5P4QA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 215
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4qA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4qA01
5P0UA 5ENKA 2EWYA 5HE5A 4E43A 1C70A 4D85A 5P6RA 5P8SA 3S43A 3VF3A 1T7KA 3AUPA 5P5QA 5F01A 1MRXA 3GGVA 2QI4A 1M4HA 4GMIA 1BXOA 4IVTA 5P3IA 1IDAA 2FXEA 2IL2A 5P1JA 5P34A 5P6YA 4GJDA 4NJUA 3TKGA 1RL8A 5P1FA 5P6VA 1B6LA 2QP8A 4Y4TA 3D3TA 1HXWA 5P7SA 4JP9A 5P78A 2WL0A 4EJDA 3UF3A 3DV5A 5P2ZA 5P3WA 4DUSA 5AH6A 5P6UA 4YBFA 4B05A 1APTE 4I0HA 3VSWA 5P2XA 4B1CA 4EHCA 4ZSPA 3ZKIA 1FGCC 1LF4A 4EP3A 4NJVA 1AM5A 4H3FA 1GKTA 5P39A 3LIYA 3LIVA 3SM1A 4R91A 3OADA 1LZQA 5P5TA 4Z4XA 2Q54A 2IGYA 2XYEA 1SIVA 4R92A 5P5LA 3M9FA 1FF0C 2O4SA 4NPUA 4Y3YA 3NLSA 3FNTA 2IRZA 1TZSA 3OAGA 5P2OA 3PLLA 2AOGA 3TLHA 4YCYA 3UTLA 5P33A 4NKKA 1T6GA 5P15A 2WEAA 3LZYA 4Y4DA 4Y38A 1FFIC 2OHSA 3GI4A 3H0BA 4JPEA 4RVXA 5P4PA 4Y54A 5P27A 3PEPA 1W51A 3URIA 5P2GA 2FXDA 2Q55A 4Y47A 5P1TA 5P61A 1W5YA 1HPOA 1PFZA 2ER7E 3KFNA 1A30A 1U8GA 3EL0A 5OZZA 2R3TA 5P89A 4I11A 3OHFA 2JJJA 3OU1B 4B1EA 5P59A 4LBTA 4ZEAA 3SFCA 1BVGA 2AVSA 5IVSA 3UQXA 4Y48A 4FAEA 1A94A 3K4VA 5P4LA 3EKWA 4PPHA 4L7GA 4Y5CA 3O9CA 4LXMA 1M0BA 3VEUA 1EPNE 2NNKA 4YD4A 3OXVA 1HSHA 3SM2A 1BV7A 3HVPA 5P2IA 5P76A 3IGBA 4DPIA 5P5GA 3BGCA 2QD7A 5P6IA 3VLBA 1YTJA 1MUIA 1K6VA 1KZKA 5P0VA 1F7AA 2ZJLA 4RROA 4OBZA 1HHPA 5P4QA 4M8XA 5P7ZA 1IZIA 3O99A 2HS1A 2QZKA 3ER3E 4I0ZA 5P5KA 2P3BB 3LZSA 5P3VA 2G22A 5P4IA 5P7FA 3OUAA 1LF3A 3QRMA 2NPHA 2IENA 5PEPA 4Y51A 4KE0A 3FNUA 3PGIA 4HDBA 3O9EA 1T6EX 3OGPA 5P1ZA 1G35A 3DM6A 4YA8A 4DJPA 3UDJA 1J71A 4ER2E 3RTHA 2R3WA 2V10C 1B5FB 5P20A 3WZ8A 2G21A 5I3VA 2RENA 1BILA 5P02A 4A4QA 1XE6A 3SA7A 4Y3NA 3S53A 3NXEA 5UPJA 4Y36A 4ZSQA 3MSKA 3NYGA 5P0LA 1JLDA 3QI1A 2VIEA 3PBDA 4X7IA 5OZTA 3S43B 3ZKMA 5P6BA 4Y56A 3TPRA 2NMYA 2VA5A 5HCTA 4Y50A 5P5SA 4YCTA 5P6AA 2ZYEA 5P8IA 5P7GA 2J9KA 1EPQE 3PMUA 1Z1HA 3FNSA 5P6XA 2NNPA 2QI0A 5P6KA 3SA8A 4OBFA 6UPJA 3QRVA 3KN0A 2QD8A 5OZFA 1DP5A 2VNNA 1NPVA 1LS5A 1FQ8A 1BDLA 1D4YA 3EKVA 1QBUA 2BPWA 3T6IA 4Y5MA 1XL5A 1W5VA 3D1YA 3KFPA 2HB3A 1AZ5A 3ZPSA 4YD5A 1TCWA 5C9DA 4YBIA 4DPFA 5ER1E 1SGUA 3EL4A 2ZHTA 2B8LA 5P0OA 4B77A 3KMYA 5P4ZA 1MSNA 1HPXA 5C9BA 1PSOE 4AMTA 3OADB 5P7HA 2HB2A 3K5CA 4RRNA 4WTUA 3OQ7A 5I3WA 1EC0A 1SIPA 3VLAA 4H3IA 1SGZA 5P2TA 2ASIA 5P7EA 3OAGB 3SKGA 1D4KA 1D4LA 2APRA 4HDPA 3BGBA 4L6BA 1HTGA 5ISKA 2QMFA 1SDUA 1FQXA 5P36A 5P5MA 3EKPA 4J0PA 5P2NA 4A6BA 1BBSA 2QZLA 3R2FA 3H5BA 5CONA 1IZEA 5P3ZA 3KYRA 5P73A 4K4RA 4DI2A 5OYWA 5P04A 1SMRA 4NPTA 5P3KA 1BVEA 4YDGA 5OYUA 5P2VA 2Q3KA 5P8LA 1BXQA 5P23A 1MSMA 1KJGA 2WEBA 5P31A 1W5WA 5P8TA 5P1DA 5KAOA 3NR6A 3HAWA 2V13A 3O9FA 4Y5EA 1ZP8A 2FNSA 3NU3A 5P1RA 4FM6A 5P3YA 1G6LA 5P64A 2NTRA 5P05A 4QLHA 1SMEA 5OZ7A 2JXRA 2VIZA 3L59A 5AH8A 3INFA 2ER9E 5P4HA 1NPAA 1HXBA 5P62A 3IXJA 3O9DA 5P69A 4LC7A 3GI6A 2OHQA 2A4FA 1HBVA 5P4TA 5P5CA 5DR1A 4OBZB 3VYFA 5P66A 3IXOA 2QI5A 5OYRA 4K4PA 3KFSA 1K6TA 5DR0A 4J1IA 4Y57A 5P0FA 4DQFA 4J1HA 1HPSA 4OBHA 2ZHRA 3B80A 3S56A 4Y5NA 5DR3A 5P3MA 4Y3RA 1AIDA 5P5XA 4FCOA 4X2LA 2IEOA 3PWMA 5P3EA 3BHEA 4GJ8A 5P48A 4FAFA 3KDDA 3ZL7A 4YE3A 3WB4A 2G69A 1AXAA 3KFRA 3L58A 5P7IA 1EBYA 4DJWA 1Q9PA 2PWRA 5P0TA 5P08A 1HIHA 5P0CA 5P6WA 3BUGA 1HOSA 4DQHA 5P2UA 4BFDA 4EP2A 3QPJA 1LV1A 3U6AA 5P3GA 1QDMA 3OOTA 5P5IA 5P5DA 4MC9A 3UCBA 3O9IA 3SACA 7UPJA 3BXSA 3INEA 5P03A 2VJ9A 2I4UA 5P7OA 5P18A 1AAQA 4D89A 5OYXA 4I8WA 1ZSFA 4ZPFA 3PI5A 1E80E 3T7PA 1GVUA 5P0AA 3RU1A 5P43A 2FS4A 5P3QA 4S1GA 1UPJA 1B6PA 3N4LA 5P12A 5P2LA 1EBWA 1FIVA 5P3DA 3SABA 4Y5LA 4GIDA 5P8UA 5P7AA 1HVRA 3IVHA 5P4AA 4Q1YA 4GB2A 1DMPA 4FRSA 5P6JA 1WBKA 5P47A 2P3DA 3KA2A 4I0DA 5P8JA 2OHMA 3PCWA 3EL1A 3OUBA 4DQEA 3OTSA 4COEA 1HSGA 1QBSA 5P75A 3I7EA 1MTRA 3HBOA 3G72A 5OZ8A 4EPJA 2Z54A 2H6SA 5HE7A 5P3NA 1T7JA 5P38A 1EC1A 2V11C 1CPIA 5P3CA 3S7MA 3UDHA 4J0TA 4BEKA 5HDXA 1QBRA 4B70A 2B7FA 3DOXA 3K4VC 2IKOA 4JOOA 2AOEA 4CPRA 3PI0A 2P8HA 3PWWA 3OY4A 1TCXA 4APRE 5P84A 2VS2A 2F3FA 5P0HA 5OYVA 1KJ4A 2BPYA 2Q5KA 5P4CA 1QBTA 3VYDA 1ZSRA 2WECA 2AOHA 2HS2A 3ZLQA 3Q5HA 3IVIA 3UDPA 3VSXA 3RSVA 3EKXA 3OXWA 5BRYA 4FIVA 5P3BA 5P58A 5P6LA 5OZNA 3NUOA 5ISJA 3KT5A 5E5KA 3VF7A 5DR4A 5P4RA 4I0EA 3QBFA 1BAIA 4Q1XA 4Y4AA 4H3JA 5P3HA 3NWXA 1IDBA 5OZSA 5P2DA 1YX9A 4I0IA 4MC6A 2HPEA 5P0JA 5P72A 1A8KA 3GW5A 5I70A 3NU6A 3OQAA 1GVVA 1FQ6A 2QMGA 4Y4ZA 5P49A 2QMDA 4Y3XA 5P7PA 3TNEA 5HDUA 3NDXA 3APPA 4WY6A 3ZKNA 5P28A 4D83A 1G0VA 5OYTA 1FMBA 1RPIA 3Q4BA 1YM2A 5P1NA 3A2OA 4PEPA 5P50A 4KUPA 1FQ7A 3G70A 3PMYA 5AHBA 2PC0A 2FNTA 1EPRE 3URLA 4LXAA 5P2HA 1HEFE 1B11A 2WJOA 3WB5A 3LPJA 3NDTA 3QAAA 2UY0A 4XX3A 4Y3AA 3MSLA 7HVPA 3EKQA 5P88A 3FIVA 5JFUA 3UDYA 4J54A 4Y3MA 3DK1A 5P4NA 5P5WA 1EPPE 1OD1A 5HDZA 3MXDA 4RRSA 1LYBA 3EMYA 5OZ3A 2AVMA 4I12A 4CPXA 2G94A 3OWNA 3TOHA 3VG1A 3O9LB 2XFIA 5OZLA 4EQJA 5P7QA 1IBQA 1HIVA 2FDDA 2FMBA 3O9AA 4XX4A 1KJFA 3O9GA 5P3FA 3QRSA 3UFLA 5P65A 5DQCA 4L1AA 5P1PA 3OU3A 4GZFA 1FB7A 2OHPA 4Y3QA 5P7WA 3PSYA 1SP5A 1EPOE 3WZ7A 2G1YA 5P86A 3FSMA 1ODYA 4Y3EA 5P0WA 5OZHA 5P26A 4F76A 5P1LA 4GJ7A 2Q63A 5HU0A 3IN3A 4GJCA 4RZ1A 4Y3LA 5P09A 4KE1A 1HIIA 1EPLE 1K6CA 4HZTA 1D4JA 5T4SA 2AVVA 4AUCA 5P74A 4J5JA 5P7UA 1HVCA 5P8MA 4K9HA 4LHHA 1YT9A 1LYAA 5P3XA 2JJIA 1W6IA 1PPKE 5OZGA 5BWYA 2PH8A 3B7VA 1A8GA 5P1IA 5SY3A 3L5FA 3LIQA 5P4OA 3VV8A 3T7QA 2VJ7A 4FSLA 4ER1E 5P0YA 4H1EA 3PM4A 5HTZA 1GVWA 3U71A 2QK5A 3Q3TA 5HVPA 5P46A 5P37A 3L38A 4Y5PA 3S8IA 5P14A 2I4QA 5OZIA 5P4XA 3SA9A 4Z2ZA 4D8CA 5P6TA 2XYFA 3EKYA 1EC3A 1XDHA 5KR2A 3EKTA 4YCKA 4EXHA 1D4SA 2RMPA 5OYZA 3T7XA 5P3JA 4LP9A 9HVPA 3QP0A 5P83A 1FG8C 5P2BA 5P1MA 1TSUA 3FV3A 5DPZA 5P8CA 3EM3A 3DV1A 1ZLFA 4DJXA 1GVXA 5OZJA 5P41A 5OZAA 4YHQA 2R5QA 2OHLA 4CMSA 5P8NA 4DJUA 2BB9A 4WY1A 5P6ZA 4BELA 3PCZA 5SY2A 2WF1A 1SH9A 4GJ9A 4Y39A 3ECGA 5P06A 5P5HA 1VIKA 2AZCA 5P6EA 1PROA 3INDA 5P0GA 5P1EA 1GNOA 4DFGA 5DQ4A 3SO9A 5KOQA 1EPME 3L3AA 2O4LA 2AZ9A 5P8DA 5P16A 2OHUA 4Y3WA 4RVIA 5P60A 4RVJA 3I6OA 4Y4UA 5P77A 3TPJA 4OC6A 5P7VA 2I4DA 3LNKA 4B78A 3D20A 3BUHA 5P19A 5EZXA 5KR8A 5P6FA 1EEDP 2J9JA 5OZ1A 3K1WA 2QI3A 5P4JA 5P6HA 1N49A 1K6PA 5P71A 5P5OA 2OHRA 1EAGA 1OHRA 3FKTA 4FRJA 1A9MA 5P7LA 5P4WA 5P7RA 2ZHSA 2A1EA 4LXKA 2P83A 3S45A 1E81E 3SA6A 5OYYA 2I0DA 2BKSA 3QS1A 2PH6A 1ZBGA 5P1GA 5P24A 2WF2A 2HC0A 3QVIA 4R5NA 4EXGA 4Y37A 3QN8A 5E5JA 3UFNA 4B0QA 5P4EA 3HLOA 1DPJA 3KM4A 3I25A 4DV9A 4TRYA 1MT8A 2NMZA 5P4VA 5P6MA 1LYBB 2WHHA 5P1YA 3ST5A 1DAZC 3HZCA 2O4KA 2RSPA 3EL9A 4Y35A 5HU1A 5OZYA 3G6ZA 2PYMA 5P5FA 4OBJA 4DQBA 3JVWA 4HA5A 2R5PA 1RNEA 2G27A 2QNNA 5COPA 3ZMGA 4ZIPA 3OK9A 2WF0A 5COOA 4L1AB 1HTRB 1IZHA 2AOFA 3RTMA 5P70A 5KQFA 5P40A 1MERA 4B00A 5P53A 2ZJHA 2V0ZC 4RCFA 4Y44A 5P85A 2OHNA 4OD9A 3WSJA 3SA3A 5DGUA 3RTNA 1C6YA 1LEEA 4EJKA 1QS8A 4HE9A 3SPKA 2G1OA 3PRSA 1LYAB 4FRKA 5P4KA 4RLDA 4ACXA 1HTEA 3OU4A 1DW6C 4Y5BA 5J25A 4J0VA 1HVJA 3LIZA 1SDVA 5P6PA 5OZ0A 3RVIA 2AODA 1T3RA 4U7QA 3SA4A 1FMXA 1HVHA 1FG6C 3LITA 3IA9A 3DCKA 2QNQA 5IVRA 6FIVA 4HVPA 5P1KA 5DQ2A 5P3OA 5OZ9A 1D4IA 1W6HA 1MESA 5JODA 5P42A 2Q64A 4FM8A 5P2FA 5P0RA 1MIQA 3UPJA 1B6MA 1YTHA 2ER6E 3INHA 1HVKA 2ZHUA 5P7YA 5P0EA 2QAKA 5OZUA 3JW2A 5P25A 5P1CA 4EWOA 1T7IA 3O9LA 3O9BA 4A6CA 5ENMA 5TOLA 2PQZA 2IQGA 3OTYA 2BPZA 1K2CA 5P4SA 3I8WA 3HW1A 5EZZA 3VV7A 4OBKA 2VJ6A 6APRE 2ZJMA 3EC0A 4J0YA 2ZE1A 4Y3PA 1MTBA 1B6KA 1FKNA 2RKGA 5P0PA 2AOIA 1LYWA 2JYSA 5JFPA 2NXDA 2XFJA 4I0FA 3IXKA 4Y43A 2G24A 2QHCA 5C9FA 2B7ZA 3ZOVA 5P2EA 5P3AA 5P7MA 4R8YA 2B42A 2ZGAA 3SAAA 4CPUA 8HVPA 3GGXA 2BKTA 3CKRA 3TPLA 4OC6B 5P4BA 2R8NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0U A;  5ENK A;  2EWY A;  5HE5 A;  4E43 A;  1C70 A;  4D85 A;  5P6R A;  5P8S A;  3S43 A;  3VF3 A;  1T7K A;  3AUP A;  5P5Q A;  5F01 A;  1MRX A;  3GGV A;  2QI4 A;  1M4H A;  4GMI A;  1BXO A;  4IVT A;  5P3I A;  1IDA A;  2FXE A;  2IL2 A;  5P1J A;  5P34 A;  5P6Y A;  4GJD A;  4NJU A;  3TKG A;  1RL8 A;  5P1F A;  5P6V A;  1B6L A;  2QP8 A;  4Y4T A;  3D3T A;  1HXW A;  5P7S A;  4JP9 A;  5P78 A;  2WL0 A;  4EJD A;  3UF3 A;  3DV5 A;  5P2Z A;  5P3W A;  4DUS A;  5AH6 A;  5P6U A;  4YBF A;  4B05 A;  1APT E;  4I0H A;  3VSW A;  5P2X A;  4B1C A;  4EHC A;  4ZSP A;  3ZKI A;  1FGC C;  1LF4 A;  4EP3 A;  4NJV A;  1AM5 A;  4H3F A;  1GKT A;  5P39 A;  3LIY A;  3LIV A;  3SM1 A;  4R91 A;  3OAD A;  1LZQ A;  5P5T A;  4Z4X A;  2Q54 A;  2IGY A;  2XYE A;  1SIV A;  4R92 A;  5P5L A;  3M9F A;  1FF0 C;  2O4S A;  4NPU A;  4Y3Y A;  3NLS A;  3FNT A;  2IRZ A;  1TZS A;  3OAG A;  5P2O A;  3PLL A;  2AOG A;  3TLH A;  4YCY A;  3UTL A;  5P33 A;  4NKK A;  1T6G A;  5P15 A;  2WEA A;  3LZY A;  4Y4D A;  4Y38 A;  1FFI C;  2OHS A;  3GI4 A;  3H0B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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