5P4IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 207
Total Genus 84
5010015020025030001020304050607080
Genus TraceResidueGenus

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
Loading diagram...

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
3H4 (149-151)EMPTYS1 (3-9)TIV4 (95-98)TI1 (11-14)TIV1 (14-17)TII3 (162-165)AH4 (307-311)S2 (17-23)S7 (84-96)TIV2 (24-27)S3 (28-35)TI10 (219-222)S15 (210-218)TI2 (35-38)S9 (124-127)S4 (41-43)TI5 (79-82)TI3 (45-48)3H1 (50-52)TIV3 (53-56)S8 (99-112)AH1 (114-118)TI6 (119-122)3H2 (61-63)TI4 (64-67)S5 (68-69)TII1 (70-73)S10 (136-137)S6 (74-78)AH2 (144-148)TI9 (190-193)3H3 (131-133)TVIII2 (137-140)TVIb1 (136-139)TVIII3 (152-155)S11 (156-160)TIV5 (170-173)S13 (184-189)S14 (196-204)TIV6 (265-268)TII'1 (204-207)O1 (255-290)S24 (303-305)S16 (225-227)TVIII5 (292-295)TII6 (297-300)AH3 (229-237)TII4 (239-242)S23 (294-296)S17 (243-245)TI11 (245-248)TI12 (246-249)S18 (250-254)TI13 (254-257)TII5 (284-287)S20 (269-273)3H5 (275-278)S21 (279-282)S22 (289-292)TVIII4 (282-285)S25 (314-318)TVIII6 (320-323)S12 (167-171)TI7 (175-178)S26 (324-328)S19 (262-266)Updating...
connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4iA01
5P7XA 7HVPA 5COPA 2WEDA 2ZJHA 5P67A 4D85A 3HAUA 5BWYA 3CIDA 3GGVA 5IS4A 5P6HA 1YT9A 1T7IA 3DV5A 2V13A 2J9KA 2Z4OA 3LIQA 5DQ4A 2B8VA 2R38A 3PI5A 5P35A 4GJ7A 5P47A 5P59A 2HS1A 2FXDA 4GJ5A 1LF2A 5P6TA 5E5JA 3FNSA 3TH9A 5P18A 5P8EA 5OZLA 5P6QA 5P7IA 4I0EA 3ZPTA 5SY2A 1BV9A 4YDFA 4WY6A 2XYFA 3INFA 5OZ6A 5P06A 1EPRE 5P3AA 5P8OA 3BUHA 2B7FA 3OUBA 4ACXA 5DR7A 2AZCA 2IKOA 5P2GA 1PSNA 3ZPSA 5P2AA 4B78A 1BAIA 4A4QA 1BXQA 2ZJJA 3EKWA 5P5DA 3G72A 2O4PA 3OQAA 2O40A 5P2BA 2NMZA 5P53A 4DQCA 3PCWA 4Y5LA 3QRVA 2WECA 3UDPA 5P7WA 1MTBA 5OZMA 2PWCA 3UDRA 1BV7A 3QS1A 4Z50A 4I0JA 3FV3A 2VIJA 5P2IA 4LHHA 3NXEA 2G26A 4LL3A 5JG1A 1TW7A 5P1LA 4Y41A 2HB2A 4Y6MA 5P07A 3PI0A 4J54A 1TCXA 1HXBA 3EL0A 5DQ5A 1BDRA 5P1OA 2AOFA 5P8MA 5P7VA 5P6GA 3LZSA 4Y35A 2BB9A 3UDJA 3D1YA 1HTFA 1PSOE 4FCOA 4XKXA 3PWWA 4Y4DA 5P28A 5P1MA 3INEA 3EKPA 5APRE 1HRNA 5DQ1A 3S53A 2V10C 4OD9B 4RYCA 5P7AA 4R92A 4FE6A 4F74A 1DAZC 2CENA 3I2LA 4R91A 1EBKC 1YM4A 4BFBA 4Y53A 1LF4A 2BBBA 1D4HA 4FRKA 4DFGA 2QCIA 5P8TA 1HOSA 4Y3WA 3GI0A 1B6KA 1FG6C 3RTMA 1Z1HA 5P11A 5P7MA 5AH8A 2FNSA 5P0AA 5P3YA 5P8UA 3WB4A 1OD1A 5OYYA 1G2KA 3URIA 4OBHA 4J1KA 1TSUA 3ZMGA 3OU4A 1K6CA 5P02A 2R3TA 3OHFA 3URJA 1AAQA 2FMBA 1SMRA 3U71A 4DPFA 1BVGA 3K5FA 5P5GA 1ZBGA 1LF3A 3MSKA 3UFNA 3OQFA 2P3DA 5BS4A 5OZPA 1T7JA 5P8AA 1HXWA 5OZGA 4DVFA 4Q1XA 2P3BB 4QJAA 4HDFA 2AIDA 1D4SA 2NTRA 4Y47A 3S54A 4AMTA 3MXDA 5ER2E 5P7TA 1FMUA 3OAGA 1TZSA 3KMXA 5IVRA 1NH0A 4UPJA 5P83A 1Q9PA 3QIHA 5SZ9A 5KQFA 5P3SA 1EPOE 4CPUA 4CPXA 1DIFA 1HVHA 1PPME 4A6BA 5P3DA 2Q55A 1IDBA 4Q5MA 2QI7A 3IN3A 4J1HA 3OUDA 4FIVA 2QI4A 5P37A 1ZJ7A 5P3ZA 5P42A 4Y51A 5P6CA 4AUCA 4YD7A 4YCKA 2OHMA 3NU6A 1T6GA 4J1CA 1T6EX 4IVSA 5P09A 3PSUA 6UPJA 2IENA 4YHQA 1W6IA 1FEJC 5OZ8A 2IGYA 5OYXA 3TPPA 2WKZA 5ENMA 1MEUA 5P81A 4FLGA 5P1AA 4D8CA 1IDAA 4ER4E 5BRYA 5P4LA 3KMYA 3K5DA 1HWRA 2FNTA 2R3WA 4Y36A 3UDNA 1GVWA 2BJUA 3OUCA 5P4WA 5P6YA 1EPPE 1NPWA 5KOQA 2AVVA 3VLAA 1EEDP 2PQZA 2PK6A 1RPIA 3PB5A 1QRPE 5P0SA 5T4SA 1BBSA 3RSXA 5P4KA 4NKKA 1HVCA 3VUCA 5P1FA 1N49A 2RMPA 5P0XA 3TPJA 4BEKA 5P1GA 3HD8A 4RCEA 4YE3A 3CKTA 5P0TA 3T7QA 3QRSA 1A8KA 5P4IA 2VS2A 5HDXA 3UCBA 5EZZA 3O9DA 4B77A 5P3IA 3OK9A 3LITA 2O4NA 5FIVA 1ME6A 1SDVA 3PHVA 4KE1A 5P1QA 5P8VA 5P8HA 5P2SA 5DR0A 3R2FA 3LZUA 3UDKA 1KJFA 4Y3NA 4EPJA 3O9IA 1B11A 5AH9A 5P34A 1CZIE 5OZZA 1KJGA 3O9HA 5P63A 5P0QA 3NR6A 3NDTA 2NPHA 5P66A 2QNNA 3I25A 5P1IA 3KFSA 3CICA 3SACA 1FKNA 3GGAA 4GJAA 2B42A 4HDBA 5P6MA 3OU1A 4ZSQA 1EC3A 5P50A 2P3AA 3CIBA 3VYFA 5P8DA 2PSVA 2XFIA 3VYDA 1B6LA 2HIZA 3KYRA 3QPJA 3UFLA 3G70A 1DMPA 4Y3FA 5P7RA 1HEGE 2I4WA 2IDWA 2WF1A 3EMYA 1NPAA 4ZPFA 4FM7A 3K5CA 3ZLQA 4EJDA 3RSVA 2Q3KA 5P80A 1NSOA 3PJ6A 4OBKA 5P71A 5HDUA 2ZHRA 2PMAA 5P0MA 4RCDA 5P5VA 4DQFA 2WEBA 2FDEA 4FM8A 3OQDA 4Y3AA 5P3HA 5HDZA 5P3VA 5P31A 3NYGA 5DR1A 5P2OA 2G94A 4LC7A 2WJOA 2QI3A 4ZPEA 3S85A 4Y4AA 4EP2A 2PSGA 3SLZA 3OU4B 5P0CA 3NDUA 3PEPA 5P78A 4L1AA 4K4RA 5OYWA 1DP5A 1XL5A 1MRXA 3Q3TA 1IBQA 3PM4A 2AOJA 4U7QA 2QMPA 3GW5A 5P5QA 5IVQA 3EKTA 3UQPA 5P1UA 4OBZB 1QBRA 2AVMA 1K6PA 3ST5A 5P69A 2QU3A 5P8RA 3ER5E 5P5UA 5P7SA 3TL9A 3O9LA 1MPPA 1Z1RA 1IZIA 3S7MA 4CMSA 3ZKXA 5P5ZA 1PSAA 5P0LA 5P2RA 1A30A 2AOIA 5JFPA 3DK1A 5P75A 5P7JA 2QNPA 2QI6A 2ZJMA 5P7BA 3FIVA 3IN4A 5P89A 4RVJA 2IGXA 2APRA 1FMXA 4HE9A 1LYBB 1MSMA 3NUJA 4MC1A 3LNKA 1LS5A 5P3LA 4J1FA 5P87A 5OYSA 3SFCA 5P8PA 3UHLA 3BUGA 4YA8A 2R43A 3PVKA 5P3TA 5P1SA 3VCMA 4TRZA 4Y39A 2I4XA 5P44A 5P0WA 1EC1A 3D91A 4FRJA 3DV1A 3K1WA 5AH6A 3T7PA 4YDGA 2O4SA 1XE6A 5P5JA 5P8LA 5P3PA 3CKRA 1KJHA 5P4JA 5P0YA 3UDYA 5P1EA 4E43A 5P7DA 2R9BA 3A2OA 3LIZA 4CPRA 1LYAB 2WEAA 2BQVA 3BC4A 4DJOA 3QRMA 2OAHA 2NXDA 5P5BA 4KUPA 5P5CA 3ZL7A 5P26A 2PYMA 2I4VA 5OZAA 3OXVA 5P39A 4LBTA 3LIYA 3IVHA 1B6PA 2RKGA 1UPJA 1K2BA 4BELA 3BXRA 1WBKA 2NXLA 4I0HA 1MSNA 5UPJA 4Z22A 5P6SA 4ZE6A 4Y4GA 3QVCA 4Y5BA 5P1PA 4FM6A 4Y4UA 5P5SA 5P0DA 5P24A 5KR0A 5P4RA 5OZHA 1MRWA 4CKUA 5P2DA 2OHPA 1FQ8A 2I4QA 5P5MA 1AJXA 3MXEA 4GMIA 4GIDA 4JOOA 4Y9WA 4FL8A 5P05A 5P48A 3SKGA 1ZSRA 5OZ7A 2VA7A 5P4CA 3JW2A 5P8IA 5OZOA 3FNTA 2VIZA 1MERA 5P6XA 5I3WA 4JECA 2QI0A 5P4FA 5I3XA 4Y3MA 1HTEA 4PZXA 1BWAA 5P2JA 4DUSA 3L3AA 1ZP8A 1K6VA 1UH8A 3C9XA 4NPUA 3TTPA 5JFUA 2PH6A 4XXSA 3NSHA 4DJXA 1ODYA 1FQ6A 2QHYA 5P5PA 2V16C 2FLEA 4RRSA 4LP9A 4ACUA 2I0DA 4OBDA 1LYWA 2WEZA 2G1OA 2OHTA 1D4YA 4DJUA 5P4QA 2J9JB 5P7FA 1SDUA 5P58A 1W6HA 4Y3QA 4PYVA 4QJ9A 3UQXA 3L5FA 5P03A 2PSUA 4B00A 4ZLSA 4YD4A 3BVAA 4EXGA 5P15A 2OHQA 5AH7A 1A9MA 2BPWA 3OUAA 5P2ZA 2BPXA 5P2TA 1HVSA 2WF2A 4H3IA 1B5FA 2Q5KA 4EYRA 5P1HA 3LIXA 4Y4EA 5IE1A 3WB5A 1VIJA 4FS4A 5P6BA 3MWSA 3U7SA 2ASIA 3VSXA 1HTGA 5ER1E 1SIVA 5P4DA 4Y3TA 1B6MA 4RCFA 3SQFA 4Y58A 2AZ9A 4DI2A 4OBGA 5P27A 5OZCA 4OBJA 3VV7A 5P1BA 5P88A 4L1AB 1IZEA 5CLMA 1EPQE 5DPZA 5P55A 5OZRA 5P6UA 1SH9A 5P5IA 1RNEA 2VNNA 3BVBA 3RVIA 2F80A 1EBYA 3IA9A 1EPLE 5ISJA 5KQXA 3INHA 1C6YA 3OQKA 5OZTA 4Y5EA 2G27A 3LPKA 3QI1A 5P5AA 3FX5A 4YD3A 5F00A 5HCOA 4Y43A 1VIKA 3FNUA 1J71A 3NU4A 2XFJA 1TCWA 4FGXA 3MSLA 3OTYA 1SDTA 3KDDA 3G6ZA 3HVGA 3O9AA 4B72A 2O4KA 4R5NA 4DQEA 1EC0A 5OZFA 1LV1A 2PYNA 4MC2A 4OC6A 5P4HA 5P7EA 3O9CA 1YTGA 5I70A 1G0VA 2JJJA 2V00A 3SA3A 3DCRA 3I7EA 5OYTA 1ZPKA 1W5WA 4TRWA 2Q64A 5P3JA 2VNMA 3AUPA 3EL4A 3OXWA 3QN8A 3HBOA 5P3QA 3S45A 3VG1A 2QI5A 5P7KA 3DCKA 3SAAA 3OWNA 3S56A 3LIVA 4U8WA 4XX4A 5SXNA 4B1CA 2AVQA 2VJ9A 4EJ8A 2WL0A 1EBWA 4CP7A 5P72A 1C70A 3NU9A 2R5QA 4GJBA 2NNPA 4FAEA 5P5YA 3PBDA 4I8WA 4RGHA 3KF0A 1HSGA 3OY4A 5P7NA 5P2KA 2BPZA 3FSMA 4R93A 3S43A 1AIDA 1WKRA 3IVIA 2PWRA 5P32A 1F7AA 1YTIA 2I1AA 4J1EA 3MSJA 3QROA 5P54A 3KFRA 1KJ4A 5DR8A 4AA8A 1PPLE 4LXKA 1RQ9A 2P83A 4Y3JA 5P6RA 3HVPA 2UY0A 5P6ZA 5P1JA 2FS4A 4HVPA 5OZJA 5P00A 5P3BA 5AGZA 5P7CA 5P01A 5P5HA 2AOCA 2ZJKA 3R4BA 2VJ6A 2VA6A 4DJQA 5IVTA 5P51A 5P6FA 4FAFA 5OZIA 2P3CA 2PK5A 4J0YA 5OZ1A 3HAWA 2OHUA 5ISKA 5DR4A 3ZPUA 4F73A 5P1DA 3D20A 5P4XA 2WHHA 3URLA 6APRE 3UQUA 4H3GA 5P70A 1MUIA 2G1YA 4DH6A 3TLHA 2JJIA 4TVHA 4I11A 4FSEA 5SY3A 3R1GB 2I4DA 5HCTA 1IZHA 1Z8CA 1ODWA 2WF3A 5P3UA 3EM6A 1E82E 3Q6YA 4X2LA 3APRE 1SIPA 2ZHSA 4LXMA 1APTE 5P43A 3O99A 1ZAPA 4GJCA 4ZSPA 3TPRA 5COOA 3VV6A 3ZKSA 5P0NA 4Y38A 2PH8A 4Y3ZA 5P4OA 3O9GA 5P2XA 1GNNA 5P08A 4B1DA 1XE5A 1PPKE 1OEWA 5P2UA 2ANLA 3UQWA 4H3FA 4K4QA 5P60A 4RYGA 2V11C 5HU1A 4Y5KA 4FRSA 5P5NA 2VJ7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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