5P4IA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 207
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4iA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4iA01
5P7RA 4Y4EA 1E81E 4B05A 4Y3ZA 1KJHA 5P7CA 3RSXA 4APEA 5OYUA 2AOJA 2BQVA 1F7AA 2HPFA 5P1OA 3RTHA 3JVWA 5P4VA 5P3QA 5P5QA 1ZBGA 2PWRA 3BVAA 1CPIA 2JYSA 5AH6A 5P19A 1YTGA 4I0ZA 5P07A 2Z4OA 3KFSA 3URLA 5P4YA 4Y43A 1D4IA 3PVKA 2V00A 1FIVA 1HVSA 7HVPA 4HEGA 5ENMA 5BRYA 4DJYA 5OZLA 5COKA 3KM4A 5P1EA 5P24A 1HXBA 3OY4A 5IVQA 2B42A 4J1CA 5P7TA 5P12A 4DJOA 4EHCA 1HXWA 1YTJA 5P1XA 2QD6A 5APRE 2NR6A 1BILA 5HVPA 5OZAA 5P6JA 4GJ6A 3LITA 5DQ5A 1MSMA 4J1KA 3B80A 5P0SA 3R4BA 4DJWA 2R3TA 1DP5A 2I0DA 1BDQA 4GJ7A 4B78A 4J0TA 5DPZA 2JJIA 4LC7A 3LZVA 5OZSA 5HU1A 5P4UA 1HSGA 5P5TA 5P7FA 5P7EA 3ZOVA 3IXOA 2AOFA 3KMXA 4Y58A 4FM6A 2I4VA 2QMDA 5OZPA 3OK9A 2FDPA 3C9XA 2AZ9A 3PWWA 1K1TA 1LV1A 5P81A 2XYEA 3PCWA 1ME6A 4K9HA 2WEDA 3PHVA 2OHRA 2VS2A 4ZPGA 4QJAA 3OUDB 5P6KA 2IGXA 1YT9A 2FNSA 4N00A 5P66A 3NYGA 1FMUA 4EXGA 5P41A 4I8WA 4J0ZA 1MUIA 4YD7A 5JFPA 3INFA 2NXMA 2QZLA 5P13A 3SA5A 3O9BA 5P3YA 1LYAB 2ZYEA 3ZKXA 3QI1A 4YHQA 3KDBA 5OYXA 1BDLA 5P00A 5P0UA 4JPEA 4AA8A 4Y3QA 2R8NA 5P8GA 5P0FA 2CENA 3UQRA 5P5RA 2ZGAA 2B8LA 3ZKSA 5P2VA 5P0RA 2AVVA 3VCMA 3R2FA 1FEJC 4HVPA 4OD9B 4EJKA 4Y48A 4EXHA 4Y9WA 4EJDA 5P2BA 4DQFA 1KJ7A 5TOLA 4IVTA 3U6AA 5P17A 5C9DA 3ECGA 4M8YA 5P22A 3GGAA 3UF3A 3BVBA 1IZDA 3SA3A 5P1TA 5DR1A 1GVTA 4LL3A 4J0VA 2I4QA 3S7LA 3INEA 4J1FA 1C6XA 2WEAA 3NU6A 1APVE 1BV7A 4JOOA 5KR0A 4I8ZA 2XFIA 2WL0A 2HC0A 3QN8A 5P02A 3OUBA 4RLDA 5P2RA 3OXCA 5P45A 5P88A 1HTRB 2QU3A 2ZHTA 3WZ7A 3FIVA 1HWRA 4KE1A 3SM2A 3VUCA 4Y5AA 4BFBA 1VIKA 3NDXA 5HCTA 4TVGA 5OYZA 4BEKA 4EQ0A 1YM4A 5P5ZA 3HZCA 3D1YA 5P6NA 3OUDA 3EC0A 1FQ6A 4Y5KA 4Y4AA 5P0NA 2R43A 2P83A 2F8GA 3D20A 4EP3A 1LYAA 5OYSA 2V0ZC 2RKGA 4YBIA 1A94A 2ER9E 2VIJA 3LZSA 3BUGA 3EL5A 1B6JA 2PK5A 4Y3FA 4DH6A 4L7JA 5KR1A 5P0EA 3I6OA 2HB3A 4OBFA 5OZUA 1EC0A 1HEGE 3EKVA 3QAAA 5P0OA 1FF0C 2CEJA 5P44A 2QAKA 3OGPA 3EL4A 1HVKA 2FLEA 4OD9A 3OQDA 1W5XA 3ER3E 5OZXA 5OZEA 4RCDA 2BPXA 1HBVA 2FGVA 2QD8A 3TPJA 4R8YA 4Y51A 5P54A 1HIIA 2IGYA 4PPHA 2O4LA 1PSAA 5I3WA 3QBFA 2BPVA 1TCXA 1HTGA 5P5WA 3EKXA 5P2YA 3KF0A 3KMYA 5P06A 5P5YA 5P69A 3ZKNA 5P14A 3OTYA 1BWBA 2PSVA 3D91A 3PI5A 4ACXA 3QS1A 1HIHA 1G35A 4ZSMA 3LIQA 4HE9A 4Y3RA 3SA7A 1APTE 2IEOA 3IVHA 3GI0A 3N3IA 1HRNA 1EC1A 5P3GA 5P8KA 1EBZA 1T6EX 1FGCC 4H3GA 4K4PA 2WF4A 3QRMA 3HDKA 1EBWA 5P26A 2RENA 1W5VA 1IZHA 1QRPE 2AOGA 3QROA 4B77A 5P1ZA 3VYDA 4J0PA 3WSJA 1EPPE 5P1YA 1RV7A 4FRSA 2AVQA 4Z22A 2G22A 2F3FA 5OZ3A 4Y3AA 4F75A 5P4GA 3TLHA 3O9GA 4J0YA 1UPJA 2G1SA 2VJ6A 5DQ4A 2AOCA 3VYFA 1TSUA 3DUYA 3ER5E 3U7SA 1Z1RA 3RTMA 4Y4UA 1B11A 3URJA 5OZTA 5P7WA 5P70A 3ZPUA 4NPUA 1FMBA 5P32A 3TKGA 3OTSA 5P20A 3SABA 1SMRA 3O9HA 5P3HA 5P6QA 1W5YA 5P1KA 1HTEA 3UPJA 3GI5A 3UDJA 3EM4A 4ER4E 4GIDA 5P0GA 4A6CA 4Y4BA 1OHRA 4DPFA 1KZKA 5P3TA 3TOFA 1LZQA 5P5VA 2PH8A 2I4DA 5COPA 3OXVA 1GNNA 3NU4A 1AZ5A 5P09A 3KA2A 3NWXA 1QS8A 1BAIA 4OBHA 5P6ZA 1FFIC 3KDDA 4RVXA 5SY3A 4GJCA 4FM8A 2O4SA 3PCZA 4DJQA 3I2LA 5OZ7A 5P51A 5P2UA 1HPVA 4EP2A 2FXDA 4CPWA 5OZ5A 5P6SA 5EZXA 5AHCA 3PSYA 4I0EA 2J9JB 3KDCA 2WF0A 5P4QA 3VLAA 1N49A 2HB2A 2H6SA 2HPEA 3DM6A 3I25A 2XFJA 4K4RA 1RQ9A 5P25A 4Z2ZA 5OZBA 3LIVA 5P5KA 5P6EA 5COOA 3TKWA 5HDZA 4RRNA 4Y44A 3UHLA 1C70A 5P3AA 4Z50A 1EC2A 2P4JA 2EWYA 3UDYA 5P1SA 5BS4A 5P5CA 2QZKA 2F81A 5E5KA 1SDVA 4R93A 4WY1A 5P2EA 3SLZA 5DGWA 3UDPA 1PSNA 3L5DA 5P3CA 2HB4A 1DMPA 2B7ZA 2WEBA 5P0ZA 3LHGA 5DQ2A 2G1OA 5P80A 2F3EA 5AH7A 3INDA 4MC1A 4DQHA 4J5JA 3K5FA 4RZ1A 3T6IA 5JFUA 1SIPA 4K8SA 3ZMGA 3NR6A 4JP9A 4PHVA 4I0DA 1CMSA 4MC2A 2ASIA 4QJ7A 5OYQA 3K5DA 2Q11A 4Y4TA 1W6IA 3FX5A 4MC9A 5DR8A 3CICA 3SKGA 1SBGA 5P2HA 3OU4B 2IS0A 2RKFA 5P3DA 3AIDA 5ENKA 5FIVA 1IDAA 4XKXA 5P78A 2IQGA 2ZHRA 5P8EA 5P1GA 2PK6A 5P0JA 2Q64A 3H5BA 3UQXA 1MEUA 4A4QA 5B18A 5P2GA 3OADB 2NNKA 2RSPA 5OZRA 5P8CA 5P77A 4D85A 4DI2A 5P7IA 3BHEA 2J9JA 3JW2A 1IZIA 1LS5A 4FM7A 4YOBA 5P4RA 2FDEA 5P5FA 4XX4A 3ZKGA 3OQ7A 5P6BA 1W6HA 5P3XA 3UQUA 4FRJA 4U7VA 1PFZA 5DR4A 3MXDA 4ZPEA 3UQWA 5P16A 3U71A 5P03A 1EPNE 1QBTA 4B00A 4RCFA 3GGUA 3VFBA 3N4LA 3NXNA 3S85A 5OZ2A 5P5SA 4Q5MA 5ISJA 5P1JA 1XN3A 5IVRA 3EKPA 2QD7A 3L5FA 1TSQA 4Y3TA 1M0BA 3VF7A 2VA5A 4CPUA 2H6TA 4LXMA 5P4KA 4Y4GA 5P65A 4M8XA 1D4JA 3LPKA 3SPKA 3CKTA 5OZIA 5P1DA 5P42A 3PM4A 3AUPA 2BPZA 4UPJA 5AH9A 4R92A 5P8LA 2B8VA 4OBDA 3S53A 5P8OA 4COEA 3L5CA 4ZPFA 4Y37A 3OU4A 2QI6A 5P1QA 4KB9A 5AHBA 5P7SA 3OOTA 5P6AA 4AZYA 2OHLA 4FS4A 3QPJA 2I4UA 1BBSA 4Z4XA 5P05A 5P5NA 2ER7E 3O9EA 2NPHA 2HM1A 5P1IA 5P33A 1MVPA 3MSLA 3OADA 5P0CA 5P2QA 3O9CA 5P7AA 4FGXA 4RVJA 1G2KA 1KJ4A 1ZJ7A 1WKRA 2IKUA 2QI5A 1FKNA 5P8RA 2PYMA 4Y3LA 5P0XA 4H3FA 1PPKE 1K6TA 3LPJA 1YG9A 5P74A 4AMTA 4I11A 5P3PA 4Y5LA 3GGXA 4DJPA 1HPOA 2AZ8A 2J9KA 3TOGA 1SGZA 5P7KA 1SGUA 1META 2Q54A 1FQ4A 2AVOA 1G0VA 2R5QA 3TL9A 2BJUA 2V12C 2QNPA 5P7OA 4FLGA 1EC3A 4Y54A 3KYRA 4FAEA 4HDBA 5P8BA 2ER6E 3CMSA 5P7QA 3NDTA 4WY6A 4BELA 5DR7A 4YD3A 3T11A 4B0QA 5IS4A 5P1PA 5P6FA 3BUHA 1T6GA 3NDWA 4YCYA 4ZIPA 5P3KA 5P4LA 5UPJA 5P0VA 1E5OE 2JE4A 2VJ9A 2BKTA 5P7ZA 1HVHA 4AUCA 1K6PA 3GI6A 4PYVA 1HVIA 3SA4A 4Y3DA 2PSGA 1MIQA 1MRWA 5P4TA 5OZGA 4DQEA 4Y39A 5DQ1A 5OZDA 3PWMA 4J1EA 4D88A 5P0IA 2OAHA 5P8SA 3G70A 8HVPA 2IKOA 5P29A 1W50A 1T3RA 5P0LA 1D4SA 3EKWA 5P6GA 5P2CA 1MERA 1C6ZA 4I0GA 4EYRA 1SMEA 3EL1A 4XX3A 2G94A 4OBJA 3VSXA 3QP0A 3PLDA 3INHA 1FQ8A 3S2OA 2VIEA 2G1RA 2Q3KA 5KAOA 5P2KA 4CMSA 3K4VA 1EBYA 2OHKA 1NPVA 4Y5CA 2AZCA 2O4PA 2QZXA 4GJBA 5P46A 1M43A 5P4FA 1OEWA 1XDHA 3VV6A 1W5WA 5ER1E 1Z1HA 3BC4A 5P55A 3MSJA 1B6PA 2P3CA 3ZLQA 1M4HA 3IXJA 2FS4A 1DW6C 4GJ9A 5P0AA 2G27A 5JG1A 3OWNA 1IVPA 1BV9A 5P85A 4IVSA 2OHQA 2ZHUA 2O4KA 1PSOE 1B6MA 3BUFA 1K2BA 3Q70A 3VF5A 4Y3XA 5P18A 5AHAA 5ISKA 3KFPA 4APRE 3VFAA 4RRSA 5P57A 4Y3GA 1D4LA 1GVVA 5OZZA 2VKMA 3L59A 2G69A 2I4WA 4YE3A 3R1GB 5P5EA 2F80A 1BIMA 4QJ6A 5P2IA 4DJVA 4FE6A 1DPJA 1LYBB 5P86A 3Q5HA 2NTRA 5DQCA 2CEMA 1GVXA 2OHUA 1GVWA 5OZOA 5P4AA 4BFDA 5P7VA 4J1IA 6FIVA 5P79A 5P8UA 3QBHA 3HBOA 5P6LA 5P4MA 2I1AA 5P68A 5OYRA 5P6TA 3EKTA 4EPJA 1K6VA 5P5GA 2MIPA 5P6OA 4LAPA 4Y36A 5P3IA 4GB2A 1ER8E 5P8IA 3FNSA 4Y53A 4LP9A 1AXAA 1APWE 1WBKA 4Q1YA 2AVMA 3CIBA 2ZHVA 5P30A 4CPQA 3FV3A 3NUJA 5P4NA 5P7DA 5OZKA 4J17A 3H0BA 2P8HA 4I0HA 5P62A 4L1AB 1EBKC 5P5BA 5P3RA 2V13A 4Y4XA 5P50A 1AJVA 4X7IA 3LINA 4X2LA 4Y5MA 5P37A 4I10A 5P6YA 4TRWA 5P4DA 1GNOA 2PSUA 5P75A 4FRKA 4HLAA 2QI7A 5HE7A 2IRZA 4HDFA 5P4JA 2G26A 4QJ8A 4LBTA 2PMAA 5P23A 1AIDA 3FNUA 5P1UA 1FFFC 3BGCA 4U8WA 4TRZA 1HIVA 2WEZA 5HDXA 1LF3A 1K6CA 2WF1A 1B6LA 1FLHA 1EEDP 2OHNA 2NXDA 5P8MA 3VYEA 3WB4A 3GI4A 2G1NA 5P6WA 2QZWA 5P2XA 1QBSA 3OAGB 5P0TA 3EL0A 5P58A 4DUSA 2AODA 4Y56A 5P53A 3UQPA 5HE5A 1LYBA 2G21A 4Y3EA 2O40A 1SDTA 1ZP8A 3O9DA 5P0HA 5P8HA 5KQYA 4LXAA 5F00A 3T7XA 3IXKA 5P3VA 2B60A 3SA9A 3RVIA 2QI3A 1EPME 2HAHA 3OXWA 4Y5PA 5OZFA 5IVTA 1LF4A 4NPTA 3PJ6A 5P0YA 1MESA 2FGUA 4DVFA 1BXQA 4R95A 5P8DA 5P4BA 4Y3WA 4B72A 4F73A 2BKSA 3OHHA 5P6DA 3L3AA 4JECA 2AOEA 4L1AA 3UDMA 1UH7A 4OBZB 4ZEAA 5P2ZA 3OOZA 2AZBA 4GJDA 5P1CA 5P3WA 2Q5KA 4GJAA 3PMYA 3T7QA 2FNTA 4E43A 1WBMA 3SA8A 2AQUA 5P3JA 5OYYA 4DQBA 3T7PA 4YD5A 4DV9A 4DQCA 5SZ9A 3VV7A 5CONA 4Y57A 2PH6A 3ZL7A 2P3BB 1FMXA 5P0WA 5P72A 3IVIA 4ZSRA 2OF0A 4YDGA 3UFNA 4R5NA 2ER0E 5P36A 5P0PA 5OZWA 5P5OA 5P63A 5P76A 1MPPA 2XYFA 5P04A 3NSHA 3UTLA 3QRSA 1YM2A 2P3DA 1XS7D 1HSHA 1K1UA 2ZJHA 3RTNA 5P1NA 4TRYA 1FQXA 3PWRA 3KFNA 2R5PA 1TQFA 3D1ZA 4QJ9A 5C9FA 3DK1A 1HOSA 3BXSA 1HPSA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7R A;  4Y4E A;  1E81 E;  4B05 A;  4Y3Z A;  1KJH A;  5P7C A;  3RSX A;  4APE A;  5OYU A;  2AOJ A;  2BQV A;  1F7A A;  2HPF A;  5P1O A;  3RTH A;  3JVW A;  5P4V A;  5P3Q A;  5P5Q A;  1ZBG A;  2PWR A;  3BVA A;  1CPI A;  2JYS A;  5AH6 A;  5P19 A;  1YTG A;  4I0Z A;  5P07 A;  2Z4O A;  3KFS A;  3URL A;  5P4Y A;  4Y43 A;  1D4I A;  3PVK A;  2V00 A;  1FIV A;  1HVS A;  7HVP A;  4HEG A;  5ENM A;  5BRY A;  4DJY A;  5OZL A;  5COK A;  3KM4 A;  5P1E A;  5P24 A;  1HXB A;  3OY4 A;  5IVQ A;  2B42 A;  4J1C A;  5P7T A;  5P12 A;  4DJO A;  4EHC A;  1HXW A;  1YTJ A;  5P1X A;  2QD6 A;  5APR E;  2NR6 A;  1BIL A;  5HVP A;  5OZA A;  5P6J A;  4GJ6 A;  3LIT A;  5DQ5 A;  1MSM A;  4J1K A;  3B80 A;  5P0S A;  3R4B A;  4DJW A;  2R3T A;  1DP5 A;  2I0D A;  1BDQ A;  4GJ7 A;  4B78 A;  4J0T A;  5DPZ A;  2JJI A;  4LC7 A;  3LZV A;  5OZS A;  5HU1 A;  5P4U A;  1HSG A;  5P5T A;  5P7F A;  5P7E A;  3ZOV A;  3IXO A;  2AOF A;  3KMX A;  4Y58 A;  4FM6 A;  2I4V A;  2QMD A;  5OZP A;  3OK9 A;  2FDP A;  3C9X A;  2AZ9 A;  3PWW A;  1K1T A;  1LV1 A;  5P81 A;  2XYE A;  3PCW A;  1ME6 A;  4K9H A;  2WED A;  3PHV A;  2OHR A;  2VS2 A;  4ZPG A;  4QJA A;  3OUD B;  5P6K A;  2IGX A;  1YT9 A;  2FNS A;  4N00 A;  5P66 A;  3NYG A;  1FMU A;  4EXG A;  5P41 A;  4I8W A;  4J0Z A;  1MUI A;  4YD7 A;  5JFP A;  3INF A;  2NXM A;  2QZL A;  5P13 A;  3SA5 A;  3O9B A;  5P3Y A;  1LYA B;  2ZYE A;  3ZKX A;  3QI1 A;  4YHQ A;  3KDB A;  5OYX A;  1BDL A;  5P00 A;  5P0U A;  4JPE A;  4AA8 A;  4Y3Q A;  2R8N A;  5P8G A;  5P0F A;  2CEN A;  3UQR A;  5P5R A;  2ZGA A;  2B8L A;  3ZKS A;  5P2V A;  5P0R A;  2AVV A;  3VCM A;  3R2F A;  1FEJ C;  4HVP A;  4OD9 B;  4EJK A;  4Y48 A;  4EXH A;  4Y9W A;  4EJD A;  5P2B A;  4DQF A;  1KJ7 A;  5TOL A;  4IVT A;  3U6A A;  5P17 A;  5C9D A;  3ECG A;  4M8Y A;  5P22 A;  3GGA A;  3UF3 A;  3BVB A;  1IZD A;  3SA3 A;  5P1T A;  5DR1 A;  1GVT A;  4LL3 A;  4J0V A;  2I4Q A;  3S7L A;  3INE A;  4J1F A;  1C6X A;  2WEA A;  3NU6 A;  1APV E;  1BV7 A;  4JOO A;  5KR0 A;  4I8Z A;  2XFI A;  2WL0 A;  2HC0 A;  3QN8 A;  5P02 A;  3OUB A;  4RLD A;  5P2R A;  3OXC A;  5P45 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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