5P4TA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 218
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4tA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4tA01
4GJ7A 3ZKMA 4FCOA 3EBZA 1TCXA 5P1BA 1HBVA 2P3CA 1TQFA 5P32A 2JE4A 4ZIPA 3IVHA 4GJDA 4DQHA 5EZXA 3T7XA 4Y4XA 4F76A 2IEOA 2VIYA 5P2BA 2IENA 1IIQA 2I4DA 4Z2ZA 1FMUA 5P13A 1SBGA 5I70A 2PWRA 1F34A 1A8KA 5OZLA 5P0NA 2HS2A 5OZVA 4CPSA 3R1GB 5DQ2A 3IXOA 3OGPA 5P5JA 1ZPKA 1DP5A 4GJ6A 4Y5PA 4QLHA 1N49A 3EC0A 3OK9A 5OZWA 5P4WA 5P7SA 1FQXA 1DPJA 2Q15A 5AHAA 2XYEA 3MSJA 5P29A 5ISKA 1F7AA 1HSHA 5P1AA 4FM7A 5OZZA 5P7GA 4RCDA 1W6HA 4Y5NA 4BFDA 3OAGA 4A6BA 1EC1A 2Q55A 3SM2A 5P7ZA 3BGCA 5P5CA 4K4RA 4UPJA 5OZRA 4YD5A 1W5YA 4R92A 3NSHA 4Y3XA 5P4EA 4YBIA 5OZSA 2QZKA 3NDTA 1OEXA 5P3JA 1NPWA 3OTYA 3UDJA 1NH0A 3HDKA 2PK5A 3TH9A 3UDQA 1MRWA 3G70A 1T7KA 5P08A 2ZHSA 4Y3PA 4TVHA 1BDLA 4RVXA 3ZKQA 5HTZA 1OEWA 2XFKA 5DR0A 1MSNA 4Y39A 4R5NA 5P4YA 5P53A 3S43B 3QBHA 4I8WA 3SKFA 5HU1A 2PSUA 1HTGA 2EWYA 3FV3A 5OYXA 5P1NA 1HXWA 1UPJA 5P77A 5P56A 1FMBA 3L5FA 5P0JA 4ACXA 3VSWA 2WF0A 1IVQA 3SA5A 4PYVA 5P07A 3LZSA 5P1LA 3D3TA 4Y3TA 4DQFA 2AVSA 1FGCC 1W5XA 3VYFA 3O9LB 4OBDA 4Y4BA 3OQFA 2UY0A 4AZYA 2ANLA 3G6ZA 5I3XA 2F3FA 2AOIA 1T6GA 3URIA 2B8VA 3SO9A 5P48A 2V11C 3APRE 4X2LA 3LITA 2PH6A 3O9GA 2G27A 3SFCA 1FIVA 3OQDA 2HC0A 2HPEA 3VLBA 3S45A 5P06A 5HCOA 3L3AA 4ZPFA 1XE6A 4FM8A 5P3HA 2PH8A 4Y4WA 5PEPA 4BELA 1B11A 2BBBA 2ER9E 3KMXA 4J0YA 1APWE 1DIFA 5P6PA 1YG9A 7HVPA 1E82E 5HVPA 1HVRA 4FSLA 5ISJA 3H0BA 2O4LA 2QAKA 3GI0A 5KR2A 1W50A 3DV5A 4YD6A 4YCTA 1HTEA 4DJYA 2QI5A 1BV7A 4QJ6A 4YOBA 2G26A 2ER0E 2R8NA 3BGBA 4XXSA 3HLOA 5P3MA 5P75A 2V00A 1EPPE 3WB5A 5P5TA 3L5DA 2IS0A 2WF3A 4CPQA 3T3CA 3BC4A 2AOJA 3EKQA 2O4SA 5P38A 5P5IA 2G1NA 3APPA 1WBMA 1Z8CA 2RENA 5P2AA 4KE1A 5KQFA 4KE0A 1IVPA 3FSMA 5P47A 5P6LA 2IRZA 5P28A 3HVGA 2QU3A 5P6SA 2V10C 2WEZA 2UPJA 2G22A 5P0VA 5P1YA 3OXWA 2QNNA 2RMPA 3PSUA 5SY3A 4GJCA 1HSGA 4Y58A 2FLEA 6FIVA 1SDTA 2OHKA 5P1DA 5P8VA 2RKGA 5APRE 3ZKGA 5OZXA 4ER2E 5P16A 1IZDA 1UH7A 3LIXA 3IGBA 1KJHA 5P6MA 1E5OE 3L59A 3ZKNA 1PSOE 5P7QA 3OHHA 3LIVA 3URJA 1SIVA 4FS4A 5IVSA 3PWMA 1APUE 5P4XA 5P3CA 1Z1HA 4EWOA 4Y3ZA 4FM6A 5P05A 1HIHA 3ZPSA 5P87A 1MT9A 2NXLA 4CPWA 9HVPA 5P10A 4Y3WA 2V13A 3I6OA 2ZDZA 3I2LA 1HPSA 1GVTA 5UPJA 4B1DA 3VF3A 3VSXA 5OZHA 5P25A 4B78A 3HAUA 4I0JA 3QIHA 5P4CA 4Y5CA 3ZMGA 3S8IA 5P3IA 4ER4E 2AQUA 5P4IA 5TOLA 2G1SA 5I3VA 5P3WA 1IZHA 1ZLFA 1HIIA 4GJ5A 3TL9A 4DJPA 2PSVA 1FQ4A 3OXVA 3SA3A 2WECA 3NXEA 4FLGA 1WBKA 1NSOA 2VIZA 3AIDA 2OHNA 2BPXA 4F75A 5P1OA 1XL5A 1E81E 3SAAA 3ECGA 1ENTE 1PROA 4NJTA 4RGHA 3UQXA 4H3GA 5OZJA 8HVPA 4DUSA 4D83A 3QS1A 4A4QA 1TW7A 1BWBA 1D4KA 3AUPA 1QBUA 2G1RA 3R4BA 1HRNA 1K6PA 2QI6A 3K5GA 4I0EA 5P27A 3RTHA 4R93A 3OUDA 4ZPEA 5P7FA 4CMSA 3PHVA 3I25A 5HDXA 1GNMA 5P5SA 2OHRA 5P15A 4Y36A 2R9BA 4U7VA 5P8RA 2OHTA 5P7VA 3KF0A 5P6JA 5P2CA 5OZKA 5P02A 4Y5BA 3WB4A 3VFAA 1XL2A 2P83A 4COEA 3BXSA 2CENA 2I1AA 4LXAA 4OBZA 1VIKA 2IGXA 2QZXA 2ZHTA 1FQ5A 5P4QA 1A9MA 5AGZA 3KN0A 1PPLE 3CIBA 4FRKA 5P3PA 5P0HA 2HPFA 4B00A 3GI5A 4I0FA 5P3XA 5P85A 3NYGA 3UQRA 2FDPA 2BPWA 4D8CA 1MUIA 5J25A 3A2OA 2QI3A 2AOHA 5P4LA 2FMBA 3RTMA 2AIDA 4FRJA 3KYRA 1K1TA 1MIQA 5P7DA 1ZPAA 3BUFA 3INFA 3KMYA 4WY1A 3DK1A 5P8BA 1ZJ7A 1FKNA 2NMZA 4CPRA 5P3NA 3NDWA 2G1OA 1XN2A 2V12C 4OC6B 4MC2A 1BXQA 4J1IA 5OZ4A 4HDPA 5P5RA 3ZPUA 4DQBA 2V0ZC 5P6KA 2PK6A 4EQJA 1WKRA 2VJ7A 5KAOA 1LF2A 4I0IA 3TOGA 1BDRA 4Z50A 3EKTA 2QHYA 3OQKA 3FNUA 5OZUA 3IN4A 4Y4EA 5OZ5A 5T4SA 3OQ7A 5JG1A 3MWSA 5OYRA 3SA4A 3KFSA 4LP9A 5ENKA 4Y3QA 4ZSRA 4M8XA 5P6ZA 2QMDA 3EKVA 1EC3A 5P6CA 1FMXA 5P1EA 4YDFA 5P0FA 5P7LA 1BVEA 4H3JA 5P4TA 3MSKA 3O9CA 2Q11A 3SKGA 1EBWA 4Y3NA 3T7QA 5I3WA 3NU9A 3IA9A 4ER1E 1SGUA 4IVTA 3S7LA 1HVIA 2FXEA 3ST5A 2G69A 2P8HA 4DPIA 1B6LA 5OZFA 4K4PA 2OHLA 3PCZA 5AHCA 5ER2E 4RYCA 1CMSA 5P19A 5P7IA 1PPME 1ER8E 1FLHA 3HAWA 5P4FA 3Q3TA 2BPVA 2FDDA 5P43A 3NU4A 4HDBA 3ZKIA 3OUAA 4Y3AA 1SGZA 4DJWA 1YT9A 1B6PA 4J1HA 2HS1A 1FEJC 1FB7A 4B1EA 4AMTA 2WF1A 3OAGB 5P36A 1KJ7A 5P69A 3PJ6A 4Y5GA 2VJ9A 4YD3A 5C9BA 1IDAA 4FRIA 4Q5MA 3RSXA 4DJVA 2HB3A 1D4YA 5P79A 5P2UA 2QP8A 3Q6YA 2F8GA 3PEPA 3QVCA 5P1VA 3NDXA 5P0AA 1LYAB 4QGIA 1EPRE 5P6XA 4QJ7A 1FQ7A 2F81A 4L7GA 3SQFA 1MERA 5P8GA 3SA9A 1W6IA 2PYMA 5P20A 5P8QA 5P59A 5P6OA 3DCRA 3NDUA 5P81A 1KJ4A 3O9DA 5P1TA 1A8GA 4GB2A 1M43A 3JVWA 5P8DA 1EPQE 2VJ6A 2ZJIA 5P0WA 5OZGA 1NPVA 3GI6A 4QJ9A 3OU4A 5P12A 2AVVA 5P2VA 4XKXA 1MSMA 2SAMA 4HA5A 1K6TA 4Y50A 4PEPA 5KQYA 4Y47A 3D91A 5P8HA 3BHEA 4YOAA 1XE5A 1SMEA 3UDKA 5P24A 1APTE 3L5EA 4YHQA 5P0SA 2I0AA 5P6IA 2ZHVA 2BKSA 4R91A 2QMFA 3LNKA 5P0OA 4TRWA 5KR8A 4J17A 1GKTA 5P4NA 2A4FA 3OU3A 5DR1A 1G35A 3EKXA 2R5QA 4DFGA 4I10A 4GJ8A 3N4LA 2QHCA 4DJUA 1YTIA 4Y48A 5OYVA 5P04A 3UDYA 5P6UA 5P55A 1EPNE 1BIMA 5P2SA 2AVQA 1TSQA 1LV1A 5P83A 3PWWA 2UXZA 1HXBA 2QNQA 3TPJA 3EM6A 2WF4A 2AOCA 1LS5A 4H3IA 1HWRA 4NPTA 1GNNA 4PZXA 5P2XA 5P8FA 4Y3JA 3URLA 1GNOA 1C6ZA 5P60A 5P5DA 1YTJA 1SP5A 2QCIA 4CPTA 2AOGA 4Y3MA 3WZ8A 5P42A 5P2OA 5P5NA 5P7UA 3GI4A 2B7ZA 2BQVA 5P5YA 2Z54A 3IVIA 3KDDA 4R95A 5P5FA 5P31A 1YTHA 3GW5A 4OD9A 5P0EA 1BBSA 4LHHA 3QRMA 3O9HA 5P0CA 3PMYA 5P5MA 2OHQA 2APRA 4TVGA 4KUPA 1FFIC 3CKRA 3DUYA 3I7EA 5P5KA 5P0YA 5P0LA 5P71A 4PPHA 5P35A 5P33A 5P57A 5CONA 1QRPE 1C6XA 3VCMA 4J0TA 4RCEA 1DMPA 3UQPA 3L5CA 4PHVA 4JPEA 5OYUA 3OWNA 5P68A 4I1CA 2IL2A 1HIVA 2IKUA 3T6IA 3R0YA 4D85A 3PLLA 4J0ZA 4OBGA 1MT7A 5IS4A 3QRVA 2O4NA 1RL8A 1IZEA 4I0HA 1HPVA 3MXDA 2FS4A 3VF5A 2IQGA 3O9EA 5HDZA 5P6BA 4DJXA 1D4SA 4WY6A 5BRYA 5KQZA 5P37A 1A94A 4GZFA 5P45A 2QD8A 1HVSA 1META 1K6VA 1TCWA 2NXDA 4Y4GA 3GGAA 4LC7A 3NWXA 4OBFA 4H3FA 4DVFA 3LPJA 2RSPA 5P8MA 5P8KA 3O9AA 1LYWB 3OADA 5DR3A 1T7JA 1QBRA 4J1EA 5IVTA 2AOEA 5P7BA 3UFLA 4JP9A 2ZJMA 2R3WA 4HZTA 2G1YA 3LINA 3OUCA 2ASIA 5P1XA 5P0KA 3PM4A 3OUDB 1W5WA 4Y4TA 6UPJA 4I0DA 3EM4A 3KDBA 2OF0A 4Y5AA 5IE1A 3LHGA 2XFJA 1FQ8A 4APRE 2FNSA 5P8JA 2XYFA 3LIZA 4Y3FA 1K6CA 1RQ9A 3M9FA 5P51A 2P3BA 2OHMA 4IVSA 4U8WA 5IVRA 4OBZB 4YCYA 1DAZC 2FDEA 5P2EA 5P4OA 1TSUA 3TTPA 5P1FA 5P4JA 4PZWA 5P3DA 5F00A 1QBSA 2CEMA 2R5PA 3I8WA 3CIDA 2PC0A 1LYBB 1B6MA 3QP0A 2NTRA 5P4RA 3T11A 3UCBA 2PMAA 5DQ4A 3N3IA 3L5BA 5P7HA 2BB9A 5P0BA 4FSEA 3UDNA 4DJOA 1RPIA 4I12A 3K5DA 3FNTA 3F9QA 3HVPA 5P3UA 3LIYA 2ZGAA 1XN3A 5HD0A 3DOXA 1MVPA 4EJDA 5P6EA 1HPOA 2B8LA 2HIZA 2BPYA 5P7AA 3VLAA 1CZIE 1BV9A 4L6BA 5P7YA 2I4QA 2R38A 3PVKA 5ER1E 5P2ZA 3R2FA 3EL4A 4Y5KA 3VYEA 5OYSA 5P7TA 2VIEA 5P5OA 3OGQA 5P0RA 5P54A 3QAAA 1UH8A 3BRAA 3VV8A 5P1ZA 3HW1A 2CEJA 4GYEA 3KA2A 4OBKA 5P2GA 5P66A 3U71A 1Z1RA 3OU1B 1YM4A 3Q5HA 5P3LA 1K2CA 4EJKA 4M8YA 4DJQA 5P1GA 5P0XA 3QN8A 5DGUA 2PWCA 3BVAA 3UQWA 4EHCA 3EL0A 2WEBA 1EPLE 1NPAA 4Y51A 5P30A 4NJUA 5P0QA 2B42A 3L38A 2ZJLA 3KT5A 5P8EA 4B0QA 3SPKA 4BEKA 5P50A 3QPJA 1ZBGA 2F3EA 4Y4DA 1OHRA 5P01A 3UDRA 5P34A 1HVLA 4EJ8A 5KOQA 2BJUA 1YX9A 3OTSA 2IGYA 4DPFA 4RRNA 1SMRA 1LF3A 3SA6A 3ER5E 2O4PA 3PRSA 4E43A 4APEA 4Y3LA 2JJIA 1HSIA 3BUHA 3OUBA 2QI0A 1B6JA 3D1ZA 4ZEAA 5P6TA 5P2TA 3TPLA 4J0VA 3K4VA 5P72A 5HE4A 2BPZA 4RVIA 5E5KA 3UDPA 3CYXA 4ZSQA 5P3BA 2VS2A 2ZE1A 3S85A 4D89A 5P74A 3SABA 4ZPGA 5P49A 5P5GA 5P2FA 5P7CA 3BUGA 5P5AA 1D4LA 2QZLA 4LAPA 5OZ7A 5P89A 5P2RA 3OOZA 1FQ6A 1MTRA 5P2KA 4YCKA 5P6RA 5P8AA 5BS4A 1HOSA 1ZSFA 4MC1A 3O99A 3D20A 3SM1A 3OHFA 4Y4JA 5OZQA 1SDUA 3TNEA 3K5FA 1AIDA 3OOTA 2J9JA 2OHUA 4Y35A 3ZOVA 3PGIA 3LPIA 1BDQA 2QI7A 4NJVA 4DH6A 5P4AA 2WL0A 4Y4AA 3HBOA 4EJLA 5P5PA 3SLZA 5P1HA 4RRSA 2WHHA 5EZZA 4FL8A 5P6NA 5P1CA 1B5FA 1G0VA 5OYZA 3UDMA 4MC6A 1MESA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GJ7 A;  3ZKM A;  4FCO A;  3EBZ A;  1TCX A;  5P1B A;  1HBV A;  2P3C A;  1TQF A;  5P32 A;  2JE4 A;  4ZIP A;  3IVH A;  4GJD A;  4DQH A;  5EZX A;  3T7X A;  4Y4X A;  4F76 A;  2IEO A;  2VIY A;  5P2B A;  2IEN A;  1IIQ A;  2I4D A;  4Z2Z A;  1FMU A;  5P13 A;  1SBG A;  5I70 A;  2PWR A;  1F34 A;  1A8K A;  5OZL A;  5P0N A;  2HS2 A;  5OZV A;  4CPS A;  3R1G B;  5DQ2 A;  3IXO A;  3OGP A;  5P5J A;  1ZPK A;  1DP5 A;  4GJ6 A;  4Y5P A;  4QLH A;  1N49 A;  3EC0 A;  3OK9 A;  5OZW A;  5P4W A;  5P7S A;  1FQX A;  1DPJ A;  2Q15 A;  5AHA A;  2XYE A;  3MSJ A;  5P29 A;  5ISK A;  1F7A A;  1HSH A;  5P1A A;  4FM7 A;  5OZZ A;  5P7G A;  4RCD A;  1W6H A;  4Y5N A;  4BFD A;  3OAG A;  4A6B A;  1EC1 A;  2Q55 A;  3SM2 A;  5P7Z A;  3BGC A;  5P5C A;  4K4R A;  4UPJ A;  5OZR A;  4YD5 A;  1W5Y A;  4R92 A;  3NSH A;  4Y3X A;  5P4E A;  4YBI A;  5OZS A;  2QZK A;  3NDT A;  1OEX A;  5P3J A;  1NPW A;  3OTY A;  3UDJ A;  1NH0 A;  3HDK A;  2PK5 A;  3TH9 A;  3UDQ A;  1MRW A;  3G70 A;  1T7K A;  5P08 A;  2ZHS A;  4Y3P A;  4TVH A;  1BDL A;  4RVX A;  3ZKQ A;  5HTZ A;  1OEW A;  2XFK A;  5DR0 A;  1MSN A;  4Y39 A;  4R5N A;  5P4Y A;  5P53 A;  3S43 B;  3QBH A;  4I8W A;  3SKF A;  5HU1 A;  2PSU A;  1HTG A;  2EWY A;  3FV3 A;  5OYX A;  5P1N A;  1HXW A;  1UPJ A;  5P77 A;  5P56 A;  1FMB A;  3L5F A;  5P0J A;  4ACX A;  3VSW A;  2WF0 A;  1IVQ A;  3SA5 A;  4PYV A;  5P07 A;  3LZS A;  5P1L A;  3D3T A;  4Y3T A;  4DQF A;  2AVS A;  1FGC C;  1W5X A;  3VYF A;  3O9L B;  4OBD A;  4Y4B A;  3OQF A;  2UY0 A;  4AZY A;  2ANL A;  3G6Z A;  5I3X A;  2F3F A;  2AOI A;  1T6G A;  3URI A;  2B8V A;  3SO9 A;  5P48 A;  2V11 C;  3APR E;  4X2L A;  3LIT A;  2PH6 A;  3O9G A;  2G27 A;  3SFC A;  1FIV A;  3OQD A;  2HC0 A;  2HPE A;  3VLB A;  3S45 A;  5P06 A;  5HCO A;  3L3A A;  4ZPF A;  1XE6 A;  4FM8 A;  5P3H A;  2PH8 A;  4Y4W A;  5PEP A;  4BEL A;  1B11 A;  2BBB A;  2ER9 E;  3KMX A;  4J0Y A;  1APW E;  1DIF A;  5P6P A;  1YG9 A;  7HVP A;  1E82 E;  5HVP A;  1HVR A;  4FSL A;  5ISJ A;  3H0B A;  2O4L A;  2QAK A;  3GI0 A;  5KR2 A;  1W50 A;  3DV5 A;  4YD6 A;  4YCT A;  1HTE A;  4DJY A;  2QI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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