5P4MA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 211
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4mA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4mA01
3WZ7A 1Q9PA 3LIVA 5DR4A 1ZPKA 5AH6A 3VFBA 1YTJA 3CKRA 2NMYA 5OZLA 3VF7A 3KFSA 3APRE 2AOFA 2QZWA 4ER4E 5P37A 3TKGA 5P8IA 5P5RA 5SZ9A 3LZVA 5P1UA 4ZSMA 3CKTA 5P2LA 2IDWA 4Z2ZA 1C6YA 4Q1YA 2I4VA 3WSJA 3PWMA 3OU4A 2BPVA 4OBHA 5P69A 5KR0A 5P6EA 2QCIA 4YD4A 1GNMA 1HTGA 4HDPA 3BVAA 5PEPA 5OYTA 3EL1A 4BFBA 1CZIE 2QHCA 4M8YA 2I4QA 1BDQA 4RYCA 2ER0E 5P2MA 5P8TA 1APVE 4Y4TA 5P2HA 2QZLA 5P7CA 4Y3EA 4MC9A 4Y45A 2G1OA 3UDQA 5P5IA 4KB9A 3R4BA 1MRWA 3SACA 4Y35A 4RCFA 4FAEA 1BV7A 2QP8A 5P46A 5P62A 4Y5GA 5P33A 4GJ7A 1HTRB 3L5EA 1MT9A 2Q63A 3SFCA 2PSGA 4J17A 5P3PA 4WY1A 3O9EA 1WBKA 2VJ7A 3S53A 2AOEA 5P02A 5P81A 4FGXA 5KR2A 3NU6A 2O4LA 4DJQA 1PSOE 5DR0A 3LIQA 5P5UA 3TOGA 4PYVA 1A9MA 5P8JA 2F80A 5APRE 2CEMA 3KN0A 2V10C 3AUPA 3VLBA 3O9LA 5P8AA 2NNPA 3IN3A 5I3YA 4Y3QA 1SGZA 5P4CA 2NR6A 2XFKA 5P5XA 5P5JA 5OZTA 2NXMA 3HDKA 5P1ZA 1XE6A 3NU4A 2ZJNA 5P66A 5P1TA 2JXRA 2ZHSA 3L59A 1HSIA 3OU1B 1AIDA 2QAKA 2RMPA 4Y4DA 3OQFA 1W5WA 4IVTA 2R9BA 5DQ2A 4YD3A 4RCEA 1BXQA 4WTUA 3RTMA 2O40A 4B00A 5P1IA 4YBIA 2J9KA 2I4DA 1ODXA 3NDWA 5P2IA 2BB9A 4DFGA 4HLAA 2Q15A 2FGVA 5DR1A 5OZ8A 5OZQA 4GJ5A 1K6CA 3R0WA 3QPJA 4Y44A 4Y4WA 4R91A 5P3WA 4Y5PA 3GGAA 1DP5A 2HAHA 2J9JB 1PFZA 1UH9A 5P0MA 5P4KA 3NDTA 1HIIA 3UTLA 5JFPA 4EJDA 4NPUA 4BFDA 1HVIA 2ZHRA 3U6AA 3EKPA 2WHHA 3SABA 1EPQE 2VIEA 4ACUA 3HVPA 4QJ2A 5OZ3A 5P17A 2F3FA 2G20A 1SIVA 5P4MA 3NUOA 1W6HA 2QNQA 4EXHA 5KOSA 4ZPGA 1APTE 3BXSA 5DR8A 3URLA 1TCXA 5P1VA 4EJLA 5P3BA 3FNSA 4Z50A 5BS4A 1LF3A 1TZSA 2VJ6A 3HAUA 4K4PA 5P58A 2NXDA 4DJPA 5P3EA 2QHYA 5E5KA 1G6LA 3NR6A 5OZWA 1XL5A 4MC2A 2AOCA 3URIA 5I3XA 4DJXA 3SPKA 2AIDA 3S56A 4EPJA 1PSAA 2AOIA 1ZTZA 2IL2A 1GVVA 1E5OE 3TOFA 3UQRA 1YTGA 4Y3HA 2FLEA 5KQFA 1FEJC 1EC3A 2NPHA 3EKVA 2HPFA 3NDXA 3PJ6A 3S2OA 4OD9A 1HVHA 2FGUA 1C70A 5P5VA 1LYBA 1K1UA 2PH8A 3PSGA 1BDLA 1T7KA 4Y3JA 5P0FA 3PWRA 5P39A 2R3WA 1HPVA 1SMRA 4WY6A 5P4NA 5OZRA 4Y4JA 2ZJLA 5P1XA 3PVKA 3LPIA 4PHVA 1HVSA 3A2OA 5P31A 3KFNA 5P7KA 3HLOA 3TL9A 4ZSRA 2OHSA 2VIYA 5P86A 3N3IA 4L7GA 1A8GA 4GMIA 2A4FA 5P3UA 4RCDA 5P5ZA 2AOHA 3DUYA 1DMPA 2G1NA 5IVSA 5P54A 4J1FA 4CPQA 4DVFA 4Y37A 2WF4A 1OEWA 1T7IA 3ZOVA 5P15A 1B6LA 5P5YA 3KT2A 3D3TA 3IAWA 4F74A 2VNNA 3L38A 5I70A 2A1EA 3OU4B 4Y3LA 5P0CA 4EP2A 3N4LA 2EWYA 2Z4OA 5ENKA 2QD8A 1M4HA 1K6PA 1GVXA 3BHEA 2O4KA 1E82E 3UDKA 3KMXA 4LHHA 5P6YA 1FG6C 4ZIPA 5P7UA 4FCOA 3SO9A 5P0JA 2R38A 2O4PA 4XKXA 2AOJA 5OYQA 1QBSA 3PWWA 3FSMA 2ASIA 4RVIA 5B18A 5P4AA 5SY3A 2OHNA 5I3WA 1OEXA 3EL0A 5P4YA 4FM7A 1B6KA 5HE7A 5P8QA 1ODWA 1TCWA 2R5QA 1APUE 5P6RA 4Y3WA 3FX5A 3IGBA 4D89A 2Q54A 3EL5A 1YG9A 2H6TA 5P76A 2BPZA 5P27A 5P83A 5P1RA 2QNPA 3PCZA 4FRJA 4I0ZA 5COKA 3KT5A 1D4LA 3D1XA 3QIHA 1Z1HA 5P1JA 4J1CA 1LF2A 3ZLQA 1EC1A 2PWCA 2QD7A 1HVKA 2NTRA 3ECGA 1MRXA 4KE0A 3S43A 4H3IA 3O9LB 4S1GA 4Q1NA 2BBBA 4B05A 4AMTA 3T7PA 3OOTA 1MTBA 3HD8A 1ODYA 1A30A 5P2RA 3VYDA 1JLDA 4YA8A 5P5AA 4I8ZA 3UDRA 5P8SA 5P5EA 4RLDA 3GW5A 2OHLA 5P3OA 4Y3SA 1FKNA 4HA5A 5P6KA 3TH9A 3IXOA 2OHMA 1RNEA 5OYUA 4Y3MA 3HAWA 1SDVA 4X7IA 4Q1WA 2BKSA 4QJ8A 3UQXA 5P3XA 4L7HA 4J55A 5P7QA 3M9FA 5P51A 4NJVA 5SXNA 4EJ8A 1PROA 2WF2A 4D85A 4FM6A 3K5GA 1ZLFA 4FL8A 1GVTA 3NXEA 1ME6A 5P28A 1HHPA 4RZ1A 1BVEA 5P8MA 5P53A 4DPFA 5P5FA 5P8NA 5P4BA 1HRNA 5HDVA 2WEBA 2QU3A 4ZSQA 5OYWA 3K5CA 4B1DA 1MTRA 3DCKA 1EEDP 2ZYEA 4Y5LA 1W5VA 1KJFA 4OBGA 2VNMA 2OHQA 5P1BA 5P5TA 5AGZA 1XN2A 5AH7A 2AVQA 5P0DA 4D83A 5P18A 4DQCA 3LZSA 4J5JA 3D1YA 3KDDA 4YD6A 1T6GA 4B77A 4U8WA 3INEA 2QI7A 3NYGA 5P7DA 4Q5MA 3CIDA 1AZ5A 5P8RA 2WEAA 3MSKA 3UQPA 4YDGA 3QVCA 4R92A 3OHHA 3R2FA 3SA7A 2QMDA 1IZHA 3UF3A 3EM3A 1W51A 5P08A 3OUAA 2B8VA 2I4WA 5P1DA 4Y48A 4R93A 3RSVA 3U7SA 4L1AA 5KQXA 4JPEA 4B1EA 4LXAA 1K2BA 1B5FA 5BWYA 5P8VA 1HTEA 2FDPA 5P01A 5P8PA 4DJRA 5P42A 4OD9B 2ANLA 5P6UA 3OADA 5P0SA 4Y5KA 1LYBB 5P7TA 3NLSA 3WZ8A 1W50A 4NJTA 3LHGA 5P14A 2Q3KA 5P2TA 5P0HA 3INDA 3UQUA 5P2YA 4Y3YA 4BELA 5P7JA 2QK5A 5OZ1A 1AVFA 5P5WA 2QI5A 2IS0A 5OZXA 2AODA 3OUDA 1HOSA 5P6XA 1FQ4A 1SMEA 4HVPA 5P85A 4GB2A 4NJSA 3VF5A 1MSMA 1HWRA 5P2VA 5OYXA 3HBOA 2P3AA 3LITA 1B6MA 5P1GA 5P7RA 1ZAPA 5P0TA 1YTHA 3OQAA 3CKPA 1EBYA 5P32A 3S7LA 5P1QA 1ENTE 3Q5HA 3O9GA 3F9QA 4Y6MA 4RYGA 5P6IA 5P3ZA 1TQFA 2HS1A 3GGVA 5ISKA 5P0KA 3VF3A 2R3TA 5P84A 4LBTA 1MEUA 4TRYA 2MIPA 5P2QA 5ER1E 2FIVA 1SBGA 1PPLE 2JYSA 3Q70A 5OYSA 4OBDA 5P04A 5P3JA 3ST5A 5P3LA 5P22A 5P7FA 3OY4A 2PYMA 5OZ5A 1T7JA 5P64A 3CYWA 5P1HA 4Y38A 1FQ5A 3QBFA 4I11A 5P4EA 5P77A 5P7ZA 4LL3A 1MERA 5P6PA 1EPME 1WKRA 3GI0A 4GIDA 3OK9A 2R8NA 3EM4A 1E81E 2CEJA 3NWXA 3IN4A 5P0ZA 5P6GA 5P3MA 4OBKA 4D8CA 3WB5A 1KZKA 3OUCA 5P7XA 2ZJMA 5JFUA 5P0XA 3INHA 3PLDA 3VFAA 4YHQA 3S7MA 5P2SA 2AZBA 5P82A 3ZKSA 4Y56A 4GJ9A 5P40A 4I10A 5AH9A 5P7NA 4CPRA 1ZP8A 3S43B 2ZJJA 3T7QA 2ZE1A 6UPJA 5P7VA 4QLHA 3PBDA 1DW6C 1FQ6A 2Q55A 2WEZA 4JOOA 4DV9A 1QBTA 5I3VA 1EC0A 4NPTA 5HDXA 2PMAA 3G70A 2QMGA 3TPPA 3LZUA 1F7AA 2OAHA 2AVSA 3LNKA 4B0QA 3QAAA 2NXLA 1GVWA 4TVGA 1BXOA 1T6EX 5P3CA 3UDMA 2BJUA 2WF1A 5P71A 4Y4XA 4AA9A 3KA2A 3FNUA 3OQ7A 5JODA 5P1PA 5HDUA 5P3YA 4NJUA 3HW1A 1VIJA 5E5JA 1PPKE 3HVGA 4JPCA 2BQVA 4F75A 5OZVA 4Y51A 2PYNA 4HEGA 5BRYA 5P0UA 3KFPA 1D4IA 1APWE 5P7BA 2APRA 5P2JA 5P7OA 4HZTA 2G21A 4DJVA 5P73A 5P1EA 5P48A 1GVUA 5P4RA 1MIQA 2VKMA 5EZZA 4X2LA 3FKTA 3G72A 2P83A 4A4QA 5P72A 4I0GA 1LZQA 5P2EA 4DQBA 5P4WA 4Y4AA 1MESA 3Q4BA 3QS1A 2ER7E 5P50A 5P4OA 1EPOE 3SA3A 5P78A 5HDZA 3B7VA 1HXWA 3SKGA 3TTPA 4ER1E 4B1CA 3JVWA 5P5OA 2G1RA 3DCRA 5OYZA 5OZEA 1AJVA 4N00A 3UDPA 3ZMGA 5P7YA 5P2DA 5HCOA 1AJXA 1RL8A 5OZ2A 1OD1A 3EKYA 5P2UA 4GJCA 3R0YA 3L58A 5P3QA 5P7LA 2BPXA 2OHPA 2F3EA 4DJOA 3ZPSA 1T3RA 2B7FA 4Y3AA 4L1AB 1OHRA 4EQ0A 5P65A 1MT8A 4FRKA 1B5FB 5P06A 3PSYA 5CLMA 1DPJA 5DR3A 3ER5E 5KR1A 3KMYA 4EQJA 5KR8A 1BWAA 5P3AA 3K4VA 3OADB 5P26A 4Y3TA 4YDFA 5OZ7A 2ER9E 4Y4BA 2I0AA 5P89A 5OYVA 3NUJA 4YD7A 2R43A 2G22A 3DJKA 1RQ9A 5P3KA 2WEDA 4DQGA 3PCWA 1KJ4A 3TNEA 4COEA 2IENA 2RENA 5P3RA 3PGIA 5P45A 4CPWA 5P09A 1MSNA 2RKFA 3OUDB 5P88A 2AOGA 1B6JA 4Y5MA 3EKQA 1BIMA 1HVCA 3RTNA 2BKTA 4PZXA 1K6TA 2AVMA 2WKZA 2QI4A 5P5KA 1YTIA 3OQDA 3BUFA 2ZJHA 4GJAA 3L5FA 3L5BA 2UY0A 3UHLA 5P67A 3BC4A 3PRSA 5P0BA 1ZPAA 3OGQA 3VLAA 2NNKA 3SLZA 5P8LA 4YOAA 1W5XA 3T6IA 1FLHA 4GJDA 3S85A 4L6BA 5P38A 5P5BA 5P6HA 5P6ZA 1MT7A 5HD0A 4PZWA 5P74A 1IZEA 4KUPA 2VA5A 5OZYA 4OC6A 5KQZA 5P5CA 2WJOA 5P4IA 5AHBA 3OAGA 2H6SA 4UPJA 4Y5NA 3QROA 3G6ZA 2BPWA 5P03A 3OXWA 1K1TA 5P6JA 5OYRA 3OWNA 4B72A 4AZYA 4I0JA 1META 1ZSFA 7UPJA 5P6SA 5AHAA 3LIZA 1BILA 3WZ6A 1E80E 4HE9A 2AVOA 2WF3A 5P2BA 1BBSA 5P1MA 4OBFA 3UDJA 1VIKA 3DV1A 3VSXA 5F01A 3GGXA 3ZKNA 2V11C 3UFLA 3VV8A 3DK1A 3MXDA 4GJ8A 3U71A 2PQZA 2QZKA 5KQYA 5P63A 4QJ7A 5P4XA 1IVQA 1LYAA 1FFIC 2PK5A 3EXOA 3BRAA 4YOBA 1D4HA 5C9DA 5P6AA 2VA7A 4I12A 1SGUA 1UH8A 3CIBA 2I4UA 1FFFC 4CPUA 5P4JA 2PK6A 5P79A 5DQ1A 2I4XA 4FRSA 3UFNA 1FQXA 3JVYA 4Y58A 4RVXA 3APPA 5P4ZA 1LYWA 2ZJKA 3RTHA 3FNTA 2Q64A 4Y3GA 3H5BA 1SDTA 1DAZC 3SA9A 1GNOA 3ER3E 5HE5A 5P1OA 5P0GA 5P7MA 3S54A 3GI5A 2IKOA 2HM1A 3O99A 1HVRA 5DQ4A 3JW2A 5P87A 3VCMA 2B8LA 1MPPA 2P3CA 1MVPA 2QI0A 5UPJA 1G2KA 4CKUA 5P2AA 5P4UA 3ZKXA 1EBKC 1BAIA 4RVJA 2P3DA 4F73A 3QRMA 1MUIA 2IQGA 3OHFA 5P59A 4Y4ZA 2PC0A 2XFJA 5P4PA 3PMUA 4LXKA 4JECA 1BWBA 3K5FA 3SA5A 6APRE 3CYXA 2NMZA 2FNSA 1FQ8A 3SA4A 2G26A 5P7GA 3B80A 4Y3ZA 5OZIA 5DQCA 3I8WA 2IGXA 4FM8A 2I1AA 3TLHA 3AIDA 4K4QA 3UCBA 3ZKQA 5P0IA 3QRSA 4Y36A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WZ7 A;  1Q9P A;  3LIV A;  5DR4 A;  1ZPK A;  5AH6 A;  3VFB A;  1YTJ A;  3CKR A;  2NMY A;  5OZL A;  3VF7 A;  3KFS A;  3APR E;  2AOF A;  2QZW A;  4ER4 E;  5P37 A;  3TKG A;  5P8I A;  5P5R A;  5SZ9 A;  3LZV A;  5P1U A;  4ZSM A;  3CKT A;  5P2L A;  2IDW A;  4Z2Z A;  1C6Y A;  4Q1Y A;  2I4V A;  3WSJ A;  3PWM A;  3OU4 A;  2BPV A;  4OBH A;  5P69 A;  5KR0 A;  5P6E A;  2QCI A;  4YD4 A;  1GNM A;  1HTG A;  4HDP A;  3BVA A;  5PEP A;  5OYT A;  3EL1 A;  4BFB A;  1CZI E;  2QHC A;  4M8Y A;  2I4Q A;  1BDQ A;  4RYC A;  2ER0 E;  5P2M A;  5P8T A;  1APV E;  4Y4T A;  5P2H A;  2QZL A;  5P7C A;  4Y3E A;  4MC9 A;  4Y45 A;  2G1O A;  3UDQ A;  5P5I A;  4KB9 A;  3R4B A;  1MRW A;  3SAC A;  4Y35 A;  4RCF A;  4FAE A;  1BV7 A;  2QP8 A;  5P46 A;  5P62 A;  4Y5G A;  5P33 A;  4GJ7 A;  1HTR B;  3L5E A;  1MT9 A;  2Q63 A;  3SFC A;  2PSG A;  4J17 A;  5P3P A;  4WY1 A;  3O9E A;  1WBK A;  2VJ7 A;  3S53 A;  2AOE A;  5P02 A;  5P81 A;  4FGX A;  5KR2 A;  3NU6 A;  2O4L A;  4DJQ A;  1PSO E;  5DR0 A;  3LIQ A;  5P5U A;  3TOG A;  4PYV A;  1A9M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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