5P5EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 239
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5eA01
2NMYA 3LIZA 5OZ7A 3OGPA 2F3EA 4Y6MA 1K6TA 1M0BA 4H3JA 2I4DA 5P3LA 3K5CA 1HVIA 2IENA 3K4VA 4ZSRA 3UDHA 2BJUA 4RROA 4Z2ZA 3LNKA 5P3YA 4GJ7A 4DJPA 5P7ZA 5P5TA 3TLHA 2JYSA 2PYNA 4J1IA 5P8UA 2P3CA 5E5KA 5P7HA 1SMEA 3CYWA 5P5PA 5HU1A 5P7PA 4WY6A 5P7BA 4AA8A 3G70A 2AZCA 1MRWA 1A8GA 5SY2A 1T3RA 4J0YA 2VIYA 5P31A 3LIVA 3LPIA 3OQAA 5P5UA 1NPWA 4GJDA 3KFRA 5AH8A 2VNNA 4B1CA 5DGUA 4J1HA 5OZFA 4OBJA 3UDPA 4HZTA 2UXZA 4FRKA 4Y5MA 3WZ6A 4Y3ZA 5P7VA 5OZSA 5P83A 3O9AA 1D4IA 2V11C 1FFFC 5AH9A 1HEGE 4FLGA 5P8HA 5P8NA 2PK6A 3LITA 4H1EA 1Z1RA 2AIDA 5P15A 4EHCA 4GYEA 1T7KA 2OHTA 4RYCA 4DPIA 4NJUA 5P1RA 3TH9A 4B05A 3DCKA 3NU6A 4GJ6A 4ZE6A 3RVIA 1HVHA 1FF0C 5P2DA 1EPRE 5P3CA 3K5GA 2JE4A 1SBGA 5P7RA 3Q4BA 5P0MA 1LYAA 3R1GB 2G21A 3UDRA 2FMBA 3GGAA 2I0AA 5P5WA 4H3GA 5P1GA 5P48A 5P0YA 4FIVA 2O4LA 5P5ZA 5DR1A 1APWE 4DJWA 3C9XA 5P28A 3L5FA 1HXWA 4PYVA 5P88A 3MSJA 4Y36A 4Q5MA 5P53A 3O9LA 2G1OA 5P54A 2QI0A 3FV3A 5P73A 5P40A 1SDUA 3TPRA 4L1AB 3Q5HA 5P5IA 3EM3A 2ZHUA 4DQFA 5P2LA 4ACXA 5P2TA 4DJXA 3IGBA 3D1XA 4TVGA 2QI3A 5P03A 5P1CA 5P75A 3O9HA 1FLHA 1HVKA 3S45A 3ECGA 1CMSA 2ZDZA 3EL1A 3PCWA 2H6SA 3R2FA 3SA6A 3NDWA 5P3GA 1XL5A 5KR0A 4GJBA 3OHFA 5P26A 3PM4A 4LXKA 5P0OA 1APTE 2QI6A 6APRE 1GNMA 3BGCA 4DQEA 3OU1A 2WJOA 1APVE 1NH0A 3PEPA 3HAWA 5P87A 1QRPE 5P8KA 3ZKNA 5JFPA 2HIZA 4Y3GA 3VLAA 4X2LA 2PH6A 5DQ1A 5OYVA 1IVPA 1EPNE 1M43A 5DPZA 2QNQA 1AXAA 5OZAA 1PSAA 5P4JA 1BDLA 4AUCA 3VV7A 3PMUA 4Y5AA 3OK9A 1YM2A 3S53A 4Z50A 2ZJMA 4XKXA 1F7AA 1JLDA 4DFGA 4TRZA 4XXSA 3MSLA 4F73A 4K4RA 2F3KA 5P1IA 3ZKXA 1TW7A 5P3UA 3EXOA 5P3NA 1W5XA 2AODA 5P8SA 5OZBA 1C6XA 3SACA 5P8CA 2I4UA 1B6MA 1DP5A 3OQFA 5P8RA 5P3FA 3QROA 4Y3DA 2G1RA 4RZ1A 5I3XA 1DAZC 1GVVA 1BVEA 3D1ZA 1LYBA 2FXEA 4XX3A 3ZPSA 4NPUA 3PGIA 4EP2A 4Y5PA 1HSHA 1LV1A 3QBFA 4X7IA 3NDTA 1W6HA 3DV1A 5P4QA 1ZPAA 4GIDA 5P6PA 5P0TA 4DQHA 1UH7A 1BV9A 5COPA 3IXOA 3OAGA 3IVHA 2IEOA 3KT2A 3EKVA 5HDVA 3EL9A 3K1WA 1U8GA 2QU3A 5UPJA 5P82A 2R9BA 5P0RA 4JPEA 3I25A 4LHHA 3LIYA 2CENA 3HZCA 3QPJA 5HTZA 1ZJ7A 3SLZA 2ZE1A 1BBSA 1D4HA 4Y44A 1A9MA 3JVWA 5ER1E 5OZZA 1B5FB 5P7YA 1ZPKA 4CPQA 5P3IA 4YDGA 2FDDA 4B70A 1EBYA 1HVJA 3S54A 4R5NA 3I6OA 5OZPA 2UPJA 4D8CA 5ISKA 1T6GA 3Q70A 3UDMA 5AH6A 3K4VC 3SAAA 4ZPGA 3CIDA 5P1UA 3FX5A 1AZ5A 5P7SA 5OZ6A 3IVIA 5P05A 3TL9A 2NPHA 4YD7A 5P5FA 3VUCA 5P01A 6FIVA 5IVQA 1CPIA 1MTRA 3BVBA 5P0FA 4R91A 3UDJA 3NXEA 4BFDA 1IZHA 5OZIA 1HXBA 1FQ7A 3JVYA 2B8LA 3TPJA 2NNPA 1EBKC 2IQGA 4Y51A 5P37A 1HVRA 4FM6A 3EKPA 3OOZA 5P6QA 4L1AA 4J1KA 5ER2E 4ZLSA 3CKTA 4Y5CA 4DUSA 3WB5A 2P3AA 5OZ2A 4K9HA 5KQYA 3OXXA 1BXQA 5P7NA 4GJ8A 3KFPA 2HC0A 2QNPA 1TZSA 5P6UA 3FIVA 4Y4GA 3CKPA 1SGUA 4OC6A 5P78A 4F76A 5P1JA 3SA5A 5P6NA 1LS5A 2QK5A 2XFKA 2ZHTA 3VG1A 5P1WA 1HIIA 3OTSA 5OZ1A 5P77A 3EKTA 3EC0A 3HDKA 5P6FA 3VLBA 1DW6C 2AVQA 3PLDA 1BDQA 2OHMA 5OZKA 3UDYA 4DJYA 3GI0A 4MC6A 5P69A 5P5BA 1WBMA 2JXRA 3D1YA 1E5OE 4Y54A 1LF4A 3S7LA 4Y4BA 4WTUA 4I0JA 2AZ8A 1BAIA 5KQFA 5DR4A 3Q3TA 5P1PA 3KT5A 5P5RA 3RTMA 3SA4A 5J25A 1LYAB 4Y3EA 3EL5A 3G6ZA 5P81A 2I1AA 1E81E 5HE4A 2APRA 4Y35A 2HPEA 2BPYA 5P79A 5P3BA 3VSXA 2IDWA 3L5BA 2QZXA 4QJ7A 3FNSA 4YA8A 3RTNA 1MTBA 3OU3A 3O9LB 4ZEAA 5P4OA 1EBWA 5P0UA 3R0WA 3BUHA 3KYRA 4JP9A 3NXNA 3FNTA 4APEA 3SA8A 1PROA 5P1NA 5P5YA 2QI5A 2HM1A 2HS1A 5DR7A 4EJ8A 3BVAA 3EKWA 1HVSA 1TSQA 2WL0A 4Q1WA 2G20A 2I4VA 5P33A 2FNSA 2XFIA 5P17A 2QMDA 4YDFA 4Y4ZA 4H3FA 1HIVA 4YOAA 5P5VA 1B6KA 2OHLA 1A94A 2AZ9A 4DI2A 5P43A 1K6CA 3SA7A 3OADA 3OU1B 4PZWA 3BUFA 2QCIA 5ENMA 3VV8A 5P4FA 1HTEA 4Y3PA 2AOCA 1B5FA 5IE1A 5P2MA 5P89A 1HSGA 5P08A 3K5DA 1HVLA 5P5QA 1OEXA 3LINA 4Q1NA 4EYRA 3OQ7A 2QI4A 4ZSPA 2CEJA 3TOFA 4L7GA 3KF0A 4I0IA 1J71A 3T6IA 1PSOE 1XE6A 2VA5A 1KJ4A 1SIVA 5P0NA 5OZ0A 4I0GA 2ZHVA 3NU3A 3KN0A 4LXAA 5P4XA 3BHEA 3T7QA 5P2IA 4DH6A 3MXEA 1FMBA 2OHKA 3CIBA 4EJDA 4HLAA 1D4YA 2VNMA 2J9KA 2QAKA 3EL0A 1GVWA 3T11A 4RCEA 2QI1A 4U7QA 3NU9A 4EXHA 1LYBB 3HBOA 5I3WA 3PVKA 5PEPA 5P5GA 5P2AA 4RVXA 3F9QA 3VCMA 5AHAA 3RU1A 3QAAA 3SFCA 3CYXA 5P3XA 1UH8A 1BDRA 2PWCA 3UDKA 3KDDA 5P4WA 3GI4A 2QMGA 4E43A 4CPTA 5OZ5A 5P85A 2G22A 3OAGB 4Y50A 3R4BA 5P0HA 2NXMA 5P32A 2VKMA 1FB7A 2F3FA 3SABA 3L5DA 1T7JA 3GGUA 4MC9A 5P3MA 3DOXA 3OWNA 3HVGA 5P68A 3PSUA 1FMXA 5P3EA 5C9FA 3S43B 5JFUA 4Y56A 3GI6A 5P0KA 5P0EA 3U6AA 1FQ6A 4TRYA 2IKUA 2VIJA 5DGWA 3ZKMA 5P2EA 2VJ9A 3IA9A 1MEUA 3HW1A 2OHSA 4EWOA 1HSIA 1LEEA 4Y3HA 3OXWA 3AUPA 2WHHA 5BWYA 2WEAA 3VYDA 3VV6A 2AVVA 5P7OA 4K4PA 3QVCA 2EWYA 4Q1YA 4NPTA 1MIQA 1HOSA 3TOHA 2PYMA 3NUOA 5P4DA 2WEDA 3K5FA 3WSJA 4J1EA 5P34A 4PEPA 2I0DA 4I0ZA 5P6EA 5P2SA 2NMZA 4DJRA 4Y4DA 1M4HA 1FEJC 1AVFA 2CEMA 3EKQA 3OUCA 5P5XA 3TPPA 4BEKA 5P64A 5P74A 1MESA 1LZQA 3OTYA 1WKRA 4Y3JA 5OYZA 1NPAA 3QN8A 2AZBA 1W5VA 5P7GA 4I0FA 5P8GA 5OZ4A 1GNNA 5HD0A 5CLMA 1YTGA 4RGHA 2WF2A 1BWAA 2ZYEA 2PC0A 5OZWA 5P2XA 4L7HA 3N4LA 5P6YA 4Y5GA 4CPRA 3SA3A 2XFJA 1G6LA 1GKTA 4BFBA 1OD1A 2B7FA 1Z8CA 3QVIA 3OQKA 4Y41A 1EC1A 1BVGA 4Y3FA 5P4TA 1MSNA 5P12A 4D83A 5P6RA 3NLSA 2QZLA 2QD7A 1A8KA 1PPKE 4RRNA 3WZ7A 4KB9A 5P0SA 5OZDA 1FIVA 3T7XA 3VF5A 4OC6B 5OZYA 2QD8A 5P5AA 3SA9A 5P1YA 1SH9A 4FAEA 5E5JA 3NU5A 5APRE 1RPIA 1EPME 3OXVA 3OU4A 2WECA 4CMSA 5P2NA 3PSGA 2JJJA 5P1FA 5P7JA 5P1HA 4GMIA 1KJGA 3OUDB 5DQ4A 5P8TA 1EPOE 3KFNA 5P6TA 1IZDA 2RSPA 3DJKA 4QJ8A 1K6VA 3LPKA 1EBZA 5B18A 4Y58A 4MC2A 5P0LA 5P8AA 5ENKA 1D4KA 1SMRA 5P4HA 1EC2A 2A1EA 2BPVA 3PWMA 5P7IA 5BS4A 3ZKSA 3UDQA 4B72A 1AJXA 4Y4JA 3NYGA 5P8PA 5P2RA 1BV7A 5OYRA 4JPCA 4OBDA 4TRWA 4Y3XA 3TPLA 4LP9A 3PBDA 1QBSA 4NJSA 1OHRA 5P86A 3DM6A 4A6CA 3CKRA 5HCTA 1WBKA 4HDBA 5DR8A 3PHVA 1KJHA 2VIEA 1EPPE 2WF1A 2IRZA 4OBZA 5P42A 1C70A 5DQ5A 4KE0A 5P50A 5P0DA 1PFZA 2QU2A 3VFAA 3LZVA 5P4AA 1DIFA 3RSXA 2RENA 5P3RA 5P3HA 4Y3TA 3MSKA 1FQ4A 3SKGA 4COEA 4B0QA 4D89A 5P0IA 3TKGA 3O9EA 5I3VA 3RTHA 3PLLA 5BRYA 1IVQA 1FQ5A 5OYTA 4QGIA 5P4LA 3S43A 3OQDA 5P0ZA 5P65A 4ER2E 5C9BA 3OADB 1B11A 4Y3NA 3ZL7A 2ZHSA 3URLA 5P7QA 5P6KA 1RL8A 3SQFA 4DJUA 4Y5NA 4RYGA 2ER0E 5P7WA 2P3BB 5P8BA 1LYWB 1HTFA 2OHRA 5P16A 5P30A 4DPFA 1W50A 1BIMA 3UQPA 1G0VA 5OZ3A 3R0YA 4A6BA 4ACUA 4I1CA 5P1AA 1IBQA 5P6AA 4L7JA 5P8QA 3EKXA 2PMAA 3IN4A 5P2GA 2QMPA 5P3JA 5P80A 3OOTA 4YHQA 2NNKA 3BGBA 2WF3A 2B8VA 1HIHA 1RQ9A 2ER6E 3UCBA 4J17A 3O9DA 1SGZA 1K1TA 4XX4A 4DQBA 3SKFA 5EZZA 3GI5A 5P7KA 2B42A 2P83A 5P39A 2PSVA 3QRVA 4J54A 5P3OA 3UQRA 2BPXA 4U7VA 4BELA 3TTPA 3B80A 2G24A 4PZXA 5HE7A 5SY3A 1IDAA 3CICA 4RVIA 4IVSA 1QS8A 3PB5A 1FQ8A 4EJKA 5P7LA 1GVUA 3KFSA 2NR6A 1ZP8A 4RRSA 1N49A 1Z1HA 4RCFA 2AOHA 3O9CA 5P3QA 3A2OA 3INHA 4KE1A 1FG6C 2Q54A 5P1TA 5P2UA 4HE9A 1META 3S7MA 2O4KA 1D4SA 4DV9A 5P70A 2J9JA 4JECA 3SM2A 1AJVA 1VIKA 3DK1A 3OUDA 4FSEA 1NPVA 5P57A 5P3PA 4Z22A 1MRXA 3BUGA 4YCYA 3LIXA 5P1MA 3GGXA 5P1LA 3ZKIA 2I4XA 1HPSA 4ER4E 4EP3A 4EJLA 5P2CA 2ER7E 5OZLA 2FIVA 4OBFA 4CP7A 2V10C 1YTHA 5P1XA 2Q3KA 5P1DA 1YT9A 5P24A 5P8FA 3BXRA 5DQCA 2HB2A 5P8MA 3TKWA 4M8XA 2FLEA 2OHPA 5OZNA 2AOGA 4Y47A 4YCTA 2AOJA 3EKYA 4Y38A 1W51A 4F74A 5P1KA 2ZHRA 1SDVA 4YBIA 1G35A 3EL4A 3EM4A 3PCZA 3NSHA 4S1GA 5OZGA 3VSWA 3PWWA 5P06A 5OYWA 1UPJA 4J0PA 1TSUA 5HU0A 2BKSA 3URIA 5P52A 3KDCA 5COKA 3KMYA 2V00A 3ZKGA 1FKNA 3PI5A 5P5KA 4Y3LA 1XE5A 4DJOA 2PSGA 2QMFA 1SP5A 3ZPTA 2ZJIA 5ISJA 1FMUA 4FS4A 1FQXA 1Q9PA 2Z4OA 3UTLA 3SM1A 3ZLQA 2ZJJA 1XN2A 1GVTA 1SIPA 4DJQA 3OGQA 1W5WA 3OU4B 5P4MA 2IGYA 2BPZA 2QNNA 5P8IA 5CONA 2PSUA 4ZPFA 1ZTZA 2P3BA 5KOQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2NMY A;  3LIZ A;  5OZ7 A;  3OGP A;  2F3E A;  4Y6M A;  1K6T A;  1M0B A;  4H3J A;  2I4D A;  5P3L A;  3K5C A;  1HVI A;  2IEN A;  3K4V A;  4ZSR A;  3UDH A;  2BJU A;  4RRO A;  4Z2Z A;  3LNK A;  5P3Y A;  4GJ7 A;  4DJP A;  5P7Z A;  5P5T A;  3TLH A;  2JYS A;  2PYN A;  4J1I A;  5P8U A;  2P3C A;  5E5K A;  5P7H A;  1SME A;  3CYW A;  5P5P A;  5HU1 A;  5P7P A;  4WY6 A;  5P7B A;  4AA8 A;  3G70 A;  2AZC A;  1MRW A;  1A8G A;  5SY2 A;  1T3R A;  4J0Y A;  2VIY A;  5P31 A;  3LIV A;  3LPI A;  3OQA A;  5P5U A;  1NPW A;  4GJD A;  3KFR A;  5AH8 A;  2VNN A;  4B1C A;  5DGU A;  4J1H A;  5OZF A;  4OBJ A;  3UDP A;  4HZT A;  2UXZ A;  4FRK A;  4Y5M A;  3WZ6 A;  4Y3Z A;  5P7V A;  5OZS A;  5P83 A;  3O9A A;  1D4I A;  2V11 C;  1FFF C;  5AH9 A;  1HEG E;  4FLG A;  5P8H A;  5P8N A;  2PK6 A;  3LIT A;  4H1E A;  1Z1R A;  2AID A;  5P15 A;  4EHC A;  4GYE A;  1T7K A;  2OHT A;  4RYC A;  4DPI A;  4NJU A;  5P1R A;  3TH9 A;  4B05 A;  3DCK A;  3NU6 A;  4GJ6 A;  4ZE6 A;  3RVI A;  1HVH A;  1FF0 C;  5P2D A;  1EPR E;  5P3C A;  3K5G A;  2JE4 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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