5P4UA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 219
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4uA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4uA01
4I8WA 3FKTA 1NSOA 2B42A 5P6HA 2VA6A 1KJGA 2QMPA 5P1QA 1YM2A 3D1XA 1LYAA 4R93A 5HDZA 4J0ZA 1DIFA 3S43A 3UHLA 3LIVA 1GVVA 3OTYA 3CICA 2Q55A 2SAMA 2FDPA 3SAAA 4Y3JA 5P85A 1HTRB 1AIDA 2I4UA 2OHNA 1EPPE 1HTFA 1LYWA 5OZUA 4LP9A 5P1ZA 3WSJA 1ZJ7A 1BDQA 4JOOA 5P31A 4AA8A 1W5YA 1LYBA 3OU1A 4KE1A 1LF4A 4Y5AA 5P1EA 1GVWA 4U7QA 5OZEA 5OYUA 3UPJA 3SA5A 3INFA 3IN4A 2BPVA 3DV5A 4I0IA 4Y3GA 4Y53A 5P12A 3O9AA 3WB5A 2FNTA 1PSOE 5P0KA 5P5ZA 2H6TA 3KT5A 1QS8A 5OYZA 1EPME 4I1CA 3JW2A 2ER7E 1EPQE 3DCRA 5P03A 4OBZA 2BPWA 4GJ7A 5HE4A 4Y5NA 3GGUA 4Y4UA 2PSGA 4KE0A 3DJKA 5P3KA 2FS4A 1ZSRA 5P06A 2QHZA 3Q6YA 5COKA 2QI5A 3FX5A 2IL2A 2OHLA 5P3LA 5P48A 3D3TA 3PB5A 3I25A 4Y45A 1GNNA 3R0YA 1HSGA 5P7ZA 2B7ZA 5P38A 4A4QA 4HLAA 4Y3TA 2QNPA 4QJ2A 5P2AA 5P5NA 4Y41A 3OADA 5F01A 1YTIA 1BAIA 5P87A 2J9JB 3TOFA 3KA2A 3L5BA 4FRKA 5P5YA 2BJUA 5OZ5A 4EP2A 7HVPA 1HXBA 4HDBA 4RCFA 2I4QA 1HBVA 5P4NA 1QBTA 2R5PA 5OZQA 5P41A 2R3WA 5P22A 3L58A 4TRYA 5P6YA 3SKGA 3KDDA 4QJ9A 5P5SA 2CEJA 4RVXA 3VYFA 3Q3TA 3UDJA 3NXNA 1J71A 5P7TA 3VUCA 1HWRA 3HW1A 4E43A 2VIJA 3URIA 4Q1WA 2R3TA 4DJYA 5P2ZA 3PHVA 2HB4A 2RKFA 5P01A 2R5QA 4HDPA 3TKGA 1XN3A 3KM4A 2ZHTA 5P4YA 4UPJA 4OBFA 1MRXA 3UDQA 5P1RA 2P3CA 4I11A 3NR6A 3JVWA 5P88A 3TLHA 3KT2A 5DQ5A 4RYGA 5AHBA 3IXJA 4L1AB 5P7PA 5P5TA 3L38A 5P69A 3OHHA 1PPLE 3ER3E 1GNMA 1Z8CA 4K4QA 4Y4ZA 4H1EA 3N4LA 2VIYA 1YX9A 5P29A 5P4DA 2BPZA 3L59A 5P0UA 4FSLA 3INDA 4GB2A 5P4WA 4B72A 5IS4A 5P81A 3O9IA 5AHAA 1SH9A 1MT7A 3EL5A 5DR4A 3FNSA 3UQWA 1YM4A 2ZJKA 2QI1A 3QRVA 3O9BA 4Y50A 5P10A 1ZPAA 5P0VA 4EP3A 4DQFA 3TPJA 3PWWA 6UPJA 4YD4A 4FM6A 1DMPA 5OYXA 5C9FA 4F74A 3OUCA 5JFUA 1HRNA 2QD6A 4I0GA 3OOZA 5P8SA 2IGYA 3EBZA 3ZKNA 5P7KA 1EPOE 3QIHA 5P1TA 5P6XA 5P4HA 5P45A 4K9HA 8HVPA 2QI4A 5ENKA 4Y4GA 3T7XA 1MVPA 2O4SA 4FL8A 4RZ1A 2IKUA 5P2DA 5P2BA 3UF3A 5P6IA 2V10C 3GGVA 3OOTA 4CP7A 3VV6A 3OAGA 5P4GA 4ZSMA 3C9XA 1AZ5A 4RLDA 3VF7A 5P4VA 1EEDP 1DP5A 1M43A 1GVTA 3S7LA 3OXVA 1FQ4A 3SPKA 5P55A 5P6UA 2WEZA 5P8PA 5P3IA 4MC9A 5OYQA 1W50A 3IXKA 2QD8A 3R0WA 5P6VA 5P8HA 4Y3PA 2OHUA 5P6FA 5P2JA 5P0BA 1NH0A 1EPNE 3SABA 4NJVA 3D91A 5OZYA 4R91A 4GJBA 3EKYA 1LYAB 5UPJA 4OD9A 5P0JA 5KQYA 1B6MA 4JPCA 3OUBA 4Y57A 3S43B 3ER5E 3CKPA 5JG1A 2Z4OA 5COOA 5P54A 4EQ0A 2AODA 4XX4A 5P75A 3QAAA 3UQXA 5P5LA 5P17A 4Y3MA 1ZAPA 3O9LA 4D88A 1B6LA 1IZIA 2BQVA 2IENA 3NU9A 5OZAA 5P6RA 3SA4A 3I8WA 4GJ9A 4Y4EA 5P1IA 5P3XA 5P3MA 1DPJA 5P4PA 5SY3A 5P4KA 2APRA 4EJDA 3UQRA 3DUYA 2QI0A 1LYBB 3OU1B 5OZXA 3WZ6A 5CLMA 5P1SA 5P86A 1PPME 5FIVA 2G24A 5AH7A 2FGVA 5OZ6A 3TKWA 1D4KA 2I1AA 1XS7D 4Y5CA 1DAZC 4CMSA 1F34A 3ZKGA 2XFIA 5P66A 2FIVA 5P5KA 2FDEA 3NU5A 3PLDA 1OD1A 1EC2A 5P5IA 5OYSA 1QBSA 3O9EA 5P3PA 2OHQA 4GJ6A 3PBZA 5P8LA 5HDXA 5P1UA 5P23A 4DH6A 3L5FA 4PPHA 2RMPA 3INEA 3OK9A 2QHYA 3NU6A 4J0VA 5P7GA 3Q70A 4FCOA 3ECGA 3TPRA 3MWSA 2V13A 1HVCA 1HPXA 4Y5LA 4ACUA 1IBQA 5P5FA 2ZE1A 3UDMA 2NTRA 1HSIA 1FG8C 5P05A 5OYVA 2OHMA 5KAOA 2OHTA 3FV3A 3ZKIA 3Q5HA 5P8UA 3ZLQA 4RYCA 2QAKA 3WZ7A 5P8QA 2QMDA 3VYEA 4L7HA 3S54A 3S2OA 4B0QA 2VNMA 1W51A 5P8BA 1HVJA 2FLEA 5P18A 4J17A 4R8YA 5P74A 2AOHA 4H3JA 4EWOA 1PSNA 3BUHA 5P0RA 2G69A 1BVEA 3R1GB 3L5DA 3I6OA 2AZBA 5E5KA 1C6XA 5P1DA 3HZCA 5P5VA 4H3IA 5P3RA 3PI0A 4OBKA 4TRWA 2NXDA 3GI5A 4J1FA 4Q1NA 3I7EA 2O4PA 5F00A 4YD6A 4DI2A 2ZHRA 1FFFC 5P2SA 1CMSA 2Q15A 1FLHA 4FIVA 4FAEA 5P1JA 3PRSA 3LIXA 5P7FA 4XX3A 3APRE 3IGBA 3EKPA 4M8YA 5P3HA 6FIVA 4Y5EA 1MIQA 2VJ6A 2AVOA 4DQEA 3LPKA 2QZXA 5P7OA 1HHPA 3RTNA 1GVXA 1EBKC 4I12A 4R95A 4EYRA 5KR1A 5HD0A 3HD8A 2AZ9A 3NLSA 2WECA 5P89A 1BWAA 5P7RA 3QPJA 5P3EA 5P3TA 2BBBA 3VEUA 3EC0A 5SY2A 3UFNA 2HPEA 4IVTA 1K6PA 4Y3LA 4KUPA 3SO9A 3KFSA 1Z1RA 3LHGA 1APWE 4PZXA 1C6YA 5P6ZA 1G0VA 5P4AA 2VNNA 4YCKA 1EBWA 5P0DA 5P47A 5EZXA 2EWYA 3GI0A 5OYWA 3RTHA 1WBMA 1XDHA 1B6JA 2NR6A 2A1EA 3K5FA 5P07A 1HPSA 2I0DA 2AZ8A 2IDWA 4COEA 5P3VA 3UDPA 3NU3A 2HAHA 4PEPA 5T4SA 2HPFA 4H3FA 3Q4BA 5P7DA 5HE5A 3U71A 3BUFA 3BGCA 4DJUA 3OXWA 4J1IA 2WF1A 5J25A 5P4ZA 4GZFA 1SMRA 2V00A 3UDRA 3I2LA 5P13A 3KFPA 5P5QA 3R4BA 2R38A 4R92A 1EAGA 5P5MA 5P36A 4CPWA 4YOBA 1NPWA 3ZPSA 1VIKA 3OAGB 5P4LA 3VSWA 3O9GA 3IXOA 2G1OA 4QJAA 3KFNA 2G20A 4Q1YA 2PYMA 3VG1A 4Y3XA 4DJRA 2AZCA 4HA5A 3IN3A 1MESA 4NJSA 5P6TA 1E80E 5I3XA 1KJFA 5P28A 3NUOA 2JJIA 1FEJC 4WTUA 3B7VA 2B8VA 4ZSPA 3D1YA 2XYFA 4LHHA 5P61A 5P6OA 5P1BA 1LF3A 3MXDA 5P52A 5P6SA 4OD9B 5P7AA 5HU1A 2F8GA 5P5PA 5CONA 2RKGA 3T11A 5EZZA 1K6CA 5P2RA 5P0XA 5P27A 5P7LA 3NDWA 1XE5A 3SA9A 4Y48A 3VF5A 3ZL7A 4WY6A 5P6PA 5OZ1A 2Z54A 1ODXA 3O9LB 4ER2E 5P71A 5ER1E 4L7GA 1IZEA 2B60A 4OC6B 5P0AA 1T7JA 1BDLA 5OZZA 2ZHSA 5P5HA 4Y37A 3UDYA 3RSXA 5KR0A 4F75A 6APRE 4QJ8A 5P1CA 5P0EA 1IIQA 2BKSA 3BRAA 4IVSA 3G6ZA 5P5CA 5P84A 3PEPA 5BWYA 4LXKA 4Y5MA 4X7IA 3PI5A 4DQCA 3ZKSA 5P15A 5P7SA 2VS2A 4D83A 1SDTA 3AIDA 1A94A 3VLBA 2QNQA 4RRSA 4Y43A 2FGUA 4FRJA 4Z22A 4HDFA 4Y3DA 5P4CA 2QMGA 5P6EA 3VV8A 2G26A 5P5EA 4Q5MA 5OZ4A 4YD3A 1M4HA 2AVQA 5P8GA 1EPRE 5P5WA 2WKZA 5IVTA 5DR8A 2ZHUA 3URLA 5P0FA 4FGXA 3O9FA 2ZJMA 4ZPEA 5OZDA 5KQXA 4J0YA 5P59A 5P64A 3TOHA 5P46A 2NMYA 2PYNA 1C70A 4J55A 3T6IA 1ZPKA 4LL3A 4Y3SA 5TOLA 3KYRA 1HEFE 2Q3KA 4FRIA 1G35A 3K5GA 1IDAA 5P2YA 3CYWA 5P8JA 5P1WA 3NDUA 5DGUA 1ZBGA 3LPIA 3PWMA 4DV9A 5P1GA 1HPVA 4CPQA 3BXRA 2ZJLA 1CPIA 4F76A 4LXAA 4CPXA 4J1HA 1META 5OZ7A 5JODA 4Y4XA 1XN2A 2ZJJA 2V16C 3TTPA 3BC4A 3CMSA 3HBOA 4HZTA 4Y3YA 9HVPA 1K6TA 2I0AA 5OZVA 4YDGA 3ZKQA 1NPAA 4AMTA 1K2BA 2HB2A 4XKXA 4Y4TA 3RVIA 5P35A 4GJCA 5BS4A 3IVIA 3TH9A 2QNNA 2BPXA 5HTZA 3ZPTA 3NWXA 5P6NA 5P1LA 3GI6A 2ASIA 2VIZA 4Y5BA 5P19A 4Y9WA 1BWBA 2XYEA 5P0OA 1BV7A 3OU3A 4DJPA 4B00A 4B70A 1PROA 1HTGA 4N00A 5P0WA 2B8LA 2HB3A 5IVRA 3BVBA 4Y38A 1IDBA 4Y56A 5P7EA 5P1OA 5DQ1A 2OAHA 5ENMA 1TSQA 1B5FA 1FF0C 4MC1A 2I4DA 2P3BA 5P8EA 3NYGA 4FLGA 4AA9A 2AVMA 5P4RA 3EKTA 2OF0A 3KMYA 1SGUA 3L5CA 4NPTA 1D4SA 1VIJA 2G22A 3D20A 2VA5A 4I0ZA 2PMAA 5P56A 2F3KA 1OHRA 5P33A 5OZSA 1M0BA 3UQPA 4B1CA 1AVFA 2AOFA 4Y3FA 3T3CA 5P44A 3AUPA 2AQUA 2O40A 4I0JA 5OZ9A 3PWRA 3SA8A 2FXDA 5IVSA 5P1YA 2R8NA 3EM6A 1BXOA 3O99A 1AAQA 3OU4A 3TPPA 2BPYA 1ODWA 1LYWB 5P3GA 3UDNA 4FS4A 1XL5A 1FMBA 1HIVA 4Y47A 1HVRA 3S53A 3H0BA 5P20A 5P00A 3A2OA 5PEPA 4FM8A 5P3BA 3LINA 3NUJA 3TOGA 5HE7A 2NXMA 2G1RA 3K1WA 5P04A 1A9MA 3KDBA 4K4RA 3O9DA 5P77A 3URJA 1KJ7A 1ENTE 2NMZA 1EC0A 1EBZA 5P6LA 1YG9A 5OZKA 1EC3A 2Q5KA 4A6CA 5P8DA 4CKUA 4JECA 4D85A 2PK6A 1FQ6A 1GKTA 1AJVA 5P1NA 4Z4XA 1Z1HA 1IZHA 2AOGA 4OBZB 3UCBA 3RU1A 2QU2A 5P2GA 3RSVA 5P70A 3NSHA 2QI3A 3KN0A 5DR0A 4FM7A 5P83A 5OZIA 5DGWA 3L5EA 4B1DA 4CPTA 2HS1A 2V12C 1K2CA 4YCYA 1FMUA 2JE4A 2RSPA 1APUE 2F3FA 5P2QA 3VFBA 1WKRA 4BFDA 5P2XA 5P4JA 3UDKA 2WHHA 4J54A 3CIBA 1SIVA 5P26A 7UPJA 1LS5A 4ACXA 5P43A 3SM2A 1TCWA 2ZHVA 5P7JA 3OADB 4J0TA 5C9BA 2ER9E 5P02A 4APEA 5P24A 5P0NA 3GI4A 1RPIA 3DV1A 2HIZA 3PSYA 5P53A 4EPJA 5P68A 2PWCA 3EXOA 1FFIC 3CYXA 1SIPA 4ZEAA 4K4PA 2F80A 3GGXA 3NDTA 4Y54A 5P2MA 2P83A 1AM5A 5P8CA 5OZ2A 4Y3WA 1IVPA 3NXEA 4LC7A 1MERA 5P4QA 3WB4A 1EBYA 2HC0A 3OUAA 3QS1A 5SXNA 2ZYEA 4GJDA 4AZYA 5P1MA 1HVSA 3MSLA 1G2KA 3PJ6A 5P7UA 3OUDA 5DQCA 2V0ZC 5OZ3A 5P63A 4RRNA 1FIVA 4JP9A 1UH7A 4Y6MA 5B18A 2P3AA 5OZ0A 2G21A 5P1HA 1PPKE 2XFJA 3MXEA 2QI6A 5P8IA 5P32A 2ANLA 1ZP8A 1AXAA 5P6KA 4M8XA 1HIIA 3VCMA 3UQUA 1MSNA 1HIHA 4ZE6A 4DQHA 3G70A 4QJ6A 5OZTA 4YBFA 3R2FA 3ZKXA 4DPFA 4EQJA 3KF0A 3PVKA 5P3CA 5AH8A 4GYEA 3VYDA 3KMXA 1T6GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4I8W A;  3FKT A;  1NSO A;  2B42 A;  5P6H A;  2VA6 A;  1KJG A;  2QMP A;  5P1Q A;  1YM2 A;  3D1X A;  1LYA A;  4R93 A;  5HDZ A;  4J0Z A;  1DIF A;  3S43 A;  3UHL A;  3LIV A;  1GVV A;  3OTY A;  3CIC A;  2Q55 A;  2SAM A;  2FDP A;  3SAA A;  4Y3J A;  5P85 A;  1HTR B;  1AID A;  2I4U A;  2OHN A;  1EPP E;  1HTF A;  1LYW A;  5OZU A;  4LP9 A;  5P1Z A;  3WSJ A;  1ZJ7 A;  1BDQ A;  4JOO A;  5P31 A;  4AA8 A;  1W5Y A;  1LYB A;  3OU1 A;  4KE1 A;  1LF4 A;  4Y5A A;  5P1E A;  1GVW A;  4U7Q A;  5OZE A;  5OYU A;  3UPJ A;  3SA5 A;  3INF A;  3IN4 A;  2BPV A;  3DV5 A;  4I0I A;  4Y3G A;  4Y53 A;  5P12 A;  3O9A A;  3WB5 A;  2FNT A;  1PSO E;  5P0K A;  5P5Z A;  2H6T A;  3KT5 A;  1QS8 A;  5OYZ A;  1EPM E;  4I1C A;  3JW2 A;  2ER7 E;  1EPQ E;  3DCR A;  5P03 A;  4OBZ A;  2BPW A;  4GJ7 A;  5HE4 A;  4Y5N A;  3GGU A;  4Y4U A;  2PSG A;  4KE0 A;  3DJK A;  5P3K A;  2FS4 A;  1ZSR A;  5P06 A;  2QHZ A;  3Q6Y A;  5COK A;  2QI5 A;  3FX5 A;  2IL2 A;  2OHL A;  5P3L A;  5P48 A;  3D3T A;  3PB5 A;  3I25 A;  4Y45 A;  1GNN A;  3R0Y A;  1HSG A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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