5P5CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 237
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5cA01
4X7IA 3WZ8A 2V12C 2VKMA 2AOFA 5P26A 5P51A 2R8NA 5P6KA 4EPJA 5P8LA 1QBUA 2VIEA 5AH6A 4YCKA 1SDVA 4ZPEA 5P7TA 3NDUA 3BGCA 4L6BA 5P01A 5P30A 2QMDA 3MSKA 5P6OA 4YBIA 3T7XA 3CIDA 4QJ6A 4Y4JA 5P37A 1ENTE 3QRSA 5BS4A 3EKXA 4Y4DA 1TW7A 1MSMA 2J9KA 4B0QA 4HEGA 3QP0A 3LZUA 4WY6A 3DOXA 5P49A 3OAGA 5P5MA 5ISJA 1HVLA 3OGQA 5P4HA 4PZWA 3ZKSA 3Q70A 1B6JA 5P4RA 1GNOA 2V10C 4J1IA 4ZSRA 2QI0A 5P1RA 4OBHA 5P2XA 5IS4A 4K4PA 5OZXA 4I0ZA 5P1IA 5P2RA 2G24A 5P39A 1HTFA 2BPWA 1EPOE 3FIVA 1CZIE 2HS1A 5P6YA 2R3TA 3UFLA 3GI4A 3H5BA 4XX3A 5OYZA 5P6PA 3VSWA 1Z8CA 3DCRA 3JVWA 4RCEA 5P2JA 3CMSA 3TNEA 3EM3A 5P3IA 4Y3SA 3DK1A 1NPVA 3LHGA 3OU1B 5P7BA 4Y5KA 4Y39A 5OZ8A 3PRSA 1TSQA 1SIPA 4Q1NA 3ZKNA 1D4KA 5P7SA 5P0BA 2G1YA 1RNEA 3FNTA 3UHLA 3FKTA 3VYDA 4Y4EA 5C9DA 5P8UA 4A6CA 2B60A 2ZJKA 3LPIA 5P5RA 2QZXA 4L1AA 4Y5LA 3I2LA 3OQDA 3IXOA 1LF2A 1D4IA 5PEPA 5OZWA 3CKRA 1EC1A 5P7CA 3SA7A 4J0VA 5C9BA 3EKVA 1T6EX 2AQUA 4B78A 5P4GA 2WECA 5P5BA 5JFPA 3RTNA 3LIYA 1M4HA 1D4JA 1HSIA 5P4UA 3VFAA 5P0VA 2R3WA 5P6QA 3OU3A 1K2BA 1EPME 1HWRA 4R8YA 3L5BA 1MTRA 5HTZA 3KMXA 2Q15A 4D83A 3BXRA 4BFDA 5IVTA 3KFPA 5P87A 4AUCA 3OGPA 5ISKA 1NH0A 4FM8A 4E43A 2H6SA 2IKOA 5AHCA 5KAOA 3ZPUA 5P6FA 2ASIA 1U8GA 5P79A 1ZSFA 4LAPA 5P3ZA 1SMRA 2F3EA 1BXQA 1ZAPA 3OU1A 5P6RA 1HPXA 5P6VA 2NR6A 2P8HA 5P19A 1FMXA 5AHBA 4CPTA 4B77A 5P3HA 1FMBA 5P2SA 1HTGA 4IVTA 5P46A 5P0UA 4H3JA 2R5QA 1J71A 5P8IA 2R9BA 3N4LA 3ER3E 4LC7A 3DV1A 1BWBA 1PPLE 2CEJA 3HVGA 1MT9A 5P7JA 5P53A 4DJUA 5P05A 3SQFA 3OQKA 2IKUA 5P5SA 2F81A 3KFNA 3SA6A 4Y54A 5P5TA 3OY4A 1W5XA 5DGUA 4J1HA 1W6HA 4LP9A 5P4QA 4AA9A 2HB2A 5P44A 3UQWA 1CPIA 2Q63A 3ZKMA 1A8KA 3MSLA 1MERA 2ZE1A 2ZYEA 3L38A 3PB5A 2F80A 3K5FA 4RROA 2XFJA 3OTYA 5SXNA 2UPJA 5P33A 2HIZA 5JG1A 2OHRA 1E80E 5P2LA 1AM5A 4EQ0A 5P77A 4Y5MA 4EXGA 1PSNA 4Z50A 4DQCA 2R5PA 5P7MA 3PWMA 2CENA 5DR4A 3H0BA 2B7FA 3IVHA 4DPFA 1OEWA 4Y3FA 2FNTA 5JFUA 4DUSA 4OBFA 1HSGA 3QAAA 5HU0A 4NJVA 1IZHA 2BPXA 5P6AA 3UDYA 4Y3XA 1FKNA 3VUCA 1W5YA 4J0PA 4Y3EA 3ZOVA 5P60A 1EC0A 3SPKA 5OZKA 5P0EA 1HTEA 3B80A 2G21A 4Y35A 4U7QA 1DW6C 5P48A 5P4YA 3TPLA 2QZKA 3RTHA 4DJWA 4DJQA 4CPSA 4YDGA 3D3TA 2PSGA 2QHYA 4ER1E 2NXDA 1FQ8A 4JPEA 3RU1A 2VIJA 5P5PA 5P7FA 4QJ9A 2NMYA 3UQRA 5OZMA 1HVRA 3GI5A 5ER1E 3UQXA 1APUE 5OZSA 2G94A 3OU4B 1EBWA 3F9QA 6FIVA 2OHKA 5P2DA 5P3VA 4I0JA 1SBGA 5HU1A 3INEA 7HVPA 4I0FA 1ODYA 1LYAB 2VIZA 3BRAA 5ENMA 1FF0C 1LYBA 2FGUA 1D4HA 3LITA 4DVFA 4GJ9A 4HLAA 2ZJNA 1KJFA 4I1CA 5COOA 5P0ZA 4NJTA 1ZPAA 5P3OA 3O9GA 2ER9E 5OZYA 4ER4E 5P36A 4IVSA 5P0GA 4Q1XA 5P3DA 1HIIA 5P76A 1QDMA 2QMPA 4TVHA 5P15A 6UPJA 5P1PA 3TPRA 5P08A 5P0TA 1HIVA 4PHVA 5P73A 3KF0A 3PHVA 4I12A 3QVCA 4EHCA 5P0JA 5P4AA 2JE4A 3BVBA 3OADA 1F7AA 6APRE 4Y53A 2EWYA 3D20A 2OHTA 2HPFA 3D91A 1YTJA 4DJXA 2WEAA 5P3XA 5P81A 5P3EA 5P3YA 4ZIPA 5JODA 2JXRA 2ER0E 1EPPE 4QGIA 5IVQA 3EKYA 4CPRA 4YD5A 5P3JA 1B11A 4FLGA 2QCIA 4HDPA 1XS7D 2VS2A 4I0IA 5P13A 5CLMA 3TOHA 5P72A 3O9AA 3PWWA 2I0AA 1AJXA 2VA6A 3VYEA 4OBGA 3NWXA 1HOSA 5P03A 1FEJC 4DQFA 5P5FA 5P6TA 4K4QA 1LYAA 1ZJ7A 3K4VC 3URIA 1PSAA 3IXJA 5P0DA 3ZMGA 4DQGA 5P4KA 2BJUA 4I0DA 3OOZA 5P6NA 2PSVA 1XE6A 2QI1A 2G27A 5P5ZA 5P41A 4APEA 4LHHA 3KM4A 5OZZA 5P4DA 5HE5A 2FIVA 5OZ6A 5OZLA 1AAQA 3L59A 5P7XA 3IN4A 3O9IA 4Y5EA 4DPIA 1YT9A 5SY3A 2R43A 5P32A 1YTIA 3O9HA 2WEBA 3I8WA 4Z22A 5P0OA 4RRNA 5P6BA 1YTHA 2Q55A 1LZQA 2OHQA 3NR6A 5P1FA 4XXSA 3OUDB 5P1KA 1G0VA 3O9EA 5KR0A 1TQFA 3QS1A 3UDMA 5P61A 3APPA 1OD1A 2G1NA 4EJ8A 4OC6A 3TLHA 2QD6A 5HDUA 3UFNA 5P8FA 2NPHA 1APWE 4B1DA 3PWRA 5OZ2A 5KOSA 4A4QA 2Q54A 4GJ7A 5P31A 2PH6A 1EC2A 1BAIA 4EQJA 4HDFA 3SKFA 5P2KA 1MUIA 5P8SA 3PM4A 5OYQA 5DQ4A 5P5HA 4Y43A 1OHRA 3VG1A 5DGWA 5DR1A 4XKXA 3QVIA 1FG8C 5P56A 1LV1A 5P57A 4EJDA 4D8CA 4XX4A 3JVYA 2ER6E 5OYXA 3OUBA 5P50A 3JW2A 2I4DA 3D1ZA 2QI4A 4NJSA 5SZ9A 5P7EA 4OD9A 3VF3A 3NU4A 2PWRA 5P2BA 4R92A 1LYWB 5P2CA 1LF3A 1RQ9A 4L7HA 2HM1A 1T7IA 1G6LA 1QBSA 5P4EA 5KQFA 1SP5A 2QK5A 4I0EA 1B6KA 3NUJA 4Y4XA 4FRKA 3INDA 4Y37A 5IE1A 5P3CA 1DAZC 5I3VA 5P4NA 3S45A 5P0KA 4L1AB 2O4LA 4R91A 5P4CA 2HS2A 4J0ZA 2RKGA 1MT7A 5P4XA 4RYGA 5P7YA 3OXXA 2WEDA 5P4FA 3G72A 2IS0A 4Y51A 1HEGE 2IDWA 3OUDA 3DM6A 2IEOA 1C6XA 3Q3TA 4DI2A 4DH6A 3NXEA 3ZKIA 5TOLA 2Q3KA 2UY0A 5P2UA 3PLDA 3TPJA 1HVCA 5P5CA 3IGBA 1SIVA 2FS4A 2QD8A 1GVXA 3OXVA 1D4LA 5P7DA 5P1DA 3FV3A 3R0WA 1APTE 1HPOA 5P4SA 1MRWA 5P6LA 1IZIA 4FIVA 4Y5CA 4J0YA 2I0DA 4Y57A 1ZTZA 3HDKA 2O40A 5P2HA 1AVFA 3CIBA 4CP7A 2FMBA 4RZ1A 2QHZA 3QI1A 4TRZA 1N49A 5P24A 2IGXA 4EP3A 2PK6A 4AA8A 4Y3YA 5P8HA 5F00A 4CMSA 1IBQA 1PSOE 3NU5A 3T7PA 1DMPA 2G20A 1HSHA 5P1CA 3FNSA 4RLDA 2ER7E 4ZSQA 1LYWA 5P1EA 4Y50A 4GJ5A 5HCOA 1UH8A 1FQ7A 4FAEA 1XN3A 5P1QA 2O4KA 2QI7A 5P0LA 5P55A 5OYVA 2NXMA 4Y3RA 3OOTA 3SA5A 4Y3LA 2ZDZA 5P2AA 3VYFA 5KQYA 5P3PA 5P8JA 5P1WA 5OZBA 5P2NA 4HA5A 1ODXA 3Q5HA 5P27A 5P6EA 5P3WA 1HPSA 5P74A 5P7PA 1D4YA 5P4BA 3KDCA 5HVPA 3BUFA 4YCTA 5P8AA 5FIVA 3PMYA 1B6PA 2QU3A 5P1NA 5KOQA 2AVVA 1ZBGA 3EKTA 4DJOA 3ZLQA 4B70A 2AIDA 2VNMA 2O4SA 2G1RA 5IVSA 3PBDA 1W5WA 3VCMA 5P7GA 3SLZA 4F75A 4GYEA 3UQPA 2BQVA 3S53A 5P59A 5P3BA 5P3QA 3SO9A 2OHMA 3FX5A 3OHFA 4Y3TA 3IN3A 1EPRE 4EJLA 3S56A 2V13A 5COPA 1GNNA 2FGVA 4KE1A 5P5VA 5EZXA 4ER2E 4BEKA 3BVAA 3R1GB 5KQZA 2OHNA 5EZZA 4Y56A 3CICA 3S7LA 2Q11A 3GGXA 2JJIA 5OZIA 3LZYA 4DV9A 4GJBA 3FNUA 5P8EA 1BDQA 4J17A 3INHA 5OZ5A 5P71A 5P0AA 4COEA 4OBZA 2VNNA 2VJ9A 3GGAA 2NNKA 3NDWA 4Y41A 5I3WA 1MESA 2VA5A 5P7WA 5P0IA 2OHLA 2WKZA 3U71A 3UTLA 4H3GA 5KR2A 3BC4A 4DJRA 1E5OE 2HAHA 5KR8A 1SDTA 4YBFA 5F01A 5DPZA 4Y5NA 4LXMA 3LIQA 5P0PA 1KJGA 4F76A 3FSMA 1LYBB 3EBZA 4NJUA 4Y3WA 1SMEA 1QS8A 3LIXA 5P23A 3EL5A 4KB9A 1K6PA 1SGUA 1B6LA 1IDAA 1EPLE 3ZPSA 3O9CA 1MSNA 3R2FA 2IENA 4Y4BA 3NDTA 4F73A 2PH8A 4CPWA 1C6ZA 4PYVA 3EM6A 4K4RA 3EKWA 1MRXA 5P3MA 3PSGA 3EL1A 2I4VA 5P20A 5HD0A 3EKPA 5P54A 5CONA 3TL9A 1XL5A 2NMZA 3EMYA 3INFA 3L5CA 4YE3A 3OADB 4GZFA 1GKTA 1T7JA 5P80A 2APRA 2O4PA 4QJ2A 4HZTA 1BXOA 2AOGA 5P3RA 1MVPA 5P5AA 3B7VA 4I8ZA 5OZJA 1BVGA 1GVVA 4FSEA 5P17A 2AOEA 5P1YA 1ER8E 4FGXA 2QAKA 1KJ7A 2WF2A 5P2TA 3VV7A 2RENA 5P1SA 2V00A 3NDXA 3NYGA 5P8QA 3AIDA 5P4WA 1IZDA 1K6VA 5P1MA 3MWSA 1QBRA 4QLHA 5P1VA 5OZ7A 4Y4ZA 5P4JA 4PEPA 2NXLA 1T7KA 5P7QA 4H3FA 5OZCA 1TCWA 1TZSA 1HXBA 2BPVA 5DQ5A 4K9HA 3PI0A 5P5XA 5HDZA 1K1TA 1IZEA 2G1OA 2ZJMA 4RVJA 5P4LA 4Y6MA 3SAAA 2AZ8A 3VEUA 4QJ7A 4KUPA 1IVPA 1WBMA 2QNNA 3GGUA 2RMPA 3TTPA 2I4WA 4YCYA 3LINA 2F3KA 2P3BB 2PSUA 3O9LA 4Y9WA 2G22A 5P1XA 3ECGA 4FSLA 5P1AA 5P1GA 3PGIA 4FM6A 4Y3QA 3IA9A 4ZSPA 5P3TA 1FQ4A 2G69A 1YM2A 3ZKGA 4Y47A 5P8VA 5P5OA 2AODA 5P3UA 2SAMA 1K1UA 1DPJA 5C9FA 1LF4A 5P6ZA 5P52A 4TRYA 4OC6B 3PEPA 3K5CA 5P22A 1W51A 2IRZA 4D88A 3SACA 2QD7A 2CEMA 3Q6YA 3K5DA 3L3AA 2PC0A 1CMSA 1ODWA 5P63A 5P0HA 4Y5PA 1AZ5A 3BXSA 1GVTA 4Y3HA 2RSPA 2P83A 3LZVA 2I1AA 1PFZA 2OHSA 3K5GA 3OK9A 3HLOA 2ZJJA 3QBHA 5P68A 5P69A 3LPKA 3MXEA 5P1JA 1FFFC 2BKSA 5KR1A 5P75A 4OBJA 3KMYA 3OUCA 3T7QA 2ZHTA 5P6CA 3QIHA 4RYCA 5P0SA 1BDLA 5P1OA 3GI6A 4APRE 4OD9B 5P3GA 4NKKA 3PSYA 3PSUA 4AMTA 1FB7A 5E5KA 2QZLA 3IAWA 1EBZA 3VV8A 5P0RA 3TOGA 5P6JA 1XN2A 4EP2A 1EAGA 2P3BA 5P7IA 2PYMA 3RSVA 4Y38A 5P40A 5OZOA 5P8BA 5P65A 5APRE 1KZKA 2J9JB 1T6GA 3KA2A 1B5FB 4FRIA 5P6SA 4TRWA 4ZSMA 4J55A 1DP5A 2I4QA 3PBZA 1EBYA 4Y58A 4BELA 2A4FA 4GJCA 3NSHA 4HDBA 1A30A 2JJJA 2FDDA 3OQAA 5P78A 5P11A 3O9BA 3S2OA 3A2OA 1QBTA 2ZHRA 3UDNA 1NSOA 5OZDA 4ZLSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4X7I A;  3WZ8 A;  2V12 C;  2VKM A;  2AOF A;  5P26 A;  5P51 A;  2R8N A;  5P6K A;  4EPJ A;  5P8L A;  1QBU A;  2VIE A;  5AH6 A;  4YCK A;  1SDV A;  4ZPE A;  5P7T A;  3NDU A;  3BGC A;  4L6B A;  5P01 A;  5P30 A;  2QMD A;  3MSK A;  5P6O A;  4YBI A;  3T7X A;  3CID A;  4QJ6 A;  4Y4J A;  5P37 A;  1ENT E;  3QRS A;  5BS4 A;  3EKX A;  4Y4D A;  1TW7 A;  1MSM A;  2J9K A;  4B0Q A;  4HEG A;  3QP0 A;  3LZU A;  4WY6 A;  3DOX A;  5P49 A;  3OAG A;  5P5M A;  5ISJ A;  1HVL A;  3OGQ A;  5P4H A;  4PZW A;  3ZKS A;  3Q70 A;  1B6J A;  5P4R A;  1GNO A;  2V10 C;  4J1I A;  4ZSR A;  2QI0 A;  5P1R A;  4OBH A;  5P2X A;  5IS4 A;  4K4P A;  5OZX A;  4I0Z A;  5P1I A;  5P2R A;  2G24 A;  5P39 A;  1HTF A;  2BPW A;  1EPO E;  3FIV A;  1CZI E;  2HS1 A;  5P6Y A;  2R3T A;  3UFL A;  3GI4 A;  3H5B A;  4XX3 A;  5OYZ A;  5P6P A;  3VSW A;  1Z8C A;  3DCR A;  3JVW A;  4RCE A;  5P2J A;  3CMS A;  3TNE A;  3EM3 A;  5P3I A;  4Y3S A;  3DK1 A;  1NPV A;  3LHG A;  3OU1 B;  5P7B A;  4Y5K A;  4Y39 A;  5OZ8 A;  3PRS A;  1TSQ A;  1SIP A;  4Q1N A;  3ZKN A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3RSV A;  4Y38 A;  5P40 A;  5OZO A;  5P8B A;  5P65 A;  5APR E;  1KZK A;  2J9J B;  1T6G A;  3KA2 A;  1B5F B;  4FRI A;  5P6S A;  4TRW A;  4ZSM A;  4J55 A;  1DP5 A;  2I4Q A;  3PBZ A;  1EBY A;  4Y58 A;  4BEL A;  2A4F A;  4GJC A;  3NSH A;  4HDB A;  1A30 A;  2JJJ A;  2FDD A;  3OQA A;  5P78 A;  5P11 A;  3O9B A;  3S2O A;  3A2O A;  1QBT A;  2ZHR A;  3UDN A;  1NSO A;  5OZD A;  4ZLS A;  3UDJ A;  2AOH A;  5OZR A;  5P10 A;  4L7J A;  4FRJ A;  2I4U A;  2WJO A;  2HB4 A;  5OYU A;  4MC9 A;  4Y5G A;  1HPV A;  1E81 E;  2F8G A;  3KT2 A;  4JOO A;  4Y3P A;  1SDU A;  5DQ1 A;  5P8K A;  4B05 A;  2ZHV A;  1HXW A;  5P5W A;  1VIJ A;  2IGY A;  4PPH A;  4AZY A;  3ST5 A;  2B7Z A;  3VFB A;  5OZP A;  4R93 A;  4YA8 A;  4ZE6 A;  1W50 A;  1ME6 A;  3PI5 A;  4OBK A;  2FNS A;  2O4N A;  2RKF A;  3K4V A;  5OYY A;  3HBO A;  3HAW A;  1W6I A;  3LIV A;  4YD6 A;  5COK A;  5P29 A;  2ZJI A;  1FGC C;  2HPE A;  5P2F A;  5P1H A;  1MIQ A;  5P8C A;  4Y4T A;  3OXC A;  5P42 A;  7UPJ A;  4EJK A;  4FM7 A;  4DQB A;  3VF7 A;  5P6G A;  3RTM A;  3CYW A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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