5P4WA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 221
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4wA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4wA01
3ZKXA 5P09A 3UDRA 3VLAA 4I0IA 1TSUA 3VF7A 1HVCA 2AOFA 3VF3A 3OQAA 5P3ZA 3VUCA 2JE4A 2PH8A 2A1EA 1Z1HA 2QMDA 2G1SA 3ZPUA 5P2JA 1FEJC 3PLDA 2WF4A 3VYEA 2ER6E 3D1XA 5P56A 5ENMA 4Y45A 4ZPFA 2O4NA 4Y3JA 5DQ2A 3OGQA 4CMSA 1XL5A 3K1WA 2V13A 1IZHA 4Y5PA 5P3MA 1AIDA 4TVGA 4Y3YA 5HDVA 5P6TA 3I25A 1EPQE 5P5XA 5JODA 3OOTA 1DIFA 2PWCA 5ER1E 2A4FA 2HPEA 5OZVA 5P7YA 3LINA 3EKYA 4ACUA 4FCOA 5OYUA 3ZMGA 4Y4TA 4ZIPA 2G24A 3U7SA 2IRZA 3U71A 3KYRA 5OYWA 1HTRB 1EPOE 5P7TA 2FXEA 2QHYA 3DM6A 2VJ7A 5OYZA 5P1FA 4GJ5A 3VV6A 5P2RA 5P4VA 3CYWA 2F3EA 1GVUA 4JOOA 1XE5A 2G69A 4Y3ZA 4DJYA 2V16C 3OXWA 5P3WA 4D83A 5P08A 2WEDA 5CLMA 1BILA 1ZLFA 5HE4A 5P4DA 3BRAA 3WB5A 4QJ8A 5P1WA 4LXAA 3K5CA 1K2CA 5P0XA 1ZBGA 2P3BA 2VJ9A 2Z54A 5P61A 1FQ8A 4GJ7A 4TRWA 5P1UA 4GJBA 3LPIA 4YD7A 3OU4A 3EM6A 2F3KA 2ZHRA 1HSIA 2XYFA 2P3DA 5E5KA 4Y5NA 5KR0A 2QMGA 1T7KA 3PWMA 4DJPA 2QK5A 4Y44A 1YTJA 4OBJA 4RVJA 2G1RA 5DR3A 3VLBA 1YM2A 3NSHA 3NU5A 1FB7A 3ZPSA 3VCMA 2R8NA 2P83A 4RGHA 5P80A 3UDKA 1HSGA 3EBZA 3NU3A 5KQYA 5AGZA 3H0BA 4OD9B 3HDKA 3QBFA 5P5DA 4Y37A 5P7QA 5P7NA 4Y5EA 2G1NA 4R92A 1HPOA 3APPA 5I3WA 2B60A 5SY3A 4CPUA 4ZSQA 1FQXA 4H3JA 2WKZA 4AUCA 2JJIA 2B42A 4YDFA 5P10A 5P89A 3PGIA 4Y4EA 4I0DA 2QZWA 5OZ6A 5P65A 5P5JA 3NXNA 4PPHA 2WEAA 5OZHA 3ST5A 5P3LA 1B6JA 3ER5E 3K4VA 3BGCA 5P2AA 1HIIA 4YCYA 4TRZA 4Z50A 3PVKA 3LIQA 3QVIA 5P0VA 1HEFE 2Q63A 3QI1A 1LZQA 3R4BA 4J55A 3SKGA 4NJVA 2I4WA 5P3RA 2PMAA 5P0OA 5P1MA 1YT9A 4I0GA 5P6RA 1M43A 3KDDA 4BEKA 3NYGA 5P60A 5P03A 3JVWA 1LF3A 5P82A 4FE6A 5HCTA 3L5FA 2PQZA 5KQZA 3VEUA 2G26A 5P2QA 2WF3A 2QI5A 5P77A 1KJGA 3Q70A 5P8HA 3HAUA 3LIVA 4HVPA 1KJ4A 2Q3KA 4QLHA 1KJ7A 3VYDA 2G1OA 3D3TA 5P5NA 1IZDA 5P22A 2APRA 2IEOA 1W50A 4DJWA 1HEGE 4DQBA 3EMYA 2QU2A 2OHSA 5P52A 5P72A 2O4PA 1U8GA 4QJ7A 1EAGA 5P0UA 4EJDA 3SA6A 1DAZC 4QJ6A 4M8XA 3VYFA 4ER4E 2QI6A 4MC1A 1FLHA 4Y53A 1D4JA 4Y58A 5P1VA 5KOSA 4Y41A 2WEBA 2AVMA 5P1CA 3UQXA 4AMTA 1LYWA 5P04A 1IIQA 4H3FA 4I12A 4QGIA 5HVPA 3K5DA 4OD9A 4R5NA 1RPIA 4R8YA 5HDXA 3LHGA 4YD5A 1GNMA 2QHCA 3OTYA 5P1ZA 5BWYA 5P40A 3S43B 3G6ZA 5P11A 5P4UA 1TCXA 5P8KA 3FNSA 1HWRA 6APRE 5P1LA 1XE6A 3NU4A 3TPLA 5P7LA 1EC0A 4Y6MA 3NUJA 2QHZA 2I0DA 5P6IA 2I4DA 3QPJA 4Y3PA 5P31A 2BPYA 5P83A 3UFLA 2AOGA 1T7JA 3O9BA 2OHRA 5P7EA 2QI1A 5P4TA 1BVGA 4YBIA 2CENA 5P8LA 1G35A 5P5LA 5DGWA 5P6DA 3UQPA 1D4SA 2ZJMA 2PSUA 4Y4JA 2ZGAA 2ZJIA 5P7PA 6FIVA 4DQHA 5P7FA 4GIDA 1EC3A 4M8YA 5OZ1A 2BB9A 2B7FA 2PH6A 3WSJA 2RSPA 2WECA 4KUPA 5P4AA 5OZXA 2Q54A 3Q4BA 4L7JA 3IN4A 3FKTA 5P18A 3SAAA 4BFDA 1E82E 4YBFA 2UXZA 2QNQA 2VS2A 4UPJA 3KN0A 3S54A 2VIJA 3KFNA 4EWOA 5IVTA 3ZKQA 3KT2A 3QIHA 5P4LA 5FIVA 3DV5A 2WF2A 2OHKA 1ZSFA 1SBGA 1BAIA 5P2NA 5P58A 5P6FA 5P67A 4J0PA 3INFA 3C9XA 5P7BA 4DI2A 1D4KA 4NKKA 1J71A 4JPCA 3NXEA 3DV1A 5P2IA 5OZ7A 2QI4A 1GVXA 1HHPA 2AIDA 5P5AA 4X2LA 4APEA 2OHTA 2PYMA 3OHHA 1PSNA 1M4HA 4J17A 2PWRA 3GGUA 3S43A 1IBQA 5P0LA 2B8VA 5P6YA 2VIZA 1FGCC 5P5BA 1HVSA 4B05A 5P88A 3O9HA 5P12A 3SA8A 3GGAA 4ZLSA 2HPFA 5APRE 4FLGA 2HS2A 1SMRA 4QJ9A 5P3IA 5P5QA 3UQWA 4RCDA 3ZPTA 5OZEA 2OHPA 3SM1A 5P8AA 1T6EX 1MERA 5P5PA 2QMPA 9HVPA 2ER9E 5P1HA 1FMUA 1VIKA 5OZJA 2AOHA 2HC0A 3I7EA 2UPJA 5P44A 1APVE 5OZRA 1ZTZA 4OBFA 4Y3DA 1CZIE 5P2OA 3URLA 3D1YA 5P3OA 4ZE6A 5P6XA 5P8IA 1GVWA 3L5EA 4YCKA 1K6CA 4Y5BA 2VA6A 5DR0A 5HCOA 1MTBA 2MIPA 5P17A 2BJUA 1PROA 3RSXA 7UPJA 1EPPE 4DV9A 1BIMA 1HTFA 3EM3A 5HDUA 5DGUA 1XS7D 1BDLA 4YD6A 2IKOA 3TKGA 1W5VA 3CKTA 1TQFA 2P4JA 4GJ6A 2AOJA 5T4SA 5EZZA 1LF2A 5P6KA 5P76A 4J1IA 1LYAA 5P5MA 3VFAA 3EC0A 4B70A 2WEZA 5OZTA 2I4QA 2PK5A 1PFZA 3RTHA 1C6ZA 3EKWA 3B80A 4GZFA 3SA3A 2J9JB 4L1AA 2F3FA 2VJ6A 5P54A 1Z8CA 5SXNA 5P01A 1EBWA 2FIVA 3PI5A 5P1KA 5P7RA 3CIDA 5P0ZA 4GB2A 4TRYA 1QBRA 1C6YA 3DCKA 3DOXA 5P5EA 3NUOA 5ENKA 3S56A 3KFRA 3ZKSA 3PJ6A 3IN3A 3A2OA 1QS8A 2V11C 3L5DA 3UTLA 1IVPA 5P5GA 4XXSA 1ZP8A 1DPJA 3OQ7A 4RYCA 3D20A 4B1DA 1GNNA 3GI4A 1MT8A 1FF0C 3OUDA 4K4PA 4CPTA 5P4HA 4Q1NA 4Y3NA 2AOIA 4Z4XA 5P3QA 4U7QA 3FNTA 4R91A 3SA7A 5P5KA 4APRE 5P32A 3VG1A 1FQ5A 2R5PA 5P1OA 5P8BA 1QBUA 2FDPA 3HZCA 2QNPA 4Y5KA 5P6VA 3FSMA 4Y3QA 8HVPA 3KDBA 2HB4A 2QD8A 4PZXA 1UH9A 1XN3A 3SA9A 4IVTA 5P5VA 4GJDA 3ZKNA 2FNTA 3KMYA 1MT7A 3LZYA 2IGXA 5P3UA 4WY1A 5P07A 3OADB 1C70A 5P3XA 4AA9A 3CKPA 1HTGA 5J25A 5P0HA 1LF4A 4Y5AA 3S2OA 5P7CA 3KF0A 3UQRA 3O9LB 1FIVA 2ER7E 5P5OA 3GW5A 1FQ7A 5IVSA 4F75A 3OQFA 2NXLA 5P75A 5OYSA 4FL8A 2Q15A 3DUYA 5P24A 3PMYA 5P4EA 5P4PA 1ZAPA 4YOBA 3HLOA 4ER2E 1HVIA 5P19A 5P2SA 3IVIA 2WJOA 1FG6C 2QP8A 3UDJA 5P7OA 5HU1A 3BUGA 2JXRA 2RENA 1RV7A 4BFBA 4EXGA 5P2TA 4E43A 2J9JA 4CPXA 3KFSA 4Y4DA 3EL5A 3IA9A 2VIYA 3EKXA 1HXBA 3NR6A 5OYRA 5P4QA 5P7VA 3EL4A 1ZPKA 5P2LA 3MXDA 1WKRA 3MSJA 5P25A 5P4BA 3NDTA 4Y4UA 3EL1A 3NLSA 2ZYEA 3O9CA 5OZ0A 1PPME 3VSXA 4DH6A 2HAHA 5OZPA 5P3EA 5HD0A 2QD6A 5P5WA 1EPNE 4LXKA 3M9FA 3OY4A 4DVFA 3G70A 1FFIC 4DJRA 2NXDA 4Y5CA 3OU1B 5P2ZA 4YHQA 4JP9A 4Y3HA 4Q5MA 3UDNA 5JFPA 5P78A 3TOHA 5P27A 5OZKA 5P4JA 5P1GA 3L58A 4Y47A 1T3RA 4DPFA 2AOEA 3R0WA 1NH0A 5I3XA 1QDMA 5AH6A 5P0RA 5P73A 1ODWA 3QAAA 1DP5A 3G72A 2I1AA 5P2WA 2ZJHA 3DCRA 1BXQA 3TTPA 5P6LA 1YG9A 4YOAA 1MRWA 3OADA 1DW6C 3PBZA 5AH7A 5OZ8A 5P4CA 5P7ZA 1TSQA 3T3CA 4Y36A 3LITA 3UCBA 1D4HA 4FM7A 2XYEA 4AA8A 2G94A 2I0AA 3NWQA 5P0CA 3FX5A 4DUSA 1BXOA 1KJHA 2QU3A 1XDHA 3O9EA 3KM4A 5AH9A 1G0VA 4FSLA 4L7GA 5P8FA 2ZJKA 4GMIA 5P1TA 5P13A 4I0ZA 3CICA 2R38A 5P0GA 3UDPA 1NPWA 2V0ZC 1SDUA 4H3GA 2Q11A 5OZYA 1WBMA 5P3BA 4Z22A 4ZSPA 3O99A 1JLDA 4LAPA 5P14A 3VFBA 5P0TA 2NXMA 2VNMA 1QBSA 4I1CA 5P1IA 3IXKA 3OAGB 5OZ3A 1A9MA 4RZ1A 2JJJA 3QP0A 1SMEA 3OXXA 5P63A 5P2CA 1KJFA 5P8JA 1BDRA 4A6CA 3HBOA 3OGPA 4MC9A 3IVHA 3LZSA 3R0YA 4HEGA 1D4LA 3PI0A 5P29A 2BPVA 1IZEA 3QRSA 3HVGA 4LL3A 4RCFA 3NDUA 5P3GA 5P2DA 4XX4A 4Y4XA 4S1GA 2EWYA 3S8IA 4JECA 2QZKA 3OQDA 3PWRA 3VF5A 4B1EA 2O4LA 5P4FA 2PSGA 2G1YA 5IVRA 4DFGA 4JPEA 3AUPA 3OU1A 3HW1A 5P4IA 3BGBA 4Y4BA 3INHA 1B5FB 3BVAA 5P7WA 1W5YA 4Y4WA 5P6BA 3TPJA 1HOSA 1HVHA 2NNPA 3OXCA 3UDMA 3EL0A 3NDWA 3FIVA 3TPPA 1E80E 2FMBA 4EP3A 5KQFA 2AVSA 1NPAA 5P4MA 3T7QA 4EJKA 5P8PA 4Y43A 3APRE 5OZQA 2NPHA 1E81E 3O9IA 2ZJLA 4XKXA 2BPXA 4ZPEA 1AAQA 3AIDA 3S85A 3SM2A 2QD7A 5OZCA 1FKNA 4Y9WA 3OUCA 1SGZA 3BXRA 4J1CA 4Y54A 5P3NA 3PRSA 5OZGA 4Y4AA 1FMBA 1W5XA 3OAGA 1BBSA 5P3AA 4CPRA 4RYGA 2G21A 1M0BA 3VV8A 5P1DA 3PCWA 5HE7A 5UPJA 3NWXA 5P3YA 4J0VA 3HAWA 1G2KA 3BXSA 5C9BA 1CMSA 2QI0A 5P8OA 5P2XA 3BHEA 2FNSA 3MSKA 4Y51A 1EPLE 4KE1A 5P5CA 5P7XA 2AOCA 3Q3TA 4OBZB 1RNEA 5P20A 4ZPGA 1OHRA 5OZOA 4K8SA 4J1FA 1C6XA 1HSHA 5P0FA 5P16A 1EPRE 4EP2A 1BWAA 4I10A 4D88A 4EYRA 2FLEA 5P66A 4RRNA 5CONA 3U6AA 1HIVA 4KB9A 5P1YA 5OZWA 3DK1A 6UPJA 4L6BA 3UDQA 2AODA 2ZHUA 1B5FA 2AZ8A 4Y35A 5P4GA 5P8MA 4DQGA 1BWBA 5P42A 1A8KA 5P7UA 5P3FA 4R93A 2O40A 4I0HA 4Y3EA 5P1EA 5P86A 1IDBA 4Y3MA 4FAFA 1APUE 4Y3LA 4Y4ZA 5P4XA 5DR1A 3S7LA 3K5GA 4FGXA 4FRSA 4LBTA 2P3AA 4LP9A 4H3IA 5P8CA 2OHMA 4Z2ZA 3LIXA 5P7SA 4Y4GA 4NJUA 4DQEA 3OHFA 3S53A 5P4OA 1HPXA 4J0YA 3L5BA 3L38A 5P1QA 5P8UA 4NJTA 3OU3A 4B0QA 2PC0A 3SFCA 3MSLA 5P49A 5P1BA 2BBBA 3B7VA 3NU6A 5ER2E 1K6VA 3CMSA 4YD4A 4A4QA 1AM5A 1SP5A 4GJAA 4OBDA 5P02A 1AZ5A 1RL8A 1A94A 4HDPA 2HB2A 2V12C 7HVPA 3EKPA 1HPVA 3RSVA 5P8TA 3SABA 3S45A 2ZHTA 1A30A 1ODXA 3GI5A 3LNKA 3OQKA 1QRPE 4OBZA 4WTUA 3MXEA 5AHBA 3I6OA 4BELA 1NSOA 5P1XA 3LPJA 5P7MA 4B00A 1W6IA 1B11A 2HIZA 2Z4OA 5P5TA 2NTRA 5P36A 2I4VA 5HDZA 4OBKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3ZKX A;  5P09 A;  3UDR A;  3VLA A;  4I0I A;  1TSU A;  3VF7 A;  1HVC A;  2AOF A;  3VF3 A;  3OQA A;  5P3Z A;  3VUC A;  2JE4 A;  2PH8 A;  2A1E A;  1Z1H A;  2QMD A;  2G1S A;  3ZPU A;  5P2J A;  1FEJ C;  3PLD A;  2WF4 A;  3VYE A;  2ER6 E;  3D1X A;  5P56 A;  5ENM A;  4Y45 A;  4ZPF A;  2O4N A;  4Y3J A;  5DQ2 A;  3OGQ A;  4CMS A;  1XL5 A;  3K1W A;  2V13 A;  1IZH A;  4Y5P A;  5P3M A;  1AID A;  4TVG A;  4Y3Y A;  5HDV A;  5P6T A;  3I25 A;  1EPQ E;  5P5X A;  5JOD A;  3OOT A;  1DIF A;  2PWC A;  5ER1 E;  2A4F A;  2HPE A;  5OZV A;  5P7Y A;  3LIN A;  3EKY A;  4ACU A;  4FCO A;  5OYU A;  3ZMG A;  4Y4T A;  4ZIP A;  2G24 A;  3U7S A;  2IRZ A;  3U71 A;  3KYR A;  5OYW A;  1HTR B;  1EPO E;  5P7T A;  2FXE A;  2QHY A;  3DM6 A;  2VJ7 A;  5OYZ A;  5P1F A;  4GJ5 A;  3VV6 A;  5P2R A;  5P4V A;  3CYW A;  2F3E A;  1GVU A;  4JOO A;  1XE5 A;  2G69 A;  4Y3Z A;  4DJY A;  2V16 C;  3OXW A;  5P3W A;  4D83 A;  5P08 A;  2WED A;  5CLM A;  1BIL A;  1ZLF A;  5HE4 A;  5P4D A;  3BRA A;  3WB5 A;  4QJ8 A;  5P1W A;  4LXA A;  3K5C A;  1K2C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 4OBG A;  2B8L A;  2UY0 A;  4J0T A;  4I8Z A;  2QNN A;  1HVJ A;  5P2U A;  1BV9 A;  4RLD A;  4K4Q A;  5DQ1 A;  1W5W A;  1KZK A;  1F34 A;  3IXJ A;  2CEJ A;  5DQ5 A;  5P2Y A;  3SAC A;  3PSY A;  5P5Z A;  3PEP A;  5ISJ A;  5P1N A;  3PLL A;  4Y3G A;  4CP7 A;  1OEX A;  4J54 A;  3TKW A;  2HB3 A;  4DJV A;  5SZ9 A;  5BRY A;  5P3C A;  5P2M A;  1YTG A;  3T7P A;  1RQ9 A;  5P45 A;  2OHL A;  5P6N A;  5P8G A;  1MT9 A;  1HRN A;  4CPW A;  4PEP A;  5PEP A;  5P0W A;  5P46 A;  4TVH A;  1UPJ A;  2AVV A;  4HA5 A;  5P1A A;  5P4K A;  5P06 A;  1MSM A;  1LYA B;  5P1P A;  1EED P;  4Q1Y A;  5OZZ A;  2AQU A;  2BPW A;  5OYQ A;  2XFI A;  5P2H A;  3NDX A;  1MTR A;  1YTI A;  4FAE A;  1MUI A;  5KOQ A;  1HXW A;  1UH8 A;  3K4V C;  3QVC A;  4EHC A;  1W6H A;  1PPL E;  2SAM A;  4L1A B;  1VIJ A;  5P4Y A;  3LIZ A;  4Y3W A;  4Y5M A;  3WB4 A;  3K5F A;  3PWW A;  1UH7 A;  1YM4 A;  3LPK A;  5DR7 A;  3L59 A;  3MWS A;  4R95 A;  2ASI A;  2BQV A;  3R2F A;  3QRO A;  1Z1R A;  2HM1 A;  1T7I A;  5P79 A;  3ZL7 A;  2FGV A;  4Y3R A;  3EL9 A;  5P30 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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