5P59A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 234
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p59A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p59A01
5OZKA 5APRE 5P34A 4JPCA 4B1EA 3PHVA 4R91A 1ZJ7A 5P3OA 3RSXA 2ZHSA 4H3JA 5P4HA 1KJHA 2WF2A 5P16A 1UH7A 2QI0A 3K5GA 3UQXA 4TRWA 4YD7A 5P1UA 5P00A 5P10A 4Y3LA 3PI0A 3VLBA 5P1YA 3BUHA 3RTMA 3OTSA 3QBHA 4J0YA 5OZSA 4Y3HA 2ER7E 5P7GA 1RNEA 5AHCA 3KFNA 3Q3TA 1TZSA 4DJVA 3EKTA 5OZEA 1FLHA 3L5EA 1W51A 1K1UA 2ZJJA 2QMPA 2VNNA 5KQYA 2QNPA 4LP9A 5P0JA 5BWYA 1C6YA 5P6SA 4DQCA 4B77A 1YTGA 4DJWA 2BPYA 2NXLA 3AIDA 1SIVA 1MESA 3PMYA 1WBMA 4Y44A 5SY3A 1EPME 1AXAA 1Z1HA 3LPIA 2Q5KA 5OZMA 5P58A 4WY6A 5P6QA 5P3AA 3QP0A 1LYAB 1HIVA 5OZFA 2FS4A 5COPA 1MRXA 2PYMA 1BV9A 4JOOA 3VV7A 5P4XA 1B6MA 4OBFA 5P6VA 3SA8A 5P1OA 4RLDA 1FMUA 1ENTE 1MPPA 2WF4A 3GI4A 3T7XA 3S53A 2VJ7A 4EWOA 3NLSA 4Y4BA 2Q3KA 2PQZA 4OBKA 3O9LB 5P5ZA 1HTFA 3PGIA 5P2CA 5P5RA 5P50A 5P2MA 1TCXA 2OHSA 3JVYA 1VIJA 1HRNA 3UDYA 1W6HA 3FNSA 4YBFA 2WF1A 4YDFA 3NR6A 5P8GA 2I0DA 2QHZA 3ZKQA 2IKUA 5P1EA 3WZ7A 5P7QA 2G94A 1MRWA 6APRE 1W5WA 4HLAA 5DPZA 5BS4A 3NDWA 3GI6A 2AOEA 3IN4A 3OWNA 5P1FA 3KMXA 4B70A 1LYWA 2V13A 2RENA 5P3TA 3TNEA 5OYQA 4J0PA 3CKTA 3UFLA 5P8KA 2R3WA 5PEPA 1Z1RA 2AOGA 3OUDA 9HVPA 2OF0A 5IVRA 4Y37A 2NXMA 3G72A 4MC9A 1EPRE 3HAUA 2V00A 5T4SA 3EKXA 1BDQA 1HPXA 3QIHA 3K4VA 4L7HA 5P6EA 4I0ZA 5P1LA 3OHFA 2NPHA 1YTIA 4Q1XA 2ZHUA 3HAWA 3TPRA 5P6GA 5AGZA 2PWCA 5P17A 3UDHA 3H5BA 1SDTA 1ZPAA 3RTHA 2Q54A 1D4LA 2BKTA 2QD6A 5ISKA 4Z50A 4H3GA 5P7HA 5P0TA 1FGCC 5P31A 4Y38A 5EZZA 2I4DA 2IQGA 5DR1A 5P1ZA 3HDKA 1EPNE 4U7VA 5P2QA 4GJ7A 2J9JB 2I4XA 4DI2A 4Y3PA 3FNUA 4J1FA 3DJKA 5P84A 1YT9A 1HOSA 1FG8C 2FGVA 4CPTA 5P54A 4H3IA 4Y3MA 5P0OA 5P2YA 5P2NA 3UTLA 5P8JA 2APRA 5P6HA 1IVPA 5P2UA 3EKWA 1XN3A 5P3HA 2AVVA 5OZ8A 5P3SA 1B6JA 4YHQA 1BVEA 3IXOA 5P5IA 3ZOVA 4ACUA 4TRYA 4Y36A 2BPWA 4FRSA 2OHTA 1B6LA 4DUSA 3GI5A 5ENKA 4Y3YA 4GB2A 5OZNA 4YCTA 2EWYA 2V16C 7HVPA 4OBDA 2RKFA 5P39A 1J71A 1M4HA 4ER4E 2ZE1A 4Z2ZA 2VA6A 3DV5A 4CPRA 4UPJA 4D89A 1D4KA 4GMIA 4YDGA 4Y5MA 1FQXA 5P3IA 3QROA 4FRIA 4ER1E 5P1KA 1IZHA 3D91A 5P0MA 1JLDA 2AOHA 2WEDA 2ZJKA 3NU5A 4EJ8A 1MVPA 1WBKA 5OZCA 5P3MA 5P0CA 4Y3WA 2AVSA 3L58A 3UDMA 4DJPA 1LYAA 5P3LA 2JXRA 2WEZA 3EXOA 1APWE 1BDLA 5P85A 3SA4A 4RRSA 5P19A 1A94A 1FB7A 1QBRA 1SBGA 3CMSA 1IBQA 4CPXA 5OZZA 5HU0A 4Y50A 5P23A 3LZUA 1HVSA 2AVMA 3O9LA 3TL9A 5P0GA 1ODWA 2QI5A 1AM5A 5P7CA 4OD9A 2I0AA 2SAMA 3ZKMA 5OZQA 4IVSA 1MERA 1AAQA 5P2EA 5KOSA 2B8LA 2G27A 3I2LA 5I3VA 2VS2A 5P0FA 1QBTA 4GJDA 1IZIA 5P32A 4FM6A 1HWRA 4EQ0A 4QJ9A 5P63A 1AJVA 3EC0A 1HEFE 5P3KA 1A8GA 1SP5A 4EPJA 2AVQA 1FMXA 5P6JA 2MIPA 3OQAA 3T7PA 4HDFA 5OZ1A 2JE4A 4KB9A 1D4SA 4NJUA 4RRNA 1QDMA 5F00A 5P6IA 1T3RA 3TH9A 1NPAA 4J1CA 5P2SA 2PH8A 4HDBA 5OZTA 4Y3XA 5P30A 4Y45A 5P4LA 5DR7A 2F80A 4CMSA 1TSUA 2QNNA 4A4QA 5JFPA 3OU4A 3KM4A 5P0SA 5P0PA 4CPQA 4Z4XA 2OHRA 4J0VA 4RZ1A 4ER2E 2FXEA 4I0DA 4ZPGA 3KN0A 4EQJA 3MSKA 4I8WA 5P2KA 1FIVA 3I6OA 5P5LA 4Y4XA 4FIVA 3ST5A 5IVTA 3Q4BA 5P5VA 5AH6A 2J9JA 2ZYEA 1HSHA 3NUOA 5P5XA 2BB9A 4YCYA 3JW2A 5HDZA 5OZXA 5P37A 3OU1B 4Y4TA 5P2JA 5OYYA 2AODA 5OZBA 4J55A 3WSJA 3D1ZA 3PSUA 5P11A 4ZPFA 2WL0A 4DJQA 4PPHA 4Y4JA 2G1YA 1SMEA 2V10C 5P2AA 2O4KA 4RYCA 3QRMA 2B7FA 3U6AA 1RV7A 2WJOA 5P5TA 5ENMA 5P48A 3WB4A 1XL2A 3SFCA 3OAGB 5P7PA 4Y5LA 5P3FA 1ZAPA 3QVIA 2R9BA 1ZP8A 4XX4A 4DJOA 4B00A 4QJ8A 1EBKC 5P5WA 5P69A 4F73A 1QBSA 1BVGA 3L5CA 4E43A 5P8DA 4R92A 5P46A 3K5CA 4J0TA 1GVXA 4L7GA 4LHHA 3SKGA 5P2RA 2FMBA 2ZJHA 4D85A 3NDTA 4DH6A 4Y35A 4QGIA 5COKA 2IEOA 5P6ZA 3VFBA 5DGUA 3EKPA 3UHLA 2AZCA 3HBOA 5P59A 2V12C 5E5JA 4J0ZA 4BELA 3ZPTA 4HVPA 3TKWA 3OUDB 5OZ6A 1HBVA 4H1EA 3S7MA 1D4JA 1ZLFA 2VA5A 4LC7A 4LXKA 2B60A 4L6BA 3D3TA 4Q1WA 2O4NA 4LAPA 5P6TA 4YCKA 1W5YA 4B78A 4K4PA 5OZLA 3OUBA 3BVBA 5HE7A 5P13A 5P7SA 1EC2A 3IAWA 3PVKA 5P87A 4IVTA 5P0RA 3TTPA 4HDPA 5P05A 2QMGA 1T7IA 4HE9A 5OZ5A 2OHKA 3PBDA 5P0LA 1E80E 2IS0A 3NXEA 5AHAA 1BV7A 3MXEA 4QJ7A 5OZOA 5P1WA 2WEBA 3EL4A 1Z8CA 2P8HA 1FQ6A 4I11A 4TVHA 5P5CA 4EP2A 4N00A 5C9DA 5P33A 4Y5PA 1HPOA 5P36A 2OHNA 4Z22A 1EAGA 4I0IA 4CPSA 5P7EA 3T3CA 4Y48A 4DJUA 4KUPA 5P2OA 5P3NA 1TCWA 2P3CA 2AZ9A 3ZKSA 5P7MA 5P4AA 3LIVA 4KE1A 1HIIA 5OZRA 5EZXA 4FRJA 3DCRA 4YD6A 2FLEA 2BJUA 3M9FA 3K5FA 5P3JA 4I8ZA 2O4SA 8HVPA 2OHUA 3L59A 5P56A 4EJKA 5P0HA 2XFJA 2B42A 4J1IA 5P29A 1PSNA 1RL8A 5P7YA 5OYUA 1ODXA 1PFZA 2Q63A 5OZ3A 5P07A 2ASIA 3PJ6A 1HSIA 5P4WA 2QZLA 5I3WA 5P7XA 2ZHRA 2HS1A 4R93A 4I0EA 1U8GA 2Z4OA 2Z54A 1SIPA 2B8VA 3GGUA 4FM7A 3KT5A 3S43B 5OZWA 3TKGA 4HZTA 4K4RA 5DGWA 1MEUA 5HD0A 1B6KA 3TOGA 5P3QA 4WTUA 3LHGA 1XE6A 3WB5A 5P2FA 5DR8A 3OU1A 5P1JA 4Y4AA 1FQ8A 3PLLA 2I4UA 2QI3A 4OBHA 3NSHA 1FQ7A 5P7TA 3NU6A 5P5YA 3VV8A 3VYFA 5P0VA 1G6LA 1FMBA 3AUPA 5P51A 4LXMA 4BFBA 3PLDA 5OYTA 3LITA 1LF2A 3R0WA 3PCWA 5P8OA 3TOFA 2NXDA 5P3PA 3INDA 4QJ2A 3OAGA 5P7IA 3UFNA 4F75A 3GW5A 4RYGA 5KOQA 4EJDA 2F3EA 3EM4A 3OQFA 5P8CA 5P8QA 4NJTA 1K6PA 5JG1A 5P2IA 5ER1E 5P76A 4OD9B 4OBJA 3LPJA 1EBZA 5P2LA 1IDAA 5I3XA 1NPVA 4Q1YA 5P6OA 4DJRA 4ZE6A 4GJ5A 5P7AA 4JPEA 3VYEA 5P7UA 2R5QA 1FFFC 1XN2A 3TLHA 2I4VA 5P5QA 3QPJA 2F3KA 3FNTA 3EM3A 3OUCA 3VF5A 1ZPKA 5P1MA 4XX3A 5P66A 2ER0E 3OHHA 1SH9A 2QZXA 5P79A 2ER6E 2QD8A 5IS4A 4U8WA 3KFRA 3LZVA 3S56A 3IN3A 1HEGE 2IL2A 5KR2A 4MC2A 3R0YA 3OU4B 2VKMA 3APPA 5P3XA 5P8IA 2FXDA 5P5GA 4ZSQA 1LV1A 3QRVA 1G0VA 2RKGA 4NJSA 5HCTA 2H6TA 2ZHTA 5P7WA 1MTRA 5P6RA 3INHA 5P88A 2I4QA 2HB2A 3UDKA 5P4JA 4Y3EA 3SLZA 2R5PA 3KFSA 5F01A 3DCKA 2IENA 2G69A 2ER9E 2G22A 1SDVA 1T7KA 3L38A 3INEA 5P8NA 2ZJMA 2WF0A 1KJ4A 4K8SA 5P49A 1LEEA 1D4IA 3F9QA 2IGYA 5P3UA 2ZJLA 5P6MA 2G1RA 5P7BA 5P55A 3T6IA 4EXGA 3OXVA 3VLAA 1TW7A 5P62A 1K2CA 3KA2A 2NR6A 5P5PA 3BXRA 3R1GB 3G6ZA 3SA9A 3O9AA 3URIA 1AJXA 4ZIPA 2VIJA 3SA5A 4Y5NA 4Y3SA 5HCOA 3PWRA 1VIKA 3O99A 2QCIA 2FGUA 2ZDZA 4FM8A 2NNKA 5P0WA 5P8SA 3LPKA 3QBFA 4YOBA 5P53A 5P65A 5OZJA 1PPME 2OHLA 4J54A 3HZCA 4J17A 3C9XA 4FS4A 1HHPA 1MT8A 1DAZC 3IXKA 3VSXA 1EPLE 4FSEA 1PPKE 3S43A 4DJXA 2AVOA 1XE5A 4Y4UA 5OZYA 4Y5BA 1EC0A 5P6YA 1GNMA 3MXDA 2VIZA 1WKRA 4I0JA 4I0FA 4Y3JA 1BXQA 5P0XA 4EJLA 4Y39A 4GJ8A 4JP9A 3FIVA 3OQDA 5P2XA 5P6BA 2I1AA 5HDUA 3FSMA 5P4VA 5I3YA 2JJJA 2R38A 4FAFA 5P3ZA 1AZ5A 5OZ4A 5J25A 4ZSMA 4Y58A 1EC3A 4R8YA 5P04A 5KR1A 1FFIC 5P6DA 4ZSPA 3SABA 5P8AA 5P78A 1BILA 4RGHA 2F81A 5P7OA 2PK6A 3LIYA 2PH6A 6UPJA 4PHVA 5P02A 4ZEAA 4Y54A 3SAAA 2O4LA 4DFGA 2OAHA 3ZMGA 3PWMA 4OBZA 2V11C 5P5UA 3LNKA 1HVIA 1YTHA 2F8GA 2QHCA 2AOIA 3OQ7A 4DJYA 1AIDA 2HAHA 3KMYA 1D4HA 1HSGA 5P4IA 5P8EA 4FL8A 2PK5A 3TPPA 3URJA 1RQ9A 2P3BB 5P8PA 1ZSFA 3VF7A 1B6PA 3LIZA 3BGCA 2F3FA 1HTEA 5P5AA 3PSGA 2G20A 1ODYA 3SM1A 5HDVA 2PSGA 5DR4A 3D20A 5JODA 1W6IA 5P64A 5P4UA 2J9KA 3D1YA 4F74A 3NWQA 3ZL7A 3G70A 5P18A 5P70A 2HC0A 1APVE 1BXOA 3SM2A 5P01A 5HVPA 5CLMA 5P67A 5OZIA 2PWRA 4ACXA 3NXNA 4COEA 5P3YA 4FAEA 4RVXA 2VA7A 6FIVA 7UPJA 2FDPA 1GVVA 5P40A 1KZKA 2G26A 3HVPA 3OGQA 5OZ0A 5P4RA 1UPJA 5P1QA 5P6AA 5P7FA 1N49A 2IRZA 5P5KA 5ISJA 4M8XA 5P0AA 5KQFA 1LZQA 3ER3E 1HVCA 5P8TA 2BPXA 3ZKXA 1E81E 3O9EA 4DPIA 3DV1A 5DR3A 1XS7D 4ZLSA 4OC6A 5P8RA 3BC4A 4YA8A 3EKVA 3NYGA 5UPJA 2ZJIA 5P41A 4QJAA 5AH8A 4Y4EA 3UQRA 3UDRA 3UQUA 3U71A 5P4QA 3GGVA 2PYNA 3H0BA 3OADA 5B18A 3DUYA 3VG1A 1DMPA 2WEAA 3DOXA 3FX5A 4FGXA 5P8VA 3ECGA 5P20A 4S1GA 4Y9WA 5P8HA 3RVIA 3OK9A 4I10A 5OZ9A 3CKRA 5P4KA 3OXCA 5OZUA 1A8KA 3SPKA 3UDNA 3Q70A 4APRE 1MSNA 2UPJA 4X2LA 5P25A 5P2ZA 4R95A 5P0UA 1MUIA 1NPWA 3NU4A 3VV6A 3UQWA 1SMRA 4PZWA 1BIMA 4Y43A 3NWXA 2QI6A 4K4QA 5P4NA 3KDDA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZK A;  5APR E;  5P34 A;  4JPC A;  4B1E A;  3PHV A;  4R91 A;  1ZJ7 A;  5P3O A;  3RSX A;  2ZHS A;  4H3J A;  5P4H A;  1KJH A;  2WF2 A;  5P16 A;  1UH7 A;  2QI0 A;  3K5G A;  3UQX A;  4TRW A;  4YD7 A;  5P1U A;  5P00 A;  5P10 A;  4Y3L A;  3PI0 A;  3VLB A;  5P1Y A;  3BUH A;  3RTM A;  3OTS A;  3QBH A;  4J0Y A;  5OZS A;  4Y3H A;  2ER7 E;  5P7G A;  1RNE A;  5AHC A;  3KFN A;  3Q3T A;  1TZS A;  4DJV A;  3EKT A;  5OZE A;  1FLH A;  3L5E A;  1W51 A;  1K1U A;  2ZJJ A;  2QMP A;  2VNN A;  5KQY A;  2QNP A;  4LP9 A;  5P0J A;  5BWY A;  1C6Y A;  5P6S A;  4DQC A;  4B77 A;  1YTG A;  4DJW A;  2BPY A;  2NXL A;  3AID A;  1SIV A;  1MES A;  3PMY A;  1WBM A;  4Y44 A;  5SY3 A;  1EPM E;  1AXA A;  1Z1H A;  3LPI A;  2Q5K A;  5OZM A;  5P58 A;  4WY6 A;  5P6Q A;  5P3A A;  3QP0 A;  1LYA B;  1HIV A;  5OZF A;  2FS4 A;  5COP A;  1MRX A;  2PYM A;  1BV9 A;  4JOO A;  3VV7 A;  5P4X A;  1B6M A;  4OBF A;  5P6V A;  3SA8 A;  5P1O A;  4RLD A;  1FMU A;  1ENT E;  1MPP A;  2WF4 A;  3GI4 A;  3T7X A;  3S53 A;  2VJ7 A;  4EWO A;  3NLS A;  4Y4B A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 5P1T A;  3UDQ A;  4PEP A;  1T7J A;  4B72 A;  2QU3 A;  2UY0 A;  4GJ6 A;  5P7K A;  2P3A A;  5P1P A;  4AA8 A;  2JYS A;  3TPJ A;  5P1V A;  3OY4 A;  5P4G A;  5HE5 A;  1GVT A;  3URL A;  5P5O A;  5OZG A;  1ZTZ A;  3L3A A;  1K6C A;  1LYB B;  3NDX A;  2OHM A;  5P86 A;  1HVL A;  5P26 A;  2QP8 A;  5P3C A;  4D88 A;  2VIY A;  3NUJ A;  3VF3 A;  5P6C A;  1AVF A;  4QLH A;  1RPI A;  1HVJ A;  2HPF A;  3QI1 A;  4MC6 A;  5P45 A;  1HPV A;  4TVG A;  4Q1N A;  1G35 A;  1HPS A;  3HVG A;  4YE3 A;  5SY2 A;  1W5X A;  4Y47 A;  3ZKI A;  3KT2 A;  2WEC A;  5P4C A;  5P8F A;  5P7L A;  5P1X A;  1C6X A;  2PC0 A;  5P5J A;  4Y5G A;  1HVR A;  5P4T A;  2FNT A;  3BHE A;  5OYS A;  4Y41 A;  1APU E;  3CIC A;  3SAC A;  5P28 A;  1KJ7 A;  5P3G A;  4AMT A;  3MSJ A;  4DPF A;  1QRP E;  1QBU A;  4Y53 A;  2Q11 A;  4DV9 A;  5OZV A;  3RTN A;  2HB3 A;  4APE A;  4NPT A;  3I25 A;  3FKT A;  2G24 A;  4Y5A A;  4TRZ A;  1OEW A;  5P2W A;  5OZP A;  3UDP A;  5SXN A;  3N3I A;  2HB4 A;  4D83 A;  2Q55 A;  4Y57 A;  5OYZ A;  4D8C A;  3K4V C;  3MSL A;  1NSO A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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