 5OZLA 5P5QA 3HVGA 1TCXA 3L58A 2QI4A 1D4IA 2QMDA 3OAGA 4NJUA 5P3GA 3OADA 3RSVA 1FIVA 5P4GA 5P1YA 3GGAA 4JPEA 5HDVA 3ER3E 5P4XA 3PMUA 5P46A 2AOGA 5COOA 5OZWA 3TOGA 3B7VA 5P6GA 4L1AB 3BUFA 3VFAA 5C9DA 5P76A 4H3GA 5P5CA 5P5JA 5P52A 5P24A 1W6HA 2IENA 5P5BA 5P10A 3PBZA 5EZXA 4FRKA 1MEUA 5P83A 4WTUA 2I4DA 1SIPA 3PCWA 1BDQA 2NMZA 3OK9A 3EXOA 5P78A 5P0TA 3LINA 4I0JA 4OBJA 5DR8A 2O40A 2QNQA 5P3KA 3OTSA 4J1FA 5P0YA 2FXDA 3OOZA 2AZBA 3BC4A 1PSAA 2HPFA 3SA6A 5P8SA 2OHUA 1FQ7A 5P3YA 3NU3A 4HLAA 4Y5KA 4K8SA 3EKVA 1FLHA 2OHTA 4B70A 2ZJLA 2QZWA 2QU3A 3EM6A 2WEBA 4GZFA 3LIXA 4PZXA 2O4NA 2AVOA 4Y3WA 5KQZA 3B80A 4KUPA 1ER8E 3VV6A 5P3UA 3BUGA 1HOSA 5P2QA 3IA9A 2V00A 3LIZA 3UPJA 1YT9A 4Q5MA 5P4QA 3TTPA 5P0QA 5P1MA 1WBKA 1FG6C 4IVTA 5P8PA 3L3AA 5JFPA 1YM2A 4H1EA 3QI1A 5P36A 3URIA 5JG1A 5P3DA 4Y4AA 2IKUA 2BPYA 5P4RA 5P3XA 3K5GA 1MSNA 5P6RA 1DAZC 4NPUA 1TSUA 1EPPE 5P3JA 4AA9A 2XYFA 5P3PA 5P58A 1APUE 3OUAA 4Y37A 4WY1A 5P2TA 5P47A 4GJAA 4LXKA 1WBMA 5P1QA 1B6PA 4EXGA 4FLGA 5P5ZA 2ZGAA 4J0PA 4Y36A 2VJ6A 5ER2E 4Y4XA 6UPJA 4L1AA 4Y53A 1MESA 3OQDA 5P0JA 4I0EA 1MUIA 5IVTA 1LF2A 5P14A 2P3BB 4R95A 3PSYA 1BDLA 3T3CA 2OHLA 1FB7A 5P7ZA 3I25A 3K5FA 2O4SA 1APTE 5OYYA 4DQHA 4YD3A 5P3LA 3KFPA 2VKMA 4Y39A 3TKGA 5P8TA 1OEWA 4DQEA 3NU4A 4D8CA 1HTFA 2R9BA 3SA8A 2Q3KA 3FX5A 2QMFA 1CPIA 1LF3A 5P7LA 3CYXA 3SAAA 4NPTA 5P4LA 4RVXA 2Q54A 1HRNA 3NDUA 5P55A 5P6MA 5P5GA 4Z2ZA 5I3VA 4DJOA 5P2DA 5P6DA 2EWYA 3R0YA 1HPVA 4X7IA 3VV8A 5P6SA 1A9MA 1FQXA 3AUPA 3T7XA 4CPTA 3DV1A 3L5EA 2QZKA 5P5AA 4ZSQA 4GIDA 2VNMA 3PWMA 1QBUA 2FMBA 1UH7A 3LZUA 4J1HA 3KM4A 4ZSPA 2Q63A 4QLHA 2AZ8A 3OQ7A 3PSGA 3ZKXA 5P03A 5P4ZA 4HA5A 5I3WA 4I11A 5OYVA 1ZSFA 2JJIA 5P4AA 1DMPA 2UXZA 1D4KA 5P5YA 1JLDA 3R0WA 4I10A 5P7NA 3N3IA 3OHFA 2O4KA 4DQCA 4QJ6A 3PWWA 1PROA 4FRIA 4N00A 2F3EA 4RVJA 3OQKA 2WF0A 5P5SA 1BV9A 4K4PA 4Y3SA 5P1NA 5JFUA 5E5JA 3GI6A 2I0AA 1G2KA 2AIDA 4CP7A 1ZTZA 4GJ5A 4B78A 4Q1WA 5P0VA 1HTRB 5P8QA 3RTMA 5P07A 5P3EA 1J71A 4JECA 4Y5NA 1YX9A 5P1JA 5P2LA 4OC6B 5PEPA 5AHBA 3OXCA 3TOHA 2P3BA 3PCZA 1RNEA 3OXVA 1SDVA 3HLOA 5P5KA 1LS5A 5P4OA 5P0EA 4Y3LA 5UPJA 5P5FA 5P4PA 5P8EA 2AOIA 3QRMA 3ZKGA 4J55A 5P2RA 5P2EA 5P8CA 4F75A 4Q1NA 4CPXA 1W6IA 1APWE 5P7YA 1WKRA 5P2KA 2HB4A 1IZIA 2JXRA 4Y3YA 5OZKA 5P1FA 4Y3ZA 5F01A 5P6ZA 5P4VA 2QNNA 1EPLE 5P40A 1TCWA 1T6GA 4Y5MA 5P2WA 5OZYA 3GGUA 4RCDA 3LZVA 5OYUA 5P6XA 5P44A 5P7AA 3SA5A 3LIYA 4M8YA 1EC3A 5P3CA 1GNMA 5P2GA 1IDAA 3VYEA 5OZCA 3FNSA 4L7JA 3KMXA 1TQFA 5KAOA 2FNTA 4DPIA 4J17A 3QIHA 5OYSA 3KMYA 2HIZA 5P4FA 5P18A 2RSPA 3HVPA 4DJWA 1YTIA 5P22A 1MRWA 5P26A 5AH9A 3DM6A 4Y43A 1SMEA 5DR3A 3OGQA 2AVMA 3DCRA 4I8WA 2P8HA 4FS4A 5P0RA 5P0IA 2HM1A 2Q5KA 2CENA 3S53A 2MIPA 4Y3AA 1ZAPA 1RL8A 3O99A 5P38A 1UH9A 1HVIA 1HIVA 5P81A 2PC0A 4CPUA 3HBOA 5P60A 4Y5AA 5P6VA 9HVPA 2IGYA 1SGUA 2A1EA 3T7PA 4DVFA 5OYXA 1XN2A 5P0BA 5P73A 3URJA 3VYFA 2PSVA 4I0DA 1D4JA 4OBHA 1YTGA 3NDWA 4R93A 3VUCA 1XDHA 5P04A 1MERA 1GVVA 3MSJA 3Q6YA 4ER2E 3HDKA 5P5EA 5P8HA 3DJKA 3D91A 5P20A 1XN3A 3SFCA 3L5FA 3WZ7A 1C6YA 5P16A 4L7GA 2BKSA 2G22A 5P37A 3D1YA 1EBYA 5P42A 5HE5A 1EPNE 1W5XA 3CICA 5P88A 2WEDA 5COKA 3OAGB 4Y57A 1HTGA 3OADB 3BXSA 1BAIA 1A8KA 1META 3WSJA 3SM1A 5P5XA 5P0KA 5P1TA 1ODWA 2QD6A 4Y44A 1KJGA 5P3BA 4LXAA 1EC2A 2PSUA 4J0YA 5P77A 5AH7A 5P5NA 2QHCA 4Y6MA 2V16C 1OHRA 4RLDA 5OYQA 3KDCA 3GGXA 1QDMA 3QAAA 2VA5A 3PI5A 1ZJ7A 1K6PA 2IKOA 4YCKA 4COEA 5SZ9A 4X2LA 4EWOA 4Y41A 1SIVA 1FF0C 4DUSA 2V12C 3Q5HA 3NUOA 5P5OA 7UPJA 5P27A 4JPCA 4Y9WA 3RTNA 4Y50A 3MSKA 5OYRA 5P2CA 4CPWA 4OD9B 5P2HA 5BS4A 4PEPA 1B6KA 1KJHA 5P4MA 2QAKA 3INHA 3K1WA 3SACA 4J0VA 3VF5A 3FSMA 4Y3GA 1T7IA 2ZJHA 4XX3A 4Y4JA 4Y4TA 2G1OA 3PWRA 5P6QA 1D4YA 2HS1A 2NPHA 5P84A 4GMIA 4ZIPA 4QJ7A 1IVQA 1GNOA 4DJPA 5P4TA 1TZSA 5OZQA 5P0NA 2G26A 3PBDA 3CIBA 4B72A 5P7JA 5SXNA 4ZPFA 5OYTA 2ZHTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1FMB A;  4YD6 A;  3SO9 A;  5P33 A;  5CON A;  5JOD A;  4DJR A;  4RRN A;  2P83 A;  1LYW B;  3SPK A;  2PWR A;  5P7S A;  4Z50 A;  3I6O A;  3S7L A;  2I4V A;  3CYW A;  2ER9 E;  3QRO A;  5P1G A;  4Y4G A;  3IVI A;  2IQG A;  3NU6 A;  1IVP A;  2NMY A;  2VJ9 A;  4ZSR A;  5P2M A;  4PZW A;  5P8G A;  1QBR A;  4YD5 A;  4K4R A;  1QRP E;  4Y38 A;  2I0D A;  2QK5 A;  2REN A;  5OZ0 A;  5P62 A;  5P4I A;  2AOF A;  2R8N A;  1XE5 A;  4I12 A;  4ER4 E;  3MSL A;  5DQ2 A;  5P3W A;  1LYB A;  5P5T A;  3IND A;  3EL1 A;  1IZE A;  2QP8 A;  5P3I A;  1SBG A;  5DR4 A;  3U71 A;  2HC0 A;  1FMU A;  1HSH A;  2I4Q A;  2OAH A;  1BBS A;  5P34 A;  2XYE A;  1AJV A;  2FS4 A;  3BGC A;  3QVI A;  4A6C A;  3MWS A;  3UQR A;  3F9Q A;  5P5I A;  2B60 A;  3EMY A;  5DQ5 A;  4HE9 A;  4WY6 A;  5P1P A;  5P1S A;  3PLL A;  2H6S A;  4GJ8 A;  2PMA A;  5P1Z A;  5P7D A;  3DV5 A;  4I0H A;  3UQX A;  2QCI A;  2XFJ A;  3RVI A;  4MC6 A;  4AMT A;  4YCT A;  1B5F B;  4DJY A;  2ZJJ A;  5P0X A;  3K4V A;  2ER0 E;  5OZN A;  4B00 A;  5P31 A;  3QVC A;  4D85 A;  1E80 E; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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