5P4LA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 210
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4lA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4lA01
2G24A 4J1KA 5P30A 4QJ7A 4IVSA 4Y3GA 5P1IA 1ZBGA 3F9QA 3PM4A 2WF1A 5P6XA 5P0GA 1FF0C 4GMIA 5P6YA 2H6TA 1YTHA 3VYFA 5P6JA 4RCFA 4J0TA 4DH6A 4DJUA 5P56A 4Y3TA 3ZLQA 3TPRA 5OZQA 3BVAA 4ZE6A 3LINA 1D4JA 4KB9A 1MSMA 5P0QA 2AOCA 2PH6A 4CP7A 3KDDA 2A1EA 2PMAA 3LITA 1AJVA 1HPVA 5SY2A 5P7OA 4RCEA 3I2LA 3DV1A 1LF4A 4JPCA 3TTPA 1W50A 5P6WA 5SZ9A 4PZXA 5HE7A 5B18A 4ZEAA 2Q55A 2BBBA 2BPXA 3TNEA 3S45A 3K5DA 5P47A 5P0NA 5P4WA 4CPXA 4Y4AA 2OHLA 2OF0A 3VV8A 2B7FA 4OC6B 1GVXA 5P65A 2QMGA 1KJFA 1HTFA 5EZZA 4Y56A 2QZKA 3FNTA 4DQEA 2Q63A 5OZOA 4I8WA 1DPJA 1SH9A 3TOFA 5P5EA 4TRZA 3VF3A 3C9XA 4GJ7A 3NDXA 4FCOA 4M8XA 4Y5LA 3S53A 5P4FA 3GW5A 4LAPA 2P3BA 2J9JB 2V0ZC 5KR0A 1YT9A 3HZCA 4OBHA 2AQUA 3HBOA 3NLSA 4PPHA 4RVJA 3APRE 2G1SA 2I4VA 5P25A 1IDAA 1B6LA 1WBKA 3APPA 3OQFA 5P69A 2G1OA 5P1XA 4OBZA 1QBSA 4ER1E 1RNEA 5P3KA 4Y5AA 3UDYA 2V11C 5P5TA 4Q1XA 2QCIA 1C6YA 2NXLA 5DR7A 2HIZA 3BVBA 1FB7A 3PI5A 4I0GA 4M8YA 5P5CA 3ZKIA 4H3FA 3QRSA 2PK6A 2VJ9A 5OYQA 5P3PA 3PBZA 3IXJA 4FM7A 3NXEA 5P0KA 3PGIA 5BS4A 5P5VA 3L5CA 2O40A 1B6PA 3S43A 3CICA 5ER1E 3D3TA 3NDWA 2AVVA 5P0XA 5P5LA 1W5XA 3G6ZA 5P4OA 4Y35A 3CYXA 5P05A 3LIYA 1KJ4A 4H3GA 2VNMA 5P71A 5P86A 1ZSRA 3SM2A 2I0DA 3EKWA 4R92A 1WBMA 3OU1A 4J54A 1EPME 3UTLA 2AZBA 1SMRA 3SA8A 5OZ1A 3O9AA 3VYEA 1EPNE 3SA9A 4RYCA 3GGVA 5P1AA 5P3TA 2HB2A 4JOOA 4K4RA 1BBSA 5P8EA 4ZLSA 1XL2A 3EMYA 3WZ8A 5P1RA 1FQ7A 3PBDA 5P1OA 1IDBA 4ZSQA 1EBZA 4EJKA 1D4YA 2FNTA 2O4KA 1YG9A 5OZ7A 1AXAA 1ODWA 3T7XA 3JVYA 2QZXA 2VA7A 4YOAA 4DFGA 3I25A 3VCMA 2PSUA 3WB5A 3HVGA 5P5KA 4OBFA 3OXVA 1T3RA 5P78A 3PSUA 5P2YA 5P29A 1PPKE 1GKTA 2R43A 1VIKA 2I1AA 4J1FA 3SABA 3JW2A 1HBVA 2FNSA 1TZSA 4K4PA 4KE0A 2XFIA 5HDXA 5OYWA 3EC0A 1D4SA 1Q9PA 3FNSA 1TW7A 5I3WA 5P84A 1PPME 5BWYA 3OGQA 3VG1A 2FGVA 1KJHA 5P6SA 2F3FA 2P83A 4OBJA 5AHAA 1MT9A 2HPFA 2QU3A 3EL1A 1YTJA 4I0FA 4Y5BA 5P1TA 1NPAA 1A8KA 3ECGA 5IS4A 2NNKA 4I0DA 5P3VA 2I0AA 2OHNA 3O9FA 3EL0A 4GIDA 5KOQA 2OHRA 1EC2A 4DJVA 5P34A 4DUSA 3ER5E 2ZJMA 5P7GA 5P2DA 1MESA 5P44A 2BJUA 1B5FB 2WF4A 3TPLA 4Y38A 1MT7A 2NR6A 5P2TA 3RTMA 3ZKXA 2ANLA 5P3OA 2F3EA 3O9HA 5DQ5A 4HZTA 3B80A 5P8LA 2AVQA 2IQGA 5P08A 3PMYA 4AA8A 2ZJHA 1LYAB 4YDGA 4DVFA 4IVTA 5P0YA 3D20A 4N00A 5COPA 4Y5PA 4EXGA 3T7QA 1HEFE 1B6JA 1DP5A 1XE6A 1YM4A 5UPJA 1BDLA 4K8SA 5P5QA 5P4DA 5P7UA 3LIQA 5P82A 5P7QA 3D91A 5P26A 4AZYA 1ZLFA 4S1GA 5P6BA 5P80A 1XN3A 1ZSFA 2G1NA 3EKQA 4GYEA 5P8MA 5P7EA 5P1NA 5P6UA 2AOGA 4F74A 3VV6A 3NUOA 3FIVA 1ZAPA 3S2OA 3PI0A 5P55A 5EZXA 2PSGA 4Y5GA 5OZGA 1EC1A 4NJUA 5P6GA 1W6HA 2R3WA 3K4VA 1FQ5A 3ZPUA 3S56A 4Y3MA 4JPEA 3AUPA 3INFA 1FQXA 3AIDA 1HVSA 4GJCA 4Y3QA 2Q15A 3DCKA 4Y4EA 1NPWA 3KDCA 3SA4A 2OAHA 4YD7A 5IVTA 4Y3LA 5P67A 4RVXA 1SDTA 1QBRA 3UQUA 4OC6A 3UQWA 3SM1A 1M0BA 2PWCA 2QU2A 5P8CA 2HS1A 1EAGA 1FQ6A 3EKPA 4Z22A 3LIXA 1HVLA 4Y39A 4GJ9A 5P64A 4FE6A 4XX3A 1A8GA 5OYUA 5P85A 7UPJA 1G2KA 2AODA 3TL9A 3VF5A 2ZJNA 5JFPA 3SKGA 5HE5A 3CKPA 5P2AA 1WKRA 2J9JA 5P66A 2QHCA 2NNPA 3SLZA 4H3JA 4Y3FA 4RVIA 1EBWA 4DJWA 4HA5A 1B6KA 3ZKMA 5OZZA 2ZHRA 3L58A 3LPIA 4RZ1A 5HU0A 3OAGB 1HXWA 1HIIA 3QVIA 5P72A 1YTGA 1W6IA 5P13A 5DQ4A 2AIDA 3S85A 5OZ0A 1QBUA 3OADA 3NXNA 3NWXA 4E43A 5HDVA 5P2CA 5P7VA 4B1DA 5P4GA 4HEGA 5OZ8A 3VFAA 2BQVA 5E5KA 4AA9A 1NPVA 2R5QA 1RQ9A 5P8RA 2HB4A 2XFJA 5AHCA 3CKRA 3ZL7A 1ME6A 5P2FA 4PZWA 3KF0A 5P4VA 1D4LA 5E5JA 2QNPA 5P5ZA 4HE9A 3ZOVA 3B7VA 3K4VC 5P7DA 4Y3EA 2A4FA 2Q64A 5OZDA 1G35A 5P6CA 1GVTA 3VF7A 2UY0A 5P1HA 1MIQA 2H6SA 4JP9A 5P89A 3HW1A 1K6PA 4K9HA 4FAFA 2QMPA 5AH9A 4CPTA 3OXWA 1D4HA 4YOBA 3T6IA 4QJAA 1BXQA 4H3IA 5P3AA 3UDNA 5P7IA 3H5BA 1HVCA 3PMUA 1SDVA 2VA6A 1C6ZA 5P7TA 5P6EA 4Z2ZA 1VIJA 5P63A 1AIDA 1FKNA 3LIVA 1MERA 3ZKGA 5P1JA 4J1CA 2AZCA 2QD8A 5P48A 3RVIA 4YDFA 3UDPA 2F8GA 3BUHA 2QD6A 2O4LA 5P40A 1K2CA 4I11A 5P4LA 4FLGA 4GJ5A 5P2EA 5P8HA 4Y37A 3L5BA 3KFNA 2PC0A 5COOA 3OUDB 4OD9B 3OU4B 3OK9A 5P1KA 3EM3A 4RRNA 1ODYA 5P50A 5ENKA 2BPVA 5P53A 3ZPSA 3DCRA 3UDQA 4Y36A 4YCYA 4Y5KA 5P6PA 1M4HA 2BPZA 2VIZA 2RMPA 5OZ3A 3MXEA 5P6ZA 3U6AA 1PPLE 4I10A 5C9DA 4LC7A 3HDKA 4YD3A 1E80E 4GB2A 4YE3A 5P4SA 3OWNA 5P3JA 1GNNA 4K4QA 5P6RA 4CPUA 3TPJA 1IZDA 5P2QA 5P0HA 5P4MA 5P5JA 4QJ8A 5P0MA 2HS2A 3PCWA 2RKGA 3INHA 3KMXA 4DJPA 5P6LA 1KZKA 2OHKA 4EJ8A 2R9BA 5P75A 5C9FA 5P24A 5AH6A 1B5FA 1FEJC 3RTNA 4EP2A 3TKWA 3GI4A 5P1SA 5JODA 4Y3RA 4ZSMA 1PSAA 3K5GA 5OYXA 5P7NA 1K2BA 1MPPA 4FRKA 2IGXA 3EL5A 4FRSA 1LYAA 4Y3PA 5P8NA 1LF3A 5P45A 4NJTA 3Q5HA 2VS2A 4DV9A 2OHTA 3WZ7A 3FX5A 4A6CA 3OXCA 2UXZA 5KR1A 3PWWA 3WB4A 2G27A 5P6IA 1JLDA 1EPRE 3ZMGA 3L59A 5HE4A 5P1MA 5P70A 4EHCA 1HVRA 1META 2IL2A 4ZSPA 3O9CA 1DAZC 1LYWB 4TRYA 4XXSA 4HLAA 3BXSA 3QN8A 4Y3XA 2V00A 5JG1A 5P01A 1AJXA 5P54A 5P5WA 2QMDA 5P5FA 5P0IA 5HCOA 4Y57A 1PSOE 3OQDA 5P3YA 5P8AA 5P36A 3ZKSA 5P3WA 5PEPA 3S7LA 2CEJA 3IGBA 1BDRA 1FIVA 1CMSA 3OHFA 4L7HA 5P03A 5P79A 3LZUA 2B42A 4HVPA 2G22A 5P7PA 4RCDA 1GVWA 4YD6A 5P1BA 3OUCA 2ZHVA 3K5FA 1NSOA 2ZDZA 3H0BA 5SXNA 5P2KA 4Y4ZA 5DQ1A 3T7PA 4YD5A 2QK5A 3PWRA 2AOEA 1HSHA 3OQKA 4J0YA 4WY6A 1PFZA 3EBZA 1EPOE 1TCXA 5P4TA 5P2MA 2G26A 2PSVA 5P27A 5P5OA 1A30A 4TRWA 4KUPA 1SDUA 3RSVA 3BRAA 5P46A 2PK5A 5OZRA 3TH9A 1DMPA 1BVGA 4PYVA 4B1CA 2CEMA 1DW6C 2FDPA 3HLOA 3KMYA 4Q5MA 4J1EA 4R91A 5P35A 1GNMA 1BVEA 3URJA 3GGUA 2MIPA 3PCZA 5P6OA 7HVPA 5OYSA 5OYRA 2QZWA 1GNOA 3R0WA 4ZPGA 5DQCA 2G1RA 4Y3DA 5CLMA 2FS4A 4Y47A 2PQZA 4J0PA 1LZQA 3BGCA 3ST5A 3OAGA 5P1CA 2V12C 3KYRA 1YM2A 2AVMA 1TCWA 4Y45A 5P37A 5P5RA 3DUYA 1OHRA 2WEZA 5P68A 3BHEA 2Z54A 3EM6A 5P4XA 5OZUA 5P0WA 2RKFA 4DI2A 1HVHA 3CIDA 3K1WA 3UCBA 3BUFA 1APWE 2IEOA 4Q1YA 4D89A 2VIJA 5OZBA 5OZ9A 4Y9WA 5ER2E 1LYBB 5P3EA 3OHHA 1W5VA 5P0VA 4FRJA 4Y44A 4ZSRA 5P4BA 5P1YA 2O4PA 2P4JA 3L38A 5P57A 1MSNA 4NPUA 2P3CA 2OHSA 1LV1A 4AUCA 3SO9A 5OYVA 5P76A 1T6GA 1BWBA 5P17A 4RLDA 5P8JA 5P4UA 3PB5A 4NPTA 3NU9A 1HPOA 1QBTA 2P3AA 4L1AB 3I6OA 4LL3A 3NUJA 1W5WA 3UDKA 4D85A 5OZIA 4I1CA 5OZAA 4I0EA 5P2OA 3IA9A 4B0QA 2AVSA 4U7VA 3R1GB 3T3CA 4EWOA 4LXMA 1FQ4A 3EXOA 3S7MA 4YBFA 2CENA 1YX9A 3KDBA 2JE4A 2AZ9A 4YCTA 3UDHA 3UFLA 3IXOA 1Z8CA 5TOLA 3PRSA 2XFKA 4B78A 4GJBA 2FDDA 5P0JA 1BWAA 3UDRA 5P5XA 5OZWA 5P16A 3ZKQA 1IZHA 3G72A 4BFDA 2VJ7A 5P02A 4MC1A 5P14A 4ER4E 3O9LB 4WY1A 5P3XA 2PYNA 2P8HA 1K1TA 5P38A 5P06A 4ER2E 5P1WA 5P8GA 3OUDA 4OD9A 1K1UA 1ZPKA 2B8VA 3OU4A 5BRYA 3RSXA 1MEUA 1FFFC 2FMBA 1AVFA 5P1UA 4GJ6A 3KFSA 3KT2A 3TOGA 3NDUA 5DR4A 4EYRA 4TVHA 4Y5NA 5P4CA 3DM6A 5P7WA 1BXOA 5P0SA 4X2LA 2I4XA 2WEDA 3LIZA 5P6DA 5P23A 3SACA 5P6QA 5OYTA 5P1DA 4DQGA 2IKUA 4Y54A 1OEXA 2WF3A 1A9MA 1EBYA 5P4KA 4I0HA 1IVPA 5SY3A 1J71A 3KFPA 2AOJA 1HPSA 5P7ZA 1BILA 2ER9E 1D4IA 3O9GA 3WZ6A 2WEBA 3OY4A 5P7MA 5P1VA 1K6CA 5P0FA 1HVKA 8HVPA 3SQFA 5I3YA 3PSYA 5P6HA 3EM4A 4UPJA 1UH9A 3A2OA 2HAHA 2F81A 2FIVA 2O4NA 3DK1A 4F73A 4Z4XA 5P5NA 5P15A 2G94A 1KJ7A 5P07A 4DJQA 3SA6A 4Y3JA 5OZCA 1LYWA 2WHHA 5P3RA 5P58A 4YD4A 2IENA 1SBGA 4Y4UA 4DJOA 5OZ5A 4Y6MA 3O99A 2AOFA 4MC2A 5P12A 5P0BA 5P51A 5P2JA 5P0PA 5P2VA 1ZP8A 3VLBA 3KM4A 5P3LA 4EP3A 3O9EA 3TOHA 3VFBA 2G20A 5P2BA 4J0ZA 1SGUA 4RRSA 1B11A 1K6TA 4PEPA 3URLA 3NU6A 5P4JA 5P8PA 2BPYA 2QI0A 4LBTA 5P6NA 1BIMA 2O4SA 3DOXA 4D8CA 2Z4OA 3QAAA 2Q5KA 5P3DA 5P77A 5P6MA 3OUBA 4Y3YA 2V13A 2VKMA 5P62A 4DJXA 5P1ZA 5P8QA 5ENMA 4FSLA 3OGPA 1G0VA 3LNKA 3QROA 5P33A 5P6FA 5OZXA 5P8UA 4CMSA 1IZIA 1UPJA 4CPQA 5HDZA 4FIVA 3UQXA 3GI0A 4Q1NA 5P4NA 1ZTZA 2G69A 4J1IA 5P7KA 5P2NA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2G24 A;  4J1K A;  5P30 A;  4QJ7 A;  4IVS A;  4Y3G A;  5P1I A;  1ZBG A;  3F9Q A;  3PM4 A;  2WF1 A;  5P6X A;  5P0G A;  1FF0 C;  4GMI A;  5P6Y A;  2H6T A;  1YTH A;  3VYF A;  5P6J A;  4RCF A;  4J0T A;  4DH6 A;  4DJU A;  5P56 A;  4Y3T A;  3ZLQ A;  3TPR A;  5OZQ A;  3BVA A;  4ZE6 A;  3LIN A;  1D4J A;  4KB9 A;  1MSM A;  5P0Q A;  2AOC A;  2PH6 A;  4CP7 A;  3KDD A;  2A1E A;  2PMA A;  3LIT A;  1AJV A;  1HPV A;  5SY2 A;  5P7O A;  4RCE A;  3I2L A;  3DV1 A;  1LF4 A;  4JPC A;  3TTP A;  1W50 A;  5P6W A;  5SZ9 A;  4PZX A;  5HE7 A;  5B18 A;  4ZEA A;  2Q55 A;  2BBB A;  2BPX A;  3TNE A;  3S45 A;  3K5D A;  5P47 A;  5P0N A;  5P4W A;  4CPX A;  4Y4A A;  2OHL A;  2OF0 A;  3VV8 A;  2B7F A;  4OC6 B;  1GVX A;  5P65 A;  2QMG A;  1KJF A;  1HTF A;  5EZZ A;  4Y56 A;  2QZK A;  3FNT A;  4DQE A;  2Q63 A;  5OZO A;  4I8W A;  1DPJ A;  1SH9 A;  3TOF A;  5P5E A;  4TRZ A;  3VF3 A;  3C9X A;  4GJ7 A;  3NDX A;  4FCO A;  4M8X A;  4Y5L A;  3S53 A;  5P4F A;  3GW5 A;  4LAP A;  2P3B A;  2J9J B;  2V0Z C;  5KR0 A;  1YT9 A;  3HZC A;  4OBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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