5P4X | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__672956104327026__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__672956104327026__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P4X/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__672956104327026__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"672956104327026","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P4X/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__672956104327026__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d0192c2832c0da8dbc843f9/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d0192c2832c0da8dbc843f9/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d0192c2832c0da8dbc843f9/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d0192c2832c0da8dbc843f9/pdb.gz): 259 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 25 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p4xA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p4xA01

4TVGA 4RCEA 4I8ZA 5P8AA 2OHKA 4I0JA 4EP3A 1W5XA 3FNUA 1FB7A 5P0UA 1MT9A 4TRZA 4S1GA 5I3XA 3RTNA 2G69A 3EMYA 2IKOA 3OUDA 5JFUA 2G1YA 4RLDA 4QLHA 2HAHA 5P6VA 2AOHA 5P8SA 1FG6C 2OHTA 3NU4A 1TQFA 4AZYA 5P63A 1A94A 2QZXA 3CICA 4ZLSA 1IDBA 1GNNA 4A6BA 5P3LA 1K6TA 4WY1A 3TKGA 5OZXA 1ZLFA 1B6JA 1XS7D 4I1CA 4I0FA 2QMGA 3D1XA 5P3VA 2B60A 5P7VA 5P10A 4DJPA 2QI7A 3EL1A 5P29A 3UQPA 4GJ8A 4EHCA 3HW1A 5P62A 5P6IA 5OYTA 1MSNA 3TLHA 3U71A 5P1LA 3G70A 2AOIA 4OD9A 5P0JA 4DJWA 4ZPEA 5P8EA 2RSPA 1IZHA 5P41A 2NXLA 4NJSA 4FRKA 1TW7A 2J9JB 4K9HA 3O9BA 3ZLQA 3O9HA 3S7LA 2AOCA 5OZJA 1APTE 5P0FA 4WTUA 2QD7A 1AXAA 5P4DA 3ZKMA 3EM6A 1HSIA 4KE1A 3UFLA 1XL2A 3BGCA 3SM2A 1MESA 2ZYEA 3UF3A 4ACXA 5OYZA 4Y3RA 4QJ9A 3KDCA 5P7TA 3NUJA 2B42A 1HVJA 2FNSA 2QNQA 4OBJA 3NDUA 4LP9A 2QU2A 2BKTA 4OBZA 2PQZA 3EM3A 2AVOA 2CEMA 1FQ7A 1YTHA 4YCTA 4EXGA 5HCOA 5P7RA 5AHBA 3QAAA 5P6RA 4FCOA 5HE4A 5P2FA 1HVLA 3EL4A 1MEUA 1RV7A 5KQXA 5HU0A 3NR6A 3TPJA 1C6XA 2XYFA 4Y39A 4CMSA 5OZYA 5P35A 5P5JA 5AGZA 3HBOA 5P3IA 5P7NA 1B6MA 4J5JA 2ZHUA 3O9LA 2NPHA 1BDRA 1FMXA 3VFAA 7HVPA 4CPUA 2HC0A 3TOFA 2CEJA 3G6ZA 3BUHA 3T3CA 5T4SA 3RU1A 1W5YA 1QBRA 2ER7E 5P05A 2BPWA 2FDPA 3LINA 5P09A 3VF7A 1MIQA 5DQ4A 5P55A 5P84A 3T7PA 2ER6E 3OHFA 5P52A 4APRE 5P17A 5I70A 1SDVA 4CPWA 2QNPA 2MIPA 4NJVA 5P74A 3NDWA 4NJTA 5KQZA 3LPJA 3L5DA 4GJBA 2HIZA 2WEZA 4EQ0A 1G2KA 4RVJA 3RTHA 3OUDB 5P2JA 1FEJC 5OZOA 3QVCA 3IN4A 5P59A 2QHYA 3VEUA 2SAMA 3R1GB 4HDPA 5OZ1A 4Y3QA 2RKGA 5P1SA 2ZE1A 5P3DA 3LZUA 4EJDA 3TOGA 5P5FA 3TH9A 1LYWB 5P70A 4DQBA 3INDA 4X7IA 3KFSA 5P5VA 6APRE 5P4WA 4Y3FA 1ODYA 4JOOA 5DQCA 2QHZA 3UDNA 2HPEA 4ER2E 3SM1A 1HTFA 5P3QA 3IVIA 3WSJA 4DUSA 2I4QA 2H6SA 1D4IA 4RGHA 3OQ7A 4R5NA 4FE6A 4H3FA 4N00A 5P1VA 4DJVA 3LNKA 3OXCA 5P0QA 1TCXA 2IEOA 4OD9B 4WY6A 4Y35A 1IVPA 1K1TA 5P11A 1PSAA 3CMSA 3IA9A 4D89A 1EC2A 5P53A 4EJKA 5SZ9A 2B7FA 4J1IA 3PSUA 5P44A 5P7OA 5OZTA 3KF0A 5P3TA 1J71A 4B78A 2HPFA 4ER1E 5P18A 5P2BA 3Q4BA 4B70A 2O4KA 4D85A 1GVUA 5P42A 2BJUA 3SFCA 5P03A 4LAPA 3KDBA 4PEPA 3WB4A 3KDDA 2V0ZC 5P2GA 3ST5A 3DV5A 4I0GA 4F74A 3QROA 5KOQA 4DQGA 3LIQA 3PSGA 4HDBA 2Q15A 2QZKA 2RKFA 3PWRA 4Y5AA 5I3VA 4LBTA 4MC2A 5P5ZA 5P0PA 5OZZA 2V10C 5P7AA 4KB9A 5P3XA 1D4JA 5P71A 4DFGA 3PB5A 5COPA 4ZPGA 1EC0A 3U7SA 1YG9A 1KJFA 1D4HA 1Z1HA 3ZKGA 1EPPE 3PLDA 4FM6A 4MC6A 3CYWA 2P4JA 4R91A 2PSUA 3O9LB 2JYSA 1D4YA 2PH8A 1GNOA 5APRE 5P14A 4FM7A 2IL2A 3LHGA 1EPQE 5P76A 5OZ7A 1MERA 4JECA 2HB4A 4HDFA 3OU1A 3LPKA 1JLDA 2AVSA 4DJQA 4Y4EA 2NTRA 4J0ZA 3EKWA 5P7ZA 2B7ZA 1LF2A 5P57A 1LYAA 2OHMA 1Q9PA 5JODA 4DQEA 5P7EA 1GVVA 5P0RA 3NDTA 5P32A 2ZDZA 3URIA 5HD0A 5IS4A 4ZSPA 5P2HA 4FGXA 4CPRA 3VYDA 2QI6A 4DH6A 3OADA 3WZ8A 3INFA 3PM4A 3KMYA 3GI6A 2I1AA 2JJJA 2I4XA 2FGVA 3PWMA 5FIVA 3NSHA 5SY2A 2ER0E 4Y3JA 4D88A 1ME6A 4IVSA 3KN0A 4CPSA 4J0TA 5I3WA 1ZBGA 1DW6C 2B8VA 4Y3GA 1EBYA 2RENA 1ENTE 4B00A 3HVPA 1M0BA 5F01A 1EAGA 1QDMA 3PHVA 1NPVA 4ZE6A 5IVRA 5P2TA 4Y48A 3GGUA 5P3BA 2G21A 2F3EA 2AODA 1MUIA 1FF0C 1HOSA 3DM6A 4J1KA 2G24A 4Y43A 5KR8A 5P0MA 1W6IA 2HM1A 3IXOA 5OZLA 4HLAA 3BRAA 3OUAA 3VV6A 5P5LA 5P1TA 2NMYA 4PPHA 4GJDA 1APVE 3IXJA 4YD6A 3VF3A 3TPPA 1FLHA 2ASIA 5P34A 4OC6A 3N3IA 5J25A 2J9JA 1UH8A 5P1QA 5I3YA 5P61A 1HPXA 4LXAA 2ZJMA 2JJIA 4Y5PA 5P69A 3KFPA 3KT5A 3IGBA 3S85A 3L5BA 4Y3WA 3DCRA 2QI0A 3PCZA 5P7YA 3KFRA 4NPTA 5P3WA 4B1CA 4DJYA 1MVPA 3MXDA 3D1YA 5F00A 5OYUA 1YT9A 3ZL7A 3PBDA 5P4UA 4EYRA 3I8WA 1U8GA 4B72A 5HTZA 5P6FA 4NPUA 1XL5A 5OZNA 5P3ZA 3PI0A 2QMFA 1YTIA 2R3WA 4Y5EA 2PYNA 2OAHA 5P2ZA 1EEDP 5P81A 1LF4A 1K6PA 3FNTA 5P85A 1CZIE 3FIVA 5AH6A 5P28A 5P51A 4Q5MA 3SA5A 5P8GA 1G6LA 2F3FA 2WEAA 4YBFA 4OBDA 3VYFA 2OF0A 4K4PA 1HVRA 4Y4WA 1HSHA 1EBZA 5P2CA 3MSKA 1ZSRA 4Y4ZA 2Q55A 5IVSA 2HS1A 3OOZA 3LZSA 5OYWA 4Q1WA 1IIQA 4B1EA 5OZQA 4Y3HA 2ZGAA 1LYAB 3IN3A 1BIMA 2UPJA 3NU6A 5P1WA 3EKXA 2XFIA 5P2DA 1HTRB 1K2CA 2G1NA 4R8YA 2ZHVA 1FFIC 4AA8A 5DR7A 3HAUA 3TPRA 2V16C 2OHSA 3OADB 4E43A 5P6LA 3UDJA 1B5FA 3MSJA 3R4BA 3QS1A 1WBMA 5OZDA 2VJ7A 3PEPA 1GVXA 7UPJA 5KR1A 5P7GA 5P8UA 2V00A 3HZCA 4OBGA 1EPRE 5C9FA 2P83A 5P0WA 5OZCA 3DV1A 3FSMA 4H1EA 5P1EA 3CIBA 3PWWA 4GJCA 1LYWA 2BPVA 4ZSRA 2FXDA 2I4UA 3FKTA 2QI1A 3OQFA 3URJA 3S45A 2R5QA 1KJHA 1UPJA 5P6QA 4FIVA 5P0HA 2O40A 4HA5A 2J9KA 1HIIA 1BAIA 3PGIA 1B6LA 3OAGB 3BUFA 1TZSA 3PI5A 5P6DA 1XN2A 2JXRA 5P4LA 4FLGA 5P1KA 3KYRA 5P7HA 5P6WA 2PWCA 5P8LA 4EP2A 4EWOA 3BC4A 4Y3PA 4XKXA 2I0DA 3OGQA 4APEA 1W5WA 5P1FA 5P6GA 3PMUA 1CPIA 3PSYA 5P1ZA 4OC6B 5OZSA 1QRPE 5P08A 5P47A 5P13A 1FMUA 1HVKA 4FSEA 3UCBA 2VA7A 4D8CA 5P3NA 1AAQA 5P15A 3INHA 4JPEA 5P4YA 4NJUA 5P4KA 1FQ8A 3GI5A 4FAEA 1NH0A 5P67A 4KE0A 4Y4GA 4KUPA 2WJOA 3FNSA 4Y3XA 5P22A 2ZJNA 4RCFA 4ACUA 3UQXA 3SA9A 5P5QA 1PSOE 3NDXA 5P2XA 3QIHA 1W6HA 5OYQA 4HEGA 4YCKA 3UQUA 4YD4A 1BDLA 4Y54A 1SDTA 4ZPFA 3D3TA 4H3IA 3NWXA 1A8KA 3Q6YA 3OOTA 5P5CA 3ECGA 1KJ7A 4J1CA 5IVTA 1HEGE 3UDPA 3VFBA 5P2VA 5P2QA 3JVWA 4YD5A 1AVFA 1EBWA 4I11A 5BRYA 4Y5NA 5P0KA 1YX9A 3S43B 2WECA 5P5BA 5UPJA 4RRNA 5P8VA 4Z2ZA 1K6VA 1HTEA 2PK6A 1MRXA 4L6BA 5P33A 3UDKA 1C70A 2NXDA 4RYGA 5CLMA 4EJLA 4FRJA 4RROA 1EBKC 5P3UA 2FLEA 3NXNA 1B11A 5DR1A 2F80A 4YD7A 5KAOA 1FQXA 5P2KA 3QRMA 1T7JA 3DUYA 2A1EA 1HXWA 5OYYA 1HEFE 2ZJJA 3URLA 5P4VA 3N4LA 2PSVA 5P8OA 1SGZA 2PSGA 5HDZA 1B5FB 5P8KA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P4XA

Total Genus

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Chain Sequence

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