5P4J | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__1166891720667826__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__1166891720667826__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P4J/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__1166891720667826__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"1166891720667826","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P4J/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__1166891720667826__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0192eebcdc1fe050fc7e3e/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0192eebcdc1fe050fc7e3e/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0192eebcdc1fe050fc7e3e/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0192eebcdc1fe050fc7e3e/pdb.gz): 1028 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p4jA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p4jA01

3M9FA 1IZEA 5P2ZA 3VG1A 1B6PA 5P0KA 2APRA 2HB3A 1FQ8A 2HPFA 4K4PA 1NSOA 2JJJA 4QJ8A 5ENKA 5P0QA 2OHNA 2G1OA 3S53A 4EXGA 2JYSA 3TOFA 1MSNA 3BUFA 2AVVA 5P0ZA 4JPCA 5P4KA 4Q1WA 3O9CA 4F74A 5P2JA 5P61A 3SA8A 4CPRA 3EL9A 5P37A 4X7IA 5P54A 4FRKA 3PBDA 1ZTZA 5E5JA 3APPA 5C9BA 5P52A 3AIDA 3O9LA 3RTHA 1QBRA 2NTRA 4DPIA 3ZKIA 4B1CA 4U7VA 3U71A 5P26A 4JPEA 1MVPA 4LBTA 2FNSA 3SPKA 1YM2A 1HVSA 4Y5LA 4R95A 2VIEA 4JECA 2PMAA 5OZUA 4LXKA 5P5YA 4I0JA 2QAKA 2ER0E 4L1AB 2HAHA 3QVCA 5HCOA 2XFIA 1MPPA 2BPVA 3HVPA 3OU4B 4HVPA 2AOIA 2MIPA 5P05A 3SA5A 5P4MA 4JOOA 4TVHA 5P78A 1FF0C 1KZKA 1TCXA 3L59A 5P6GA 4Y47A 5P64A 1HVRA 5C9FA 3U6AA 5OZIA 4D83A 5P43A 1HPVA 5DQ1A 5TOLA 2V13A 5CONA 1FKNA 5HTZA 5P3AA 5PEPA 3IXOA 2QU2A 4HDFA 3EKYA 1AZ5A 4K4RA 3NR6A 5P2XA 4J17A 5P8RA 4HA5A 3GI5A 2IS0A 2OHLA 3MWSA 4Y9WA 5P7NA 1HEFE 5P31A 5P0TA 1XL5A 3SA6A 5P5RA 1HVHA 4RROA 3IXKA 3UDPA 5OYWA 4FM6A 5P5TA 3SKFA 1K2BA 3L5CA 5P73A 3INFA 4YCTA 4B00A 4GJBA 4AZYA 4ZEAA 1MTBA 4DV9A 4J1CA 4KUPA 4EP3A 4UPJA 3ZPSA 4R8YA 2V12C 2G24A 4Y5CA 3UQXA 3ER3E 4R5NA 3PCZA 3BUGA 1APTE 5P6TA 5KR0A 2B8LA 2AVQA 2QNPA 4DUSA 4QJ7A 2IRZA 2VA5A 1IZIA 1SDUA 4Y5BA 5P5GA 1K6PA 2ZJJA 3HVGA 4Y3MA 5P45A 4Y3TA 2Z4OA 4H1EA 5P8CA 3UTLA 2P3AA 3BVAA 4R93A 2SAMA 1PSOE 4J1FA 5KQXA 4I0ZA 1OD1A 3K5DA 3OQFA 4Y54A 5P4NA 7UPJA 5P4ZA 3UDJA 2VA7A 4EYRA 4LP9A 5P2FA 3SO9A 1XS7D 2PH8A 1E82E 5P4DA 3IVHA 2V00A 5P0WA 4A6BA 4YD6A 4I8ZA 5P7RA 5DR3A 2I4UA 6FIVA 3QN8A 5P01A 5KQYA 5P89A 2Z54A 3UDYA 1WBKA 5AHAA 4YDFA 3DM6A 4EHCA 3BHEA 3OOZA 3T7XA 3Q70A 5P2DA 3VV6A 5P6VA 5DR1A 5P8DA 2AOFA 1LEEA 2QHZA 5OZJA 5P3QA 1EEDP 5P0RA 1YTIA 3UQPA 3NXEA 3KFNA 2AZCA 1ZBGA 1T7KA 3DV1A 2HS2A 3QVIA 5P82A 3KT5A 3RSVA 5P4PA 1DMPA 2FLEA 3BGCA 1HSGA 2ER7E 3QS1A 4GJ5A 5P1LA 2BQVA 5DR4A 5P1TA 4EJDA 4Y37A 5I3WA 5P5EA 5P3ZA 2NR6A 2IQGA 1G35A 4Y3YA 4DI2A 5IVRA 4L1AA 3HD8A 5P7PA 5P3LA 2VS2A 4S1GA 2IDWA 2PK5A 2JJIA 4CPSA 4EPJA 5KQZA 3IAWA 4EWOA 3EM3A 1ODYA 3BXRA 1M43A 2G20A 5P51A 1ME6A 1EBYA 3PMUA 2NXDA 2Q15A 4Y3QA 1AXAA 3KMXA 5EZXA 3VFAA 3NU3A 4CP7A 5P4LA 1M0BA 5P0XA 2O4KA 4J1EA 4GJAA 1ER8E 1SP5A 2ER9E 4FM8A 3KYRA 3VF3A 2ASIA 3OQAA 2QZWA 1YTJA 3OQDA 5P3BA 3WB5A 3EL0A 4DPFA 4HDBA 4Y3HA 1FMBA 5OZDA 1EPRE 5P1IA 3SLZA 4DJXA 2IENA 2AOHA 2Q5KA 3OU3A 3Q5HA 2G21A 5P6LA 2QMGA 4OBGA 5AHBA 2QHCA 2P4JA 2R5QA 4XX3A 5P0NA 5P24A 3WZ8A 3L5DA 4PZXA 3PSUA 1META 1PROA 5OZGA 3LNKA 4J55A 3FNUA 3ST5A 2QI7A 1ZP8A 3MSLA 5P15A 5P28A 4RLDA 6UPJA 2O4PA 5P2KA 3OUDB 1E80E 3VEUA 1YM4A 1TSQA 5P2WA 5OZ3A 4YDGA 4H3IA 4GMIA 4J0TA 2UPJA 1ZPAA 3TPLA 5P7CA 5OZOA 5P5XA 1B6KA 1VIJA 5P44A 5P75A 2I0DA 2NNKA 5OZ9A 5P4CA 4Y5KA 4FSLA 1YTGA 5P6JA 4LXAA 3O9FA 5AH8A 2BPXA 3INHA 5I70A 5OZ8A 3GGXA 1BWBA 4KB9A 1SGZA 2CENA 2VA6A 5P16A 4B1DA 4J1HA 1CMSA 4GB2A 4QJ2A 2ZHSA 1A94A 4RCEA 1D4JA 3O9IA 4PPHA 1QBSA 5P23A 5IVSA 5P3KA 5P2SA 4OBHA 4AUCA 4GJDA 2CEMA 3CYWA 5JG1A 4DQBA 5P8EA 4MC2A 4Y3GA 4B78A 5P6BA 5P0EA 5P7OA 1HPOA 5P56A 1Z1RA 2BKTA 1W6HA 1GVXA 1OHRA 3WZ7A 3TTPA 4NJVA 1CPIA 5DQCA 1FMXA 3NYGA 4FE6A 2G22A 3VV8A 4D88A 4FL8A 5P10A 5P7KA 5P7YA 4ZLSA 2ZJHA 1PFZA 3FKTA 4I1CA 4R92A 3EMYA 5P7WA 5OZ1A 3IA9A 5P8BA 5P5WA 4I11A 4XKXA 4HZTA 4ZIPA 1RQ9A 1D4LA 3QRSA 3ZPUA 3VLBA 2WL0A 3G70A 3OHHA 1BVEA 1KJGA 3OADA 5F01A 3SA3A 1HVKA 2H6TA 4GJ8A 4J0YA 5HE4A 3HAUA 3L38A 5OZBA 5P3TA 3SM2A 3I6OA 2QD8A 1EBWA 3NUJA 3LZSA 3NU4A 1PPKE 4I0HA 5P2AA 1LYWB 2FS4A 5P3YA 3RU1A 5P00A 4L7GA 3D1YA 4ACUA 1Z8CA 2ZHRA 1W5YA 5ER1E 1EBKC 4ER1E 3UQWA 1GVWA 1IDBA 1APWE 2RENA 1QRPE 2FNTA 5P60A 4EQ0A 1GVTA 5P6XA 5P1VA 5P46A 5JFUA 1YG9A 5P1RA 3SACA 3INEA 3PLLA 1FIVA 5AH7A 5P3OA 5P8QA 4D89A 3SA9A 1KJ7A 1Q9PA 3NU5A 5OYQA 3FV3A 3SAAA 1B5FB 4R91A 1SMRA 5P8HA 4ZPGA 1OEXA 2AOEA 2HPEA 2B7ZA 2QI5A 3OUCA 3OAGB 1GVUA 2HIZA 1BXOA 2ZJIA 4Y4JA 5COPA 3CIBA 3PHVA 5P8LA 2PSVA 3KT2A 5P06A 3G72A 1BDQA 2RKGA 2VJ9A 9HVPA 2VNMA 1W5VA 5P20A 4Y35A 1AIDA 5P7EA 1NPWA 1BAIA 4Y39A 4Y57A 3S2OA 4MC9A 3WB4A 1HOSA 4Y36A 3LIYA 3S8IA 3HAWA 3LPKA 5OYYA 5P57A 5P17A 1Z1HA 5P74A 3B80A 5BS4A 3JVYA 3VF5A 4Z4XA 2ZDZA 4ZSQA 1W51A 3L5BA 1DPJA 4ZSMA 2VKMA 5P2UA 2QI0A 2AQUA 2OHSA 4DQHA 4OC6A 1ZPKA 3GGVA 5P59A 5P2LA 3NWQA 4YOBA 5P8JA 3TPRA 2OHKA 2R3WA 2B60A 3NDWA 4Y3PA 1HTEA 5P7GA 5P3FA 2FGUA 4Y5EA 2ZGAA 1B6JA 3PJ6A 1EPPE 3TKGA 4DJUA 4OD9B 5P30A 1FMUA 4DQGA 3IGBA 4Y3LA 1K6CA 5P81A 1M4HA 3KF0A 3DK1A 1WKRA 5OZNA 3N3IA 1HTGA 3CICA 2XYFA 5P0GA 3ZKMA 2Q63A 4QJ9A 2VIZA 3LIZA 3OWNA 4X2LA 1F7AA 1EC1A 2QP8A 3EKWA 5HDXA 5P6FA 4DQFA 2R38A 5OYRA 2WF0A 5P8FA 4DJWA 5ISKA 1HIVA 2AVOA 2BJUA 5P8VA 5OZRA 4IVSA 1AJXA 4GJ6A 4Y4DA 2FXDA 1PPLE 3GI0A 4Y53A 1HXWA 3D1ZA 2RKFA 5P58A 1BV7A 2PSGA 3CMSA 4K8SA 4A6CA 2EWYA 4HLAA 2BPWA 4YA8A 5COOA 5IE1A 5P6NA 3PSGA 2VJ7A 5P27A 3PWWA 3SM1A 5OZ5A 4RYCA 4LC7A 5P2RA 4Y3FA 3EM6A 5P62A 3MSJA 4Y3SA 1TW7A 5P88A 5P7TA 5P0UA 1HEGE 5P2VA 5KR8A 4OBDA 5P4QA 5P1KA 3O9AA 2QU3A 5OZ0A 5P5SA 4Y5MA 2QD7A 1XL2A 5ISJA 2FGVA 1LYWA 4DJPA 4J54A 5P3MA 4LHHA 1BILA 1D4YA 4ZPEA 5P09A 1DW6C 1T7JA 4Y44A 1LZQA 3NLSA 1XE5A 1DAZC 3PMYA 2NNPA 4RZ1A 4Y4WA 5P3CA 4B72A 4N00A 4ZSRA 3L5FA 5OZTA 2QNNA 3TH9A 3GI4A 1IZHA 4L7JA 4Y5GA 5P5BA 2G69A 4I8WA 1GNMA 3EKPA 5OYSA 5HCTA 3KA2A 5P2EA 5P7DA 2VNNA 1MT9A 2H6SA 5OZHA 4DFGA 4HEGA 4FAEA 5P08A 5P1NA 5OZFA 2XYEA 4DJRA 4PEPA 2O4LA 2J9KA 5P6IA 1HTFA 5OYZA 4LL3A 2BB9A 5P87A 1HWRA 3OQKA 4Y56A 3S54A 5B18A 4TRZA 5DPZA 3ZKQA 3IN4A 5P0HA 1SDVA 5P03A 2B7FA 3RTMA 3UFNA 4Y3JA 4YBFA 2QCIA 2UXZA 2QNQA 4Y3DA 5P3GA 4NPUA 4FS4A 1OEWA 5ER2E 2OHMA 2G26A 3FNTA 1MIQA 2I1AA 3NSHA 5P5FA 1G2KA 1LYBB 1T7IA 4GJ7A 4Y3ZA 1N49A 3EC0A 5AHCA 5P5ZA 5P6CA 4Y4GA 5IVQA 5P0IA 4TRYA 3JW2A 3PRSA 2WJOA 4Z50A 5P3EA 4H3JA 4FM7A 4Y6MA 2F80A 4EJ8A 1NH0A 3LPJA 3UDQA 4D85A 3A2OA 3ZKXA 4NPTA 1AAQA 4DJOA 3IXJA 5P1YA 3GGUA 1LV1A 5P7ZA 3URIA 5P13A 4Q1YA 1YX9A 3D20A 5P6RA 4ER4E 3NU9A 5P6HA 2F8GA 3C9XA 1EPME 5P6ZA 2IKOA 5P04A 5P1AA 2PYMA 3TPJA 3UQUA 5JFPA 3OU4A 5P50A 5P34A 3K5CA 4Y5AA 5C9DA 3VF7A 2V11C 1WBMA 4Q1XA 3WZ6A 1G6LA 3ER5E 5FIVA 5P3HA 1DIFA 5AH9A 4QJAA 1FQ5A 4WY6A 1LYAB 5BWYA 3QIHA 3B7VA 3DOXA 1BDRA 5E5KA 1EPQE 4FRSA 3T11A 5I3VA 2QI4A 1HVCA 4RCDA 3UFLA 5P0LA 5J25A 3BUHA 1LS5A 5P29A 2BPZA 1PSNA 4Y5PA 3PM4A 4L7HA 5P1BA 5P69A 4D8CA 3OU1B 5OYTA 3NUOA 5OZ2A 5OZQA 4Y3EA 3TL9A 4YD3A 5P4EA 3INDA 2I0AA 4NKKA 1A30A 4B1EA 1FFIC 3OXXA 5P1FA 5P67A 5OZPA 3NXNA 4H3FA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P4JA

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

Chord Diagram

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