5P4UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 219
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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connected with : NaN
molecule tags Hydrolase
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4uA01
2I4VA 5P8SA 5C9BA 2CEMA 2AVSA 5KR1A 3DOXA 2NPHA 4KE1A 4ZEAA 2VA6A 3MXDA 2PYMA 4Y5BA 5DGUA 5DPZA 1EBWA 5P72A 1XS7D 3OQ7A 5P6WA 4BELA 4FL8A 4J0PA 5OZWA 5C9DA 2BJUA 3O9HA 1DAZC 5P7GA 5P5AA 1LEEA 2I0AA 5AHCA 3KT2A 4Y47A 4Y5LA 1EC0A 1HWRA 5P3QA 1A8KA 2ZHVA 3NR6A 3OUCA 4L6BA 3QBFA 1FQXA 5OYXA 5P8EA 1D4IA 4FE6A 1EPLE 3QVIA 4Q5MA 1K1UA 5HVPA 5P76A 1ZBGA 2G1NA 4RVXA 1KJHA 1E81E 1RV7A 3Q3TA 4JPCA 2PK6A 3QAAA 4R93A 3HAWA 5OZ3A 5P52A 5P6KA 5P6UA 3KFRA 5P0KA 1YTIA 4Y37A 1ODXA 5P4SA 2Q54A 1FMBA 1OEWA 3ZL7A 1ENTE 3PMUA 5OZ0A 2AIDA 2Q11A 4RCEA 2OF0A 3UCBA 4NPUA 2V13A 4IVSA 2V0ZC 1SDTA 3KFNA 4B00A 3HVGA 1D4JA 2WJOA 1SP5A 3OU1A 5JODA 3RSXA 5P5BA 5P57A 1FGCC 1CZIE 3S43A 2QMDA 3JW2A 2I4UA 2VJ6A 4YE3A 4L7HA 2JJJA 4Y5CA 2IEOA 3OQFA 2HS1A 4FLGA 5P62A 4M8YA 2H6SA 5OZHA 5OYSA 1HVHA 3VV8A 2J9JB 2QMGA 3BHEA 5P2AA 3EKTA 4GJ8A 5P7AA 4KB9A 3WB4A 5P15A 2ZHRA 1W5WA 4H3FA 3O9LB 1XN2A 4J1CA 4FRIA 4EHCA 1W5VA 2WEAA 1GVWA 4B1DA 2XYEA 3NDXA 2BBBA 3OXXA 2XFIA 4U7QA 4PYVA 3ZMGA 1TCWA 4PEPA 5P5QA 4EQJA 4AZYA 3LNKA 1AJXA 5OZZA 4A6BA 3IVHA 3UFLA 5HD0A 4J0YA 5P0MA 5P5PA 3TKWA 1G0VA 3GGXA 2I4DA 5OZEA 1W6HA 5P43A 5P58A 3URIA 4XX4A 4D85A 1BVGA 3PCWA 5P4ZA 5UPJA 5I3VA 2XYFA 3OUAA 3L59A 3T7PA 1C6ZA 3HDKA 1EBYA 2O4PA 4QGIA 3NDTA 3RTNA 5P5HA 5F00A 5P59A 3FNTA 5AH7A 3AIDA 2OHRA 3KMXA 5OZUA 2HB4A 4D8CA 1EPRE 3INDA 5P0OA 2Q5KA 4J17A 3IN4A 2VNNA 3TL9A 1EEDP 1BILA 2FS4A 5I3WA 3T6IA 1HIHA 3WZ6A 4DJOA 1DIFA 1PROA 5I70A 2Q63A 3SKFA 2ZE1A 2OHPA 3HVPA 5P2WA 1B6MA 1LYWA 5P6MA 4EYRA 2R3WA 3LPIA 2BKSA 4KUPA 5P81A 4Y3RA 1F34A 3PI0A 5P0DA 5P42A 1FQ7A 2AOGA 3ER5E 4DPIA 4Y4JA 3OU3A 1HPXA 2NR6A 3CKPA 4Y3MA 4Y4XA 2ZJMA 3OHHA 3UQPA 3NU4A 2QHZA 2WF3A 5P0UA 5OYQA 1FMXA 2AVMA 5ENKA 5P8TA 5P3SA 5P5XA 2WEZA 4J1HA 3HW1A 2VIYA 1C6YA 3OGQA 3VSWA 3MSJA 5P2OA 2VNMA 4LHHA 1A9MA 3T7XA 1EPQE 4DUSA 5P7OA 3NU3A 3G72A 3RVIA 2HS2A 5P8PA 2BQVA 4NJTA 4PZXA 1N49A 5E5KA 5P2BA 1TW7A 5P8VA 3JVYA 3EMYA 2G1OA 4OBZA 3OADB 2R3TA 1KJ4A 5KQXA 5OZLA 5P7KA 1GVTA 5P1BA 1BV7A 5JFPA 4Y56A 3S8IA 5P3RA 2RKGA 1B11A 1M43A 3VV6A 3ZOVA 3SFCA 1UPJA 4BFBA 4Y3JA 4R95A 3LZYA 5EZZA 4YD4A 5OZNA 4CKUA 5OZ5A 3O9BA 5P71A 3VLBA 2MIPA 5P22A 4FAFA 1TZSA 3KN0A 3PGIA 4FRKA 1LZQA 4Y51A 1D4KA 2ZJKA 1HTFA 4APRE 2BB9A 3UDQA 5P4KA 1IIQA 4J5JA 3IGBA 2Z4OA 5P5MA 3VCMA 5P1UA 5P7DA 2AZ9A 3WZ8A 1W5XA 5KQYA 4Y5NA 5P4YA 2HPEA 4GYEA 3PVKA 5P7ZA 2G1YA 2WECA 4J1KA 1ZAPA 6FIVA 1UH9A 5P0RA 3SACA 3UFNA 2I4WA 3UQWA 1ZPKA 1XE5A 4EP3A 4OBJA 5P7PA 3I7EA 1AJVA 3R4BA 3VF5A 4DPFA 4U7VA 5P7FA 3K5DA 4LAPA 5OZ1A 3U6AA 5P3FA 3D3TA 2OAHA 5IE1A 3I2LA 4RLDA 3VF7A 1K6CA 1FQ6A 1KJ7A 4AMTA 3OU1B 3VFAA 3FKTA 1IDBA 5P5FA 2RENA 2QNPA 4Y39A 5P5LA 5P3ZA 3S43B 1DP5A 5P1QA 2R9BA 5APRE 4YOBA 3BUFA 4LXAA 5P2KA 2AOIA 1KZKA 2Q3KA 3TTPA 3PWRA 4Y3AA 2FGUA 5P39A 5P35A 1MRXA 5P54A 5OZOA 3UQXA 4Y6MA 4ZPGA 2QZWA 3ECGA 3ZKNA 4Y3HA 4FRSA 2O4NA 5P7RA 2AVOA 4RYGA 4Y3GA 1CMSA 1A94A 1BDRA 5P55A 1FQ5A 4D83A 3BUGA 1AXAA 3U71A 5P0NA 1T7KA 4B77A 2FGVA 1TQFA 1YM4A 4H3GA 2WL0A 3NDUA 2QNNA 2UPJA 2PH6A 4Y4EA 4I10A 2QI0A 5P2QA 1T3RA 5P2NA 2ZJNA 1K2CA 1SMRA 4FSLA 3IN3A 3VSXA 5P79A 4GJAA 4AUCA 4GMIA 5HDXA 5P2CA 5P7WA 4B72A 2P83A 5OZAA 5P47A 3URLA 4CP7A 5P34A 5P2EA 3EKYA 1CPIA 5I3XA 1HVRA 5P5YA 1HVJA 4FIVA 3IXKA 2FDPA 5P6XA 2JYSA 1WBKA 5P6ZA 2P3DA 1FQ8A 1NPVA 3SLZA 5P20A 5P5WA 1PPME 5P0WA 4Q1YA 5P68A 4B05A 4I0DA 2G24A 3NYGA 1HVCA 5P1PA 3QRVA 5P7CA 3SKGA 1BDLA 2Q15A 5P29A 1FLHA 1ZJ7A 1W51A 4HZTA 2WEBA 2WF4A 1LYWB 2XFKA 1ME6A 3TPLA 1D4YA 2F81A 5P3TA 1GVVA 2WKZA 2OHLA 1EC1A 5OYVA 2ZDZA 1SGZA 5P5EA 1HEGE 1ZTZA 5OYRA 5OZQA 4XKXA 3TKGA 4F76A 3QROA 4CPSA 1APVE 5P00A 3CICA 4NJVA 1UH7A 3BGBA 1D4HA 3UDRA 2F3EA 2QI1A 2QI6A 5P5IA 4ACXA 1TSQA 4ER4E 2QMFA 1GKTA 1YTGA 3NU6A 3QPJA 2P3BA 5P1HA 5P3AA 5P2FA 4GJ6A 1SH9A 5P6EA 4H1EA 2AOJA 1MIQA 3LHGA 2AZ8A 5P2MA 1ZSRA 4MC2A 4F73A 1BWAA 2FXDA 5P6SA 1EPOE 3KMYA 5SZ9A 4F75A 3DM6A 5P2SA 3ZKXA 2QMPA 5P4DA 3KF0A 1IVPA 5P27A 1RQ9A 5P18A 4PPHA 2AOEA 2VA5A 2FNSA 2HAHA 3VYDA 3PSUA 4EXGA 5P08A 2P3CA 1A30A 4E43A 2ZJJA 3GI4A 5P3BA 1MEUA 5P05A 3EL0A 4GJ7A 5P3YA 3ZKMA 3KDCA 5DR0A 4Y36A 2JJIA 2BPZA 3TOFA 5P56A 3PBDA 2JE4A 2I4XA 3KM4A 3KT5A 5P8FA 4Y3NA 3DK1A 3BVBA 5KR2A 5P85A 1G2KA 4QJ7A 4I0FA 2IGXA 5P8HA 3QN8A 4CPXA 2F8GA 3PBZA 4L7JA 4DJPA 1T7IA 2CEJA 4OBKA 4X7IA 3OTYA 3UDNA 4FAEA 1TSUA 5P0EA 3R0WA 4NJSA 1BWBA 1ZPAA 1WKRA 1QS8A 5P1SA 5P5GA 1W50A 3OQAA 2XFJA 3GI0A 4B1EA 5P31A 3OXCA 3ZKQA 4FSEA 5P1IA 1MVPA 5P0BA 2HC0A 5P8KA 5P70A 5P7NA 3NLSA 3SA5A 4Y44A 2R43A 5OZIA 1MT7A 5KOSA 4Y50A 1E5OE 2NXMA 3ST5A 2PH8A 3IAWA 4LXKA 3BXSA 4EJ8A 1T6EX 2Q64A 5P4UA 5P1VA 1AZ5A 5DQ5A 4Z22A 5P0QA 4K4PA 5P6HA 5HE7A 1HTRB 4WY6A 3UTLA 4YD3A 3L5CA 5P0SA 5P7UA 4L1AA 2AOCA 5ER2E 3WSJA 5P1WA 4JECA 5P4QA 4I12A 3EL5A 3B7VA 5P8BA 4DJYA 1HIIA 5P6FA 2AZBA 2UXZA 2SAMA 5P80A 3TH9A 5P0LA 4R5NA 4X2LA 2I4QA 2VJ7A 3NUJA 2FDDA 2H6TA 5P10A 1BXQA 2QD8A 5P36A 2FIVA 5OZJA 4MC6A 1FMUA 1HSHA 4EJLA 3VLAA 3UHLA 4DQHA 4GZFA 2QP8A 2WF2A 3TPJA 1ODYA 2VIZA 3LIQA 4QJAA 2ASIA 4RYCA 3TLHA 4DJUA 2PQZA 4Z4XA 4A4QA 5P1EA 5P82A 5ISJA 5P6PA 4CPUA 4EJDA 5IVRA 1AVFA 3SA7A 1EC2A 3SM2A 4WY1A 2APRA 5P53A 1AIDA 3FNSA 4Y35A 3MWSA 5P64A 4HVPA 4ACUA 2IKUA 1FG8C 5P3DA 5P6DA 5ENMA 5DQCA 3O9IA 5DR8A 5P0PA 3C9XA 4GJ5A 4J0TA 5JFUA 5P2ZA 5BS4A 1HVKA 1B6PA 3I6OA 3LZVA 2B7FA 5OZCA 5P5NA 2OHSA 4FRJA 4H3JA 4Y54A 5P1OA 5P4OA 2QZLA 2NNPA 5P4AA 3PLLA 3K4VA 1HIVA 2PSGA 3R1GB 4UPJA 4Y58A 2I0DA 5P0VA 5P3IA 5P8MA 3OQDA 4DVFA 1VIKA 2NTRA 4WTUA 5P8UA 2ZJIA 2Q55A 4B1CA 1HTEA 3G6ZA 5OYZA 5P7TA 5P4NA 4RRSA 3A2OA 4Y3YA 5AGZA 5P66A 3L3AA 5P6NA 2UY0A 5COPA 5P48A 5P45A 3R0YA 4DJWA 2P3BB 5P7YA 3O99A 5P2YA 4I1CA 1EAGA 3O9EA 4FGXA 3VG1A 3S53A 5P8RA 3T11A 4B70A 5P6BA 2PWRA 4NJUA 5IVQA 5P13A 3KA2A 5DQ1A 5P8IA 5OZ4A 4F74A 1K6TA 3CKTA 3UDJA 7HVPA 5KOQA 3ZKSA 5P5JA 5OZ9A 5P4EA 4GJCA 3GGAA 1LV1A 1LYAA 4ZSQA 1F7AA 1ER8E 4BEKA 2P3AA 3APPA 3PSGA 3RTHA 2AVVA 4J54A 5P5DA 2RSPA 2G20A 3KDDA 1QBRA 1HSGA 4JOOA 2QZKA 3Q5HA 4I0GA 1BAIA 4Y48A 2OHMA 5P83A 1YTJA 4Y5AA 4Y4GA 3FNUA 3M9FA 5FIVA 5P5TA 3NWQA 3PMYA 2R5QA 5P6LA 4Y3ZA 3WB5A 1B6KA 3S2OA 4DH6A 4COEA 3QP0A 1QRPE 3G70A 5P3EA 2QZXA 2G94A 5P1LA 3OOZA 5SY3A 5P6OA 5P0YA 2AODA 5P7EA 1PFZA 3T3CA 5OZXA 1IVQA 4MC1A 1MSNA 1HHPA 5P6VA 3KYRA 3S7LA 5IVSA 5F01A 2BPXA 5P1FA 2NMZA 3SABA 5P4CA 3F9QA 1QBTA 5P28A 1HXBA 4CMSA 3SO9A 5HU1A 3N3IA 4IVTA 4Y38A 2IS0A 2VS2A 4OBDA 3Q4BA 4Y3PA 5J25A 3UQRA 3LINA 4DQGA 5BRYA 4LXMA 5P3OA 1QBUA 4Y4UA 3O9DA 4K8SA 3OQKA 4Y3XA 5P65A 3VFBA 4HDFA 1MRWA 4DFGA 4Y3QA 4OBFA 4XXSA 3UQUA 5AH8A 1B6LA 3NU9A 3RSVA 3L5FA 1Z1RA 5OZGA 1HPOA 1KJFA 1AAQA 3T7QA 4L1AB 4Y4TA 5E5JA 7UPJA 1LYBA 3D91A 5P44A 5AH6A 3D1ZA 1FKNA 5P50A 1FIVA 2PYNA 1AM5A 4Q1WA 5P01A 5P1DA 4JPEA 2QCIA 3K5CA 4QLHA 4Y4DA 2ER0E 3K1WA 5OYTA 2PSVA 4AA8A 5OYYA 1T7JA 3D1YA 4Y9WA 5P3GA 4B78A 2G22A 5P2JA 3UF3A 1MSMA 5P2LA 5P1NA 3LZSA 5P2RA 1EPME 3DCRA 5P06A 3QRSA 5HDVA 1HRNA 1FEJC 2ER6E 2QHCA 2P4JA 3PI5A 5P73A 4N00A 4YCKA 4AA9A 5OZSA 5KR8A 3APRE 3MSLA 2ZJHA 2FDEA 4Y43A 1META 4HA5A 1RPIA 3VV7A 4D89A 4PZWA 5P09A 5ER1E 5P0GA 3NXEA 5P3UA 3PHVA 5P67A 4HDBA 1MUIA 1GNOA 2OHQA 3NWXA 5PEPA 5P51A 1IZEA 3EKXA 4U8WA 3TOHA 4GJBA 1APWE 1YG9A 3INHA 3PWWA 4EJKA 3N4LA 4NKKA 1UH8A 9HVPA 2IKOA 3MSKA 5DR4A 3OU4A 4I0IA 1APTE 3IA9A 3LZUA 1IDAA 5P49A 5OZ8A 5EZXA 5P5UA 4FM6A 2NXDA 5SXNA 2EWYA 5P78A 5P7LA 1APUE 4YDFA 4EXHA 3QBHA 3L58A 3B80A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2I4V A;  5P8S A;  5C9B A;  2CEM A;  2AVS A;  5KR1 A;  3DOX A;  2NPH A;  4KE1 A;  4ZEA A;  2VA6 A;  3MXD A;  2PYM A;  4Y5B A;  5DGU A;  5DPZ A;  1EBW A;  5P72 A;  1XS7 D;  3OQ7 A;  5P6W A;  4BEL A;  4FL8 A;  4J0P A;  5OZW A;  5C9D A;  2BJU A;  3O9H A;  1DAZ C;  5P7G A;  5P5A A;  1LEE A;  2I0A A;  5AHC A;  3KT2 A;  4Y47 A;  4Y5L A;  1EC0 A;  1HWR A;  5P3Q A;  1A8K A;  2ZHV A;  3NR6 A;  3OUC A;  4L6B A;  3QBF A;  1FQX A;  5OYX A;  5P8E A;  1D4I A;  4FE6 A;  1EPL E;  3QVI A;  4Q5M A;  1K1U A;  5HVP A;  5P76 A;  1ZBG A;  2G1N A;  4RVX A;  1KJH A;  1E81 E;  1RV7 A;  3Q3T A;  4JPC A;  2PK6 A;  3QAA A;  4R93 A;  3HAW A;  5OZ3 A;  5P52 A;  5P6K A;  5P6U A;  3KFR A;  5P0K A;  1YTI A;  4Y37 A;  1ODX A;  5P4S A;  2Q54 A;  1FMB A;  1OEW A;  3ZL7 A;  1ENT E;  3PMU A;  5OZ0 A;  2AID A;  2Q11 A;  4RCE A;  2OF0 A;  3UCB A;  4NPU A;  2V13 A;  4IVS A;  2V0Z C;  1SDT A;  3KFN A;  4B00 A;  3HVG A;  1D4J A;  2WJO A;  1SP5 A;  3OU1 A;  5JOD A;  3RSX A;  5P5B A;  5P57 A;  1FGC C;  1CZI E;  3S43 A;  2QMD A;  3JW2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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