5P5EA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 239
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5eA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5eA01
2ZJHA 2V10C 5P1AA 3TL9A 1T7KA 4CP7A 1EPRE 2WEBA 3FNSA 5IS4A 4QJ9A 3D1YA 4WTUA 4KB9A 5P51A 1LF2A 3OUDA 4R92A 4GJ5A 3UCBA 1BVEA 1HXBA 1B6PA 5P4JA 2CEJA 3EXOA 3S53A 1LS5A 2F3FA 3RSVA 5OZWA 5P4DA 1BAIA 5P7EA 2AOFA 5P5XA 3TKWA 2IGYA 5P6YA 1UH9A 1AJVA 5P43A 3ZLQA 2AOCA 1AIDA 5P2MA 1FEJC 5P4FA 1T6GA 1NPAA 3UF3A 4H3FA 5P6IA 4Z22A 1Z1HA 3S43A 3OXVA 3MWSA 4K4RA 5P0CA 5P8LA 3QIHA 3IA9A 1FQ4A 3S7MA 3JVWA 3CICA 2V12C 1NPWA 5P23A 4LAPA 3NUOA 3Q70A 4ZPGA 1PSAA 2AVSA 4WY6A 2NMZA 5P6LA 1G35A 4PYVA 1A30A 1WBMA 4MC6A 4Y5BA 4L7JA 2FLEA 5P87A 3BUGA 1B6MA 3INFA 5P4CA 5P7GA 1MEUA 3NDUA 1GVWA 3VYFA 5OZ6A 3LNKA 2JXRA 4L1AB 3URLA 5SXNA 5P30A 3OADB 5IVQA 3VLBA 2O4NA 5P4MA 3H0BA 2PYNA 1FG8C 4I8ZA 3NU9A 5C9BA 2R43A 3NLSA 2V11C 5P8KA 5P48A 4E43A 2RSPA 4Q1YA 2VIZA 5P31A 5P8BA 5KQZA 2PSVA 3PSGA 1EBWA 1IDBA 4Y35A 4GYEA 4ZSQA 4B1EA 5P1IA 3L5CA 5P0FA 5TOLA 2HS2A 5P7IA 3UTLA 5P5PA 5P8TA 1BVGA 4ZSPA 2AQUA 3GI5A 2ZDZA 5P6WA 1XDHA 4OC6A 5P83A 4HDBA 4GJDA 4AUCA 1ODXA 3NWQA 2F3KA 2UPJA 2XFJA 5JG1A 4FE6A 4I0FA 1F7AA 5OZXA 5IE1A 3LZYA 3LZUA 4Q1NA 2PSGA 2QZXA 3HZCA 4OBZB 5P8OA 5P1OA 5P1XA 5AH7A 5P12A 2WHHA 5P0TA 5P1ZA 3MSJA 4TVHA 3SA5A 3L5DA 3EKYA 5P4QA 4DQBA 3SAAA 1MUIA 2QZWA 5P7QA 4J1EA 5P19A 3CIDA 2NNKA 2I0DA 2VNNA 3TOGA 5HDVA 4B00A 4Y4ZA 5P57A 5OZGA 4Y37A 5AH8A 4ZSRA 4GIDA 5P4UA 2IKUA 3NWXA 1GVTA 3EKXA 3UPJA 4Y51A 4APRE 4Y3PA 3VF7A 2WL0A 1B6JA 9HVPA 1SIPA 4QJAA 4OBJA 1YT9A 4XXSA 4Y3SA 2OHLA 4DJOA 4DV9A 5P6QA 3L5BA 4Y5CA 4Y45A 4EYRA 5P1KA 5P4AA 2OHRA 4FSLA 4HLAA 3RSXA 4Y3GA 1FQ8A 3KT5A 3PCZA 3Q6YA 5P5MA 3SQFA 1SGZA 5P2VA 5P28A 2OHMA 1MVPA 5P2NA 2UXZA 3MXDA 5P8HA 3SA4A 5ER2E 3NYGA 1HOSA 4FAEA 3EKTA 5P24A 1HIVA 1ZSRA 1MRXA 5P4SA 3T7QA 4GJ8A 3OHHA 4F73A 4YDGA 5P25A 5P4GA 4Y36A 3KFSA 3VFBA 1PFZA 4FRKA 1HTGA 2O4KA 5P74A 4JPEA 3QRMA 3O9LA 3Q3TA 1A9MA 4K4QA 1D4JA 5OZSA 4YCYA 2I4DA 5P45A 3S7LA 4Y4GA 1J71A 3L58A 5P44A 2G26A 3CYXA 1Z1RA 5P04A 3HW1A 3KFNA 3OQFA 5P5EA 2PYMA 4ZE6A 3LHGA 4QJ8A 5P0MA 4YD3A 5P2HA 5P81A 4I11A 5P59A 1AAQA 4YCKA 2VNMA 2QHCA 5P6KA 3VYDA 1OHRA 1XS7D 5ISKA 5OZ5A 1HTFA 3LINA 1M0BA 2F8GA 5OZFA 5P38A 5P05A 5P3GA 4PZXA 4OBDA 2B60A 1HVSA 2AOJA 3NR6A 3R4BA 1DW6C 5P0RA 5P2BA 3UDMA 2HS1A 3KFPA 3O9FA 5P07A 1EBZA 2G22A 1M4HA 4PHVA 2OHNA 5DQ4A 3NXEA 5P02A 1HVRA 1T7IA 5P33A 3SA8A 5P71A 4EQ0A 5P0GA 4HA5A 5P3VA 3GI4A 3WB5A 3OTYA 4EJDA 5P4RA 4LXMA 5I70A 1ZBGA 3OOZA 5KQFA 5P0XA 4L6BA 2IGXA 1DAZC 4ER4E 5PEPA 2VA7A 5DPZA 5HE5A 5P3RA 3LPIA 5P5FA 4TRWA 1SBGA 3BXRA 5OZ9A 5OYRA 5P3XA 1K2CA 1GNOA 4QJ6A 2AZBA 4WY1A 3S2OA 4B1DA 3FNTA 4I0HA 4Y54A 4ZIPA 4Y4JA 3VV6A 4L7GA 3PBZA 1FQXA 2FNTA 2QD7A 2OAHA 4Y47A 4AA8A 3BHEA 4M8XA 4DQHA 3PI0A 4K4PA 5C9FA 1YTIA 3G72A 5BWYA 4J1KA 1TQFA 1LYWA 5DGWA 5P6ZA 3LZSA 1BWAA 1EAGA 4H3JA 1YTHA 1B6LA 1T7JA 5P6PA 3GGUA 3CIBA 1DP5A 3KDBA 4CPWA 1PPME 1KJFA 2VJ9A 4EJKA 3D91A 5IVRA 3R1GB 1QBUA 2B8VA 3TNEA 4EHCA 3S54A 3JW2A 4DPFA 1MTRA 3SA6A 3S43B 1W51A 5B18A 5P8SA 1PROA 4CPUA 5P5CA 5P0IA 2V16C 5P5RA 1ER8E 4U7QA 5P77A 3O9EA 4Y50A 4Y3TA 2H6SA 8HVPA 1DIFA 5DR3A 4Y38A 1APVE 5P36A 1B6KA 4RRNA 5P2IA 4LXAA 4NJTA 1DMPA 5HE4A 3UQXA 4I0ZA 5OZ7A 4Y4WA 5P4TA 1LZQA 4X7IA 3UDYA 5P3UA 2RKGA 5P4BA 5OZKA 5OZ8A 5P0DA 3SKFA 2F81A 5OZTA 4MC9A 3A2OA 2WEDA 4QGIA 3PLLA 5P2ZA 3KYRA 5APRE 4Y3NA 1G0VA 3QVIA 5AHBA 4XKXA 5P3KA 2O4SA 5P7YA 5KOQA 3VCMA 1W5XA 5P13A 2QU3A 5P5KA 5P4EA 1BXQA 2OHKA 3UDQA 3SKGA 5OZUA 5P7NA 2ZJIA 5ENKA 2QI1A 2A1EA 5IVSA 4OBGA 1IZEA 5P7VA 4UPJA 4BEKA 4I8WA 5P2AA 2I0AA 5P79A 5OZPA 1ZPAA 4X2LA 4DQEA 3K5CA 3TTPA 1PSOE 1MSMA 3NDTA 4OC6B 3PWWA 1HVKA 4A4QA 4K8SA 2NXLA 5P0KA 3PI5A 4D8CA 4NJUA 3DV1A 5P8CA 5P4OA 5P1MA 3U71A 2P83A 1NPVA 1RL8A 1MT8A 3ECGA 4RVJA 3O9HA 5P5UA 5P41A 5P3ZA 3TPLA 1IDAA 4J0VA 5OZZA 4EP2A 5P4NA 5P6UA 1ENTE 2PSUA 4YCTA 4EWOA 5P5JA 3L3AA 3VFAA 4OBKA 3D1ZA 1Q9PA 4RZ1A 5P75A 3D1XA 4FIVA 3DK1A 4D89A 5P73A 5P6JA 3RTNA 4B05A 2PQZA 2HAHA 3PWMA 5P7JA 3UQPA 2ER7E 4H1EA 1DPJA 2RKFA 2QMGA 5P8IA 2I4QA 4NPUA 4Y4BA 2Q15A 4J55A 3KA2A 1AZ5A 4MC1A 2AVMA 4BFBA 4D88A 3VV8A 1HPOA 2AODA 1EPLE 1MT9A 5OZ1A 5OZ0A 5P03A 4XX3A 2QP8A 2ZJLA 2VS2A 5P10A 5P76A 5P52A 5OZ3A 3TPPA 2O4PA 4NJVA 2FDDA 5P70A 1E82E 3O9LB 5P2GA 1ODYA 1VIJA 1MPPA 1E5OE 1BDLA 2H6TA 5P1HA 2V0ZC 2ZGAA 5P1QA 5P0JA 5P06A 2FGUA 2NTRA 3TH9A 3ZKNA 1T6EX 2ZHUA 4YE3A 3OUBA 2G1OA 1OD1A 4Y48A 5P6NA 3PEPA 4M8YA 1RV7A 5KQXA 1SDUA 5P0QA 2AOEA 4KE1A 1HVIA 4DJXA 2HB4A 4FAFA 3LIXA 4Q1XA 1W6HA 1XN2A 1B5FA 5KR2A 1FFIC 2HB3A 3EMYA 2B7ZA 2G69A 2PC0A 1GVXA 2WJOA 1XL5A 5AHCA 2SAMA 3ZL7A 3KMXA 3LIQA 2VIJA 5P40A 5P3NA 2EWYA 2I4UA 3ZKQA 2JJJA 3I7EA 4FSEA 2OHUA 4GB2A 5P5TA 1HVHA 5P1JA 5HDXA 3N3IA 5P4XA 5P0NA 3I6OA 3BC4A 3OQ7A 5P82A 4Y5EA 2O40A 3OUAA 2BPWA 2IDWA 1MTBA 3APPA 5I3XA 4JECA 3WSJA 3S45A 4AA9A 5P7CA 2R3WA 4YD5A 5P6CA 3LPJA 1HXWA 1FIVA 2WF4A 3PMUA 3QN8A 5P22A 3FSMA 2G1YA 3UDHA 4GMIA 5OYZA 4DJVA 3EC0A 3MSKA 4JOOA 4Y3JA 5P3FA 2J9JA 2RMPA 2I1AA 5P1EA 4BFDA 1K2BA 4J17A 4COEA 3PLDA 1KZKA 5P8DA 5DQ2A 2JYSA 5P7HA 5P7ZA 1EPQE 4EPJA 5P5YA 1YTJA 3OXWA 3UHLA 3ZMGA 4DJWA 1D4IA 5P6OA 5P4VA 3KF0A 3EL0A 5P2UA 5P01A 4ZPEA 5P3OA 2NNPA 4Z50A 3DUYA 4I0IA 5P2SA 1AM5A 3GW5A 4Y3FA 5OYVA 3UDRA 5P80A 1TCWA 1HVCA 1LYWB 3N4LA 3OU1B 1META 4HEGA 5CLMA 5P2JA 3UQRA 1LYAA 3VF5A 4F74A 4Y6MA 3ZPSA 5EZZA 2ZYEA 5P1VA 3FNUA 1ZPKA 4Y3MA 4ZPFA 3RU1A 3URIA 4DQGA 4KUPA 1F34A 4RLDA 5HDZA 2I4VA 3GGXA 5OYXA 3HVPA 3UDKA 5OZDA 2NR6A 5KR0A 3PRSA 4I0GA 4AZYA 5P16A 5OYTA 3FV3A 3U6AA 2WF2A 4R5NA 1G6LA 3I25A 4YOAA 4DQFA 1FLHA 5J25A 5P3QA 3QVCA 2P8HA 1TSQA 2ZHRA 5P2YA 5P5OA 4GJCA 2BPXA 4MC2A 3UDPA 2O4LA 2Z4OA 3ER5E 5P2WA 5P67A 3NXNA 5OZYA 2QHYA 5SY2A 5P3BA 1QRPE 1WKRA 5P1UA 4LXKA 1HIIA 3OXCA 4TVGA 4A6CA 1YM4A 1HIHA 3OQKA 4F76A 1BDQA 3APRE 3TPRA 2V13A 4HZTA 2WKZA 3UQWA 4CPTA 2QD6A 5P6TA 5P5DA 1QS8A 1SGUA 3T11A 5P8EA 1GVUA 5P7RA 3SFCA 3NU6A 3PWRA 3UDJA 5SY3A 2VIYA 2AVOA 5P0VA 4D85A 2QNQA 2XYEA 3IXOA 3TLHA 4LC7A 1BV7A 3EKVA 3ZPUA 5P5BA 6UPJA 3OQDA 1IZIA 4Y3AA 1FF0C 2QNNA 5P2KA 1RQ9A 3OUCA 3F9QA 4ACUA 1XL2A 5P0OA 1ME6A 3VEUA 1MERA 1Z8CA 2XYFA 5I3YA 4DFGA 5EZXA 2FDPA 1IZDA 3RTMA 4CKUA 3PBDA 4FRJA 5HCTA 4RCDA 5OZNA 1HWRA 2PWCA 3HDKA 3VSWA 5P63A 2NMYA 1QBTA 2BKSA 5DR8A 5P2RA 2QD8A 5DR4A 1W5VA 4LP9A 4KE0A 5P3YA 1RNEA 2IL2A 3CKTA 4ZEAA 3TPJA 4Y3LA 5P2DA 5P88A 3EM4A 1LV1A 5OYQA 1KJ7A 5P6DA 3T7XA 5P5LA 3ZKXA 4Y5AA 1IBQA 3QRSA 3HAWA 3O9DA 3T6IA 3IXJA 5E5JA 5P3TA 1B11A 4ER1E 4J0ZA 3JVYA 2P4JA 3IAWA 2AZ9A 3GI6A 3DM6A 5P2CA 3OK9A 4Y4UA 5AH6A 5P3EA 1D4LA 4Y4XA 5P00A 5P68A 2RENA 3I8WA 4YD7A 1OEXA 3SACA 3CMSA 3EKWA 3HLOA 2QI3A 5SZ9A 5P0HA 5P5NA 5OZRA 1K1TA 3B7VA 4Y4TA 3D3TA 2NXMA 3OU1A 3BXSA 5OZIA 4Z4XA 5P2FA 2IRZA 1K1UA 5P7WA 4Y4AA 3OGPA 5P1LA 1D4KA 3OXXA 3T7PA 5P84A 4FL8A 3EBZA 2G94A 3O99A 2P3BB 3LZVA 4FGXA 2PH8A 5P58A 1KJHA 2ER0E 5JFUA 2BKTA 4FM6A 3VYEA 4FRIA 3EM3A 3KM4A 4OBHA 4Y3YA 5P6GA 3SABA 1TZSA 2AZ8A 5C9DA 5P5GA 1HPVA 4PZWA 1APWE 1BV9A 4H3IA 5OZEA 7HVPA 1ZLFA 3QBHA 4YA8A 4DJUA 4Y3WA 3NDWA 2QMFA 5P7TA 5P6VA 1QBSA 1GKTA 3URJA 2P3DA 3KDDA 2HC0A 3R0YA 5OZAA 4DPIA 1JLDA 4Y9WA 3QP0A 2ZJKA 5P4WA 1BWBA 3AUPA 5P0UA 2BPZA 1BILA 5P6HA 3EL4A 2FIVA 5P0SA 2QI7A 5P3IA 4ACXA 2AVQA 5KQYA 2FXDA 3BUFA 3H5BA 4HVPA 4ER2E 2Q5KA 5DQ5A 5P3LA 3ST5A 5P1CA 1W50A 5HCOA 4NPTA 2V00A 6FIVA 1PSNA 3EKQA 5P7MA 1LF4A 5UPJA 5HDUA 5P1RA 5P2LA 4YHQA 5OZ4A 2F80A 1AVFA 5I3WA 3WZ8A 1FQ7A 3DOXA 5P78A 5FIVA 1EC2A 5JFPA 4B77A 1B5FB 4NJSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2ZJH A;  2V10 C;  5P1A A;  3TL9 A;  1T7K A;  4CP7 A;  1EPR E;  2WEB A;  3FNS A;  5IS4 A;  4QJ9 A;  3D1Y A;  4WTU A;  4KB9 A;  5P51 A;  1LF2 A;  3OUD A;  4R92 A;  4GJ5 A;  3UCB A;  1BVE A;  1HXB A;  1B6P A;  5P4J A;  2CEJ A;  3EXO A;  3S53 A;  1LS5 A;  2F3F A;  3RSV A;  5OZW A;  5P4D A;  1BAI A;  5P7E A;  2AOF A;  5P5X A;  3TKW A;  2IGY A;  5P6Y A;  1UH9 A;  1AJV A;  5P43 A;  3ZLQ A;  2AOC A;  1AID A;  5P2M A;  1FEJ C;  5P4F A;  1T6G A;  1NPA A;  3UF3 A;  4H3F A;  5P6I A;  4Z22 A;  1Z1H A;  3S43 A;  3OXV A;  3MWS A;  4K4R A;  5P0C A;  5P8L A;  3QIH A;  3IA9 A;  1FQ4 A;  3S7M A;  3JVW A;  3CIC A;  2V12 C;  1NPW A;  5P23 A;  4LAP A;  3NUO A;  3Q70 A;  4ZPG A;  1PSA A;  2AVS A;  4WY6 A;  2NMZ A;  5P6L A;  1G35 A;  4PYV A;  1A30 A;  1WBM A;  4MC6 A;  4Y5B A;  4L7J A;  2FLE A;  5P87 A;  3BUG A;  1B6M A;  3INF A;  5P4C A;  5P7G A;  1MEU A;  3NDU A;  1GVW A;  3VYF A;  5OZ6 A;  3LNK A;  2JXR A;  4L1A B;  3URL A;  5SXN A;  5P30 A;  3OAD B;  5IVQ A;  3VLB A;  2O4N A;  5P4M A;  3H0B A;  2PYN A;  1FG8 C; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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