5P4N | Genus

Total Genus 85

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__6373813529306047__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__6373813529306047__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P4N/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__6373813529306047__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"6373813529306047","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P4N/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__6373813529306047__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	85
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p4nA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p4nA01

3NLSA 5OZQA 2QD8A 1B11A 4LL3A 3NSHA 5P6HA 4B1EA 4YCKA 4D85A 3A2OA 5P7SA 4D89A 1RNEA 4DUSA 2PSUA 4AZYA 2QI0A 4Y5KA 3APPA 3O9DA 5P5NA 1MT8A 4LBTA 4EHCA 2R5QA 1GVWA 4PHVA 3BHEA 1K6TA 3GI5A 5P2MA 2B60A 2ZGAA 1XN3A 5P45A 4HDBA 3I2LA 4QJAA 1FMUA 4J0PA 1A30A 3EKTA 4GJ9A 5P6LA 5P24A 5P67A 4I0JA 2AOFA 1FQ5A 3BRAA 3LZSA 3OUBA 3UPJA 4ACXA 1MRXA 4FS4A 1D4IA 2ZHSA 4Y5NA 3RTMA 2AVQA 5P30A 1HIHA 2JJJA 1W51A 5P34A 3ZKQA 5P5AA 5P0YA 5P8RA 5T4SA 4I0ZA 5OZOA 1YT9A 5P74A 4CPQA 5I3YA 5P56A 1KZKA 3NU6A 5P0PA 3KDBA 5P58A 2PWCA 3O9FA 3LIYA 5OYZA 5AH7A 2NXMA 2NNPA 2CENA 1D4KA 5OZCA 4DJOA 3MSJA 1HXBA 1TCXA 3PCWA 3LNKA 5P7CA 1BVGA 2IL2A 4FAFA 2OAHA 3HDKA 3LZVA 1B6JA 3TNEA 4L7GA 1LYAB 1GKTA 4GJBA 5P3BA 1T7KA 5P3RA 3QVIA 3TPJA 1NH0A 5P5HA 4Y51A 4EJKA 1C70A 3O9IA 5P1KA 5P82A 5P79A 2QI7A 5OZBA 1IIQA 3KMYA 4ER4E 2F3KA 4OBDA 3BVBA 4Y3NA 3OXVA 3PLDA 4GZFA 3K5GA 3LPIA 3OAGB 2BPZA 5P0RA 5P20A 3INEA 2ER7E 4RYGA 4HVPA 5P1AA 3VYFA 5P06A 2VIEA 1A8GA 3ZPUA 1XS7D 3FNSA 3D1XA 3OUAA 3EKQA 4RVIA 3PSUA 5P0KA 3OUDB 5F00A 2ANLA 3Q4BA 4HDFA 5OZYA 5P7ZA 2ZJNA 3S56A 5IVQA 5P25A 3ZMGA 4DJYA 3EM6A 3INFA 5COPA 5KQYA 4Y47A 3GGXA 5KOSA 1HVKA 1G6LA 4J1IA 5P7JA 4GJ6A 5OZKA 5SZ9A 3UFNA 2I4XA 5OZVA 4DJQA 5P0SA 4YCYA 1K1UA 3SA9A 1HSHA 5P0TA 2MIPA 2ZE1A 2QI1A 1SP5A 3G6ZA 1TSUA 5P4KA 3PMUA 4R92A 5HTZA 4R95A 4H3JA 5P3NA 3OU3A 5P0NA 5OYXA 5P14A 4J0TA 3NDUA 3ECGA 4QJ6A 3SA6A 2G94A 4WY6A 1SDTA 5P6QA 5P2WA 3NDTA 3VSWA 2FXEA 1IVPA 5ISKA 1HOSA 4Y37A 1BDLA 4D8CA 5SY3A 5DR7A 5P5FA 5P7YA 2PK5A 2WF0A 3CMSA 3HVGA 4CMSA 2HPFA 5DR4A 5P18A 5HDZA 5P84A 2VNNA 4H3FA 5P1HA 3RTNA 3HAUA 1QDMA 3IN4A 3SO9A 5P46A 3LIXA 4EP3A 4TVGA 3GI4A 3VUCA 4YBFA 1APUE 5DGWA 2F3FA 5KQXA 4TVHA 5KR2A 3EXOA 4K9HA 5P36A 4GJ7A 5P2TA 2HB2A 3ZKIA 5P81A 4Y4UA 3PSYA 3PB5A 1HEFE 5AHCA 1FQXA 1E5OE 5P41A 3WZ6A 5P2FA 3SLZA 5ER2E 4YBIA 2F80A 1PSAA 4FRIA 4ZSMA 3WSJA 2HC0A 4FE6A 3TL9A 4I1CA 3JVYA 4YD4A 3IXOA 3S53A 2RKGA 3ZL7A 5KQFA 5E5KA 3SKGA 3RSXA 4ZE6A 3S7MA 5P3WA 3OU1B 2O4PA 4Y56A 1D4LA 2HPEA 4ZSPA 5APRE 5P51A 4QJ7A 5P7MA 5IVTA 3PJ6A 1GVUA 4Y4DA 4RLDA 4Y36A 5P2KA 1ODWA 4IVSA 5P08A 5P27A 4JPEA 2V10C 5P3LA 5HD0A 2QI6A 3O9LB 4LXKA 2Q64A 5P4XA 1CMSA 3BUHA 4OBHA 5COOA 2J9JB 3GGAA 1A8KA 5P8JA 3IXJA 2O4NA 4RYCA 5DR1A 1EEDP 1J71A 2QU3A 5P19A 4GJAA 3UDPA 2VA7A 3FKTA 3S85A 4NPUA 5OYQA 1BILA 2OHUA 3TKGA 3BGBA 4CPUA 4EP2A 1T7IA 5P4CA 1F34A 3K1WA 2QHCA 4YD5A 5OZMA 4Y3DA 5B18A 2VA5A 3PRSA 4Y54A 5P2QA 3CYXA 5P3TA 3NUJA 4B05A 1IBQA 4Q1NA 5P77A 4B78A 1ODYA 3TLHA 4CPWA 1BVEA 3LPKA 3DM6A 1AZ5A 3K4VC 3B80A 5P64A 1TQFA 5P4PA 4R5NA 1AXAA 1BDRA 5P0WA 5P23A 3IAWA 4F75A 5OZUA 2AZ9A 4FCOA 3OXWA 4PEPA 1NSOA 5P89A 4D88A 3PHVA 5P71A 1ZJ7A 3Q5HA 2ZJMA 5P7OA 5JFUA 1ER8E 5P1EA 3NR6A 4E43A 3QRSA 1IZHA 4IVTA 2G20A 5IS4A 5P44A 3OQAA 5P02A 5P63A 3S2OA 1BIMA 4DJRA 2F81A 1BXQA 5P4DA 3VCMA 1PROA 3HAWA 2BJUA 4Y3HA 1SGZA 1XDHA 5P03A 3QBFA 3R0WA 5P1UA 4RGHA 5SXNA 2B8VA 2OHQA 4J0ZA 2OHMA 3QRVA 3FX5A 1MRWA 3RVIA 5P3PA 5OYUA 2FS4A 2RENA 1UPJA 4DJXA 5P2NA 5OYRA 5P2VA 1HEGE 1UH7A 5ER1E 5P0EA 3INHA 5FIVA 5P5IA 1UH8A 2Q63A 3VF7A 1BWBA 4I8WA 3OQDA 4Y3GA 1Z8CA 5OYVA 4H1EA 1KJGA 3KN0A 5C9DA 3BVAA 3VSXA 2AOIA 4L7HA 5IVRA 3OGQA 4K4RA 5AH8A 3OQFA 4ZIPA 4FGXA 3R4BA 3D91A 5HCTA 5P6NA 1MESA 3F9QA 3I25A 3VLAA 5P7DA 1DP5A 4U7QA 4Y57A 1RQ9A 1MUIA 3H5BA 5P7LA 1W5WA 5P7XA 4L6BA 5P1VA 4Y5PA 3EKXA 1EPME 5HCOA 1HPVA 4KE1A 5P7KA 5P72A 3DUYA 4YA8A 5P6FA 4RCEA 2XYEA 1HVSA 3KA2A 3OU1A 4FL8A 2ZHVA 3VF3A 5P59A 2FLEA 1EBWA 3PGIA 1FLHA 4EWOA 4Y41A 1K6PA 5P2CA 3UDKA 5OZXA 1Z1HA 1XE5A 5P2HA 2NTRA 3NU4A 4XX3A 2AVVA 4NPTA 5P83A 5P5LA 1FG6C 1SIPA 2BKTA 4DPIA 5HU0A 1K2CA 2OF0A 3O9LA 4YCTA 3L58A 5P2JA 4FSLA 2J9JA 5KQZA 4Z50A 3QPJA 2I4WA 3PI0A 3PBZA 3D3TA 4Q1XA 1ZBGA 5AHAA 2PSVA 5P70A 3RSVA 4YOBA 4B70A 4B0QA 5JG1A 4DJVA 5P39A 3ST5A 2QZXA 1PPLE 4BEKA 5P8AA 4LC7A 4FLGA 3GI6A 2AOCA 3OTYA 3UTLA 4YE3A 5OZWA 5P88A 5P49A 5P8LA 5HVPA 3ER3E 4WTUA 5P86A 4TRYA 3IVIA 2P3CA 2G69A 3EBZA 3FNTA 3TOGA 4H3IA 4M8YA 5P0MA 1M43A 5P7VA 5P8SA 2V16C 1PPME 3APRE 4OBJA 4KE0A 5P3IA 4Y4ZA 2OHPA 3EL1A 4A6CA 5P1SA 1EBYA 5P3GA 1APVE 1SMEA 1KJFA 1APTE 3SACA 1AJXA 3LIQA 5OZNA 3UQWA 1HTRB 5P4IA 1AVFA 5P3XA 5P6DA 3T3CA 3QVCA 1HXWA 5OZ1A 4TRZA 3GGUA 3PCZA 5P4JA 2QCIA 5P7FA 2AVMA 4AUCA 1A9MA 2R43A 5P5PA 5P73A 2JJIA 1ZP8A 4DQBA 5P85A 5P6GA 3MXDA 5P6MA 5P87A 3TOHA 4I0FA 4F74A 2FNTA 2FGVA 5P0XA 1T6EX 1W6IA 4RVXA 1KJ7A 2B8LA 3U71A 3SABA 2Q5KA 1FQ7A 5J25A 2ZJJA 1KJHA 2QI4A 5OZ7A 2QHZA 3VEUA 3Q70A 1JLDA 4GIDA 3SFCA 3OHFA 5P50A 3UDMA 1SGUA 4Y4AA 5P1YA 3ZOVA 2WF1A 3I8WA 1W5VA 3PBDA 1IDAA 2NMZA 4NJTA 4Y3AA 5P33A 3UQRA 2VJ6A 5HDUA 4FRJA 3OOTA 4ZPEA 1C6YA 4EJLA 5P5GA 1BDQA 5P6AA 4Y4JA 1BWAA 3ZPTA 3GI0A 1U8GA 4Y58A 3ZKXA 4Y43A 2PH8A 5P5MA 3NWQA 2PQZA 4ZPGA 1MTRA 5P5KA 5P0LA 4ZSRA 2FMBA 1EC1A 3SA8A 3N3IA 4DJUA 3KFRA 2G1OA 2AZBA 3C9XA 1EAGA 5AH9A 4B1CA 3L3AA 2ER0E 2BB9A 3GW5A 1FIVA 3N4LA 1FQ4A 5P7QA 4EJ8A 2QP8A 3VFAA 4FM7A 5P47A 5P8FA 2BKSA 2FGUA 4Z22A 4FM6A 1GNOA 3O9BA 5P5XA 1KJ4A 3O9GA 4J1EA 3VG1A 3ER5E 3HLOA 3VYDA 1G35A 4Y3LA 2Q55A 3EM3A 2WEDA 2FDDA 5DR3A 1HIIA 5P57A 4N00A 5P8MA 4PZWA 4Y4TA 4Y53A 4CPXA 4Y4GA 2XFIA 6UPJA 1ZPKA 3TKWA 1IDBA 2XFKA 5P66A 1GVXA 5P7HA 3NXNA 5P0BA 4OD9A 4FSEA 4AA8A 4OBKA 5P3HA 5P8BA 5P3QA 5P8PA 5P2OA 5P4VA 2ZJKA 4Y38A 5P4TA 3AIDA 3SM1A 3OTSA 3QN8A 5P1MA 5P1IA 2G27A 1YM2A 3OQ7A 5P5WA 4I11A 1WKRA 2Z4OA 2Q54A 3BGCA 4I12A 3VF5A 1FFFC 1LF3A 3MSKA 2B42A 4Y39A 2IKOA 1EC3A 3IA9A 2AVSA 5P22A 5P1PA 2OHNA 5P6BA 2QD6A 5OZHA 2FDEA 2HAHA 2BQVA 4CKUA 2ZDZA 2QMPA 3TPRA 1NPAA 2V12C 4BFBA 3OGPA 4KB9A 3LITA 5P8NA 1LV1A 5C9FA 2Q3KA 3LINA 3G70A 4J1CA 2JYSA 3UDQA 4FRSA 3QBHA 3FV3A 3T6IA 5P5OA 2BBBA 1IZDA 1FMXA 5P4WA 1XE6A 2HB3A 1YTHA 4I0GA 5AH6A 2IKUA 2F3EA 2O40A 4R8YA 2IGXA 2QI3A 2QMGA 2G26A 3K4VA 5P3ZA 5P8TA 2HM1A 5P4LA 5P6PA 4QGIA 5P7WA 4Y35A 3JW2A 1N49A 5P8QA 3PLLA 1OD1A 5P1WA 5P3OA 5P4AA 1E80E 3PWRA 3TOFA 1B6MA 5P3DA 5P8IA 1QBRA 3VYEA 4Y3ZA 1XL2A 4B00A 1WBKA 5P6IA 3M9FA 5P60A 5P5EA 5P76A 3KT5A 5P6RA 3DK1A 3O9HA 2IENA 5I3VA 1FF0C 2ZHRA 4GJ8A 3K5FA 2R3WA 2WECA 3FNUA 2PYMA 5P4EA 2A1EA 1ZTZA 1MVPA 2AIDA 5DPZA 2IEOA 4Y45A 5OZAA 3DJKA 1YX9A 1LZQA 1HVRA 2ZYEA 2ER6E 3RTHA 4ER2E 2Q11A 5P40A 3OY4A 2ASIA 2BPYA 4HE9A 3ZKNA 1QS8A 5IVSA 5P3VA 2BPVA 2O4SA 3R2FA 1TW7A 4Y48A 3KDDA 4ZEAA 1LYBA 4CPSA 3OXCA 4HDPA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 1EC2 A;  4J0V A;  4PYV A;  5OZG A;  2HS2 A;  5P8G A;  3BUF A;  5P4U A;  1K2B A;  2I4Q A;  2SAM A;  4XKX A;  5P1J A;  1MEU A;  1PSO E;  3R1G B;  4I0H A;  3QP0 A;  4DQC A;  5P2S A;  5P26 A;  3BC4 A;  1HRN A;  3L5D A;  2VS2 A;  5P0O A;  5P6Y A;  2QNN A;  4Y4E A;  2QHY A;  3PSG A;  1EPP E;  2WF2 A;  4I10 A;  3QS1 A;  1MSM A;  4I0I A;  2ER9 E;  5P7A A;  2QMF A;  2VIZ A;  5OZP A;  3SM2 A;  4GJ5 A;  5EZX A;  5P6Z A;  4Y3E A;  2P3B A;  5KR8 A;  1EPR E;  3BXR A;  3Q6Y A;  4U7V A;  5AHB A;  3URL A;  4F73 A;  3ZKM A;  3UDJ A;  3SQF A;  2G21 A;  5P1Q A;  2IRZ A;  3MWS A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3NLS A;  5OZQ A;  2QD8 A;  1B11 A;  4LL3 A;  3NSH A;  5P6H A;  4B1E A;  4YCK A;  4D85 A;  3A2O A;  5P7S A;  4D89 A;  1RNE A;  4DUS A;  2PSU A;  4AZY A;  2QI0 A;  4Y5K A;  3APP A;  3O9D A;  5P5N A;  1MT8 A;  4LBT A;  4EHC A;  2R5Q A;  1GVW A;  4PHV A;  3BHE A;  1K6T A;  3GI5 A;  5P2M A;  2B60 A;  2ZGA A;  1XN3 A;  5P45 A;  4HDB A;  3I2L A;  4QJA A;  1FMU A;  4J0P A;  1A30 A;  3EKT A;  4GJ9 A;  5P6L A;  5P24 A;  5P67 A;  4I0J A;  2AOF A;  1FQ5 A;  3BRA A;  3LZS A;  3OUB A;  3UPJ A;  4ACX A;  1MRX A;  4FS4 A;  1D4I A;  2ZHS A;  4Y5N A;  3RTM A;  2AVQ A;  5P30 A;  1HIH A;  2JJJ A;  1W51 A;  5P34 A;  3ZKQ A;  5P5A A;  5P0Y A;  5P8R A;  5T4S A;  4I0Z A;  5OZO A;  1YT9 A;  5P74 A;  4CPQ A;  5I3Y A;  5P56 A;  1KZK A;  3NU6 A;  5P0P A;  3KDB A;  5P58 A;  2PWC A;  3O9F A;  3LIY A;  5OYZ A;  5AH7 A;  2NXM A;  2NNP A;  2CEN A;  1D4K A;  5OZC A;  4DJO A;  3MSJ A;  1HXB A;  1TCX A;  3PCW A;  3LNK A;  5P7C A;  1BVG A;  2IL2 A;  4FAF A;  2OAH A;  3HDK A;  3LZV A;  1B6J A;  3TNE A;  4L7G A;  1LYA B;  1GKT A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3NLS A;  5OZQ A;  2QD8 A;  1B11 A;  4LL3 A;  3NSH A;  5P6H A;  4B1E A;  4YCK A;  4D85 A;  3A2O A;  5P7S A;  4D89 A;  1RNE A;  4DUS A;  2PSU A;  4AZY A;  2QI0 A;  4Y5K A;  3APP A;  3O9D A;  5P5N A;  1MT8 A;  4LBT A;  4EHC A;  2R5Q A;  1GVW A;  4PHV A;  3BHE A;  1K6T A;  3GI5 A;  5P2M A;  2B60 A;  2ZGA A;  1XN3 A;  5P45 A;  4HDB A;  3I2L A;  4QJA A;  1FMU A;  4J0P A;  1A30 A;  3EKT A;  4GJ9 A;  5P6L A;  5P24 A;  5P67 A;  4I0J A;  2AOF A;  1FQ5 A;  3BRA A;  3LZS A;  3OUB A;  3UPJ A;  4ACX A;  1MRX A;  4FS4 A;  1D4I A;  2ZHS A;  4Y5N A;  3RTM A;  2AVQ A;  5P30 A;  1HIH A;  2JJJ A;  1W51 A;  5P34 A;  3ZKQ A;  5P5A A;  5P0Y A;  5P8R A;  5T4S A;  4I0Z A;  5OZO A;  1YT9 A;  5P74 A;  4CPQ A;  5I3Y A;  5P56 A;  1KZK A;  3NU6 A;  5P0P A;  3KDB A;  5P58 A;  2PWC A;  3O9F A;  3LIY A;  5OYZ A;  5AH7 A;  2NXM A;  2NNP A;  2CEN A;  1D4K A;  5OZC A;  4DJO A;  3MSJ A;  1HXB A;  1TCX A;  3PCW A;  3LNK A;  5P7C A;  1BVG A;  2IL2 A;  4FAF A;  2OAH A;  3HDK A;  3LZV A;  1B6J A;  3TNE A;  4L7G A;  1LYA B;  1GKT A; 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5P4NA

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