5P4SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 217
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4sA01
3INHA 5P4WA 1SDUA 1Z1HA 5OZGA 3KDDA 1YTJA 3IN3A 4LC7A 4BELA 1FMBA 3KDCA 5P6MA 3TOGA 5P0EA 5P0UA 1A30A 4JPEA 3LHGA 1EPOE 4OBJA 4RCFA 4FL8A 5P13A 3SACA 4Y41A 3K4VC 3IXOA 1ODYA 4I8WA 2G24A 2QZXA 5P6GA 5P71A 2UPJA 1NPAA 5P6XA 2Z54A 5AH9A 3TPJA 4J0TA 4QGIA 3ZPTA 1B5FB 3LIYA 5I3VA 2Q54A 2PMAA 4FRJA 1TCWA 5P7GA 2BBBA 3S54A 4X2LA 4ZSMA 3BGBA 2QZLA 4Y5KA 1GVWA 3PSUA 5P55A 3SA3A 1FMUA 1G0VA 1K6PA 1GNOA 5P5NA 5P0GA 2V13A 1HPVA 4Y5NA 4A4QA 4JPCA 4ER2E 3UQRA 3HBOA 3EL1A 2QHZA 1E81E 2HB4A 2VA6A 1MSMA 5P80A 1AVFA 1W50A 4LHHA 5P5UA 5P45A 4CPQA 1GKTA 4Q1XA 2V0ZC 1TSQA 3LIXA 2HPFA 3UQXA 4I0ZA 3SA8A 4R92A 1C6YA 4B78A 4Y4UA 3L59A 5P8GA 3OXVA 4FIVA 5P0XA 4H3JA 5P1AA 2FGUA 3CICA 3K5FA 1EPME 5P3QA 3O9BA 4Z4XA 1LYBA 3K1WA 2G21A 3FNSA 4AA8A 5P7IA 2FIVA 5P76A 3EL0A 4Q1NA 1ENTE 1MSNA 5P8QA 1KZKA 2IDWA 2B42A 2ER6E 3M9FA 5P1CA 3EKWA 5P42A 2F3EA 5P20A 3SFCA 3WB4A 3ZLQA 4DQGA 3PM4A 3L5FA 4KB9A 2NTRA 5DGUA 2V10C 3H5BA 1QBUA 2QHCA 5P63A 5P8JA 3TTPA 3IA9A 5P6WA 5KQZA 4NJVA 4CKUA 6FIVA 4GJAA 1D4IA 4Y3TA 3LIQA 4R91A 5P7FA 3EL4A 1YM4A 3VV6A 1CZIE 1LF2A 5P2DA 1FQ8A 6UPJA 4Y3WA 5P6BA 4B0QA 1T7JA 4DJWA 1GVTA 2AOHA 4ER1E 3VF5A 2QHYA 5IVSA 4RRNA 4DV9A 5OYSA 1FB7A 4EJ8A 2VIYA 5OZIA 4YOAA 2AOEA 3BC4A 3LIVA 1AZ5A 4I0GA 5DR7A 4B77A 3O9LA 2ER9E 2JXRA 5OZ1A 4NJTA 2UY0A 2QI4A 4QJ7A 5P6TA 5OZ4A 1EBKC 1AM5A 2QMPA 2ZHRA 4DPIA 2IRZA 2ZJMA 3T3CA 5IVRA 1UPJA 1E82E 2WJOA 4JOOA 4QLHA 3KFRA 4DJVA 3GI5A 1HSGA 5P2GA 2ZJHA 5P6SA 4D89A 2I4XA 3O9GA 5P0SA 5T4SA 1XE6A 4APRE 1BWAA 3OOTA 4ZSPA 5OYTA 3QBHA 5DQ1A 1M0BA 5F00A 4YDGA 5DPZA 3QVCA 4YD4A 3L5BA 4B1DA 3BHEA 5P4PA 3MSLA 4MC1A 2JJIA 3HZCA 3OADA 1B11A 5P3AA 4EHCA 4ZIPA 2QI0A 2P3BA 5P4DA 5OZBA 3DCKA 1YG9A 3FNTA 4OBZA 4XKXA 5AHCA 5SZ9A 3ZKQA 2XFJA 2G27A 2VA5A 5P3YA 4RROA 3UTLA 4Y48A 3D3TA 1B6MA 1D4SA 1ME6A 1NPVA 3LZYA 3UDNA 4ZPGA 2ZE1A 1EC3A 2PSVA 3NSHA 5P8SA 5P8UA 3OQAA 4HDBA 3PEPA 3TPPA 1QBRA 3KT2A 4Y5EA 3S43A 4Y3PA 2PC0A 1IDBA 1RPIA 1FKNA 5P8NA 3K5GA 3BVAA 2EWYA 3ZKNA 5AHBA 2QP8A 3OGQA 1BIMA 2BJUA 2F81A 5P0ZA 1HWRA 1HBVA 2O4PA 3KN0A 1BWBA 1KJ7A 4TRYA 5HCTA 1D4KA 3CKTA 1ODXA 5BRYA 3R2FA 5P0RA 5P2IA 3F9QA 3KDBA 4DH6A 2RKFA 4TRZA 3IAWA 4UPJA 3NDWA 3QPJA 5P2QA 5P4OA 5P40A 4GJ6A 5HU1A 3K4VA 5P0CA 5P3ZA 2R43A 3OK9A 4EJDA 4GJ7A 3QRMA 5B18A 2V11C 5P2AA 2B7ZA 1NPWA 3VFAA 2QD8A 1GNMA 5P16A 2B8LA 3ZKSA 3LPIA 4I0EA 2AZBA 2A1EA 5P4TA 2VJ9A 3SLZA 5P5FA 1JLDA 3R1GB 4ZSRA 3BGCA 5P1QA 8HVPA 2BPZA 2NNKA 3LZUA 5P5QA 5P8EA 4J1HA 3IXKA 3SQFA 3PRSA 1RQ9A 4J1CA 1J71A 3S45A 2Q5KA 1HSIA 4WY6A 2HB2A 5P1TA 5P0KA 5UPJA 1EPNE 2FXDA 3QIHA 5P6PA 4DVFA 3PCZA 5HD0A 5P6RA 3L38A 1QBSA 5P6LA 1M43A 1BVEA 1UH9A 3BUGA 3SA9A 4YCYA 5KR8A 1ZPKA 3L58A 5P03A 1HIVA 2IENA 2J9JA 1CMSA 4EXHA 1BXQA 3EKTA 2ZHVA 5P0TA 1BAIA 1TQFA 5P8AA 5SY3A 3OQ7A 3D1YA 3VEUA 1BV9A 4M8YA 1RNEA 1FIVA 1QS8A 2R38A 3CMSA 1HVSA 5ENMA 1HVKA 2QI7A 2QU3A 1ZP8A 5ER1E 1G6LA 2I4WA 2AZCA 5P18A 2I4UA 5P5IA 3VG1A 3FNUA 1LF3A 5P5XA 2CEMA 2RENA 2WECA 4DJOA 4GJ5A 5P0WA 1LYAB 5AH6A 4DPFA 3MXDA 3NWQA 5P1WA 5P14A 1W51A 3O9EA 4A6CA 4KE0A 3WB5A 5P2YA 2FXEA 2R8NA 4L1AB 1ODWA 1T6EX 4CMSA 1MESA 5P25A 2QI6A 3FKTA 4I11A 5P7QA 3RTHA 1FQ7A 1W5WA 3VYDA 2AOJA 5OZPA 3FSMA 5P4IA 4J55A 5P4LA 3L5CA 2B60A 1EBWA 4Y3RA 5J25A 5EZXA 4Y35A 5P4SA 5P7LA 4QJ6A 5P5DA 5P06A 3UDQA 5P7PA 5P3MA 4Y37A 5DQ2A 5P2OA 5P5GA 4RYGA 3SABA 1BDLA 5P3GA 3H0BA 3PBZA 5P6JA 4I0JA 1EPRE 2V16C 3NUOA 5P3BA 3OUBA 5AH8A 2G1SA 4RVXA 1K1TA 1MVPA 5OZ0A 3QRSA 2HIZA 5P7KA 5P7OA 2PH6A 5IVQA 3QVIA 4U7VA 3SO9A 5P49A 2ZJIA 3LITA 4K9HA 3PCWA 2AVMA 5P3NA 4WY1A 5P4JA 3AUPA 4Y4ZA 1LYBB 1C6ZA 4EJKA 2WEZA 3T6IA 2P3AA 5P7TA 5P4CA 3HLOA 2G1YA 5OZUA 5P72A 4GJ8A 3TH9A 3OUDB 4AZYA 3RU1A 4FCOA 1ZAPA 2AQUA 3UDPA 5P0IA 4OBFA 3Q4BA 5P11A 4PHVA 5P47A 4B05A 3DM6A 3LPJA 4CPUA 2OHSA 2B7FA 2RKGA 3S7MA 1BXOA 1FEJC 3GI4A 5OZFA 3WZ6A 2Q63A 5P1VA 3U7SA 4ACUA 3KF0A 2QI5A 4NKKA 5P51A 1ER8E 2JYSA 2HPEA 3ZKGA 3ZKIA 3S53A 4Y3DA 5OZYA 4DQBA 1Z8CA 4Y4DA 3ST5A 5P0DA 5IE1A 2Q15A 5KOSA 3HW1A 5P4ZA 2WHHA 1G35A 5P5TA 4L7HA 2IL2A 3VUCA 4TVHA 3ZOVA 1MERA 4ZSQA 5P22A 1YM2A 5P3SA 2IS0A 2APRA 1HPOA 5P8VA 1DPJA 3EKPA 5P12A 5HDVA 3S56A 1PROA 4DQHA 1LYWA 4DJRA 1W5VA 1D4YA 2J9KA 2WEAA 5P43A 4TRWA 1FFFC 3INEA 1A8KA 3EKQA 3OXCA 1EC0A 4B1CA 2ZJNA 2HC0A 5P8IA 3L3AA 1HSHA 1AJXA 5P8CA 3QS1A 5P70A 4AA9A 5P0QA 3RTMA 1SIPA 4CPWA 3PMUA 4XX4A 4Y39A 5BS4A 1W5XA 5HDXA 1Z1RA 2G69A 2AOFA 4ZE6A 4GZFA 3MSKA 4Z22A 1GVXA 3MSJA 4BFBA 2AVOA 1GVVA 2F3FA 4RZ1A 3OY4A 3NU4A 1U8GA 2WEBA 3VYFA 3UDMA 5P36A 4FE6A 5JG1A 2PWRA 3IXJA 2F3KA 2NXMA 5P54A 5P2KA 3RTNA 5OZOA 3O9DA 1HVJA 1MT8A 1PSNA 1MTRA 2HS1A 2VJ6A 5P1XA 3OTYA 5P8TA 5KR2A 1AXAA 2ER0E 2QZKA 5OZMA 2AVQA 2MIPA 2VA7A 4NPUA 3OU4A 4Y4JA 5OZ6A 5P8OA 3OAGA 4Y5MA 4COEA 3T7XA 3JVYA 2G22A 1SMRA 1LF4A 5KAOA 3NLSA 5P67A 1HVCA 5P5EA 4ZEAA 3OUAA 1ZTZA 5C9DA 4Y3XA 2G26A 2ZHSA 5P10A 4I10A 1SDVA 4DQCA 5P1UA 4HZTA 5EZZA 5P4XA 3DOXA 5OZKA 2QCIA 5P4FA 5P50A 5P65A 3UPJA 1SMEA 1HVIA 5P83A 5P1EA 5P2JA 2F8GA 5P7YA 1IZIA 2G1NA 4R5NA 4DJQA 1K2CA 3A2OA 1NH0A 1RL8A 4J0YA 5P0MA 4JP9A 2ZJJA 2BKTA 4DJUA 1FG6C 5P7SA 3VLBA 4FAEA 5P0AA 2P3CA 4X7IA 4RCDA 5P02A 4Y4BA 4J5JA 1B6LA 4Y5CA 5P6AA 1EPLE 4Q1YA 2ZYEA 3B7VA 5P0JA 3R0YA 5P8MA 5P15A 2AVSA 3R0WA 4FM6A 5OZNA 3PSYA 5P3PA 3Q70A 2B8VA 2P8HA 1T7IA 1MTBA 2WF3A 3WZ7A 2O4KA 2OHRA 5KQFA 5OZRA 2BKSA 3HD8A 3EM4A 5ISKA 3URIA 3PGIA 4PZWA 4Y4XA 5P7WA 4Y3YA 4Y3GA 2FLEA 5P08A 1DP5A 5P48A 2VKMA 5P6CA 5P4HA 5OZ9A 4CPXA 4B70A 1HTEA 4Y4EA 1LV1A 3T11A 3OQKA 5P79A 5HCOA 1QDMA 4Z2ZA 5P8HA 5P8DA 1XN2A 2RSPA 1MEUA 2AOCA 3URLA 4AMTA 4RYCA 4M8XA 1FG8C 3O9HA 1B6JA 3CKPA 5P1PA 4YA8A 5OYWA 3BVBA 5DR1A 1N49A 1ZJ7A 1DMPA 1AJVA 4GJCA 3OQDA 4EPJA 1IZEA 2OHNA 2AZ8A 3PHVA 5OYZA 3TNEA 5P3JA 1META 4DJPA 5JFPA 5P3HA 5P6ZA 2QK5A 4HDPA 4I0DA 3U6AA 3S85A 2QNQA 3KYRA 4PYVA 4FAFA 3INDA 1K6VA 4EYRA 3OU3A 4OBGA 4MC6A 5OZ7A 1HVLA 5P1YA 3EKXA 3G70A 3SA5A 5OZCA 3KA2A 4Y47A 3VF3A 5P81A 1Q9PA 1PFZA 5P75A 5P0OA 5P77A 3GGXA 5P7UA 4F73A 1UH8A 2AODA 5P1IA 5P3RA 5P3UA 2QZWA 2FDEA 3SA6A 3PI5A 2CEJA 3JVWA 4Y58A 3ECGA 2O4NA 2PK5A 4J0VA 4Y3SA 4WTUA 5KQXA 5P5KA 3NWXA 3VSXA 3SA4A 3EKVA 4Y3JA 5P1SA 5P09A 2OHKA 4L7JA 4J1FA 7UPJA 5P5ZA 5P4VA 1YX9A 3Q6YA 3QAAA 3LINA 1MIQA 3UCBA 2NR6A 2G1RA 4Y45A 3ZPSA 1IVPA 4EJLA 1EC1A 1HVRA 2IQGA 2O4LA 3PMYA 4LL3A 3GI6A 5P5HA 4H1EA 1B6KA 3TLHA 5SXNA 1K1UA 4K4RA 5DQCA 5P6OA 2OHMA 1GNNA 2A4FA 1HTFA 3S8IA 5OZHA 3T7PA 5P8BA 1MUIA 2QI3A 1KJHA 4YD7A 5P0HA 4AUCA 2SAMA 5P6DA 4OC6B 2IKUA 5OZWA 5P64A 1FMXA 2OAHA 3CKRA 4PZXA 1KJGA 3QI1A 2BPVA 5P5LA 4LXKA 3TL9A 1FGCC 1PPKE 2VNNA 1K2BA 3CYXA 1LS5A 3CIDA 3O9CA 5ENKA 3NDXA 5OZEA 1K6CA 5P2BA 1IIQA 3SM1A 1KJFA 2WKZA 1MT9A 2OHUA 3S7LA 4FSEA 5IVTA 4I8ZA 3OQFA 5OZQA 2ASIA 4GJBA 5P8LA 1LZQA 3NYGA 1OEWA 3GW5A 3ZPUA 5P4MA 4OD9B 1SDTA 1APVE 4Y50A 4XXSA 5OZVA 3HVGA 2IGYA 5P6FA 3PSGA 5P2UA 4RVJA 3NXEA 5ISJA 4OBDA 2PK6A 3CIBA 5P66A 1IVQA 1MPPA 5P59A 3ZL7A 3WSJA 3VLAA 5P5JA 5P73A 4A6BA 4Y5AA 3MWSA 2PQZA 3S2OA 3NDTA 3SM2A 6APRE 1IZDA 3UF3A 1A94A 3FX5A 5P58A 1FQ4A 1BDRA 4CPRA 2FDDA 3APPA 1W6HA 1MRWA 2BPYA 2VNMA 1MT7A 1F34A 1HTGA 2QD6A 5P3DA 5P88A 2AOGA 4APEA 1QRPE 3KMXA 5HDZA 5P30A 5FIVA 5DR8A 4B00A 3IN4A 4U8WA 2QU2A 4Y3LA 5HTZA 1XN3A 2QNPA 3I2LA 1E80E 5OYUA 5KR1A 4YD3A 1APUE 3N4LA 5JODA 5P0NA 5OZ5A 2PSUA 3OOZA 3Q5HA 1RV7A 3KFSA 4DQFA 3UQPA 2ER7E 5P2EA 5OZZA 4Y36A 4YOBA 5P4UA 3PVKA 4J0ZA 5OZ8A 4EXGA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3INH A;  5P4W A;  1SDU A;  1Z1H A;  5OZG A;  3KDD A;  1YTJ A;  3IN3 A;  4LC7 A;  4BEL A;  1FMB A;  3KDC A;  5P6M A;  3TOG A;  5P0E A;  5P0U A;  1A30 A;  4JPE A;  3LHG A;  1EPO E;  4OBJ A;  4RCF A;  4FL8 A;  5P13 A;  3SAC A;  4Y41 A;  3K4V C;  3IXO A;  1ODY A;  4I8W A;  2G24 A;  2QZX A;  5P6G A;  5P71 A;  2UPJ A;  1NPA A;  5P6X A;  2Z54 A;  5AH9 A;  3TPJ A;  4J0T A;  4QGI A;  3ZPT A;  1B5F B;  3LIY A;  5I3V A;  2Q54 A;  2PMA A;  4FRJ A;  1TCW A;  5P7G A;  2BBB A;  3S54 A;  4X2L A;  4ZSM A;  3BGB A;  2QZL A;  4Y5K A;  1GVW A;  3PSU A;  5P55 A;  3SA3 A;  1FMU A;  1G0V A;  1K6P A;  1GNO A;  5P5N A;  5P0G A;  2V13 A;  1HPV A;  4Y5N A;  4A4Q A;  4JPC A;  4ER2 E;  3UQR A;  3HBO A;  3EL1 A;  2QHZ A;  1E81 E;  2HB4 A;  2VA6 A;  1MSM A;  5P80 A;  1AVF A;  1W50 A;  4LHH A;  5P5U A;  5P45 A;  4CPQ A;  1GKT A;  4Q1X A;  2V0Z C;  1TSQ A;  3LIX A;  2HPF A;  3UQX A;  4I0Z A;  3SA8 A;  4R92 A;  1C6Y A;  4B78 A;  4Y4U A;  3L59 A;  5P8G A;  3OXV A;  4FIV A;  5P0X A;  4H3J A;  5P1A A;  2FGU A;  3CIC A;  3K5F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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