5P5M | Genus

Total Genus 83

The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	83
sequence length	330
structure length	330
Chain Sequence	STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK

The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

loadScript /static/js/j2s/core/package.js

loadScript /static/js/j2s/core/corejmol.z.js

loadScript /static/js/j2s/core/corescript.z.js

JSmol exec jmolApplet0 start applet null

Jmol JavaScript applet jmolApplet0__75304560366727__ initializing

Jmol getValue debug null

Jmol getValue logLevel null

Jmol getValue allowjavascript null

AppletRegistry.checkIn(jmolApplet0__75304560366727__)

vwrOptions:

{ "name":"jmolApplet0","applet":true,"documentBase":"https://genus.fuw.edu.pl/view/5P5M/A/","platform":"J.awtjs2d.Platform","fullName":"jmolApplet0__75304560366727__","codePath":"https:/static/js/j2s/","display":"jmolApplet0_canvas2d","signedApplet":"true","appletReadyCallback":"Jmol._readyCallback","statusListener":"[J.appletjs.Jmol object]","syncId":"75304560366727","bgcolor":"white" }

setting document base to "https://genus.fuw.edu.pl/view/5P5M/A/"

Jmol Version: 14.29.13 2018-04-17 17:17

java.vendor: Java2Script (HTML5)

java.version: 2018-01-28 23:38:52 (JSmol/j2s)

os.name: Mozilla/5.0 AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko; compatible; ClaudeBot/1.0; +claudebot@anthropic.com)

Access: ALL

memory: 0.0/0.0

processors available: 1

useCommandThread: false

appletId:jmolApplet0 (signed)

Jmol getValue emulate null

defaults = "Jmol"

Jmol getValue boxbgcolor null

Jmol getValue bgcolor white

backgroundColor = "white"

Jmol getValue ANIMFRAMECallback null

Jmol getValue APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback

APPLETREADYCallback = "Jmol._readyCallback"

callback set for APPLETREADYCallback Jmol._readyCallback APPLETREADY

Jmol getValue ATOMMOVEDCallback null

Jmol getValue AUDIOCallback null

Jmol getValue CLICKCallback null

Jmol getValue DRAGDROPCallback null

Jmol getValue ECHOCallback null

Jmol getValue ERRORCallback null

Jmol getValue EVALCallback null

Jmol getValue HOVERCallback null

Jmol getValue IMAGECallback null

Jmol getValue LOADSTRUCTCallback null

Jmol getValue MEASURECallback null

Jmol getValue MESSAGECallback null

Jmol getValue MINIMIZATIONCallback null

Jmol getValue SERVICECallback null

Jmol getValue PICKCallback null

Jmol getValue RESIZECallback null

Jmol getValue SCRIPTCallback null

Jmol getValue SYNCCallback null

Jmol getValue STRUCTUREMODIFIEDCallback null

Jmol getValue doTranslate null

language=en_US

Jmol getValue popupMenu null

Jmol getValue script null

Jmol getValue loadInline null

Jmol getValue load null

Jmol applet jmolApplet0__75304560366727__ ready

script 1 started

platformSpeed = 8

Viewer cachePut cache://localLOAD_/file/5d01934f832c0da8dbc8441b/pdb.gz

Viewer cachePut https://genus.fuw.edu.pl/file/5d01934f832c0da8dbc8441b/pdb.gz

FileManager.getAtomSetCollectionFromFile(/file/5d01934f832c0da8dbc8441b/pdb.gz)

loadScript /static/js/j2s/core/corezip.z.js

The Resolver thinks Pdb

loadScript /static/js/j2s/core/corebio.z.js

Time for openFile(/file/5d01934f832c0da8dbc8441b/pdb.gz): 555 ms

reading 330 atoms

ModelSet: haveSymmetry:false haveUnitcells:false haveFractionalCoord:false

1 model in this collection. Use getProperty "modelInfo" or getProperty "auxiliaryInfo" to inspect them.

Default Van der Waals type for model set to Jmol

330 atoms created

ModelSet: autobonding; use autobond=false to not generate bonds automatically

Time for creating model: 26 ms

Adding embedded #jmolscript: select ({0:329});backbone only;select *;

platformSpeed = 8

cartoonsFancy = true

sheetSmoothing = 1.0

traceAlpha = true

loadScript /static/js/j2s/core/corescriptcmd.z.js

specularPower = 9

ambientPercent = 20

antialiasDisplay = true

Script completed

Jmol script terminated

loadScript /static/js/j2s/J/g3d/HermiteRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/renderbio/BioMeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/render/MeshRenderer.js

loadScript /static/js/j2s/J/shape/Mesh.js

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
publication title	High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits. pubmed doi rcsb
molecule keywords	endothiapepsin
total genus	83
structure length	330
sequence length	330
ec nomenclature	ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date	2016-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00026	Asp	Eukaryotic aspartyl protease

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p5mA02
2.40.70.10	Mainly Beta	Beta Barrel	Cathepsin D, subunit A; domain 1	Acid Proteases	5p5mA01

4A4QA 2P8HA 3TNEA 3K5CA 5P8OA 5P2MA 3VF7A 5P0OA 4J54A 5P88A 2O4PA 3QPJA 4Y5LA 2AVQA 4PYVA 1GNOA 3INEA 4U8WA 5P59A 5P1IA 5P7SA 1APVE 5OYWA 3D1ZA 5DR7A 3PM4A 5AGZA 3D20A 4Y5MA 1ODWA 5P4QA 1FF0C 3PSUA 4K4QA 4BEKA 3NDTA 3OQKA 1K6CA 2AQUA 1FG8C 3O9BA 3I7EA 2V11C 3QI1A 5P0YA 1D4IA 5HTZA 4N00A 3G6ZA 5P24A 3GW5A 2XYEA 1FIVA 2BPYA 4LXKA 3Q4BA 5P35A 2QI7A 3IN3A 4PPHA 5P31A 1J71A 2R5PA 3ZKIA 1KJ4A 2ZJHA 5IVTA 3K4VC 5P8FA 4Y4WA 1ZPAA 5P0CA 1MSNA 3OUDB 4J0YA 4FRIA 5P87A 5COOA 3K4VA 5P06A 2VIEA 5P0WA 4DJYA 2IGYA 2WEBA 1FB7A 5P5YA 5P5GA 1MPPA 4LC7A 1EBYA 1RL8A 4GJCA 5P3SA 5P8QA 4K8SA 3OUDA 5AH8A 2G24A 3SKGA 1M4HA 5P8JA 3ER3E 3I2LA 2V13A 3GI0A 4ZSPA 4NJSA 3OU3A 2AODA 3MSKA 1LZQA 3B7VA 4Y5CA 3O9EA 3OOZA 4XX4A 4Y48A 3UFNA 1K1TA 4CMSA 3N4LA 2QI3A 5P0SA 4DFGA 4OBJA 4B1EA 4FIVA 3ZPTA 3LIYA 4Z4XA 5P7YA 3OK9A 3FNTA 4YD5A 4Y45A 3OXCA 5P7RA 2J9KA 2G1OA 2NXLA 4Y39A 5P6HA 3IGBA 1C6ZA 4Y9WA 3PI5A 4FCOA 5P73A 1C70A 5P0KA 4B0QA 2ZHSA 2WF0A 1GVUA 3KT2A 3NDUA 5OZCA 1K2CA 5P7VA 5P8KA 4Y5PA 3VLAA 2OHRA 4LAPA 5P89A 5HCOA 5P8NA 2FDPA 3KDCA 5P3NA 5DQ1A 1YT9A 3IAWA 5P2OA 3CICA 2B60A 3OHFA 4FRSA 3WB4A 1NSOA 1A30A 3FV3A 3OTYA 1IVQA 1SBGA 2PWRA 5OYSA 5JODA 3UQPA 1T6GA 3ZLQA 3FX5A 1UPJA 3PSGA 3QIHA 1AIDA 4PZWA 1IVPA 3HDKA 5ENMA 3L59A 2UY0A 4Y53A 2QNPA 4Y3MA 5P52A 2FDDA 3AUPA 2WF2A 1META 1IZHA 4ACXA 4MC9A 5P01A 5P3RA 4JOOA 4Y4AA 1HSIA 5TOLA 1M0BA 3IXJA 1HSHA 5DR4A 4YD7A 5P55A 4DI2A 5KOSA 5P1UA 5P4FA 5P7UA 3SAAA 3TLHA 5P70A 5P79A 3INDA 3SM2A 3S56A 3RSVA 1HOSA 4RLDA 1APTE 1BWAA 3N3IA 4Y6MA 5DGWA 2A4FA 3D1XA 1MT9A 5I70A 1KJGA 1G0VA 3HZCA 1HXWA 3IA9A 3PHVA 2P3BB 3M9FA 2G22A 5OYVA 5P4UA 4S1GA 1PSOE 2ZDZA 2Q54A 1CMSA 4H3FA 5P6DA 4Y41A 3TPRA 5P5VA 2I4WA 1E81E 5P39A 2P3BA 5IE1A 3EL5A 1LS5A 5P84A 2RMPA 5P47A 2FXDA 1WKRA 4J5JA 2IKUA 1EPPE 2CEMA 3VV8A 2OHQA 1LV1A 1PFZA 5OZEA 2ZYEA 5IS4A 4OBGA 3KM4A 2JE4A 5SZ9A 2ZHUA 2HIZA 3UDJA 1SH9A 2AOHA 2AOIA 5P3BA 2P83A 4D89A 3KFPA 1FEJC 1IDAA 4CPTA 4Y5AA 3ZL7A 4FS4A 3UDNA 4CPQA 1T7KA 1DW6C 1GNMA 5P1MA 5P58A 1LF3A 4E43A 4CKUA 1W50A 5P5BA 2A1EA 5P8BA 5P0AA 4RCDA 1HPXA 3S7LA 4YE3A 4QJ9A 3ZKXA 2IQGA 1D4KA 7UPJA 4A6CA 5P4JA 3EXOA 4GIDA 5P7AA 5P37A 5AH7A 5P7XA 3U71A 5P1QA 5P0MA 6APRE 1PROA 3DOXA 2B7FA 5PEPA 3H0BA 2NXMA 4Y58A 2WEZA 5OZ9A 3LITA 4I11A 5P2RA 4GJ6A 3BGBA 1EPOE 3BVAA 4YD4A 5P66A 5P0JA 2BKSA 5P6ZA 5P2EA 5DR8A 1NPVA 5P57A 1NPAA 3KN0A 5P12A 2V10C 1BDRA 4OBZB 2XFJA 3ECGA 1D4HA 2HB2A 3FIVA 4J1FA 2FNSA 3UQUA 2NXDA 5P3PA 5P3TA 3NU6A 1XE6A 3LPKA 3HVPA 3R1GB 5BRYA 3BHEA 4RRNA 1WBKA 3NDWA 2G1RA 4OBZA 1EBWA 2HPFA 3GI4A 5P5IA 1YTHA 5P6GA 5KR2A 1QRPE 3VSWA 5COPA 5P18A 3GGAA 5P4CA 3TPPA 3R0WA 4YDGA 3QAAA 4I8WA 5P27A 1RNEA 3D3TA 1F7AA 5P13A 3LIVA 4U7VA 1TSUA 5OZBA 3O9AA 3LZSA 5OZ7A 3L5EA 3EC0A 1W5VA 2J9JB 2JJJA 3R4BA 5IVQA 5P2LA 1HIIA 1IZEA 4J0VA 3JVWA 3I8WA 3CYWA 5OZHA 5P3WA 5P4XA 2Q64A 1MT7A 5AH6A 2J9JA 1HSGA 5OZVA 5P6WA 3OUBA 3QP0A 1YX9A 5P15A 4Z2ZA 4DJVA 1DP5A 4YBIA 5P5EA 1B11A 2OF0A 2VA5A 2AVMA 4HVPA 3HAWA 1MSMA 5OZGA 5P0NA 5P7CA 3KFSA 5C9DA 3PBZA 5P0BA 1PPLE 4FL8A 1EPQE 4EYRA 5P7BA 4A6BA 5P6FA 4GZFA 4QJ7A 5P7KA 3K5FA 1D4YA 5P5TA 2IRZA 2OHSA 5OZZA 2BBBA 2RKGA 5P3LA 5HU0A 2BPWA 1TCXA 4HDFA 3NUJA 3T7QA 2QAKA 2Z54A 5P1WA 4QJ2A 5OZ0A 3VV6A 1PPKE 2FGVA 4Y35A 5P20A 2AVVA 3G70A 3PRSA 3T7XA 5DQ5A 5DR3A 1IBQA 4ZLSA 1DPJA 3NUOA 3VEUA 2QMPA 3IXOA 3EKPA 2OHUA 1A8GA 4Z50A 3IVHA 2WHHA 2AIDA 3LHGA 2PSGA 4LXMA 2WF3A 1EBKC 3OQFA 3EKXA 4OBDA 3O9HA 3O9GA 4Y3LA 3WZ8A 2MIPA 4DQGA 1FQ4A 5P3CA 1LYBB 4MC2A 3HVGA 4H1EA 3EKYA 3T11A 4Y5NA 3L5BA 2V00A 2QZKA 2Q63A 5P0HA 1A94A 1TW7A 3BC4A 1SGZA 5HDVA 4B00A 4EJDA 2BPVA 5F01A 4AZYA 1KZKA 3PVKA 5P36A 2VS2A 3HD8A 1LYBA 3PLLA 4GB2A 4Y43A 2HS1A 1G6LA 5OZUA 3O9DA 2OHLA 2HM1A 4EXHA 1EBZA 2ZJIA 2FGUA 1XN2A 4J1KA 2R9BA 2NNPA 1XS7D 2PH6A 5P5HA 3TOGA 3QROA 1HXBA 3APRE 5P5SA 1W6HA 1QBUA 5OZWA 5P7MA 3VF3A 2ER7E 1QBRA 1BAIA 3KF0A 1BVEA 4RGHA 4ZIPA 5P1BA 2BB9A 4Y4TA 2AOCA 2F81A 5P4VA 1D4LA 1C6XA 2F3EA 3ER5E 2RSPA 3NYGA 5HVPA 4Y3NA 3CIDA 5KQZA 2O4SA 5SY3A 3S8IA 2ZJNA 3EKQA 4JECA 2JJIA 4Y36A 1B5FB 4RYGA 2PYMA 1UH9A 4RCFA 3KYRA 3C9XA 3PWWA 3CMSA 2QI6A 3DV5A 5P4EA 2VNMA 3L3AA 4Y47A 2V12C 3RVIA 5OYTA 4BELA 2BQVA 2OHNA 3OWNA 4TRZA 1B5FA 3PWRA 4LHHA 1YM4A 2EWYA 5P8HA 5P07A 3OADB 1PSAA 3OUAA 1JLDA 5P1OA 4Y3HA 5P4ZA 3K5DA 5P5QA 1YTIA 4EJ8A 3MWSA 2VNNA 4FAEA 4DUSA 1ZP8A 5P0DA 1E80E 3QRMA 1MTRA 3OADA 2AOGA 4CPUA 5P5RA 5DQ4A 5I3XA 1EPLE 4RCEA 2PSVA 5DR1A 2QI4A 5P77A 5IVSA 3EBZA 1MESA 5P1YA 4FRKA 5P6CA 1LYAB 5ER1E 4XX3A 3D91A 5P3EA 2QK5A 1BBSA 3OTSA 5P0QA 4BFBA 4I0JA 4RRSA 5OZSA 3QBHA 5P60A 2VJ6A 5P4SA 4YHQA 5IVRA 1LYAA 2V0ZC 3UDRA 4Y3WA 5P2UA 5P2GA 3Q3TA 4FE6A 5P2XA 4RYCA 2Q15A 3SQFA 1EAGA 5P2CA 5E5KA 5P5LA 3K5GA 3NU4A 5EZZA 1D4SA 4MC6A 4KE1A 5P8UA 3OU4B 4L7HA 3DCRA 3RTMA 2VIZA 4Y3QA 5P6OA 5P6RA 4DJUA 1BXQA 3ZKMA 3EL1A 4NJVA 3UQRA 1W5YA 2B8VA 2HB4A 3VFAA 4ZEAA 1EPME 4QLHA 4HZTA 5P1ZA 3OU4A 4I12A 3KDDA 4Y5KA 3EM6A 3SA7A 1KJ7A 1EC3A 5P2JA 3UF3A 5P64A 1HVRA 3ZKGA 5P4OA 2Q3KA 4Q1YA 5P3VA 1XE5A 4RVXA 4YBFA 3TOHA 4F73A 5P3OA 1ZLFA 1GNNA 4DJPA 4FM7A 5P4NA 5P0FA 5CONA 3VLBA 1EPRE 4I0EA 3L38A 4Y4DA 3B80A 5P8DA 5P6MA 2ZHRA 4CPRA 1FMXA 5P62A 4Y3YA 4DJQA 1FG6C 3O9CA 4NPUA 5P3KA 3UDQA 3SA5A 5P7OA 3U6AA 5P0XA 5DR0A 3URLA 5BWYA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4A4Q A;  2P8H A;  3TNE A;  3K5C A;  5P8O A;  5P2M A;  3VF7 A;  5P0O A;  4J54 A;  5P88 A;  2O4P A;  3QPJ A;  4Y5L A;  2AVQ A;  4PYV A;  1GNO A;  3INE A;  4U8W A;  5P59 A;  5P1I A;  5P7S A;  1APV E;  5OYW A;  3D1Z A;  5DR7 A;  3PM4 A;  5AGZ A;  3D20 A;  4Y5M A;  1ODW A;  5P4Q A;  1FF0 C;  3PSU A;  4K4Q A;  4BEK A;  3NDT A;  3OQK A;  1K6C A;  2AQU A;  1FG8 C;  3O9B A;  3I7E A;  2V11 C;  3QI1 A;  5P0Y A;  1D4I A;  5HTZ A;  4N00 A;  3G6Z A;  5P24 A;  3GW5 A;  2XYE A;  1FIV A;  2BPY A;  4LXK A;  3Q4B A;  5P35 A;  2QI7 A;  3IN3 A;  4PPH A;  5P31 A;  1J71 A;  2R5P A;  3ZKI A;  1KJ4 A;  2ZJH A;  5IVT A;  3K4V C;  5P8F A;  4Y4W A;  1ZPA A;  5P0C A;  1MSN A;  3OUD B;  4J0Y A;  4FRI A;  5P87 A;  5COO A;  3K4V A;  5P06 A;  2VIE A;  5P0W A;  4DJY A;  2IGY A;  2WEB A;  1FB7 A;  5P5Y A;  5P5G A;  1MPP A;  4LC7 A;  1EBY A;  1RL8 A;  4GJC A;  5P3S A;  5P8Q A;  4K8S A;  3OUD A;  5AH8 A;  2G24 A;  3SKG A;  1M4H A;  5P8J A;  3ER3 E;  3I2L A;  2V13 A;  3GI0 A;  4ZSP A;  4NJS A;  3OU3 A;  2AOD A;  3MSK A;  1LZQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5P5MA

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