5P5FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 240
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
molecule keywords endothiapepsin
molecule tags Hydrolase
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5fA01
4RGHA 2NXLA 4DPIA 1APUE 1EPOE 5P7JA 3APRE 3INFA 1BIMA 1HVLA 1FB7A 3QPJA 3S54A 2NTRA 1HVSA 1W6IA 1OEXA 4OBFA 1EAGA 3K4VA 4J0YA 1LYBA 1E81E 5P5LA 4GJDA 5P2AA 5P2SA 2VA6A 2VIJA 1NSOA 2HB3A 4QJ9A 2G94A 4ZE6A 3OGPA 5P1EA 3UFLA 5C9FA 3UDQA 4H1EA 5P6UA 1NPWA 3UHLA 5P18A 5KOSA 4AMTA 3JVWA 5BRYA 2AVVA 1AJXA 4PEPA 5OZ5A 2QU3A 2PC0A 1D4YA 1FG6C 2QMFA 3O9CA 3OUBA 4L6BA 4ZPEA 5P1DA 2WF2A 2HB4A 3EC0A 2AOEA 3OXVA 4K4RA 2F81A 2P8HA 1K1UA 3DCRA 5P5QA 4LP9A 4Y5KA 5P67A 4I12A 1G35A 2OHLA 2I4WA 5P41A 5P5ZA 5P4WA 4YD5A 3Q4BA 5OYVA 1DP5A 5P89A 3LZVA 2O4KA 3ZL7A 5P7OA 3GI5A 5OZ4A 3IAWA 2BPXA 4DPFA 5SXNA 3RVIA 1B6JA 1FQ5A 1HWRA 4FL8A 2OHUA 4Y35A 3LPKA 4M8XA 3OQKA 1FGCC 5P2NA 3VF3A 1CZIE 4YHQA 3NXEA 2G1NA 1XN3A 2WEBA 5P1TA 4RCDA 5OZFA 3LINA 1QBTA 3OHHA 5P2TA 5P3IA 5COKA 5KQXA 3NU9A 1B5FA 5P3MA 1SH9A 2ER6E 4Y3RA 5I70A 2Q64A 2B8LA 3LZUA 4J1EA 3RSVA 1TSQA 1PROA 3S7LA 2I1AA 3BUFA 4Y47A 2BKSA 4Y9WA 5FIVA 2NXMA 2FGUA 2XFJA 4AA8A 2IDWA 4YBFA 5OZTA 2QHCA 5OZRA 5P01A 3LIXA 5P6GA 5OYZA 1HVJA 5OZZA 3TPJA 6FIVA 1GVTA 5P2JA 3PRSA 4QJ8A 4TVGA 4OBZB 5P0ZA 1HTGA 5P38A 1B11A 2FLEA 4ZSPA 3SA7A 4CPQA 2HPFA 2Q5KA 1HTFA 5P5RA 4J0PA 5OZNA 4Y5AA 3QBFA 4Y5GA 5P2MA 2FDEA 3NU5A 1K2CA 5P4MA 5P6XA 4K8SA 1W5WA 3ER3E 5OZUA 4YD6A 1AAQA 3PJ6A 1A94A 5P0UA 3CYXA 1HBVA 1D4SA 3BUHA 4DH6A 4X7IA 5P6IA 2OF0A 1MTBA 5KQFA 5P1LA 5P2QA 4JPCA 3UTLA 4JP9A 5APRE 4JECA 4J1HA 4Y44A 1ZP8A 5P4YA 1HPOA 5P2DA 4Y3YA 4J54A 4Y3ZA 5P4SA 3R2FA 3IA9A 4WY1A 1PSOE 5CLMA 5P2BA 1FMXA 5I3WA 1BILA 5P3TA 3L58A 4NKKA 1HXWA 1EC2A 1U8GA 4Y4WA 5DR1A 2JXRA 2PSUA 4EYRA 2AZCA 2ZJMA 5P7VA 4LXAA 4YD7A 3LIQA 5P52A 3T11A 1AIDA 1IZEA 1HPXA 1GKTA 3EL5A 5P7RA 1LF3A 1YTJA 5P64A 1K6PA 2B7ZA 3QS1A 1UH9A 5P0AA 1EBWA 1FFFC 5P0JA 4Y45A 2AVOA 1LYWB 5P8KA 4QJ7A 4GJAA 4Y3AA 5OZ6A 1LEEA 3D1YA 3GGXA 4Y3XA 3VV7A 3JVYA 3IN4A 1A8KA 2RKGA 3VV6A 5P2YA 5OYUA 3G70A 2P83A 3I7EA 2ZDZA 5P1MA 4DQGA 1FQXA 5P8GA 5P1QA 3OU4B 1SGUA 5P37A 3UCBA 3OOTA 4Y3DA 5I3VA 4NJVA 1N49A 5OYWA 5DGWA 5P29A 4FM8A 3TKGA 3KF0A 1META 3CKRA 5P0LA 4FM6A 2B7FA 4Y3JA 3EKWA 3EM4A 3LIYA 4ER1E 3SPKA 3PSYA 1K2BA 4GIDA 3N3IA 4KE0A 1BVGA 3QN8A 4K9HA 5P5TA 2HB2A 3PLLA 3TLHA 3PCZA 4RCFA 5P34A 4EJ8A 1K6CA 1FQ7A 4FE6A 5P80A 1HSHA 4IVSA 5P0PA 3CIBA 5P59A 5P40A 5P3BA 4ACXA 5P19A 5KR2A 1QBUA 4OBDA 2F3FA 2QI6A 5ENKA 5P5SA 5OYYA 2I4VA 1D4HA 2VIEA 1HXBA 5P3CA 2QI1A 3HBOA 3UDNA 1DW6C 2F3EA 5P11A 1B6MA 5AGZA 1TZSA 3L59A 5P7WA 2AOCA 5P3HA 5P3EA 3WB5A 3R0WA 5P4NA 4PYVA 3HVGA 1WBKA 3GGUA 1F34A 5OZAA 5P1CA 3ZKSA 2AODA 4F73A 1KJ4A 5P3FA 4R5NA 4CP7A 5P77A 4EWOA 1HPSA 3CICA 4YOAA 5P3UA 5P6DA 4F76A 5DR3A 5P5GA 1K1TA 3QROA 2G1YA 3ZKGA 3UDJA 4J1FA 1KJFA 3UQPA 5JFUA 5P6LA 3BVBA 2FDDA 1EC0A 5AH6A 5HDXA 4EP3A 4RVIA 5P2UA 3K4VC 4Y50A 2J9JB 3EL0A 3S7MA 3UQXA 3OQDA 3VLBA 5AHCA 2O4NA 4Y39A 2AIDA 1MESA 4M8YA 4R91A 5P1SA 3ZKQA 5P26A 5IE1A 5OZXA 3WSJA 4D83A 1HEFE 4LBTA 5P47A 1OHRA 3GGVA 5P1UA 4D89A 1UH7A 5P3PA 5OZPA 4FRSA 2PK5A 5E5KA 2PYNA 4NPTA 4Y4XA 1Q9PA 1T7JA 5DGUA 4QLHA 5OZ0A 2XYEA 4EJLA 2H6SA 5P3QA 4B70A 5P60A 3LITA 5P39A 4Y4UA 3LNKA 3QI1A 3VYEA 1PPME 3OUCA 1MSNA 5P4VA 2QZLA 1MPPA 1SIPA 4MC1A 4N00A 2CEMA 3O9GA 1SMRA 3G6ZA 3D20A 2XFKA 5P8BA 1ZSFA 5ER1E 2G1SA 4FSLA 4K4PA 1VIJA 5P7PA 4YD4A 1FKNA 4CKUA 3L5EA 3EL1A 4MC9A 4ZSMA 3UQWA 2VJ7A 2G69A 1SGZA 3SA3A 2HM1A 3VFBA 2QCIA 3UF3A 1TQFA 5HU1A 2IL2A 3SABA 3UDKA 2NXDA 5OZBA 4ACUA 4XX3A 3CYWA 3K5GA 4DQFA 3EL9A 5P8MA 4COEA 2JJJA 4BELA 5P5AA 5OYTA 4Y4ZA 3PBZA 4DQBA 3PEPA 1IIQA 2QZXA 2P3BA 5P5EA 4B1EA 1YTGA 3VCMA 5P74A 4PZWA 4R95A 3QRMA 1KJGA 3NSHA 5JG1A 3NWQA 5P7FA 5P3AA 5DR8A 5HDUA 5EZXA 5AH9A 3CMSA 1GVUA 3T6IA 2OHSA 2ASIA 2PSGA 3ZKMA 3NUOA 2Q54A 3BXRA 3D91A 1SDVA 2I0DA 2AZ9A 1LS5A 4Y3WA 5P7QA 2AOIA 1YG9A 6UPJA 1XN2A 2HS1A 1EPQE 1HVRA 1AXAA 1QS8A 4XXSA 2QHYA 4XX4A 1BAIA 4RYCA 5P10A 1BXQA 2Q3KA 5P2OA 1C6YA 1BWBA 2V10C 2UPJA 3KFSA 4OBJA 2PH8A 4L1AB 5P36A 2BJUA 4LXKA 2B42A 5P8EA 3LPJA 1MSMA 3QRVA 5DR7A 4Y3PA 3AUPA 3HW1A 5OYRA 1C70A 5P6RA 3NU3A 1DIFA 1TCWA 4AUCA 4DQEA 1D4LA 1ZPKA 5P5DA 3OAGB 5P66A 5P07A 4FM7A 2SAMA 5P2VA 5P3XA 5BS4A 1XL2A 1BXOA 1YX9A 4J5JA 2XYFA 1EPRE 2VNMA 1D4IA 3GI0A 1W5YA 5P4LA 5UPJA 2HS2A 2NPHA 3CIDA 1MERA 2V12C 3L3AA 4Y4JA 8HVPA 1PSNA 4J0VA 2H6TA 4B78A 4Q1WA 4DI2A 1M43A 1HIVA 1IVPA 1RNEA 3APPA 1LYAB 1FQ4A 1A30A 1XL5A 4ZSRA 3TPLA 2ZJKA 5KR0A 2QHZA 4RCEA 2BKTA 4OBGA 3D3TA 4I10A 1HRNA 5J25A 3T7PA 5P2GA 1GNOA 4GMIA 2NNPA 4U7VA 5COOA 4DJRA 3ZMGA 5P68A 4Y3NA 3OTYA 3SA4A 3K5DA 2QMDA 3WZ6A 4YE3A 2IEOA 5P7IA 3ZOVA 5P0TA 5KQZA 5P3SA 2HPEA 3SKGA 4Y5LA 5P6EA 3URIA 1HTRB 3EM6A 5P56A 1DMPA 2RKFA 3UDMA 3IXKA 3NDXA 3O9LB 4LC7A 5P5OA 4F74A 5P8LA 4D8CA 4L7GA 2I4DA 3SA5A 4Y36A 2QMGA 2OHQA 3ER5E 3HDKA 2EWYA 2IQGA 1PPKE 5I3XA 4HDPA 3IVHA 3OWNA 1XDHA 3Q6YA 2ANLA 2IGYA 3OHFA 1TSUA 3U71A 3TH9A 3OTSA 3VFAA 3ZPUA 5P5XA 3OK9A 2P3DA 5P04A 2UXZA 2V16C 5P2LA 3OUDB 3VF5A 3PGIA 4DFGA 3KYRA 5P6PA 4ZEAA 4B72A 2PSVA 4GJCA 5P02A 3NU4A 5P50A 2WF1A 4FAEA 4DJOA 3MSKA 3FV3A 3Q5HA 5P4QA 4YBIA 4EXGA 4TRYA 5P0YA 3TPPA 4EXHA 2IKOA 4DUSA 2AZBA 5P6TA 5OZQA 5P8HA 4APEA 1HEGE 4A6CA 3PBDA 5P7TA 2VIZA 4Y3GA 3AIDA 3BHEA 3PMUA 2V00A 5C9DA 3Q3TA 3URLA 1MT9A 5P4EA 4J1CA 2QD6A 5AHBA 2R3TA 5P1JA 4Y3SA 2A4FA 4LXMA 2PYMA 1RPIA 3NUJA 3MXDA 4F75A 3VF7A 5T4SA 5P2FA 1HVIA 3EKTA 3FSMA 3R0YA 1ODYA 5P3LA 3ZKXA 2F8GA 2AVSA 4I0HA 1HPVA 3VSWA 1HVCA 2OHKA 2AQUA 5P4XA 4S1GA 3O9BA 2AOFA 5P58A 1FG8C 5HVPA 1MT7A 5P0HA 3QP0A 5OYXA 5P8NA 5P6NA 1OEWA 5JFPA 5OZ3A 3KMYA 4ZIPA 2XFIA 3G72A 1WKRA 5P20A 1FQ6A 5P05A 1T7IA 1ODWA 1FEJC 1SDTA 1IVQA 5OZ2A 5DQ2A 5P3RA 1LF4A 5P7SA 3SAAA 1QBSA 1DPJA 3PWWA 5I3YA 2V11C 4Y5NA 1UH8A 5P8SA 4EJKA 1EPME 4AA9A 5F01A 5P8JA 3WZ8A 5P3GA 3IGBA 4Q1NA 4DJYA 4Y48A 5P6FA 3TKWA 1MTRA 3PCWA 4QJ6A 1NPVA 5CONA 4GJ5A 4HZTA 3K1WA 1BDLA 4H3IA 4FRKA 5P46A 4Y57A 1RL8A 2O4SA 5P84A 5P7BA 3BUGA 3SFCA 3OU1A 4FCOA 5IVTA 1KJHA 5HE7A 5P8IA 2ER9E 3ZLQA 2QNQA 5P81A 4FGXA 4GYEA 3I25A 2ZHSA 4Y5MA 2IGXA 3SACA 5P65A 1GNNA 5HTZA 3OY4A 4Y53A 5P0CA 4NJUA 4UPJA 5P12A 5P4TA 3L5BA 3NDUA 4HE9A 5P22A 5P6OA 5E5JA 5HDZA 4LL3A 4I1CA 2BPZA 5OZKA 3QIHA 7UPJA 3ZKNA 5P1AA 3NDWA 5P09A 3NU6A 1NH0A 4DJXA 5P6SA 4FIVA 5P43A 5P33A 3MSJA 1M4HA 1GVWA 5P1YA 4GJ7A 4EP2A 2I4XA 2OAHA 5P54A 3TOHA 2FGVA 1NPAA 3L5DA 5P72A 3MSLA 4OD9A 5P6WA 3SA9A 2VNNA 3UPJA 5P08A 1AZ5A 5KAOA 1B6LA 5P1WA 5P4HA 2QI3A 5P1GA 5P0XA 1J71A 2QNPA 1FLHA 3S8IA 5P5VA 3INHA 5P87A 2PK6A 5P0WA 3PWMA 4GJBA 1AM5A 5OZVA 5HCTA 4D88A 3KFNA 4L1AA 5P4IA 2IS0A 2FIVA 2OHTA 5P70A 4DJUA 5P86A 1YM4A 3OOZA 3T7QA 2PQZA 2HAHA 5P69A 2QD7A 4PHVA 4OC6B 1EPPE 3FNSA 4TRWA 4J55A 5P5KA 5P62A 5P23A 4CPSA 1T6EX 2R5PA 5P63A 3BGCA 1DAZC 5P4CA 3FNUA 3L38A 4EQ0A 3VLAA 1QDMA 4DJWA 3SM1A 1C6XA 1K6TA 3HVPA 4WY6A 3MWSA 4Y3LA 4FRJA 2QZKA 3EKXA 5P5BA 3HD8A 4I0JA 5P8VA 5P25A 4Y4AA 2VA7A 4Z50A 5P4GA 4TRZA 3EBZA 5P4JA 2BPYA 3OXXA 3RSXA 2QP8A 3TNEA 4D85A 3ZKIA 4HEGA 2AVQA 2QNNA 3LIZA 2FNSA 3S2OA 2WL0A 4LAPA 5P57A 2QI0A 5P7UA 2IENA 3SKFA 4GJ8A 4KB9A 4YDFA 2UY0A 5P28A 2MIPA 5P8TA 4RLDA 2WF3A 1D4KA 3INEA 1IDAA 5P4RA 2QD8A 3BRAA 2WEAA 2ZHTA 5P5FA 3WB4A 2QK5A 3HAUA 4YCYA 5EZZA 2BBBA 2WF0A 2FMBA 3U6AA 4B0QA 5P49A 3S85A 1SIVA 1ME6A 3EXOA 5OZYA 2NMYA 4K4QA 3SLZA 1ENTE 5DQCA 3OGQA 3QVIA 5P8FA 3OXWA 5OZLA 2NR6A 4Y3MA 3DK1A 5P1KA 1B6PA 5P75A 5P5CA 2AOJA 3BVAA 3PI0A 3RTHA 3PMYA 5OZSA 2FS4A 3RTNA 5P24A 3VYDA 5P7HA 5P2KA 1C6ZA 4B00A 2ZHVA 3UQUA 2R38A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4RGH A;  2NXL A;  4DPI A;  1APU E;  1EPO E;  5P7J A;  3APR E;  3INF A;  1BIM A;  1HVL A;  1FB7 A;  3QPJ A;  3S54 A;  2NTR A;  1HVS A;  1W6I A;  1OEX A;  4OBF A;  1EAG A;  3K4V A;  4J0Y A;  1LYB A;  1E81 E;  5P5L A;  4GJD A;  5P2A A;  5P2S A;  2VA6 A;  2VIJ A;  1NSO A;  2HB3 A;  4QJ9 A;  2G94 A;  4ZE6 A;  3OGP A;  5P1E A;  3UFL A;  5C9F A;  3UDQ A;  4H1E A;  5P6U A;  1NPW A;  3UHL A;  5P18 A;  5KOS A;  4AMT A;  3JVW A;  5BRY A;  2AVV A;  1AJX A;  4PEP A;  5OZ5 A;  2QU3 A;  2PC0 A;  1D4Y A;  1FG6 C;  2QMF A;  3O9C A;  3OUB A;  4L6B A;  4ZPE A;  5P1D A;  2WF2 A;  2HB4 A;  3EC0 A;  2AOE A;  3OXV A;  4K4R A;  2F81 A;  2P8H A;  1K1U A;  3DCR A;  5P5Q A;  4LP9 A;  4Y5K A;  5P67 A;  4I12 A;  1G35 A;  2OHL A;  2I4W A;  5P41 A;  5P5Z A;  5P4W A;  4YD5 A;  3Q4B A;  5OYV A;  1DP5 A;  5P89 A;  3LZV A;  2O4K A;  3ZL7 A;  5P7O A;  3GI5 A;  5OZ4 A;  3IAW A;  2BPX A;  4DPF A;  5SXN A;  3RVI A;  1B6J A;  1FQ5 A;  1HWR A;  4FL8 A;  2OHU A;  4Y35 A;  3LPK A;  4M8X A;  3OQK A;  1FGC C;  5P2N A;  3VF3 A;  1CZI E; 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 1RNE A;  3APP A;  1LYA B;  1FQ4 A;  1A30 A;  1XL5 A;  4ZSR A;  3TPL A;  2ZJK A;  5KR0 A;  2QHZ A;  4RCE A;  2BKT A;  4OBG A;  3D3T A;  4I10 A;  1HRN A;  5J25 A;  3T7P A;  5P2G A;  1GNO A;  4GMI A;  2NNP A;  4U7V A;  5COO A;  4DJR A;  3ZMG A;  5P68 A;  4Y3N A;  3OTY A;  3SA4 A;  3K5D A;  2QMD A;  3WZ6 A;  4YE3 A;  2IEO A;  5P7I A;  3ZOV A;  5P0T A;  5KQZ A;  5P3S A;  2HPE A;  3SKG A;  4Y5L A;  5P6E A;  3URI A;  1HTR B;  3EM6 A;  5P56 A;  1DMP A;  2RKF A;  3UDM A;  3IXK A;  3NDX A;  3O9L B;  4LC7 A;  5P5O A;  4F74 A;  5P8L A;  4D8C A;  4L7G A;  2I4D A;  3SA5 A;  4Y36 A;  2QMG A;  2OHQ A;  3ER5 E;  3HDK A;  2EWY A;  2IQG A;  1PPK E;  5I3X A;  4HDP A;  3IVH A;  3OWN A;  1XDH A;  3Q6Y A;  2ANL A;  2IGY A;  3OHF A;  1TSU A;  3U71 A;  3TH9 A;  3OTS A;  3VFA A;  3ZPU A;  5P5X A;  3OK9 A;  2P3D A;  5P04 A;  2UXZ A;  2V16 C;  5P2L A;  3OUD B;  3VF5 A;  3PGI A;  4DFG A;  3KYR A;  5P6P A;  4ZEA A;  4B72 A;  2PSV A;  4GJC A;  5P02 A;  3NU4 A;  5P50 A;  2WF1 A;  4FAE A;  4DJO A;  3MSK A;  3FV3 A;  3Q5H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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