5P5DA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 238
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5dA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5dA01
4YHQA 1E80E 4RVXA 2BBBA 4Y3EA 4KUPA 1EEDP 3QVIA 1MRXA 2HS2A 4Y57A 5OZ1A 5P3OA 4ZPGA 3SQFA 2G1NA 3BVAA 3UCBA 4Y9WA 4Q5MA 3URJA 5KR1A 4QJAA 4Y3DA 1EBKC 4ZEAA 5IE1A 3QPJA 5P6QA 2AVMA 3OADA 5P54A 5P3GA 4I0GA 4LBTA 1EPRE 2AIDA 3R2FA 2V16C 4FL8A 2HS1A 3ZL7A 3EM6A 5HDVA 4Y58A 3NU3A 3Q5HA 2BJUA 4F74A 1FQ5A 5OZ4A 4J54A 3N4LA 1EC2A 4OD9B 3SLZA 5P7PA 4F76A 5TOLA 1HTRB 3ECGA 5P3TA 5P3RA 1PFZA 4DJRA 1OEXA 4J1CA 4QJ7A 2PSVA 1UH7A 4MC2A 3R0WA 4L7HA 4B1EA 2B8LA 3FNSA 2VNNA 5P8KA 3KMXA 1EC0A 4RCEA 3OTYA 1HIIA 1SDVA 5P3MA 3UPJA 3VLAA 3ER5E 1EAGA 5P3QA 4Y50A 1FMUA 3S43B 3S53A 1IBQA 4Y56A 5P32A 5P2GA 2ZYEA 1F34A 2QP8A 4NJTA 3NXNA 1J71A 3EKTA 4COEA 1T7JA 2WF0A 5BRYA 1NPWA 4YCTA 2F3FA 4AZYA 3FIVA 2ZHUA 4FAEA 4Y3PA 5P4SA 1FFFC 3NYGA 3OU4A 1CZIE 4XXSA 4ZSMA 1HVHA 5DPZA 1UH8A 4YOBA 4GB2A 2WHHA 5KR2A 1HVIA 5AHAA 1TCWA 5P5CA 5P7NA 1EBWA 5P4ZA 4H1EA 5P6GA 5P7EA 5OYRA 4QJ9A 1XL5A 1WBMA 1Z8CA 3BC4A 1ME6A 4FRJA 4JOOA 1LV1A 3RTNA 4R93A 1OD1A 5P5NA 4I0HA 3PMYA 2RSPA 3LHGA 2Q15A 4ER1E 1HWRA 5OYUA 5P7BA 3TKGA 3QIHA 4Y4JA 1LYWB 2QMGA 3INFA 3UQUA 4Y5EA 1GKTA 5P3PA 5P5DA 1AVFA 5P6FA 3EKWA 4Y3XA 5P05A 4Z2ZA 5P12A 3L59A 5P2YA 5P5QA 1BVGA 5AGZA 4K9HA 4MC1A 2AOFA 3ZPUA 1GVVA 4DJUA 1TQFA 3QP0A 4Y3ZA 5P0FA 1HPXA 5P8VA 4B78A 3HDKA 1FG6C 3ZKXA 5OYVA 2NTRA 3U6AA 3OXVA 2F80A 4B70A 5P3DA 1LYAB 3WB4A 2IENA 2J9KA 5P8QA 3S85A 2O4LA 5P2EA 1A94A 4Y4ZA 3URLA 4FM6A 2HPFA 3NUJA 2ZJHA 2QNQA 2V11C 1LS5A 3CKRA 2IKOA 5P3VA 5P3LA 3O9AA 4EYRA 5KAOA 4Y4WA 1TSQA 3OGPA 4CPTA 1KJ4A 1HTGA 1HTFA 4GJ5A 3IA9A 3IXOA 5P4AA 5OZ0A 5OZCA 5P2WA 4TVHA 3KM4A 5P14A 5P7LA 3UDKA 2HPEA 2QCIA 5JFUA 2FXDA 5HCTA 3OU3A 5HU0A 1EPQE 1B6PA 2BB9A 4NJUA 3VF7A 2FGVA 4JECA 5OZYA 5P52A 5P8JA 3QBFA 5OZNA 3C9XA 3EL9A 5P8SA 2QI7A 5P22A 5P5ZA 1EC3A 4K4RA 5HD0A 4APRE 5P7RA 5P6BA 7UPJA 1SDUA 4DQHA 1PPLE 4APEA 5P87A 4ZLSA 3U7SA 4YE3A 3G70A 3SM2A 1W6IA 2PK5A 1BDQA 2Q5KA 5P2BA 3WSJA 3CICA 1LZQA 3INDA 8HVPA 4FRKA 1HIHA 5P2FA 3DCRA 4KE1A 3HLOA 3O9HA 4YBIA 5COKA 2PH6A 4DPIA 2B7ZA 3O9GA 5P43A 3IN3A 4L7GA 3ZOVA 2FXEA 4AA8A 2VIEA 4TRWA 5P85A 3I8WA 5BWYA 4LXAA 4Y5GA 5P7FA 2A4FA 1K1TA 1BXOA 3OGQA 4WY1A 1RPIA 4AMTA 2G24A 2RMPA 2F81A 3ZLQA 5P6EA 2QK5A 3AIDA 5P6LA 1HPOA 4EPJA 4R5NA 5P46A 5P2JA 3HAWA 5P4CA 5P5WA 1AJXA 5OZPA 3SA6A 4DUSA 3O9CA 3UFNA 3PRSA 4Y3FA 3UDRA 3S8IA 3TPPA 4CPUA 2ZHRA 4EP2A 4Y3RA 5DR1A 4OC6A 4RRSA 3S7LA 4X2LA 5P1MA 4PZXA 4ZSRA 4LL3A 4S1GA 1BAIA 4EQ0A 2V00A 3OTSA 4ZSPA 5P7VA 4GMIA 1APVE 5C9FA 5EZZA 1A8GA 5P83A 4OBHA 4LHHA 5P2TA 3IAWA 4Y5KA 1EBYA 1CPIA 1U8GA 5P7YA 2HB2A 5P7ZA 5JG1A 5P4DA 1HSIA 2NMYA 3H0BA 3KFNA 1XDHA 4CMSA 4YD3A 5P3SA 2G27A 2RENA 3RTHA 4B0QA 5P27A 5OZ7A 5SZ9A 3ZPSA 5P1PA 4D85A 3INHA 3TOHA 3PGIA 3BGCA 2R8NA 3VYEA 5P4LA 3BRAA 1ODYA 4R8YA 5P6CA 2OHQA 4PEPA 3IGBA 3T7PA 3UFLA 2Q3KA 3NLSA 5KOSA 5P60A 3M9FA 1LF4A 3DV5A 1SP5A 1E5OE 1A30A 1PROA 3OOTA 1HTEA 4Y39A 2QU2A 5OYWA 2G26A 4Y3YA 5IVTA 4CPSA 1TCXA 1GNOA 4Y3AA 3JVYA 2QNNA 1Q9PA 1UPJA 2JXRA 5P42A 1W5XA 3EL1A 1SBGA 3HVPA 5P2KA 4GJ6A 2XFJA 4CP7A 4D8CA 2AZBA 5P76A 4RCFA 5P23A 1BV7A 3PWRA 5OZIA 5P7AA 5P0VA 3F9QA 1MTRA 3BHEA 5P48A 3RVIA 5OYZA 1AM5A 5P71A 5P8TA 3EKPA 5OZ8A 4GZFA 5HE5A 2H6TA 5P19A 5P8BA 3LIQA 2OHUA 5C9BA 5P6DA 3Q6YA 4I0ZA 3U71A 5P30A 2R9BA 3NU6A 2ASIA 3T11A 1KJGA 3SKFA 5P17A 2OHLA 2WF3A 1QBUA 4H3IA 1MPPA 4EXGA 3D3TA 4A6BA 5P0WA 1XS7D 3H5BA 5P1GA 3KYRA 5P8CA 3TPJA 3LIZA 4FM8A 1D4JA 5CLMA 2QI6A 5P45A 4Q1XA 4TVGA 2F3EA 3A2OA 5P4XA 1YG9A 5P5OA 1K2BA 3DK1A 5P66A 5P5XA 1B5FB 5P4JA 4R95A 1IVQA 2I0AA 3EL4A 1LYBA 5DGWA 4DJOA 1GNNA 5P6AA 1M43A 4DH6A 4D88A 3TPLA 4DV9A 3QN8A 2VJ6A 5P1NA 5P4PA 4EXHA 1DP5A 2WJOA 3EKQA 3L58A 5P4EA 1MSNA 2BPYA 5P2AA 2PYNA 1DPJA 5P2RA 3OQAA 3O9EA 2ZE1A 2ZHVA 4Y4DA 2BQVA 4Y54A 5P2HA 3KMYA 4RYGA 4Y4AA 4DQBA 5P3NA 1PPKE 2AZCA 4LP9A 2AODA 3TKWA 5OYSA 5OZ2A 1GNMA 5OZRA 2RKGA 2ER9E 2IGYA 3INEA 1GVXA 4YBFA 2P3AA 4A4QA 3LZYA 5P2DA 1FQ8A 4I10A 1G0VA 2HB3A 5DQ2A 1MUIA 2QMFA 3EM3A 4J5JA 2IDWA 5P4RA 4ZIPA 4K8SA 3QBHA 3KT2A 5OZVA 3BXRA 5P15A 2ER6E 3PI5A 3RSVA 3L3AA 4Y4BA 4MC6A 1T7KA 3VSXA 2Q63A 5T4SA 5P65A 4QLHA 5P39A 5B18A 3SA5A 2BKTA 3O9LA 4Y3LA 3VF3A 3OAGB 2CEMA 1W5YA 1IZHA 5P4UA 4LAPA 1TZSA 3PSGA 3UDHA 3OOZA 4FS4A 4RYCA 3LPJA 2UPJA 1DIFA 4L6BA 1FGCC 3SA9A 4L7JA 5P1IA 1M4HA 2QHZA 5P88A 3KN0A 3D91A 4NJSA 2JJJA 2PSUA 3PLLA 2I4XA 4L1AB 3PSYA 4OBZA 5P6ZA 3KDCA 4QJ6A 1RQ9A 3KA2A 1WKRA 5E5KA 5OZKA 1C6YA 3FKTA 4FIVA 5P8IA 4YCKA 1IDAA 4BFBA 3IN4A 4B1CA 2I4DA 1XN3A 5P7CA 3NR6A 2F3KA 3GI4A 5KQYA 3HAUA 5IVSA 5P6PA 3FNUA 4XX3A 3OUAA 3DUYA 5P31A 4DFGA 4M8YA 2WF4A 5P69A 2QAKA 3PWMA 2QI0A 4PZWA 5P6NA 2ZJJA 3OU1A 1MSMA 1HEFE 5F00A 4J17A 2J9JA 5P33A 1HRNA 4EJLA 3S45A 4CPWA 4R92A 5AH6A 3DOXA 4I8WA 5P1FA 3PEPA 5P4YA 2R5QA 4Y38A 4Y48A 3HZCA 2WEAA 3QRSA 3CKTA 3SPKA 5P78A 5P89A 1YM4A 2QI5A 4U7VA 4Y3HA 2FDPA 3KDBA 3LIVA 3R1GB 2FDDA 2AVSA 2FGUA 2NMZA 5DGUA 3B80A 4XX4A 3VG1A 5P04A 2V13A 5P5UA 3VLBA 1QDMA 1IIQA 5HTZA 1RNEA 2CEJA 3URIA 5HVPA 3QVCA 2ZHTA 1GVWA 5KR8A 4N00A 3EL5A 4DJWA 4BELA 2P3DA 1FF0C 1NPAA 3OXCA 5P7HA 5P1EA 3UQXA 5P03A 3S7MA 5P4QA 5KQXA 3GGVA 4OD9A 5I3YA 2G94A 1G2KA 3UDYA 2XFKA 1MRWA 3DJKA 2JJIA 3SABA 4J0PA 4EJDA 2V12C 1G35A 3I7EA 4Q1YA 7HVPA 5OZMA 5HE7A 5P1UA 2QMDA 4J0YA 4I0DA 5HE4A 5P7IA 4HEGA 5P1KA 2QD6A 5OZSA 1HPVA 2APRA 3G72A 3CIBA 3OY4A 3S43A 3MWSA 1W5VA 5E5JA 5P8OA 3VCMA 4J1HA 4KB9A 2XFIA 5OZFA 5OZQA 3OUDB 2HM1A 1TSUA 1ZTZA 3NSHA 5OZ9A 5P0LA 4J0ZA 4Q1WA 4DI2A 5P55A 3ZKIA 4YD7A 4PPHA 4DJVA 5P1CA 2FS4A 4Y35A 2WKZA 4FAFA 2WF1A 2NXDA 2HB4A 3K5GA 3O9IA 2G20A 5P7JA 2QZWA 4U7QA 5P0ZA 3NU9A 1HHPA 2ZHSA 2JYSA 2XYFA 4JPEA 3L5EA 4BEKA 3SA3A 1HVCA 2ZJKA 1W5WA 1KJ7A 5P8FA 4EJKA 1BVEA 1KJFA 3VFAA 1BDLA 2PH8A 5P4HA 5P0YA 1FB7A 5P0DA 4Z50A 1LYWA 1D4YA 4B05A 3PCWA 5P11A 5DR3A 5P3EA 5P80A 1BDRA 2VA5A 5C9DA 3WZ8A 5P3WA 3BUGA 3WZ6A 3UDNA 4YCYA 3PCZA 3UTLA 2Q11A 5IS4A 5KQZA 1PSNA 3MSKA 4CKUA 2BPZA 5P4TA 3BXSA 1MESA 5BS4A 3L38A 2QHCA 1NH0A 2FLEA 4YD6A 5P5VA 4HZTA 1AZ5A 2F8GA 5P3ZA 2JE4A 1ODWA 3FNTA 1K2CA 1LYAA 1BV9A 1BBSA 2Z4OA 5SY3A 3TNEA 4Y5PA 5DR8A 3OHHA 5I70A 2AOCA 3SAAA 5JFPA 5P29A 1PPME 1EPNE 3IVIA 5CONA 2QMPA 5AHCA 4NPTA 1DMPA 1XE5A 5P24A 2P8HA 5P84A 2FDEA 4JP9A 1EC1A 3GGUA 5P4NA 3T3CA 5AHBA 4EHCA 1K6PA 3O9FA 1E82E 5P3AA 3TH9A 5P5TA 5P81A 3PM4A 5P0KA 2UY0A 3EM4A 1YTJA 3VV7A 3SFCA 6UPJA 1HOSA 4EWOA 5P7QA 2IGXA 3UQWA 2I4QA 5P1ZA 3BUFA 5P00A 4I11A 2VIJA 3I2LA 3ZKNA 3PBZA 5OZGA 3FX5A 5P1LA 5P4KA 3PWWA 4Y3WA 5P0CA 3MSLA 2IQGA 2PSGA 2WEZA 4DQFA 3EC0A 2QNPA 5P5EA 2AOIA 5P8NA 3LPKA 3UDQA 1HSHA 3CYWA 3NDTA 4QJ8A 4Y44A 4DJXA 1BILA 5P5HA 3L5CA 2ER7E 3PB5A 4RVJA 3NXEA 2NPHA 3AUPA 4Y5AA 2OHRA 5P8UA 2IEOA 2R38A 1DW6C 1A8KA 2G1OA 3NU4A 5P2NA 3K5FA 3PHVA 1WBKA 4YDGA 2B42A 5P02A 5OZAA 1K6TA 1W50A 3OQ7A 1SIVA 4HDFA 1K6VA 5P3KA 5OZLA 2I1AA 1T3RA 3NDUA 4OBDA 5DR7A 4DVFA 5P1VA 4Y5CA 1EPPE 2QU3A 5APRE 3PBDA 3OADB 5P4GA 3OQKA 2CENA 5P13A 4GJ9A 4DPFA 5I3WA 5P49A 5P7WA 5P6UA 1ODXA 3FSMA 3EL0A 1SH9A 3QI1A 2O4SA 4RRNA 5AH8A 5IVRA 4ZPEA 5P26A 2VIYA 1HXBA 4I8ZA 5ENMA 2P3BA 4J1IA 3QAAA 4HVPA 5P6IA 3SO9A 5P8DA 3WB5A 3LINA 5SXNA 4Y3JA 5OZ5A 5P8GA 4B00A 4FSLA 4DJYA 1D4LA 1PSAA 3BVBA 5P2MA 1IZDA 3EXOA 5P77A 3TPRA 3KF0A 3R0YA 5P10A 2AZ8A 5P44A 5ER2E 4GJ8A 4Y6MA 1UH9A 2G21A 2OF0A 4OBZB 5OZ3A 4A6CA 2AVOA 5P8MA 5DR4A 1YTGA 2NXMA 1HVSA 1EPOE 1ZSRA 3S56A 3T7QA 2QD7A 3I25A 5P5YA 2VS2A 2WF2A 5P5MA 4Y5BA 4Y41A 1GVUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YHQ A;  1E80 E;  4RVX A;  2BBB A;  4Y3E A;  4KUP A;  1EED P;  3QVI A;  1MRX A;  2HS2 A;  4Y57 A;  5OZ1 A;  5P3O A;  4ZPG A;  3SQF A;  2G1N A;  3BVA A;  3UCB A;  4Y9W A;  4Q5M A;  3URJ A;  5KR1 A;  4QJA A;  4Y3D A;  1EBK C;  4ZEA A;  5IE1 A;  3QPJ A;  5P6Q A;  2AVM A;  3OAD A;  5P54 A;  5P3G A;  4I0G A;  4LBT A;  1EPR E;  2AID A;  3R2F A;  2V16 C;  4FL8 A;  2HS1 A;  3ZL7 A;  3EM6 A;  5HDV A;  4Y58 A;  3NU3 A;  3Q5H A;  2BJU A;  4F74 A;  1FQ5 A;  5OZ4 A;  4J54 A;  3N4L A;  1EC2 A;  4OD9 B;  3SLZ A;  5P7P A;  4F76 A;  5TOL A;  1HTR B;  3ECG A;  5P3T A;  5P3R A;  1PFZ A;  4DJR A;  1OEX A;  4J1C A;  4QJ7 A;  2PSV A;  1UH7 A;  4MC2 A;  3R0W A;  4L7H A;  4B1E A;  2B8L A;  3FNS A;  2VNN A;  5P8K A;  3KMX A;  1EC0 A;  4RCE A;  3OTY A;  1HII A;  1SDV A;  5P3M A;  3UPJ A;  3VLA A;  3ER5 E;  1EAG A;  5P3Q A;  4Y50 A;  1FMU A;  3S43 B;  3S53 A;  1IBQ A;  4Y56 A;  5P32 A;  5P2G A;  2ZYE A;  1F34 A;  2QP8 A;  4NJT A;  3NXN A;  1J71 A;  3EKT A;  4COE A;  1T7J A;  2WF0 A;  5BRY A;  1NPW A;  4YCT A;  2F3F A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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